ajacs本郷8 国内外のデータベースを網羅するお仕事
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国内外のデータベースを網羅するお仕事
@wakuteka
2011.3.18 AJACS本郷8
2011年3月18日金曜日
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Self introduction統合データベース講習会
AJACS本郷1
対象:ライフサイエンス分野のデータベースに興味のある方
2008年7月3日(木)10:30ー17:30
定員 : 約24名
ライフサイエンス統合データベースセンター
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
(東京大学工学部12号館4階413、415号室)
申込み :
統合データベース講習会:AJACS 本郷1 お申し込みフォームhttp://motdb.dbcls.jp/?AJACS3
AJACS1@ dbcls. rois. ac. jp
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構
お問い合わせ:
生物系データベースサービスの効果的な利用法に関する講演および講習です。
〒113-0032 文京区弥生 2-11-16 東京大学工学部 12号館 4・5階 電話 : 03-5841-7957
参加費:無料
主催: 文部科学省 統合データベースプロジェクト 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構
* 高木利久(ライフサイエンス統合データベースセンター)「統合データベースプロジェクトとは」 * 岡本忍、 中尾光輝、 藤澤貴智、 中村保一 (かずさDNA研究所) 「ソーシャルゲノムアノテーションと超絶美麗次世代ビューワによるライフサイエンスデータ統合」 * 上原啓史、阿部貴志、池村淑道(長浜バイオ大学)「学部学生による持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築」 * 大久保公策(国立遺伝学研究所) 「科学データは誰のものか?」 * 坊農秀雅(ライフサイエンス統合データベースセンター) 他
( 応募者多数の場合は追加開催の予定)
生命科学系修士1年です
AJACS本郷1(2008.7.3)で初めて参加
http://g86.dbcls.jp/̃wakuteka/
今までやったこと:横断検索, 統合TV, DBカタログ整備
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そもそもデータベースってなに?
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生命科学におけるデータベース
塩基配列
タンパク立体構造
代謝パスウェイ
組織や細胞の画像
文献情報 http://www.everystockphoto.com/photo.php?imageId=339445
10000以上のDBが存在! (DBCLS調べ)2011年3月18日金曜日
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生命科学データベースの問題点
DBが散在していて所在や利用法がわからない!
ばらばらに構築・管理され,検索・解析・応用が困難><
DBやDBのエントリに信頼性の高い注釈がついていない
大型プロジェクトの成果公開が不十分
http://www.everystockphoto.com/photo.php?imageId=4916222
「生命科学系データベース情報の収集とポータルサイト構築(DBCLSポスター)」 より
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どうする?
一箇所にまとめよう
一度に検索できるように
信頼度の高い注釈をつけよう
プロジェクトの成果公開を容易に
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どうする?
一箇所にまとめよう → データベースカタログ
一度に検索できるように → 横断検索
信頼度の高い注釈をつけよう → かずさアノテーション
プロジェクトの成果公開を容易に → togoDB
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今回は...データベースカタログ http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?pg=1
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どんな時に使うの?
自分の専門分野以外のデータベースを探す時
個別にアクセスしなくても稼働を確認できる
※使い方を知りたいときは統合TVへ!
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休止中...
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どうやって追加したの?
自分の知っているサイトで、無いものを個別に追加→論文を読んで、紹介されてたものを登録
NAR Database issueをクロールして、まとめて追加→このときにプログラミングを覚えました
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http://nar.oxfordjournals.org/
NAR
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今年度の成果!
このあたり2011年3月18日金曜日
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これからのDBカタログの話をしよう
用語・項目を整理・統一させたい
たくさん収録されているが、根幹となるようなDBはどれか?
http://www.everystockphoto.com/photo.php?imageId=340281
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http://biocurator.org/biodbcore.shtml
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データベースを記述する17の項目
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DBカタログもメタデータ整備中!
2011年3月18日金曜日
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Acknowledgements
DBCLSスタッフのみなさん
@_shk, @bonohu, @chalkless, @h_ono
統合牧場のなかまたち
2011年3月18日金曜日