itraq isobaric tag for relative and absolute quantitation

iTRAQ

isobaric tag for relative and absolute quantitation

• Methode zur absoluten und relativen Quantifizierung von Proteinen

• Einsatz von isobaren Reagenzien, die an N-Terminus und Lysin-Seitenketten binden

• Erhalt von MS/MS-Spektren, anhand derer quantifiziert werden kann

iTRAQ

Ablauf der Analyse

iTRAQ Reagenzien

iTRAQ-Reaktion

MS/MS

Einsatzbereiche

• Vergleich von gesunden und kranken Zellen

• Vergleich der Proteinexpression in verschiedenen Bakterienstämmen

• absolute Quantifizierung von Proteinen

Absolute Quantifizierung

Beispiel: Nonsense-mediated mRNA decay

• NMD ist der Abbau fehlerhafter mRNA• Vergleich von funktionsfähigen und defekten

Hefezellen

Signale der Reporterionen

Vorteile

• 4 unterschiedliche Proben können in einem Experiment analysiert werden

• jedes Protein mit einer freien Aminofunktion kann gemessen werden

• reproduzierbar

Reproduzierbarkeit

Vorteile

• Tags haben optimale Massen, da diese sonst nicht im Spektrum auftreten

• Peakübelappung wird reduziert

• absolute Quantifizierung einzelner Proteine möglich

Nachteile

• Notwendigkeit der MS/MS-Analyse

• kein quantitatives Labeling

• enzymatische Spaltung erhöht Komplexität der Probe

Literatur

• Philip L. Ross, Multiplexed Protein Quantitation in Saccharomyces cerevisiae Using Amine-reactive Isobaric Tagging Reagents, Molecular & Cellular Proteomics 3.12, 2004, 1154-1169

• Sebastian Wiese, Kai A. Reidegeld, Helmut E. Meyer and BettinaWarscheid, Protein labeling by iTRAQ: A new tool for quantitative mass spectrometry in proteome research, Proteomics 2006, 6, 1-11

• Lottspeich, Fr., Engels J. W., Bioanalytik, 2. Auflage, Elsevier GmbH, München, 2006, S. 1012