Функции Метаболические пути kegg
DESCRIPTION
Функции Метаболические пути KEGG. Д.А. Равчеев ( 7 апреля 2009 г.) Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр. KEGG. KEGG. Объединяет информацию. Геномную гены и белки, отношение ортологичности Химическую лиганды, малые молекулы, ферменты - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
Функции
Метаболические путиKEGG
Д.А. Равчеев
(7 апреля 2009 г.)
Факультет Биоинженерии и Биоинформатики,
2 курс, весенний семестр
KEGG
KEGG
Объединяет информацию
Геномную гены и белки, отношение ортологичности
Химическую лиганды, малые молекулы, ферменты
Биологическую (системную) метаболические пути, другие биологические процессы
Включает 19 баз данных
Systemsinformation
KEGG PATHWAYKEGG BRITE KEGG MODULE KEGG DISEAS
Pathway mapsFunctional hierarchiesPathway modulesDiseases
Genomicinformation
KEGG ORTHOLOGY KEGG GENOME KEGG GENES KEGG DGENES KEGG EGENES KEGG VGENOME KEGG VGENES KEGG OGENES KEGG SSDB
KEGG orthology (KO) groupsKEGG organismsGenes in high-quality genomesGenes in draft genomesGenes as EST contigsViral genomes (to be fully integrated)Genes in viral genomes (to be fully integrated)Genes in organelle genomes (to be fully integrated)Sequence similarities and best hit relations
Chemicalinformation
KEGG COMPOUND KEGG DRUG KEGG GLYCAN KEGG ENZYME KEGG REACTION KEGG RPAIR
Metabolites and other chemical compoundsDrugsGlycansEnzymesEnzymatic reactionsReactant pairs and chemical transformations
KEGG: базы данных
KEGG: система идентификаторовKEGG PATHWAY
KEGG GENOME
KEGG GENES
KEGG ENZYME
KEGG COMPOUND
KEGG REACTION
KEGG ORTHOLOGY
KEGG GLYCAN
KEGG RPAIR
KEGG BRITE
KEGG DRUG
KEGG MODULE
KEGG DISEASE
map number
organism code (T number)
locus_tag/NCBI GeneID
EC number
C number
R number
K number
G number
A number
br number
D number
M number
H number
С00047 - лизинK04527 – инсулиновый рецепторhsa5210 – путь возникновения рака простаты
KEGG: геномыKEGG GENOME (KEGG Organisms)
Эукариоты: 107Бактреии: 804Археи: 56
Система идентификации: трех-четырехбуквенный код
hsa – Homo sapiens ath – Arabidopsis thaliana eco – Escherichia coli K-12 MG1655 ece – Escherichia coli O157 EDL933 hin – Haemophilus influenzae Rd KW20 mja – Methanococcus jannaschii
KEGG: гены
KEGG GENES 4,314,643 генов из эукариот, бактерий и архей
KEGG ORTHOLOGY11,813 ортологичных групп генов
KEGG DGENES – гены из черновых (“draft”) геномов
KEGG EGENES – белки, реконструированные из EST
KEGG VGENEOME – вирусные геномы
KEGG VGENES – гены из вирусных геномов
KEGG OGENES – гены из геномов органелл
KEGG: химическая информацияKEGG COMPOUND – 15,413 метаболитов и других веществ KEGG DRUG – 8,872 лекарств (только разрешенные на территории США и Японии)
KEGG GLYCAN – 10,969 гликанов
KEGG ENZYME – 5,050 ферментов
KEGG REACTION – 7,830 реакций
KEGG PATHWAY91,564 пути на основе 345 «reference pathways»
KEGG: биологические процессы
Reference pathway Homo sapiens
KEGG: пример метаболической карты
Задания
1. Найти описания двух веществ, субстрата и продукта.
2. Найти метаболический путь, в котором возможно превращение субстрата в продукт, раскрасить вещества и ферменты (с раскрашиванием ферментов могут возникнуть трудности – придется подумать)
3. Описать цепочку реакций для превращения субстрата в продукт.
4. Исследовать полученную цепочку реакций в других организмах
Киото