Όλγα Βρούσγου
TRANSCRIPT
![Page 1: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/1.jpg)
Μεθοδολογία σύγκρισης πρωτεϊνικών ακολουθιών σε υποδομές μεγάλης κλίμακας
Μεθοδολογία σύγκρισης πρωτεϊνικών ακολουθιών σε υποδομές μεγάλης κλίμακας
Όλγα Βρούσγου
2 Απριλίου 2015
![Page 2: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/2.jpg)
2
Περιεχόμενα
1. Εισαγωγή
2. Το πρόβλημα
3. Τα εργαλεία
4. Η Υποδομή
5. HellasGrid
6. Ροή του προγράμματος
7. Επιλογές Εκτέλεσης
8. Λογισμικό
9. Πολυπλοκότητα
10. Αποτελέσματα
11. Συμπεράσματα
12. Ευχαριστήριες/Δημοσιεύσεις
13. Ερωτήσεις
![Page 3: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/3.jpg)
3
Εισαγωγή
● Ταχεία παραγωγή δεδομένων
● Human Genome Project
● Βιοπληροφορική
![Page 4: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/4.jpg)
4
Το Πρόβλημα
Σύγκριση Ακολουθιών Στόχος• Εκτίμηση πρωτεϊνικών
λειτουργιών• Εκτίμηση πρωτεϊνικών
οικογενειών
Πρόβλημα
• Χρονικά ακριβό• Υπολογιστικά ακριβό
![Page 5: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/5.jpg)
5
Το Πρόβλημα
Υλοποίηση σε Πλέγμα Υπολογιστών (Grid)
BLAST – Phylogenetic Profiles – MCL Clustering
![Page 6: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/6.jpg)
6
Τα Εργαλεία
BLAST Phylogenetic Profiles
MCL Clustering
![Page 7: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/7.jpg)
7
Η Υποδομή
The Grid HellasGrid
• Πολλαπολοί Πόροι• Πολλαπλοί χρήστες• Scalability
![Page 8: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/8.jpg)
8
HellasGrid
Υποβολή εργασιών
![Page 9: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/9.jpg)
9
Λύση
Γενική Ροή
![Page 10: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/10.jpg)
10
● Αρχεία FASTA
● Αρχεία κειμένου (txt)
Είσοδος
![Page 11: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/11.jpg)
11
Parametric Jobs
![Page 12: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/12.jpg)
12
Job Handler
![Page 13: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/13.jpg)
13
Job Collection
![Page 14: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/14.jpg)
14
Έξοδος
● Έξοδος αλγορίθμων Φυλογενετικά Προφίλ
MCL Clusters
● Έξοδος Εφαρμογής Report
● Εργαλεία Περεταίρω Επεξεργασίας Parser Scripts
Cleanup/Download Scripts
![Page 15: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/15.jpg)
15
Επιλογές Εκτέλεσης
● BLAST & MCL● BLAST & Phylogenetic
Profiles● BLAST & Phylogenetic
Profiles & MCL● BLAST & Phylogenetic
Profiles & MCL x2
● BLAST & Phylogenetic Profiles & MCL x2
ALL – Vs - ALL
Split Database Split Query
![Page 16: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/16.jpg)
16
Λογισμικό
![Page 17: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/17.jpg)
17
Πολυπλοκότητα
● BLAST : Ο(Ν*Μ)
● MCL : Ο(n*k^2)
● Phyl. P. : Ο(Ν^2*Κ*Μ)
ALL – Vs – ALL :
● Σειριακά: Ο[Μ^3]
● Παράλληλα δ. query: Ο[Μ^3/P]
● Παράλληλα δ. βάση: Ο[Μ^3/K]
● M = No. DB sequences
● N = No. Query sequences
● K = No. Genomes in DB
● P = No. Pieces Query Split
● P > K
![Page 18: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/18.jpg)
18
Αποτελέσματα (1)
Χρόνοι BLAST και Φυλογενετικών Προφίλ
![Page 19: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/19.jpg)
19
Αποτελέσματα (2)
![Page 20: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/20.jpg)
20
Αποτελέσματα (3)
Test Cases
![Page 21: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/21.jpg)
21
Αποτελέσματα (4)
![Page 22: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/22.jpg)
22
Αποτελέσματα (5)
![Page 23: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/23.jpg)
23
Αποτελέσματα (6)
![Page 24: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/24.jpg)
24
Αποτελέσματα (7)
![Page 25: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/25.jpg)
25
Αποτελέσματα (8)
Φυλογενετικά Προφίλ – Plants Pangenome
![Page 26: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/26.jpg)
26
Συμπεράσματα
● Σύγκριση πρωτεϊνικών δομών για μεγάλα σύνολα δεδομένων
● Επιτάχυνση έως και 14.1x για βάση ~ 0.5 M πρωτεϊνών
● Split Query vs Split DB
● Σημαντικότητα Υποδομής
● Πολυπλοκότητα πρόβλεψης χρόνων εκτέλεσης
ΣυμπεράσματαΜελλοντικές Επεκτάσεις
● Αυτοματοποίηση διαμοιρασμού δεδομένων
● User Interface
● Οπτικοποίηση αποτελεσμάτων
● mpi-blast
![Page 27: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/27.jpg)
27
Ευχαριστήριες/Δημοσιεύσεις
Καθηγητής Περικλής Α. Μήτκας
Δρ. Φώτης Ε. Ψωμόπουλος
Υποψήφιος Διδάκτορας Αθανάσιος Κιντσάκης
Δημοσιεύσεις
23rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
14th European Conference on Computational Biology
July 2015
Αίτημα για Poster
Ευχαριστήριες
![Page 28: Όλγα Βρούσγου](https://reader031.vdocuments.net/reader031/viewer/2022022202/587f1b731a28ab350c8b5dab/html5/thumbnails/28.jpg)
28