4 ΟΓΚΟΛΟΓΙΚΟ ΣΥΝΕΔΡΙΟ ΡΟΔΟΥ :
TRANSCRIPT
GeneKor SA
Γεώργιος Νασιούλας PhD. Επιστημονικός Διευθυντής Genekor
Μοριακοί δείκτες όγκων και στοχευόμενη θεραπεία
GeneKor SA
Πως θα πετύχουμε αποτελεσματική θεραπεία των ασθενών μας;
Οι σημερινές θεραπείες δεν είναι αποτελεσματικές
* Αποτυχαίνουν* ’Εχουν σοβαρές
παρενέργειες
Χρειάζεται να γίνει επιλογή των ασθενών
* Πρόβλεψη αποτελεσματικότητας
* Πρόβλεψη τοξικότητας
Γονιδιακή ανάλυση των* ασθενών * Καρκινικού ιστού
Walgren et al, J Clin Oncol, 2005
Limited Tissu, many..many Genes, many expencive drugs..
•FNA•Small Biopsies•Metastatic lesion (Liver, Lung)•Liquid Biopsy
KRAS 25% NONASIAN K- ras 7%EGFR 20% EGFR 35%PTEN 8% B- raf 1%PIK3CA 5% Others 48,30%STK11 5% 3% PER DFCI BUT MAY HAVE LOOKED AT ASIAN SAMPLESPIK3CA "3.6%BRAF 3% BUT ONLY 24 PT SAMPLESALK- EML4 3%ERBB2 2%MET 2% AdenoCA w/ BAC featuresDDR2 2%ROS- 1 2%ALK- TGF 1%ALK- KIF5B 1%PDK1 1%KDR 1%FGFR4 1%TOP1 1%SOX2 1%AKT1 1%FGFR1 1%NRAS 1%Other 25%
KRAS22%
EGFR18%
PTEN7%
PIK3CA4%
STK114%
BRAF3%ALK-EML4
3%
ERBB22%MET
2%
DDR22%
ROS-12%
ALK-TGF1%
ALK-KIF5B1%
PDK11%
KDR1%
FGFR41%
TOP11%
SOX21%
AKT11%
FGFR11%
NRAS1%
Other22%
Μεταλλάξεις και μεταλλαγμένα γονίδια
Substitution mutationGGTCACCTCACGCCA
↓CCAGUGGAGUGCGGU
↓Pro-Arg-Glu-Cys-Gly
Substitutions will only affect a single codonTheir effects may not be serious unless they affect an amino acid that is essential for the structure and function of the finished protein molecule (e.g. sickle cell anaemia)
Normal geneGGTCTCCTCACGCCA
↓CCAGAGGAGUGCGGU
Codons ↓
Pro-Glu-Glu-Cys-GlyAmino acids
© 2010 Paul Billiet ODWS
• Point mutations within the KRAS gene constitutively active KRAS protein
• Constitutively active KRAS protein cancer cell growth and survival through the RAF-MEK-ERK and PI3K-AKT pathways independently from EGFR signalling
Οι μεταλλάξεις αλλάζουν την λειτουργία των πρωτεϊνών και
προκαλούν καρκινογένεση
Οι ποιό συχνοί καρκίνοι
Μαστός
Έντερο
Πνεύμονας
Έντερο
Πνεύμονας
Προστάτης
Προβλεπτικοί δείκτες στον Καρκίνο του πνεύμονα
Γονίδιο/γονιδιακές αλλαγές
Φάρμακα
Μεταλλάξεις EGFR gefitinib (Iressa®), erlotinib (Tarceva®), afatinib (GIOTRIF®)
EML4-ALK αναδιάταξη Grizotinib
ROS αναδιατάξεις Grizotinib
Ποια η συχνότητα των EGFR μεταλλάξεων στον καρκίνο του πνεύμονα στον ελληνικό πληθυσμό;
• Η συχνότητα εμφάνισης EGFR μεταλλάξεων είναι: 31-34% σε ασιατικής καταγωγής ασθενείς και 12-17,5% σε καυκάσιους (http://www.somaticmutations-egfr.info/, Douillard, 2009, Journal of Clinical Oncology., Hirsch, 2010., Journal of Clinical Oncology)
• Genekor’s Results• H συχνότητα EGFR μεταλλάξεων από δεδομένα
GENEKOR είναι 15,83% (1478) Ελλάδα και 29.1% Ισραήλ (57/196)
• Η συχνότητα KRAS Exon 2, μεταλλάξεων σε 561 NSCLC ασθενείς είναι ~18.89 % (Papadopoulou E., et al., ONCOLOGY LTTERS., 2015)
Vogelstein B.et al., 2013
NGS data indicates that ~70% NSCLChave driver mutations
KRAS22%
EGFR18%
PTEN7%
PIK3CA4%
STK114%
BRAF3%
ALK-EML4
3%
ERBB22%
MET2%
DDR22%
ROS-12%
ALK-TGF1%
ALK-KIF5B
1%
PDK11%
KDR1%
FGFR41%
TOP11%
SOX21%
AKT11%
FGFR11%
NRAS1%
Other22%
Προβλεπτικοί δείκτες στον καρκίνο του εντέρου
Γονίδιο/γονιδιακές αλλαγές Φάρμακα
Μεταλλάξεις στα γονίδια Κras και Nras
Ανταπόκριση στα anti-EGFR αντισώματα Panitumumab η (Vectibix) και Cetuximab η (Erbitux)
Αρνητικός προβλεπτικός δείκτης
Μοριακοί Προβλεπτικοί Δείκτες στη Διαχείριση του Καρκίνου Μαστού
Γονίδιο/γονιδιακές αλλαγές
Φάρμακα
Her2 (cERB2) Επαύξηση trastuzumab, (Herceptin®), Lapatinib
Μοριακοί Προβλεπτικοί Δείκτες στη Διαχείριση του Καρκίνου ωοθηκών
Γονίδιο/γονιδιακές αλλαγές
Φάρμακα
BRCA1/2 μεταλλάξεις Olaparib
Ένα κεφάλαιο κλίνει αλλά..
Τα μεταλλαγμένα γονίδια BRCA1/2 είναι προβλεπτικός δείκτης στους αναστολείς PARP
στον καρκίνο ωοθηκών
The Phase III SOLO (Study of OLaparib in Ovarian cancer)
Το σχέδιο του τεχνητού θανάτου : Η προσπάθεια για σύνθεση γονιδίων οδηγεί μόνο
το καρκινικό κύτταρο στο θάνατο.
“Synthetic Lethality’’
GeneKor SA
Normal DNA
Double strand break in the DNA
BRCA1
BRCA2
ATMATRAccumulation of proteins at DNA break
Proteins halt cell proliferation
Non Repaired DNA increased
DNA Double Strand Breaks in Carrier Cells
Carrier TumorG eneK or SA
GeneKor SA
Normal DNA
Double strand break in the DNA
BRCA1
BRCA2
ATMATRAccumulation of proteins at DNA break
Proteins halt cell proliferation
Non Repaired DNA increased
DNA Double Strand Breaks in Tumor Cells
PARP Inhibitors
Single strandbreak inthe DNA
Το σχέδιο του τεχνητού θανάτου ; Η προσπάθεια για σύνθεση γονιδίων οδηγεί το καρκινικό κύτταρο στο θάνατο
Η θεωρεία και ο μηχανισμός
PARP Αναστολείς
GeneKor SA
JCO, Editorial, September 2011
Kathryn P. Pennington et al. Clin Cancer Res 2014;20:764-775©2014 by American Association for Cancer Research
Συχνότητα των μεταλλαγμένων BRCA 1/2, σε DNA από τον κύβοΠαραφίνης
BRCA 1/2 μεταλλάξεις και θεραπεία:το αισιόδοξο σενάριο
• Platinum Based Drugs;
• PARP inhibitors για καρκίνο Ωοθηκών
• αλλά και του μαστού
• PARP inhibitors στον καρκίνο του προστάτη:
GENEKOR’s BRCA1/2 τεστ στο DNA από τον κύβο παραφίνης
2 platforms available for BRCA1/2 testing BRCA Tumor MASTR Plus kit Multiplicom
(Miseq, Illumina)
Ion AmpliSeq BRCA1 and BRCA2 Somatic Panel
(Ion proton, ThermoFisher Scientific) 80 samples tested by both methods
Προβλεπτικοί δείκτες σε όγκους GIST
Γονίδιο/γονιδιακές αλλαγές
Φάρμακα
Μεταλλάξεις cKIT Imatinib, Sunitinib,
Μεταλλάξεις PDGFRa Imatinib, Sunitinib,
Μοριακοί Προβλεπτικοί Δείκτες στη Διαχείριση του Καρκίνου του
στομάχουΓονίδιο/γονιδιακές αλλαγές
Φάρμακα
Her2 (cERB2) Επαύξηση trastuzumab, (Herceptin®)
Μοριακοί Προβλεπτικοί Δείκτες στο Μελάνωμα
Γονίδιο/γονιδιακές αλλαγές
Φάρμακα
BRAF μεταλλάξεις Dabrafenib (Tafinlar ), Pembrolizumab (Keytruda), Trametinib (Mekinist ), Vemurafenib (Zelboraf)
Cancer and the limited or unavailable Tissue
Circulating cell-free tumor DNA (cftDNA) is now under investigation as a “liquid biopsy” in the real time management of cancer
KRAS 25% NONASIAN K- ras 7%EGFR 20% EGFR 35%PTEN 8% B- raf 1%PIK3CA 5% Others 48,30%STK11 5% 3% PER DFCI BUT MAY HAVE LOOKED AT ASIAN SAMPLESPIK3CA "3.6%BRAF 3% BUT ONLY 24 PT SAMPLESALK- EML4 3%ERBB2 2%MET 2% AdenoCA w/ BAC featuresDDR2 2%ROS- 1 2%ALK- TGF 1%ALK- KIF5B 1%PDK1 1%KDR 1%FGFR4 1%TOP1 1%SOX2 1%AKT1 1%FGFR1 1%NRAS 1%Other 25%
KRAS22%
EGFR18%
PTEN7%
PIK3CA4%
STK114%
BRAF3%ALK-EML4
3%
ERBB22%MET
2%
DDR22%
ROS-12%
ALK-TGF1%
ALK-KIF5B1%
PDK11%
KDR1%
FGFR41%
TOP11%
SOX21%
AKT11%
FGFR11%
NRAS1%
Other22%
LIQUID BIOPSY
Circulating DNA (cftDNA) coming from the tumor contains the mutations already present in the tumor but not present in the
normal DNA (symbolized by a “X” in the cartoon
X XX
Detection of tumor-specific DNA mutations in the blood of patients to monitor response
and relapse with targeted therapies
Luis A. Diaz Jr, and Alberto Bardelli JCO 2014;32:579-586
©2014 by American Society of Clinical Oncology
Mutation status in Blood after 6 months to 4 years therapy
24 mutant matched samples after therapy ?? (Blood and FFPE): 50% (12/24) carried a mutation in plasma after therapy
FFPE before therapy
BLOOD after therapy
KRAS 12 mut 5 mut>> 7 wt
NRAS 1 mut 1 mut
EGFR 11 mut 3 Same mutation as FFPE2 (Same mutation as FFPE+790 Res. M..)1 T790M R.M. 5 wt
4/2/2016 3252 Spaton, Ave. 15344 Gerakas, Athens – Greece www.genekor.com
Phone: +30 210 6032138, Fax: +30 210 6032148. Email: [email protected]
READ LENGTH up to 300bp OUTPUT 4.5-15GB Paired-End Reads (Reads V3 KIT ) 44-
50 M Sequencing Run 2 × 300bp ~56hrs Requires DNA of good quality
Read length up to 200bp reads 10Gb output 80-90M Reads 2-4hr sequencing run Better results with FFPE tissue extracted
DNA
Il lumina MiSeq Ion Proton-Ion S5xl
Η κατάλληλη Πλατφόρμα για τα αντίστοιχα τεστ
Η οικονομία σαν όρος: -Aποταμίευσης -Mη σπατάλης πόρων/χρημάτων -Μεγιστοποίησης των πληροφοριών -Αλλά και ποιοτικών αλμάτων -Αλλά και ελαχιστοποίηση
διακίνησης πληροφοριών χωρίς κλινική πρόταση/διαχείρηση
«Η οικονομία στις Εφαρμογές NGS»
Προβλεπτικός Μοριακός δείκτης στον καρκίνο
Το γονιδιακό αποτύπωμα στον καρκίνο
Liquid Biopsy:GeneKor's 12 Gene Panel
NRAS, KRAS, HRAS BRAF EGFR CKIT, PDGFRA PIK3CA, RET, HER2, MET, IDH1
Control Genes (Frequent Mutated) APC, PTEN and TP53
• 50 genes
• 4 gene fusions
ALK, RET, ROS1, and NTRK1 fusion transcripts, in addition to targets designed to detect 5' and 3' ALK gene expression
Com.Pl.i.t DX 54 Gene panel
Limited Tissue and many ..many Genes
•FNA•Small Biopsies•Metastatic lesion (Liver, Lung)•Liquid Biopsy
KRAS 25% NONASIAN K- ras 7%EGFR 20% EGFR 35%PTEN 8% B- raf 1%PIK3CA 5% Others 48,30%STK11 5% 3% PER DFCI BUT MAY HAVE LOOKED AT ASIAN SAMPLESPIK3CA "3.6%BRAF 3% BUT ONLY 24 PT SAMPLESALK- EML4 3%ERBB2 2%MET 2% AdenoCA w/ BAC featuresDDR2 2%ROS- 1 2%ALK- TGF 1%ALK- KIF5B 1%PDK1 1%KDR 1%FGFR4 1%TOP1 1%SOX2 1%AKT1 1%FGFR1 1%NRAS 1%Other 25%
KRAS22%
EGFR18%
PTEN7%
PIK3CA4%
STK114%
BRAF3%ALK-EML4
3%
ERBB22%MET
2%
DDR22%
ROS-12%
ALK-TGF1%
ALK-KIF5B1%
PDK11%
KDR1%
FGFR41%
TOP11%
SOX21%
AKT11%
FGFR11%
NRAS1%
Other22%
GeneKor SA
Quality Assurance
Τμήμα επιστημονικής ενημέρωσης
Νικόλαος Τσούλος
Βασιλική Φλώρου
Δημήτρης Λαχανάς
Χρυσάνθη Βιολάκη
Σπύρος Γιαννουλάκης
Σωκράτης Τουγιαννίδης
Εξυπηρέτηση πελατών
Άννα Κοκοτάκη
Μαρινέλλα Λέκα
Ελευθερία Τσακαλάκη
Θανάσης Υφαντής
Laboratory George Nasioulas PhD, CSOAngela Apessos PhD, Group Leader NGSIrene Papadopoulou PhD, Group Leader OncogeneticsJenny Bourkoula PhD, Group Leader Cytogenetics George Tsaousis PhD, Group Leader BioinformaticsAggeliki Tsirigoti MSKonstantinos Agiannitopoulos MSVasiliki Metaxa-Mariatou MSGeorgia Pepe MSChrisa Efstathiadou MS