la bioquimica en internet; biomoleculas en...

Luis M. Gutiérrez Instituto de Neurociencias

LA BIOQUIMICA EN INTERNET;

BIOMOLECULAS EN 3D .

Luis M. Gutiérrez Instituto de Neurociencias

INTRODUCCION A LA INTERNET Y

BIOQUIMICA

1. The Internet was conceived in 1969, when the US Defense AdvanceResearch Projects Agency developed a computer network (ARPANET)specifically designed to survive foreign attack.

2. Later on, the scientific community adopted ARPANET as a means ofinformation exchange between researches workers separatedgeographically.

3. In 1990 the National Science Foundation Network (NSFNET) replacedARPANET.

4. The WWW was developed jointly in 1990 by the Massachusetts Instituteof Technology computer sciences department and the European

Center for Practice Research as a standard user interface.

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INTRODUCCION A LA INTERNET Y

BIOQUIMICA

El lenguaje desarrollado para la WWW adopta la búsqueda de Hipertextos (Información escrita que reside en un servidor y que

podemos acceder con un click utilizando un protocolo. Las paginasWeb estan escritas en Hypertext Mark-up Language (HTML) y el lugar donde se localizan es el URL (Uniform Resource Locator).

http:\\www.umh.es

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INTRODUCCION A LA INTERNET Y

BIOQUIMICA

El lenguaje desarrollado para la WWW adopta la búsqueda de Hipertextos (Información escrita que reside en un servidor y que

podemos acceder con un click utilizando un protocolo. Las paginasWeb estan escritas en Hypertext Mark-up Language (HTML) y el lugar donde se localizan es el URL (Uniform Resource Locator).

http:\\www.umh.es

protocolo

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INTRODUCCION A LA INTERNET Y

BIOQUIMICA

El lenguaje desarrollado para la WWW adopta la búsqueda de Hipertextos (Información escrita que reside en un servidor y que

podemos acceder con un click utilizando un protocolo. Las paginasWeb estan escritas en Hypertext Mark-up Language (HTML) y el lugar donde se localizan es el URL (Uniform Resource Locator).

http:\\www.umh.es

dirección

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INTRODUCCION A LA INTERNET Y

BIOQUIMICA

a. Direcciones con interés para localizar información sobre cualquier aspecto de la Bioquímica. Páginas generales.

b. Direcciones de bases de datos con relevancia en investigación y docencia en Bioquímica y

Biología Molecular.

c. Direcciones de interés específico en aspectos de investigación.

d. Finalmente se podrán encontrar direcciones cuyo interés principal sea el de la educación en campos biológicos o bioquímicos

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DIRECCIONES DE INFORMACION GENERAL

EN BIOQUIMICA

a. Direcciones con interés para localizar información sobre cualquier aspecto de la Bioquímicay Biología molecular. Éstas serían la base de partida para localizar otras direcciones específicas.Sería el caso de las direcciones URL (Universal Resource Locator): http://www.cellbio.com ohttp://www.ncbi.nlm.nih.gov . Todas ellas organizan la búsqueda de direcciones (links) ensecciones como: Enseñanza de Bioquímica y Biología Molecular, Protocolos experimentales, basesde datos, fuentes de programas, revistas especializadas etc..

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DIRECCIONES DE BASES DE DATOS CON

INTERES EN BIOQUIMICA

b. Direcciones de bases de datos con relevancia en investigación y docencia en Bioquímica yBiología Molecular. Éstas pueden ser de especial utilidad para la utilización de recursos didácticoscomplejos como la representación de biomoléculas en 3-D o la utilización de recursos deinvestigación como la búsqueda o alineamiento de secuencias o de los valores de separación deproteínas en 2D-PAGE. Estas fuentes se especificarán en más detalle con posterioridad. A este tipode direcciones pertenecen por ejemplo la dirección: http://www.rcsb.org/pdb/.

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DIRECCIONES DE INTERES ESPECIFICO

c. Direcciones de interés específico en aspectos de investigación. Sería el caso de direcciones que proveen de protocolos experimentales, o de foros de discusión sobre temas específicos de un campo de investigación o incluso las pertenecientes a revistas especializadas. Ejemplos de este tipo serían las direcciones: http://www.protocol-online.net , o http://bioinformatics.weizmann.ac.il/.

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DIRECCIONES DE INTERES EN EDUCACION

d. Finalmente se podrán encontrar direcciones cuyo interés principal sea el de la educación encampos biológicos o bioquímicos. Un ejemplo de este tipo sería LOS HIPERTÉXTOS DE BIOQUÍMICA.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=books.

http://en.wikibooks.org/wiki/Biochemistry.

http://themedicalbiochemistrypage.org/ (en castellano)

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DIRECCIONES DE BASES DE DATOS Y

REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

1-Si introducimos Biochemistry en GOOGLE (30 millones de entradas).2-Si ponemos Biochemistry and molecule databank (2 millones)

2 bancos principales ; http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do (Norteamericano) http://www.expasy.ch/ (Europeo)

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REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

3 Otros bancos interesantes para estudiantes. http://www.nyu.edu/pages/mathmol/library

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REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

Nosotros nos centraremos en el PDB. http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

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LA REPRESENTACION GRAFICA DE

BIOMOLECULAS .

Raswin.exe

1-ACEPTAN ARCHIVOS .pdb. Se han desarrollado en los últimos 15 años.

2. Parten del programa pionero Rasmol desarrollado por Robert Sayle de la Universidad de Edimburgo (se puede obtener http://www.umass.edu/microbio/rasmol .

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LA REPRESENTACION GRAFICA DE

BIOMOLECULAS .

1-ACEPTAN ARCHIVOS .pdb. Se han desarrollado en los últimos 15 años.

2. Parten del programa pionero Rasmol desarrollado por Robert Sayle de la Universidad de Edimburgo (se puede obtener http://www.umass.edu/microbio/rasmol .

3. Programas gemelos Protein Explorer o Chemscape Chime (http://www.mdli.com), este último desarrollado para ser incorporado en navegadores Internet (Netscape y Explorer).

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LA REPRESENTACION GRAFICA DE

BIOMOLECULAS .

1-ACEPTAN ARCHIVOS .pdb. Se han desarrollado en los últimos 15 años.

2. Parten del programa pionero Rasmol desarrollado por Robert Sayle de la Universidad de Edimburgo (se puede obtener http://www.umass.edu/microbio/rasmol .

3. Programas gemelos Protein Explorer o Chemscape Chime (http://www.mdli.com), este último desarrollado para ser incorporado en navegadores Internet (Netscape y Explorer).

4. Programa SwissPDB Viewer desarrollado por Nicolas Guex de la empresa Glaxo-Wellcome (http://www.expasy.ch/spdbv/mainpage.htm ) para PC y Apple Mackintosh.

5. Hoy en día se utilizan versiones integradas derivadas de Rasmol como Jmol, estas están integradas en el navegador y presentan de forma más intuitiva todas las capacidades de los programas originales

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SwissPDB Viewer Y CALIDAD DE

REPRESENTACION GRAFICA

SELECCIÓN DEL CONTROL PANEL EN WIND MENUY LUEGO SAVE POV SCENE

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SwissPDB Viewer Y CALIDAD DE

REPRESENTACION GRAFICA EN POV RAY

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SwissPDB Viewer Y CALIDAD DE

REPRESENTACION GRAFICA EN POV RAY

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SwissPDB Viewer Y CALIDAD DE

REPRESENTACION GRAFICA EN POV RAY

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DIRECCIONES DE BASES DE DATOS Y

REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

Nosotros nos centraremos en el PDB. http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

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REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

El ejemplo estructural que estudiaremos es el de las proteínasMioglobina-hemoglobina

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REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

El ejemplo estructural que estudiaremos es el de las proteínasMioglobina-hemoglobina (1MNO y 1HHO)

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REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

El estudio de la Hemoglobina humana

http://www.umass.edu/molvis/tutorials/hemoglobin/heme.htm

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REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

Buscar una proteína con diversidad de estructura secundaria y especialmente hoja beta.

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REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

La proteína mas grande y sus mediciones

Un ejemplo la 1EAB El nucleo de la piruvatodeshidrogenasa.

150x150x150 Amstrons10-10 m

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REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

La proteína mas pequeña y sus mediciones

Un ejemplo la 3MGW Lisozima

42x30x21 Amstrons10-10 m

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REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

El ADN, distancias;

Importar moléculacon ratón dcha,archivo, abrir desde PDB

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REPRESENTACIONES DE BIOMOLECULAS.

Otros ejemplos;

Azucares, ácidos grasos,fármacos, etc.