accoppiamento g-c. accoppiamento a-t la doppia elica b del dna vista parallelamente allasse di fibra
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Accoppiamento G-C
Accoppiamento A-T
La doppia elica B del DNAvista parallelamente all’asse di fibra
La doppia elica B del DNAvista lungo l’asse di fibra
Modello “space-filled”dell’elica B del DNA
Struttura A dell’RNA
GEOMETRIA DELLE STRUTTURE SECONDARIE
DEGLI ACIDI NUCLEICI
il B-DNA richiede la conformazione C2'-endo,
l’A-RNA richiede la conformazione C3'-endo.
Il ribosio non può entrare lella geometria B della doppia elica poiché il gruppo OH in posizione 2 avrebbe delle distanze di van der Waals corte con ben 4 atomi vicini.
Struttura secondaria di un RNA messaggero
L’RNA di trasferimento o solubile
COME SI DIMOSTRA CHE LA DOPPIA ELICA E’FORMATA DA CATENE ANTIPARALLELE
METODO BIOCHIMICO IDEATO DA Arthur Kornberg
Gli acidi nucleici sono sintetizzati a partire dai 5'-trifosfato mediante delle Polimerasi specifiche (es. DNA polimerasi).
Sono stati usati dei precursori marcati con -32P.ppp*A+pppT+pppG+pppCpGp*ApCpTp*Ap*ApCpCp*A
la catena è stata poi tagliata con un enzima idrolitico (es. DNase):Gp*+Ap+Cp+Tp*+Ap*+Ap+Cp+Cp*
Posso misurare la concentrazione delle diverse coppie: XpA.Ripetendo l'esperimento marcando gli altri tre nucleotidi
trifosfato si hanno le percentuali di tutte le 16possibili coppie.Per una geometria antiparallela si deve avere: CpT = ApG e ApC = GpT
Per una geometria antiparallela si deve avere: CpT = GpA e ApC = TpG
L’utilizzo (industriale) degli acidi nucleici risiede nella loro funzione di banca dei geni. Tuttavia si sta iniziando a sfruttare le loro proprietà strutturali per altri scopi. P.es., la caratteristica di
complementarità di catene polinucleotidiche ha permesso di creare nanostrutture a reticolo 2D che possono avere applicazioni in diversi
campi: nanoelettronica, sensori, medicina, nanorobotica.
Hao Yan, Sung Ha Park, Gleb Finkelstein, John H. Reif & Thomas H. LaBean. DNA-templated self-assembly of protein arrays and highly conductive nanowires. Science 2003, 301:1882–1884.
AFM image of self-assembled DNA nanogrid (150 × 150 nm)
Nelle maglie possono essere intrappolatienzimi specifici per promuovere specifici processi