שיטות מיפוי נוספות
DESCRIPTION
שיטות מיפוי נוספות. תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית שימוש בכרומוזום Y כ-'בוחן' שימוש באללים 'מולקולרים'. When doing GENETIC mapping, Molecular Markers can be used as a locus. Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) AACGT C ATCG vs. AACGT T ATCG - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית• כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום •
שימוש באללים 'מולקולרים'•
שיטות מיפוי נוספות
When doing GENETIC mapping,Molecular Markers can be used as a locus
Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)
AACGTCATCG vs. AACGTTATCG
Microsatellites (variable # of short repeats)
CGCGCG vs. CGCGCGCGCG vs. CGCG
Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)
SNP leading to a loss/gain of a restriction cut site
When doing GENETIC mapping,Molecular Markers can be used as a locus
They are mile-markers ,not destinations!
אבני דרך, ולא יעדים!
Almost all SNPs, Microsatellites, etc. are SILENT)display no new phenotypes ,(
and there are millions of them
Is there linkage between a mutant gene/phenotype and a SNP?
USE standard genetic mapping technique, with SNP alternative sequences as “phenotype”
B= bad hair, DominantSNP1 ..ACGTC..SNP1’ ..ACGCC..
SNP2 ..GCTAA..SNP2’ ..GCAAA..
SNP3 ..GTAAC..SNP3’ ..GTCAC..
X
XSNP1’ ..ACGCC..SNP1’ ..ACGCC..
SNP2’ ..GCAAA..SNP2’ ..GCAAA..
SNP3’ ..GTCAC..SNP3’ ..GTCAC..
SNP1 ..ACGTC..SNP1 ..ACGTC..
SNP2 ..GCTAA..SNP2 ..GCTAA..
SNP3 ..GTAAC..SNP3 ..GTAAC..
F1
START with Inbred lines-
SNPs are homozygosed
B
Is there linkage between a mutant gene/phenotype and a SNP?
USE standard genetic mapping technique, with SNP alternative sequences as “phenotype”
B= bad hair, Dominant
X
B/b b/b
B/b
B/b
b/b
b/b
1’/1 25%
1/1 25%
1’/1 25%
1/1 25%
1’/1 1/1
SNP1 ..ACGTC..SNP1’ ..ACGCC..
SNP2 ..GCTAA..SNP2’ ..GCAAA..
SNP3 ..GTAAC..SNP3’ ..GTCAC..
2’/2 47%
2/2 3%
2’/2 3%
2/2 47%
2’/2 2/2
3’/3 25%
3/3 25%
3’/3 25%
3/3 25%
3’/3 3/3
SO…B is 6 cM from SNP2, and is unlinked to SNP 1 or 3
B 2’ / b 2
Is there linkage between a mutant gene/phenotype and a SNP?
USE standard genetic mapping technique, with SNP alternative sequences as “phenotype”
B= bad hair, Dominant
X
B/b b/b 1/1’ 1/1
SNP1 ..ACGTC..SNP1’ ..ACGCC..
SNP2 ..GCTAA..SNP2’ ..GCAAA..
SNP3 ..GTAAC..SNP3’ ..GTCAC.. 2/2’ 2/2 3/3’ 3/3
SO…B is 6 cM from SNP2, and is unlinked to SNP 1 or 3
We have the ENTIRE genome sequence of mouse, so we know where the SNPs are
Now-do this while checking the sequence of THOUSANDS of SNPs
MOST SNPs
The fewClose SNPs
Microsatellites (variable # of short repeats)- on a Pedigree (אילן יוחסין)
CGCGCG
vs. CGCGCGCGCG
vs. CGCG
~1990
תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית• כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום •
שימוש באללים 'מולקולרים'• mapping" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים •
function”
שיטות מיפוי נוספות
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
דרך 'לתקן' את אמדן החסר?Mapping function
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
• POINT 1: Between two genes together in meioses: *If no crossovers occur between them, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive).
• POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, using . . .
• POISSON - predict the Gaussian curve of classes of crossovers, especially CLASS of ZERO crossovers, and calculate a corrected map distance – *The average number of crossovers between 2 genes.
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
POINT 1
• POINT 1: Between two genes in meioses: *If no crossovers occur, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive).
• POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, using . . .
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
(Cases of 1 or more crossovers)RF = 1/2
(1 – class with zero crossovers)RF = 1/2
When crossovers are relatively rare ,the POISSON DISTRIBUTION formulaPredicts the occurrence of each class:
fi = (e-mmi)/i!We’re interested
in the ‘Zero’ class
POINT 2POINT 1
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
(1 – class with zero crossovers)RF = 1/2
For Zero class:
• POINT 1: Between two genes in meioses: *If no crossovers occur, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive).
• POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, using . . .
• POISSON - predict the Gaussian curve of classes of crossovers, especially CLASS of ZERO crossovers, and calculate a corrected map distance – *The average number of crossovers between 2 genes.
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
• POINT 1: Between two genes in meioses: *If no crossovers occur, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive).
• POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, then predict the Gaussian curve of all classes of crossovers, and calculate a corrected map distance – *The average number of crossovers between 2 genes.
”mapping function" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים
תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית•
כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום •
שימוש באללים 'מולקולרים'• mapping" רואים – שלאהתחשבות בשיחלופים •
function”
2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –•
שיטות מיפוי נוספות
40% board
X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –
X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –
44%
X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –
assume they are unlinked
ההשערה (היפותיזה) שאנחנו בודקים: "A & B"אינם בתאחיזה
X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –
P~0.007
בתאחיזהכן B ו-Aואומרים ש-
לא בתאחיזהB ו-Aש-
התוצאות
X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –
/היפותזה
R/_ Y/_
התוצאות
Epistasisהתוצאות בהחלט החזיקו את ההשערה של
0.975 > P > 0.9