corso di laurea specialistica magistrale biotecnologia aula 6a ore 14.00-16.00 corso di genomica...
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corso di laurea specialistica magistrale Biotecnologia
aula 6a ore 14.00-16.00
corso di genomicaa.a. 2009/10
lezione 27-28 martedì 15 Dicembre 2009
lezione tenuta dal prof. Pietro d’Addabbo
Bioinformatica
per la Genetica e la Genomica
Operazioni classichecon differente punto di vista:
1) Ricerca di informazioni nelle banche dati
2) Analisi di dati nuovi ed originali
3) Meta-analisi di dati noti
Bioinformatica per la Genomica
Carrellata di strumentiper la ricerca di informazioni
Entrez
PubMed
OMIM e OMIA
2) Analisi di dati originali
preparazione degli esperimenti
analisi (multiallineamento) dei risultati
Sequence Manipulation Site
Blast2seq
ClustalW
Primer3
Primer3
Sequence Manipulation Suite
ClustalW
Blast2seq
Blast2seq
è sufficiente per confrontare genomi???
Genalyzer
MauveMauve
Meta-analisi
3) Meta-analisi
Analizzare dati disponibiliestraendone nuovi risultati...
con metodi rapidi!!!
BLAST
EMBL, Ensembl, UCSC Genome Browser...
BLAST siete certi di conoscerlo???
BLAST siete certi di conoscerlo???
GenBank: un mito...
siete certi di conoscerlo???è ancora omnicomprensivo?
Nucleotide Sequence Databases
* nr All GenBank + RefSeq Nucleotides + EMBL + DDBJ + PDB sequences
(excluding HTGS0,1,2, EST, GSS, STS, PAT, WGS). No longer "non-redundant". * refseq_rna RNA entries from NCBI's Reference Sequence project * refseq_genomic Genomic entries from NCBI's Reference Sequence project * est Database of GenBank + EMBL + DDBJ sequences from EST Divisions * gss Genome Survey Sequence, includes single-pass genomic data, exon-trapped sequences, and
Alu PCR sequences. * htgs Unfinished High Throughput Genomic Sequences: phases 0, 1 and 2 (finished, are in nr) * pat Nucleotides from the Patent division of GenBank. * pdb Sequences derived from the 3-dimensional structure from Brookhaven Protein Data Bank * month All new or revised GenBank + EMBL + DDBJ + PDB sequences released in the last 30 days. * dbsts Database of GenBank+EMBL+DDBJ sequences from STS Divisions . * chromosome A database with complete genomes and chromosomes from the NCBI Reference Sequence
project. * wgs A database for whole genome shotgun sequence entries. * env_nt Nucleotide sequences from environmental samples.
TRACES Archive
EMBL Genome Browser
Ensembl Genome Browser
Ensembl Genome Browser
1000 Genomes Browser
UCSCGenome Browser
}Sezione grafica (Genome viewer)
Scelta delle annotazioni visualizzate:
mRNA and EST
Expression and Regulation (CpG)
Comparative Genomics (mouse, chimp)
ENCODE (functional DNA)Variation and Repeats
Mapping and Sequencing (gap, STS)
Genes and Gene Prediction (RefSeq)
Posizione sul genoma
STS markers
Geni Genbank
Geni RefSeq
mRNA (Full-length)
Predizione genica
EST umane
Geni di altre specie
Conservazione interspecie
Repeats (Alu, satellite)
Differenti specie, differenti tracks
Comparative genome track
Visualizzazione delle “BAC ends”:
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