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このスペクトルをPC 上で処理したい

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VnmrJ は FID データ のみ保存 (default)

/export/home/vnmr1/ vnmrsys/data/??/ の下に(?? は任意 )

SBR-test-207Pb.fid などのように名前がついた directory を作成して、 その下に

fidlogprocpartext

の４つのファイルを保存

1. FID を転送してきて、 PC 上で FT する。

（竹 NMR （無料）や市販の科学系のアプリケーション）

2. マクロの writespec を使って、欲しい領域をアスキー型に変換。

3. FT したデータを PC 上に転送（ちょっと工夫が必要）。

4. マクロの svspec を使って、 FID を FT した後のデータをバイナリ型で保存。

Linux では /home/vnmr1/vnmrsys/?? となります。

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VnmrJ は FID データ のみ保存 (default)

/export/home/vnmr1/ vnmrsys/data/??/ の下に(?? は任意 )

SBR-test-207Pb.fid などのように名前がついた directory を作成して、 その下に

fidlogprocpartext

の４つのファイルを保存

1. FID を転送してきて、 PC 上で FT する。（竹NMR ）

xxxx.vndxxxx.vnp

Style でVNMR を選択

バイナリ転送

アスキー転送

FT するときにはpoint 数を 2 の累乗に修正する！

化学シフト値は計算してくれないので、目安のピークの化学シフト値をメモっておく。

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writespec(‘test20091001.vdt’)

/export/home/vnmr1/ の下に作成。

もっと使いやすくする ためには Dr. 芦田に聞く。

2. マクロの writespec を使って、欲しい領域をアスキー型に変換。

まずは拡大

この時の、 cr （左端の ppm ）と cr+delta （右端の ppm ）がテキストファイル中の 1 行目と 2 行目に書き込まれます。

y 軸方向の強度データはvs に依存します。

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左端（１点目）の化学シフト値

右端（Ｎ点目）の化学シフト値

１点目からＮ点目までの強度データ（Ｙ軸の値）

Dr. 芦田 修正版

こいつを PC 上にアスキー転送 します。

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読み込んだ例

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3. FT したデータを PC 上に転送（ちょっと工夫が必要）。/export/home/vnmr1/vnmrsys/あるいは/home/vnmr1/vnmrsys/の下に exp18 というフォルダが あります。

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/export/home/vnmr1/vnmrsys/

あるいは

/home/vnmr1/vnmrsys/

FT 後の point の４倍

ところが、 exp18 のデータを取得したいときに VnmrJ 上の viewpoint の中に exp18 を読み込んでいると、 FT 後の point の4 倍になりません！

そこで、 FT したら、 viewpoint から exp18 をはずします。

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Exp18以外ならなんでも OK

Exp18 のデータをviewpoint1 に読み込んでいます。

全ての viewpoint からexp18 を除く必要があります。

viewpoint1 に例えば exp19のデータを読み込む

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10FT 後の point の４倍

curpar => xxxx.vnp

phasefile => xxxx.vnj

２つのファイルを PC 上に FTP 転送する。curpar はパラメータで text 型なので、アスキーで転送する。phasefile は FT 後のデータで binary 型で転送。

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svspec

svspec(‘test’)

/export/home/vnmr1/ の下に通常の保存と同様、 test.fid というディレクトリ（フォルダ）を作成し、その下に fid, log, procpar, text を作成します。さらに spectrum という FT 後のデータファイルも作成。

4. マクロの svspec を使って、 FID を FT した後のデータをバイナリ型で保存。

もっと使いやすくする ためには Dr. 芦田に聞く。

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procpar => xxxx.vnp

spectrum => xxxx.vnj

/export/home/vnmr1/あるいは/home/vnmr1/

２つのファイルを PC 上に FTP 転送する。procpar はパラメータで text 型なので、アスキーで転送する。spectrum は FT 後のデータで binary 型で転送。

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転送後、 PC 上の適当なディレクトリに入れる。

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"writespec - write a (portion of a) spectrum into an ASCII file"" S.L.Patt, 30 March 1993""usage: writespec('filename') writes the spectrum from sp+wp to sp"" into a file in an ASCII format"" modified to write start and end 2006-04-10 JA "

$start=0$end=0

$sp=sp $wp=wp

cr = $sp+$wpdelta = $wp $start=cr/sfrq $end=(cr-delta)/sfrq

f $dd=sw-wpwp=$wp sp=$sp$res=sw/(fn/2)if $dd<$res/2 then $res=sw/(fn/2-1)endifif ($#<1) then write('error','Usage: writespec(\'filename\')')else mark('reset') write('line3','Creating file %s...',$1) write('reset',$1)write('file',$1,'%f',$start)write('file',$1,'%f',$end)

$delta=$res $f=sp+wp repeat mark($f):$ht write('file',$1,'%f',$ht) $f=$f-$delta until $f<sp write('error','Done!')endif

Maclib ディレクトリ中に例えば p というファイルを作って axis=‘p’ と書いておく。p; axis='p' /* change scale unit to ppm */

h; axis='h' /* change scale unit to Hz */

k; axis='k' /* change scale unit to kHz */

lr0; lp=0 rp=0 /* reset phase ph0=0 and ph1=0 */

ds0; dscale(0) /* reset vertical position of scale to zero */

ff; ds('expand') full /* expand spectrum to full scale (horizontal) */

d; dssh dssl /* display series of spectra with # */

a; vsadj ds /* vertical adjustment of maximum peak to 80% of display size */

st1; dll fp t1 center expl /* calculate T1 */

おまけ

シェルコマンドの変更例えば _cshrc というファイルを用意して、中に

alias dir 'ls -alF'alias rm 'rm -i'alias dire 'dir | more'

などと書いておく。で、 .cshrc ファイルの中（最後の行の下に書くのがわかりやすい）に

使っているマクロ

芦田さんが修正した writespec

# alias by A.Asano, 2006/Apr/13# dir, rm, direif ( -f /export/home/vnmr1/_cshrc ) then source /export/home/vnmr1/_cshrcendif

などと書いておくと、 Terminal を開くと例えばそれまでは ls –alF とコマンドを打つのが dir で代用されます。

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