molekularne bioznanosti - rektorat.unios.hrrektorat.unios.hr/molekularna/upload/2016_mobihr.pdf ·...
Post on 09-Sep-2019
20 Views
Preview:
TRANSCRIPT
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Sveučilište u Dubrovniku
Institut Ruđer Bošković Zagreb
Poslijediplomski interdisciplinarni sveučilišni
doktorski studij
Molekularne bioznanosti
Studijski program
Osijek, 2007.
Izmjene i dopune 2012.
Izmjene i dopune 2016.
2
1. UVOD
1.1. Razlozi za pokretanje studija
1.1.1. Procjena svrhovitosti - potrebe tržišta rada
1.1.2. Povezanost studija sa suvremenim znanstvenim spoznajama - utemeljenost na
kompetitivnim znanstvenim istraživanjima
1.1.3. Uspostavljanje suradnih istraživanja
1.1.4. Usporedivost studija s programima inozemnih visokih učilišta posebice
zemljama Europske unije
1.1.5. Potencijalni partneri izvan visokoškolskog sustava
1.2. Dosadašnja iskustva predlagača u provođenju poslijediplomskih
doktorskih studija i drugih poslijediplomskih studija
1.3. Otvorenost studija prema pokretljivosti studenata
1.4. Mogućnost uključivanja studija ili njegovog dijela u zajednički
(združeni) program s inozemnim sveučilištima (joint study programme)
1.5. Ostali elementi i potrebni podatci, prema mišljenju predlagača
2. OPĆI DIO
2.1. Naziv studija
2.2. Nositelj studija i suradne ustanove
2.3. Institucijska strategija razvoja doktorskih programa
2.4. Inovativnost doktorskog programa
2.5. Uvjeti upisa na studij
2.6. Kriteriji i postupci odabira polaznika
2.7. Kompetencije koje student stječe završetkom studija, mogućnosti nastavka
znanstveno-istraživačkog rada, mogućnost usavršavanja, te mogućnosti
zapošljavanja u privatnom i javnom sektoru
3
3. OPIS PROGRAMA
3.1. Struktura i organizacija doktorskog programa
3.2. Popis obveznih i izbornih predmeta i/ili modula s brojem sati aktivne
nastave potrebnih za njihovu izvedbu i brojem ECTS -bodova
3.3. Opis svakog predmeta
3.4. Ritam studiranja i obveze studenata
3.5. Sustav savjetovanja i vođenja kroz studij, način odabira studenta, obaveze
studijskih savjetnika i voditelja doktorskih radova te doktorskih kandidata
3.6. Popis predmeta i/ili modula koje studenti mogu izabrati s drugih
poslijediplomskih doktorskih i specijalističkih studijskih programa
3.7. Popis predmeta i/ili modula koji se mogu izvoditi na stranom jeziku (uz
navođenje jezika)
3.8. Kriteriji i uvjeti prijenosa ECTS-bodova - pripisivanje bodovne vrijednosti
predmetima koje studenti mogu izabrati s drugih studija na sveučilištu-
predlagaču ili drugim sveučilištima
3.9. Način završetka studija i uvjeti za prijavu teme doktorskog rada
3.10. Uvjeti pod kojima studenti koji su prekinuli studij ili su izgubili pravo
studiranja na jednom studijskom programu mogu nastaviti studij
3.11. Uvjeti pod kojima polaznik stječe pravo na potvrdu (certifikat) o
apsolviranom dijelu doktorskog studijskog programa, kao dijelu cjeloživotnog
obrazovanja
3.12. Uvjeti i način stjecanje doktorata znanosti upisom doktorskog studija i
izradom doktorskog rada bez pohađanja nastave i polaganja ispita
3.13. Maksimalna duljina razdoblja od početka do završetka studiranja
4
4. UVJETI IZVOĐENJA STUDIJA
4. 1. Mjesta izvođenja studija
4. 2. Podaci o prostoru i oprema predviđena za izvođenje studija
4.3. Popis znanstvenih i razvojnih projekata na kojima se temelji program
4.4. Institucijsko rukovođenje doktorskim programom
4.5. Ugovorni odnosi između studenata i nositelja doktorskog studija
4.6. Imena nastavnika i suradnika koji će sudjelovati u izvođenju svakog
predmeta pri pokretanju studija. Podaci o svakom angažiranom nastavniku, i to:
4.7. Popis nastavnih radilišta (nastavnih baza) za provođenje studija (nastave i
istraživačkog rada)
4.8. Optimalan broj studenata koji se mogu upisati s obzirom na prostor opremu
i broj nastavnika, posebno obzirom na broj potencijalnih voditelja doktorskih
tema
4.9. Procjena troškova izvedbe doktorskog programa i trošak studija po
studentu
4.10. Financiranje doktorskog programa
4. 11. Kvaliteta doktorskog programa
5. NAPOMENE
5
1. UVOD
Visoko obrazovanje i znanost nedvojbeno su okosnica razvoja suvremenog društva i
bitne sastavnice kvalitete ljudskog kapitala koje presudno uvjetuju gospodarski
razvoj. Kako je svrha bolonjskog procesa uspostavljanje jedinstvenog europskog
obrazovnog prostora koji će studentima osigurati pokretljivost i omogućiti razvoj
društva temeljenog na znanju, pokretanje poslijediplomskog studija organiziranog
sukladno pozitivnim europskim iskustvima, a prilagođenog potrebnom razvoju našeg
društva i implementaciji suvremenih spoznaja, predloženi Sveučilišni
poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij Molekularne bioznanosti jedan je
od preduvjeta daljnjeg razvoja suvremene znanosti na Sveučilištu Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku, a time i u Slavonsko-Baranjskoj regiji, ali i u državi
Hrvatskoj kao i u prostorima koji nas okružuju. Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera
u Osijeku provodi organizacijski preustroj, koji obuhvaća strukturu sličnu europskim
sveučilištima, uz reformu studijskih programa u skladu s Bolonjskim procesom i
procesom stvaranja jedinstvenog europskog sustava visoke naobrazbe.
Osnovni ciljevi Bolonjskog procesa zasnivanju se na:
harmonizaciji europskog prostora visokog obrazovanja,
razvitku sustava visokog obrazovanja u tri ciklusa - preddiplomski, diplomski i
poslijediplomski studij,
razvitku sustava prepoznatljivih diploma,
razvitku sustava prenošenja bodova (ECTS),
razvitku i promicanju mobilnosti studenata, nastavnika, znanstvenika i
administrativnog osoblja,
poticanju europske mreže međusveučilišne suradnje na svim razinama
obrazovanja,
poticanju izvrsnosti kao jamstvu kakvoće visokog obrazovanja .
Savladavanje metoda otkrivanja znanja jedan je od preduvjeta za ostvarivanje
modernog društva. Korištenje metoda molekularne biologije i medicine uz primjenu
bioinformatike potpomognuti dobrim projektnim menadžmentom u znanosti osigurati
će potreban napredak i akumulaciju znanja u molekularnoj biologiji, biologiji biljaka,
biologiji mora i biomedicini. Znanost o materijalima i nove tehnologije, proučavanje
sveprisutnog oksidacijskog stresa i biomedicina omogućiti će definiranje uvjeta koji
osiguravaju održivi razvitak, pravilno korištenje obnovljivih resursa, raznolikost
biljnog i životinjskog svijeta kao i napredak u prevenciji bolesti. Organiziranje
poslijediplomskoga sveučilišnog interdisciplinarnog doktorskog studija Molekularne
bioznanosti rezultirati će produkcijom znanstvenog kadra koji je osposobljen za
rješavanje zahtjevnih znanstvenih i stručnih zadataka, koji će imati potencijal za
unapređenje sveučilišne zajednice i biti konkurentan na globalnom tržištu znanosti što
se mora ogledati u plasiranju znanstvenih rezultata u prestižnim svjetskim časopisima
čime rezultati rada naše znanstvene zajednice postaju dostupni i poznati u svijetu.
Trajanje studija: Poslijediplomski interdisciplinarni sveučilišni studij za stjecanje
akademskog stupnja doktora znanosti traje šest semestra (tri godine). Tijekom dva
semestra izvodi se nastava, a preostala četiri semestra predviđena su za izradu
doktorskog rada, te izvannastavne aktivnosti.
6
1.1. Razlozi za pokretanje studija
Studijski program Poslijediplomskog studija usmjeren je na tri interesna područja:
biotehničke, biomedicinske i prirodne znanosti. Povezanost tih interesa ogleda se u
biološkim spoznajama esencijalnim za održavanje i unapređenje života. Cilj je
poslijediplomskog studija obrazovati znanstvenike koji će moći sudjelovati u
interdisciplinarnim timovima što je imperativ za dobar razvoj znanosti i gospodarstva
temeljenog na znanju. Brzi napredak hrvatskog gospodarstva moguć je samo uz
mudra ulaganja u interdisciplinarne znanstvene i tehničke projekte koji će osigurati
stabilnu platformu za kontinuiran, u svjetskim razmjerima prepoznatljiv, razvoj
znanosti. Molekularne bioznanosti nesporno čine bitnu sastavnicu svjetske znanosti.
U okviru hrvatske akademske zajednice do sada nije postojao ovako koncipiran,
interdisciplinaran i interinstitucionalan studij, naglašenom tendencijom
internacionalizacije. Gledajući regionalno, potreba za osnivanje ovakvog studija još je
veća.
1.1.1. Procjena svrhovitosti - potrebe tržišta rada
Pristupnici koji završe ovaj studij steći će znanja potrebna za obavljanje složenih
znanstvenih i stručnih zadataka u biologiji, biomedicini i biotehnologiji, te će biti
osposobljeni za rad na:
- znanstveno-istraživačkim i razvojnim projektima (zaposlenje na fakultetima,
znanstvenim institutima, bolničkim istraživačkim laboratorijima i drugim javnim
ustanovama);
- kontroli kakvoće okoliša i inspekcijskim poslovima (zaposlenje u kontrolnim
laboratorijima, te uredima i poglavarstvima gradova i županija);
- razvoju i planiranju ekološke poljoprivrede, te proizvodnji i preradi hrane na
ekološki prihvatljiv način (zaposlenje u različitim proizvodnim poduzećima);
- kontroli i proizvodnji farmaceutskih produkata (zaposlenje u različitim tvrtkama);
- kontroli zdravlja i prevenciji bolesti ljudi (zaposlenje u različitim zdravstvenim
ustanovama)
Slični studiji su organizirani diljem Europe i svijeta, pogotovo u SAD, ali u našoj
zemlji takav studij ne postoji, premda postoji ili je u pripremi nekoliko sukladnih
studijskih programa s kojima ćemo rado surađivati. Predvidiva je mogućnost
pohađanja pojedinih predmeta za studente drugih studija u okviru studija
Molekularnih bioznanosti, kao i mogućnost da studenti ovog studija pohađaju nastavu
pojedinih kolegija u okviru drugih, komplementarnih studijskih programa kao što je
studij Biomedicine i zdravstva Medicinskog fakulteta u Osijeku i Medicinskog
fakulteta u Zagrebu, studij Biologija novotvorina ili odgovarajući poslijediplomski
studiji Prirodoslovno matematičkih i Prehrambeno biotehnoloških fakulteta.
Izvjesno je da će daljnji razvoj Republike Hrvatske kao društva temeljenog na znaju
biti usmjeren prema suvremenim oblicima korištenja prirodnih resursa za potrebe
proizvodnje zdrave i kvalitetne hrane, uz očuvanje okoliša, te razvoj turizma i
uslužnih djelatnosti. Kako ne bismo bili zemlja ovisna o znanju drugih, ovim studijem
želimo iskoristiti naše prednosti i izvorne znanstvene i tehnološke spoznaje u
područjima znanosti o moru i okolišu, biologiji bilja i biomedicini zahvaljujući kojima
smo poznati u zemlji svijetu. Funkcionalnim integriranjem područja istraživanja
uglednih znanstvenika iz zemlje i inozemstva u interdisciplinarni i interinstitucionalni
7
studij želimo stvoriti temelje za razvoj karijere u temeljnim i primijenjenim
istraživanjima mladih stručnjaka interdisciplinarne orijentacije kako za potrebe
znanosti tako i za potrebe različitih poduzeća. Stoga cilj nije samo povećati interes
mladih ljudi za izradom doktorata, već i stvaranje doktora znanosti čije će znanje
doprinositi trajnom razvoju društva u cjelini, pa će broj studenata polaznika studija
Molekularne bioznanosti biti ograničen na maksimalno 30 studenata, koji će osim
prestižnog životopisa, pri upisu trebati imati definirano područje istraživanja za
potrebe disertacije. Područja istraživanja će biti obznanjena na portalu studija prije
upisa, a temeljiti će se na istraživanjima nastavnika, potencijalnih mentora. Odabir
tema za pojedinog studenta će biti proveden tijekom radnog skupa koji će organizirati
Sveučilište u Dubrovniku pod radnim nazivom “burze mentora”.
1.1.2. Povezanost studija sa suvremenim znanstvenim spoznajama - utemeljenost na
kompetitivnim znanstvenim istraživanjima
Slijedom potrebe povezanosti izobrazbe za znanstvenoistraživački rad s radom na
znanstvenoistraživačkim projektima, te slijedom preporuka i smjernica EUA
(European University Association), Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa
(MZOŠ) i Smjernica za organizaciju doktorskih studijskih programa Rektorskog
zbora, prijedlog studijskog programa poslijediplomskog doktorskog studija
Molekularne bioznanosti, organizacijski i izvedbeno je temeljen na znanstvenim
istraživanjima koja se odvijaju na Sveučilištima u Osijeku i u Dubrovniku, te na
Institutu Ruđer Bošković.
Jezgru mentora studija potencijalnim studentima predloženog doktorskog studija čine
istraživači znanstveno-istraživačkih projekata koje financira MZOŠ. Glavni
istraživači na spomenutim znanstveno-istraživačkim projektima angažirani su u
predloženom studiju, kao voditelji ili suradnici u predmetima i praktikumima, te kao
savjetnici studija i potencijalni mentori doktorata.
Većina glavnih istraživača na znanstvenoistraživačkim projektima aktivno je
uključena i u različite oblike međunarodnih suradnji temeljem kojih su za potrebe
studija angažirani i ugledni strani znanstvenici, pretežito iz zemalja Europske Unije.
Projekti MZOŠa započeti 2002. godine koje su provodili znanstvenici suradnih
ustanova visoko su pozicionirani u Hrvatskoj znanstvenoj bibliografiji, a isto vrijedi i
za znanstvenike koji su sudjelovali u realizaciji ovih projekata i koji prijavljuju
kolegije u okviru studija Molekularnih bioznanosti.
Na kraju, treba istaći da su u istom periodu nastavnici i suradnici u predloženom
doktorskom studiju publicirali i značajan broj znanstvenoistraživačkih radova nevezan
uz tekuće znanstvene projekte koje financira MZOŠ RH.
1.1.3 Uspostavljanje suradnih istraživanja
Sveučilište u Osijeku, Sveučilište u Dubrovniku i Institut Ruđer Bošković surađuju sa
svim znanstveno-istraživačkim ustanovama u zemlji, kao i s više od stotinu srodnih
visokoškolskih i znanstvenih ustanova u inozemstvu. Između Sveučilišta u Osijeku i
Instituta Ruđer Bošković sklopljen je sporazum o znanstveno-nastavnoj suradnji
2000. godine (u privitku), a takav je sporazum Institut Ruđer Bošković sklopio i sa
Sveučilištem u Dubrovniku 2004. godine. Time je sudjelovanje najvažnijeg hrvatskog
8
javnog znanstvenog instituta, koji je dominantna istraživačka ustanova u području
molekularnih bioznanosti u našoj zemlji, u skladu sa zaključcima 28. sjednice
Nacionalnog vijeća za visoko obrazovanje.
Značajna je i suradnja Sveučilišta u Osijeku i u Dubrovniku, te Instituta Ruđer
Bošković s pojedinim ministarstvima i drugim državnim institucijama, te s
međunarodnim agencijama u davanju stručnih mišljenja i ekspertiza. Županija i grad
Osijek, te mnoge druge ustanove različitog tipa i na različitim razinama, česti su
partneri osječkog sveučilišta u provođenju brojnih aktivnosti (kongresi, tribine,
simpoziji, projekti, edukacijski programi).
Značajna je i suradnja s prehrambenom i farmaceutskom industrijom u tehnološkim i
primijenjenim, te ugovornim i razvojnim istraživanjima. Veliki je i potencijal za
stručnu i znanstvenoistraživačku suradnju s nacionalnom Agencijom za kontrolu
hrane u Osijeku, koja je u osnivanju (genetski modificirani organizmi, toksini, aditivi,
lijekovi i njihovi metaboliti u ljudskoj prehrani, utjecaj na ljudsko zdravlje).
Osim formalno potpisanih sporazuma o suradnji između suradnih ustanova koje
prijavljuju studij Molekularne bioznanosti, postoji i znanstveno-nastavna suradnja
među znanstvenicima naših institucija. Izvjesno je, međutim, da će znanstveno-
istraživačka suradnja biti znatno intenzivnija kad započne doktorski studij
Molekularne bioznanosti zbog potrebe izrade interdisciplinarnih doktorskih
disertacija, pri čemu su znatne i mogućnosti internacionalnih suradnji za pojedina
istraživanja, temeljem postojećih suradnji znanstvenika Sveučilišta u Osijeku i u
Dubrovniku, te Instituta Ruđer Bošković. U kreiranju suradnih istraživanja će svakako
dominirati Institut Ruđer Bošković čiji su znanstvenici autori više od četvrtine
međunarodno prepoznatih publikacija hrvatskih znanstvenika. Budući da misija
Instituta Ruđer Bošković podrazumijeva da je Institut posvećen istraživanju, visokom
obrazovanju i podršci akademskoj zajednici, tijelima državne i lokalne uprave, te
industriji koja se temelji na tehnologiji, studij Molekularne bioznanosti bitno
doprinosi ispunjenju misije Instituta u zajednici čime će znatno osnažiti i razvoj
cjelokupne znanosti i visokog školstva u zemlji, a time i njeno uključivanje u
europske integracije. Pri tome je važan i iskazani interes za znanstveno-tehnološki
razvoj na znanju temeljenog društva od strane institucija i poduzeća u područjima
istočne i jugoistočne Hrvatske, čija su središta Osijek i Dubrovnik, u definiranju
konkretnih istraživanja za potrebe ne samo izrade pojedinih doktorata, već i za vlastiti
razvoj.
1.1.4. Usporedivost studija s programima inozemnih visokih učilišta posebice
zemljama Europske unije
Poslijediplomski sveučilišni studij Molekularnih bioznanosti odgovara svojim
programom specifičnim znanstvenim interesima istraživača u Republici Hrvatskoj i
suvremenim pravcima razvoja naše zemlje. Stoga i jest osmišljen kao
interdisciplinaran i interinstitucionalan studij u kojem važan doprinos daju u
stručnjaci iz inozemstva. Slični studiji programski osmišljeni za potrebe drugih
sredina postoje diljem svijeta.
U našoj neposrednoj blizini, u Grazu, provodi se poslijediplomski doktorski studij
molekularne enzimologije http://dk.uni-graz.at/introduction.html. Pojedini kolege iz
Austrije koji su osmislili ovaj studij ujedno su i naši suradnici (npr. prof. S. Kohlwein
i prof. R. Zuchner), te smo načelno dogovorili daljnju intenzivnu suradnju i u okviru
9
istraživanja koja će biti dostupna studentima Molekularnih bioznanosti. Posebnost
ovog studija je da studij financijski podupire Austrijska fondacija za znanstvena
istraživanja (Austrian Science Foundation FWF ), ali i Tehničko Sveučilište i Karl-
Franz Sveučilište, te grad Graz i Gospodarska komora pokrajine Štajerske, čime je
omogućeno stipendiranje studenata i upis studija od strane studenata izvan Austrije.
U Velikoj Britaniji postoji nekoliko sveučilišta koja organiziraju poslijediplomske
studije iz molekularnih bioznanosti. Studij koji organizira Sveučilište Westminster u
Londonu http://www.wmin.ac.uk/biosciences/page-0 je osmišljen kao prestižan studij
koji upisuje malen broj studenata (trenutno studira manje od 40 studenata), ali koji su
tijekom studija angažirani kao istraživači na projektima mentora bilo puno radno
vrijeme ili pola radnog vremena. Budući da će naš studij pretežito pohađati znanstveni
novaci izvjesno je da ćemo imati podudarnost u načinu organiziranja znanstvenih
istraživanja za potrebe izrade doktorata i s ovim studijem. Treba napomenuti da će
naši studenti biti i mladi stručnjaci koji nisu znanstveni novaci MZOSa, ali su
uposleni u ustanovama i poduzećima kojima treba visoko obrazovani kadar
interdisciplinarnog znanja iz područja bioznanosti. Na taj ćemo način uskladiti studij s
potrebama našeg društva i interesima pojedinaca za školovanjem i znanstvenim
usavršavanjem iz područja rada tvrtki u kojima su uposleni, ali i osobnim interesima,
blisko načinu na koji to rade u Londonu.
Sličan studij organizira i Institut za stanične i molekularne bioznanosti u Newcastleu
http://www.ncl.ac.uk/camb. Ovaj mladi institut je utemeljen 2004. godine
funkcionalnim udruživanjem znanstvenika različitih odjela sveučilišta s ciljem
promicanja izvrsnosti putem interdisciplinarnih istraživanja u području bioznanosti.
Školarina je u skladu s time relativno visoka, a studentima se nudi niz mogućnosti za
dobivanje stipendija, uključujući i rad na projektima pojedinih nastavnika. U te svrhe
studij podupire niz zaklada kako na nacionalnoj, tako i na internacionalnoj razini.
Slični studiji su organizirani diljem Europe i svijeta, pogotovo u SAD, ali u našoj
zemlji takav studij ne postoji, premda postoji ili je u pripremi nekoliko sukladnih
studijskih programa s kojima ćemo rado surađivati.
1.1.5. Potencijalni partneri izvan visokoškolskog sustava
Osim samog Instituta Ruđer Bošković koji je sunositelj studija Molekularne
bioznanosti, partneri u realizaciji studija Molekularne bioznanosti su i tijela uprave i
poduzeća istočne i jugoistočne Hrvatske, čija su središta Osijek i Dubrovnik. To
uključuje Poljoprivredni institut Osijek, Zavod za unapređivanje sigurnosti d.d.,
Obrtničku komoru Dubrovnik i Gospodarsku komoru Dubrovačko-neretvanske
županije, koji će podupirati studij Molekularne bioznanosti sukladno svojim
interesima i mogućnostima putem promidžbe, financijske i organizacijske potpore, ali
i u definiranju pojedinih istraživanja od zajedničkog interesa. Osim toga, uspješne
suradnje Instituta Ruđer Bošković i drugih javnih instituta i istraživačkih institucija u
zemlji i inozemstvu (npr. Brodarski institut, CERN i sl.), te pojedinih poduzeća
(Pliva, Podravka, Herbos, Končar i sl.) i do sada su promicale istraživanja u
područjima molekularnih bioznanosti, a izvjesno je da će biti od znatnog utjecaja i u
stvaranju mreže suradnika za potrebe studija.
10
1.2. Dosadašnja iskustva predlagača u provođenju poslijediplomskih studija
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u prethodnom razdoblju ustrojavalo je niz
poslijediplomskih magistarskih studija, te podjeljivalo doktorate iz područja
biomedicinskih, biotehničkih, tehničkih, društvenih i humanističkih znanosti. Od
2002. godine zajedno s Institutom Ruđer Bošković Sveučilište organizira
poslijediplomski studij Zaštita prirode i okoliša. Ovdje predložen Sveučilišni
poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij Molekularne bioznanosti uz
Sveučilišni poslijediplomski doktorski studij Biomedicina i zdravstvo predstavlja
nastavak prethodno ustrojenog poslijediplomskog studija Biomedicina i zdravstvo.
Sveučilište u Dubrovniku osnovano je 1. prosinca 2003. odlukom Sabora Republike
Hrvatske. Prve studente na preddiplomske studije upisalo je u akademskoj
2004./2005. godini, pa je tako prvo u visokoobrazovni sustav Republike Hrvatske
primijenilo kriterije Bolonjskog procesa. Budući da sastavnice Sveučilišta nisu prije
njegova osnivanja izvodile poslijediplomske doktorske studije, to ni Sveučilište do
danas nije izvodilo takve studije. Zbog toga je Sveučilište sunositelj poslijediplomskih
doktorskih studija: Povijest stanovništva, Pomorstvo, Europske integracije, Poslovna
ekonomija u turizmu i Biologija novotvorina. U akademskoj 2005./20056 godini na
Sveučilištu ukupno studira 2700 studenata, a nastavnu, stručnu i znanstvenu djelatnost
obavlja 180 nastavnika.
Institut Ruđer Bošković je prva ustanova u kojoj su na područjima bivše države
započeli poslijediplomski studiji (1957.) godine, stoga ne začuđuje da je, usprkos
neprimjerenom položaju Instituta u sustavu visokog obrazovanja u zemlji, nastavna
aktivnost znanstvenika Instituta Ruđer Bošković izuzetno velika. Institut u kojem je
uposleno više od 500 istraživača, među kojima je 284 znanstvenika u višem zvanju iz
svih područja prirodnih i informatičkih znanosti, trenutno školuje 212 doktoranata,
znanstvenih novaka i 28 post-doktoranata u suradnji sa svim nacionalnim
visokoškolskim ustanovama i s nizom znanstvenih institucija u inozemstvu.
Znanstvenici Instituta provode 63 kolegija prediplomskih i diplomskih studija i 198
kolegija poslijediplomske nastave. Znanstvenici Instituta Ruđer Bošković su voditelji
šest smjerova poslijediplomskih studija, a od ove akademske godine Institut je
sunositelj prvog specijalističkog studija Projektni mendžment koji se uspješno
ostvaruje u suradnji s Visokom školom za poslovanje i upravljanje Baltazar Adam
Krčelić u Zaprešiću. Premda se u Institutu Ruđer Bošković svakog tjedna, u prosjeku,
dovrši jedan diplomski rad i jedan magistarski rad ili doktorska disertacija iz područja
izvrsnih istraživanja u prirodnim znanostima u kojima bitnu ulogu imaju molekularne
bioznanosti, mogućnosti izrade doktorata pod voditeljstvom znanstvenika su i znatno
veće, budući da gotovo 300 znanstvenika udovoljava uvjetima koje moraju
ispunjavati mentori. Velik broj ovih znanstvenika će sudjelovati u ostvarenju studija
Molekularne bioznanosti za koji su prijavili izvorne kolegije kakvi do sada ne postoje
niti na jednom sveučilištu u zemlji.
1.3. Otvorenost studija prema pokretljivosti studenata
Poslijediplomski interdisciplinarni sveučilišni doktorski studij Molekularne
bioznanosti organiziran je tako da osigurava maksimalnu pokretljivost studenata.
Usklađenost pridjeljivanja ECTS osigurava jednostavan prijelaz studenata iz s bilo
kojeg sličnog i na bilo koji sličan poslijediplomski studij. Veliki broj ECTS-a koje se
11
dobiva temeljem izvannastavnih aktivnosti i izdre znanstvenog rada pridonose
mobilnosti. Međunarodna pokretljivost studenata i nastavnika treba se temeljiti na
bilateralnim, partnerskim sporazumima sveučilišta. Na taj način sukladno preporuci
Nacionalnog vijeća za visoko obrazovanje studentima omogućava da provedu jedan
semestar u znanstvenoistraživačkom radu na inozemnom sveučilištu ili znanstvenoj
ustanovi.
1.4. Mogućnost uključivanja studija ili njegovog dijela u zajednički
(združeni) program s inozemnim sveučilištima (joint study programme)
Združeni studijski programi (joint studies) omogućuju studentima stjecanje
akademskog iskustva u inozemstvu, a visoko-obrazovnim institucijama priliku za
uspostavljanjem i proširenjem međunarodne suradnje. Temeljni ciljevi programa su
sljedeći: razvoj združenih studija (joint studies) u prioritetnim strateškim područjima;
poticanje studenata i profesora na stjecanje akademskog, profesionalnog i kulturnog
iskustva u inozemstvu; ubrzavanje izgradnje nacionalnog sustava za priznavanje
diploma i kvalifikacija; potiču suradnju među sveučilištima, posebice hrvatskih
sveučilišta sa sveučilištima državama Europske unije, na razvijanju studijskih
programa, znanstvenih istraživanja i razvitku ljudskih resursa; podizanje kvalitetu
studijskih programa proširenjem kompetencija i resursa kroz suradnju hrvatskih
visoko-obrazovnih institucija s institucijama u inozemstvu; razvijanje novih studijskih
programa sukladno potrebama i zahtjevima razvoja tehnologije i tržišta rada; razvijaju
institucijske mehanizme za osiguranje kvalitete. S obzirom na interdisciplinarni
karakter poslijediplomskog doktorskog studija Molekularne bioznanosti koji
omogućava kroz veliki broj ponuđenih općih i strukovnih izbornih predmeta i
mogućnost održavanja nastave svih kolegija i na engleskom jeziku izvjesno je da će
pojedini kolegiji i uz njih vezana istraživanja biti privlačni i studentima drugih
poslijediplomskih i specijalističkih studija iz zemlje i iz inozemstva.
U području molekularnih bioznanosti Institut Ruđer Bošković će od ove godine biti
ko-ordinator jednog od najvećih COST projekata u kojem su integrirane znanstveno-
istraživačke aktivnosti znanstvenika iz 20 zemalja koji proučavaju molekularne
aspekte lipidne peroksidacije, integrirajući istraživanja iz biofizike, biokemije,
biologije, biomedicine i biotehnologije. To je jedini COST projekt koji ko-ordinira
Hrvatska i kojim će biti dodatno olakšano mladim znanstvenicima uključivanje u
suvremena europska istraživanja. Činjenica da je preliminarno ispitivanje 55
doktoranata koji rade u suradnim laboratorijima ovog COST projekta pokazalo da je
Institut Ruđer Bošković jedno od najprivlačnijih odredišta u kojima bi mladi
istraživački htjeli izraditi dio svoje disertacije (pozicioniran na 3. mjestu po
atraktivnosti od 28 suradnih institucija iz 20 zemalja) ukazuje na moguću
međunarodnu perspektivu studija Molekularne bioznanosti. Izvjesno je da će i druge
suradnje i Instituta Ruđer bošković i Sveučilišta u Osijeku, odnosno u Dubrovniku biti
bitni čimbenici međunarodne afirmacije studija uz mogućnost izrade zajedničkih
doktorskih disertacija, kao što je planirano i u okviru ranije navedenog COST
projekta. O tome su započeli razgovori s kolegama iz Salzburga, Graza i Pečuha, a
izvjesno je da će u tome temeljnu ulogu imati naši suradni znanstvenici iz inozemstva
koji su nastavnici u pojedinim kolegijima studija Molekularne bioznanosti.
12
2. OPĆI DIO
2.1. Naziv studija
Poslijediplomski interdisciplinarni sveučilišni doktorski studij Molekularne
bioznanosti, funkcionalno integrira: područje biotehničkih znanosti - polje
biotehnologija i polje poljoprivreda, područje biomedicine i zdravstva - polje temeljne
medicinske znanosti, područje prirodnih znanosti - polje biologija, polje fizika i polje
kemija, te područje tehničkih znanosti - polje računarstvo.
2.2. Nositelj studija i suradne ustanove
Nositelj: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Trg Sv. Trojstva 3
31 000 Osijek
Suradne ustanove: Institut "Ruđer Bošković"
Bijenička 54, P. P. 180
10 000 Zagreb
Sveučilište u Dubrovniku
Ćira Carića 4
20 000 Dubrovnik
2.3. Institucijska strategija razvoja doktorskih programa
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku s tradicijom od trideset godina još
uvijek pripada u grupu mladih sveučilišta koja se kontinuirano razvijaju. Znanstvenu i
nastavnu djelatnost obavlja 515 sveučilišnih nastavnika (349 doktora znanosti).
Godišnje se upisuje oko 3000 studenata, a od osnivanja sveučilišta diplomiralo je 26
665 studenata.
Svako sveučilište, pa tako i ovo stremi razvoju znanstvene i nastavne djelatnosti u
svim znanstvenim područjima. Sveučilište Josipa Jurja Strossmeyera do sada je
uspješno promoviralo doktorate iz biomedicinskih, biotehničkih, tehničkih, društvenih
i humanističkih znanosti. Prirodan je put razvoj područja prirodnih znanosti što se
ogleda i u osnivanju poslijediplomskog doktorskog studija Molekularne bioznanosti.
U posljednjem nizu godina Sveučilište je svoju intenciju razvoja biotehničkih,
prirodnih i biomedicinskih znanosti pokazalo kroz velike investicije u prostor
(adaptacija vojarne za smještaj Odjela biologije, Odjela matematike i Odjela fizike,
adaptacija prostora Prehrambeno-tehnološkog fakulteta, izgradnja Medicinskog
fakulteta i izgradnja Poljoprivrednog fakulteta). Do sada izgrađeni ili adaptirani
prostori opremljeni su suvremenim laboratorijskim namještajem, a opremanje
suvremenom laboratorijskom opremom kontinuirano napreduje. U sferi studijskih
programa smjer razvoja biotehničkih, prirodnih i biomedicinskih znanosti Sveučilišta
Josipa Jurja Strossmayera definiran je kroz ustrojavanje preddiplomskih i diplomskih,
odnosno integriranih studija. Biologija se studira na jednom preddiplomskom i dva
diplomska studija (znanstvenom i nastavnom). Studij medicine organiziran je kao
integrirani. U području biotehničkih znanosti organiziran je veći broj preddiplomskih
13
i diplomskih studija, te specijalističkih poslijediplomskih studija. Osnivanje
poslijediplomskih doktorskih studija iz ovih područja logična su strategija u
ostvarivanju cjelovitosti razvoja Sveučilišta.
Sveučilište u Dubrovniku jedno je od najmlađih hrvatskih sveučilišta, osnovano 2003.
godine. Na tom Sveučilištu ukupno studira oko 2700 studenata, a nastavnu, stručnu i
znanstvenu djelatnost obavlja 180 nastavnika. Poslijediplomski studiji kojima je
sunositelj Sveučilište u Dubrovniku su Povijest stanovništva, Pomorstvo, Europska
integracija, Poslovna ekonomija u turizmu i Biologija novotvorina. Razvoj
poslijediplomskih doktorskih programa Sveučilište temelji na dosadašnjim iskustvima
i postignućima u područjima tehničkih, društvenih, biotehničkih i prirodnih znanosti,
te na intenzivnoj suradnji s drugim članicama hrvatske akademske zajednice i suradnji
s inozemnim partnerima. Najveću ulogu ima suradnja s Institutom Ruđer Bošković iz
Zagreba, pogotovo u području poslijediplomskih doktorskih studija i znanstvenih
istraživanja. U tu svrhu priprema se i utemeljenje zajedničkog istraživačkog centra
koji bi ujedno bio i atraktivno mjesto za strane znanstvenike, jer je osnivanje toga
centra sukladno aktivnostima međunarodnih organizacija, pogotovo u području
molekularnih bioznanosti (EMBO). Važnu ulogu ima i suradnja s Općom bolnicom
Dubrovnik, te sveučilištima u Zadru i Splitu s kojima je Sveučilište u Dubrovniku,
zajedno s Institutom Ruđer Bošković i započelo pripreme nekih poslijediplomskih
doktorskih studija. Tako i pokretanje poslijediplomskog doktorskog studija
Molekularne bioznanosti čini jedan od temelja strategije razvoja doktorskih programa
Sveučilišta u Dubrovniku koje teži izvrsnosti, interdisciplinarnosti i međunarodnoj
razini znanstveno-nastavnih aktivnosti, a na taj će se način konkretizirati i
višegodišnja suradnja sa Sveučilištem u Osijeku.
Institut Ruđer Bošković nije u javnosti prepoznat kao jedna od stožernih ustanova
sustava visokog školstva, premda su znanstveno-istraživačke i nastavne aktivnosti
Instituta preduvjet za uspješan rad niza sastavnica hrvatskih sveučilišta, pogotovo
Prirodoslovno-matematičkog i Medicinskog fakulteta u Zagrebu. Pozicija Instituta u
sustavu nije primjerena, stoga znanstvenici Instituta Ruđer Bošković teže
kvalitetnijem osobnom i sustavnom angažmanu u edukaciji, s naglaskom na izvrsnost
istraživanja i suvremenost doktorskih studija. Pri tome je važna interdisciplinarnost
rada sukladno temeljnim značajkama Instituta. Zbog navedenih razloga i zbog
činjenice da dosadašnji pristup visokoškolskih ustanova Institutu nije omogućio
optimalno korištenje postojećih istraživačkih kapaciteta Instituta, a pogotovo ne
gotovo 300 potencijalnih mentora, osmišljavanje i realizacija novih oblika suradnje s
drugim ustanovama u edukaciji jedna je od bitnih aktivnosti Instituta. Usklađivanje
daljnjeg razvoja Instituta, kojem su uzori Instituti Max Planck i Weizmann, s
reformom sustava visokog obrazovanja u zemlji svakako će ovisiti o integraciji
hrvatske u europske sustave ERAu i EHEAu. Strateški je važno da studij Molekularne
bioznanosti bude dobar primjer funkcionalne integracije Instituta u sustav visokog
obrazovanja uz očuvanu samostalnost Instituta u definiranju istraživačkih interesa i
mogućnost izbora optimalnih načina za ostvarenje svojih strateških ciljeva i oblika
suradnje s drugim ustanovama u zemlji i u inozemstvu. Bit toga je formalna i stvarna
jednakopravnost suradnih ustanova uz uvažanje komplementarnih specifičnosti
Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Osijeku i Sveučilišta u Dubrovniku.
14
2.4. Inovativnost doktorskog programa
2.4.1. Interdisciplinarnost
Interdisciplinarnost je uz interinstitucionalnost temeljna značajka studija Molekularne
bioznanosti. Interdisciplinarnost studijskog programa očituje se u sadržajima
obveznih, općih i strukovnih izbornih predmeta iz područja biotehničkih,
biomedicinskih i prirodnih znanosti. Doktorski studij Molekularne bioznanosti,
funkcionalno integrira:
područje biotehničkih znanosti - polje biotehnologija, polje prehrambena
tehnologija i polje poljoprivreda,
područje biomedicine i zdravstva - polje temeljne medicinske znanosti, te
područje prirodnih znanosti - polje biologija, polje fizika i polje kemija.
Modularna struktura studija omogućava funkcionalan odabir kolegija za potrebe
studenata. Obzirom na mogućnost upisa kolegija i izvan odabranog modula, a također
i izvan studija Molekularne bioznanosti, izvjesno je da će osobne znanstveno-
istraživačke interese polaznika studija biti moguće primjereno uskladiti i s interesima
institucija u kojima rade, odnosno projekata temeljem kojim će izraditi doktorsku
disertaciju.
2.4.2. Kolaborativnost
Razvoj znanosti, primjena znanstvenih postignuća u praksi i poboljšanje kvalitete
života zahtijeva kolaborativni pristup između javnog, privatnog i civilnog sektora.
Studijski program uz interdisciplinarni pristup sadrži različita područja i polja
znanosti uz sudjelovanje 155 znanstveno-nastavnih i znanstvenih djelatnika iz 12
različitih znanstvenih institucija, pretežito djelatnika Sveučilišta u Osijeku, Instituta
Ruđer Bošković i Sveučilišta u Dubrovniku, ali i iz drugih hrvatskih sveučilišta
(Rijeka, Split, Zagreb), te iz inozemstva (pretežito iz zemalja EU). Kolegije za studij
Molekularnih znanosti su prijavili:
32 sveučilišna profesora
16 sveučilišnih docenata
29 znanstvenih savjetnika Instituta Ruđer Bošković
13 viših znanstvenih suradnika Instituta Ruđer Bošković, te
18 znanstvenih suradnika Instituta Ruđer Bošković
Ovih 108 iskusnih znanstvenika su do sada objavili više od 3.500 znanstvenih i
stručnih radova, od čega oko 2.300 u časopisima koje navodi Current Contents. Kao
suradnike u nastavi naveli su i 47 asistenata od čega 12 s doktoratom znanosti.
2.4.3. Partnerstvo s industrijom i poslovnim sektorom u pokretanju i izvođenju
doktorskog programa
Studij Molekularne bioznanosti se ne oslanja samo na kolaborativnost znanstvenika
ustanova koje organiziraju studij i suradnika samo u temeljnim istraživanjima i
provedbi nastave, već i na suradnju s industrijskim partnerima i poslovnim sektorom.
U tome bitnu ulogu ima u srpnju 2002. godine registriran Tehnologijsko-razvojni
centar u Osijeku gdje je uz Osječko-baranjsku županiju i Grad Osijeku, Sveučilište
15
Josipa Jurja Strossmayera jedan od osnivača. Tehnologijsko-razvojni centar smješten
je u novouređenim prostorima bivšoj vojarni "Gaj" (Gajev trg 6).
Djelatnost Tehnologijsko-razvojnog centra čine poslovi vezani uz: prijenos i primjenu
znanstvenih i stručnih spoznaja vezanih uz tehniku i tehnologiju proizvodnje;
poticanje primijenjenih znanstvenih istraživanja, te industrijske primjene i tržišne
eksploatacije rezultata istraživanja i novih tehnologija i prijenos znanja iz javnog
istraživačkog sektora u proizvodnju kao i uspostavljanje suradnje znanosti i
gospodarstva radi uključivanja znanstvenika i istraživača u gospodarski razvitak;
osiguravanje infrastrukture, savjetodavne, marketinške i druge potpore inovativnim i
tehnološkim projektima i njihovim nositeljima (inovatorima) s ciljem tehnološke
operacionalizacije projekata, njihove stručne valorizacije, pravne zaštite i primjene u
proizvodnji; stručnu pomoć tijelima lokalne samouprave u oblikovanju i ostvarivanju
koncepta tehnološkog razvoja i inovativnog poduzetništva; poticanje i potporu u
osnivanju mreže poduzetničkih inkubatora i malih poslovnih zona (tehnoloških
parkova).
Planirane aktivnosti Tehnologijsko-razvojnog centra su nastavak i daljnji razvitak
dosadašnjih aktivnosti na komercijalizaciji javno financiranih istraživanja i transferu
tehnologije prema gospodarstvu. Tehnologijski i inovacijski razvitak slijedi
policentričan razvoj Sveučilišta.
U svrhu povezivanja Sveučilišta i gospodarstva planira se na lokaciji bivšeg
Biotehničkog znanstveno-nastavnog centra (BTZNC, ulica Josipa Reihl Kira u
Osijeku) otvaranje proizvodnih inkubatora, a sastavnice projekta su: Centar za
izvrsnosti u poljoprivredi kao zajednički projekt Sveučilišta i Poljoprivrednog
fakulteta u Osijeku, interdisciplinarni centar za održivi razvitak poljoprivrednog i
zaštićenog prostora te već gore navedeni Tehnologijsko razvojni centar u Osijeku
d.o.o.
Znatan doprinos razvoju primijenjenih istraživanja iz područja biologije mora i
biotehnologije morskih organizama pružit će Razvojno istraživački centar za
marikulturu (Maribic) koji je utemeljilo Sveučilište u Dubrovniku. Ovaj
POSLOVNO-INOVACIJSKI CENTAR ZA MARIKULTURU je bitna sastavnica
nacionalnog strateškog programa tehnologijskog razvitka. Izvjesno je da će Maribic
imati znatnu ulogu u povećanju razvojno-istraživačkih potencijala hrvatskih
istraživačkih institucija i preusmjeravanju njihovih istraživačkih infrastruktura i
prema uslugama gospodarstvu. Interdisciplinarnost studija Molekularne bioznanosti
osigurati će razinu izvrsnosti istraživanja koja čine osnovu znanstvenog razvoja u
ovom području, dok će Maribic biti jamac njihove primjene u gospodarstvu.
Povrh toga treba naglasiti i suradnje u području temeljnih i primijenjenih istraživanja
koje Institut Ruđer Bošković ima s Brodarskim institutom (također bitna sastavnica
nacionalnog programa tehnologijskog razvoja), te s Podravkom i Plivom, a također i s
nizom manjih i srednjih poduzeća u zemlji inozemstvu koje su i do sada rezultirale
brojnim uspješnim istraživačkim projektima i izradama doktorskih disertacija, pa i
stvaranje prve spin-off tvrtke Instituta. Nedvojbeno je da će ti oblici suradnji bitno
doprinijeti uspješnosti studija Molekularne bioznanosti.
2.5. Uvjeti upisa na studij
Upis na Poslijediplomski interdisciplinarni sveučilišni doktorski studij Molekularne
bioznanosti obavlja se temeljem natječaja za upis kojega raspisuje Sveučilište.
16
1. Studij mogu upisati polaznici sa završenim diplomskim studijem kako
slijedi:
a) iz područja biotehničkih, biomedicinskih i prirodnih znanosti
(biologije, kemije, fizike, prehrambene tehnologije, kemijskog
inženjerstva, biotehnologije, humane i veterinarske medicine,
stomatologije, farmacije, poljoprivrede i šumarstva);
b) ostalih diplomskih studija uz polaganje razlikovnih predmeta koje
utvrđuje Vijeće poslijediplomskog interdisciplinarnog studija.
2. Studij mogu upisati pristupnici koji su magistrirali na bilo kojem
poslijediplomskom studiju. Broj priznatih ECTS bodova za upis u
određeni semestar odobrava Vijeće poslijediplomskog studija ovisno o
priloženim kvalifikacijama (broj objavljenih radova, sudjelovanje na
skupovima i sl.).
2.6. Kriteriji i postupci odabira polaznika
Poslijediplomski studij mogu upisati pristupnici koji su završili odgovarajući
sveučilišni dodiplomski studij iz područja biotehničkih, biomedicinskih i prirodnih
znanosti iz odgovarajućeg znanstvenog polja kako je navedeno pod točkom 2.5. s
prosječnom ocjenom većom od 3,5. Poslijediplomski studij može upisati pristupnik
koji je završio i drugi sveučilišni dodiplomski studij. Međutim, Vijeće će razmotriti
moguće specifične slučajeve, pogotovo u slučaju kandidata iz inozemstva, te odrediti
razliku ispita koje student treba položiti. Sukladno tome Vijeće će utvrditi koji su
studiji izvan navedenih područja prihvatljivi zbog svoje interdisciplinarnosti, te
odrediti srodna znanstvena područja, polja i grane prikladne za nastavak
poslijediplomskog studija
Iznimno se može odobriti upis pristupnicima koji su završili sveučilišni dodiplomski
studij s prosječnom ocjenom manjom od 3,5 (pogotovo u slučaju kandidata iz
inozemstva), ali uz preporuku dvaju sveučilišnih profesora visokog učilišta na kojem
su diplomirali. U tom slučaju prednost će imati kandidati koji su tijekom studija
postigli zapažene rezultate u znanstveno-istraživačkom radu (npr. objavili znanstveni i
stručni rad i sudjelovanje na znanstvenim skupovima s izvornim rezultatima
istraživanja).
Za sve pristupnike nužno je i poznavanje najmanje jednog svjetskog jezika, o čemu
pristupnici prilažu pismenu potvrdu. Valjanom pismenom potvrdom podrazumijeva se
ovjereni izvod iz ocjena dodiplomskog studija ili potvrda ovlaštene škole stranih
jezika.
Odabir se vrši na temelju uspjeha na dodiplomskom sveučilišnom studiju prema
kriterijima koji su objavljeni u natječaju za upis studenata.
Prijava za natječaj mora sadržavati:
o osobne podatke pristupnika s naznakom adrese stanovanja,
o ovjereni preslik domovnice ili dokaz o državljanstvu
o ovjereni preslik diplome o završenom dodiplomskom studiju,
o prijepis ocjena
o preporuke sveučilišnih profesora (ako je prosjek niži od 3,5)
o životopis
o dokaz o poznavanju jednog svjetskog jezika.
Prijave se podnose osobno ili se šalju poštom na adresu Tajništva poslijediplomskog
studija Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku.
17
Temeljem dobivenih prijava studenata, te paralelno prikupljenim prijavama mogućih
tema za izradu doktorata u okviru projekata koje vode znanstvenici nastavnici studija,
održati će se radni skup (workshop) na kojem će biti usklađeni interesi i mogućnosti
studenata i nastavnika za suradnju pri izradi disertacija. Studenti koji će imati već
ostvarena prethodna istraživanja ili će težiti izradi doktorata u skladu s interesima
institucije (tvrtke) koja stipendira njihovo školovanje, imati će priliku provesti
istraživanja pod nadzorom znanstvenika nastavnika škole, a prema potrebi i
suvoditelja iz zemlje i inozemstva. O prihvatljivosti takvih istraživanja porethodno će
mišljenje dati Vijeće studija. U takvim slučajevima individualno će se dodatno
definirati ugovorni odnosi nastavnika, studija i studenata, pogotovo glede
intelektualnog vlasništva nad rezultatima istraživanja, ali i glede potpore izradi
doktorata.
Dobivanje stipendije, nacionalne ili međunarodne, će, kao i status znanstvenog
novaka, odnosno socijalni status kandidata biti prednost pri upisu, ali samo u slučaju
da su ostali preduvjeti zadovoljeni, što prije svega podrazumjeva da kandidati nisu
svojim dotadašnjim radom ugrozili temeljna načela na kojima se temelji naše društvo.
2.7. Kompetencije koje student stječe završetkom studija, mogućnosti nastavka
znanstveno-istraživačkog rada, mogućnost usavršavanja, te mogućnosti
zapošljavanja u privatnom i javnom sektoru
Završetkom poslijediplomskog sveučilišnog interdisciplinarnog studija stječe se
akademski stupanj doktora znanosti iz područja Prirodnih, Biotehničkih ili
Biomedicinskih znanosti u polju koje je sukladno matičnoj struci i disciplini u kojoj je
izrađen doktorat.
Poslijedoktorsko usavršavanje moguće je kroz rad na znanstveno-istraživačkim,
razvojnim i međunarodnim projektima na različitim visokoškolskim i znanstvenim
institucijama u zemlji i inozemstvu. Zapošljavanje doktora znanosti je moguće na:
fakultetima, institutima i drugim javnim ustanovama, kontrolnim laboratorijima,
tijelima državne uprave, poglavarstvima gradova i županija, u različitim proizvodnim
poduzećima i razvojno tehnološkim centrima. Treba naglasiti da se
interdisciplinarnost studija Molekularne bioznanosti očituje i u nizu metodološki
sukladnih kolegija koji se skladno nadopunjuju s izbornim kolegijima, specifičnim za
pojedino područje. Zahvaljujući tome znanje koje će steći doktori znanosti po
završetku ovog studija neće samo jamčiti izvrsnost u području primarnog interesa, što
će biti razvidno iz same disertacije i izvornih publikacija, već će razumjeti i druga,
sukladna područja znanosti, te će moći koristiti stečena znanja i vještine za potrebe
vlastite karijere, ali i općenito za promicanje interdisciplinarnosti znanosti i njenog
doprinosa razvoju na znanju temeljenog društva. Stoga s pravom očekujemo da će,
kao i u slučajevima dobrih primjera u svijetu, pojedini naši studenti po završetku
studija osnivati vlastite tvrtke i istraživačke laboratorije, u suradnji s ustanovama u
kojima su do tada radili i s ustanovama nositeljima studija Molekularne bioznanosti.
Naposljetku treba reći i da je izvjesno kako će stečena znanja iz komplementarnih
područja znanosti promicati i suradnju među studentima, te među studentima i
nastavnicima, koja će po završetku studija doprinijeti razvoju izvornih znanstveno-
istraživačkih projekata, kao što je to slučaj u razvijenim zemljama, dobro nam poznat
na primjerima naših kolega inozemnih suradnika u studiju Molekularne bioznanosti.
18
3. OPIS PROGRAMA
3.1. Struktura i organizacija doktorskog programa
Studijski program Poslijediplomskog interdisciplinarnog sveučilišnog doktorskog
studija Molekularne bioznanosti sadrži
o obvezne predmete
o metodološke izborne predmete
o izborne predmete u različitim modulima:
znanost o materijalima i nove tehnologije
bioinformatika
biologija
biologija mora
biologija biljaka
biomedicina
Izborne predmete student odabire u suradnji s mentorom, komentorom i voditeljem
studija uvažavajući uže područje interesa studenta, prilikom upisa studija.
Studijski program se vrednuje bodovnim sustavom (ECTS = European Credit
Transfer System), gdje svaki pojedinačni kredit (bod) predstavlja koeficijent
opterećenja studenta, kojim se u određenom smislu iskazuje vrijeme koje polaznik
treba utrošiti za uspješno svladavanje gradiva. To znači i da se ne uračunava samo
vrijeme provedeno na predavanjima, seminarima i vježbama, nego, i potrebno vrijeme
utrošeno za studiranje gradiva, tj. na samostalno učenje, na ispitivanje i na druge
provjere znanja.
ECTS bodovi za svaki pojedini kolegij su unaprijed određeni i proizlaze iz satnice
pojedinog kolegija, njegovog značenja i složenosti, te potrebnih obveza koje je
potrebno ispuniti kako bi se pojedini kolegij položio.
Budući da nastava čini oko 30% bodova (težine) studija, obvezni i izborni
metodološke predmeti su raspoređeni u prvi semestar na način da 20 sati nastave čini
4 ECTS-a, budući da su ti predmeti više informativne naravi (podrazumijeva se manje
opterećenje učenjem izvan nastave). Stoga četiri obveznih predmeta nosi ukupno 16
ECTS, a do minimalno potrebnih 30 se bodova dopunjava izbornim metodološkim
predmetima. Izborni predmeti iz modula raspoređeni su u drugom i prema potrebi
trećem semestru. Iz nastave ovih predmeta također je potrebno skupiti 30 ECTS
bodova.
Studentu se dodjeljuje mentora pri upisu studija na tematskom radnom skupu mentora
i studenata.
U prvom semestru slušaju se obvezni predmeti i metodološki izborni predmeti, a u
drugom, te u slučaju potrebe i u trećem semestru, izborni predmeti u modulima.
Tijekom trećeg semestra student započinje znanstvena istraživanja koja će rezultirati
doktoratom, a na temelju kojih će izraditi znanstveni rad. Ukoliko je moguće
istraživanja će započeti i ranije, nakon što prijavljenu temu disertacije prihvati Vijeće
(u slučaju studenata s magisterijem ili prethodnim istraživanjima, te objavljenim
znanstvenim radovima). Dio nastave pojedinih modula, pogotovo u slučaju potrebe za
intenzivnom terenskom nastavom ili korištenjem kapitalne opreme, te u slučaju
predmeta za čiju je realizaciju bitno sudjelovanje kolega iz inozemstva može biti
organiziran i tijekom trećeg semestra.
Tijekom četvrtog i petog semestra očekuje se aktivno sudjelovanje studenta u
različitim izvannastavnim aktivnostima: predavanja, stručne ekskurzije, okrugli
19
stolovi, sudjelovanje na domaćim i međunarodnim skupovima, studijski boravak
izvan matične ustanove i sl. uz mogućnost prijave teme disertacije.
Prijava teme doktorata obavlja se najkasnije tijekom petog semestra.
U šestom semestru aktivnosti studenta su koncentrirane na izradu i obranu doktorske
disertacije.
Nastava se osim redovitih predavanja na poslijediplomskom studiju iz pojedinih
predmeta može izvoditi u obliku konzultacija, seminarskog, pojedinačnog ili grupnog
istraživačkog rada, te ostalih oblika rada.
Sva pitanja vezana uz organizaciju i izvedbu studija bit će propisana jedinstvenim
pravilnikom o studiranju Sveučilišta Josipa Juraj Strossmayera u Osijeku.
3.2. Popis obveznih i izbornih predmeta i/ili modula s brojem sati aktivne
nastave potrebnih za njihovu izvedbu i brojem ECTS -bodova
I. godina
I. semestar
OBVEZNI KOLEGIJI:
R.br. Kolegij Nositelj S A T I ECTS Šifra
P S V UKUPNO
1. Počela biostatistike Doc.dr.sc. Domagoj Šimić,
znanstveni savjetnik
Doc.dr.sc. Andrijana Rebekić
5 5 15 25 4 1001
2. Molekularna biologija
stanice
Prof.dr.sc. Hrvoje Lepeduš
Izv.prof.dr.sc. Koraljka Gall
Trošelj, viša znanstvena
suradnica
15 5 5 25 4 1005
3. Metodika izrade
znanstvenog rada
Prof.dr.sc. V. Cesar 15 10 25 4 1003
4. Projektni menadžment u
znanosti
Izv.prof.dr.sc. N. Žarković,
znanstveni savjetnik-trajno zv. 5 5 15 25 4 1004
IZBORNI KOLEGIJI (metodološki):
R.br. Kolegij Nositelj S A T I ECTS Šifra
P S V UKUPNO
1. Osnovne metode u
molekularnoj biologiji i
medicini
Dr. sc. A. Ambriović Ristov,
znanstvena savjetnica
Dr. sc. N. Slade, viša
znanstvena suradnica
15 5 20 40 8 1115
2. Moderne eksperimentalne
metode fizike u prirodnim
Dr. sc. M. Ivanda, znanstveni
savjetnik 5 5 25 35 6 1102
20
znanostima
3. Osnove metoda magnetske
rezonancije
Izv.prof.dr.sc. M. Ilakovac
Kveder, znanstvena savjetnica 5 5 15 25 4 1103
4. Nuklearne metode za
analizu bioloških
materijala
Dr. sc. I. Bogdanović Radović,
viša znanstvena suradnica 5 5 25 35 6 1104
5. Primjena kultura stanica i
tkiva u biomedicinskim
istraživanjima
Izv.prof.dr.sc. N. Žarković,
znanstveni savjetnik-trajno zv.
Dr. sc. S. Borović Šunjić, viša
znanstvena suradnica
5 5 15 25 4 1105
6. Osnove imunokemijskih
metoda
Dr. sc. Paško Konjevoda, viši
znanstveni suradnik 5 5 15 25 4 1106
7. Osnovne metode i ciljevi
oplemenjivanja bilja
Prof.dr.sc. Sonja Marić
Doc.dr.sc. A. Lalić, znanstveni
savjetnik
15
5 5 25 4 1108
8. Biljna mikrotehnika i
metode mikroskopije
Prof.dr.sc. V. Cesar
15 5 5 25 4 1109
9. Bioinformatika za
početnike
Izv.prof.dr.sc. D. Matijević 20 5 25 4 1110
10. Molekulska spektroskopija
bioloških sistema
Dr.sc. V. Mohaček Grošev,
znanstvena suradnica 5 5 25 35 6 1111
11. Analiza lokusa
kvantitativnih svojstava
Doc.dr.sc. D. Šimić,
znanstveni savjetnik
Doc.dr.sc. Sonja Petrović
15
5 5 25 4 1112
12. Laboratorijske životinje i
biomedicinska istraživanja
Dr. sc. R. Stojković, viši
znanstveni suradnik 5 5 15 25 4 1113
13. Modeli i metode za
istraživanje oksidacijskog
stresa u kancerogenezi
Dr.sc. A. Čipak Gašparović,
viša znanstvena suradnica
5 5 15 25 4 1114
14. Metode molekularne
dijagnostike u detekciji
multirezistentnih bakterija
Doc.dr.sc. Domagoj
Drenjančević 15 5 5 25 4 1116
Minimalno je potrebno skupiti 14 ECTS bodova iz gore navedenih izbornih
metodoloških kolegija.
II. semestar
IZBORNI PREDMETI U MODULIMA
Iz modularne nastave studenti moraju skupiti minimalno 30 ECTS bodova, od čega
barem 20 moraju steći iz kolegija odabranog modula. Preostali broj ECTS bodova
mogu steći pohađanjem nastave kolegija iz drugih modula, odnosno drugih srodnih
studija. Studenti mogu upisati i veći broj različitih kolegija, te tako steći i više ECTS
bodova, ali uz obvezu zadržavanja odnosa po kojem će na nastavu utrošiti oko 30%
radnog vremena potrebnog za izradu doktorata, a preostalo vrijeme će iskoristiti za
praktični rad i izvannastavnu aktivnost usklađenu s tematikom doktorske disertacije.
MODUL: Znanost o materijalima i nove tehnologije
21
R.br. Kolegij Nositelj S A T I ECTS Šifra
P S V UKUPNO
1. Biomaterijali Doc.dr.sc. Domagoj
Drenjančević
Dr.sc. A. Moguš-Milanković,
viša znanstvena suradnica
15 5 20 4 2102
2. Peptidi u biološkim
procesima - potencijalni
terapeutici
Dr. sc. I. Jerić, znanstveni
suradnik 5 5 10 20 4 2105
3. Genetičko inženjerstvo u
biotehnologiji
Izv.prof. dr. sc. H. Fulgosi,
znanstveni savjetnik 10 5 15 25 6 2108
4. Aditivi u hrani Prof. dr. sc. D. Šubarić 20 5 25 6 2109
5. Biomolekule u hrani Doc.dr.sc. D. Gašo Sokač 20 5 25 6 2111
6. Konzervacijska obrada tla Prof.dr.sc. Danijel Jug
Izv.prof.dr.sc. Irena Jug 15 5 20 4 2112
7. Biofortifikacija Prof.dr.sc. Zdenko Lončarić 20 5 25 6 2113
8. Metode kondicioniranja tla Doc.dr.sc. Krunoslav Karalić
Doc.dr.sc. Boris Đurđević 15 5 20 4 2114
9. Biljni biostimulatori Doc.dr.sc. Tomislav Vinković 15 5 20 4 2115
10. Primjena gljiva bijelog
truljenja u biotehnologiji
Doc.dr.sc. Marina Tišma 20 5 25 6 2116
11. Nedestruktivne metode
analize svojstava
gospodarskih vrsta
Prof.dr.sc. Damir Magdić 20 5 25 6 2117
12. Interakcije sastojaka hrane Izv.prof.dr.sc. Mirela Kopjar
Doc.dr.sc. Anita Pichler 20 5 25 6 2118
13. Napredni pristup uzgoju
kultura u mediteranskom
klimatu
Doc.dr.sc. Slavko Perica,
znanstveni savjetnik-trajno zv. 5 5 10 20 4 2119
MODUL: Bioinformatika
R.br. Kolegij Nositelj S A T I ECTS Šifra
P S V UKUPNO
1. Informatičke metode
otkrivanja znanja
Doc.dr.sc. Boris Badurina
Dr.sc. Anita Papić, znanstvena
suradnica
20 5 5 30 6 2206
2. Vizualizacija u
bioinformatici
Prof.dr.sc. K. Skala 5 5 20 30 6 2202
3. Informatički alati u
molekularnim
bioznanostima
Dr. sc. Paško Konjevoda, viši
znanstveni suradnik 5 5 20 30 6 2207
4. Modeliranje biološki
važnih molekula i njihovih
kompleksa
Dr. sc. S. Tomić, viši
znanstveni suradnik 5 5 20 30 6 2204
5. Strukturna bioinformatika
proteina i bioaktivnih
molekula
Dr. sc. B. Lučić,
znanstveni suradnik 5 5 20 30 6 2205
6. Računalne i napredne Izv.prof.dr.sc. Domagoj
Matijević 20 5 5 30 6 2208
22
statističke metode u
bioznanostima
MODUL: Biologija
R.br. Kolegij Nositelj S A T I ECTS Šifra
P S V UKUPNO
1. Biologija tumorskih i
normalnih stanica
Prof.dr. sc.S. Levanat,
znanstvena savjetnica 5 5 20 30 6 2301
2. Imunogenetika
transplantacije
Izv.prof.dr.sc. Z. Grubić,
znanstvena savjetnica 10 10 20 4 2302
3. Supramolekularne
strukture i oksidacijski
stres
Izv.prof.dr. sc. M. Ilakovac
Kveder, znanstvena savjetnica
Prof.dr.sc. Hrvoje Lepeduš
15
5 20 4 2303
4. Peroksidacija lipida u
osnovama oksidacijskog
stresa
Izv.pr. sc. N. Žarković,
znanstveni savjetnik-trajno zv.
5 5 20 30 6 2304
5. Slobodni radikali, lipidna
peroksidacija i kontrola
rasta stanica
Izv.pr.sc. N. Žarković,
znanstveni savjetnik-trajno zv.
5 5 20 30 6 2306
6. Kontrola staničnog
ciklusa, održavanje
genomskog integriteta i
kancerogeneza
Doc.dr. sc. V. Dulić
Dr. sc. N. Slade, viša
znanstvena suradnica
5 5 10 20 4 2307
7. Genomska DNA Prof.dr. sc. S. Levanat,
znanstvena savjetnica 5 5 10 20 4 2308
8. Mehanizmi oštećenja i
popravka DNA
Dr. sc D. Zahradka, znanstveni
suradnik
Dr.sc. K. Zahradka,
znanstvena suradnica
5 5 20 30 6 2309
9. RNA i genska regulacija Prof.dr. sc. Đ. Ugarković 5 5 10 20 4 2310
10. Molekularna biologija
starenja i karcinogeneze
Dr. sc. I. Rubelj, znanstveni
suradnik 5 25 30 6 2311
11. Molekularna kontrola
hematopoeze i
leukemogeneze
Dr.sc. M. Antica, znanstvena
savjetnica 5 5 10 20 4 2312
12. Stanični prijenos signala Doc. dr. sc. Miroslav Lisjak
Prof.dr.sc. John T. Hancock 15 5 20 4 2313
13. Zaštita dobrobiti životinja
u znanstvenim
istraživanjima
Dr. sc. R. Stojković, viši
znanstveni suradnik 5 5 20 30 6 2314
MODUL: Biologija mora
R.br. Kolegij Nositelj S A T I ECTS Šifra
P S V UKUPNO
1. Molekularna toksikologija
mora
Dr. sc. N. Bihari, viša
znanstvena suradnica 5 5 20 30 6 2401
2. Metalni ioni i organska tvar Dr.sc. M. Mlakar, viša 5 5 10 20 4 2402
23
u prirodnim vodama znanstvena suradnica
Dr.sc. V. Cuculić,
znanstveni suradnik
3. Utjecaj stresa na akvatične
organizme
Prof. dr. sc. D. Lučić 5 5 20 30 6 2403
4. Genomska manipulacija u
akvakulturi
Prof. dr. sc. B. Glamuzina 5 5 20 30 6 2404
5. Uzgoj planktona Prof. dr. sc. B. Skaramuca,
znanstveni savjetnik-trajno
zvanje
5 5 20 30 6 2405
6. Ekologiija mora Prof. dr. sc. D. Lučić 5 5 10 20 4 2406
7. Ribe u biomedicinskim
istraživanjima
Dr. sc. R. Ćož-Rakovac,
znanstvena suradnica 10 5 10 25 6 2407
8. Biomineralizacijski procesi Dr.sc. D. Medaković,
znanstveni suradnik 5 5 20 30 6 2408
9. Biologija važnih
životinjskih vrsta u Jadranu
Prof.dr.sc. Jasna Vidaković 20 10 30 6 2409
MODUL: Biologija biljaka
R.br
.
Kolegij Nositelj S A T I ECTS Šifra
P S V UKUPNO
1. Organizacija i funkcija
biljnih stanica
Prof.dr.sc. H. Lepeduš 25 5 30 6 2501
2. Struktura i funkcija biljnih
proteina
Prof.dr.sc. E. Has-Schön
25 5 30 6 2502
3. Kinetika enzimskih
reakcija
Prof.dr.sc. E. Has-Schön
Doc.dr.sc. Valentina Pavić 20 5 5 30 6 2503
4. Razvojna bilogija biljaka Prof.dr.sc. V. Cesar
25 5 30 6 2504
5. Molekularni mehanizmi
oksidacijskog stresa u
biljaka
Prof.dr.sc. T. Teklić,
Prof.dr.sc. H. Lepeduš 25 5 30 6 2505
6. Biljni testovi toksičnosti Izv.prof.dr.sc. J. Horvatić 20 5 5 30 6 2506
7. Kvantitativna
i populacijska genetika u
oplemenjivanju bilja
Doc.dr.sc. Sonja Petrović
Prof.dr.sc. G. Drezner
20
5 5 30 6 2507
8. Molekularna biologija
fotosintetskih organizama
Izv.prof.dr.sc. H. Fulgosi,
znanstveni savjetnik 5 5 20 30 6 2509
9. Strukturna genomika Prof.dr.sc. M. Plohl,
znanstveni savjetnik 5 5 10 20 4 2510
10. Fitopatogene gljive u
biljnoj proizvodnji
Prof.dr.sc. J. Ćosić 25 5 30 6 2511
11. Kultura tkiva i genetička
transformacija biljaka
Dr.sc. S. Mihaljević, viša
znanstvena suradnica 5 5 10 20 4 2512
12. Biljni hormoni: od
biosinteze do aktivnosti
Dr.sc. B. Salopek Sondi,
znanstvena savjetnica 5 5 20 30 6 2513
13. Analiza genetske Doc.dr.sc. Sonja Petrović
Doc.dr.sc. D. Šimić, 20 5 5 30 6 2515
24
raznolikosti biljaka znanstveni savjetnik
Doc.dr.sc. S. Grljušić,
znanstvena savjetnica
14. Molekularna fiziologija
ishrane biljaka
Prof.dr.sc. T. Teklić,
Prof.dr.sc. Z. Lončarić 20 5 5 30 6 2516
15. Upotreba mediteranskih
genetskih resursa bilja
Doc.dr.sc. Goran Zdunić, viši
znanstveni suradnik
Doc.dr.sc. Irena Budić Leto,
znanstvena savjetnica
5 5 10 20 4 2517
MODUL: Biomedicina
R.br. Kolegij Nositelj S A T I ECT
S
Šifra
P S V UKUPNO
1. Personalna medicina –
prediktivna medicina i
farmakogenetika
Dr.sc. S. Kapitanović, viša
znanstvena suradnica
5 5 10 20 4 2601
2. Genetika
neurodegenerativnih
bolesti
Dr.sc. S. Hećimović,
znanstvena suradnica 5 5 10 20 4 2602
3. Molekularna biologija
psihičkih poremećaja
Izv.prof.dr.sc. N. Pivac,
znanstvena savjetnica 5 5 10 20 4 2603
4. Metaboličke i genetske
promjene u akutnim,
kroničnim i malignim
oboljenjima gušterače
Dr.sc. M. Hadžija, znanstveni
savjetnik 5 15 20 4 2604
5. Funkcionalna genomika Dr.sc. M. Kralj, znanstvena
savjetnica 5 5 5 15 3 2605
6. Tumor supresorski gen
p53 i njegovi srodnici
Dr. sc. N. Slade, viša
znanstvena suradnica
Dr. sc. M. Kralj, znanstvena
ssavjetnica
5 5 10 2 2606
7. Gensko liječenje:
eksperimentalni i klinički
aspekti
Prof.dr. sc. J. Pavelić,
znanstveni savjetnik-trajno zv. 10 5 15 3 2607
8. Uvod u nanomedicinu Dr. sc. Mile Ivanda,
znanstveni savjetnik 5 2 3 10 2 2608
9. Strukturne značajke
nukleinskih kiselina i
organske molekule kao
protutumorski
lijekovi
Dr.sc. I. Piantanida,
znanstveni savjetnik 5 5 15 25 5 2609
10. Uloga željeza u kroničnim
i malignim bolestima
Dr. sc. S. Kukulj, viša
znanstvena suradnica 5 5 15 25 5 2610
11. Molekulske osnove
metastaziranja
Dr. sc. M. Herak Bosnar, viša
znanstvena suradnica 5 10 15 3 2611
12. Kombinacija terapija i
mehanizmi u liječenju
malignih bolesti
Prof.dr. sc. S. Levanat,
znastvena savjetnica
5 5 10 20 4 2612
25
13. Patofiziologija procesa
zgrušavanja krvi kod
tumorskih bolesti
Prof. dr. sc. K. Šakić
Doc.dr.sc. S. Kvolik,
znanstvena savjetnica
10 5 5 20 4 2614
14. Molekulski mehanizmi
imunopatofiziološkog
odgovora u sustavnom
upalnom odgovoru i sepsi
Prof. dr.sc J. Barbić
Prof. dr.sc. I. Drenjančević 20 5 5 30 6 2616
15. Osnove nutrigenomike Prof.dr.sc. Lj. Glavaš-Obrovac 20 5 25 5 2617
16. Inhalacijski anestetici u
znanstvenim
istraživanjima
Doc.dr.sc. S. Kvolik,
znanstvena savjetnica 15 5 20 4 2619
17. Multirezistentne bakterije -
izvorište, evolucija i
metode detekcije
Doc.dr.sc. Domagoj
Drenjančević 15 5 20 4 2620
II. godina
III. semestar
Svaki student pod vodstvom mentora započinje znanstvena istraživanja na temelju
kojih će izraditi znanstveni rad. U konačnici ta istraživanja mogu, ali i ne moraju biti
dio doktorske disertacije.
Na temelju izrađenog znanstvenog rada bodovi se ostvaruju po primitku obavijesti o
tiskanju rada ili kada je rad objavljen u časopisu. Student treba ostvariti 30 ECTS na
temelju publikacija pod rednim brojem 1., 2. i 3.
Student koji je prethodno završio poslijediplomski studij i stekao stupanj magistra
znanosti ostvaruje 30 ECTS-a.
IV. semestar
Tijekom IV. semestra student aktivno sudjeluje u različitim izvannastavnim
aktivnostima (opisane u tablici) i uz objavljivanje rezultata ostvaruje određen broj
ECTS (minimalno 30 ECTS bodova).
Bodove ostvarene u izvannastavnim aktivnostima predlaže mentor uz suglasnost
voditelja studija, a potvrđuje ih Vijeće poslijediplomskog studija.
26
Bodovanje znanstvenih radova:
Publikacija Bodovi
1. Originalni znanstveni rad citiran u CC ili ISI iznadprosječni IF
(Q1 ili Q2)
30
2. Originalni znanstveni rad citiran u ISI, ali ne i u CC 20
3. Originalni znanstveni rad citiran u drugim bazama podataka 10
4. Poglavlje u knjizi 15
5. Kongresno priopćenje u časopisu s međunarodnom recenzijom 10
6. Kongresno priopćenje u zborniku - usmena prezentacija na
međunarodnom skupu
10
7. Kongresni sažetak u zborniku radova 5
Izvannastavne aktivnosti:
Aktivnost Bodovi
Održano pozvano predavanje (npr. u strukovnom društvu) maks. 5
Stručne ekskurzije maks. 5
Okrugli stol - organizacija maks. 5
Sudjelovanje na domaćem ili međunarodnom skupu bez
priopćenja
2
Studijski boravak u laboratoriju (do 1 mjesec) maks. 10
Studijski boravak u laboratoriju (do 2 mjeseca) maks. 20
III. godina
V. semestar
Tijekom V. semestra student aktivno sudjeluje u različitim izvannastavnim
aktivnostima i i uz objavljivanje rezultata ostvaruje određen broj ECTS (minimalno
30 ECTS bodova).
Bodove ostvarene u izvannastavnim aktivnostima predlaže mentor uz suglasnost
voditelja studija, a potvrđuje ih Vijeće poslijediplomskog studija.
Također, tijekom V. semestra student treba pripremiti prijavu teme doktorata (ukoliko
istu nije ranije prijavio). Prijava teme doktorata nosi 10 ECTS-a.
VI. semestar
Izrada disertacije i obrana donosi 30 ECTS-a.
1. Student mora izraditi doktorski rad koji treba biti jezično, stilski i tehnički
korektno oblikovan i usklađen sa suvremenim postupcima i tehnologijom izrade
znanstvenih radova;
2. Student ne mora posebno pisati doktorski rad ukoliko je napisao 3 znanstvena rada
u časopisima koji su zastupljeni u CC bazi od kojih je barem jedan iznad
prosječnog faktora značajnosti (Q1 ili Q2), odnosno dva znanstvena rada
27
zastupljena u CC bazi s iznad prosječnim faktorom značajnosti (Q1 ili Q2) ili
jedan rad u časopisu zastupljenom u CC bazi koji pripada u 10% najbolje
rangiranih u Q1 skupini prema ISI web of knowledge. Radovi trebaju biti
povezani u cjelinu prema pravilima koje je propisalo Vijeće poslijediplomskog
studija;
3. Student mora biti glavni autor na svim radovima i imati najmanje 70% doprinosa
u svakom pojedinom radu.
Sukladno gore navedenom student mora braniti doktorsku disertaciju pred
Povjerenstvom za obranu doktorskog rada.
3.3. Opis svakog predmeta i/ili modula u koji ulaze:
o okvirni sadržaj predmeta i/ili modula,
o ishode učenja odnosno opis razvijenih općih i specifičnih kompetencija
(znanja i vještina) za svaki pojedini predmet i/ili modul,
o oblici provođenja nastave i način provjere znanja
o popis literature potrebne za studij i polaganje ispita
o popis literature koja se preporučuje kao dopunska
o bodovna vrijednost svakog predmeta određena u skladu s ECTS-om uz
odgovarajuće obrazloženje
o način polaganja ispita
o način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe svakog predmeta i/ili modula
Prilog 1. Podatci o predmetima
3.4. Ritam studiranja i obveze studenata
o Uvjeti za napredovanje kroz studij, upis u sljedeći semestar, odnosno sljedeću
godinu studija
o preduvjeti upisa pojedinog predmeta ili skupine predmeta
Prema studijskom programu i izvedbenom planu studij je strukturiran u šest
semestara: prva dva semestra studenti slušaju nastavu iz obveznih i izbornih
predmeta. U trećem semestru student započinje znanstvena istraživanja, što se
kontinuirano nastavlja do kraja studija i završetka izrade doktorske disertacije.
Tijekom četvrtog i petog semestra student, uz znanstveni rad sudjeluje u
izvannastavnim aktivnostima. U šestom semestru student je posvećen dovršavanju
doktorske disertacije. Nastava se izvodi u obliku predavanja, konzultacija, vježbi i
seminara.
Za upis treće godinu student treba imati 90 bodova. Za prijelaz u šesti semestar
potrebno je ostvariti 120 ECTS-a. Oblik studija u dijelu radnog vremena (part-time)
namijenjen je pristupnicama doktorskog studija zaposlenim izvan sustava znanosti i
28
visokog obrazovanja, a pristupnici koji će studirati u cijelom radnom vremenu čine
full-time studenti.
Kod upisa studijskog programa koji se izvodi full-time student je obvezan steći
akademski stupanj doktora znanosti u roku od šest godina, odnosno u part time u roku
od osam godina.
3.5. Sustav savjetovanja i vođenja kroz studij, način odabira studenta obaveze
studijskih savjetnika i voditelja doktorskih radova te doktorskih kandidata
Poslijediplomski interdisciplinarni sveučilišni doktorski studij Molekularne
bioznanosti temelji se na mentorskom sustavu te Vijeće poslijediplomskog studija na
početku studija nakon radnog skupa mentora i studenata svakom studentu imenuje
studijskog savjetnika (mentora) s ciljem boljeg povezivanja studenta s nastavnicima.
Studijski savjetnik može biti nastavnik u znanstveno-nastavnom zvanju redovitog,
izvanrednog profesora ili docenta, odnosno u ekvivalentnom znanstvenom zvanju. U
pravilu studijski savjetnik mora biti uključen u znanstveno-istraživački projekt i
sudjelovati u nastavi poslijediplomskog studija.
Obveza studijskog savjetnika je organizacija nastave, vježbi, konzultacija i ispita,
praćenje i usmjeravanju studenta, pružanje pomoći u odabiru izbornih kolegija,
uključivanju u znanstveno-istraživački rad te predlaganju i podnošenju prijave teme i
izradi doktorskog rada. Uz studijskog savjetnika studentu se može imenovati mentora
doktorskog rada koji ne mora sudjelovati u nastavi poslijediplomskog studija.
3.6. Popis predmeta i/ili modula koje studenti mogu izabrati s drugih
poslijediplomskih doktorskih i specijalističkih studijskih programa
Student može u dogovoru s mentorom izabrati (osim ponuđenih) bilo koji predmet iz
postojećih poslijediplomskih studija sa Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera, drugih
hrvatskih sveučilišta, ili pak drugih europskih sveučilišta čiji su programi u skladu s
ECTS. Isto tako svaki predmet Sveučilišnog poslijediplomskog interdisciplinarnog
doktorskog studija Molekularne bioznanosti upisati studenti drugih srodnih
poslijediplomskih studija Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijek, kao i drugih
hrvatskih te inozemnih sveučilišta.
3.7. Popis predmeta i/ili modula koji se mogu izvoditi na stranom jeziku (uz
navođenje jezika)
Svi predmeti Poslijediplomskog interdisciplinarnog sveučilišnog doktorskog studija
Molekularne bioznanosti mogu se izvoditi i na engleskom jeziku.
3.8. Kriteriji i uvjeti prijenosa ECTS-bodova - pripisivanje bodovne vrijednosti
predmetima koje studenti mogu izabrati s drugih studija na sveučilištu-
predlagaču ili drugim sveučilištima
Studij je u skladu s ECTS (European Credit Transfer System) Europskim sustavom
prijenosa bodova, što znači da student može u dogovoru s mentorom izabrati (osim
ponuđenih) bilo koji predmet iz postojećih poslijediplomskih studija sa Sveučilišta
29
Josipa Jurja Strossmayera, drugih hrvatskih sveučilišta, ili pak drugih europskih
sveučilišta čiji su programi u skladu s ECTS.
Isto tako sve ponuđene predmete Sveučilišnog poslijediplomskog interdisciplinarnog
doktorskog studija Molekularne bioznanosti mogu upisati studenti drugih
poslijediplomskih studija i specijalističkih poslijediplomskih studija Sveučilišta Josipa
Jurja Strossmayera kao i drugih domaćih i inozemnih sveučilišta.
3.9. Način završetka studija i uvjeti za prijavu teme doktorskog rada
o Postupak i uvjeti za prihvaćanje teme doktorskog rada
o Postupak i uvjeti ocjene doktorskog rada
o Uvjeti i način obrane doktorskog rada
Postupak i uvjeti za prihvaćanje teme doktorskog rada
Poslijediplomski interdisciplinarni sveučilišni doktorski studij Molekularne
bioznanosti završava izradom i obranom doktorskog rada. Prijava kojom se pokreće
postupak stjecanja doktorata znanosti mora sadržavati: prijedlog teme doktorskog
rada, obrazloženje teme, metode rada, popis literature te navođenje očekivanog
znanstvenog doprinosa. Uz prijavu teme student prilaže životopis i popis objavljenih
radova. Kada predloženi mentor nije znanstvenik ili nastavnik na znanstvenom ili
znanstveno-nastavnom radnom mjestu izabran u znanstveno zvanje (najniže
znanstveni suradnik) prema Praviliku o uvjetima za izbor u znanstvena zvanja RH
tada treba priložiti dodatne kvalifikacijske radove mentora. Prijava s potpisom
studijskog savjetnika (i predloženog/predloženih mentora) predaje se Tajništvu
poslijediplomskog studija, a zatim istu razmatra Vijeće poslijediplomskog
interdisciplinarnog sveučilišnog doktorskog studija Molekularne bioznanosti, te ako
utvrdi da prijava ne sadrži potrebnu dokumentaciju pozvat će studenta da dopuni
prijavu u određenom roku, koji ne može biti duži od 30 dana. Prijedlog za pokretanje
postupka prijave teme upućuje Sveučilišnom vijeću za sveučilišne interdisciplinarne
poslijediplomske (doktorske) studije Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera. Sveučilišno
vijeće za sveučilišne interdisciplinarne poslijediplomske (doktorske) studije na prijedlog
Vijeća poslijediplomskog studija imenuje Povjerenstvo za prihvaćanje teme
doktorskog rada od najmanje tri člana, te imenuje mentora/mentore doktorata. Obrana
teme doktorskog rada je javna, a mentor (mentori) je dužan prisustvovati obrani.
Imenovano povjerenstvo u roku od 90 dana od dana imenovanja podnosi izvješće s
prijedlogom za prihvaćanje, izmjene i dopune ili odbijanje teme doktorskog rada.
Kada Povjerenstvo predlaže izmjene i dopune ili odbijanje teme doktorskog rada
Tajništvo studija prosljeđuje Izvješće mentoru (mentorima) koji se o istom treba
očitovati. Vijeće poslijediplomskog interdisciplinarnog sveučilišnog doktorskog
studija Molekularne bioznanosti prijedlog Odluke o prihvaćanju, izmjenama i
dopunama ili odbijanju teme doktorskog rada dostavlja na odlučivanje Sveučilišnom
vijeću za sveučilišne interdisciplinarne poslijediplomske (doktorske) studije
Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera.
Postupak i uvjeti ocjene doktorskog rada
Student predaje Tajništvu poslijediplomskog studija doktorski rad u elektroničkom
obliku (pdf) i jedan spiralno uvezani primjerak na ocjenu nakon što je položio sve
propisane ispite, izvršio sve obveze utvrđene studijskim programom, podmirio sve
financijske obveze i dobio Odluku Sveučilišnog vijeća za sveučilišne interdisciplinarne
poslijediplomske (doktorske) studije o prihvaćanju teme doktorskog rada i imenovanju
mentora. Doktorski rad mora biti jezično, stilski i tehnički korektno oblikovan i
30
usklađen sa suvremenim postupcima i tehnologijom izrade znanstvenih radova. Sveučilišno vijeće za sveučilišne interdisciplinarne poslijediplomske (doktorske) studije Sveučilišta imenuje Povjerenstvo za ocjenu doktorskog rada s najmanje tri člana na
prijedlog Vijeća poslijediplomskog studija. Povjerenstvo za ocjenu doktorskog rada
može u svom izvješću predložiti:
o da se doktorski rad prihvati i studentu dopusti pristup obrani doktorskog
rada,
o da se doktorski rad vrati studentu radi dopuna ili ispravki,
o da se doktorski rad odbije.
Ukoliko Povjerenstvo utvrdi da doktorski rad ima nedostataka koji se mogu otkloniti
student je dužan u roku od 90 dana od dana primitka primjedbi Povjerenstva izvršiti
ispravak istoga u protivnom će smatrati da je rad odbijen.
Nakon izvješća Povjerenstva za ocjenu doktorskog rada i prihvaćanja pozitivne ocjene
Sveučilišno vijeće za sveučilišne interdisciplinarne poslijediplomske (doktorske) studije na
prijedlog Vijeća poslijediplomskog studija imenuje Povjerenstvo za obranu
doktorskog rada s najmanje tri člana i najmanje jednim zamjenikom te utvrđuje datum
obrane doktorskog rada.
Obrana doktorskog rada je javna. Student brani doktorski rad pred Povjerenstvom za
obranu doktorskog rada. Mentor (mentori) su dužni prisustvovati obrani. O obrani se
vodi zapisnik kojeg potpisuju svi članovi Povjerenstva. U zapisnik se unosi odluka
Povjerenstva o obrani doktorskog rada. Odluka može biti: obranio jednoglasnom
odlukom Povjerenstva, obranio većinom glasova i nije obranio.
Student koji nije obranio doktorski rada ima pravo nakon 90 dana ponovo prijaviti
izradu i obranu doktorskog rada, ali ne s istom temom. Doktorski rad koji nije
obranjen u roku od 10 godina od dana prihvaćanja teme doktorskog rada podliježe
ponovnom postupku prihvaćanja.
Postupak prijave teme, odobrenje teme, ocjena i obrana doktorskog rada utvrđeni su
Statutom Sveučilišta i Pravilnikom o studiranju Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera
u Osijeku.
3.10. Uvjeti pod kojima studenti koji su prekinuli studij ili su izgubili pravo
studiranja na jednom studijskom programu mogu nastaviti studij
Studentima koji su iz opravdanog razloga napustili studij, priznaju se položeni ispiti s
odgovarajućim ETCS bodovima. Vijeće studija će razmotriti zahtjev za nastavak
studija, te u dogovoru s mentorom donijeti preporuku Senatu Sveučilišta Josipa Jurja
Strossmayera koje donosi odluku o mogućem nastavku studija.
3.11. Uvjeti pod kojima polaznik stječe pravo na potvrdu (certifikat) o
apsolviranom dijelu doktorskog studijskog programa, kao dijelu cjeloživotnog
obrazovanja
Uvjeti pod kojima student stječe pravo na potvrdu o apsolviranom dijelu studijskog
programa Poslijediplomskog interdisciplinarnog sveučilišnog doktorskog studija
Molekularne bioznanosti jesu položeni ispiti u prvom i drugom semestru, te izrađen
znanstveni rad što iznosi ukupno 90 ECTS-a, a što je uvjet za izdavanje potvrde
(certifikata) o apsolviranju dijela studijskog programa i preduvjet za izradu
doktorskog rada u šestom semestru.
31
3.12. Uvjeti i način stjecanje doktorata znanosti upisom doktorskog studija i
izradom doktorskog rada bez pohađanja nastave i polaganja ispita.
Osobe koje su ostvarile znanstvena dostignuća koja svojim značenjem odgovaraju
uvjetima za izbor u znanstvena zvanja (znanstveni suradnik, viši znanstveni suradnik,
znanstveni savjetnik), a na temelju Odluke nadležnog vijeća utvrđenog Statutom
sveučilišta o ispunjavanju uvjeta za izbor u navedena znanstvena zvanja mogu bez
pohađanja nastave i polaganja ispita upisati poslijediplomski studij, izraditi i javno
obraniti doktorski rad, te uz suglasnost Senata Sveučilišta steći doktorat znanosti.
3.13. Maksimalna duljina razdoblja od početka do završetka studiranja
Sveučilišni poslijediplomski interdisciplinarni studij Molekularne bioznanosti traje
šest semestara sukladno Uputama za sastavljanje prijedloga programa sveučilišnog
poslijediplomskog studija i Statutom Sveučilišta Josipa Jurja Strosssmayera u
Osijeku. Nastava se održava tijekom dva semestra, a slijedeća četiri predviđena su za
sudjelovanje u izvannastavnim aktivnostima i izradu doktorske disertacije. Kod
upisa studijskog programa koji se izvodi “full-time” student je obvezan steći
akademski stupanj doktora znanosti u roku od šest godina (usklađeno s odredbom
Zakona o znanstvenoj djelatnosti i visokom obrazovanju, čl. 43) odnosno u “part-
time” u roku od osam godina.
4. UVJETI IZVOĐENJA STUDIJA
4. 1. Mjesta izvođenja studija
Program studija Molekularne bioznanosti će se u prostoru Odjela za biologiju,
Sveučilišta J. J. Strossmayera u Osijeku, ul. Cara Hadrijana 8A, u laboratorijima,
seminarskim učionicama i predavaonicama Instituta Ruđer Bošković u Zagrebu,
Bijenička 54, te u učionicama i predavaonicama Sveučilišta u Dubrovniku, Ćira
Carića 4.
Za potrebe nastave pojedinih predmeta koristiti će se i znanstveno-nastavne
mogućnosti Razvojno-istraživački centar za marikulturu u Stonu i Centra za
istraživanje mora Instituta Ruđer Bošković u Rovinju.
4. 2. Podaci o prostoru i oprema predviđena za izvođenje studija
Odjel za biologiju, ul. Cara Hadrijana 8A, novouređeni je prostor Sveučilišta J. J.
Strossmayera u Osijeku. U zgradi bivše vojarne Odjelu za biologiju pripada 2500 m2
prostora.
Prostor Odjela za biologiju sadrži: tri predavaonice, seminarsku učionicu s računalima
i 4 specijalizirana praktikuma: praktikum za zoologiju 12 radnih mjesta, praktikum za
botaniku 12 radnih mjesta, praktikum za biokemiju i fiziologiju 12 radnih mjesta i
praktikum za mikrobiologiju 12 radnih mjesta; 9 znanstveno nastavnih laboratorija:
Laboratorij za staničnu i molekularnu biologiju biljaka, Laboratorij za ekofiziologiju
alga, Laboratorij za ekologiju voda, Laboratorij za ekologiju alga, Laboratorij za
animalnu fiziologiju i toksikologiju, Laboratorij za mikrobiologiju i Laboratorij za
entomologiju; 12 nastavničkih i suradničkih soba. Uz navedene prostore treba
32
naglasiti postojanje velikog i upotrebljivog hodnika (+4 mala postrana) za smještanje
bioloških zbirki i za okupljanje studenata. Od zajedničkih prostora koje koristimo na
raspolaganju su nam: knjižnica i čitaonica (150 m2), studentska referada, tajništvo,
računovodstvo, sanitarni čvor i apartman za gostujuće nastavnike.
Prostor koji koristimo za potrebe terenskih nastava dugogodišnjim ugovorom
iznajmili smo od općine Mrkopalj (Gorski Kotar) u mjestu Sunger. To je zgrada bivše
osnovne škole koja je potpuno preuređena i adaptirana za smještaj studenata za
vrijeme terenskih nastava. Kapacitet zgrade je smještaj 40 studenata i 6 nastavnika. U
zgradi se nalaze 2 velike spavaonice, blagovaonica, kuhinja, sanitarni čvor, tri
apartmana za nastavnike i veliki prostor za nastavu (praktikum, projekcije, društveni
život).
Odjel za biologiju posjeduje veliku količinu nastavne i znanstvene opreme koja se
koristi za izvođenje nastave. Učionice su opremljene svim audiovizualnim nastavnim
pomagalima: kompjuter, LCD projektor, grafoskop, dijaprojektor, TV s pripadajućim
video i DVD "player"-ima. Praktikumi su opremljeni prikladnim laboratorijskim
namještajem i opremom za izvođenje nastave ovisno o namjeni. U njima studenti
mogu koristiti: 26 mikroskopa, 20 binokularnih lupa, hardverom i softverom za
projiciranje slike mikroskopa na zid, sterilizatori, termostati, UV-komora za rad u
sterilnim uvjetima, centrifuge, hladnjaci i veliki broj sitnog inventara za kemijske i
mikrobiološke analize. Znanstveno-nastavni laboratoriji opremljeni su
sofisticiranijom biološkom opremom. U Laboratoriju za staničnu i molekularnu
biologiju biljaka nalazi se: UV-VIS spektrofotometar Analitik Jena Specord 40,
centrifuga Eppendorf 5804R, Mini PAM (uređaj za mjerenje fotosinteze), svjetlosni i
fluorescentni mikroskop s foto opremom Zeiss Jena, binokularna lupa s foto opremom
Leica, mikrotom Leica RM 2155, ultramikrotom Richert, pH metar Methrom,
analitička vaga Mettler, oprema za vertikalnu i horizontalnu elektroforezu,
izoelektrično fokusiranje, blotter (wett i semy-dry), različite miješalice, tresilice,
flow-box, thermocycler, transiluminator s foto sustavom i softverom, kisikova
elektroda Waltz za mjerenje u plinovitoj fazi (oxy-lab), kisikova elektroda Waltz za
mjerenje u tekućoj fazi (chlorolab), sterilizator, hladnjaci, fitotron Vötsch i ostali
instrumentarij potreban za kvalitetan rad studenata i istraživača.
U Laboratoriju za ekofiziologiju alga nalazi se: Labsystem multicsan MS
spektrofotometar, Air flow laminar, centrifuga 48000G s hlađenjem, mikroskop
Axiowert 25 C s foto-opremom, 3 istraživačka mikroskopa, pH metar Mettler,
analitička vaga Mettler i ostali instrumentarij potreban za kvalitetan rad studenata i
istraživača.
Laboratorij za ekologiju alga opremljen je mikroskopima za istraživanje
fitoplanktona.
U Laboratoriju za ekologiju voda nalazi se: mikroskop Carl Zeiss Jena opremljen s
digitalnom kamerom Moticam 350, binokularna lupa Carl Zeiss Jena, mikroskop
Olympus SZX9 s digitalnom foto-opremom, binokularna lupa Olympus BX51,
hidrometrijsko krilo Flow probe 5' do 15', mini laboratorij multi 340i/set i drugi
instrumentarij potreban za kvalitetan rad studenata i istraživača.
U Laboratorij za animalnu fiziologiju i toksikologiju nalazi se: inkubator CO2,
mikroskop, binokularna lupa, klizni mikrotom Leica i ostali sitni laboratorijski pribor.
U Laboratoriju za mikrobiologiju nalaze se termostati, autoklav, hladnjaci, UV-
komora, vodene kupelji i ostali sitni laboratorijski instrumentarij potreban za
mirkobiološke analize.
U Laboratoriju za entomologiju nalazi se: 3 istraživačke lupe s pripadajućom
opremom za fotografiranje, kaveze za uzgoj kukaca, kvalitetna foto-oprema za
33
mikrofotografiju Olympus C5050, hardvere i softvere za uporabu GIS-a te
entomološka zbirka i drugi instrumenti potrebni za istraživanja.
Partnerske ustanove Sveučilišta u Osijeku koje osiguravaju dodatne kvalitetne uvjete
za izvođenje ovog studijskog programa su Institut Ruđer Bošković
(http://www.irb.hr/) i Sveučilište u Dubrovniku (http://www.unidu.hr). Suradne
ustanove su potpisnici sporazuma o znanstveno-nastavnoj suradnji kojim je
omogućena visoka razina nastavnog standarda za izvođenje studijskog programa,
daljnji razvoj studija i znanstvenih istraživanja, te izrade disertacija.
Od strane Sveučilišta u Dubrovniku posebno je važan doprinos Odjel za akvakulturu
Sveučilišta koji je započeo s radom akademske 2002./2003. godine, i jedini je takve
vrste u Hrvatskoj. Na Odjelu je organiziran preddiplomski studij Akvakultura u
trajanju od 3 godine i diplomski studij Akvakultura - nove vrste tehnologije u
marikulturi, u trajanju od još dvije godine, tj. ukupno pet godina. Znanstveno-
nastavne aktivnosti Odjela blisko su vezane uz istraživačke djelatnosti Razvojno-
istraživačkog centara za marikulturu (RICM). Djelatnost centra obuhvaća:
1.poslove na sudjelovanju u TAL-2 i STP projektima - razvoj i rad na projektu
“MARIBIC - Poslovno inovacijski centar za marikulturu”,
2.poslove na početku razvoja strategije za poslovno-inkubacijsku suradnju s
poduzetnicima u hrvatskoj marikulturi,
3.rad na projektu “Razvoj novih proizvoda temeljenih na stonskoj dagnji i nove
marketinške strategije za njihov plasman”,
4.rad na projektu “Polikulturni uzgoj ribe u delti Neretve”,
5.suradnju s jedinicama lokalne uprave i samouprave na promociji i razvoju
marikulture,
6.međunarodnu suradnju s Norveškom i Italijom.
Djelatnost RICM-a omogućena je potporom MZT RH. Dostavljena sredstava od
MZT-a sastoji se od: sredstava potpore po Ugovoru o suradnji, te od sredstava
jednokratne potpore za opremanje i izgradnju infrastrukture. Stoga su istraživački i
nastavni kapaciteti za potrebe studija Molekularne bioznanosti u segmentu koji
uključuje Sveučilište u Dubrovniku na visokoj razini.
Napominjemo i da je u pripremi osnivanje zajedničkog znanstveno-nastavnog i
istraživačkog centra Instituta Ruđer Bošković i Sveučilišta u Dubrovniku. Centar će
biti primarno usmjeren prema istraživanjima u temeljnim i primijenjenim područjima
molekularnih bioznanosti, pogotovo biomedicine, ulazeći u metodološke aspekte
genomike, proteomike, lipidomike i metabonomike, oslanjajući se na kapitalnu
opremu Instituta koja se nalazi u Zagrebu, te internacionalna istraživanja Instituta i
Sveučilišta. Aktivnosti ovog centra biti će vezane uz zajedničke nastavne aktivnosti
suradnih ustanove u kojima studij Molekularne bioznanosti ima dominantnu ulogu.
Od strane Instituta Ruđer Bošković u studiju Molekularne bioznanosti sudjeluju brojni
iskusni i mladi znanstvenici (novaci) 10 zavoda i Centra za informatiku i računarstvo.
Među istaknutim znanstvenicima su i pojedini voditelji laboratorija, predsjednici
odjelnih znanstvenih vijeća i predstojnici zavoda, predsjednica znanstvenog vijeća
Instituta, te neki savjetnici ravnatelja i sam ravnatelj Instituta. Do sada niti jedan
znanstveno-nastavni program nije pobudio toliki interes za sudjelovanjem stručnjaka
Instituta Ruđer Bošković kao studij Molekularne bioznanosti. Time do izražaja dolazi
znanstveno-istraživačka interdisciplinarnost Instituta, kojom se snažno podupire
interdisciplinarnost, kolaborativnost i izvrsnost studija Molekularne bioznanosti.
Budući da je u studiju Molekularne bioznanosti uključena cjelokupna infrastruktura
Instituta Ruđer Bošković, uključujući po prvi puta i Centar za istraživanje mora u
Rovinju, nije prikladno navoditi u detalje raspoloživi prostor i opremu, ali moramo
34
naglasiti da je sva kapitalna oprema, uključujući i opremu od strateškog interesa
Republike Hrvatske koja se nalazi u Institutu dostupna nastavnicima i studentima
ovog studija.
Za detaljniji uvid u raspoloživi prostor i opremu dostupne su stranice:
Zavod za eksperimentalnu fiziku http://www.irb.hr/hr/str/zef/
Zavod za fiziku materijala http://www.irb.hr/hr/str/zfm/
Zavod za elektroniku http://www.irb.hr/hr/str/zel/
Zavod za fizičku kemiju http://www.irb.hr/hr/str/zfk/
Zavod za organsku kemiju i biokemiju http://www.irb.hr/hr/str/zokb/
Zavod za kemiju materijala http://www.irb.hr/hr/str/zkm/
Zavod za molekularnu biologiju http://www.irb.hr/hr/str/zmg/
Zavod za molekularnu medicinu http://www.irb.hr/hr/str/zmm/
Zavod za istraživanje mora i okoliša http://www.irb.hr/hr/str/zimo/
Centar za istraživanje mora http://www.irb.hr/hr/str/cim/
Centar za informatiku i računarstvo http://www.irb.hr/hr/cir/
Na ovim stranicama prikazani su detaljnije i podaci o prostoru i opremi pojedinih
laboratorija i grupa koje sudjeluju u studiju Molekularne bioznanosti.
4.3. Popis znanstvenih projekata na kojima se temelji program
Šifra Projekt Glavni istraživač Nastavnik –
istraživač na
projektu
HRZZ
5707
Genetika i fiziologija
tolerancije na višestruki stres
kod kukuruza
Dr.sc. Domagoj Šimić Dr.sc. Domagoj Šimić
Dr.sc. Vera Cesar
HRZZ
4359
Fitohormoni u abiotskom
stresu kupusnjača: mehanizam
tolerancije i primjena
Dr.sc. Branka Salopek
Sondi
Dr.sc. Branka Salopek
Sondi
Dr.sc. Hrvoje Lepeduš
Dr.sc. Snježana Mihaljević
HRZZ
1172
Molekularni mehanizmi
alternativne raspodjele
elektrona u fotosintezi
Dr.sc. Hrvoje Fulgosi Dr.sc. Hrvoje Fulgosi
Dr.sc. Hrvoje Lepeduš
HRZZ
6090
Molekularni aspekti
oksidativnih procesa u
stanicama
Dr.sc. Mario Vazdar Dr.sc. Koraljka Gall
Trošelj
HRZZ
9310
Nekovalentne interakcije u
dizajnu novih fotoosjetljivih
molekula
Dr.sc. Davor Margetić Dr.sc. Koraljka Gall
Trošelj
HRZZ
2000
Stvaranje pšenice za
budućnost-potraga za novim
genima iz postojećih izvora
Dr.sc. Sonja Petrović Dr.sc. Sonja Petrović
Dr.sc.Andrijana Rebekić
Dr.sc. Sonja Marić
HRZZ
2465
Molekularni mehanizmi
povećanja osjetljivosti na
protutumorske lijekove stanica
karcinoma dojke i melanoma
čovjeka utišavanjem integrina
Dr.sc. Andreja
Ambriović Ristov
Dr.sc. Andreja Ambriović
Ristov
HRZZ
3912
Razumjevanje puta ulaska
Adenovirusa tipa 26 u stanicu:
način poboljšanja vektora za
Dr.sc. Dragomira
Majhen
Dr.sc. Andreja Ambriović
Ristov
35
vakcinaciju
HRZZ
1615
Otkrivanje novih proteinskih
interakcija kao podloga za
nove pristupe liječenju
melanoma čovjeka
Dr.sc. Neda Slade Dr.sc. Neda Slade
Dr.sc. Maja Herak Bosnar
Dr.sc. Sonja Levanat
HRZZ
7046
Hibribridne silicijske
nanostrukture za senzoriku
Dr.sc. Mile Ivanda Dr.sc. Mile Ivanda
HRZZ
1108
Karakterizacija
niskotemperaturne molekulske
dinamike sustava s
neuređenom rešetkom
metodom ESR
Dr.sc. Marina Ilakovac
Kveder
Dr.sc. Marina Ilakovac
Kveder
HRZZ
2334
Nano-mreže kvantnih točaka u
staklima: Od samouređenja do
pretvorbe energije i pohrane
vodika
Dr.sc. Maja Buljan Dr.sc. Ivančica Bogdanović
Radović
HRZZ
4806
Identifikacija i funkcionalna
karakterizacija
(eko)toksikološki važnih
polispecifičnih membranskih
transportnih proteina u zebrici
(Danio rerio)
Dr.sc. Tvrtko Smital
HRZZ
1321
Primjena nusproizvoda
prehrambene industrije za
razvoj funkcionalnih i okolišno
prihvatljivih ekstrudiranih
proizvoda i aditiva
Dr.sc. Drago Šubarić Dr.sc. Drago Šubarić
Dr.sc. Alojzije Lalić
HRZZ
1477
Višenamjensko očitavanje
DNA / RNA sekundarne
strukture molekularnim
kemijskim senzorima
Dr.sc. Ivo Piantanida Dr.sc. Ivo Piantanida
Dr.sc. Ranko Stojković
HRZZ
6380
Poremećena vazorelaksacija i
endotelno-leukocitna
interakcija (ELI) u razvoju
aterosklerotskih lezija
Dr.sc. Ines
Drenjančević
Dr.sc. Ines Drenjančević
Dr.sc. Domagoj
Drenjančević
HRZZ
5863
Električni transport u staklima i
staklo-keramici
Dr.sc. Andrea Moguš-
Milanković
Dr.sc. Andrea Moguš-
Milanković
HRZZ
3102
Višekomponentne reakcije u
sintezi peptidnih mimetika
Dr.sc. Ivanka Jerić Dr.sc. Ivanka Jerić
HRZZ
6949
Trehaloza: poboljšanje
kvalitete proizvoda na bazi
voća
Dr.sc. Mirela Kopjar Dr.sc. Mirela Kopjar
Dr.sc. Anita Pichler
HRZZ
3365
Cijepljenje rajčice ublažava
biotički stres izazvan štitastim
moljcima
Dr.sc. Katja Žanić Dr.sc. Katja Žanić
Dr.sc. Slavko Perica
HRZZ
7235
Povezanost fleksibilnosti,
aktivnosti i strukture u porodici
dipeptidil-peptidaza III
Dr.sc. Sanja Tomić Dr.sc. Sanja Tomić
36
HRZZ
2945
Utjecaj promjena termohaline
cirkulacije u istočnom
Mediteranu na planktonske
zajednice u južnom
Jadranu:ekološki i genetički
pristup
Dr.sc. Mirna Batistić Dr.sc. Davor Lučić
HRZZ
2978
Rekombinacija, popravak
DNA i očuvanje integriteta
genoma: novi putevi
Dr.sc. Davor Zahradka Dr.sc. Davor Zahradka
Dr.sc. Ksenija Zahradka
HRZZ
3733
Satelitska DNA u genskoj
regulaciji i ekološkoj adaptaciji
Dr.sc. Đurđica
Ugarković
Dr.sc. Đurđica Ugarković
HRZZ
1481
Starosno-ovisna ekspresija
membranskih prijenosnika u
štakora
Dr.sc. Ivan Sabolić Dr.sc. Ivica Rubelj
HRZZ
7140
Notch u diferencijaciji
hematopoetskih stanica matica
i u razvoju leukemija
Dr.sc. Mariastefania
Antica
Dr.sc. Mariastefania Antica
HRZZ
7530
Novi metodološki pristup
biogeokemijskim
istraživanjima specijacije
metala u tragovima u obalnim
vodenim ekosustavima genoma
Dr.sc. Dario Omanović Dr. sc. Marina Mlakar
Dr.sc. Vlado Cuculić
HRZZ
8607
Utjecaj okolišnog stresa na
pojavnost i međudjelovanje
biološki važnih organskih
molekula i mikronutrijenata u
morskom ekosustavu
Blaženka Gašparović Dr. sc. Marina Mlakar
Dr.sc. Vlado Cuculić
HRZZ
2324
Patofiziološke posljedice
promjena sastava lipidnih
splavi
Dr.sc. Marija Heffer Dr. sc. Elizabeta Has
Schön
Dr.sc. Valentina Pavić
HRZZ
3183
Centromerna genomika
beskralješnjaka
Dr.sc. Miroslav Plohl Dr.sc. Miroslav Plohl
HRZZ
9737
Divlja loza (Vitis vinifera
subsp. sylvestris): vrijedan
izvor gena za oplemenjivanje
vinove loze
Dr.sc. Goran Zdunić Dr.sc. Goran Zdunić
Dr.sc. Irena Budić-Leto
HRZZ
1194
Razjašnjavanje sortne
tipičnosti vina i maslinovih ulja
od hrvatskih domaćih sorti
Dr.sc. Igor Lukić Dr.sc. Irena Budić-Leto
HRZZ
4289
Genomski i glikanski
biomarkeri PTSP-a
Dr.sc. Nela Pivac
Dr.sc. Nela Pivac
HRZZ
5660
Mulitidisciplinarni pristup
otkriću lijekova s ciljanim
djelovanjem na matične stanice
tumora – uloga transporta
kalija
Dr.sc. Marijeta Kralj
Dr.sc. Marijeta Kralj
Povrh temeljnih istraživačkih projekata koje znanstvenici – nastavnici studija
Molekularne bioznanosti ostvarivali od 2007. godine uz potporu Ministarstva
37
znanosti, obrazovanja i športa, treba reći da ovi stručnjaci rade i na nizu tehnoloških i
kolaborativnih projekata MZOSa, ali i međunarodnih projekata, uključujući i projekte
tzv. Okvirnog programa (FW) EU. Tijekom 2006. godine započela je i realizacija
COST projekta (Akcije) B35 koju će voditi znanstvenici koji vode i studij
Molekularne bioznanosti, a u kojem se integrira rad 28 istraživačkih centara iz 20
europskih zemalja i Izraela u području lipidne peroksidacije.
4.4. Institucijsko rukovođenje doktorskim programom
Sveučilišnim poslijediplomskim interdisciplinarnim doktorskim studijem
Molekularne bioznanosti rukovodi Vijeće poslijediplomskog studija uz suradnju s
Povjerenstvom za poslijediplomske studije, doktorate i počasne doktorate te Senatom
Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku. U radu Vijeća sudjelovati će
predstavnici svih triju suradnih ustanova koji će odabrati voditelja studija i njegove
zamjenike.
4.5. Ugovorni odnosi između studenata i nositelja doktorskog studija
Sa svakim studentom poslijediplomskog studija sklapa se Ugovor o studiranju.
Ugovorom se uređuju međusobna prava i obveze tijekom studija, te financiranju
studija.
4.6. Imena nastavnika i suradnika koji će sudjelovati u izvođenju svakog
predmeta pri pokretanju studija. Podaci o svakom angažiranom nastavniku, i to:
o naziv ustanove u kojoj je zaposlen
o e-mail adresa i adresa osobne web stranice
o životopis, popis radova objavljenih u posljednjih pet godina, te navođenje
radova koji ga kvalificiraju za izvođenje studijskog programa
o datum zadnjeg izbora u znanstveno-nastavno ili nastavno zvanje
o ako nastavnik nije zaposlen u visokoškolskoj ustanovi ili u suradnim
ustanovama koje predlažu program pismena izjava nastavnika da je
spreman izvoditi nastavu, te pismena dozvola čelnika ustanove u kojoj je
nastavnik zaposlen s navođenjem predmeta i razdoblja za koje se dozvola
izdaje.
Prilog 2. Podatci o nastavnicima
4.7. Popis nastavnih radilišta (nastavnih baza) za provođenje studija (nastave i
istraživačkog rada)
Uz prostore rektorata Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Odjela za
biologiju Sveučilišni poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij Molekularne
bioznanosti koristit će za potrebe provođenja eksperimentalnog rada laboratorije
znanstveno-nastavnih sastavnica osječkog Sveučilišta, centre, zavode i laboratorije
Instituta Ruđer Bošković, te Sveučilišta u Dubrovniku kako je navedeno pod točkom
4.2.
38
4.8. Optimalan broj studenata koji se mogu upisati s obzirom na prostor opremu
i broj nastavnika, posebno obzirom na broj potencijalnih voditelja doktorskih
tema
Optimalan broj studenata je 30, uz mogućnost da studij pogađaju studenti kojima je to
osnovna aktivnosti – redovni (full time) studenti, odnosno znanstveni novaci, te
studenti koji studij pohađaju radeći na poslovima kojima izrada doktorata nije
primarna zadaća, dakle koji nisu znanstveni novaci (part time).
4.9. Procjena troškova izvedbe doktorskog programa i trošak studija po
studentu
Temeljem prethodno izrađenog poslovnog plana za studij koji je bio osmišljen kao
sastavnica STP (Science and Technology Project) od strane Instituta Ruđer Bošković
procijenjena je vrijednost školarine po studentu u iznosu od 2.000 USD (cca 12.500
kuna). U ove troškove nisu uračunati materijalni troškovi za izradu doktorata, a
očekivana je i financijska potpora MZOSa studiju za potrebe istraživanja i temeljne
materijalne troškove nastave. Stoga troškovi studija po studentu iznose 12.500 kuna.
4.10. Financiranje doktorskog programa:
o Izvori financiranja doktorskog programa
o Status studenata (ugovori sa studentima, plaće ili stipendije, socijalna i
zdravstvena zaštita, zaštita na radu, izobrazba u inozemnim institucijama)
Doktorski program može se financirati iz različitih izvora:
o proračunska sredstva Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa
Republike Hrvatske (znanstveni novaci, znanstveni projekti);
o troškove poslijediplomskog studija može snositi student odnosno poduzeće
ili ustanova koja ga je uputila na studij
o kompetitivno pribavljenim sredstvima zaklada, fondova
Iznos utvrđene naknade za školarinu na poslijediplomskom studiju uplaćuje se prije
upisa u svaki semestar, te prilikom prijave doktorskog rada.
Pravne osobe plaćaju unaprijed ukupan iznos troškova, dok se studentima koji sami
plaćaju troškove studija odobrava obročna uplata prije upisa u svaki semestar i prijavu
doktorskog rada.
Povrat uplaćenog iznosa nije moguć čim se student upisao na poslijediplomski studij,
bez obzira tko je izvršio uplatu.
Status studenta
1. Pristupnici koji studiraju u punom radnom vremenu bit će u pravilu u statusu
znanstvenih novaka (uz osiguranu plaću kao i sva druga prava koja im
pripadaju iz radnog odnosa (socijalna, zdravstvena zaštita i zaštita na radu):
2. Pristupnici koji su zaposleni izvan visokoškolskih ustanova studiraju u dijelu
radnog vremena ostvaruju prava koja im pripadaju temeljem potpisanoga
ugovora o radu sa svojim poslodavcima.
39
3. Izobrazbu na drugim znanstvenim institucijama u zemlji i inozemstvu, te
izvannastavna znanstvena aktivnost (troškovi puta i boravka) u svrhu
znanstvenog usavršavanja podmiruje se odobrenim stipendijama (prijave uz
suglasnost mentora i voditelja studija) gdje su studentu za vrijeme njegovog
boravka u pravilu pokrivena osnovna prava (socijalna i zdravstvena zaštita i
zaštita na radu).
4. 11. Kvaliteta doktorskog programa:
o Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe doktorskog programa, a
posebno način sudjelovanja studenata u ocjenjivanju studijskog
programa,
o Praćenje realizacije ciljeva doktorskog programa (stjecanje znanja i
vještina, ovladavanje tehnikama, vještine relevantne za zapošljavanje
izvan akademskih institucija, zapošljavanje, alumni) (learning
outcomes),
o Institucijski mehanizmi za unaprjeđenje kvalitete doktorskog programa
(samo-evaluacijski postupci, evaluacijski postupci, anketiranje studenata,
istraživanje uspješnosti provođenja programa, indikatori uspješnosti)
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo
Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i anketa:
1. Studentska anketa o nastavniku (ocjenama od 1 do 5 ocjenjuje se: pridržavanje
rasporeda i satnice, pridržavanje najavljene teme, pripremljenost nastavnika,
korištenje vizualnih pomagala, način izlaganja).
2. Studentska anketa o nastavi i predmetu (ocjenama od 1 do 5 ocjenjuje se: pojedini
oblici nastave (predavanja, seminari, vježbe), aktivno sudjelovanje studenata i je li
predmet pružio potrebno znanje i vještine.
Student je obvezan pri prijavi doktorske disertacije popuniti anketni upitnik.
Također, provesti će se ankete za utvrđivanje razine stečenog znanja diplomiranih
doktora znanosti u korelaciji s očekivanjima radne sredine koja ih je uputila na studij
odnosno u kojoj djeluju nakon završenog studija.
U skladu s rezultatima anketa Vijeće poslijediplomskog studija predložiti će mjere za
poboljšanje kvalitete studija.
Treba napomenuti i da Sveučilište u Dubrovniku ima vrlo razvijen Sustav upravljanja
kvalitetom iz vremena dok je imalo status veleučilišta. Naime, Veleučilište u
Dubrovniku bila je prva visokoškolska ustanova u Hrvatskoj koja je već 1999. godine
stekla certifikat za upravljanje kvalitetom prema normi ISO 9002:1994, s dvojnom
certifikacijom Hrvatskog registra brodova (HRB) i Bureau Veritas Quality
International (BVQI). Nakon uvođenja sustava upravljanja kvalitetom pokazale su se
sve prednosti koje takav sustav donosi u organiziranju i svakodnevnom odvijanju
poslova u ustanovi koja ga je primijenila. Ujednačili su se inače diversificirani
poslovi, uveli standardizirani obrasci za sve aktivnosti u ustanovi, jasnije su se
definirale odgovornosti za pojedine aktivnosti, uveo se sustav kvantitativnog
vrednovanja nastave i nastavnika, te se poboljšao nadzor nad odvijanjem radnih
procesa. Pozitivna iskustva Sustava upravljanja kvalitetom Sveučilišta u Dubrovniku
će pomoći kontinuiranom promicanju kvaliteta studija Molekularne bioznanosti i
suradnje pojedinaca uključenih u realizaciju studija i ustanova koje studij
organiziraju.
40
5. NAPOMENE
U tijeku je natječaj MZOSa za prijavu znanstvenih programa i projekata, stoga je
izvjesno da će tijekom realizacije studijskog programa znanstvenici, nastavnici studija
Molekularne bioznanosti, raditi na projektima drugih naziva od onih koji su navedeni
u ovom programu.
Sukladno iskazanom interesu očekujemo da će Molekularne bioznanosti biti značajan
čimbenik povezivanja stručnjaka iz ovih područja u zemlji i inozemstvu, te da će nam
se postupno pridružiti i drugi kolege, ne samo iz matičnih ustanova koje prijavljuju
ovaj studij, već i iz drugih srodnih ustanova naše akademske zajednice.
41
Prilog 1. Podatci o predmetima
3.3. Opis svakog predmeta
Šifra predmeta: 1001
Naziv predmeta: POČELA BIOSTATISTIKE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: obvezni kolegij
Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Domagoj Šimić1
Doc.dr.sc. Andrijana Rebekić2
Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni institut Osijek 2Poljoprivredni fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: X obvezni □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Cilj je kolegija naučiti studente (1) temeljnim znanjima o osobitostima statističke obradbe
biomedicinskih podataka, (2) kako podatke obraditi samostalno ili u suradnji sa statističarima,
tj. kako obaviti obradu podataka u okviru vlastitih znanstvenih istraživanje ili tumačiti
rezulate obrade podataka, te (3) kako objaviti rezultate obrade podataka kao sastavni dio
rezultata istraživanja i prema kojim pravilima, tj. u kojem dijelu znanstvenoga rada.
Sadržaj predmeta:
Statistička metodologija obradbe biomedicinskih podataka u tijeku znanstvenog istraživanja:
vrste kliničkih istraživanja, uzorak i populacija, raspodjela podataka, prikupljanje, vrste i opis
podataka, mjerne ljestvice, pregled deskriptivnih statističkih pokazatelja (mjere centralne
tendencije i rasapa), statistička hipoteza i zaključivanje, usporedba vrijednosti između dvaju
ili više skupina, proporcije, raščlamba nepotpuno praćenih podataka i krivulje preživljenja,
veličina uzorka, snaga testa, korelacije i regresija (multivarijatna regresija, logistička regresija
i Coxov regresijski test), raščlamba karakteristika rada prijamnika (engl. ROC analiza).
Informatički pregled, prikaz i vježbanje načina uporabe tipičnog računalnog programa za
statističku obradbu biomedicinskih podataka: zadavanje osobina pokazatelja, upis podataka,
pohrana i prijenos podataka iz jednoga u drugi oblik zapisa. oblikovanje ispisa rezultata
obradbe, prijenos rezultata u tablične ili grafičke oblike znanstvenog izvješća.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Samostalno komuniciranje sa znanstvenicima na temu statističke raščlambe podataka i
razumijevanje čitanja izvješća o provedenoj obradbi podataka. Provedba znanstvenog
istraživačkog rada. Samostalno korištenje računalnih programa i samostalna uporaba
temeljnih funkcija računalnog programa za statističku obradbu podataka. Samostalno
oblikovanje i tumačenje izvješća obradbe podataka.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 15
42
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene: osim uvodnoga predavanja i jednog trosatnog seminara se sva ostala nastava
obavlja tako da svaki student radi na jednom računalu, sasvim samostalno, korištenjem
programa za statističku obradbu podataka. Sva nastava događa se kroz rješavanje problema
(zadataka).
Obveze studenata: redovito pohađanje nastave.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Dawson-Saunders B, Trapp RG. Basic & Clinical Biostatistics. 3. izdanje. Prentice-Hall
Int. Inc., London, 2000.
2. Petrie A, Sabin C. Medical statistics at a glance. Blackwell Science, Oxford, 2000.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Petz B. Osnovne statističke metode za nematematičare. III. dopunjeno izd. Naklada Slap,
Jastrebarsko, 1997.
2. Marušić M. Uvod u znanstveni rad u medicini. III. obnov. izd. Medicinska naklada, Zagreb,
2004.
3. StatSoft Inc. Electronic Statistics Textbook. Tulsa, OK: StatSoft, 2002.
(http://www.statsoft.com/textbook/stathome.html)
4. Moher D, Schulz KF, Altman DG, for the CONSORT Group. The CONSORT statement:
revised recommendations for improving the quality of reports of parallel group randomized
trials. Lancet 2001;357:1191-4. (http://www.consort-statement.org/revisedstatement.htm)
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
1. testiranje znanja na kraju svake treće vježbe
2. test na kraju nastave s anketom (anonimno)
43
Šifra predmeta: 1005
Naziv predmeta: MOLEKULARNA BIOLOGIJA STANICE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: obvezni kolegij
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Hrvoje Lepeduš1
Izv.prof.dr.sc. Koraljka Gall Trošelj, viša znanstvena suradnica2
Ustanova nositelja predmeta: 1Filozofski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku 2Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: X obvezni □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Zadaća kolegija je dati temeljna znanja o građi, strukturi i funkciji stanice, osnovne jedinice
života. Posebno je važno da studenti usvoje princip dinamičke povezanosti između struktura i
njihovog funkcioniranja u stanici, te da usvoje spoznaju o kontinuitetu staničnih procesa.
Poseban cilj je povezivanje dosadašnjih znanja studenata i funkcioniranja stanice na
molekularnoj razini.
Sadržaj predmeta:
Kemijski sastav stanice. Pregledni plan stanične organizacije: protocite, eucite. Organizacija i
kemizam biomembrana. Oblici transporta kroz biomembranu. Citoskelet. Struktura i funkcija
interfazne jezgre: kromosomi, DNA i geni. Kontrola genske ekspresije. Stanični ciklus.
Replikacija. Transkripcija. Mitoza i endomitoza. Mejoza i crossing-over. Endoplazmatski
retikulum, ribosomi i biosinteza proteina. Golgijev sustav, lizosomi, peroksisomi,
glioksisomi, vakuole. Mitohondriji: ultrastruktura i funkcija. Stanična energetika. Plastidi i
plastidni pigmenti. Ultrastruktura kloroplasta i fotosinteza. Diferencijacija stanica i kontrola
rasta. Molekularni mehanizmi koji dovode do razvoja karcinoma. Posebnosti metabolizma
stanica karcinoma.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim znanjima potrebnim za korištenje biološke terminologije, moći
će opisati, povezati i kritički analizirati osnovne znanstvene spoznaje o građi i funkciji
stanica, te objasniti princip dinamičke povezanosti između struktura i njihovog funkcioniranja
u stanici.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratorij
u
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
44
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima i vježbama ili
konzultacijama, te pripremiti seminare na odabrane teme.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
ALBERTS, A., JOHNSON, A., LEWIS, J., RAFF, M., ROBERTS, K., WALTER, P., 2007:
Molecular biology of the cell. 5th ed. Garland Science, New York – Abingdon.
COOPER, G.M., HAUSMAN, R.E., 2010: Stanica – molekularni pristup. Peto izdanje.
(Urednik hrvatskog izdanja: Lauc, G.) Medicinska naklada Zagreb.
MURRAY, R.K., BENDER, D.A., BOTHAM, K.M., KENNELLY, P.J., RODWELL, V.W.,
WEIL, P.A., 2011: Harperova ilustrirana biokemija. 28. izdanje. (Urednice hrvatskog izdanja:
Lovrić, J., Sertić, J.) Medicinska naklada Zagreb.
LEPEDUŠ, H., CESAR, V., 2010: Osnove biljne histologije i anatomije vegetativnih organa.
Sveučilište J. J. Strossmayera u osijeku, Odjel za biologiju, Osijek.
Dopunska (preporučena) literatura:
REECE, J.B., URRY, L.A., CAIN, M.L., WASSERMAN, S.A., MINORSKY, P.V.,
JACKSON, R.B., 2013: Campbell biology. 10th ed. Pearson - Benjamin Cummings, San
Francisco.
VOET, D., VOET J.G., 2010: Biochemistry, 4th ed. John Wiley & Sons, Inc. New York.
AMBRIOVIĆ RISTOV, A., 2007: Metode u molekularnoj biologiji. Institut Ruđer Bošković,
Zagreb.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
45
Šifra predmeta: 1003
Naziv predmeta: METODIKA IZRADE ZNANSTVENOG RADA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: obvezni kolegij
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Vera Cesar
Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: X obvezni □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Zadaća kolegija jest dati znanja o načinima organiziranja istraživačkog zadatka i načinima
prezentacije rezultata znanstvenoj javnosti, te etičkim načelima kojih se treba pridržavati.
Tijekom seminara studenti će organizirati znanstveni skup polaznika studija, te na njemu
prezentirati samostalno pripremljenu prezentaciju znanstvenih rezultata (poster, izlaganje ili
kratki znanstveni rad).
Sadržaj predmeta:
Ciljevi znanstvenog rada. Razlike između znanstvenog i stručnog rada. Komponente
znanstvenog rada. Korištenje literature. Eksperiment, ispitivanje, istraživanje, organizacija
rada na terenu (pojmovi, razlike). Obrada rezultata: sortiranje, primjena adekvatnih
statističkih metoda, modeliranje, predviđanje. Prezentacija istraživanja: objavljivanje
rezultata, izlaganje, poster. Pisanje članka (znanstvenog, stručnog, preglednog, znanstveno-
popularnog). Citiranje literature. Prijave na znanstvene i stručne skupove. Osnovna načela u
izlaganju rezultata. Etika u istraživačkom rada (objavljivanje rezultata, korištenje tuđih
podataka, citiranje drugih autora, odnos među istraživačima).
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim znanjima potrebnim za samostalno postavljanje istraživačkog
zadatka, prezentiranje i publiciranje rezultata.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 10
Vježbe
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
46
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama,
organizirati znanstveni skup polaznika studija, te na njemu prisustvovati s jednim od oblika
prezentacije znanstvenih rezultata.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
KNIEWALD, J., 1993: Metodika znanstvenog rada. Manualia Universitatis Studiorum
Zagrebiensis, Miltigraf, Zagreb.
SILOBRČIĆ, V., 1994: Kako sastaviti i objaviti znanstveno djelo. Zagreb.
DAY, R.A., 1988: How to write & publist a scientific paper. Oryx Press, Phoenix, New York.
MATTHEWS, J.R., BOWEN, J.M., MATTHEWS, R.W., 1996: Successful scientific writing.
Cambridge University Press. Melbourne.
JONES, A., REED, R., WEYERS, J., 2003: Practical skills in biology, Pearson, Prentice Hall,
London.
Dopunska (preporučena) literatura:
FULGOSI, H., LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2005: Differential accumulation of
plastid preprotein translocon components during spruce (Picea abies L. Karst.) needle
development. Biol. Chem., 386, 777-783.
LEPEDUŠ, H., JOZIĆ, M., ŠTOLFA, I., PAVIČIĆ, N., HACKENBERGER, B. K., CESAR, V., 2005:
Changes in guaiacol peroxidase activity in the peel of Unshiu mandarin (Citrus unshiu Marc.)
LEPEDUŠ, H., GAĆA, V., CESAR, V., 2005: Guaiacol peroxidases and photosynthetic pigments
during maturation of spruce needles. Croat. Chem. Acta, 78(3), 355-360.
CESAR, V., LEPEDUŠ, H., LJUBEŠIĆ, N., 2004: Histochemical observations on the needles of
Norway spruce (Picea abies L. Karst.) trees affected by cement dust pollution. Phyton, 44,
205-217.
HAS-SCHÖN, E., LEPEDUŠ, H., CESAR, V., 2002: Trendline analysis in biological processes
during the proliferation of spruce vegetative buds into young needles. Period. biol. 104, 469-
474.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
47
Šifra predmeta: 1004
Naziv predmeta: PROJEKTNI MENADŽMENT U ZNANOSTI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: obvezni kolegij
Nositelji predmeta: Izv.prof.dr.sc.Neven Žarković, znanstveni savjetnik-trajno zvanje
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: X obvezni □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: 1. godina 1. semestar
Cilj predmeta:
Osposobiti polaznike nastave za samostalan rad i za rad u projektnoj skupini za izradu
znanstveno-istraživačih projektnih prijava i njihovu realizaciju. Poseban naglasak je na
timskom radu i procjeni individualnog afiniteta svakog studenta za odgovarajuću funkciju u
projektnom timu.
Sadržaj predmeta:
1. Koncipiranje ideje: prikupljanje podataka, pretraživanje baze patenata,state-of-the-art,
pisanje sažetka
2. Pravne osnove korištenja interneta u projektnom menadžmentu
3. Razrada razvojnog projekta i poslovnog plana: zadaci, resursi, budžetiranje
4. Prezentiranje projekta: koncept prezentacije, prilagodba auditoriju, izvještavanje
5. Poslovni planovi u znanosti: koncepcija i namjena, specifičnosti realizacije
6. Primjeri znanstveno-istraživačkih projekata i projektnih prijava
7. Primjeri znanstvenih i tehnologijskih projekata EU i SAD
8. Izrada i prezentacija virtualnih projektnih prijava
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Polaznici će steći temeljna znanja i praktične vještine potrebne za samostalan rad i rad u
projektnoj skupini tijekom izrade projektnih prijava. Steći će i vještinu javnog prikaza prijave.
Uvježbati će se zajedničkom radu projektne skupine. Polaznici će biti upoznati s osnovnim
značajkama znanstvenih projekata te principima projektnog upravljanja.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 15
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje
na daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene: Odabir projektnih prijava će biti usklađen s interesima i mogućnostima
studenata.
48
Obveze studenata: Redovno i aktivno sudjelovanje u nastavi provjereno doprinosom u radu
seminara i vježbi uz izradu individualne projektne prijave i prikaza izrade projekta skupine.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. CORDIS FP7 materials
2. Project management tutor (2003) Accord software & sytems Inc. Software shareware
program
3. Ministarstvo znanosti obrazovanja i športa (Ministarstvo znanosti i tehnologije): Projekt
tehnologijskog razvitka.
4. Žarković N. i Jurina M. (ur.), Posebnosti projektnog menadžmenta u znanstveno-
istraživačkom radu, VSPU udžbenik u izradi
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Drucker, P. (1994), The coming of knowledge-based business, Harvard Business review,
Sep-Oct. 1994, pp. 165-170.
2. Lundvall, B.A. (1992), National system of innovations, towards theory of innovation and
interactive learning,, Pinter Publishers, London
3. Radošević, S (1994), Strategic Technology Policy for Eastern Europe, Economic Systems,
Vol. 18., No.2
4. European Commission (2002): Implementing the priority thematic areas of the Sixth
Framework Programme http://europa.eu.int/comm/research/fp6/documents_en.html
5. Žugaj, M., K. Dumičić, V. Dušak, Temelji znanstvenoistraživačkog rada, Metodologija i
metodika, Fakultet organizacije i informatike, Varaždin, 1999.
6. Katarina Prpić:U potrazi za akterima znanstvenog i tehnološkog razvoja IDIS, Zagreb
2000
7. J. Irvine and B.R. Martin: Picking the Winners, 1983
8. T. Kealey: The Economic Laws of Scientific Research, 1996
9. Science & Engineering Indicators, National Science Board, NSF, 2000
10. Inventing a Better Future – Report from the InterAcademy Council
www.interacademycouncil.net/report.asp?id=6258
11. Human Development report, 2003, UNDP, www.undp.org/hdr2003
12. Dr. Raoul Kneucker, Austria, Scientific Entrepreneurship in a Science System
http://www.mzos.hr/
13. Dr. Heikki Kotilainen, TEKES Finland, Deputy Director General, Finnish R&D policy,
best practices, lessons learned and experience with former EU candidate countries
http://www.mzos.hr/
14. Dr. Charles W. Wessner, Director Technology Innovation, National Academy of Sciences,
USA, Crossing the Valley of Death: SBIR and STTR in the United States
http://www.mzos.hr/
15. Dr. Arie van-der-Zwan, EU R&D policy, best practice, prospective for future candidate
countries http://www.mzos.hr/
49
Kvalifikacijski radovi nastavnika:
1. Žarković N. (2001) Projekt otvorenih Austro-hrvatskih laboratorija za temeljna i
primjenjena istraživanja u područjima prirodnih znanosti, biomedicine i biotehnologije.
IDM-INFO, 3/2001:70-73
2. Pifat Mrzljak G, Žarković N. (Eds.) (2003): Towards the European University Networks:
Trends and Challenges in Higher Education. Hrvatsko-austrijsko Društvo, Zagreb
3. Žarković N., Craig. S., Pavelić K., et al. (2003) Advanced Biomedical Diagnostics:
Functional Genomics, Project Business Plan, RBI-STP
4. Žarković N., Craig. S. (2003) Postgraduate School of Molecular Biomedicine, Project
Business Plan, RBI-STP
5. Žarković N., Reichl H., Craig. S. (2003) Bioassay Analysis Of Prion Associated
Diseases, Project Business Plan, RBI-STP
6. Etlinger B. et al. Long-term Business Plan of Rudjer Boskovic Institute, RBI-STP, 2003
7. Tin Matić: Uvod u pravo elektronske trgovine, Odvjetnik br. ¾, Zagreb, 2000;
8. Tin Matić: Primjena elektroničkog potpisa, Zbornik sa seminara Pravnika u gospodarstvu,
Opatija 2002, Zagreb, 2002
9. Dina Korper Žemva: AWA Information 03/01 – Technology Transfer in Pharmaceutical
Industry
10. Dina Korper Žemva: AWA Information 05/02 – Drug research in Croatia
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Upitnici za ispitivanje stavova korisnika programa prema programu i izvoditeljima.
50
Šifra predmeta: 1115
Naziv predmeta: OSNOVNE METODE U MOLEKULARNOJ BIOLOGIJI I
MEDICINI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: dr.sc. Andreja Ambriović Ristov, dr.sc. Neda Slade
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji: Anamaria Brozović, Koraljka Gall-Trošelj, Silva
Hećimović, Maja Herak Bosnar, Dubravka Hranilović,
Brankica Mravinac
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina , I. semestar
Cilj predmeta:
Stjecanje teoretskog i praktičnog znanja o osnovnim metodama rada u biologiji i medicini.
Kvalitetno znanstveno obrazovanje mora omogućiti teoretsko i praktično poznavanje metoda
rada.
Sadržaj predmeta:
Predmet je skup predavanja i vježbi kojima su obuhvaćene najvažnije metode u
eksperimentalnom radu u biologiji i medicini. Većina metoda uključuje i vježbe koje se
izvode u laboratoriju. Svaki predavač u okviru predmeta počinje sa teoretskim uvodom, kako
bi studenti mogli dalje pratiti praktični rad. Predviđa se kontinuirano obogaćivanje sadržaja
predmeta modernim metodama. Na seminarima se zajednički obrađuju članci samih
predavača s ciljem da se objasni zašto se i za koju svrhu određena metoda upotrebljava.
Predmet uključuje praktičan rad, međutim neke metode zbog dužine trajanja i/ili cijene,
obrađuju se samo pokazno. Predviđa se kontinuirano obogaćivanje sadržaja predmeta
modernim metodama. Na seminarima se zajednički obrađuju članci samih predavača s ciljem
da se objasni zašto se i za koju svrhu određena metoda upotrebljava.
Predmet obuhvaća sljedeće metode: izolacija DNA i RNA, elektroforeza u agaroznom gelu,
lančana reakcija polimerazom (PCR), reverzna transkripcija (RT), natrij dodecil sulfat
elektroforeza (SDS-PAGE), Western blot, analiza produkata reakcije PCR cijepanjem uz
pomoć restrikcijskih enzima (RFLP), imunocitokemija, kulture stanica, transfekcija,
određivanje apoptoze (fluorescencijom, izolacijom DNA fragmenata), kloniranje u plazmidni
vektor, Southern i dot blot hibridizacija, real time PCR, određivanje primarnog slijeda
nukleotida-sekvenciranje, heteroduplex analiza, analiza gubitka heterozigotičnosti, analiza
jednolančanih oblika DNA, biblioteke gena, konfokalna laserska pretražna mikroskopija,
elektronska mikroskopija, Ames test, gel elektroforeza u promjenjivom električnom polju
(PFGE), biokemijske metode pročišćavanja proteina, DNA microarray.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Predmet omogućuje proširivanje praktičnog znanja o eksperimentalnim metodama u biologiji
i medicini. Osim temeljite obrade svake pojedine metode, na seminarima se obrađuju
znanstveni članci samih predavača. Cilj seminara je na konkretnim znanstvenim problemima
pokazati kako se metoda bira i kako se opisuje u znanstvenom članku, odnosno kako se piše
poglavlje znanstvenog članka «Materijali i metode».
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 8
51
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 40
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene: U početku će se vježbe izvoditi u laboratorijima predavača, ali s vremenom se
nadamo da će Institut Ruđer Bošković osigurati jedan manji laboratorij namijenjen upravo toj
svrsi. Ovaj predmet temelji se na trogodišnjem iskustvu obrazovnog projekta
"METODOLOŠKI TEČAJEVI U BIOLOGIJI I MEDICINI" koji se organiziraju u sklopu
Instituta Ruđer Bošković www.metode.avalon.hr
Obveze studenata:
Redovito pohađanje predavanja i aktivno sudjelovanje na seminarima i vježbama.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja: seminarski rad i pismeni ispit koji sastavljaju svi predavači zajedno
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
-Sambrook J, Fritsch, E., Maniatis, T. (1989) Molecular cloning laboratory manual, 2nd ed.
Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.
-Ausbel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Struhl K. (1992)
Short protocols in molecular biology, Harvard Medical School, Greene Publishing Associates
and John Wiley and Sons, USA
-Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ. (1990) PCR Protocols. A guide to methods
and applications. Academic Press, Inc. USA
Dopunska (preporučena) literatura:
Ambriović Ristov i sur. (2003-2005) Metodološki tečajevi u biologiji i medicini, skripte uz
tečajeve, Institut Ruđer Bošković, Zagreb
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku, a voditelji će putem ankete
od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspješnosti od strane voditeljstva.
52
Šifra predmeta: 1102
Naziv predmeta: MODERNE EKSPERIMENTALNE METODE FIZIKE U
PRIRODNIM ZNANOSTIMA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Dr. sc. Mile Ivanda, znanstveni savjetnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: x izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: 1.god. I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Savladavanje teorijskih i eksperimentalnih vještina u primjeni modernih eksperimentalnih
metoda fizike u biologiji, kemiji i medicini. Upoznavanje s eksperimentalnim radom na
analitičkim metodama koje postoje na IRB-u. Obrada eksperimentalnih podataka modernim
računalskim metodama.
Sadržaj predmeta:
Osnove vakuumske fizike. Osnove niskotemperaturene fizike. Metode za depoziciju tankih
filmova. Metode pripreme praskastih uzoraka. Sol-gel metoda. Stakla. Keramike. Kompozitni
materijali. Nanomaterijali. Difrakcija x-zrakama. Laseri. Ramanova spektroskopija.
Infracrvena spektroskopija. Apsorpcijska spektroskopija. Fotoluminescencija. Florescencija.
Fosforescencija. Elipsometrija.
Optička mikroskopija. Konfokalna mikroskopija. Transmisijska i pretražna elektronska
mikroskopija. Pretražna tunelska mikroskopija (STM). Mikroskopija atomskim silama
(AFM). Pretražna optička mikroskopija bliskog polja (SNOM). Nuklearna magnetska
rezonancija (NMR). Elektronska paramagnetska rezonancija (EPR). Moessbauerova
spektroskopija. Statistička obrada eksperimentalnih podataka. Obrada podataka softwerskim
paketima: EXCEL, ORIGIN, MATHCAD, STATISTICA, PEAKFIT, J-IMAGE.
Vježbe:
Izrada i javna prezentacija seminarskog rada na jednoj od eksperimentalnih metoda IRB-a.
Posjeta laboratorijima IRB-a i dirktno upoznavanje s eksperimentalnim metodama moderne
fizike.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
U modernim prirodnim znanostima interdisciplinarnost kao i usvajanje modernih
eksperimentalnih metoda fizike igraju ključnu ulogu u njihovom razvoju. Kod mladih biologa
i medicinara, glavna barijera za usvajanje ovih metoda je kompleksan matematički aparat
fizike nužan za njihovo savladavanje. Ovim premetom, uz matematički aparat i predznanje
fizike primjereno polaznicima, ove bi se metode usvojile i time omogućile njihovu primjenu u
daljnjem znanstvenom radu.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 25
Ukupno 35
53
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene: Redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 6 sati nastave.
Obveze studenata:
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. M. Ivanda: Moderne eksperimentalne metode fizike u prirodnim znanostima, Skripta u
pripremi.
2. Miroslav Furić: Eksperimetalne metode moderne fizike, Školska knjiga, Zagreb, 1994.
3. Lecture Notes in Physics: Nanoscale Spectroscopy and Its Applications to
Semiconductor Research, Eds.Y. Watanabe, S. Heun, G. Salviati, and N. Yamamoto,
Springer Verlag 2002,
4. Physical Methods in Bioinorganic Chemistry – Spectroscopy and Magnetism, Ed.
Lawrence Que, Sausalito, 2002.
5. Nanostruktured Materials, Editor Carl C. Koch, William Andrew Publishing, Norwich/
New York, 2002.
6. David Harvey, Modern Analytic Chemistry, McGraw-Hill, New York, 1990.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Hans Kuzmany: Solid State Spectroscopy – An Introduction, Springer, Wien, 2002.
2. George Turrell: Infrared and Raman Spectra of Crystals, Academic Press, London,
1972.
3. Claus F. Klingshirn, Semiconductors Optics, Springer, Berlin, 1997.
4. Frank J.Blatt, Modern Physics, McGRAW-HILL, New York,1992.
5. Prospects in Nanotehnology, Proceedings of the First General Conference on
Nanotechnology, Editors M. Krummenacker and J. Lewis, Wiley & Sons, New York /
Chichester / Brisbane / Toronto/ Singapore, 1995.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
upitnici za ispitivanje stavova korisnika programa
provjera razumijevanja dobivenih informacija,
rasprave sa studentima i kolegama,
praćenje napredovanja svakoga studenta,
evaluacija uspješnosti predmenta svake godine od strane zajedničkog stručnog
povjerenstva Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta
u Osijeku”
54
Šifra predmeta: 1103
Naziv predmeta: OSNOVE METODA MAGNETSKE REZONANCIJE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Izv.prof.dr.sc. Marina Ilakovac Kveder, znanstvena savjetnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Naučiti osnove različitih metoda istraživanja bioloških sustava metodama koje se zasnivaju na
magnetskoj rezonanciji. Pri tome će se obuhvatiti aspekti nuklearne magnetske rezonancije i
elektronske paramagnetske rezonancije. Također će se u okviru kolegija teorijske znanja
demonstrirati na primjerima aktualnh istraživačkih projekata.
Sadržaj predmeta:
Tematske cjeline:
- Spinski i magnetski moment
- Magnetska rezonancija
- Manipulacije spinskim stanjima
- Osnove teorije relaksacije
- NMR i primjene
- EPR i primjene
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Stečeno znanje omogućit će kritički pristup analizi podataka iz literature ili dizajniranje i
provođenje vlastitih pokusa u suradnji s grupom koja izvodi nastavu
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 15
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati seminarima i vježbama.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
55
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
A. Carrington and A.D.McLachlan, Introduction to magnetic resonance, Harper and Row,
1967
L.J.Berliner: Spin labeling, Theory and applications, Academic press 1976
L.J.Berliner: Spin labeling, The next millenium, Plenum Press 1998
A.E.Derome: Modern NMR techniques for chemistry for chemistry research, Pergamon Press,
1987
M.H.Lewitt: Spin Dynamics, John Wiley and Sons, 2001
Dopunska (preporučena) literatura:
Redovito praćenje radova iz časopisa Magnetic resonance in biology and medicine
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
56
Šifra predmeta: 1104
Naziv predmeta: NUKLEARNE METODE ZA ANALIZU BIOLOŠKIH
MATERIJALA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Dr. sc. Ivančica Bogdanović Radović, viša znanstvena suradnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
U prvom dijelu ovog predmeta cilj je upoznati studente s fizikalnim principima i vrstama
ionizirajućeg zračenja koje susrećemo u prirodi te načinima kojima to zračenje međudjeluje s
materijom. U drugom dijelu predmeta bit će prikazano kako se akceleratori nabijenih čestica i
nuklearne analitičke metode mogu koristiti za karakterizaciju bioloških uzoraka. Bit će opisan
princip rada ionske mikroprobe kao jedinstvenog instrumenta koji je uz analitičke primjene
pogodan i za istraživanje utjecaja čestičnog zračenja ne pojedinačnu živu stanicu i okolinu te
stanice (bystander effect).
Sadržaj predmeta:
Ionizirajuće zračenje. Elektromagnetsko zračenje. Čestično zračenje. Alfa čestice. Beta čestice.
Kozmičko zračenje. Međudjelovanje zračenja i materije. Detekcija zračenja. Izvori zračenja u
prirodi. Čovjekova izloženost zračenju iz prirodnih izvora. Načini na koje zračenje utječe na žive
stanice. Zračenje možemo proizvesti i korištenjem akceleratora – izvora iona visokih energija.
Nuklearne analitičke metode koje se koriste za karakterizaciju bioloških uzoraka. Protonima
inducirana emisija x-zraka. Rutherfordovo raspršenje unatrag. Princip rada ionske mikroprobe.
Proučavanje pojedinačnih stanica korištenjem fokusiranog snopa iona iz ionske mikroprobe.
Skenirajuća transmisijska ionska mikroskopija. Metode ozračivanja pojedinačnih stanica.
Predmet bi uključivao i posjet Laboratoriju za interakcije ionskih snopova gdje bi studenti bili
upoznati s akceleratorom i ionskom mikroprobom, te prisustvovali demonstraciji jednog
eksperimenta za karakterizaciju bioloških uzoraka.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
U ovom predmetu studenti bi stekli osnovna znanja o vrstama zračenja koja nas okružuju u
prirodi. Naučili bi osnovne fizikalne principe i načine na koje zračenje međudjeluje s materijom s
posebnim naglaskom na djelovanje na žive stanice.
Također studenti bi se upoznali s eksperimentalnim metodama nuklearne i atomske fizike u
kojima se pomoću snopa iona visoke energije proučavaju biološki uzorci. U okviru posjeta
laboratoriju studenti bi stekli uvid u eksperimentalne opremu i metode koje se koriste.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 25
Ukupno 35
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
57
Napomene:
Obveze studenata: redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 4 sata,
redovito pohađanje vježbi te istraživanje za temu seminara koja će biti individualno dodijeljena
svakom studentu
- pohađanje vježbi te održavanje seminara su obavezni
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski rad Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza
objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Zvonimir Jakobović: Ionizirajuće zračenje i čovjek, Školska Knjiga, Zagreb, 1991.
2. Proceedings of the 8th International Conference on Nuclear Microprobe Technology and
Applications, Nuclear Instruments and Methods in Physics Research B210 (2003), Elsevier
B.V., Netherlands
3. Tesmer and Nastasi, “Handbook of Modern Ion Beam Materials Analysis”, Materials
Research Society (1995)
Dopunska (preporučena) literatura:
1. John Quaedackers: Elemental Analysis of Biological Tissues with a Proton Microprobe,
Universiteitsdrukkerij Technischje Universiteit Eindhoven, 2001
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
- rasprave sa studentima i kolegama radi provjere razumjevanja dobivenih informacija te
razumljivosti načina prezentacije
- uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer
Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku
58
Šifra predmeta: 1105
Naziv predmeta: METODE UZGOJA STANICA I TKIVA ZA BIOMEDICINSKA
ISTRAŽIVANJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Izv.prof.dr.sc. Neven Žarković, znanstvei savjetnik-trajno zvanje
Dr.sc. Suzana Borović Šunjić, viša znanstvena suradnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je upoznati polaznike studija s osnovnim metodama uzgoja stanica i tkiva, kao i
metodama praćenja osnovnih parametara rasta stanica. Nakon pohađanja ovog kolegija,
polaznici bi trebali dobiti osnovno znanje o radu sa staničnim kulturama koje bi im omogućilo
samostalan rad sa staničnim kulturama.
Sadržaj predmeta:
- prednosti i nedostaci upotrebe staničnih kultura; biologija staničnih kultura
- aseptičke metode i održavanje sterilnosti
- uvjeti za uzgoj staničnih kultura: supstrati, medij i temperatura
- izolacija primarnih staničnih kultura
- uzgoj organokultura
- održavanje i čuvanje staničnih kultura
- mjerenje vijabilnosti i citotoksičnosti
- dizajn pokusa i tumačenje rezultata
- specijalizirane tehnike rada sa staničnim kulturama
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
- savladavanje rada u sterilnim uvjetima
- osnove uzgoja stanica i rada sa staničnim kulturama
- osnove dizajniranja pokusa i tumačenja rezultata
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 15
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
59
Napomene:
Obveze studenata:
redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 2 sata nastave
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Sović A, Borović S, Lončarić I, Kreuzer T, Žarković K, Vuković T, Waeg G, Hrašćan
R, Wintersteiger R, Klinger R, Zurak N, Schaur RJ, Žarković N: The carcinostatic and
proapoptotic potential of 4-hydroxynonenal in HeLa cells is associated with its
conjugation to cellular proteins. Anticanc Res, 21:1997-2004, 2001
2. Semlitsch T, Tillian HM, Žarković N, Borović S, Purtscher M, Hohenwarter O,
Schaur RJ: Differential Influence of the Lipid Peroxidation Product 4-Hydroxynonenal on
the Growth of Human Lymphatic Leukaemia Cells and Human Peripheral Blood
Lymphocytes. Anticancer Res, 22:1689-1697, 2002
3. Wildburger R, Žarković N, Borović S, Žarković K, Kejla Z: Enhanced osteogenesis:
Systemic consequence of traumatic brain injury: U: Shock, sepsis and Organ Failure, 5th
Wiggers Bernard Conference. Schlag G, Redl H, Traber DL, (ur.), Springer-Verlag,
Heidelberg, 305-318, 1997
4. Freshney RI: Animal cell culture: A practical approach, Irl Press
5. skripta (u pripremi)
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Freshney RI: Culture of animal cells, Wiley-Liss
2. Adams R.L.P.: Laboratory techniques in biochemistry and molecular biology,
ELSEVIER
3. Borović Šunjić, Suzana; Čipak, Ana; Wildburger, Renate; Žarković, Neven. The
influence of 4-hydroxy-2-nonenal on proliferation and differentiation of human
osteosarcoma cells. Biofactors. 2005, u tisku
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Za pojedina predavanja – tematske cjeline – provjera razumijevanja dobivenih informacija,
načina prezentacije, itd.
Rasprave sa studentima i kolegama – anketa po završetku kolegija.
Praćenje napredovanja svakoga studenta.
Evaluacija uspješnosti od strane voditeljstva studija i zajedničkog stručnog povjerenstva
ustanova nositelja studija. Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno
povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku”.
60
Šifra predmeta: 1106
Naziv predmeta: OSNOVE IMUNOKEMIJSKIH METODA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Dr. sc. Paško Konjevoda, viši znanstveni suradnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković, Zagreb
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Za kemijsku i/ili instrumentalnu analizu bioloških tvari u većini slučajeva potrebno je naporno
i dugotrajno izdvajanje ciljnih supstanci. Imunokemijske metode su osjetljive, jednostavne,
selektivne, brze i isplative zamjene ili dodaci raspoloživim analitičkim metodama. Jedna od
glavnih prednosti imunokemijskih analiza je mogućnost kvalitativne i kvantitativne
karakterizacije veoma malih količina tvari neposredno u složenim biološkim uzorcima.
Sadržaj predmeta:
Definicija antigena (epitop) i protutijela (paratop). Reakcije antigen-protutijelo (specifičnost,
afinitet, križna reaktivnost) i osnove na kojima se temelje imunokemijske tehnike.
Imunizacija i priprava specifičnih poliklonalnih protutijela: imunogeni (stanice, velike
molekule, hapteni, priprava haptenskih konjugata), imunizacija (životinje, postupci
imunizacije, adjuvansi), klase imunoglobulina, skupljanje i skladištenje antiseruma. Priprava
monoklonskih i rekombinantnih protutijela. Izolacija, pročišćavanje i karakterizacija
protutijela. Obilježavanje protutijela.
Imunotaloženje, aglutinacija, inhibicija aglutinacije. Metode taloženja u gelu u uvjetima
difuzije (jednostruka i dvostruka, jedno- i dvodimenzionalna imunodifuzija). Elektroforeza i
imunoelektroforeza, bugačenje i njegova imunodetekcija. Radiokemijske metode (RIA).
Imunoenzimatske (ELISA) i imunofluorescentne metode (FIA). Protočna citometrija.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Upoznavanje s temeljima imunokemijskih metoda i mogućnostima njihove primjene u
kvantitativnoj i kvalitativnoj analizi biološkog materijala.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 15
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Redovno pohađanje nastave, izrada seminarskog rada, sudjelovanje u praktičnoj nastavi,
rasprave
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
61
Redovno pohađanje
nastave
Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Butler JE, IMMUNOCHEMISTRY OF SOLID-PHASE IMMUNOASSAY, CRC Press,
Boca Raton, 1991.
Brousseau P, Beaudet M, MANUAL OF IMMUNOLOGICAL METHODS, CRC Press, Boca
Raton, 1998.
Day ED, ADVANCED IMMUNOCHEMISTRY, Wiley-Liss, NY, 1990.
Longobardi Givan Alice (2001) FLOW CYTOMETRY: FIRST PRINCIPLES, 2nd Edition,
Wiley
Goers J, IMMUNOCHEMICAL TECHNIQUES LABORATORY MANUAL, Academic
Press, San Diego, 1993.
Javois LC, IMMUNOCYTOCHEMICAL METHODS & PROTOCOLS, Humana Press,
Totowa, NJ, 1999.
Johnstone A, Thorpe R, IMMUNOCHEMISTRY IN PRACTICE, Blackwell Science,
Cambridge, MA, 1996.
Manson MM, IMMUNOCHEMICAL PROTOCOLS, 1992.
Phillips TM, ANALYTICAL TECHNIQUES IN IMMUNOCHEMISTRY, Dekker, NY,
1992.
Pokrić B, PRECIPITATION AT EQUIVALENCE AND EQUILIBRIUM: A METHOD FOR
THE DETERMINATION OF EQUILIBRIUM CONSTANTS OF REACTION
BETWEEN MULTIDETERMINANT ANTIGEN AND SPECIFIC POLYCLONAL
ANTIBODIES, J Chem Inf Comput Sci 40: 524-529, 2000.
Pound JD, IMMUNOCHEMICAL PROTOCOLS, Humana Press., Totowa, NJ, 1998.
Riley RS, Mahin E J, Ross W, CLINICAL APPLICATIONS OF FLOW CYTOMETRY,
Igaku-Shoin Press, NY, 1993.
Van Oss CJ, Van Regenmortel MH, IMMUNOCHEMISTRY, Dekker, NY, 1994.
Ritter MA, Ladyman, HM, Monoclonal antibodies - Production, engineering and clinical
application, Cambridge University Press, 1995.
Dopunska (preporučena) literatura:
Padlan EA, ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEXES. R.G. Landes Co., Austin, Texas, 1994.
Van Regenmortel MHV, STRUCTURE OF ANTIGENS. Vol. 3. CRC Press, Boca Raton, FL,
1996.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Provjera razumijevanja dobivenih informacija za tematske cjeline.
Ispitivanje primjerenosti programa, načina prezentacije, nastavnih materijala, usvajanja
gradiva na kraju predavanja.
Rasprave sa studentima i kolegama.
Praćenje napredovanja svakoga studenta.
Uspješnost kolegija evaluirati će svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
62
Šifra predmeta: 1108
Naziv predmeta: OSNOVNE METODE I CILJEVI OPLEMENJIVANJA BILJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Sonja Marić1
Doc. dr. sc. Alojzije Lalić, znanstveni savjetnik2
Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmyera u Osijeku 2Poljoprivredni institut Osijek
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Oplemenjivanje bilja pruža temeljna znanja za razumjevanje postupka korištenja učinaka
gena u poboljšanju gospodarskih svojstava kultiviranog bilja. Temeljno je ukazati na ciljeve
oplemenjivanja kao znanstvene i stručne discipline čiji je cilj u konačnici stvaranje novih
kultivara, na način ostvarivanja postavljenoga cilja, u klasičnom oplemenjivanju ili uz pomoć
biotehnologije, vezano uz urod, namjensku kakvoću, otpornost na bolesti, reakciju na stresne
uvjete, adaptibilnost ... .
Sadržaj predmeta:
1. Naziv: Uvod i povijest oplemenjivanja. Sadržaj:Važnost oplemenjivanja, faze u razvoju
oplemenjivanja i najvažnija razdoblja (oplemenjivanje sorti, jednostruka hibridizacija,
dvostruka hibridizacija), oplemenjivanje na različita svojstva.
2. Naziv: Genetski resursi u oplemenjivanju bilja i poboljšavanje germplazme. Sadržaj:
Svrha i i cilj predmeta je upoznati studente sa značenjem genetskih resursa i načinima njihova
korištenja u oplemenjivanju kulturnog bilja.
3. Naziv: Oplemenjivačke metode i ciljevi oplemenjivanja. Sadržaj: Metode oplemenjivanja
i selekcije samooplodnih kultura, metode oplemenjivanja i selekcije stranooplodnih kultura,
rekurentna selekcija, selekcija hibrida, selekcija klonskih i sintetičkih kultivara.
4. Naziv: Adaptabilnost i stabilnost genotipa, Interakcija genotip × okolina. Sadržaj: Pokusi
u više okolina (prostor i vrijeme) – Dizajn pokusa – Pojam i interpretacija.
5. Naziv: Molekularne tehnike u oplemenjivanju. Sadržaj: Genomika pojedinih kultura,
analiza genetske divergentnosti, kulture stanica i tkiva, prednosti i nedostaci upotrebe metoda
molekularnih markera u oplemenjivanju bilja, RFLP metoda, metode na bazi PCR reakcije,
metode transfera gena i GM biljke u oplemenjivanju bilja.
6. Naziv: “Case studies”. Sadržaj: Razrada posebnih problema u istraživanjima u
oplemenjivanju pšenice, ječma, kukuruza, soje, suncokreta, lucerne.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Doktoranti stječu znanja vezana za osnovne koncepte oplemenjivanja bilja, te se detaljnije
upoznaju s metodama selekcije samooplodnih i stranooplodnih kultura izradom plana
križanja, savladavaju planiranje, dizajniranje i izvođenje pokusa u oplemenjivanju. Prikaz
selekcijskog rada na poljskim pokusima. Demonstracija provođenja emaskulacije i križanja.
Korištenje genetskih izvora i formiranje kolekcija germ-plazme. Uvid u mogućnosti i potrebe
primjene biotehnologije.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 10
63
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama,
vježbama i seminarima.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Martinčić, J., V. Kozumplik i suradnici (1996): Oplemenjivanje bilja
Jelaska, Sibila (1994): Kultura biljnih stanica i tkiva. Školska knjiga. Zagreb
Katarina Borojević (1986): Geni i populacija, Forum, Novi Sad.
Collin, H.A. and Edwards, S. (1998): Plant Cell Culture. BIOS Scientific Publishers. Oxford,
UK.
Newton, C.R. and Graham, G.A. (1997): PCR. Second edition. BIOS Scientific Publishers.
Oxford, UK.
Hallauer, A.R., W.A. Russel, and K.R. Lamkey. 1988. Corn breeding. p. 463-564. In: G.F.
Sprague and J.W. Dudley (eds.) Corn and corn improvement.Third edition. ASA, CSSA,
SSSA, Madison, WI, US
Dopunska (preporučena) literatura:
- Theoretical and Applied Genetics, Plant Breeding, Euphytica, Crop Science, Poljoprivreda,
Poljoprivredna znanstvena smotra, Cereal research.
- Tijekom izvođenja nastave odrediti će se najnoviji radovi objavljeni u referentnim
međunarodnim časopisima koji će služiti za pripremu seminara
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
64
Šifra predmeta: 1109
Naziv predmeta: BILJNA MIKROTEHNIKA I METODE MIKROSKOPIJE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Vera Cesar
Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Zadaća kolegija je dati znanja o pripremi citoloških i histoloških biljnih preparata, kao i
različitih metoda mikroskopije. Tijekom praktikuma studenti će samostalno izrađivati
preparate i mikroskopirati.
Sadržaj predmeta:
Uvod u biljnu mikrotehniku. Uzorkovanje biljnog materijala. Fiksacija. Dehidracija.
Infiltracija i uklapanje. Upotreba mikrotoma. Histokemijske i citokemijske reakcije: svježi
prerezi, prerezi uklopljeni u parafin, metakrilatne i epoksi smole. Imunolokalizacija. In situ
hibridizacija nukleinskih kiselina. Svjetlosna mikroskopija. Tipovi svjetlosnih mikroskopa:
mikroskop s faznim i diferencijalno-interferencijeskim kontrastom, fluorescencijski
mikroskop, konfokalni mikroskop. Elektronska mikroskopija: TEM i SEM (ESEM).
Tijekom praktikuma studenti će samostalno izrađivati citolške i histološke preparate, bojati i
mikroskopirati, te naučiti analizirati dobivene rezultate.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim znanjima potrebnim za samostalno izrađivanje i interpretaciju
mikroskopskih preparata.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, i
svim praktikumima.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u Obvezan seminarski Vježba ili case
65
nastavi rad study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
RUZIN, S.E., 1999: Plant Microtechnique and Microscopy. Oxford University Press, New
York, Oxford.
MALIGA, P., KLESSIG, D. F., CASHMORE, A. R., GRUISSEM, W., VARNER, J. E., 1995: Methods
in Plant Molecular Biology. A Laboratory Course Manual. Cold Spring Harbor Laboratory
Press, New York.
O’BRIEN, T. P., MCCULLY, M. E., 1981: The Study of Plant Structure. Princples and Selected
Methods. Termercarphi Pty. Ltd., Melbourne, Australia.
WILKINSON, D. G., 1998: In situ Hybridization. Practical Approach. Oxford University Press,
Oxford, New York, Tokyo.
Dopunska (preporučena) literatura:
FULGOSI, H., LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2005: Differential accumulation of
plastid preprotein translocon components during spruce (Picea abies L. Karst.) needle
development. Biol. Chem., 386, 777-783.
CESAR, V., LEPEDUŠ, H., LJUBEŠIĆ, N., 2004: Histochemical observations on the needles of
Norway spruce (Picea abies L. Karst.) trees affected by cement dust pollution. Phyton, 44,
205-217.
LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., HAS-SCHÖN, E., 2003: Photosynthetic pigments,
chloroplast distribution and fine structure in vegetative buds of two spruce species. Biologia
(Bratislava), 58, 867-873.
LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2001: Chloroplast ultrastructure and chlorophyll
levels in vegetative buds and needles of Norway spruce (Picea abies L. Karst.). Period.
Biol.,103, 61-65.
LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2005: Photosystem II efficiency, chloroplast pigments
and fine structure in previous-season needles of Norway spruce (Picea abies L. Karst.)
affected by urban pollution. Period. Biol., 107(3), 329-333.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
66
Šifra predmeta: 1110
Naziv predmeta: BIOINFORMATIKA ZA POČETNIKE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Usmjerenje: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Izv.prof.dr.sc. Domagoj Matijević
Ustanova nositelja predmeta: Odjel za matematiku, Sveučilište Josipa jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Predmet je zamisljen kao elementarni uvod u Bioinformatiku za istrazivace bez prethodnog
iskustva s racunalima i statistikom.
Svrha predmeta je prirediti sudente za napredniju bioinformaticku nastavu koja zahtjeva
razumijevanje racunala, algoritama i programiranja..
Sadržaj predmeta:
Dio I Bioinformatika upotrebom web preglednika (web browser)
Svrha: Nauciti studente gdje i kako mogu doci do informacija
1.1. Sto je dostupno na mrezi i pod kojim uvjetima?
1.2. PubMed, PubChem i databaze sekvenci
1.3. Bioinformatika s jednom sekvencoma
1.3.1. DNA sekvenca
1.3.2. Proteinska sekvenca
1.4. Bioinformatika s vise sekvenci - komparacija sekvenci
1.4.1. DNA sekvence
1.4.2. Proteinske sekvence
1.5. Specijalizirane base podataka
Dio II Bioinformatika upotrebom izvanmreznog racunala
Svrha: Nauciti studente kako maksimalno iskoristiti informacije sakupljene na mrezi
2.1. Osobno racunalo kao bioinformaticka racunalska stanica
2.1.1. Windows, Mac ili Linux?
2.2. Prebacivanje rutinskih i repetitivnih zadataka na racunalo
2.2.1. Sto je programiranje?
2.2.2. Sto je Perl?
2.3. Gotovi bioinformaticki programi za osobno racunalo
Dio III Bioinformatika kroz prakticne primjere
Svrha: Pokazati vaznost bioinformatike za prakticne probleme
3.1. Analiza BLAST izvjestaja
3.2. Analiza paraloga
3.3. Analiza ortologa
3.4. Analiza SNP
67
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti ce se upoznati s osnovnim bioinformatickim programima i bazama podataka koji su
dostupni preko weba.
Studenti ce postupno, pocevsi od jednostavnih primjera, usvojiti znanje efikasne upotrebe
racunala
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Redovno pohadanje 80% nastave, aktivnost na nastavi i pismeni ispit.
Student moze umjsto pismenog ispita odrzati seminar u dogovoru s voditeljem predmeta.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Gibas, C., Jambeck, P., „Developing Bioinformatics Computer Skills“, O’Reilly, 2001
2. http://en.wikipedia.org/wiki/Biological_database
Dopunska (preporučena) literatura:
68
1. Molecular Biology of the Gene. J.D. Watson et al., 5th Ed. B. Cummings 2004
2. Bioinformatics. Mount, D., 2nd Ed., Cold Spring Harbour Laboratory Press, 2004
Kvalifikacijski radovi nastavnika:
03. J. V. Knop, W. R. Muller, Z. Jericevic, N. Trinajstic,
"Computer Enumeration and Generation of Trees and Rooted Trees",
J. Chem. Inf. Comput. Sci., 21 (1981) 91-99.
04. Z. Jericevic, I. Kucan, R. W. Chambers,
"Photochemical Cleavage of Phosphodiester Bonds in Oligoribonucleotides",
Biochemistry, 21 (1982) 6563-6567.
05. Z. Trgovcevic, D. Petranovic, E. Salaj-Smic, M. Petranovic, N. Trinajstic, Z. Jericevic,
"DNA Replication Past Pyrimidine Dimers in the Absence of Repair",
Mutat. Res., 112 (1983) 17-22.
07. N. Trinajstic, Z. Jericevic, J. V. Knop, W. R. Muller, K. Szymansky,
"Computer Generation of Isomeric Structures",
Pure & Appl. Chem., 55 (1983) 379-390.
11. Z. Jericevic, N. Trinajstic, D. Petranovic, Z. Trgovcevic,
"Mathematical Modelling of DNA Replication in UV-Irradiated Bacteria",
Studia Biophysica, 102 (1984) 97-106.
20. Zeljko Jericevic, Brent Wiese, Joseph Bryan and Louis C. Smith,
"Validation of an Imaging System: Steps to Evaluate and Validate a Microscope Imaging
System for Quantitative Studies", in Fluorescence Microscopy of Living Cells in Culture, Part
B, Quantitative Fluorescence Microscopy: Imaging and Spectroscopy, D.L. Taylor and Y-L.
Wang, Editors,
Methods in Cell Biology Series, Vol 30 (1989) 47-83,
Academic Press, New York 1989.
21. Z. Jericevic and L.C. Smith,
"Factor Analysis Applied to Digital Images of Human Chromosomes", in A. Graovac, Editor,
Studies in Physical and Theoretical Chemistry, Vol 63 (1989) 279-288, Elsevier Science
Publishers, Amsterdam, 1989.
69
25. Z. Jericevic, B. Wiese, R. Homan, J. Bryan, and L.C. Smith,
"Digital Imaging Fluorescence Microscopy: Statistical Analysis of Photobleaching and
Passive Cellular Uptake Processes", in K.R. Miller, Editor,
Advances in Cell Biology, Vol 3 (1990) 111-151, JAI Press, Greenwich, 1990.
31. M. Sakamoto, D. Pinkel, L. Mascio, D. Sudar, D. Peters, W-L. Kuo, K. Yamakawa, Y.
Nakamura, H. Drabkin, Z.Jericevic, L.C. Smith, and J.W. Gray,
"Semiautomated DNA Probe Mapping Using Digital Imaging Microscopy: II. System
Performance"
Cytometry, 19 (1995) 60-69.
35. Željko Jeričević and Željko Kušter
"Non-linear Optimization of Parameters in Michaelis-Menten Kinetics"
Croatica Chemica Acta, 78 (2005) 519-523.
37. Rainer B. Lanz, Zeljko Jericevic, William J. Zuercher, Chris Watkins, David L. Steffen,
Roland Margolis and Neil J. McKenna
“Nuclear Receptor Signaling Atlas (www.nursa.org): hyperlinking the nuclear receptor
signaling community”
Nucleic Acids Research, 34 (2006) D221-D226.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
- izrada web stranice sa nastavnim materijalom
- anonimna anketa o kvaliteti i sadržaju nastave, studentske sugestije za poboljsanje
70
Šifra predmeta: 1111
Naziv predmeta: MOLEKUSKA SPEKTROSKOPIJA BIOLOŠKIH SISTEMA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Dr.sc. Vlasta Mohaček Grošev, znanstvena suradnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni x izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: Prva godina, prvi semestar
Cilj predmeta:
Obrazovanje studenata u svrhu stjecanja znanja o mogućnostima primjene molekulskih
spektroskopija, posebno Ramanove i infracrvene spektroskopije u proučavanju bioloških
sistema.
Sadržaj predmeta:
Teorijske osnove: kako organizam, tkivo, stanicu...detektiramo vibracijskim
spektroskopijama; opis svojstvenih stanja molekula, koji su dozvoljeni prijelazi u
molekulama u Ramanovoj i infracrvenoj spektroskopiji, koji spektralni interval opisuje
kolektivana pobuđenja više molekula, da li ga uvijek opažamo i kojom metodom; red i nered
u složenim sistemima.
Praktične vježbe: Proučavanje nekoliko odabranih jednostavnih sistema (organske molekule u
tekućem stanju, komadić tkiva ili organizam) u laboratorijskim vježbama. Svaki student
dobija svoj sistem i problem za rješavanje te uz pomoć mentora piše seminarski rad koji
usmeno izlaže.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Po završetku kolegija student bi trebao biti sposoban samostalno pristupiti izučavanju bilo
kojeg biološkog uzorka metodama vibracijske spektroskopije.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 25
Ukupno 35
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
71
Napomene: Izvođenje kolegija provodi se u Laboratoriju za molekulsku fiziku Zavoda
za fiziku materijala Instituta Ruđer Bošković
Obveze studenata: Obavezno pohađanje predavanja, radu u laboratoriju i izrada samostalnog
zadatka.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
V. Mohaček Grošev: Primjena vibracijske spektroskopije na biološke sisteme (skripta)
S. F. Parker: Applications of infrared, Raman and resonance Raman spectroscopy in
biochemistry, Plenum Press, New York 1983.
Dopunska (preporučena) literatura:
M. Hesse, H. Meier, B. Zeek, A. Linden, M. Murrey: Spectroscopy methods in organic
chemistry, Thieme Medical Publishers 1997 šesto izdanje ili
sedmo njemačko izdanje: M. Hesse, H. Meier, B. Zeek : Spektroskopische Methoden in den
organische Chemie Georg Thieme Verlag Sttuttgart 2005.
Kvalifikacijski radovi nastavnika:
1. V. Mohaček Grošev, R. Božac, G. J.Puppels:
Vibrational spectroscopic characterization of wild growing mushrooms and
toadstools,
Spectrochim. Acta A 57(14) (2001) 2815-2829
2. V. Mohaček Grošev:
Vibrational analysis of hydroxyacetone,
Spectrochim. Acta A 61(3)(2005) 477-484.
3. K. Furić, V. Mohaček Grošev, M. Hadžija:
Development of cataract caused by dibetes mellitus; Raman study
J. Mol. Struct. (u tisku)
4. V. Mohaček Grošev.
Spectroscopic arguments for a new crystal phase of glycolaldehyde,
J. Raman Spectroscopy (prihvaćen)
. 5. V. Mohaček, K. Furić, M. Dakkouri, M. Grosser:
Stable and metastable solid phases of dicyclopropylacetylene,
J. Phys. Chem. 96 (1992) 11042 - 11047.
6. K. Furić, V. Mohaček, M. Mamić:
72
Methanol in matrix isolated, vapour and liquid phase: Raman spectro-
scopic study,
Spectrochim. Acta 49A (13/14) (1993) 2081 – 2087.
7. V. Mohaček, K. Furić:
Vibrational analysis of some cyclopropyl derivatives,
J. Mol. Struct. 266 (1992) 321 - 326.
8. K. Furić, V. Mohaček, M. Bonifačić, I. Štefanić:
Raman spectroscopic study of H2O and D2O water solutions of glycine,
J. Mol. Struct. 267 (1992) 39 - 44.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost izbora gradiva i tumačenja pratit će se upitnicima podijeljenim studentima prije i
poslije kolegija. Koliko je predmet ispunio očekivanja ocijenit će voditeljstvo studija, a svake
godine će uspješnost kolegija evaluirati zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer
Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
73
Šifra predmeta: 1112
Naziv predmeta: ANALIZA LOKUSA KVANTITATIVNIH SVOJSTAVA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Domagoj Šimić, znanstveni savjetnik1
Doc.dr.sc. Sonja Petrović2
Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni institut Osijek 2Poljoprivredni fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Dario Novoselović, znanstveni savjetnik
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Upoznavanje s analizom lokusa kvantitativnih svojstava (QTL) –statističkom metodom
kombiniranja fenotipskih (mjerljiva svojstva) i genotipskih podataka (molekularni markeri) u
svrhu razjašnjenja genetske osnove variranja kompleksnih svojstava kod biljaka i životinja, u
medicini. Stjecanje novih znanja i vještina iz područja QTL analize putem teorijskih
predavanja i praktičnih vježbi na konkretnim podacima.
Sadržaj predmeta:
Kvantitativna (kompleksna) svojstva. Fenotipizacija i genotipizacija. Genetsko mapiranje.
Tipovi populacija za QTL mapiranje. Broj lokusa i gena. Veličina populacije. Analiza
pojedinog markera, intervalno i kompozitno intervalno mapiranje, asocijacijsko mapiranje.
Analiza konkretnih podataka i slučajeva. Pregled računalnih programa za QTL analizu.
Genomski resursi. Referentne populacije. Od QTL-a do gena: pozicijsko kloniranje, geni
kandidati. Mapiranje i mikročipovi, ekspresijski QTL-ovi. Budući trendovi.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim znanjima iz genetske analize kompleksnih svojstava što će im
omogućiti planiranje i izvođenje istraživanja iz tog područja.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, te
pripremiti i izložiti seminarski rad.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
74
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
HEDRICK, P.W., 2000. Quantifying QTLs. U: Genetics of populations. Jones and Bartlett
Publishers, Boston, pp 493-499.
MILES, C., WAYNE, M., 2008. Quantitative trait locus (QTL) analysis. Nature Education 1(1).
Available from: http://www.nature.com/scitable/topicpage/quantitative-trait-locus-qtl-
analysis-53904
SHADT, E.E., MONKS, S.A., DRAKE, T.A., LUSIS, A.J., CHE, N., COLINAYO V., RUFF, T.G.,
MILLIGAN, S.B., LAMB, J.R., CAVET, G., LINSLEY, P.S., MAO, M., STOUGHTON, R.B., FRIEND,
S.H , 2003. Genetics of gene expression surveyed in maize, mouse and man. Nature, 422, 297-
302.
WAYNE, M.L:, MCINTYRE, L.M., 2002. Combining mapping and arraying: An approach to
candidate gene identification. Proceedings of the National Academy of Sciences, 99, 14903-
14906.
Dopunska (preporučena) literatura:
ANDORF, C.M., LAWRENCE, C.J., HARPER. LC, SCHAEFFER ML, CAMPBELL DA, SEN Z, 2010.
The Locus Lookup tool at MaizeGDB: identification of genomic regions in maize by
integrating sequence information with physical and genetic maps. Bioinformatics, 26, 434-
436.
KEARSEY, M.J., 1998. The principles of QTL analysis (a minimal mathematics approach).
Journal of Experimental Botany, 49, 327, 1619-1623.
SORIĆ, R., LONČARIĆ, Z., KOVAČEVIĆ, V., BRKIĆ, I., ŠIMIĆ, D., 2009. A major gene for leaf
cadmium accumulation in maize (Zea mays L.). The Proceedings of the International Plant
Nutrition Colloquium XVI. UC Davis, USA. Available from:
http://escholarship.org/uc/item/1q48v6cf
ŠIMIĆ, D., LEDENČAN, T., JAMBROVIĆ, A., ZDUNIĆ, Z., BRKIĆ, J., BRKIĆ, A., MLADENOVIĆ
DRINIĆ, S., BRKIĆ, I., 2009. SNP and SSR marker analysis and mapping of a maize
population. Genetika, 41, 237-246.
ŠIMIĆ, D., MLADENOVIĆ DRINIĆ, S., ZDUNIĆ, Z., JAMBROVIĆ, A., LEDENČAN, T., BRKIĆ, J.,
BRKIĆ, A., BRKIĆ, I., 2012. Quantitative trait loci for biofortification traits in maize grain.
Journal of Heredity, doi: 10.1093/jhered/esr122.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
75
Šifra predmeta: 1113
Naziv predmeta: LABORATORIJSKE ŽIVOTINJE I BIOMEDICINSKA
ISTRAŽIVANJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Dr. sc. Ranko Stojković, viši znanstveni suradnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković, Zagreb
Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Josipa Lazić, viši znanstveni suradnik
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je upoznati polaznike s različitim animalnim modelima koji se koriste u
biomedicinskim istraživanjima, načinom držanja laboratorijskih životinja te planiranja i
provođenja pokusa na istima, osiguranjem dobrobiti životinja tijekom provođenja pokusa kao
i zakonskom regulativom vezanom uz ovo područje
Sadržaj predmeta:
- Uvod u znanost o laboratorijskim životinjama
- Značaj animalnih modela u biomedicinskim istraživanjima i etika upotrebe laboratorijskih
životinja
- Najčešće laboratorijske životinje i njihove biološke osobine
- Genetski standardizirane, mikrobiološki standardizirane i fiziološki oštećene
laboratorijske životinje i njihova uporaba u biomedicinskim istraživanjima
- Pregled pozitivne zakonske regulative u RH i EU vezane uz uzgoj držanje i rad s
laboratorijskim životinjama koje se koriste u biomedicinskim istraživanjima
- Izrada pokusnog protokola za rad s laboratorijskim životinjama kroz kritičku analizu
znanstvenog članka iz područja znanosti o laboratorijskim životinjama (Journal club)
- Alternative uporabi laboratorijskih životinja kroz kritičku analizu znanstvenog članka iz
područja znanosti o laboratorijskim životinjama (Journal club). - Posjet animalnoj jedinici instituta „Ruđer Bošković i rad s laboratorijskim životinjama (
obilježavanje životinja, određivanje spola, aplikacija lijekova (ip,sc.ig,iv), prikaz različitih
načina uzorkovanja krvi u laboratorijskih životinja, analgezija, anestezija i eutanazija
laboratorijskih životinja)
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Proširenje znanja o biologiji, smještaju i uporabi animalnih modela u biomedicinskim
istraživanjima Proširenje znanja o prednostima, nedostacima i potrebom pravile ekstrapolacije
animalnih pokusa na ljude.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 15
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
76
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati nastavi, te pripremiti i izložiti
seminarski rad
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
- Guide for the Care and Use of Laboratory Animals: Eighth Edition, 2011
- W.M.S. Russell and R.L. Burch The Principles of Humane Experimental Technique
- Fox JG, Anderson LC, Loew FM, Quimby FW (2002) Laboratory Animal Medicine 2nd
ed. Academic Press, Elsevier Science (USA).
- Liggitt HD. Laboratory Animals: Alternatives To Traditional Use, Laboratory Animal
Medicine and Sciences - Series 11 (2000).
- Harkness JE, Vagner JE, 1995. The Biology and medicine of Rabits and Rodents (1995)
Williams and Wilkins (USA).
- Zbirka zakona i podzakonskih akata RH i EU kojima se regulira rad s laboratorijskim
životinjama koje se koriste u biomedicinskim istraživanjima
Dopunska (preporučena) literatura:
Najnoviji znanstveni i pregledni radovi iz područja znanosti i zaštite pokusnih životinja.
Svu potrebnu obveznu i dodatnu literaturu polaznici će dobiti od voditelja predmeta na nastavi
na elektronskom nosaču (CD).
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
77
Šifra predmeta: 1114
Naziv predmeta: MODELI I METODE ZA ISTRAŽIVANJE OKSIDACIJSKOG
STRESA U KANCEROGENEZI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: dr.sc. Ana Čipak Gašparović, viša znanstvena suradnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je upoznati polaznike s različitim modelima, njihovim prednostima i
nedostacima u istraživanju uloge oksidacijskog stresa u kancerogenezi, te s testovima koji su
primjenjivi na pojedine modele.
Sadržaj predmeta:
- animalni i stanični modeli
- metode za određivanje reaktivnih kisikovih spojeva
- metode za određivanje antioksidacijskih mehanizama obrane stanice
- metode za određivanje produkata lipidne peroksidacije
- metode za određivanje citotoksičnih i genotoksičnih učinaka oksidacijskog stresa
- metode za određivanje učinaka oksidacijskog stresa na proteine
- metode za određivanje učinaka oksidacijskog stresa na genom
- komercijalno dostupni testovi za određivanje oksidacijskog stresa
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Osnovna saznanja o modelima u istraživaju uloge oksidacijskog stresa i lipidne peroksidacije
u kancerogenezi. Poznavanje mogućih metoda i njihove primjene na pojedine modele za
optimalnu evaluaciju izbora modela za ciljano istraživanje.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 15
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Studenti su obavezni redovito pohađati nastavu uz mogući opravdani izostanak do 2 sata
78
nastave
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Metode u molekularnoj biologiji (Andrea Ambriović Ristov, glavna ur.), Institut Ruđer
Bošković, Zagreb 2007
2. Cipak A, Jaganjac M, Tehlivets O, Kohlwein SD, Zarkovic N. Adaptation to oxidative
stress induced by polyunsaturated fatty acids in yeast. Biochimica et Biophysica Acta
1781 (2008); 283-287.
3. Cipak A, Hasslacher M, Tehlivets O, Collinson EJ, Zivkovic M, Matijevic T, Wonisch W,
Waeg G, Dawes IW, Zarkovic N, Kohlwein SD. Saccharomyces cerevisiae strain
expressing a plant fatty acid desaturase produces polyunsaturated fatty acids and is
susceptible to oxidative stress induced by lipid peroxidation. Free Radical Biology and
Medicine 40 (5) (2006), 897-906
4. Zivkovic M, Zarkovic K, Skrinjar Lj, Waeg G, Poljak-Blazi M, Borovic S, Schaur RJ,
Zarkovic N. A new method for detection of HNE-histidine conjugates in rat inflammatory
cells. Croatica Chemica Acta 78 (2005), 91-98
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Zivkovic M, Poljak-Blazi M, Zarkovic K, Mihaljevic D, Schaur RJ, Zarkovic N.
Oxidative burst of neutrophils against melanoma B16-F10. Cancer Letters 232 (2007);
100-108.
2. Borovic S, Rabuzin F, Waeg G, Zarkovic N. Enzyme-linked immunosorbent assay for 4-
hydroxynonenal-histidine conjugates. Free Radical Research, 40 (8) (2006), 809-820.
3. Borovic Sunjic S, Cipak A , Rabuzin F, Wildburger R, Zarkovic N The Influence of 4-
Hydroxy-2-nonenal on Proliferation, Differentiation and Apoptosis of Human
Osteosarcoma Cells. Biofactors 24 (2005), 141-148
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
79
Šifra predmeta: 1116
Naziv predmeta: METODE MOLEKULARNE DIJAGNOSTIKE U DETEKCIJI
MULTIREZISTENTNIH BAKTERIJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Domagoj Drenjančević
Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište J. J. Strossmayera u Osijeku, Medicinski
fakultet Osijek
Suradnici – izvoditelji: nastavnici Katedre za mikrobiologiju i parazitologiju,
MF Osijek
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina , I. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente s najnovijim molekularnim dijagnostičkim metodama u istraživanju i
detekciji multirezistentnih bakterija. Upoznati studente s metodama molekularne
epidemiologije i genotipizacije bakterija. Prikazati primjenu molekularnih metoda detekcije u
kliničkoj dijagnostičkoj primjeni.
Sadržaj predmeta:
Evolucija rezistencije i značaj multirezistentnih bakterija u nastanku globalne prijetnje. Uloga
pravovremene detekcije i nadzora nad širenje rezistentnih determinanti među bakterijskom
populacijom. Genetske osnove za nastanka antimikrobne rezistencije. Gentotipizacija
bakterija: gel-elektroforeza u pulsirajućem polju (pulsed-field gel electrophoresis, PFGE),
analiza sekvenci više gena (multilocus sequence typing, MLST) i analiza lokusa koji sadrže
različiti broj uzastopnih ponavljanja (multiple locus variable number of tandem repeat
analysis, MLVA) . Laboratorijska dijagnostika multirezistentnih bakterija. Fenotipske vs.
genotipske metode u detekciji multirezistentnih uzročnike - prednosti i nedostatci. Prikaz
molekularnih metoda u detekciji rezistentnih bakterija: amplifikacijske metode temeljene na
lančanoj reakcija polimeraze (PCR) - „konvencionalni“ PCR, real-time PCR i komericijalni
RT-PCR kitovi, multiplex PCR, polimorfizam dužine restrikcijskh fragmenta (restriction
fragment length polymorphism RFLP), DNA probe-based hibridizacijski eseji, kombinirani
eseji (DNA probe-based + PCR, PCR+ELISA). Sekvencioniranje genoma u detekciji
bakterijske rezistencije i nova generacija sekvencioniranja visoke propusnosti (high-
throughput sequencing). Tehnologija genskih nizova (Microarray technology) u detekciji
multirezistentnih bakterija. Nove metode u brzoj detekciji i identifikaciji multirezistentnih
bakterija: Pyrosequencing® tehnologija, Liquid array i matrix-associated laser desorption
ionization-time of flight (MALDI-TOF) – mogućnosti primjene i budući smjerovi.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će steći znanja o metodama genotipizacije i molekularne dijagnostike
multirezistentnih bakterija, njihovoj primjeni i značaju u nadzoru nad širenjem bakterijske
rezistencije. Studenti će proširiti postojeća znanja o laboratorijskim metodama i njihovoj
primjeni u biomedicinskim istraživanjima u području mikrobiologije i infektivnih bolesti.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 25
80
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
Napomene: /
Obveze studenata: Pohađanje nastave i aktivno sudjelovanje na seminarima.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja: seminarski rad i pismeni ispit koji sastavljaju svi predavači zajedno
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Diagnostic Bacteriology Protocols 2nd edition, L. O’Connor (Ed.) Series: Methods in
Molecular Biology, Vol. 345. Humana Press; New Jersey: 2006.
2. Sundsfjord A, Simonsen GS, Haldorsen BC, Haaheim H, Hjelmevoll SO, Littauer P et
al. Genetic methods for detection of antimicrobial resistance. APMIS 2004;112:815-
37.
3. Espy MJ, Uhl JR, Sloan LM, Buckwalter SP, Jones MF, Vetter EA et al. Real-time
PCR in clinical microbiology: applications for routine laboratory testing. Clin
Microbiol Rev 2006;19:165-256.
4. Fluit AC, Visser MR, Schmitz FJ. Molecular detection of antimicrobial resistance.
Clin Microbiol Rev 2001;14:836-71.
5. Lecuit M, Eloit M. The diagnosis of infectious diseases by whole genome next
generation sequencing: a new era is opening. Front Cell Infect Microbiol 2014 6;4:25.
6. Tuite N, Reddington K, Barry T, Zumla A, Enne V. Rapid nucleic acid diagnostics for
the detection of antimicrobial resistance in Gram-negative bacteria: is it time for a
paradigm shift?J Antimicrob Chemother 2014;69:1729-33.
7. Osei Sekyere J, Govinden U, Essack SY. Review of established and innovative
detection methods for carbapenemase-producing Gram-negative bacteria. J Appl
Microbiol 2015;119:1219-33.
8. Hrabák J1, Chudácková E, Walková R.Matrix-assisted laser desorption ionization-
time of flight (maldi-tof) mass spectrometry for detection of antibiotic resistance
mechanisms: from research to routine diagnosis. Clin Microbiol Rev. 2013;26:103-14.
9. Card RM, Warburton PJ, MacLaren N, Mullany P, Allan E, Anjum MF. Application
of microarray and functional-based screening methods for the detection of
antimicrobial resistance genes in the microbiomes of healthy humans. PLoS One. 2014
22;9(1):e86428.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Singh A, Goering RV, Simjee S, Foley SL, Zervos MJ. Application of molecular
techniques to the study of hospital infection. Clin Microbiol Rev. 2006;19:512-30.
2. Antibiotic Resistance, Methods and Protocols. Stephen H. Gillespie, editor. Series:
Methods in Molecular Biology, Vol. 48. Humana Press; New Jersey: 2001.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku, a voditelji će putem ankete
od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspješnosti od strane voditeljstva.
81
Šifra predmeta: 2102
Naziv predmeta: BIOMATERIJALI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Dr.sc. Andrea Moguš-Milanković,viša znanstvena suradnica1
Doc. dr. sc. Domagoj Drenjančević2
Ustanova nositelja predmeta: 1Institut Ruđer Bošković 2Medicinski fakultet,
Sveučilište Josip Juraj Strossmayer
Suradnici – izvoditelji: Ana Šantić
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta: Upoznati studente sa sastavom, svojstvima, strukturom biomaterijala.
Tipovima biomaterijala i njihovoj primjeni. Razvojem biomaterijala, zahtjevima koje
materijali moraju zadovoljavati za uporabu u tijelu, testovima biokompatibilnosti. Pokazati
kako kemijska i biološka svojstva ovise o sastavu i strukturi biomaterijala. Upoznati studente
s interakcija biomaterijala i mikrobne flore čovjeka i komplikacije koje proizlaze iz upotrebe
biomaterijala: stvaranje biofilma i infekcije. Upoznati studente s metodama detekcije
biofilma, dijagnostike, liječenja i prevencije infkecija biomaterijala.
Sadržaj predmeta:
Implantati, Struktura i oblici biomaterijala (staklo, keramike, staklo-keramike, polimeri,
kompoziti, tanki slojevi, metali-čelici; prah, zrna, niti, pjena, polikristali). Svojstva
biomaterijala (mehnička, kemijska stabilnost u vodenom mediju, kemijske i biološke reakcije
u fiziološkom okruženju, površinske reakcije, bioaktivnost). Vrste biomaterijala. Bioinertni,
bioaktivni, biorazgradivi materijali.
Terapijski biomaterijali. Dentalni materijali. Radioaktivni biomatrijali (stakla, metali u
različitim oblicima). Primjena i tehnološki razvoj biomaterijala. Biološki orijentirane metode
za obnovu tkiva. Tkivni inženjering-uvod. Materijali koji se koriste za podlogu u tkivnom
inženjeringu, njihova svojstva. Testiranje in vitro, in vivo, bioreaktori. Regenerativni
bioaktivni materijali.
Interakcija biomaterijala s čovjekovom mikrobnom florom i formiranje biofilma. Bakterijske
vrste povezane sa stvaranjem biofilma na biomaterijalima. Imunološki odgovor na stvaranje
biofilma. Infekcije biomaterijala – ubikvitarni izazov: značaj, metode detekcije, dijagnostika,
liječenja i prevencije. Antimikrobna rezistencija u biofilmu. In vivo modeli za istraživanje
infekcija povezanih s biofilmom.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Pokazati važnost poznavanja odnosa između sastava, strukture, svojstva i djelovanja
biomaterijala. Budući da fizička i kemijska svojstva ovise o sastavu biomaterijala i njegovoj
pripremi, njihovo poznavanje je osnovica za odabir i primjenu biomaterijala. Stjecanje znanja
o osnovnim kemijskim i biološkim procesima na površini bioinertnih, bioaktivnih i
biorazgradivih materijala. Stjecanje znanja o mikrobnom biofilmu i infekcijama biomaterijla.
Upoznavanje s metodama detekcije biofioma, dijagnostike, liječenja i prevencije infekcije
biomaterijala. Upoznavanje s modelima za ispitivanje biofilma.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
82
Vježbe
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene: Seminari će uključivati samostale zadatke i upotpunjavati će pojedine tematske
cjeline obrađene na predavanju.
Obveze studenata: Izrada seminarskog rada
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. An Introduction to Bioceramics, ed. by L.L. Hench and J. Wilson, World Scientific
Publishing Co. (1993)
2. Bioceramics: Materials and Applications, ed. by G. Fischman, A. Clare, L.L. Hench,
The American Ceramic Society, Ceramic Transactions, vol.48, (1994)
3. Future Strategies for Tissue and Organ Replacement, ed. by J. M. Polak, L. L. Hench,
P. Kemp, Imperial College Press, (2002)
4. L. L. Hench, Biomaterials: a forecast for the future, Biomaterials 19 (1998) 1419.
5. L. L. Hench, J. M. Polak, Third-Generation Biomedical Materials, Science 295 (2002)
1014.
6. L. G. Griffith, G. Naughton, Tissue Engineering-Current Challenge and Expanding
Opportunities, Science 295 (2002) 1009.
7. J. E. White , D. E. Day, Rare Earth Aluminosilicate Glasses for in vivo Radiation
Delivery, KeyEngineering Materials, 94-94 (1994) 181.
8. On-line udžbenik: Jerolimov V. i suradnici. Osnove stomatoloških materijala /
Jerolimov V. (ur.). Zagreb : Stomatološki fakultet, 2005.
9. Biofilms, infection, and antimicrobial therapy. Pace JL, Rupp M, Finch RG, editors.
CRC Press, Taylor & Francis Group: Boca Raton, 2006.
10. Römling U, Kjelleberg S, Normark S, Nyman L, Uhlin BE, Åkerlund B.Microbial
biofilm formation: a need to act. J Intern Med 2014;276:98-110.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. S. F. Hulbert, J. C. Bokros, L. L. Hench, J. Wilson, and G. Heimke, "Ceramics in Clinical
Applications, Past, Present and Future"; Ed. by P. Vincenzini. Elsevier Science Pub. B.V.,
Amsterdam, (1987).
2. L. L. Hench, "Bioactive Ceramics"; Vol. 523. Ed. by P. Ducheyne and J. Lemons. Annals
N.Y. Acad. Sci. (1988).
3. J. Black, "Systemic Effects of Biomaterials," Biomaterials, 5 (1984) 11.
4. W. Hohland, W. Vogel, K. Naurnann, and J. Gummel, "Interface Reactions Between
Machinable Bioactive Glass-Ceramics and Bone," J. Biomed. Mater. Res., 19 (1985) 303.
5. M. Jarcho, "Calcium Phosphate Ceramics as Hard Tissue Prosthetics," Clin. Orthop. Relat.
83
Res., 157 (1981) 259.
6. D. C. Greenspan and L. L. Hench, "Chemical and Mechanical Behavior of Bioglass Coated
Alumina," J. Biomed. Maters. Res., 10 [4] (1976) 503.
7. The Bone-Biomaterial Interface, Ed. by J.E. Davies, University of Toronto Press (1991).
8. L. L. Hench, D. E. Clark, "Physical Chemistry of Glass Surfaces," J. Non-Cryst. Solids, 28
(1978) 83.
9. R. W. Douglas and T. M. El-Shamy, Reactions of Glasses with Aqueous Solutions," J.
Amer. Ceram. Soc., 50 [1] (1967) 1.
10. Francolini I, Donelli G. Prevention and control of biofilm-based medical-device-related
infections. FEMS Immunol Med Microbiol 2010;59:227-38.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Provjera znanja nakon svake tematske jedinice. Seminarske radnje. Prezentacije studenata.
Rasprava sa studentima.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajdeničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
84
Šifra predmeta: 2105
Naziv predmeta: PEPTIDI U BIOLOŠKIM PROCESIMA - POTENCIJALNI
TERAPEUTICI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Dr.sc. Ivanka Jerić, znanstvena suradnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente s ulogom i mehanizmom djelovanja neuropeptida, antimikrobnih,
amiloidnih i natriuretskih peptida, oboljenja do kojih dolazi poremećajem u njihovoj funkciji i
istraživanjima koja imaju za cilj korigirati te poremećaje. Upoznati studente s prednostima i
ograničenjima peptida kao terapeutika i kako ih prevladati.
Sadržaj predmeta:
1. Uvod u peptide: građa, struktura i funkcija
2. Neuropeptidi
-otkriće, karakteristike, funkcija i neuropeptidni receptori
- neuropeptidi kao modeli u razvoju lijekova za kontrolu boli, ovisnosti, depresije, epilepsije,
unosa hrane i neurodegeneraciji
3. Antimikrobni peptidi
- podjela, mehanizam djelovanja, faktori bitni za aktivnost
- antimikrobni peptidi kao terapeutici i modificirani sintetski peptidi
4. -Amiloidni peptidi
- struktura, funkcija i uloga u patogenezi Alzheimerove i Parkinsonove bolesti, Down-ovog
sindroma i prionskih bolesti
5. Natriuretski peptidi
- podjela i korištenje kao markera i terapeutika
6. Peptidni mimetici
- jednostavne modifikacije, ciklički analozi, modifikacije peptidne veze, -aminokiseline,
peptidne nukleinske kiseline
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Temeljna znanja o peptidima usvojenim na dodiplomskom studiju proširuje na područje
kemije i biokemije. Razumijevanje mehanizma djelovanja i uloge peptida u razvoju niza
kroničnih ili infektivnih oboljenja. Razumijevanje pristupa razvoju modificiranih peptida ili
njihovih mimetika. Usvajanje važnosti interdisciplinarnog pristupa rješavanja problema u
post-genomskoj eri kada upravo peptidni terapeutici pronalaze sve više svoj put prema
kliničkoj primjeni.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
85
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: -pohađanje nastave i pisanje seminarskog rada
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. S. Lien i H. Lowman, Therapeutic peptides, Trends Biotechnol. 21 (2003) 556-562
2. T. Hökfelt, T. Bartfai i F. Bloom, Neuropeptides: opportunities for drug discovery, Lancet
Neurol. 2 (2003) 463-472
3. M. Zasloff, Antimicrobial peptides of multicellular organisms, Nature, 415 (2002) 389-
395
4. N. A. Lockwood i K. H. Mayo, The future for antibiotics: bacterial membrane
disintegrators, Drugs of the future, 28 (2003) 911-923
5. J. A. Esteban, Living with the enemy: a physiological role for the -amyloid peptide,
Trends Neurosci., 27 (2004) 1-3
6. Z. Abassi, T. Karram, S. Ellaham, J. Winaver i A. Hoffman, Implications of the natriuretic
peptide system in the pathogenesis of heart failure: diagnostic and therapeutic importance,
Pharmacoogy & Therapeutics, 102 (2004) 223-241
7. I. Jerić i Š. Horvat, Glycopeptides as model in biomedical studies, Kem. Ind. 53 (2004)
63-70
8. I. Jerić, Peptide mimetics: why and how, Kem. Ind. 53 (2004) 495-504
9. Skripta u pripremi
Dopunska (preporučena) literatura:
11. J. Zalewska-Kaszubska i E. Czarnecka, Deficin in beta-endorphin peptide and tendency to
alcohol abuse, Peptides 26 (2005) 701-705
21. M. Egli, Peptides: their role in excess alcohol drinking and their promise as a therapeutic
tool, Physiology&Behaviour 79 (2003) 89-93
31. I. Gozes, Neuroprotective peptide drug delivery and development: potential new
therapeutics Trends Neurosci., 24 (2001) 700-705
41. A. Izadpanah i R. L. Gallo, Antimicrobila peptides, J. Am. Acad. Dermatol., 52 (2005)
381-390
51. B. L. Kagan, R. Azimov i R. Azimova, Amyloid peptide channels, J. Membrane Biol.,
202 (2002) 1-10
61. D. J. Selkoe, Alzheimer's disease: genes, proteins and therapy, Physiol. Rev., 81 (2001)
741-766
71. H. P. Brunner-La Rocca, W. Kiowski, D. Ramsay i G. Sütsch, Therapeutic benefits of
increasing natriuretic peptide level, Cardiovascular Res., 51 (2001) 510-520
81. P. E. Nielsen, Peptide nucleic acids as therapeutic agents, Curr. Opin. Struct. Biol., 9
(1999) 353-357
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
86
- ispitivanje primjerenosti programa - provoditi će se ispunjavanjem upitnika koji će
sadržavati pitanja o predznanju studenata iz područja koje obrađuje kolegij, kao i području
znanstvenog djelovanja, da bi se osigurala maksimalna uspješnost i korist od predloženog
kolegija. Provodi se 3-5 tjedana prije početka nastave i na kraju predavanja predmeta
- uspješnost kolegija će evoluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku
87
Šifra predmeta: 2108
Naziv predmeta: GENETIČKO INŽENJERSTVO U BIOTEHNOLOGIJI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Izv.prof. dr. sc. Hrvoje Fulgosi, znanstveni savjetnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Temeljni je cilj kolegija dati znanja o tehnologiji rekombinantne DNA i mogućoj primjeni
kako bi se studenti mogli osposobiti za istraživanja i rad u biotehnologiji
Sadržaj predmeta:
Prokariotska i eukariotska DNA: razlike u mehanizmima regulacije genske aktivnosti.
Nuklearna i ekstranuklearna DNA. Fragmentiranje DNA: restrikcijske nukleaze, restrikcijsko
mapiranje. Odvajanje molekula DNA po veličini: gel elektroforeza. Sekvencioniranje DNA:
kemijsko cijepanje, dideoksi metoda. Hibridizacija nukleinskih kiselina in vitro i in situ.
Kloniranje DNA: plazmidski i viralni vektori. Svrha i primjena rekombinantne DNA
tehnologije: zamjena gena u bakterija i nižih eukariota, kreiranje specifičnih dominantnih
mutanata u diploidnih organizama, proizvodnja transgeničnih organizama, genska terapija.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Upoznavanje s najnovijim tehnikama genetičkog inženjerstva te upoznavanje i izvođenje
nekih od suvremenih laboratorijskih tehnika koje se koriste u stvaranju i analizi transgeničnih
organizama
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 10
Seminari 5
Vježbe 15
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Redovito polaženje nastave te aktivno sudjelovanje – redovita izrada
izvješća o izvedenim vježbama i tumačenje rezultata na temelju znanja stečenih u teorijskoj i
praktičnoj nastavi
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad Vježba ili case
study
88
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
DELIĆ, V., 1997: Genetičko inženjerstvo u biotehnologiji. PMF, Zagreb.
VOET, D., VOET J.G., 2004: Biochemistry, 3rd ed. John Wiley & Sons, Inc. New York.
Dopunska (preporučena) literatura:
WINNACKER, E.L., 1987: From genes to clones: introduction to gene technology. VCH
Verlagesellschaft mbH, Weinheim – New York.
IKIĆ, D., PAVELIĆ, K., SPAVENTI, R., 1989: Onkogeni i faktori rasta. Globus, Zagreb.
PAVELIĆ, K., SPAVENTI, R., 1992: Molekularna onkologija. Globus, Zagreb.
ALBERTS, B., BRAY, D., LEWIS, J., RAFF, M., ROBERTS, K., WATSON, J.D., 1994: Molecular
biology of the cell. 3rd ed. Garland Publishing, Inc., New York – London.
BROWN, T.A., 1994: DNA sequencing: the basics. IRL Press, Oxford.
BLACKBURN, G.M., GAIT, M.J., 1996: Nucleic acids in chemistry and biology. 2nd ed. Oxford
University Press.
FOSTER, G.D., TWELL, D., 1996: Plant gene isolation: principles and practice. John
Wiley&Sons, Chicester – New York.
HUGES, M.A., 1996: Plant molecular genetics. Longman, Edinburgh gate, Harlow.
BERG, J.M., TYMOCZKO, J.L., STRYER, L., 2002: Biochemistry, 5th ed. Freeman & Co, New
York.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Razgovorom sa studentima te anonimnim anketama
89
Šifra predmeta: 2109
Naziv predmeta: ADITIVI U HRANI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Drago Šubarić
Ustanova nositelja predmeta: Prehrambeno tehnološki fakultet u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: Prof.dr. sc. Ljubica Glavaš-Obrovac
Status predmeta: □ obvezni x izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studenta s aditivima koji se uobičajeno koriste u proizvodnji hrane, funkciji aditiva
u prehrambenom proizvodu, zakonskom regulativom, trendovima u primjeni aditiva, kao i
učincima aditiva na zdravlje čovjeka.
Sadržaj predmeta:
Aditivi u hrani. Zašto se aditivi dodaju u hranu? Zakonska regulativa vezana za primjenu
aditiva u proizvodnji hrane (kod nas i u svijetu). Klasifikacija i fizikalno-kemijska svojstva
aditiva. Reakcije sa sastojcima hrane. Trendovi u primjeni aditiva u proizvodnji hrane.
Aditivi u hrani i njihovi štetni učinci na zdravlje čovjeka. Malnutricija izazvana aditivima u
hrani. Antioksidansi u hrani kao inhibitori karcinogeneze i rasta tumora.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Uz temeljna znanja iz prirodnih i biotehničkih znanosti vezana za ovu problematiku studenti
će steći i znanja neophodna za razumijevanje kako pozitivnih tako i negativnih učinaka
aditiva na ljudsko zdravlje.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Da bi uspješno savladao ciljeve ovog predmeta student treba redovito pohađati nastavu,
aktivno sudjelovati u seminarima, pratiti literaturu iz područja i pripremiti prezentaciju.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku Prezentacija Praktičan rad
90
nastave
Obvezna literatura:
1. W. Baltes: Lebensmittelchemie. Springer Verlag, Berlin, Heidelberg, New York. 2000.
2. Food Chemistry (O. R. Fennema ur.), Marcel Dekker, Inc., New York, Basel, Hong Kong,
1996.
3. Food Additives (Collection of Analytical Methods for Food Additives, AOAC
International, Arlington, USA).
4. Food Additives in the European Union (propisi).
5. Pravilnik o aditivima koji se mogu nalaziti u namirnicama (NN 1/97).
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Robert L. Smith, Samuel M. Cohen, John Doull, Victor J. Feron, Jay I. Goodman,
Lawrence J. Marnett, Ian C. Munro, Philip S. Portoghese, William J. Waddell, Bernard M.
Wagner and Timothy B. Adams Criteria for the safety evaluation of flavoring substances:
The Expert Panel of the Flavor and Extract Manufacturers Association. Food and
Chemical Toxicology, 2005;43:1141-1177
2. Silvio De Flora and Lynnette R. Ferguson Overview of mechanisms of cancer
chemopreventive agents. Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of
Mutagenesis, Online 16 August 2005.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Provjera razumijevanja dobivenih informacija, načina prezentacije i opsega usvojenog gradiva
korištenjem upitnika na kraju predavanja predmeta.
Rasprave sa studentima i kolegama.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine voditeljstvo studija i zajedničko stručno
povjerenstvo ustanova nositelja studija.
91
Šifra predmeta: 2111
Naziv predmeta: BIOMOLEKULE U HRANI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Dajana Gašo Sokač
Ustanova nositelja predmeta: Prehrambeno – tehnološki fakultet Osijek
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Zadaća kolegija jest dati znanja o važnim bioaktivnim spojevima u hrani, njihovom
fiziološkom djelovanju kao i mogućim interakcijama. Tijekom seminara studenti će pripremiti
samostalnu prezentaciju neke zanimljive skupine spojeva.
Sadržaj predmeta:
Uvod. Reakcije između pojedinih sastojaka hrane (ugljikohidrata, proteina, lipida). Biološka
uloga pojedinih aktivnih molekula (fitokemikalija) u hrani. Biodostupnost nekih skupina
spojeva (polifenoli, terpenoidi, hidrokoloidi, glukozinolati, fosfolipidi, vitamini). Novi pristup
u korištenju biomolekula u hrani – funkcionalna hrana.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim znanjima o bioaktivnim sastojcima hrane.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje
na daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obvezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, te
prezentaciji u sklopu seminara.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u Obvezan seminarski Vježba ili case
92
nastavi rad study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
BELITZ, H.-D.,W. GROSCH; W., SCHIEBERLE, P., 2004: Food Chemistry. Springer-
Verlag, Berlin.
FENNEMA, O.R., 1996: Food Chemistry. Marcel Dekker, Inc, New York.
Dopunska (preporučena) literatura:
RICE-EVANS, C.A., PACKER, L., 2003: Flavonoids in Health and Disease. Marcel Dekker,
Inc, New York.
WATSON, D., 1998: Natural Toxicants in Food. Sheffield Academic Press, Sheffield.
GAŠO-SOKAČ, D., BUŠIĆ, V., KOVAČ, S., 2012.: Antioksidansi u hrani (interna skripta)
Prehrambeno-tehnološki fakultet Osijek
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
93
Šifra predmeta: 2112
Naziv predmeta: KONZERVACIJSKA OBRADA TLA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Danijel Jug
Izv. prof. dr. sc. Irena Jug
Ustanova nositelja predmeta: Poljoprivredni fakultet u Osijeku
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je upoznati studente s negativnim implikacijama tradicionalnih i
konvencionalnih sustava obrade tla (predstavljenih u osnovi oranjem i višestrukim
prometovanjem po poljoprivrednoj proizvodnoj površini), a koji se prvenstveno reflektiraju na
fizikalni, kemijski i biološki kompleks tla. Upoznavanje i svladavanje osnovnih postulata
suvremenih tehnoloških rješenja konzervacijskih sustava obrade tla, čija primjena predstavlja
neizostavnu agrotehničku uzgojnu mjeru u održivoj poljoprivrednoj proizvodnji i u
prevladavanju okolišno degradirajućih utjecaja konvencionalnih sustava. Kroz samostalni
seminarski rad studenti će obrađivati tehnologiju pojedinih konzervacijskih sustava obrade tla.
Sadržaj predmeta:
Uvod i upoznavanje s problematikom obrade tla u uzgoju poljoprivrednih usjeva. Promjene
fizikalnih, kemijskih i bioloških svojstava tla pod utjecajem obrade i važnost analize tla.
Usporedba konvencionalnih i konzervacijskih sustava obrade tla. Multidisciplinarnost i
polivalentnost aplikacije konzervacijskih sustava. Principi primjene i refleksija najznačajnijih
konzervacijskih tehnologija obrade. Višerazinska valorizacija primijenjenih tehnologija
konzervacijske obrade tla: biljno uzgojna, agroekološka, prehrambeno-kvalitativna,
molekularno-biološka, i dr.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim znanjima i procesima vezanim uz obradu tla, na temelju kojih
će biti u mogućnosti usporediti i kritički analizirati prednosti i nedostatke pojedinih sustava
obrade tla (prvenstveno usporedba konvencionalne i konzervacijske obrade tla). Nadalje, biti
će u mogućnosti prepoznati i definirati ograničenja primjene odgovarajućeg sustava
konzervacijske obrade tla u odnosu na agroekološke, socijalno-gospodarske, društveno-
tradicijske, tehničko-tehnološke i druge relevantne uvjete uzgojne sredine. Na temelju analize
i usporedbe sustava biti će u mogućnosti odabrati i primijeniti najpovoljniji sustav obrade tla
u biljnoj proizvodnji.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
94
Napomene:
Obveze studenata:
Izrada seminarskog rada
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Jug, D, Birkás, M., Kisić, I. (2015): Obrada tla u agroekološkim okvirima. Hrvatsko
društvo za proučavanje obrade tla. Udžbenik. Osijek.
2. Bašić, F., Herceg, N. (2010): Temelji uzgoja bilja. Udžbenik. Synopsis, Zagreb.
3. Butorac, A. (1999): Opća agronomija. Udžbenik, Školska knjiga, Zagreb.
4. Soane, B.D., van Ouwerkerk, C. (1994): Soil management for sustainability. Elsevier.
5. Birkás, M. (2008): Environmentally–sound adaptable tillage. Udžbenik. Akadémiai
Kiadó, Budapest.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Adel El Titi (2003): Soil Tillage in Agroecosystems. Advances in Agroecology. CRC
press, USA.
2. WASWC (2007): No-till Farming Systems. Special publications No.3 by World
Association of Soil and Water Conservation.
3. Nortcliff, S. (2015): Tasko force: Soil matters. Catena Verlag. International Union of
Soil Science.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
95
Šifra predmeta: 2113
Naziv predmeta: BIOFORTIFIKACIJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Zdenko Lončarić
Ustanova nositelja predmeta: Poljoprivredni fakultet,
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Stjecanje znanja o ciljevima, genetskim principima, fiziološkim mehanizmima,
oplemenjivačkim i agronomskim tehnologijama biofortifikacije. Svladavanjem predviđenog
programa polaznici će biti upoznati s razvojem biofortifikacije, trenutnim znanstvenim i
tehnološkim ostvarenjima, ciljevima i izazovima.
Sadržaj predmeta:
Definicija, razvoj i ciljevi biofortifikacije. Genetska biofortifikacija i agronomska
biofortifikacija. Svojstva tla i agrotehničke mjere biofortifikacije (tretiranje sjemena,
aplikacija u tlo, folijarna fertilizacija). Oblik aktivne tvari i vrijeme provedbe
agrofortifikacije. Fiziološki mehanizmi agrofortifikacije. Agrofortifikacija cinkom, željezom,
selenom i ostalim hranivima (translokacija, akumulacija, efikasnost). Agrofortikiacija i
akumulacija štetnih elemenata (Cd, Pb). Fortifikacija pšenice, ječma, raži, kukuruza, soje,
lisnatog povrća, plodovitog povrća, korjenastog povrća. Bioraspoloživost fortificiranih
hraniva, promotori i inhibitori bioraspoloživosti. Sortna specifičnost i biofortifikacija.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Polaznici studija će znati objasniti razloge, zadatke, principe i sustave biofortifikacije.
Polaznici će znati fiziološke mehanizme usvajanja, translokacije i akumulacije esencijalnih i
štetnih elemenata kao posljedicu biofortifikacije. Razvit će kompetenciju za provedbu
biofortifikacije u bilinogojstvu i hortikulturi, i usvojit će osnovna znanja o bioraspoloživosti
hraniva u bifortificiranom proizvodu.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama i
pripremiti i izložiti seminarski rad.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
96
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
6. Pevalek-Kozlina, B. (2003.): Fiziologija bilja. Profil International. Zagreb.
7. Lončarić, Z. (2012): Teški metali u agroekosustavu. Interna skripta. Poljoprivredni
fakultet Sveučilišta u Osijeku.
8. Vukadinović, V., Lončarić , Z. (1998.): Ishrana bilja. Poljoprivredni fakultet
Sveučilišta u Osijeku.
9. Marschner, H. (1986): Mineral Nutrition of Higher Plants. Academic Press, London.
10. Hooda, Peter (2010): Trace elements in soils. Blackwell Publishing Ltd. West Sussex.
United Kingdom.
Dopunska (preporučena) literatura:
4. Impa, S.M., Johnson-Beebout, S.E. (2012): Mitigating zinc deficiency and achieving
high grain Zn in rice through integration of soil chemistry and plant physiology
research. Plant adn Soil: 361: 3-41. Springer.
5. Sarwar, N. i sur. (2010): Role of mineral nutrition in minimizing cadmium
accumulation by plants. Journal of the Science of Food and Agriculture: 90: 925-937.
6. Reynolds, M.P., Ortiz-Monasterio, J.I., McNab, A. (2001): Application of physiology in
wheat breeding.CIMMYT, Meksiko.
7. Ivarsson, Kjell et all. (2002): Cadmium from Plough to Plate. SLU. Swedish university of
agricultural science.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
97
Šifra predmeta: 2114
Naziv predmeta: METODE KONDICIONIRANJA TLA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Krunoslav Karalić
Doc.dr.sc. Boris Đurđević
Ustanova nositelja predmeta: Poljoprivredni fakultet,
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente s suvremenim metodama kondicioniranja tla kao ekološki prihvatljivim
mjerama koji imaju direktan povoljan utjecaj na tlo i okoliš. Identificirati vrste i svojstva
kondicionera te njihov značaj u ishrani bilja i kondicioniranju tla radi povećanja
pristupačnosti hraniva u tlu uz podizanje plodnosti tla, povećanja mikrobiološke aktivnosti uz
podizanje sadržaja organske tvari tla i smanjenja ugljičnog otiska.
Sadržaj predmeta:
Osnovna podjela kondicionera, njihov utjecaj na svojstva tla i raspoloživost hraniva. Osnove
tehnologije i proizvodnje kondicionera tla kao i njihova fizikalna i kemijska svojstva.
Kondicioneri i popravljanje tla, aplikacija kondicionera. Kiselost tla te potreba kalcizacije, i
potreba humizacije kao najznačajnije mjere. Odabir i primjena novih i alternativnih materijala
i metoda za kondicioniranje tla. Seminar koji obuhvaća izračun optimalne količine
kondicionera, ocjenu kvalitete, fertilizacijskog i ekološkog učinka analiziranog kondicionera.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim znanjima o svojstvima, proizvodnji i primjeni kondicionera tla
te njihovom utjecaju na ekosustav. Također, moći će usporediti i preporučiti različite
materijale pogodne za kondicioniranje tla te procijeniti optimalne količine kondicionera koje
je potrebno dodati ovisno o svojstvima tla.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Izrada seminarskog rada
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
98
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
11. V. Vukadinović, I. Jug, B. Đurđević (2014): Ekofiziologija bilja, Osijek
12. V. Vukadinović i Vesna Vukadinović (2011): Ishrana bilja, Osijek
13. Z. Lončarić, K. Karalić (2015): Mineralna gnojiva i gnojidba ratarskih usjeva, Osijek
14. Z. Lončarić, D. Rastija, K. Karalić, B. Popović, V. Ivezić, R. Lončarić (2015):
Kalcizacija tala u pograničnom području, Osijek
Dopunska (preporučena) literatura:
1. B. Đurđević (2014): Praktikum iz Ishrane bilja, Osijek
2. K. Karalić (2009): Utvrđivanje potrebe u kalcizaciji i utjecaj kalcizacije na status
hraniva u tlu. Doktorska disertacija, Osijek
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Provjera znanja nakon svake tematske jedinice. Seminarske radnje. Prezentacije studenata.
Rasprava sa studentima.
99
Šifra predmeta: 2115
Naziv predmeta: BILJNI BIOSTIMULATORI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Tomislav Vinković
Ustanova nositelja predmeta: Poljoprivredni fakultet,
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: Prof.dr.sc. Nada Parađiković
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj ovog predmeta je upoznavanje studenata s primjenom biostimulatora u proizvodnji
pojedinih poljoprivrednih kultura. Također, studenti će steći temeljna znanja o načinu i
mogućnostima primjene biostimulatora u kontroliranim uvjetima uzgoja u svrhu znanstvenih
istraživanja te se upoznati s osnovnim sastojcima biostimulatora i njihovom funkcijom te
utjecajem na biljku kao što su aminokiseline, fulvo kiseline, huminske kiseline, vitamini i
minerali.
Sadržaj predmeta:
Biljni biostimulatori i njihov utjecaj na biljku. Funkcionalne komponente biostimulatora te
njihove interakcije. Uloga aminokiselina kod obrane biljke od oksidativnog stresa. Uloga
huminskih i fulvo kiselina kod usvajanja elemenata ishrane biljke. Biostimulatori i oksidativni
stres te rast i razvoj biljke pod utjecajem primjene biostimulatora.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
1. Navesti i opisati biljne biostimulatore te ih svrstati u grupe u ovisnosti o svrsi
primjene
2. Preporučiti primjenu biostimulatora prema vrsti oksidativnog stresa, uvjetima
okoline te značajkama biljne vrste
3. Prepoznati prednosti primjene biostimulatora u određenim uvjetima okoline
4. Izabrati i primijeniti određeni biostimulator u ovisnosti o glavnim značajkama
vrste, medija uzgoja i agroekoloških čimbenika
5. Predvidjeti djelovanje i moguće ishode primjene biostimulatora ovisno o udjelu
funkcionalnih komponenata
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Od studenata se očekuje kontinuirano prisustvovanje nastavi i aktivno
sudjelovanje u zadacima tijekom izvođenja predavanja. Vježbe su obvezne. Studenti će na
početku semestra biti upoznati s točnim datumima održavanja ispita. Završni ispit je usmeni.
100
Studentima se preporuča vođenje bilješki tijekom predavanja, a pripremanje ispita iz obvezne
literature nastavnih materijala. Tijekom predavanja biti će korištene PowerPoint prezentacije
kao pomoć pri objašnjavanju sadržaja o kojima se raspravlja na predavanjima. Prezentacije će
u tiskanom obliku (handouts) biti dostupne studentima.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
15. Calvo, J; Nelson, L; Kloepper, J.W. (2014): Agricultural uses of plant biostimulants.
Plant Soil 383: 3-41.
16. Brown, P. i Saa, S. (2015): Biostimulants in Agriculture. Frontiers in Plant Science 6:
Article 671.
17. Du Jardin, P. (2015): Plant biostimulants: Definition, concept, main categories and
regulation. Scientia Horticulturae 196: 3–14.
Dopunska (preporučena) literatura:
8. Parađiković, N. (2009.): Opće i specijalno povrćarstvo, Poljoprivredni fakultet Osijek.
9. Vinković, T. (2011): Učinkovitost primjene biostimulatora u proizvodnji presadnica
rajčice. Doktorska disertacija. Poljoprivredni fakultet u Osijeku.
10. Štolfa, I. (2010): Utjecaj biostimulatora i reducirane gnojidbe na kvalitetu ploda
jagoda i zaštitu okoliša. Doktorska disertacija. Odjel za biologiju Sveučilišta J.J.
Strossmayera u Osijeku
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
101
Šifra predmeta: 2116
Naziv predmeta: PRIMJENA GLJIVA BIJELOG TRULJENJA U
BIOTEHNOLOGIJI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Marina Tišma
Ustanova nositelja predmeta: Prehrambeno-tehnološki fakultet Osijek
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: -
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente s tehnologijama primjene gljiva bijelog truljenja u procesima obrade
lignoceluloznog otpada i proizvodnje visokovrijednih bioprodukata.
Sadržaj predmeta:
Vrste gljiva bijelog truljenja. Tehnike submerznog uzgoja i uzgoja na čvrstim nosačima. Vrste
bioreaktora za uzgoj gljiva bijelog truljenja. Vrste i mehanizam lignolitičkih enzima (lakaza,
mangan-peroksidaza i lignin-peroksidaza). Primjene gljiva bijelog truljenja i lignolitičkih
enzima u biotehnologiji okoliša (obrada lignoceluloznog otpada, obrada otpadnih voda,
bioremedijacija, itd.) i proizvodnji biogoriva (bioplin i bioetanol). Primjena lignolitičkih
enzima u biotehnologiji (biotransformacije, senzori, itd.)
Seminari: Izrada analize slučaja (case study).
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Sposobnost odabira vrste gljive bijelog truljenja i odabira načina uzgoja u obradi
lignoceluloznog otpada s ciljem proizvodnje željenog bioprodukta ili s ciljem rješavanja
problema zbrinjavanja lignoceluloznog otpada. Poznavanje primjene lignolitičkih enzima u
biotehnološkim procesima.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Izrada seminarskog rada
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
102
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
18. Mitchell, D.A., Kriger, N., Berovič, M. (2006.): Solid-State Fermentation Bioreactors,
Springer, New York.
19. Webster, J., Weber, R.W.S. (2007.): Introduction to Fungi, Cambridge University
Press.
20. Gadd, G.M. (2001.): Fungi in bioremediation, Cambridge University Press.
Dopunska (preporučena) literatura:
11. Marić, V., Šantek, B. (2009.): Biokemijsko inženjerstvo, Golden marketing –
Tehnička knjiga, Zagreb.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
103
Šifra predmeta: 2117
Naziv predmeta: NEDESTRUKTIVNE METODE ANALIZE SVOJSTAVA
GOSPODARSKIH VRSTA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Damir Magdić
Ustanova nositelja predmeta: Prehrambeno-tehnološki fakultet Sveučilišta u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Studenti će kroz predavanja, vježbe i izradu seminarskog rada naučiti razlikovati svojstva
gospodarskih vrsta. Uspoređivanjem metoda naučit će analizirati prikladnost pojedinih
materijala za primjenu nedestruktivnih metoda analize. Bit će upoznati s međunarodnim
organizacijama i standardima za nedestruktivne metode analize. Na odabranim gospodarskim
vrstama će studentima biti opisana i pokazana primjena različitih nedestruktivnih i statističkih
metoda analize.
Sadržaj predmeta:
PREDAVANJA: Teorijske osnove i primjena nedestruktivnih metoda; Podjela metoda;
Standardi za nedestruktivne metode analiza; Nedestruktivne i statističke metode u analizi
gospodarskih vrsta; Svojstva materijala; Primjer 1. Primjena u analizi voća i povrća; Primjer
2. Primjena u analizi ekosustava; Primjer 3. Statističke metode analize rezultata među
laboratorijskih umjeravanja (ISO standardi); Internet poveznice i Rječnik pojmova;
Međunarodne organizacije za nedestruktivne metode analize. SEMINAR: Odabir gospodarske
vrste, priprema literature, popisa opreme i plana za ciljane nedestruktivne metode analize.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će znati navesti i objasniti primjenu nedestruktivnih metoda analize gospodarskih
vrsta. Naučit će odrediti osnovna svojstva gospodarskih vrsta koja omogućuju primjenu
nedestruktivnih metoda. Studenti će znati primijeniti mjernu opremu i računalne programe za
provođenje nedestruktivnih mjerenja i analiza te će koristiti materijale međunarodnim
organizacijama i standarde za nedestruktivne i statističke metode.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari
Vježbe 5
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Studenti su dužni prisustvovati nastavi, izraditi seminarski rad i položiti usmeni dio ispita.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
104
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
21. Lelas V: Prehrambeno–tehnološko inženjerstvo 1, Fizička svojstva hrane. Sveučilište
u Zagrebu, Golden marketing, Tehnička knjiga, Zagreb,2006.
22. Novinc Ž; Halep A: Tehnička dijagnostika i monitoring u industriji. Kigen, Zagreb,
2010.
Dopunska (preporučena) literatura:
12. Piljac I: Senzori fizikalnih veličina i elektroanalitičke metode. Media Print, Zagreb,
2010.
13. Kulišić P, Lopac V: Elektromagnetske pojave i struktura tvari. Školska knjiga Zagreb,
2003.
14. Horvat, D; Magdić, D; Šimić, G; Dvojković, K; Drezner, G. The relation between
dough rheology and bread crumb properties in winter wheat cultivars. Agriculturae
Conspectus Scientificus. 73(1) 2008, 9-12
15. Magdić, D; Dobričević, N: Statistical Evaluation of Dynamic Changes of "Idared"
Apples Colour During Storage. Agriculturae conspectus scintificus. 72(4) 2007, 311-316
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
105
Šifra predmeta: 2118
Naziv predmeta: INTERAKCIJE SASTOJAKA HRANE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Izv. prof. dr. sc. Mirela Kopjar; doc. dr. sc. Anita Pichler
Ustanova nositelja predmeta: Prehrambeno tehnološki fakultet Osijek,
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studenta s osnovnim sastojcima hrane te mogućim interakcijama između sastojaka
hrane ovisno o uvjetima tijekom procesiranja i skladištenja. Studenti će također biti upoznati s
novim tehnologijama koje se primjenjuju u prehrambenoj industriji kako bi se proizveli što
kvalitetniji prehrambeni proizvodi.
Sadržaj predmeta:
Podjela sastojaka hrane. Interakcije između makronutrijenata. Interakcije
makronutrijenata i mikronutrijenata. Čimbenici koji utječu na interakcije
sastojaka. Utjecaj interakcija na kvalitetu hrane. Primjena novih
tehnologija te utjecaj na kvalitetu hrane. Netermičke metode konzerviranja hrane, primjena
visokih tlakova, pulsirajućeg električnog polja, oscilirajućeg magnetskog polja, pulsirajućeg
svijetla. Suvremena dostignuća primjene membranskih procesa u proizvodnji hrane.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će steći znanja o osnovnim sastojcima hrane te mogućim interakcijama između
sastojaka hrane. Definiranjem različitih čimbenika tijekom procesiranja i skladištenja steći će
znanja za razumijevanje mogućih promjena koje utječu na kvalitetu proizvoda (senzorske
karakteristike, zdravstvenu ispravnost i nutritivnu vrijednost). Kroz razumijevanje novih
tehnologija u prehrambenoj industriji, studenti će steći znanja o mogućim interakcijama
sastojaka te utjecaju na kvalitetu hrane primjenom navedenih tehnologija.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Izrada seminarskog rada
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
106
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura: 1. H.D. Belitz, W. Grosch, P. Schieberle: Food Chemistry. Springer, 4th revised and extended ed., 2009.
2. S. Damodaran, K.L. Parkin, O.R. Fennema: Fennema`s Food Chemistry. CRC Press, 2008.
3. J. G. Brennan and A. S. Grandison: Food Processing Handbook. Wiley VCH, 2011.
4. J. F. White: High Frequency Techniques: An Introduction to RF and Microwave Engineering. Wiley-
IEEE Press, 2004.
5. R. Baker: Membrane Technology and Applications. Wiley, 2004.
Dopunska (preporučena) literatura: 1. B.K. Simpson: Food Biochemistry and Food Processing. Wiley-Blackwell, 2012.
2. Z.E. Sikorski: Chemical and Functional Properties of Food Components. CRC Press, 2002.
3. M. Mulder: Basic principles of membrane technology. Kluwes Academic Publishers, 1996.
4. G.V. Barbosa-Canovas, U.R. Pothakamury, E. Palon, B.G. Swanson: Nonthermal preservation of
foods. Marcel Dekker INC., 1998.
5. D.R. Heldman, R.W. Hartel: Principles of food processing. Chapmen and Hall, 1998.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
107
Šifra predmeta: 2119
Naziv predmeta: NAPREDNI PRISTUP UZGOJU KULTURA U
MEDITERANSKOM KLIMATU
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije
Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Slavko Perica, znanstveni savjetnik-trajno zvanje
Ustanova nositelja predmeta: Institut za jadranske kulture i melioraciju krša
Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Katja Žanić, znanstvena savjetnica
Doc. dr. sc. Gvozden Dumičić, viši znanstveni suradnik
Dr. sc. Gabriela Veletin Selak, znanstvena suradnica
Doc. dr. sc. Frane Strikić, znanstveni savjetnik
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je razumijevanje funkcioniranja hortikulturnih ekosustava u mediteranskom
klimatu kao osnove za njihovo planiranje i održivi razvoj. Studenti će steći spoznaje
primjenjive u širokom rasponu sustava uzgoja, od intenzivnih (zaštićeni prostor;
superintenzivni nasadi) do ekstenzivnih.
Sadržaj predmeta:
Sustavi uzgoja hortikulturnih biljaka u mediteranskom klimatu; godišnji ciklusi rasta i
razvoja; suvremene tehnologije uzgoja.
Mehanizmi koji biljkama omogućuju rast i razmnožavanje u različitim okolišnim uvjetima,
ključni procesi: cvjetanje, oprašivanje i razvoj ploda; mikroskopske tehnike u istraživanju
reproduktivnih značajki.
Dijagnostika i rješavanje hranidbenih i zdravstvenih poremećaja izazvanih abiotičkim ili
biotičkim čimbenicima; genotipske specifičnosti.
Seminarski radovi s elementima znanstveno-istraživačkog rada i njihova prezentacija;
pažljivo sagledavanje i razumijevanje literaturnih podataka.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će:
- biti osposobljenosti bolje razumjeti kako okolišni čimbenici utječu na rast i razvoj biljke u
mediteranskom klimatu;
- steći znanja i vještine potrebne za donošenje odluka vezano za sustav uzgoja, kondiciju i
zdravstveno stanje biljke;
- naučit povezivati stečeno znanje s mogućim problemima i situacijama u radnom okruženju;
- naučit odabrati relevantne literaturne izvore, kao i razumjeti te kritički tumačit znanstvene
podatke.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
108
Napomene:
Obveze studenata: predavanja ili konzultacije, vježbe (praktikum i terenska nastava) te
seminarski rad.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
23. Marschner, H. (1986) Mineral Nutrition of Higher Plants. Academic Press, London.
24. Öpik, H., Rolfe, S. (2005) The physiology of flowering plants. Cambridge: Cambridge
University Press.
25. Paul V. Nelson (2011) Greenhouse Operation and Management. 7th ed. Prentice Hall.
Englewood Cliffs NJ.
26. Maslina i maslinovo ulje A-Ž, (Zadro, B. i Perica, S., ur.), Naklada Zadro, Zagreb, (2007),
ISBN 978-953-182-075-2.
27. Civantos Lopez- Villalta, M. (1999) Olive pest and disease management. International
Olive Oil Council, Madrid.
28. Pimentel, D. (2007) Encyclopedia of pest management. Volume II. CRC Press, Taylor &
Francis Group, Boca Raton, New York, USA.
Dopunska (preporučena) literatura:
16. Perica, S. (2001) Seasonal fluctuation and intracanopy variation in leaf nitrogen level in
olive. Journal of Plant Nutrition 24(4&5):779-787.
17. Perica, S., Brown, H.P., Connell, H., Nyomora, J., Agnes M.S., Dordas, C., Hu, H. (2001)
Foliar boron application improves flower fertility and fruit set of olive. HortScience
36(4):714-716.
18. Strikić, F., Bandelj Mavsar, D., Perica, S., Čmelik, Z., Šatović, Z., Javornik, B. (2009)
The main Croatian olive cultivar "Oblica", shows high morphological but low molecular
diversity. Journal of Horticultural Science and Biotechnology 84(3):345-349.
19. Vuletin Selak, G., Cuevas, J., Goreta Ban, S., Perica, S. (2014) Pollen tube performance in
assessment of compatibility in olive (Olea europaea L.) cultivars. Scientia Horticulturae
165:36-43.
20. Vuletin Selak, G., Cuevas, J., Goreta Ban, S., Pinillos, V., Dumičić, G., Perica, S. (2014)
The effect of temperature on the duration of the effective pollination period in ‘Oblica’
olive (Olea europaea L.) cultivar. Annals of Applied Biology 164(1):85-94.
21. Žanić, K., Ban, D., Gotlin Čuljak, T., Goreta Ban, S., Dumičić, G., Haramija, J.,
Znidarčič, D. (2013) Aphid populations (Hemiptera: Aphidoidea) depend of mulching in
watermelon production in Mediterranean part of Croatia. Spanish Journal of Agricultural
Research 11(4):1120-1128.
22. Žanić, K., Dumičić, G., Škaljac, M., Goreta Ban, S., Urlić, B. (2011) The effects of
nitrogen rate and the ratio of NO3-:NH4
+ on Bemisia tabaci populations in hydroponic
tomato crops. Crop Protection 30:228-233.
23. Žanić, K., Goreta, S., Perica, S., Šutić, J. (2008) Effects of alternative pesticides on
greenhouse whitefly in protected cultivation. Journal of Pest Science 81:161-166.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
109
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
110
Šifra predmeta: 2206
Naziv predmeta: INFORMATIČKE METODE OTKRIVANJA ZNANJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Bioinformatika
Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Boris Badurina
Dr.sc. Anita Papić, znanstveni suradnik
Ustanova nositelja predmeta: Filozofski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je upoznati studente sa metodama otkrivanja znanja zasnovanih na tehnikama
induktivnog strojnog učenja i njihovom primjenom u medicini, genetici i kemiji. Svaki
slušatelj bi nakon kolegija trebao biti sposoban koristiti metode otkrivanja znanja na svojim i
javno dostupnim podacima u znanstvenim i razvojnim istraživanjima.
Sadržaj predmeta:
Baze podataka i potreba za metodama njihove analize. Analiza podataka s ciljem predikcije i
klasifikacije neklasificiranih primjera. Otkrivanje znanja u znanstveno-istraživačkom radu s
primjenom u formiranju novog znanja i usmjeravanju istraživanja. Proces analize podataka
metodama umjetne inteligencije. Algoritmi induktivnog učenja, asocijacijskog učenja,
otkrivanja podgrupa, otkrivanja izuzetaka i grešaka. Klasteri podataka. Indukcija iz
vremenskih slijedova podataka. Vizualizacija otkrivenog znanja. Učenje iz relacijskih baza
podataka.. Usporedba znanja ekstrahiranog pomoću raznih sustava te statističkih metoda.
Primjena statističkih metoda u verifikaciji i detekciji potvrđujućih faktora. Praktični rad na
stvarnim medicinskim, bioinformatičkim i kemijskim problemima s naglaskom na odabiru
podataka, predprocesiranju i transformaciji podataka, generiranju znanja u obliku pravila te
njihovoj ekspertnoj interpretaciji. Korišteni sustavi: Data Mining Server, Weka i Tanagra.
Ishodi učenja : kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će steći teoretsko znanje o metodama otkrivanja znanja iz podataka i praktičnu
vještinu njihove primjene. Uspješnim svladavanjem kolegija studenti će moći analizirati
vlastite podatke, otkrivati greške u podacima te formulirati hipoteze pogodne za teoretsku i
eksperimentalnu verifikaciju i znanstvene publikacije. Po potrebi, znanje će se u obliku
pravila moći koristiti i za klasifikaciju novih primjera nepoznate klase.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
111
Napomene:
Obveze studenata:
Obvezan samostalan rad, po mogućnosti na vlastitim podacima.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
M.Berthold, D.J:Hand: Intelligent Data Analysis – An Introduction. Springer 1999.
H.Liu, H.Motoda: Instance Selection and Construction for Data Mining. Kluwer 2001
D.Mladenić, N.Lavrač, M.Bohanec, S.Moyle: Data Mining and Decision Support –Integration
and Collaboration. Kluwer 2003
S.Džeroski, N.Lavrač: Relational Data Mining. Springer 2001.
A.A.Freitas: Data Mining and Knowledge Discovery with Evolutionary Algorithms. Springer
2002.
Dopunska (preporučena) literatura:
L.DeRaedt: Advances in Inductive Logic Programming. IOS Press 1995.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Anonimna studentska anketa na kraju predavanja.
112
Šifra predmeta: 2202
Naziv predmeta: VIZUALIZACIJA U BIOINFORMATICI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Bioinformatika
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Karolj Skala
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković, Zagreb
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Stvoriti koherentnu programsku cjelinu unutar generičnog modula Bioinformatika. Uvesti
nove tehnike i tehnologije u multidisciplinarnom znanstvenoistraživačkom i stručnom radu.
Dati mogućnost i trening u korištenju suvremene ICST tehnologije na Grid platformi unutar
ERA (European Research Area).
Sadržaj predmeta:
Sadržaj predavanja
Sučelje čovjek-računalo i vizualizacija. Tehnika računalno podržane znanstvene
vizualizacije. Multimedijske grafičke komunikacije. Elementi web grafičkih sučelja.
Metode distribuirane bioinformatike. Grid računarstvo i vizualizacija podataka. Metode
prikupljanja, segmentiranja, filtriranja i prikazivanja vizualnih podataka. Razmatranje
primjene različite vizualizacijske tehnike i tehnologije kod analize sekvencijalnih
podataka, kategoričkih podataka i numeričkih podataka. Programerske tehnike za razvoj
grafičkih podataka i njihova vizualizacija. 3D strukturalna bioinformatička vizualizacija.
Višedimenzijski vizualizacijski alati. Digitalno procesiranje i statističke metode analize
informacije u slici. Statistička vizualna analiza. Klasifikacija i prepoznavanje slikovnih
sadržaja. Prostorni statistički model. Prostorne frekvencije, korelacije i strukturalna
ekstrakcija. Metode analize slike DNA mikronizova (microarrays). Dizajn i
implementacija bioinformatičkog vizualizacijskog sustava. Tehnologija vizualne mrežne
integracije. Prikaz multimedijske telekonferencije, telemedicine i VO (Virtual
Organization) kao primjene mrežne suradnje u medicini i istraživanju.
Sadržaj vježbi:
Praktičan rad korištenjem programa Matlab na konkretnim zadacima. Primjena NMR i
suvremene mikroskopske instrumentacije u sklopu praktičnih zadataka. Vježbe na
bioinformatičkim Grid aplikacijama, koristeći EGEE e-Science infrastrukturu. Rad se
odvija u manjim skupinama na konkretnim zadacima na suvremenoj Grid (računalno-
mtrežno) infrastrukturi.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Znanje o novim vizualizacijskim tehnikama i tehnologijama. Suvremena uporaba
programskih alata. Dizajn i razvoj konkretnih rješenja u medicini i računalnoj biologiji.
Vještina rad na Grid znanstvenoj inftrastrukturi.
113
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
PPP,
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu, WebCT
Konzultacije
Java
simulacije
Rad u
laboratoriju i
na Grid
infrastrukturi
Mentorski
rad
Seminarski
rad
Napomene: Koristit će se znanstvena oprema za vizualizaciju iz znanstvenoistraživačkog
programa i Grid infrastruktura u ERA sustavu.
Obveze studenata: svi oblici nastave i ostalih aktivnosti prema unaprijed objavljenom
kriteriju.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
[1] K.Skala, Optoelektronički sustavi,2003.
[2] Bryan Bergeron, Bioinformatics Computing,HMD, 2003.
[3] Multimedijski referalni centar URL: www.carnet.hr/obrazovni/referalni/imme 2004.
Dopunska (preporučena) literatura:
[4] Zoe Lacroix, Bioinformatics: Managing the dana, 2004.
[5] Cynthia Gibas, Per Jambeck, Developing Bioinformatics Computer Skills, 2003
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
U sklopu WebCT-a, testova, anketa.
114
Šifra predmeta: 2207
Naziv predmeta: INFORMATIČKI ALATI U MOLEKULARNIM
BIOZNANOSTIMA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Bioinformatika
Nositelj predmeta: Dr.sc. Paško Konjevoda, viši znanstveni suradnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina , II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente s osnovnim informatičkim alatima koji se koriste u računalnoj biologiji, te
njihova primjena u molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i biotehnologiji.
Sadržaj predmeta:
Teorijski dio
Područje računalne biologije i bioinformatike. Primjena računalne biologije i bioinformatike u
molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i biotehnologiji. Biološke baze podataka.
Slaganje sekvenci. Filogenetska analiza. Transkriptomika. Proteomika. Metabolomika.
Biokemijska dinamika. Sistemska biologija. Programski jezici. Open-source programi za
analizu podataka. Komercijalni programi za analizu podataka. Najčešće pogreške u analizi
podataka.
Praktični dio – rad s programom Unipro UGENE
Uvod u grafičko sučelje. Učitavanje sekvenci. Anotacija sekvenci. Učitavanje i pregledavanje
3D struktura. Poslagivanje sekvenci. Filogenetska analiza. Uporaba BLAST-a. Predikcija
sekundarne strukture.
Seminari
Praktična primjena računalne biologije u molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i
biotehnologiji.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će steći osnovna znanja o informatičkim alatima koji se koriste u računalnoj
biologiji. Cilj je predmeta upoznati studente s osnovnim računalnim platformama,
operacijskim sustavima, bazama podataka, formatima podataka i programima za analizu. U
praktičnom dijelu nastave poseban će naglask biti stavljen na upoznavanje i praktičan rad s
integriranim sustavom za analizu podataka Unipro UGENE.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje
na daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
115
Napomene: /
Obveze studenata:
Pohađanje nastave i aktivno sudjelovanje na seminarima.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja: seminarski rad i pismeni ispit koji sastavljaju svi predavači zajedno
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
10. Hodgman TC, French A, Westhead DR. BIOS Instant Notes Bioinformatics. 2nd
edition, Taylor & Francis, Abingdon, 2009.
11. Unipro UGENE Manual Version 1.20.0 (http://ugene.net/)
Dopunska (preporučena) literatura:
3. Claverie J-M, Notredame C. Bioinformatics for Dummies. 2nd edition, Wiley,
Hoboken, 2007.
4. Haddock S, Dunn C. Practical Computing For Biologists. Sinauer Associates, 2010.
5. Wünschiers R. Computational Biology. 2nd edition, Springer-Verlag, Berlin, 2013.
6. Flower DR. Bioinformatics for vaccinology, Wiley-Blackwell, Hoboken, 2007.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku, a voditelji će putem ankete
od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspješnosti od strane voditeljstva.
116
Šifra predmeta: 2204
Naziv predmeta: MODELIRANJE BIOLOŠKI VAŽNIH MOLEKULA I
NJIHOVIH KOMPLEKSA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Bioinformatika
Nositelj predmeta: Dr. sc. Sanja Tomić, viši znanstveni suradnik
Ustanova nositelja predmeta: Instituta Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji: Branimir Bertoša
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Razumijevanje metoda i tehnika koje se koriste u modeliranju molekula i njihovih kompleksa.
Mogućnost procjene značaja molekulskog modeliranja za rješavanje konkretnih problema u
bioznanostima, te kao pomoć u planiranju i izvođenju eksperimenata.
Stjecanje praktičnog znanja u korištenju nekih od programa za molekulsko modeliranje, te u
interpretaciji rezultata molekulskog modeliranja.
Sadržaj predmeta:
Razvojem računala i računalnih programa, te padom njihove cijene, molekulsko modeliranje
našlo je svoju široku primjenu u gotovo svim bioznanostima. Ta relativno nova znanstvena
disciplina naglo se razvila u posljednjem desetljeću i postala popularna među biofizičarima,
biokemičarima, biolozima i medicinarima.
Tijekom kolegija studenti će se upoznati s osnovnim pretpostavkama i metodama
molekulskog modeliranja. Počevši s upoznavanjem baza podataka koje koristimo u
modeliranju biomakromolekula, preko uvida u tehnike modeliranja i polja sila koja se koriste
u modeliranju biomakromolekula i njihovih kompleksa, polaznici će naučiti kako dizajnirati
virtualni (in silico) eksperiment koji će im služiti kao predožak stvarnom. Teme predavanja
prilagoditi će se znanju i potrebama studenata, a svakako će obuhvatiti: dizajn mutanata
proteina, gradnju kompleksa proteina i nukleinskih kiselina s malim molekulama, te samih
makro.molekula, pronalaženje aktivnog mjesta i smještanje supstrata u to mjesto,
parametrizaciju i optimizaciju struktura (sustava), moguće promjene oblika (receptora,
liganda, kompleksa) koje nastaju tijekom vezanja i kako ih modelirati.
Polaznici će se upoznati s osnovnim obilježjima kvantnomehaničkih i empirijskih metoda i
njihovim značajem u modeliranju bioloških molekula i procesa. Naučiti će kako korištenjem
hibridnih qvantno mehaničkih i iempiriskih metoda (QM/MM i QM/MD) modelirati
enzimatske reakcije na realnim sustavima (bez korištenja aproksimativnih, malih modela).
Kroz pregled praktičnih pristupa problemima obraditi će se metode molekulske mehanike i
dinamike, Monte Carlo, te analiza normalnih modova. Objasniti će se značaj otapala i
periodičnosti kod bioloških molekula, te procjena rotacijske/konformacijske entropije. Na
konkretnim primjerima studenti će se upoznati s tehnikama koje se koriste u iznalaženje
kvantitativnog odnosa o strukturi ovisnih veličina s biološkom aktivnošću.
Posebna pozornost posvetiti će se interpretaciji modela, tj kako iz dobivenih rezultata
modeliranja povući relevantne zaključke i na temelju njih postaviti (odnosno objasniti) stvarni
eksperiment.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
117
Razumijevanje metoda i tehnika koje se koriste u modeliranju biološki važnih malih i
makromolekula, te njihovih kompleksa. Praktično znanje korištenja postojećih programa za
molekulsko modeliranje, te pronalaženje veze između strukturnih parametara molekula i
njihove biološke aktivnosti.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje
na daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
Napomene:
Provoditi ćemo provjeru sposobnosti korištenja postojećih programa za molekulsko
modeliranje.
Obveze studenata:
redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 5 sati nastave i 3 sata vježbi
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Andrew R. Leach ‘Molecular Modelling: Principles and Applications’,
Van Gunsteren W. F. , Weiner P. K., and Wilkinson A. J. (Eds) ’Computer Simulation of
Biomolecular Systems’
Tomić S., Nilsson L. and Wade R. C., Nuclear receptor-DNA binding Specificity: A Combine
and Free-Wilson QSAR Ananlysis, J. Med. Chem. 43 (2000), 1780-1792.
Tomić S., Nilsson L. and Wade R. C., Combine and Free-Wilson QSAR analysis of
nuclear receptor-DNA binding in ´Molecular Modeling and Prediction of Bioactivity´ (2000),
Eds. Gudertofte K. and Jorgensen F. S., publisher: Kluwer Academic/Plenum Publishers,
New York.
Tomić S., and Kojić-Prodić B., A Quantitative Model for Predicting Enzyme
Enantioselectivity: Application to Burkholderia cepacia lipase and 3-(Aryloxy)-1,2-
propanediol Derivatives, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 21 (2002), 3; 241-
252.
Tomić S., Bertoša B., Kojić-Prodić B. and Kolosvary I., Stereoselectivity of Burkholderia
cepacia lipase towards secondary alcohols: molecular modelling and 3D QSAR approach,
Tetrahedron: Asymmetry 15 (2004), 1163-1172.
Wang T., Tomić S., Gabdouline R. R., Wade C. R., How optimal are the binding energetics of
barnase and barstar?, Biophysical J. 87 (2004), 1618-1630.
118
Dopunska (preporučena) literatura:
Van Gunsteren W. F., Klebe G. and Kubinyi H. ’3D QSAR Methods in Drug Design’,
’Molecular Modeling and Prediction of Bioactivity’, Eds. Gundertofte K. and Jorgensen F. S.
Plenum (2000), Kluwer Academic/Plenum Publishers, New York.
’From Molecular Structure towards Biology’, ed. Quinkert Wiley-, J. Med. Chem. 43 (2000),
1780-1792.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Upitnici prije i nakon održane nastave, razgovor sa studentima i kolegama o mogućim novim
temama i o opširnosti pristupa različitim nastavnim jedinicama.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku
119
Šifra predmeta: 2205
Naziv predmeta: STRUKTURNA BIOINFORMATIKA PROTEINA I
BIOAKTIVNIH MOLEKULA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Bioinformatika
Nositelj predmeta: dr. sc. Bono Lučić, znanstveni suradnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I godina, 2. semestar
Cilj predmeta:
Upoznavanje s općim načelima modeliranja svojstava i aktivnosti proteina i bioaktivnih
molekula. Usvajanje znanja potrebnoga za praćenje i kritičku analizu znanstvenih rezultata u
tom području. Razumijevanje postupka modeliranja do razine samostalne provedbe
modeliranja svojstva ili aktivnosti izabranoga skupa bioaktivnih molekula ili proteina.
Sadržaj predmeta:
Pregled metoda za modeliranje svojstava i stukture proteina i bioaktivnih molekula. Algoritmi
za izbor modela. Izbor reprezentativnog skupa poteina i bioaktivnih molekula za analizu, i
uključivanje sličnosti. Opisivanje strukturnih posebnosti skupa proteina i bioaktivnih
molekula s pomoću molekularnih strukturnih deskriptora. Parametri kvalitete modela s
obzirom na provedbu postupka učenja i provjeru točnosti predviđanja modela. Parametri
točnosti modela u postupku prilagodbe, križne provjere, i vanjske provjere. Pregled točnosti
postojećih metoda u predviđanju farmakoloških svojstava bioaktivnih molekula i svojstava i
stukture proteina. Modeliranje sekundarne strukture, konstanti savijanja i razmotavanja
proteina, stukturalne klase, udjela sekundarne strukture, položaja proteina u stanici, i drugih
globalnih svojstava proteina. Modeliranje 3D strukture na temelju sličnosti. Modeliranje
strukture i topologije membranskih proteina. Pregled baza podataka i poslužitelja za
modeliranje u strukturnoj bioinformatici, i njihovo korištenje. Modeliranje fizikalno-
kemijskih svojstava (topljivost, lipofilnost, transport, apsorpcija), biološke aktivnosti i
toksičnosti bioaktivnih molekula.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Razumijevanje načela modeliranja svojstava i aktivnosti proteina i bioaktivnih molekula.
Ovladavanje metodologijom koja je potrebna za ispravnu provedbu modeliranja skupa
podataka koji će tijekom rada biti dobiven u laboratoriju, kao i podataka iz literature.
Stjecanje znanja za kritičku prosudbu kvalitete i ograničenja teorijskih bioinformatičkih
metoda i modela (u obliku računalnih programa ili poslužitelja dostupnih putem interneta)
koje će koristiti u svome radu.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
120
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 3 sata
nastave. Student je obvezan održati manji seminar temeljen na pregledu literature. Na koncu
predavanja student treba provesti analizu odabranoga skupa proteina ili bioaktivnih molekula,
i pripremiti rad za obavljivanje, zajedno s nositeljem predmeta.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. C. Gibas; P. Jambeck: “Developing Bioinformatics Computer Skills” O'Reilly and Assoc.
Inc., Sebastopol, CA, USA, 2001.
2. D. Juretić: “Bioenergetika – rad membranskih proteina” Informator. Zagreb, 1997.
3. D. J. Livingstone: “Data Analysis for Chemists – Application to QSAR and Chemical
Product Design” Oxford Univerity Press, UK, 1995.
Najvažniji znanstveni i radovi iz područja stukturne bioinformatike i modeliranja svojstava
proteina i bioaktivnih molekula:
4. S. F. Altschul; W. Gish; W. Miller; E. W. Myers; D. J. Lipman, Basic local alignment
search tool, J. Mol. Biol. 215 (1990) 403-410.
5. J. Kyte; R. F. Doolittle, A simple method for displaying the hydropathic character of a
protein. J. Mol. Biol. 157 (1982) 105-132.
6. B. Rost; C. Sander, Prediction of protein secondary structure at better than 70-percent
accuracy, J. Mol. Biol. 232 (1993) 584-599.
7. A. Šali; T. L. Blundell, Comparative protein modeling by satisfaction of spatial restrains, J
Mol Biol. 234 (1993) 779-815.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. K. P. Burnham; D. R. Anderson: “Model Selection and Multi-Model Inference : A Practical
Information-Theoretic Approach (2Rev ed)” Springer, Berlin, 2004.
2. W. Kabsch; C. Sander, Dictionary of protein secondary structure: pattern recognition of
hydrogen-bonded and geometrical features, Biopolymers 22 (1983) 2577-2637.
3. P. Y. Chou; G. D. Fasman, Prediction of the secondary structure of proteins from their
amino acid sequence, Adv. Enzymol. 47 (1978) 45-148.
4. C. Sander; R. Schneider, Database of homology-derived protein structures and the
structural meaning of sequence alignment. Proteins 9 (1991) 56-68.
5. G. von Heijne, Membrane-protein structure prediction – hydrophobicity analysis and the
positive-inside rule. J. Mol. Biol. 225 (1992) 487-494.
6. B. Rost; R. Casadio; P. Fariselli; C. Sander, Transmembrane helices predicted at 95-percent
accuracy. Protein Sci. 4 (1995) 521-533.
7. A. R. Katritzky; V. S. Lobanov; M. Karelson, QSPR: The Correlation and quantitative
121
prediction of chemical and physical properties from structure, Chem. Soc. Rev. 24 (1995)
279-287.
8. C. A. Lipinski; F. Lombardo; B. W. Doming; P. J. Feeney, Experimental and
computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and
development settings, Adv. Drug. Deliv. 23 (1997) 3-25.
9. C. Hansch; T. J. Fujita, ρ-σ-π Analysis, A method for the correlation of biological activity
and chemical structure, J. Am. Soc. 86 (1964) 1616-1626.
10. S. M. Free Jr.; J. W. Wilson, A mathematical contribution to structure activity studies, J.
Med. Chem. 7 (1964) 395-399.
Kvalifikacijski radovi nastavnika:
1. D. Juretić; B. Lučić; N. Trinajstić, Why focusing on bioinformatics?. Period. Biologorum
107 (2005) , 4; 379-383.
2. F. Supek; T. Šmuc; B. Lučić, A prototype structure-activity relationship model based on
National Cancer Institute cell line screening data, Period. Biologorum 107 (2005) 451-455.
3. T. Piližota; B. Lučić; N. Trinajstić, Use of variable selection in modeling the secondary
structural content of proteins from their composition of amino acid residue, J. Chem. Inf.
Comput. Sci. 44 (2004) 113-121.
4. B. Lučić; D. Nadramija; I. Bašic; N. Trinajstić, Toward generating simpler QSAR models:
Nonlinear multivariate regression versus several neural network ensembles and some related
methods, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 43 (2003) 1094-1102.
5. B. Lučić; D. Amić; N. Trinajstić, Nonlinear multivariate regression outperforms several
concisely designed neural networks on three QSPR data sets, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 40
(2000) 403-413.
6. B. Lučić; N. Trinajstić, Multivariate Regression Outperforms Several Robust Architectures
of Neural Networks in QSAR Modeling, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 39 (1999) 121-132.
7. B. Lučić; N. Trinajstić; S. Sild; M. Karelson; A. R. Katritzky, A new efficient approach for
variable selection based on multiregression: Prediction of gas chromatographic retention
times and response factors, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 39 (1999) 610-621.
8. A. R. Katritzky; K. Chen; Z. L. Wang; M. Karelson; B. Lučić; N. Trinajstić; T. Suzuki; G.
Schüürmann, Prediction of liquid viscosity for organic compounds by a quantitative
structure-property relationship, J. Phys. Org. Chem. 13 (2000) 80-86.
9. S. C. Basak; B. D. Gute; B. Lučić; S. Nikolić; N. Trinajstić, A comparative QSAR study of
benzamidines complement-inhibitory activity and benzene derivatives acute toxicity,
Comput. Chem. 24 (2000) 181-191.
10. D. Juretić; D. Zucić; B. Lučić; N. Trinajstić, Preference functions for prediction of
membrane-buried helices in integral membrane proteins, Comput. Chem. 22 (1998) 279-
294.
11. B. Lučić; N. Trinajstić; D. Juretić, Recognition of membrane protein structure from amino
acid sequence, in From Chemical Topology to Three-Dimensional Geometry (A.T.
Balaban, Ed.) Plenum Publishing Corporation, New York, pp 117-158, 1997.
12. D. Juretić; D. Zucić; B. Lučić; N. Trinajstić, Protein transmembrane structure:
Recognition and prediction by using hydrophobicity scales through preference functions,
in Theoretical and Computational Chemistry, Volume 5. Theoretical Organic Chemistry
(C. Parkanyi and W.C. Herndon Eds.) Elsevier Science B. V., Amsterdam, 1998.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Upitnici nakon održanih 10 sati i na kraju predavanja/vježbi. Rasprava sa studentima i
kolegama. Praćenje napredovajna svakoga studenta. Uspješnost kolegija evaluirat će svake
godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta "Ruđer Bošković", Sveučilišta u Dubrovniku
i Sveučilišta u Osijeku.
122
Šifra predmeta: 2208
Naziv predmeta: RAČUNALNE I NAPREDNE STATISTIČKE METODE U
BIOZNANOSTIMA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Bioinformatika
Nositelj predmeta: Izv. prof. dr. sc. Domagoj Matijević
Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište J. J. Strossmayera u Osijeku, Odjel za
matematiku
Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Slobodan Jelić
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je upoznavanje studente sa suvremenim računalnim i statistički metodama u
bioznanostima te njihovom primjenom u konkretnim problemima. Pored teorijskog znanja,
naglasak se stavlja na uporabu suvremenih računalnih rješenja za dohvat i analizu podataka.
Nakon odslušanog kolegija od studenata se očekuje samostalna primjena usvojenih znanja na
rješavanje konkretnih znanstvenih problema.
Sadržaj predmeta:
1. Motivacijski problemi u molekularnim bioznanostima
2. Statističke metode
a. Medline/PubMED baze podataka: dohvat i deskriptivna statistika
b. Regresijski modeli:
i. Jednostavni model logističke regresije
ii. Složeni model logističke regresije
iii. Primjer: Utjecaj TGF-b1 genetskog polimorfizma na disfunkciju
bubrega nakon transplantacije jetre kod djece
3. Problem odabira svojstava (eng. Feature selection problem)
a. Odabira svojstava pomoću statističkih testova
b. Metode odabira podskupova svojstava (eng. Feature Subset selection)
i. Sekvencijalni odabir unazad (eng. Sequential Backward Selection)
ii. Sekvencijalni odabir unaprijed (eng. Sequential Forward Selection)
c. Metode kombinatorne optimizacije: k-Feature Set problem
d. Primjer: Detekcija markera za rak prostate (podaci: Kent Ridge Biomedical
Data Set Repository, NCBI Data Set Record)
4. Računalne metode
a. Modeliranje grafovima u genetici
b. DNA sekvenciranje
c. Problem najkraćeg superniza
d. Metode sekvencijra hibridizacijom: problem Hamiltonovog i Eulerovog puta
e. Sekvenciranje proteina i peptida
f. Identifikacija proteina pretragom baze podataka
g. Primjer: Rad na bazama podataka: GenBank, RefSeq, TPA, SwissProt, PIR,
PRF i PDB
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
123
Dohvat i analiza podataka iz baza podataka u bioznanostima
Poznavanje statistički i računalnih metoda u bioznanostima
Samostalna primjena statističkih i računalnih metoda u bioznanostima
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Redovito praćenje nastave
Sudjelovanje u nastavi
Izrada seminarskog rada
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
29. Sergios Theodoridis: Pattern Recognition, Fourth Edition. Academic Press, 2008.
30. Walter T. Ambrosius: Topics in Biostatistics (Methods in Molecular Biology),
Humana Press, 2007.
31. Neil C. Jones & Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms,
MIT Press, 2004.
Dopunska (preporučena) literatura:
24. Arthur M. Lesk: Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press, 2005.
25. Jonathan Pevsner: Bioinformatics and Functional Genomics (second edition), Wiley –
Blackwell, 2009.
26. Oleg Okun: Feature Selection and Ensemble Methods for Bioinformatics: Algorithmic
Classification and Implementations, IGI Global, 2011.
27. Peter Flach: Machine Learning: The Art and Science of Algorithms That Make Sense
of Dana, Cambridge University Press, 2012.
28. Christopher M. Bishop: Pattern Recognition and Machine Learning, Springer, 2006.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
124
Šifra predmeta: 2301
Naziv predmeta: BIOLOGIJA TUMORSKIH I NORMALNIH STANICA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Prof.dr. sc.Sonja Levanat, znanstvena savjetnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati polaznike s najnovijim saznanjima o normalnom funkcioniranju stanica
višestaničnih organizama, regulaciji staničnog ciklusa, prijenosa signala u stanici i među
stanicama te poremetnjama tih procesa. Težište je na molekulsko genetičkim i biokemijskim
aspektima funkcioniranja stanica te modelima istraživanja in vitro i in vivo.
Sadržaj predmeta:
Sadržaj kolegija: građa stanica i stanični ciklus, ispoljavanje proteina u regulaciji staničnog
ciklusa, faktori rasta i protoonkogeni, prijenos signala, aktivacija i inaktivacija gena, genska
mapa, recesivno i dominanto nasljedne bolesti. Apoptoza i blokatori apoptoze. Fosforilacija i
defosforilacija - fosfataze i kinaze te njihovi inhibitori.
Metode molekulske biologije: izolacija proteina i nukleinskih kiselina, metode detekcije
(kromatografske, imunokemijske, elektroforetske), radioaktivno i fluorescentno obilježavanje
fragmenata i/ili stanica, lančana reakcija polimeraze, razni tipovi hibridizacija (northern,
western, dot blot, southern, in situ, substraktna i diferencijalna); modeli istraživanja: stanične
linije, parafinski rezovi, primarne stanične kulture, laboratorijske životinje, svježe tkivo.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Povezivanje bioloških mehanizama s mogućnostima molekularne medicine i dostupnim
analizama najnovijim tehnologijama
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:prisustvovanje nastavi i vježbama, kritična analiza znanstvenog članka
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
125
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Lodish H et al Molecular Cell Biology, Sci Am Books2000;
SambrookJ,Fritisch FF, Maniatis T Molecular cloning, 1,2,3.Lab.Manual,2001.
Cooper G.M. The Cell:Molecular approach, 2000, ASM press
Dopunska (preporučena) literatura:
Locker J. Transcription Factors.2001. BIOS Scientific Publ Lim Oxford,OX4 1RE, UK
Hesketh R The Oncogene and Tumour Suppressor Gene, 1997, 2nd ed, Acad PressLondon,
UK
Freshney RI, Freshney MG. Nulture of Immortalized Cells.1996, Willey-Liss ,J Willey &
sons, Inc Public.
Huff J, Boyd J, Barrett JC. Cellular and Molecular Mechanisms of Hormonal Carcinogenesis.
Progress in Clinical and Biological Research Vol 394, 1996. Willey-Liss ,J Willey & sons,
Inc Public.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
- anketa među studentima
126
Šifra predmeta: 2302
Naziv predmeta: IMUNOGENETIKA TRANSPLANTACIJE
OPĆI PODACI:
Studijski program: MOLEKULARNE BIOZNANOSTI
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Izv.prof. dr. sc. Zorana Grubić, znanstvena savjetnica
Ustanova nositelja predmeta: KBC-Zagreb
Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Renata Žunec
Status predmeta: □ obvezni X□ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente sa sustavom HLA i njegovom ulogom u transplantaciji tkiva i organa.
Iznijeti najnovije znanstvene spoznaje i njohove primjene u imunogenetici transplantacije.
Sadržaj predmeta:
Glavni sustav tkivne podudarnosti u čovjeka – Human Leukocyte Antigens (HLA): povijesni
pregled otkrića, istraživanja, nazivlje, smještaj i ustroj. Biološka uloga sustava HLA: prerada i
predočavanje peptida. Građa gena i molekula HLA razreda I i razreda II.
Osnovne genetske osobitosti sustava HLA: polimorfizam, fenotip, haplotip, genotip,
neravnoteža udruživanja – linkage disequilibrium, rekombinacija-crossing over.
Laboratorijski testovi određivanja gena, antigena i antitijela HLA: MLCT, PCR-SSP, PCR-
SSO, sekvencioniranje. Odabir primatelja organa za kadaveričnu transplantaciju organa.
Odabir davatelja za transplantaciju hematopoetskih stanica. Uloga podudarnosti gena HLA i
izbor tipizacijskih metoda u transplantaciji tkiva i organa. Uloga antitijela HLA (PRA)u
transplantaciji tkiva i organa.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
razumijevanje genetike sustava HLA, analiza genotipa HLA u obitelji, razumijevanje
imunogenetskog pristupa u kadaveričnoj transplantaciji organa i u transplantaciji koštane srži,
kompetentno praćanje literature o ulozi sustava HLA u transplantaciji tkiva i organa
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 10
Seminari 10
Vježbe
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
127
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1)Andreis I, Batinić D, Čulo F, Grčević D, Marušić M, Taradi M, Višnjić D. Imunologija.
Zagreb: Medicinska naklada, 2004.; 2)Apperley J.F., Gluckman E., Gratwohl A. Blood and
marrow transplantation. Paris: European School of Haematology, 2000. 3)Blair GE, Pringle
CR, Maudesley DJ. Modulation of MHC antigen expression and disease. Cambridge:
University Press, 2005. 4)Cecka J.M., Terasaki P.I. Clinical Transplants 2003.. Los Angeles:
UCLA Tissue typing Laboratory, 2004. 5)Janeway C.A., Travers P., Walport M., Shlomchik
M.J. Immunobiology 5, The Immune system in health and disease. New York: Garland
Publishing, 2001. 6)Marsh S.G.E., Parham P., Barber L.D. The HLA facts book. London:
Academic Press, 2000.
Dopunska (preporučena) literatura:
Časopisi; Human Immunology, Clinical Transplantation, Tissue Antigens, Transplantation
Proceedings,
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
128
Šifra predmeta: 2303
Naziv predmeta: SUPRAMOLEKULARNE STRUKTURE I OKSIDACIJSKI
STRES
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Izv.prof.dr. sc. Marina Ilakovac Kveder1, znanstvena savjetnica
Prof.dr.sc. Hrvoje Lepeduš2
Ustanova nositelja predmeta: 1Institut Ruđer Bošković 2Filozofski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina. II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente sa staničnim membranama kao supramolekularnom strukturom, te s
njihovim ulogama u lipidnoj peroksidaciji i stvaranju ateroskleroze i zloćudnih bolesti.
Studenti će isto tako biti upoznati sa spektroskopskim i magnetsko-rezonansnim metodama u
izučavanju oksidacijkog stresa.
Sadržaj predmeta:
Stanična membrana kao supramolekulska struktura: organizacija gradbenih elemenata
(asimetrija lipidnog dvosloja, lipid-protein međudjelovanje, raftovi) i dinamička svojstva
(fluidnost, tekuće-kristalno stanje). Transport kroz membranu. Uloga membrane u
oksidacijskom procesu. Ateroskleroza i zloćudne bolesti. Liposomi i njihova primjena u
onkologiji. Osnovne spektroskopske metode u istraživanju oksidacijskih procesa in-vitro (Uv-
Vis, infracrvena spektroskopija, fluorescencija). Primjena metoda magnetske rezonancije
(NMR i EPR) u detektiranju slobodnih radikala i oksigenacije tkiva in-vivo i ex-vivo.
Kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:
Teorijsko upoznavanje magnetsko-rezonantskih i spektroskopskih metoda u izučavanju
oksidacijskog stresa. Razumijevanje uloge staničnih membrane i njihova uloga u zločudnim
bolestima i oksidacijskom stresu.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari
Vježbe 5
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
129
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. T. McKee and J.R. McKee: Biochemistry,Wm. C. Brown publishers, 1996.
2. H. Esterbauer, J. Gebicki, H. Puhl, G. Juergens: The role of lipid peroxidation and
antioxidants in oxidative modification of LDL, Free radic. Biol. Med. 13 (1992) 341-390.
3. 3. A.Giessauf, E. Steiner, H. Esterbauer: Early destruction of tryptophan residues of
apolipoprotein B is a vitamin E-ependent process during copper-mediated oxidation of
LDL, Biochem. Biophys. Acta 1256 (1995) 221-232.
Dopunska (preporučena) literatura:
S. Banuelos, J.L. Arrondo, F.M. Goni, G. Pifat: Surface-core relationship in human low
density lipoproteins as studied by infrared spectroscopy, J. Biol. Chem. 270 (1995) 9192-
9196.
Bioradicals detected by ESR spectroscopy, (H. Ohya-Nishiguchi, L. Packer eds.), Birkaeuser
Verlag, 1995
G.K.E. van Holde, W.C. Johnson, P.S. Ho: Principles of physical biochemistry, Prentice Hall,
Upper Saddle River, USA, 1998
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Za pojedina predavanja – tematske cjeline – provjera razumijevanja dobivenih informacija,
načina prezentacije, itd.
Rasprave sa studentima i kolegama – anketa po završetku kolegija.
Praćenje napredovanja svakoga studenta.
Evaluacija uspješnosti od strane voditeljstva studija i zajedničkog stručnog povjerenstva
ustanova nositelja studija. Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno
povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku”.
130
Šifra predmeta: 2304
Naziv predmeta: PEROKSIDACIJA LIPIDA U OSNOVAMA OKSIDACIJSKOG
STRESA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Izv.prof.dr.sc. Neven Žarković, znanstveni savjetnik-trajno zvanje
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji: Branka Mihaljević, Werner Siems
Status predmeta: □ obvezni x izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je upoznati polaznike studija s osnovama oksidacijskog stresa i mehanizmima
procesa peroksidacije lipida povezanih uzročno-posljedičnim vezama s patofiziologijom
različitih bolesti i organskih poremećaja.
Sadržaj predmeta:
- slobodni radikali i oksidacijski stres – definicije i primjeri
- reaktivni kisikovi spojevi (ROS) – stvaranje i svojstva u biološkim sustavima
- peroksidacija lipida, lipoproteini i reaktivni aldehidi
- oksidacijski stres i peroksidacija lipida u metaboličkim, upalnim i degenerativnim
bolestima (diabetes, ateroskleroza, neurodegeneracija, kronično zatajenje bubrega, itd.)
- starenje, oksidacijski stres i tumori
- oksidacijski stres kao veza između nasljednog i ijatrogeniog tumora
- oksidacijski stres u karcinogenezi i terapiji tumora
- metode za stvaranje i mjerenje brzine reakcije slobodnih radikala
- detekcija slobodnih radikala i drugih medijatora oksidacijskog stresa u biološkim sustavima
- kemijska svojstva ROS – reakcijski mehanizmi i kinetika kemijskih reakcija
- oksidacijski stres i prijelazni metali
- željezo: paradoks u području kisikovih radikala u biologiji
- metabolizam željeza – značaj u onkologiji
- zloćudne bolesti kao sustavni poremećaji, metaboličke promjene uzrokovane tumorima
- upale i tumori, moguća uloga granulocita u karcinogenezi i obrani od tumora
- antioksidansi
- produkti raspadanja karotenoida i tumori
- strategije antioksidacijske terapije u bolestima ljudi – činjenice i vizije
- oksidacijski stres u lymphedema kirurški tretiranih bolesnika s tumorima – produkti
peroksidacije lipida u fibrosklerozi bolesnika s lymphedema
- oksidacijski stres u kliničkim pokusima
- nove dijagnostičke i terapijske mogućnosti vezane uz oksidacijski stres
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
- poznavanje svojstava i reakcija slobodnih radikala u osnovama oksidacijskog stresa
- prepoznavanje specifičnih mehanizama inicijacije peroksidacije lipida i povezivanje s
potencijalnim organskim poremećajem
- osnove metodologije procesa peroksidacije lipida s posebnom pažnjom na pronalaženju što
direktnije kvantitativne metode mjerenja oksidacijskog stanja
- poznavanje antioksidacijskih mehanizama i primjena antioksidansa u prevenciji ili terapiji
131
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 4 sata nastave
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura: 1. Halliwell, B.; Gutteridge, J.M.C. FREE RADICALS IN BIOLOGY AND MEDICINE. Oxford University Press, New York, 1999; pp. 246-350. 2. Mihaljevic, B., Katusin-Razem, B., Razem, D. THE REEVALUATION OF THE FERRIC THIOCYANATE ASSAY FOR LIPID HYDROPEROXIDES WITH SPECIAL CONSIDERATIONS OF THE MECHANISTIC ASPECTS OF THE RESPONSE. Free Radical Biol. Med., 21: 53-63; 1996 3. Žarković, N. MECHANISMUS DER TUMORENTSTEHUNG. Pharmazeutishe Zeitung, 145: 239-245; 2000 4. Žarković, N. ANTIOXIDATIEN IN DER PRÄVENTION UND CHEMOTHERAPIE VON TUMOREN. Pharmazeutishe Zeitung, 145: 391-395: 2000 .
Dopunska (preporučena) literatura:
132
1. Toyokuni, S.; Okamoto, K.; Yodoi, J.; Hiai, H.; PERSISTANT OXIDATIVE STRESS IN
CANCER. FEBS Lett. 358: 1-3; 1995. 2. Huang, X. IRON OVERLOAD AND ITS ASSOCIATION WITH CANCER RISK IN HUMANS: EVIDENCE FOR IRON AS A CARCINOGENIC METAL. Mutation Research, 533: 153-171: 2003. 3. Alija, A.J.; Bresgen, N.; Sommerburg, O.; Siems, W.; Eckl, P.M. GENOTOXIC EFFECTS OF BETA-CAROTENE BREAKDOWN PRODUCTS ON PRIMARY RAT HEPATOCYTES. Carcinogenesis 25, 827-831; 2004. 4. Schumacher M.; Eber B.; Tatzber F.; Kaufmann P.; Halwachs G.; Fruhwald F.M.; Zweiker R.; Esterbauer H.; Klein W. TRANSIENT REDUCTION OF AUTOANTIBODIES AGAINST OXIDIZED LDL IN PATIENTS WITH ACUTE MYOCARDIAL INFARCTION. Free Radic Biol Med 18:1087-1091; 1995 5. Tatzber, F.; Griebenow, S.; Wonisch, W.; Winkler R. DUAL METHOD FOR THE DETERMINATION OF PEROXIDASE ACTIVITY AND TOTAL PEROXIDES – IODIDE LEADS TO A SIGNIFICANT INCREASE OF PEROXIDASE ACTIVITY IN HUMAN SERA. Anal Biochem 316(2):147-153; 2003
Kvalifikacijski radovi nastavnika:
Popis radova je dostupan na web stranici:
http://www.irb.hr/en/str/zmm/LABS/LabOS/Neven/PublikacijeN , te:
1. Katušin-Ražem, B.; Mihaljević, B.; Ražem, D. Lipid Test. Nature, 345: 584; 1990 2. Mihaljević, B.; Katušin-Ražem, B.; Ražem, D. The Reevaluation Of The Ferric
Thiocyanate Assay For Lipid Hydroperoxides With Special Considerations Of The Mechanistic Aspects Of The Response. Free Radical Biol Med., 21: 53-63; 1996
3. Mihaljević, B.; Ražem, D. Oxidation Kinetics Of Iron(Ii) Ion With The T-Butoxyl
Radical. Radiat. Phys. Chem., 67: 269-274; 2003.
4. Andrea Sovic, Suzana Borović, Iva Lončarić, Thomas Kreuzer, Kamelija Žarković, Tea
Vuković, Georg Wäg, Reno Hraščan, Reinhold Wintersteiger, Rainer Klinger, Niko
Zurak, Rudolf Jörg Schaur and Neven Žarković (2001) The carcinostatic and proapoptotic
potential of 4-Hydroxynonenal in HeLa cells is associated with its conjugation to cellular
proteins. Anticancer Res, 21:1997-2004
5. Neven Žarković , Iva Lončarić, Ana Čipak, Gordana Jurić, Willibald Wonisch , Suzana Borović , Georg
Waeg, Tea Vuković, Kamelija Žarković. (2001) Patofiziološke značajke sekundarnih glasnika
slobodnih radikala i oksidativni stres. U: Oksidativni stres i djelotvornost antioksidansa.
(Bradamante V., Lacković Z., ur.), Medicinska naklada, Zagreb, pp. 13-32
6. Marija Poljak-Blaži M, Maša Katić, Marijeta Kralj, Neven Žarković, Tanja Marotti,
Berislav Bošnjak, Višnja Šverko, Tihomir Balog, Krešimir Pavelić (2001) In vitro and in
vivo effect of natural clinoptiolote on malignant tumors. In: Zeolites and mesoporous
materials at the dawn of 21st century (Galarneau A., Di Renzo F., Fajula F., Vedrine J,
Eds.), Stud. Surf. Sci. Catal, Vol. 135, 5309-5316
7. Fiorella Biasi, Luciana Tessitore, Danialla Zanetti, J.C. Citrin, B. Zingaro, Ellena
Chiarpotto, Neven Žarković, G. Serviddio and Giuseppe Poli (2002) Associated changes
of lipid peroxidation and TGF1 levels in human cancer during tumor progression. Gut,
50: 361-367
8. Thomas Semlitsch, Hilmar M. Tillian, Neven Žarković, Suzana Borović, Martin
Purtscher, Otmar Hohenwarter and Rudolf J. Schaur (2002) Differential Influence of the
Lipid Peroxidation Product 4-Hydroxynonenal on the Growth of Human Lymphatic
Leukaemia Cells and Human Peripheral Blood Lymphocytes. Anticancer Res, 22:1689-
1697
9. Neven Žarković , Suzana Borović , Igor Stipančić, Marija Poljak Blaži, Iva Lončarić, Ana
Čipak, Gordana Jurić, Tea Vuković, Willibald Wonisch , Georg Waeg i Kamelija
133
Žarković. (2002) Fiziološke i patološke značajke lipidne peroksidacije U: Oksidativni
stres i djelotvornost antioksidansa. (Bradamante V., Lacković Z., ur.), Medicinska
naklada, Zagreb, pp. 10-29
10. Neven Žarković, Kamelija Žarković, Marijeta Kralj, Suzana Borović, Senka Sabolović,
Marija Poljak Blaži, Ana Čipak and Krešimir Pavelić (2003) Anticancer and antioxidative
effects of micronized zeolite clinoptilolite, Anticancer Res, 23:1589-1596
11. Mircea Cazacu, Traian Oniu, Cornel Lungoci, Anca Mihailov, Ana Čipak, Rainer Klinger,
Thomas Weiss and Neven Žarković (2003) The influence of Isorel on the advanced
colorectal cancer. Cancer Bioth & Radipharm, 18:27-34
12. P. Sikiric, S. Seiwerth, S. Mise, M. Staresinic, D. Mikus, G. Aralica, D. Perovic, M.
Gjurasin, A. Boban-Blagaic, T. Ziger, L. Batelja, N. Žarković, S. Borović, S. Zutekovic,
D. Rabic, S. Babic, S. Suknaic, N. Kolombo, D. Blagojevic, N. Kokic, I. Fattorini, M.
Kopljar, A. Marovic, A. Tonkic, G. Buljat, T. Anic, M. Petek, R. Rucman (2003)
Corticosteroids-impairment healing and gastric pentadecapeptide BPC 157 creams in
burned mice. Burns, 29: 323-334
13. Neven Žarković (2003) 4-Hydroxynonenal as a bioactive marker of pathopysiological
processes. Mol Asp Med, 24:281-291
14. Staresinic M, Sebecic B, Patrlj L, Jadrijevic S, Suknaic S, Perovic D, Aralica G, Žarković
N, Borović S, Srdjak M, Hajdarevic K, Kopljar M, Batelja L, Boban-Blagaic A, Turcic I,
Anic T, Seiwerth S, Sikiric P (2003) Gastric pentadecapeptide BPC 157 accelerates
healing of transected rat Achilles tendon and in vitro stimulates tendocytes growth. J
Orthop Res 21: 976-983
15. Renate Wildburger, Neven Žarković, Suzana Borović, Kamelija Žarković, Walter Petek,
Andreas Meinitzer (2003) Die hypertrophe Kallusbildung bei Patienten mit schwerem
Schädel-Hirn-Trauma. In: Höhepunkte, Fehler und Komplikationen in der
Unfallchirurgie. (Rudolf Szyszkowitz, ed.), Leykam Nfg. & Co. KG, Graz, 529-553
16. Greta Pifat Mrzljak, Neven Žarković (Eds.) (2003): Towards the European University
Networks: Trends and Challenges in Higher Education. Hrvatsko-austrijsko Društvo,
Zagreb
17. Branka Mazul-Sunko, Neven Žarković, Nada Vrkić, Nataša Antoljak, Miroslav Bekavac
Bešin, Vjeran Nikolić Heitzler, Mladen Širanović, Ankica Krizmanić-Dekanić, Rainer
Klinger (2004) Proatrial natriuretic peptide (1-98), but not cystatin C, is predictive for
occurrence of acute renal insufficiency in critically ill septic patients. Nephron Clinical
Practice. 97(3):103-107
18. Neven Žarković, Darija Mahović , Marija Poljak-Blaži, Iva Lončarić, Franz Tatzber,
Kamelija Žarković, Damir Petravić, Willibald Wonisch, Niko Zurak (2004) Changes of
plasma peroxides in patients with stroke: Indices of differential systemic response to
oxidative stress in patients with ischemic stroke or with intracerebral hemorrhage.
Neurologia Croatica, 53:79-86
19. Živković Morana, Žarković Kamelija, Škrinjar Ljubomir, Georg Waeg, Poljak-Blaži
Marija, Borović Suzana, Schaur Rudolf Jörg, Žarković Neven (2005) A new method for
detection of HNE-histidine conjugates in rat inflammatory cells. Croatica Chemica Acta,
78: 91-98
20. Igor Stipančić, Neven Žarković, Dražen Servis, Senka Sabolović, Franz Tatzber, Željko
Busić (2005) Oxidative stress markers after laparoscopic and open cholecystectomy,
134
Journal of Laparoendoscopic & Advanced Surgical Techniques,Part A, 15: 347-352
21. Neven Žarković (2005) Mechanismen der Tumorentstehung. In: Oxidativer Stress und
Pharmaka (Siems Werner, Krämer Klaus, Grune Tilman, Eds.). Govi-Verlag, Eschborn,
145-158
22. Neven Žarković (2005) Antioxidatien in der Prävention und Chemotherapie von Tumoren.
In: Oxidativer Stress und Pharmaka (Siems Werner, Krämer Klaus, Grune Tilman, Eds.).
Govi-Verlag, Eschborn, 159-174
23. Mircea Bogdan Enesel, Iurie Acalovschi, Vasile Grosu, Adriana Sbarcea, Catrinel Rusu,
Adrian Dobre, Thomas Weiss and Neven Žarković (2005) Perioperative Application of
the Viscum Album Extract Isorel in Digestive Cancer Patients. Anticancer Research, 25:
4583-4590
24. Kamelija Žarković, Gordana Juric, Georg Waeg, Danijela Kolenc and Neven Žarković
(2005) Immunohistochemical appearance of HNE-protein conjugates in human
astrocytomas. Biofactors, 24: 33-40
25. Suzana Borović Šunjić, Ana Čipak, Filip Rabuzin, Renate Wildburger and Neven
Žarković (2005) The Influence of 4-Hydroxy-2-nonenal on Proliferation, Differentiation
and Apoptosis of Human Osteosarcoma Cells. Biofactors, 24: 141-148
26. Ana Čipak, Suzana Borović, Mira Scukanec-Spoljar, Iva Kirac, Neven Žarković (2005)
Possible Involvement of 4-Hydroxynonenal in Splenocyte Regulated Liver Regeneration.
Biofactors, 24: 217-226
27. Morana Živković, Marija Poljak-Blaži, Gerd Egger, Suzana Borović Šunjić, Rudolf Jörg
Schaur, Neven Žarković (2005) Oxidative Burst and Anticancer Activities of Rat
Neutrophils. Biofactors,24: 305-312
28. Ana Čipak, Meinhard Hasslacher, Oksana Tehlivets, Emma J Collinson, Morana
Živković, Tanja Matijevic, Willibald Wonisch, Georg Waeg, Ian W. Dawes, Neven
Žarković, and Sepp D Kohlwein (2006) Saccharomyces cerevisiae strain expressing a
plant fatty acid desaturase produces polyunsaturated fatty acids and is susceptible to
oxidative stress induced by lipid peroxidation. Free Radical Biology and Medicine,
40:897-906
29. Suzana Borović, Gunars Tirzitis, Dace Tirzite, Ana Čipak, Gholam A. Khoschsorur,
Georg Waeg, Franz Tatzber, Mira Scukanec-Spoljar, Neven Žarković (2006) Bioactive
1,4-dihydroisonicotinic acid derivatives prevent oxidative damage of liver cells. European
Journal of Pharmacology, 537: 12-19
30. Maja Prutki, Marija Poljak-Blaži, Marko Jakopovic, Davor Tomas, Igor Stipancic and
Neven Žarković (2006) Altered Iron Metabolism, Transferrin Receptor 1 and Ferritin in
Patients with Colon Cancer. Cancer Letters,238: 188-196
31. Kamelija Žarković, Koji Uchida, Danijela Kolenc, Ljiljana Hlupic, Neven Žarković
(2006) Tissue distribution of lipid peroxidation product acrolein in human colon
carcinogenesis. Free Radical Resarch., 40: 543-552
32. Fiorella Biasi, Barbara Vizio, Cinzia Mascia, Ezio Gaia, Neven Žarković, Elena
Chiarpotto, Gabriella Leonarduzzi, Giuseppe Poli (2006) JNK up-regulation as a key
event in the pro-apoptotic interaction between TGF-ß1 and 4-hydroxynonenal in colon
mucosa. Free Radical Biology and Medicine, 40: 443-454
33. Suzana Borović, Filip Rabuzin, Georg Waeg, Neven Žarković (2006) Enzyme-linked
immunosorbent assay for 4-hydroxynonenal-histidine conjugates. Free Radical
135
Research,40:809-820
34. Vjeran Nikolic-Heitzler, Filip Rabuzin, Franz Tatzber, Nada Vrkic, Nikola Bulj, Suzana
Borović, Willibald Wonisch, Branka Mazul Sunko, Neven Žarković (2006) Persistent
oxidative stress after myocardial infarction treated by percutaneous coronary intervention.
Tohoku Journal of Experimental Medicine, 210: 247-255
35. Maja Prutki, Marija Poljak-Blaži, Branka Mihaljevic, Visnja Orescanin, Neven Žarković
(2006) Uptake of anti-anemic substance ferric-sorbitol-citrate by normal and malignant
cells and its effects on expression of transferrin receptor 1 and ferritin. Cancer Bioth &
Radipharm,21:636-644
36. Morana Živković, Marija Poljak-Blaži, Kamelija Žarković, Danijela Mihaljevic, Rudolf
Joerg Schaur and Neven Žarković (2007) Oxidative burst of neutrophils against melanoma
B16-F10. Cancer Letters, 246:100-108
37. Suzana Borović, Ana Čipak, Andreas Meinitzer, Zvonko Kejla, Darko Perovic, Georg
Waeg, Neven Žarković (2007) Differential effect of 4-hydroxynonenal on normal and
malignant mesenchimal cells. Redox Report, 207:50-54
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Za pojedina predavanja – tematske cjeline – provjera razumijevanja dobivenih informacija,
načina prezentacije, itd.
Rasprave sa studentima i kolegama – anketa po završetku kolegija.
Praćenje napredovanja svakoga studenta.
Evaluacija uspješnosti od strane voditeljstva studija i zajedničkog stručnog povjerenstva
ustanova nositelja studija. Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno
povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku”.
136
Šifra predmeta: 2306
Naziv predmeta: SLOBODNI RADIKALI, LIPIDNA PEROKSIDACIJA I
KONTROLA RASTA STANICA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Izv.prof.dr.sc. Neven Žarković, znanstveni savjetnik-trajno zvanje
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je upoznati polaznike studija s ulogom slobodnih radikala i produkata lipidne
peroksidacije u kontroli rasta normalnih i malignih stanica.
Sadržaj predmeta:
Patofiziologija oksidacijskog stresa – genotoksičnost
Lipidna peroksidacija i bioaktivni reaktivni aldehidi kao drugi glasnici slobodnih radikala
Stvaranje DNA adukata s produktima lipidne peroksidacije
Inicijacija lipidne peroksidacije pomoću elektromagnetskog zračenja i fotodinamičkog stresa
Metodologija lipidne peroksidacije – direktne i indirektne metode za određivanje lipidnih
hidroperoksida i reaktivnih aldehida
Oksidacija proteina, proteosomi i adukti 4-hidroksinonenala i proteina – biokemijske i
medicinske posljedice
4-hidroksinonenal (HNE) – signalni putevi i eliminacija
Metabolizam HNE u subcelularnim frakcijama, stanicama, organima i ljudskom tijelu
Molekularne osnove maligne transformacije, uloga (proto)onkogena, supresorskih gena i
regulacijskih citokina – sličnosti i razlike u prijenosu signala između normalne i maligne
stanice
Modulacija rasta produktima lipidne peroksidacije sa posebnim naglaskom na hne
Medijatori oksidacijskog stresa u nekrozi i apoptozi, stanična prilagodba na oksidacijski stres
Kvasci kao model za kontrolu rasta stanica pod oksidacijskim stresom
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Kolegij razvija znanje o ulozi slobodnih radikala i produkata lipidne peroksidacije u kontroli
rasta normalnih i malignih stanica. Ovo područje istraživanja postaje sve značajnije u
svjetskim razmjerima, a u Hrvatskoj je još uvijek zapostavljeno. Stoga bi ovaj kolegij trebao
uvesti novi pogled na izučavanje oksidacijskog stresa.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
137
Napomene:
Obveze studenata:
redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 2 sata nastave
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Eckl, P.M., Ortner, A. and Esterbauer, H. (1993) GENOTOXIC PROPERTIES OF 4-
HYDROXYALKENALS AND ANALOGOUS ALDEHYDES. Mutation Res. 290, 183-192.
Chung et al., LIPID PEROXIDATION AS A POTENTIAL SOURCE FOR THE
FORMATION OF EXOCYCLIC DNA ADDUCTS, Carcinogenesis, 1996, 17, 2105-2111
Žarković N. Žarković K. Schaur RJ. Štolc S. Schlag G. Redl H. Waeg G. Lončarić I. Jurić G.
Hlavka V. 4-HYDROXYNONENAL AS A SECOND MESSENGER OF FREE
RADICALS AND GROWTH MODIFYING FACTOR. Life Sci, 1999;65: 1901-1904
Aust S.D. LIPID PEROXIDATION. In: (Greenwald R.A. ed) Handbook of Methods for
Oxygen Radical Research. CRC Press, Boca Raton, FL , 1985; pp. 203-207.
Dopunska (preporučena) literatura:
Girotti A.W. PHOTOSENSITIZED OXIDATION OF MEMBRANE LIPIDS: REACTION
PATHWAYS, CYTOTOXIC EFFECTS, AND CYTOPROTECTIVE MECHANISMS. J.
Photochem. Photobiol. B: Biology, 63 (2001) 103-113.
Wonisch W., Kohlwein S.D., Schaur J., Tatzber F., Guttenberger H., Zarkovic N., Winkler R.,
Esterbauer H. TREATMENT OF THE BUDDING YEAST SACCHAROMYCES
CEREVISIAE WITH THE LIPID PEROXIDATION PRODUCT 4-HNE PROVOKES A
TEMPORARY CELL CYCLE ARREST IN G1 PHASE. Free Radic Biol Med 1998; 25:682-
687
Biasi F., Tessitore L., Zanetti D., Citrin J.C., Zingaro B., Chiarpotto E., Žarković N.,
Serviddio G., Poli G. ASSOCIATED CHANGES OF LIPID PEROXIDATION AND
N CANCER DURING TUMOR PROGRESSION. Gut, 50: 361-
367, 2002
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Za pojedina predavanja – tematske cjeline – provjera razumijevanja dobivenih informacija,
načina prezentacije, itd.
Rasprave sa studentima i kolegama – anketa po završetku kolegija.
Praćenje napredovanja svakoga studenta.
Evaluacija uspješnosti od strane voditeljstva studija i zajedničkog stručnog povjerenstva
ustanova nositelja studija. Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno
povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku”.
138
Šifra predmeta: 2307
Naziv predmeta: KONTROLA STANIČNOG CIKLUSA,
ODRŽAVANJE GENOMSKOG INTEGRITETA I
KANCEROGENEZA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Doc.dr.sc.Vjekoslav Dulić1
Dr. sc. Neda Slade2
Ustanova nositelja predmeta: 1CRBM-CNRS FRE2593, Montpellier, Francuska 2Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznavanje elementarnih zakona kojima stanica modulira aparat kontrole stanične diobe u
cilju sačuvanja integriteta genoma. Upoznavanje s ulogom pozitivnih i negativnih regulatora
staničnog ciklusa u diobi. Poseban naglasak na negativnoj kontroli proliferacije koja nastaje
uslijed ostećenja genoma i starenja stanice.
Veza izmedju poremećaja sustava «checkpoint – kontrola staničnog ciklusa» i kancerogeneze.
Sadržaj predmeta:
Uvod u stanični ciklus – otkriće glavnih regulatora stanične diobe kod nižih i viših eukariota
(zašto su Hartwell, Nurse i Hunt dobili Nobelovu nagradu 2001 godine?).
Kinaze ovisne o ciklinima (cyclin dependent kinase - Cdk) i njihova uloga u kontoli diobe
DNA i mitoze– pozitivna i negativna regulacija stanične proliferacije. Inhibitori Cdk (CKI:
p16Ink4a, p21Waf1, p27Kip1) i supresori tumora (pRb i p53) – kritična uloga u procesu
zaustavljanja diobe stanice.
Negativna kontrola proliferacije u cilju održavanja integriteta genoma – funkcionalni odnosi
između kinaza/fosfataza (ATM/ATR, Chk1/2, Cdc25) uključenih u mrežu detektora
ostećenja DNA (signalizacija) i regulatora staničnog ciklusa (Cdk, CKI, p53, pRb).
Stanično starenje (senescence) kao protu-tumorska barijera: uzroci i molekularni mehanizmi
(uloga telomeraze, « checkpoint » regulatora i tumorskih supresora, p53 i pRb).
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Razumijevanje osnovnih mehanizama koji stoje iza kontrole stanične diobe koji uključuju i
signalizacijsku mrežu putem koje stanica «odlučuje» kako će reagirati na ostećenje genoma
kao i na ostale negativne signale. Upoznavanje metoda korištenih u izučavanju kontrole
staničnog ciklusa i stanične biologije (s naglaskom na fluorescentnu mikroskopiju te imuno-
biokemijske tehnike).
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija Obrazovanje Konzultacije Rad u Mentorski Terenska
139
i internet na daljinu laboratoriju rad nastava
Napomene:
Zbog udaljenosti, predlažem predavanja «u bloku». Mogućce kozultacije i slanje materijala
preko interneta.
Obveze studenata:
redovito pohađanje nastave, seminarski rad
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura: 1. Knjiga po izboru iz opće stanične biologije, npr. «Molecular Cell Biology» Darnell,
Lodish, Baltimore. (po mogućnosti novija izdanja, poslije 1990).
2. Hahn, W. C., and Weinberg, R. A. (2002). Modelling the molecular circuitry of cancer,
Nat Rev Cancer 2, 331-341.
3. Hartwell, L. H. and Weinert, T. A. (1989) Checkpoints: Controls that ensure the order
of cell cycle events. Science 246, 629-634.
4. Zhou, B. B., and Elledge, S. J. (2000). The DNA damage response: putting checkpoints
in perspective. Nature 408, 433-439.
5. Lundberg, A. S., Hahn, W. C., Gupta, P., and Weinberg, R. A. (2000). Genes
involved in senescence and immortalization, Curr Opin Cell Biol 12, 705-9.
6. Sherr, C. J. and Roberts, J. M. (1999) CDK inhibitors: positive and negative regulators
of G1-phase progression Genes and Dev. 13, 1501-1512.
7. Smith, J. R., and Pereira-Smith, O. M. (1996). Replicative senescence: implications for
in vivo aging and tumor suppression. Science 273, 63-67.
8. Stein, G. H., and Dulic, V. (1995). Origins of G1 arrest in senescent human fibroblasts.
BioEssays 17, 537-543.
9. Wright, W. E., and Shay, J. W. (2001). Cellular senescence as a tumor-protection
mechanism: the essential role of counting. Curr Opin Genet Dev 11, 98-103.
10. Baus, F., Gire, V., Fisher, D., Piette, J. & Dulic, V. (2003) Permanent cell cycle exit in
G2 phase after DNA damage in normal human fibroblasts. EMBO J. 22, 3992-4002.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Grana, X., Garriga, J., and Mayol, X. (1998). Role of the retinoblastoma protein
family (pRB, p107 and p130) in the negative control of cell growth. Oncogene 17, 3365-
3383.
2. Gire V., Roux, P., Wynford-Thomas, D., Brondello, J.M. & Dulic, V. (2004) DNA
damage checkpoint kinase Chk2 triggers replicative senescence. EMBO J. 23, 2554-
2563.
3. Dulic, V., G.-E. Beney, G. Frébourg, L.F. Drullinger, and G.H. Stein. (2000)
Uncoupling between phenotypic senescence and cell cycle arrest in aging p21-deficient
fibroblasts, Mol. Cell. Biol. 20, 6741-6754.
4. Nigg, E. A. (1995). Cyclin-dependent protein kinases: key regulators of the eukaryotic
cell cycle. Bioessays 17, 471-80
5. Dulic, V., W.K. Kaufmann, S.J. Wilson, T.D. Tlsty, E. Lees, J.W. Harper, S.J. Elledge
140
and S. I. Reed. (1994) p53-dependent inhibition of cyclin-dependent kinase activities in
human fibroblasts during radiation-induced G1 arrest. Cell 76, 1013-1023
6. Maser, R. S., and DePinho, R. A. (2002). Connecting chromosomes, crisis, and cancer.
Science 297, 565-9.
7. Dulic, V., E. Lees, and S.I. Reed. (1992) Association of human cyclin E with a
periodic G1 protein kinase. Science 257, 1958-1961.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku, a voditelji će putem
ankete od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspješnosti od strane
voditeljstva.
141
Šifra predmeta: 2308
Naziv predmeta: GENOMSKA DNA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Prof.dr. sc. Sonja Levanat
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji: Vesna Musani, Maja Čretnik
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznavanje sa svojstvima genomske DNA, metodama i svrhama izolacije
Sadržaj predmeta:
Upoznavanje sa svojstvima genomske DNA, metodama izolacije, metodama detekcije i
analize: od lančane reakcije polimerazom (PCR), gubitka heterozigotnosti, analize
jednolančanih slijedova (SSCP) i heterodupleks te sekvencioniranja.Korištenje genomskih
karti i baza podataka za analizu kodirajućih i nekodirajučih dijelova genoma.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Aktivno služenje bazama podataka, analizama gena, pretraživanje i analiza sekvenci,
dizajniranje početnica, postavljanje lančane reakcije polimerazom i analiza rezultata.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: redovito pohađanje nastave u svim oblicima izvođenja nastave, aktivno
sudjelovanje, poznavanje korištenja interneta
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
142
Obvezna literatura:
Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T (1989) Isolation of high molecular weight DNA from
mammalian Cells. U: Cold Spring Harbor Laboratory Press (ed.) Molecular cloning - a
laboratory manual, 9.14-23.
HUGO consortium (2001) The human genome. Science 291: 1145-1434.
Human genome. (2001) Nature 409:745-964
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Glavač D, Dean M (1993) Optimization of the Single Strand Conformation
Polymorphism (SSCP) Technique for detection of Point Mutations. Hum Mut 2:404-
414
2. Danaee T, Nelson HH, Karagas MR, Schned AR, Ashok TDS, Hirao T, Perry AE,
Kelsey KT (2002) Microsatellite instability at tetranucleotide repeats in skin and
bladder cancer. Oncogene21:4894-4899.
3. Phelan CM, Larsson C, Baird S, Futreal AP, Ruttledge MH, Morgan K, Tonin P,
Hung H, Korneluk RG, Pollak MN, Narod SA(1996) The human mammary-derived
growth inhibitor gene (MDGI):genomic structure and mutation analysis in human
breast cancer. Genomics 34:63-68.
4. Watson JD, Gilman M, Witkowski J, Zoller M.(1991) Recombinant DNA. Sci Am
books , W H Freeman and comp New York
5. Glavač D, Dean M (1995) Applications of heteroduplex Analysis for Mutation
Detection in Disease genes. Human Mut 6: 281-287.
6. Griffiths AJE, Miller JH, Suzuki DT, Lewontin RC (1992) An introduction to genetic
analysis, 5th edd. WH Freeman and comp New York
7. Johnson DR, Levanat S, Bale AE.(1995) Direct Molecular Analysis of Archival Tumor
Tissue
8. for Loss of Heterozygosity. BioTechniques 19(2):190 -192.
9. Shimkets R, Gailani M, Siu V, Yang-Feng T, Pressman C, Levanat S, Goldstein A, Dean
M, Bale
10. AE. (1996) Molecular Analysis of Chromosome 9q Deletions in Two Gorlin Syndrome
Patients.
11. Am J Hum Genet 59:417-422.
12. Levanat S, Chidambaram A,Wicking C, Bray-Ward P, Pressman C,Toftgard R, Gailani
MR, Wainwright B, Dean M, Bale AE.(1997) Pulsed-Field Gel Electrophoresis and
FISH Mapping of Chromosome 9q22: Placement of a Novel Zinc Finger Gene within
the NBCCS and ESS1 region. Cytogenet Cytogenet Cell Genet 76:208-213.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Anketa
143
Šifra predmeta: 2309
Naziv predmeta: MEHANIZMI OŠTEĆENJA I POPRAVKA DNA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Dr. sc Davor Zahradka
Dr. sc. Ksenija Zahradka
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je stjecanje znanja o različitim oblicima oštećenja molekule DNA te o
molekularnim mehanizmima njihova popravka. Mehanizmi popravka DNA osiguravaju
očuvanje genetičkog integriteta i vijabilnost svake stanice i organizma.
Sadržaj predmeta:
Predmet će dati pregled različitih vrsta oštećenja u molekuli DNA, čimbenika koji ih izazivaju
te molekularnih mehanizama koji sudjeluju u njihovom popravku. Uspoređivat će se
mehanizmi popravka DNA kod prokariota i eukariota. Poseban naglasak bit će na genima,
enzimima i molekularnim procesima vezanim uz rekombinacijski popravak DNA. Tematske
cjeline bit će slijedeće:
1) čimbenici koji oštećuju DNA: vanjski (ionizirajuće zračenje, UV zračenje, kemijski
agensi) i unutarnji (oštećenja nastala tijekom replikacije DNA, oksidativna oštećenja
DNA, spontani gubitak baza);
2) tipovi oštećenja DNA: krivo sparene baze, apurinska i apirimidinska (AP) mjesta,
promijenjene baze, jednolančani lomovi, dvolančani lomovi, unakrsno povezivanje
lanaca;
3) mehanizmi popravka DNA: reverzija oštećenja (npr. fotoreaktivacija), ekscizijski
popravak, rekombinacijski popravak (homolognom i nehomolognom
rekombinacijom), popravak krivo sparenih baza;
4) stanični dogovor na oštećenje DNA (pr. SOS odgovor kod bakterija);
5) molekularni mehanizmi bolesti uzrokovanih poremećajima u popravku DNA.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Predmet razvija specifično znanje o oštećenjima molekule DNA i molekularnim
mehanizmima popravka tih oštećenja. Također ukazuje na veliki značaj popravka DNA u
održanju vijabilnosti stanica i izbjegavanju razvoja bolesti.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i Obrazovanje na Konzultacije Rad u Mentorski Terenska
144
internet daljinu laboratoriju rad nastava
Napomene: Ukoliko budu postojale materijalne mogućnosti, spremni smo organizirati
praktičan rad u laboratoriju.
Obveze studenata: redovito pohađanje nastave, seminarski rad
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Friedberg, E.C., Walker, G. C., Siede, W. 1995. DNA Repair and Mutagenesis, American
Society for Microbiology, Washington, D.C. (odabrana poglavlja)
Kowalczykowski, S.C. 2000. Initiation of genetic recombination and recombination-
dependent replication. Trends Biochem Sci. 25:156-65.
Modrich, P., Lahue, R. 1996. Mismatch repair in replication fidelity, genetic recombination,
and cancer biology. Annu. Rev. Biochem. 65: 101-133.
Petranović, M., Zahradka, K., Zahradka, D., Petranović, D., Nagy, B., Salaj-Šmic, E.,
Petranović, D. 2001. Genetic evidence that the elevated levels of Escherichia coli helicase II
antagonize recombinational DNA repair. Biochimie 83: 1041-1047.
Sancar, A. 1996. DNA excision repair. Annu. Rev. Biochem. 65: 43-81.
Vlahović, K., Petranović, M., Zahradka, D., Petranović, D. 2000. Progressive loss of
prophage recombinogenicity in UV-irradiated Escherichia coli: the role of RecBCD enzyme.
Res. Microbiol. 151: 727-738.
Zahradka, D., Vlahović, K., Petranović, M., Petranović, D. 1999. Chromosome segregation
and cell division defects in recBC sbcBC ruvC mutants of Escherichia coli. J. Bacteriol. 181:
6179-6183.
Zahradka, D., Zahradka, K., Petranović, M., Đermić, D., Brčić-Kostić, K. 2002. The RuvABC
resolvase is indispensable for recombinational repair in sbcB15 mutants of Escherichia coli. J.
Bacteriol. 184: 4141-4147.
Dopunska (preporučena) literatura:
Defais, M., Devoret, R. 2001. SOS response. In Encyclopedia of Life Sciences, Nature
Publishing Group, London, http://www.els.net
Game, J.C. 2001. Recombinational DNA repair in eukaryotes. In Encyclopedia of Life
Sciences, Nature Publishing Group, London, http://www.els.net
Haber, J.E. 2000. Partners and pathways repairing a double-strand break. Trends Genet. 16:
259-264.
Kuzminov, A. 1999. Recombinational repair of DNA damage in Escherichia coli and
bacteriophage lambda. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 63: 751-813.
145
Lees-Miller, S.P., Meek, K. 2003. Repair of DNA double strand breaks by non-homologous
end joining. Biochimie 85: 1161-1173.
Michel, B., Grompone, G., Flores, M.-J., Bidnenko, V. 2004. Multiple pathways process
stalled replication forks. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101: 12783-12788.
Petit, C. Sancar, A. 1999. Nucleotide excision repair: from E. coli to man. Biochimie 81: 15-
25.
Rice, K.P., Cox, M.M. 2001. Recombinational DNA repair in bacteria: postreplication. In
Encyclopedia of Life Sciences, Nature Publishing Group, London, http://www.els.net
Sancar, A., Lindsey-Boltz, L.A., Unsal-Kacmaz, K., Linn, S. 2004. Molecular mechanisms of
mammalian DNA repair and the DNA damage checkpoints. Annu. Rev. Biochem. 73: 39-85.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
- provjera razumijevanja informacija za pojedina predavanja
- rasprave sa studentima
- upitnik o uspješnosti izvedbe predmeta
- uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo
Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku
146
Šifra predmeta: 2310
Naziv predmeta: RNA I GENSKA REGULACIJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Đurđica Ugarković
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković, Zavod za molekularnu
biologiju
Suradnici – izvoditelji: Željka Pezer
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Samo mali dio informacije pohranjene u eukariotskoj DNA se translatira u proteine (~ 1,4% u
čovjeka). Znatno veći dio od preko 50% genoma se transkribira, pri čemu izuzev mRNA sve
ostale transkripte svrstavamo u protein-nekodirajuće RNA ili ncRNA. Najnoviji podaci
otkrivaju ncRNA kao ključne molekule u u programiranoj regulaciji genske aktivnosti. Ovim
kolegijom predviđen je pregled različitih klasa ncRNA molekula i njihovih raznorodnih
funkcija u eukariotskom genomu.
Sadržaj predmeta:
1. Osnove transkripcije kod eukariota: RNA polimeraze I, II, III i IV. 2. Sazrijevanje
transkripata u eukariota, uloga snRNA («small nuclear RNA») i mehanizam alternativnog
nadovezivanja («alternative splicing»). 3. Pregled najvažnijih klasa ncRNA i njihovih uloga:
a) ribosomska (rRNA) i transfer (tRNA) RNA u biosintezi proteina. b) male nukleolarne RNA
ili snoRNA («small nucleolar RNA»): mehanizam modifikacije rRNA, tRNA i snRNA. c)
mikro RNA (miRNA): mehanizam nastanka iz dvolančanih prekursora i inhibicija translacije
ciljane mRNA – RNA interferencija (RNAi). d) male interferirajuće RNA (siRNA od «small
interfering» RNA), porijeklo, nastanak i mehanizam djelovanja u kompleksu s proteinima:
struktura RISC («RNA induced silencing «) kompleksa i RITS («RNA induced transcription
silencing») kompleksa. Umnažanje siRNA djelovanjem RDRC («RNA directed RNA
polymerase») kompleksa 4. siRNA kao signal za epigenetske modifikacije DNA i DNA
vezujućih proteina – mehanizam nastanka i tipovi epigenetskih modifikacija. Epigenetska
regulacija genske aktivnosti: «uspavljivanje» gena i dijelova genoma. 5. Poremećaji u
epigenetskim modifikacijama i nastanak bolesti. Važnost epigenetskih modifikacija u
nastanku raka i nove terapeutske strategije zasnovane na reverziji epigenetskih modifikacija.
6. Inaktivacija X kromosoma: uloga Xist RNA («X-inactive specific transcript») i Tsix RNA
(antisens na Xist). Uloga antisens RNA u regulaciji genske aktivnosti. Funkcionalni transkripti
pseudogena i njihova uloga u translaciji. Ribookidači («Riboswitches») koji vezanjem
specifičnih liganada utječu na gensku aktivnost. 7. Epigenetski fenomen genomskog
«imprinting-a» koji dovodi do diferencijalne ekspresije alela i njegova moguća povezanost s
malim RNA (siRNA, miRNA i snoRNA).
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Predmet omogućuje sustavni pregled različitih klasa ncRNA molekula i njihovih uloga u
programiranoj i vrlo složenoj regulaciji genske aktivnosti u eukariota. Raspravljat će se o
značenju ovih molekula za evoluciju složenih eukariotskih sistema, kao i njihov utjecaj na
embriogenezu, razvoj i funkcioniranje živog sistema.
147
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene: Za praćenje kolegija su potrebna osnovna predznanja o prijenosu genetičke
informacije koja se mogu steći u kolegiju «Biokemija» ili «Osnove molekularne biologije».
Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave i obavezan seminarski rad.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Revijalni članci:
1. Mattick, J.S. RNA regulation: a new genetics? (2004) Nature Reviews Genetics 5:
316-323
2. Jenuwein, T. An RNA-Guide Pathway for the Epigenome. (2002) Science 297: 2215-
2218
3. Novina, C.D., Sharp, P.A. The RNAi Revolution. (2004). Nature 430: 161-164
4. Grewal, S.I., Moazed, D. Heterochromatin and Epigenetic Control of Gene
Expression. (2003) Science 301: 798-802
5. Bickmore, W.A., van der Maarel, S.M. Perturbations of chromatin structure in human
genetic disease: recent advances.(2004). Hum. Mol. Genet. 12:207-213
6. Hajkova, P., Surani, M.A. Programming the X Chromosome. (2004) Science 303:
633-634
7. Matzke, M.A., Birchler, J.A. RNAi-mediated pathways in the nucleus. (2005) Nature
Reviews Genetics 6: 24-35
8. Seitz, H. et al. Imprinted small RNA genes. (2004) Biol. Chem. 385:905-911
Knjige:
Berg, J. M., Tymoczko, J. L., Stryer, L. Biochemistry, W. H. Freeman, New York 2002.;
Voet, D. & Voet, J. G. Biochemistry, John Wiley and Sons, 2004.
Dopunska (preporučena) literatura:
Originalni radovi:
1. Herr, A.J. et al. RNA Polymerase IV directs silencing of Endogenous DNA. (2005)
Science 308: 118-120
2. Motamedi, M.R. et al. Two RNAi Complexes, RITS and RDRC, Physically Interact
and localize to noncoding centromeric RNAs. (2005) Cell 119: 789-802
3. Lagos-Quitana, M. et al. Identification of Tissue-Specific MicroRNAs from mouse.
148
(2002) Curr. Biol. 12: 735-739
4. Lee, Y. et al. MicroRNA genes are transcribed by RNA polymerase II. (2004) EMBO
J. 23: 4051-4600
5. Volpe, T.A. et al. Regulation of Heterochromatinc Silencing and Histone H3 Lysine-9
Methylation by RNAi. (2002) Science 297: 1833-1837
6. Noma K. et al. RITS acts in cis to promote RNA interference-mediated transcriptional
and post-transcriptional silencing. (2004) Nature Genet. 36: 1174-1180.
7. Mravinac, B., Plohl, M., Ugarković, Đ. (2005) Preservation and high sequence
conservation of satellite DNAs suggest functional constraints. J. Mol. Evol. u tisku.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Rasprave sa studentima na osnovu kojih se provjerava razumijevanje dobivenih informacija.
Obavezna prezentacija seminarskog rada zasnovanog na analizi originalnih znanstvenih
radova svjedoči o stupnju usvajanja i razumijevanja gradiva.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
149
Šifra predmeta: 2311
Naziv predmeta: MOLEKULARNA GENETIKA STARENJA I
KARCINOGENEZE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Dr. sc. Ivica Rubelj
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković, Zavod za molekularnu
biologiju
Suradnici – izvoditelji: Mr. sc. Milena Ivanković, Dipl. inž. Nikolina Škrobot,
Dipl. inž. Andrea Ćukušić
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je pružiti studentima potpuni uvid u najnovija saznanja iz područja
molekularnih mehanizama starenja i karcinogeneze te njihove uzajamne povezanosti. Predmet
obuhvaća početke istraživanja osnovnih mehanizama staničnog starenja, pregled suvremenih
ideja i metodoloških pristupa istraživanjima starenja od stanice do organizma, kao i proces
imortalizacije normalnih stanica.
Sadržaj predmeta:
Uvod u Molekularnu biologiju starenja. Počeci istraživanja osnovnih mehanizama staničnog
starenja, pregled suvremenih ideja i metodoloških pristupa istraživanjima starenja od stanice
do organizma. Stanično starenje. Model ljudskih i mišijih fibroblasta, endotelijalnih i
epitelnih stanica, M1/M2 mehanizam, ulazak u krizu i imortalizacija, efekt SV40 velikog T
antigena (Tg), uloga p53 i pRb. Molekularne osnove (pato)fiziologije staničnog starenja.
Mehanizmi genetičke kontrole staničnog starenja: uloga telomera i telomeraze (građa
telomera, proteini koji su u interakciji sa telomerama, uloga telomeraze i rekombinacijskih
mehanizama u kontroli duljine telomera u normalnim i imortalnim stanicama), ALT
mehanizam, uloga kontrole staničnog ciklusa u starenju i interakcija istog sa telomerama.
Oksidativni stres u staničnom starenju: hiper/hipooksija, telomere i oksidativni stres, uloga
mitohondrija u nastanku staničnih oštećenja i staničnom starenju, uloga antioksidansa i stres-
response mehanizama u staničnom starenju. Molekularne osnove (pato)fiziologije starenja
tkiva i organa. Koža kao modelni objekt: starenje fibroblasta, melanocita, keratinocita,
endotelijalnih stanica, kožnog matriksa i mikrovaskulature. Starenje inertnih organa i tkiva
(živčani sustav, miokard) i njihova otpornost na stres. Genetički i epigenetički mehanizmi
kontrole starenja kod laboratorijskih miševa (knock out eksperimenti, microarray analize,
oksidativni stres i kalorijska dijeta) i nematode C. elegans te njihove sličnosti i razlike sa
starenjem kod čovjeka. Molekularni mehanizmi nekih degenerativnih bolesti povezanih sa
starenjem. Alzheimer, Wernerov sindrom, Hutchinson-Gilfordov sindrom (Progeria).
Evolucijske teorije mehanizama starenja i njihova uzajamnost sa karcinogenezom.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
150
Kolegij omogućava polaznicima stjecanje saznanja o molekularnim mehanizmima starenja i
povezanosti mehanizama koji kontroliraju normalan stanični rast i karcinogenezu. Kako je tek
nedavno postignut značajan napredak u ovom području istraživanja, na ovom kolegiju
studenti će dobiti cjelovit prikaz relevantnih spoznaja koje su sinteza velikog broja literaturnih
podataka.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari
Vježbe 25
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Prisustvovanje predavanjima i vježbama.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Cell, vol. 120, (2005). 437–447. Skup preglednih članaka.
2. Oncogene, vol. 21, No. 4 (2002), 493-697. Skup preglednih članaka.
3. Kim, S., Jiang, J.C., Kirchman, P.A., Rubelj, I., Helm, E.G. and Jazwinski, S.M.: Cellular
and molecular aging. in Comprehensive Geriatric Oncology, second edition, (L. Balducci,
W.B. Ershler, G.H. Lyman, eds.) Harwood Academic Publishers, Amsterdam, 1998. pp. 123-
155.
4. Rubelj, I., Brdar, B. and Pereira-Smith, O. M.: Replicative senescence in vitro and in vivo,
Croatian Med. J. 1997; 38: 190-198.
5. Rubelj, I. and Vondraček, Z.: Stochastic mechanism of cellular aging – abrupt telomere
shortening as a model for stochastic nature of cellular aging, J. theor. Biol. 1999; 197: 425-
438.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Handbook of the Biology of Aging. Third edition. Editors: Schneider, E. L. and Rowe, J.
W., Academic Press, Inc. San Diego, California, 1990.
2. Nature, vol. 408, No. 9 (2000), 233-269. Skup preglednih članaka.
3. Science, vol. 273, No. 5271 (1996), 1-148. Skup preglednih članaka.
4. Dimri, G. P., Lee, X., Basile, G., Acosta, M., Scott, G., Roskelley, C., Medrano, E. E.,
Linskens, M., Rubelj, I., Pereira-Smith, O. M., Peacocke, M. and Campisi, J.: A biomarker
151
that identifies senescent human cells in culture and in aging skin in vivo, Proc. Natl. Acad.
Sci. USA, 1995; 92: 9363-9367.
5. Blasco M. A. mouse models to study the role of telomeres in cancer, aging and dna repair
[Review]. European Journal of Cancer.38(17):2222-2228, 2002 Nov.
6. Rubelj, I. and Pereira-Smith, O. M.: SV40-transformed human cells in crisis exhibit
changes that occur in normal cellular senescence. Exp. Cell Res. 1994; 211: 82-89.
Rubelj, I., Huzak, M., Brdar, B. and Pereira-Smith, O. M.: A single-stage mechanism controls
replicative senescence through sudden senescence syndrome, Biogerontology 2002; 3 (4):
213-222.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Rasprave sa studentima i kolegama, praćenje napredovanja svakoga studenta, evaluacija
uspješnosti od strane voditeljstva studija i zajedničkog stručnog povjerenstva nositelja
studija.Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo
Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku
152
Šifra predmeta: 2312
Naziv predmeta: MOLEKULARNA KONTROLA HEMATOPOEZE I
LEUKEMOGENEZE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Dr. sc. Mariastefania Antica, znanstvena savjetnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I., II.
Cilj predmeta:
Upoznavanje studenata s istrazivanjima diferencijacije i razvoja hematopoetskih maticnih
stanica do zrelih imnunokompetentnih limfocita te molekularnim mehanizmima i tockama
provjere tijekom tog procesa.
Sadržaj predmeta:
Molekularna kontrola diferencijacije stanica iz ishodišnih matičnih stanica na modelu
hematopoeze odnosno limfopoeze. Matične stanice kao jedinice odgovorne za razvoj,
obnavljanje i održavanje tkiva i organskih sustava. Genetski modificirani, transgenični,
miševi: tehnologija proučavanja funkcije gena; značaj u bazičnim i medicinskim
istraživanjima. Hematopoetske matične stanice i presadjivanje koštane srži na
eksperimentalnom mišjem modelu. Transkripcijska kontrola gena u limfocitima.
Molekularne osnove sazrijevanja limfocita, signali koji potiču preslaganje gena, i zastoj u
razvoju limfocita u leukemijama i limfomima. Apoptoza – život i smrt stanica.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Planiranje, izvodjenje i interpretacija eksperimenata.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
153
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Immunobiology. The immune system in health and disease, Janeway Travers
2. Molecular Cell Biology, by Lodish Berk, Matsudaira, Kaiser, Krieger, Scott, Zipursky,
Darnell,
Dopunska (preporučena) literatura:
Kvalifikacijski radovi nastavnika:
1. L. Wu, M. Antica G. R. Johnson, R. Scollay and K. Shortman (1991) Developmental
potential of the earliest precursor cells from the adult mouse thymus. J. Exp. Med 174,
1617 - 1627
2. M. Antica B. Kusic, R. Spaventi, B. Jaksic and B. Vitale (1993) Functional differences
of T cells in B Chronic Lymphocytic Leukemia. Leukemia and Lymphoma 9, 133-140
3. M. Antica L. Wu, K. Shortman and R. Scollay (1993) Intrathymic lymphoid precursor
cells during fetal thymus development. J. Immunol. 151, 1-9
4. C. L. Li, L.Wu, M. Antica K. Shortman, and G. R. Johnson (1994) Purified murine
long-term in vivo hemopoietic repopulating cells are not pro-thymocytes. Exp.
Haematol 23, 21-25
5. M. Antica L. Wu, K. Shortman and R. Scollay (1994) Thymic stem cells in the mouse
bone marrow. Blood 84, 111-117
6. J. Ismaili, M. Antica and L. Wu (1996) CD4 and CD8 expression and T cell antigen
receptor gene rearrangement in early intrathymic precursor cells. Eur. J. Immunol. 26
731-737.
7. M. Antica L. Wu, K. Shortman and R. Scollay (1997) Stem cell antigen 2 (Sca-2)
expression in adult and developing mice. Immunol. Letters 55 47-51.
8. M. Antica, R. Scollay (1999) Development of T lymphocytes at extrathymic sites. J.
Immunol., 163 206-211.
9. Antica M. Kusic B. Hranilovic D. Dietz AB. Vuk-Pavlovic S. Cloning the cDNA for
murine U2 snRNP-A ' gene and its differential expression in lymphocyte development.
[Article] Immunology Letters. 82(3):217-223, 2002.
10. Vitale B. Martinis M. Antica M. Kusic B. Rabatic S. Gagro A. Kusec R. Jaksic B.
Prolegomenon for chronic lymphocytic leukaemia [Review]. [Review] Scandinavian
Journal of Immunology. 58(6):588-600, 2003c.
11. Kusic B. Dominis M. Dzebro S. Antica M. Molecular insight into the diagnosis of
lymphoma. [Article] International Journal of Molecular Medicine. 12(4):667-671,
2003.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Konzultacije i seminari
154
Šifra predmeta: 2313
Naziv predmeta: STANIČNI PRIJENOS SIGNALA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Miroslav Lisjak1
Prof. dr. sc. John T. Hancock2
Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni fakultet u Osijeku, Sveučilište Josipa
Jurja Strossmayera 2University of the West of England, Bristol, UK -
Faculty of Applied Sciences
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I godina, II semestar
Cilj predmeta:
Cilj kolegija je upoznati studente s poljem staničnog prijenosa signala koje je postalo bitan i
sastavni dio moderne biologije. Sveprisutnost ključnih signalnih mehanizama će biti
naglašena, omogućujući studentima da shvate na koji način se slični mehanizmi mogu
održavati i koristiti u različitim biološkim sustavima.
Sadržaj predmeta:
1. Pregled prijenosa signala: aspekti stanične signalizacije; Putevi prijenosa signala; Povijest i
tehnike ispitivanja stanične signalizacije. 2. Komponente signalnih puteva - hormoni,
citokinini i faktori rasta; Detekcija vanstaničnih signala - uloga receptora; Fosforilacija
proteina, kinaze i fosfataze; Ciklični nukleotidi, ciklaze i G proteini; Metabolizam inositol
fosfata i uloge membranskih lipida; Unutarstanični kalcij kao unutarstanični signal; ROS,
RNS i redoks signalizacija. 3. Primjeri signalnih puteva i manifestacija: Inzulin i kaskade
prijenosa signala koje pobuđuje; Percepcija okoline; Signalizacija tijekom razvoja i za
regulaciju ekspresije gena; Život, smrt i apoptoza. 4. Stanični prijenos signala: značaj,
kompleksnost i budućnost. 5. Seminar: pregled najnovije literature vezane za prijenos signala
u biljnim, životinjskim i ljudskim stanicama.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će steći temeljito znanje o glavnim principima i komponentama koji čine signalne
mehanizme, koji su u osnovi isti u širokom rasponu različitih organizama. Studenti bi trebali
moći pronaći, razumjeti i komentirati aktualnu znanstvenu literaturu iz problematike staničnog
prijenosa signala.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje
na daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
155
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama i
vježbama (praktikum) te pripremiti i izložiti seminarski rad.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Hancock, J. T. (2010): Cell signalling. 3rd edition, Oxford University Press. 352 p.
2. Hancock, J. T. (ed.) (2009): Redox-mediated signal transduction. Methods and
protocols. Series „Methods in molecular biology“; Humana press“, vol. 476. 234 p.
3. Neill, S., Hancock, J.T., Wilson, I.D. (2009): Oxygen Species, nitric oxide and signal
crosstalk. In: Yoshioka, K. and Shinozaki, K., (eds.) Signal crosstalk in plant stress
responses. Wiley-Blackwell, pp. 136-160.
Dopunska (preporučena) literatura:
1.Marks, F., Klingmuller, U., Muller-Decker, K. (2009) Cellular Signal Processing. Garland
Science. 634 p.
2.Alberts et al.(2008) 5th Ed. Molecular Biology of the Cell. Garland Publishing. 1392p.
3.Hancock, J.T. (2009): The role of redox mechanisms in cell signalling. Molecular
Biotechnology 43, 162-166.
4.Hancock, J.T. (2009): Cell signalling is the music of life. Brit. J. Biomed. Sci., 65, p. 205-
208.
5.Wilson, I., Neill, S.J., Hancock, J.T. (2008): Nitric oxide signalling in plants. Plant Cell
Environment 31, p. 622-631.
6.Simon Hiscock, S., Bright, J., McInnis, S.M., Desikan, R., Hancock, J.T. (2007): Signalling
on the Stigma: Potential New Roles for ROS and NO in Plant Cell Signaling. Plant
Signalling and Behaviour, 2(2), p. 23-24.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Razgovor sa studentima i kolegama – ispunjavanje upitnika nakon završetka predavalja
Evaluacija svakog studenta.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
156
Šifra predmeta: 2314
Naziv predmeta: ZAŠTITA DOBROBITI ŽIVOTINJA U ZNANSTVENIM
ISTRAŽIVANJIMA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta: Dr. sc. Ranko Stojković, viši znanstveni suradnik
Ustanova nositelja predmeta: Zavod za molekularnu medicinu
Institut Ruđer Bošković, Zagreb
Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Josipa Lazić, viši znanstveni suradnik
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznavanje polaznika s: osnovnim etičkim i znanstvenim postavkama provođenja pokusa na
životinjama, odgovornosti za provođenje pokusa, upravljanjem/kontrolom boli i stresa kod
pokusnih životinja kao i osnovnim postavkama smještaja i brige o pokusnim životinjama s
posebnim težištem na osiguranju dosljednog provođenja koncepta „3R“ i osiguranja dobrobiti
pokusnih životinja u svim fazama pokusa.
Sadržaj predmeta:
Etička i znanstvena pitanja uporabe pokusnih životinja, Alternative uporabi pokusnih
životinja, Odgovornost za izvođenje pokusa, Bol i patnja u pokusnih životinja, Uporaba
anestetika, analgetika, sredstava za umirenje i neuromuskularnih blokatora u osiguranju
dobrobiti pokusnih životinja. Izvođenje kirurških zahvata i pre i postoperativna briga o
pokusnim životinjama, Eutanazija pokusnih životinja, Smještaj i skrb o pokusnim
životinjama, Izbor animalnih modela, planiranje i provođenje pokusa, Zakonska regulativa
EU i RH vezana uz uporabu i zaštitu životinja u istraživanjima. Izrada pokusnog protokola za
rad s pokusnim životinjama; Alternative uporabi laboratorijskih životinja kroz kritičke analize
znanstvenog članka iz područja znanosti o laboratorijskim životinjama (Journal club).
Pronalaženje i uporaba WEB izvora u zaštiti dobrobiti životinja, Posjet animalnoj jedinici
Instituta „Ruđer Bošković“ i praktični prikaz pojedinih procedura.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Proširenje znanja u području znanosti o pokusnim životinjama te potrebi i načinima zaštite
njihove dobrobiti tijekom planiranja i provođenja pokusa koji se izvode na animalnim
modelima. Samostalno pripremanje seminara i izlaganje kolegama.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
157
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati nastavi, te pripremiti i izložiti
seminarski rad
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Guide for the Care and Use of Laboratory Animals: Eighth Edition, 2011
W.M.S. Russell and R.L. Burch The Principles of Humane Experimental Technique
Zbirka zakona i pravilnika koji reguliraju korištenje pokusnih životinja I zaštitu njihove
dobrobiti u EU I RH.
The COST Manual of Laboratory Animal Care and Use – Refinement, Reduction, and
Research
Dopunska (preporučena) literatura:
Najnoviji znanstveni i pregledni radovi iz područja znanosti i zaštite pokusnih životinja.
Svu potrebnu obveznu i dodatnu literaturu polaznici će dobiti od voditelja predmeta na nastavi
na elektronskom nosaču (CD).
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
158
Šifra predmeta: 2401
Naziv predmeta: MOLEKULARNA TOKSIKOLOGIJA MORA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija mora
Nositelj predmeta: Dr. sc. Nevenka Bihari, viša znanstvena suradnica
Ustanova nositelja predmeta: IRB - Centar za istraživanje mora, Rovinj
Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Maja Fafanđel
Status predmeta: obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente s prirodnim i antropogenim utjecajem na more i život u moru kao životnom
činjenicom. Istaknuti povezanost fizikalnih, kemijskih i molekularno bioloških procesa u
nastanku, dijagnozi i prognozi učinaka toksina i genotoksina.
Sadržaj predmeta:
Ulaz i sudbina toksina i genotoksina u more. Učinak toksina i genotoksina na morske
organizme s posebnim naglaskom na učincima na razini makromolekula. Biomarkeri i
bioindikatori. Metodologija određivanja prisutnosti toksina i genotoksina u vodenom stupcu i
sedimentu, te praćenju promjena na razini makromolekula (proteina i DNA) u morskih
organizama. Interpretacija i statistička obrada rezultata. Procjena ugroženosti područja i rizika
izloženosti organizama na razini jedinke i populacije u svrhu prognoze posljedica na biološke
resurse, ekosustav i ljudsko zdravlje. Integriranje i implementiranje znanstveno utemeljenih
saznanja u politiku zaštite okoliša kroz upravljanje otpadom, «čistiju» proizvodnju i kontrolu
onečišćenja, a u svrhu održivog razvitka.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti stiču znanstvenu i analitičku pripremu potrebnu za sustavno proučavanje i praćenje
učinka toksina i genotoksina na život u moru te kontrolu i zaštitu mora. Nadalje, stiču vještine
za primjenu molekularne biologije u zaštiti i iskorištavanju morskih resursa, poznavanje
primjene suvremene instrumentalne i analitičke metodologije za sakupljanje i analizu
podataka uz matematičku i informatičku podršku. Studenti se osbosobljavaju za samostalni
rad u javnim i privatnim institucijama na ciljanim projektima zaštite i iskorištavanja morskih
resursa, u toksikološkim laboratorijama, za savjetodavne funkcije vezane uz zaštitu okoliša i
poslove vezane za interese industrije posebno marikulture, te u javnim i privatnim znanstveno
- istraživačkim ustanovama.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
159
Napomene:
Obveze studenata:
Redovito pohađanje nastave, izrada i prezentacija seminarskog rada, prisustvovanje usmenom
i/ili pismenom ispitu
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza
objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Handbook of Ecotoxicology, Ur. Hoffman DJ, Rattner BA, Burton GA Jr., Cairns J
Jr., 1995, Lewis Publ., Boca Raton, Ann Arbor, London, Tokyo
2. Mutation Research – Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis: Use of
Aquatic Invertebrates in Genotoxicological Studies. 399, 1-2 (1998)
3. Mutation Research – Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis:
Genotoxicological Studies in Aquatic Organisms. 552, 1-2 (2004)
4. Bihari, N., Batel, R.: Procjena genotoksičnog rizika kojemu su izloženi organizmi u
moru. Priroda 857 (1998) 30-31.
5. Bihari, N., Hamer, B., Jakšić, Ž., Fafanđel, M., Mičić, M., Batel, R., Application of
alkaline elution, Fast Micromethod and flow cytometry in detection of marine
contamination. Cell. Mol. Biol. 48, 4 (2002) 373-377.
6. Bihari, N., Mićić, M., Batel, R., Zahn, R.K., Flow cytometric detection of DNA cell
cycle alterations in hemocytes of mussels Mytilus galloprovincialis off the Adriatic
coast, Croatia. Aquatic Toxicol. 64 (2003) 121-129
7. Bihari, N., Mičić, M., Fafanđel, M., Seawater quality along the Adriatic coast, Croatia
based on toxicity data. Environ. Toxicol. 19 (2004) 109-114
Dopunska (preporučena) literatura:
Obzirom na interdisciplinarnu problematiku i relativno nov molekularno biološki pristup
istraživanju prisutnosti utjecaja toksina i genotoksina u moru studenti će biti upučeni na
primarne publikacije i revijalne radove koji su dostupni akademskoj zajednici Hrvatske.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Rasprava sa studentima i kolegama, evaluacija uspješnosti od strane zajedničkog stručnog
povjerenstva Instituta «Ruđer Bošković», Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku
160
Šifra predmeta: 2402
Naziv predmeta: METALNI IONI I ORGANSKA TVAR U PRIRODNIM
VODAMA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija mora
Nositelji predmeta: Dr.sc. Marina Mlakar, viša znanstvena suradnica
Dr.sc. Vlado Cuculić, znanstveni suradnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta: Utvrditi oblike tragova metala u prirodnim vodama i moguće
interakcije s organskom tvari.
Određivanje specifičnih oblika metalnih spojeva koji su vrlo toksični u malim
koncentracijama, a akumuliraju se u morskim organizmima koji se konzumiraju kao ljudska
hrana.
Sadržaj predmeta:
Sastav prirodnih voda. Specijacija metalnih iona u prirodnim vodama, utjecaj organske tvari i
prisutnih čestica. Kapacitet kompleksiranja - vezanje iona metala i organske tvari. Primjena
elektrokemijskih metoda. Esencijalni i toksični ioni metala (As, Cd, Cr, Cu, Fe, Hg, Pb,
Zn); bioakumulacija, biokoncentracija i biomagnifikacija unutar prehrambenog lanca u
vodenom okolišu. Utjecaj specijacije iona metala na njihovu toksičnost, kao i njihove
poželjne učinke.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Razumijevanje značaja metalnih iona i organske tvari za okoliš i zdravlje organizama.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje
na daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
161
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Literatura za polaznike:
1. Riley, J.P. Chester, R., Introduction to Marine Chemistry, Acad. Press, London, 1971.
2. Buffle, J., Complexation Reactions in Aquatic Systems, Ellis Horwood, Chichester, 1988.
3. Stumm W, Morgan JJ, Aquatic Chemistry 3nd ed., J. Wiley&Sons, New York,1996.
4. Viličić, D., Fitoplankton u ekološkom sustavu mora, poglavlja 3 i 4, Šk. knjiga, Zagreb,
2003.
Dopunska (preporučena) literatura:
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Anketa
162
Šifra predmeta: 2403
Naziv predmeta: UTJECAJ STRESA NA AKVATIČNE ORGANIZME
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija mora
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Davor Lučić
Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište u Dubrovniku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je upoznavanje studenata sa čimbenicima stresa u vodenom okolišu i
promjenama u homeostazi morskih organizama koja se reflektira u hormonalnim
promjenama, promjenama u funkcijama ionskih kanala i crpki, te drugih proteinskih
molekula.
Sadržaj predmeta:
Dinamička ravnoteža i prilagodbe morskih i bočatih organizama na prirodne i antropogene
čimbenike u okolišu.
Promjene u aktivnosti ionskih kanala te aktivnosti enzima Na,K ATPaze u komercijalno
važnih morskih rakova u uvjetima hiposmotskog stresa.
Kortizol kao pokazatelj stresa u riba. Kateholamin kao pokazatelj stresa u riba. Ribe kao
modelni objekt istraživanja stresa.
Toplinom inducirani stres proteini i ranije prilagodbe vodenih organizama. Problemi stresa u
uvjetima uzgoja vodenih organizama.
Sezonske promjene temperature u okolišu i kontrola reprodukcije u riba.Učinci čimbenika u
okolišu i spolna diferencijacija u riba. Učinci estrogenih čimbenika na reprodukciju i rast.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Predmet omogućuje nove spoznaje o utjecaju stresa na ionske kanale i pumpe u modelnih
objekata morskih organizama. Nadalje, utjecaj stresa na hormone i posljedično rast i
reprodukciju morskih organizama. Istraživanje stresa u modelnih organizama -riba ima
praktičnu važnost za marikulturu, ali i temeljni zanačaj u biomedicinskim znanostima.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
163
Obveze studenata:
redovito pohađanje nastave
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Lucu,Č. and Towle D.W (2003) Na,K ATPase in gills of aquatic crustacea. Comp. Biochem.
Physiol. 135A; 195-214, (Review paper)
Adams S, Marshall (2002) Biological indicators of aquatic ecosystem stress, Cabi Publishing,
ISBN 085199-629-9
Biocriteria for assessment of the effects of environmental stress ecosystems and organisms
especially fish
Small stress proteins (2002) Springer-Verlag Berlin and Heidelberg
ISBN 3-540-42520-9
Reid, SG, Bernier NJ, Perry SF (1998) The adrenergic stress response in fish: contzrol of
catecholamine storage and release Comp. Biochem. Physiol. 120; 1-27
Lucu,Č. and Flik,G (1999) Na,K ATPase and Na/Ca exchange activities in gills of
hyperosmoregulating Carcinus maenas. Am. J. Physiol. 278; R490-R499.
Blasquez M, Bosma PT, Fraser EJ, Van Look KJW and Trudeau VL (1998) Fish as a model
of the neuroendocrine regulation of reproduction and growth. Comp. Biochem. Physiol. !!)C ,
345- 364.
Dopunska (preporučena) literatura:
Arends RJ, Mancera JM, Munos JL, Wendelar Bonga SE and Flik,G. (1999) The stress
response of the gilthead sea bream (Sparus aurata) to air exposure and confinement. J.
Endocrinol. 163, 149-157.
Arends RJ, Van der Gaag GJM, Martens, SE, Wendelar Bonga SE and Flik, G (1998)
Differential expression of two proopiomelanocortin mRNAs during temperature stress in
common carp (Cyprinus carpio L) J. Endocrinol. 159, 85-91
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Za pojedina predavanja – tematske cjeline – provjera razumijevanja dobivenih informacija,
načina prezentacije, itd.
Rasprave sa studentima i kolegama – anketa po završetku kolegija.
Praćenje napredovanja svakoga studenta.
Evaluacija uspješnosti od strane voditeljstva studija i zajedničkog stručnog povjerenstva
ustanova nositelja studija. Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno
povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku”.
164
Šifra predmeta: 2404
Naziv predmeta: GENOMSKA MANIPULACIJA U AKVAKULTURI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija mora
Nositelj predmeta: Prof.dr. sc. Branko Glamuzina
Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište u Dubrovniku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente s primjenom genomske manipulacije u akvakulturi u svrhu dobijanja
organizama s boljim značajkama od roditelja, te upotrebi ovih organizama u uzgojnoj praksi.
Sadržaj predmeta:
Uvod u genetske metode koje se koriste u modernoj akvakulturnoj proizvodnji. Prednosti i
nedostaci tradicionalnih i modernih metoda genomske i genske manipulacije. Hibridizacija i
poliploidija u akvakulturi. Načini dobijanja triploidnih i tetraploidnih riba i školjkaša. Pregled
uspješnih hibridnih kombinacija u uzgojnoj praksi. Tehnološke i ekonomske značajke
genomske manipulacije.
Genetski modificirani organizmi u akvakulturi, status i perspektive. Metode proizvodnje
GMO u akvakulturi. Opasnosti i prednosti uvođenja GMO riba u uzgojnu praksu.
Kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:
Studenti stječu znanstvenu i metodološku osposobljenost za rad na genomskoj i genskoj
manipulaciji vodenih organizama, te tehnološkim i ekonomskim razlozima za primjenu ove
tehnike. Upoznaju se s najboljim primjerima uspješnih hibrida, triploida i tetraploida, i
njihovoj primjeni u uzgojnoj praksi. Upoznaju se sa trenutnim statusom GMO tehnologije u
akvakulturi, te prednostima i nedostatcima njezine primjene.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave, izrada i prezentacija seminarskog rada, prisustvovanje usmenom
i/ili pismenom ispitu
165
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza
objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Zanuy, S., Carrillo, M., Bla´zquez, M., Ramos, J., Piferrer, F., Donaldson, E.M.,
1994. Production of monosex and sterile sea bass by hormonal and genetic
approaches. Publ. Assoc. Dev. Aquacult. 119, 409–423.
2. Lee, C.-S., O’Bryen, P. (Eds.), 2001. Advanced Biotechnology in Hatchery
Production. Aquaculture, vol. 200, pp. 1 –250.
3. Felip, A., Zanuy, S., Carrillo, M., Piferrer, F., 2001. Induction of triploidy and
gynogenesis in teleost fish with emphasis on marine species. Genetica 111, 175–195.
4. Gendreau, S., Grizel, H., 1990. Induced triploidy and tetraploidy in the European flat
oyster, Ostrea edulis L. Aquaculture, 90: 229-238.
5. Beardmore, J.A.; Porter, J.S., 2003. Genetically modified organisms and aquaculture.
FAO Fisheries Circular. No. 989. Rome, FAO. 2003. 38p.
Dopunska (preporučena) literatura:
S obzirom na iskazane interese studenata za pojedinim grupama organizama, dopunska
literatura će se selektirati iz primarnih znanstvenih akvakulturnih časopisa («Aquaculture»,
«Aquaculture Research» i slično)
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Rasprava sa studentima i kolegama, evaluacija uspješnosti od strane zajedničkog stručnog
povjerenstva Instituta «Ruđer Bošković», Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
Ankete studenata nakon održane nastave.
166
Šifra predmeta: 2405
Naziv predmeta: UZGOJ PLANKTONA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija mora
Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Boško Skaramuca
Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište u Dubrovniku, Institut za more i priobalje
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Stjecanje teoretski i praktičnih znanja o uzgoju planktonskih organizama (fitoplankton i
zooplankton) u cilju ishrane ličinačkih faza uzgajanih riba, rakova i školjkaša.
Sadržaj predmeta:
Osnove sistematike fitoplanktonskih i zooplanktonskih vrsta koje se koriste kao hrana za
ličinke riba, rakova i školjkaša; ekologija i ekofiziologija fitoplanktona i zooplanktona.
Ovisnost veličine uzgajane planktonske hrane o veličini otvora usta ličinki riba i rakova.
Fizikalno-kemijski parametri uzgoja, metode uzgoja, osnove populacijske dinamike
planktonskih organizama. Izbor i pripravak hranjivih medija za uzgoj fitoplanktona. Vrijeme
početka hranjenja uzgajanih ličinki, i trajanje hranjenja planktonskim organizmima. Ovisnost
biokemijskog sastava hranjenih organizama o biokemijskom sastavu uzgojenog planktona
Kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:
Izbor i uzgoj planktonskih vrsta prema potrebama ishrane ličinačkih faza riba, rakova i
školjkaša.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanj
a +
Seminari + Vježbe + Radionice Samostalni zadaci
Multimedij
a i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije
+ Rad u
laboratoriju +
Mentorski
rad + Terenska
nastava +
Napomene:
Obveze studenata: studenti su obavezni prisustvovati predavanjima, vježbama, radu u
laboratoriju i terenskoj nastavi
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
167
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Glavić, N. Utjecaj temperature i slanosti na veličinu kolnjaka Brachionus plicatilis O. F.
Muller. Magistarski rad, Sveučilište u Zagrebu, 2003. 61 pp.
Laing, I and B. T. Hepper, 1983. A simple method for the production of marine algae in
polyethylene bags. Fish. Not., MAFF Direct. Fish. Res. Lowestoft, 73: 1-11.
Lucas, J. S., and Southgate, P., C. Aquaculture, Farming aquatic animals and plants. Fishing
news books, 2003.
Kožul, V, and Skaramuca, B., 1997. The effects of temperature stress on populations of the
rotifer Brachionus plicatilis Muller in culture. Natura Croatica, 6 (4): 437-446.
Skaramuca, B., 1994. Značenje rotatorija (Brachionus plicatilis Muller) za akvakulturu.
Ribarstvo, 52(2): 75-88.
Skaramuca B., and V. Kožul, 1998. Algae freezing and long term storage for use in
aquaculture. Periodicum biologorum, 100(1):119-122.
Dopunska (preporučena) literatura:
Aganovic, M. Salmonidne vrste riba i njihov uzgoj. Svjetlost, Sarajevo 1979. 320 pp.
Avault, J. W. Fundamentals of aquaculture. AVA publishing company, Baton Rouge, 1996.
889 pp.
Ercegović, A. Život u moru. JAZU, Zagreb, 1949. 412 pp.
Peres, J-M., Gamulin Brida, H. Biološka oceanografija. Školska Knjiga, Zagreb, 1973. 493
pp.
Treer, T., Safner, R., Aničić, I. I Lovrinov, M. Ribarstvo. Nakladni zavod Globus, Zagreb,
1995. 464 pp.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Anketa
168
Šifra predmeta: 2406
Naziv predmeta: EKOLOGIJA MORA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija mora
Nositelj predmeta: Prof.dr. sc. Davor Lučić
Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište u Dubrovniku
Suradnici – izvoditelji: Ana Bratoš
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Ekologijom mora obuhvaćaju se ukupni odnosi između organizama i okoliša u različitim pod-
sustavima. Svladavanjem ovog predmeta stječu se opća i posebna znanja o ekologiji,
teoretskim osnovama, terminologiji, funkcionalnosti ekosustava u morskom okolišu.
Ovladava se znanjima o primjeni ekoloških principa i načela u zaštiti prirodnih bogatstava i
važnosti održavanja biološke raznolikosti u moru. Posebna poglavlja daju uvid u praktične
pristupe studiju i iskorišćivanju obalnih ekosustava za akvakulturu i druge namjene, te
posebnih mjera za zaštitu pojedinih obalnih ekosustava.
Sadržaj predmeta:
Uvod - Ekologija općenito
Uvod- Ekologija mora (Oceani, zatvorena mora, obalni sustavi, estuariji)
Uvod- Ekologija mora (Jadransko more)
Značajke ekosustava I. (temperatura, slanost, kisik, dušik, fosfor, silicij)
Značajke ekosustava II. (valovi, struje, svjetlost, vertikalne migracije, prilagodbe živog svijeta
Značajke ekosustava III. (ponašanje, vertikalne migracije, DSL, prilagodbe živog svijeta)
Metode i alati istraživanja mora I. (Meteo, valovi, struje, temperatura, slanost, kisik,
nutrijenti)
Metode i alati istraživanja mora II. (kvalitativno, kvantitativno, nekton, plankton, bentos)
Općenite značajke živog svijeta – autohtone – alohtone vrste, plankton, bentos, nekton,
definicije, primjeri, jadranske specifičnosti
Plankton I- osnovna raspodjela; bakterioplankton, fitoplankton, zooplankton i predstavnici
skupina
Plankton II- meroplankton – holoplankton, predstavnici, karakteristične vrste, razdioba u
vertikalnom stupcu mora
Plankton III – biomasa planktona, međusobni odnos u hranidbenom lancu, neritički plankton,
oceanski plankton, prostorne migracije, odnos prema bentosu i nektonu
Bentos I - osnovna raspodjela, fitobentos, zoobentos, predstavnici skupina i karakteristične
vrste
Bentos II – predstavnici skupina na različitim dnima i dubinama (mulj, pijesak, hridinasto)
Bentoska bionomija Jadranskog mora- karakteristični facijesi (poseban osvrt na livade
morskih cvijetnica)
Karakteristični morski ekosustavi u oceanima- mangrove, koraljni grebeni, Sargaško more,
dubokomorske životne zajednice
Nekton I - osnovna raspodjela, glavonošci, kornjače, ribe, sisavci – horizontalne migracije
(sjeverna-južna mora, Florida – Sredozemno more, južni – sjeverni Jadran)
Nekton II – Srdela (Sardina pilchardus) mrijestilišta i ekološko tumačenje)
Obraštajne zajednice i akvakultura: obraštaj kaveza, kolektora i pergolara – ovisnost o
169
ekološkim uvjetima
Introdukcija vrsta I. – putevi unosa, uzroci, posljedice, Crveno more – sjeverni Jadran,
Atlantik – Crno more, Caulerpa spp. Mnemiopsis sp.
Introdukcija vrsta II. - balastne vode, Jadransko more, opasnosti u akvakulturi
Primjeri ekosustava I. Obalni ekosustavi, Limski zaljev, Riječki zaljev, Kaštelanski zaljev,
Rijeka dubrovačka, Bokokotorski zaljev.
Primjeri ekosustava II. Otvoreno more, Sredozemno more, sjeverni Jadran, južni Jadran
Specifični ekosustavi I - Mljetska jezera
Specifični ekosustavi II – Malostonski zaljev – delta Neretve
Specijacija i biogeografija- alopatričke i simpatričke populacije, uzroci divergencije
Iskorištavanje mora i posljedice- ribolov, onečišćavanje,
Bioraznolikost i zaštita prirode
Zaključak - rekapitulacija osnovnih ekoloških pojmova i njihova analiza u odnosu na
iskorištavanje mora
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Ovladava se znanjima o primjeni ekoloških principa i načela u zaštiti prirodnih bogatstava i
važnosti održavanja biološke raznolikosti u moru. Posebna poglavlja daju uvid u praktične
pristupe studiju i iskorišćivanju obalnih ekosustava za akvakulturu i druge namjene, te
posebnih mjera za zaštitu pojedinih obalnih ekosustava.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene: Način izvođenja je kombinacija svih navedenih kategorija
Obveze studenata: Sudjelovanje na predavanjima i vježbama i izrada seminarskog rada
koji mora biti publiciran u nekom od znanstvenih časopisa.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave Prezentacij
a
Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Ercegović, A. 1949. Život u moru – biologijska bionomija Jadranskog mora, HAZU,
Zagreb, 412 pp.
2. Andrić, M. Hrvatsko podmorje. CarHerc d.o.o., 271 pp. 2001.
3. Barnes, R.S.K. & R.N. Huges, 1982. An introduction to Marine Ecology, Blackwell
Science, UK, London, pp. 351.
170
4. Internet: http://www.ecology.com/
5. Benović, A. 1977. Biomasa mrežnog zooplanktona Jadranskog mora, Doktorska
disertacija, Sveučilište u Zagrebu, 88 pp.
6. Benović, A., Kršinić, F., Lovrić, J., Lučić, D., Onofri, V., i D. Viličić, 1996. STUDIJA O
ISKORIŠĆAVANJU AKVATORIJA MALOSTONSKOG ZALJEVA ZA
MARIKULTURU. Veleučilište u Dubrovniku, pp. 51
Dopunska (preporučena) literatura:
Krebs, C.J, 2001. Ecology, the experimental analysis of distribution and abundances,Addison
Wesley Longman inc., pp. 695.
Ostalo - u dogovoru s nastavnikom
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Anketa studenata.
171
Šifra predmeta: 2407
Naziv predmeta: RIBE U BIOMEDICINSKIM ISTRAŽIVANJIMA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija mora
Nositelj predmeta: Dr.sc. Rozelindra Čož-Rakovac
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji: Dr.sc.Mato Hacmanjek; Dr.sc. Ivančica Strunjak-
Perović; Dr.sc.Natalija Topić-Popović
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznavanje studenata sa mogućnostima koje pružaju istraživanja na ribama. U novije
vrijeme sve se češće sisavci kao test organizmi u biomedicinskim istraživanjima zamjenjuju
ribama Poznato je više od 20.000 različitih vrsta riba. Ribe su lako dostupan i jeftin biološki
materijal, jednostavne su za manipulaciju, imaju kratak životni ciklus, pa se u kratkom
razdoblju može raditi na više generacija i napose one su ektotermni organizmi koji nam
omogućavaju da mijenjanjem temperature tijela mijenjamo i brzinu metaboličkih reakcija
Sadržaj predmeta:
Osnove anatomije i fiziologije riba, te komparacija sa sisavcima.
Optimalni uvjeti u kojima riba živi. Utjecaj fizikalno-kemijske kakvoće vode na rast I razvoj ,
te pojavu bolesti.
Ihtiopatologija – pregled virusnih, bakterijskih, parazitarnih bolesti riba i bolesti nezarazne
etiologije, kontaktne zoonoze.
Vrste riba koje se koriste u različitim vrstama biomedicinskih istraživanja na specifičnim
organima, tkivima, sustavima koji su slični ili različiti u funkciji obzirom na sisavce.
Upotreba ribljih staničnih kultura u biomedicinskim istraživanjima.
Držanje riba u laboratorijskim uvjetima i njihova priprema za biomedicinska istraživanja.
Razudba riba i načini uzimanja uzoraka.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Znanje i dugogodišnje iskustvo nositelja predmeta i suradnika.
Znanja iz fiziologije i anatomije riba, te razlike u odnosu na sisavce. Upoznavanje studenata
sa načinom držanja, manipulacijom, razudbom riba, te uzimanje tkiva za pojedina
istraživanja.
Razvijanje interdisciplinarnog pristupa u biomedicinskim istraživanjima.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje
na daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
172
Napomene:
Obveze studenata: redovito pohađanje predavanja i vježbi, te aktivnost u nastavi
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacij
a
Praktičan rad
Obvezna literatura:
Stoskopf M.K. (1993): Fish medicine. WB Saunders Company. Philadelphia, pp.882
Nemetz T.G., Shoots E.B. Jr. (1993): Zoonotic Diseases. In: Fish medicine. (M.K. Stoskpf
ed.) WB Saunders Company. Philadelphia, pp 214-220.
Treer T. Safner R., Aničić I., Lovrinov M. (1995):Ribarstvo. Nakladni zavod Globus, Zagreb.
Branson E. (1993): Basic Anatomy and Physiology. In: Aquaculture for veterinarians: fish
husbandry and medicine (L. Brown ed.) Pergamon Press Ltd., England, pp 1-31.
Branson E. (1993): Environmental Aspects of Aquaculture. In: Aquaculture for veterinarians:
fish husbandry and medicine (L. Brown ed.) Pergamon Press Ltd., England, pp 57-89.
Southgate P. (1993): Aquaculture for veterinarians: fish husbandry and medicine (L. Brown
ed.) Pergamon Press Ltd., England. pp 447
Walter R.B. and Kazianis S. (2001): Xiphophorus Interspecies Hybrids as Genetic Models of
Induced Neoplasia http://dels.nationalacademies.org/ilar/jour_online/42_4/Hybrids.asp
Roberts R. J. (2001): Fish Pathology (2nd ed.), Bailliere Tindall, London, pp. 459.
Dopunska (preporučena) literatura:
Stoskopf M.K. (1993): Neoplasia of Freshwater Temperate Fishes. In: Fish medicine. (M.K.
Stoskpf ed.) WB Saunders Company. Philadelphia, pp 309-311.
Winn R.N. (2001): Transgenic Fish as Models in Environmental Toxicology
http://dels.nationalacademies.org/ilar/jour_online/42_4/Transg.asp
Bruno D.W. and Poppe T.T. (1996): Tumours. In: A Colour Atlas of Salmonid diseases.
(Bruno D.W. and Poppe T.T. eds.), Academic Press London, pp. 105-110.
Roberts R. J. (1989): Neoplasia of teleosts. In: Fish Pathology (2nd ed.), Bailliere Tindall,
London, pp 153-172.
Southgate P. (1993): Disease in Aquaculture. In: Aquaculture for veterinarians: fish
husbandry and medicine (L. Brown ed.) Pergamon Press Ltd., England. pp 91-129.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Provjera razumijevanja dobivenih informacija, načina prezentacije
Praćenje napredovanja svakog studenta
Rasprava sa studentima i kolegama
173
Šifra predmeta: 2408
Naziv predmeta: PROCESI BIOMINERALIZACIJE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija mora
Nositelj predmeta: Dr.sc. Davorin Medaković, znanstveni suradnik
Ustanova nositelja predmeta: IRB, Centar za istraživanje mora Rovinj
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni □X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I., II.
Cilj predmeta:
Stjecanje znanja iz osnovnih procesa i mehanizama biomineralizacije izabranih grupa morskih
organizama. Sposobnost uključivanja u temeljna znanstvena istraživanja, ekološki
biomonitoring, te domaće i međunarodne znanstvene i stručne projekte uz samostalno vođenje
dijela problematike iz područja zaštite okoliša.
Sadržaj predmeta:
Minerali i biominerali. Teorije biomineralizacije. Procesi biomineralizacije morskih
organizama - školjkaša, mekušaca, ježinaca, rakova i riba. Aktivnost enzima ugljične
anhidraze. Metode rendgenske difrakcije. Biomonitoring i procesi biomineralizacije kao
ekološki pokazatelji promjena stanja okoliša. Proizvodnja i korištenje biominerala u medicini
i farmaceutskoj industrji.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Primjenom i kombinacijom bioloških i instrumentalnih metoda proširuju se opća znanja
stečena tijekom dodiplomskog studija iz predmeta biologije, fizike, kemije, ekologije mora, i
biomonitoringa okoliša. Predmet pruža nova saznanja u procjeni stanja okoliša i ekološkoj
zaštiti.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad Terenska
nastava
174
Napomene:
Obveze studenata: Seminarski rad i uspješno završene vježbe su uvjet za polaganje ispita
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
IUCN-COE, 1993. Past and present Biomineralization Processes. Consideration about the
Carbonate Cycle. F Doumenge, D Allemand, A Toulemont Eds. Bulletin de l'Institut
oceanographique, Monaco, Num special 13.
Kirschvink J L, Hagadoron J W, 2000. A Grand unified theory of Biomineralization. In:
Bäuerlein E, (Ed.), Biomineralization. Wiley-VCH Verlag GmbH, Weinheim,
Germany, pp. 139-150
Lowenstam H A, 1981. Minerals formed by organisms. Science NY, 211: 1126-1131
Matoničkin I, Habdija I, Primc-Habdija B, 1988. Avertebrata. Biologija nižih
beskralježnjaka. Školska knjiga, Zagreb.
Medaković D, 2000. Carbonic anhydrase activity and biomineralization process in embryos,
larvae and adult blue mussels Mytilus edulis L. Helgoland Marine Research 54: 1-6
Medaković D, Popović S, Gržeta B, Plazonić M, Hrs-Brenko M, 1997. X-ray diffraction
study of calcification processes in embryos and larvae of the brooding oyster Ostrea edulis.
Marine Biology 129: 615-623
Medaković D, Popović S, Manahan DT, 2003. Biominerals in embryos, pluteus and adult
Antarctic sea urchins Sterechinus neumayseri. In: Huiskes AHL, Gieskes WWC, Rozema J,
Schorno RML, van der Vies SM & Wolf WJ (Eds.), Antarctic Biology in a Global Context,
pp 140-143. Backhuys Publishers, Leiden, The Netherlands.
Medaković D, Slapnik R, Popovic S, Gržeta B, 2003. Mineralogy of shells from two
freshwater snails Belgrandiella fontinalis and B.kuesteri. Comparative Biochemistry and
Physiology Part A 134; 121-127
Watabe N, 1988. Shell structure. In: Wilbur K M, (Ed.), The Mollusca. Form and Function.
Vol.11, Part 4. Academic Press, New York, pp. 69-10
Dopunska (preporučena) literatura:
Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2000. The influence of marine anoxia on precipitation of
Mytilus
galloprovincialis shell carbonate in the coastal zone of the Rovinj Bay (Notrthern Adriatic).
Annales,
Series Historia Naturalis 19(1) ; 55-60.
Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2000. Environmental Impact on Mytilus
Galloprovincialis Shells
in the Coastal Zone of the Northern Adriatic, Croatia. Proceedings of the papers of 2nd
Croatian
Geological Congress. Vlahović I, Biondić R, Eds. Inst. za geološka istraživanja, Zagreb,
pp.163-165.
175
Gržeta B, Medaković D, Popović S, 2004. New method for the estimation of magnesium
fraction in magnesian calcite. In: Andersson Y, Mittermeijer EJ, Welzel U (Eds). European
Powder Diffraction EPDIC 8. Materials Science Forum Vols. 443-444 pp.55-58. Trans Tech
Publications Inc., Uetikon-Zürich, Switzerland.
Kanduč T, Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2001. Mytilus galloprovincialis as an
Environmental Indicator of metal pollution in coastal areas of East Adriatic.
Rapp.Comm.int.Mer Médit, 36; 135.
Medaković D, Slapnik R, Gržeta B, Popović S, 1999. The shell mineralogy of subterranean
snails
Zospeum alpestre (Freyer 1855) and Zospeum isselianum (Pollonera 1886) (Mollusca:
Gastropoda:
Carychiidae). Periodicum Biologorum 101(2); 143-149.
Reis RL, Weiner S 2004. Learning from Nature How to Design New Implantable
Biomaterials: From Biomineralization Fundamentals to Biomimetic Materials and Processing
Routes. NATO Science Series. Series II: Matematics, Physics and Chemistry, Vol 171. p 1-
233, Kluwer Academic Publishers.
Kvalifikacijski radovi nastavnika:
Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2000. The influence of marine anoxia on precipitation of
Mytilus
galloprovincialis shell carbonate in the coastal zone of the Rovinj Bay (Notrthern Adriatic).
Annales,
Series Historia Naturalis 19(1) ; 55-60.
Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2000. Environmental Impact on Mytilus
Galloprovincialis Shells
in the Coastal Zone of the Northern Adriatic, Croatia. Proceedings of the papers of 2nd
Croatian
Geological Congress. Vlahović I, Biondić R, Eds. Inst. za geološka istraživanja, Zagreb,
pp.163-165.
Gržeta B, Medaković D, Popović S, 2004. New method for the estimation of magnesium
fraction in magnesian calcite. In: Andersson Y, Mittermeijer EJ, Welzel U (Eds). European
Powder Diffraction EPDIC 8. Materials Science Forum Vols. 443-444 pp.55-58. Trans Tech
Publications Inc., Uetikon-Zürich, Switzerland.
Kanduč T, Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2001. Mytilus galloprovincialis as an
Environmental Indicator of metal pollution in coastal areas of East Adriatic.
Rapp.Comm.int.Mer Médit, 36; 135.
Medaković D, Slapnik R, Gržeta B, Popović S, 1999. The shell mineralogy of subterranean
snails
Zospeum alpestre (Freyer 1855) and Zospeum isselianum (Pollonera 1886) (Mollusca:
Gastropoda:
Carychiidae). Periodicum Biologorum 101(2); 143-149.
Medaković D, 2000. Carbonic anhydrase activity and biomineralization process in embryos,
larvae and adult blue mussels Mytilus edulis L. Helgoland Marine Research 54: 1-6
Medaković D, Popović S, Gržeta B, Plazonić M, Hrs-Brenko M, 1997. X-ray diffraction
study of calcification processes in embryos and larvae of the brooding oyster Ostrea edulis.
Marine Biology 129: 615-623
Medaković D, Popović S, Manahan DT, 2003. Biominerals in embryos, pluteus and adult
Antarctic sea urchins Sterechinus neumayseri. In: Huiskes AHL, Gieskes WWC, Rozema J,
176
Schorno RML, van der Vies SM & Wolf WJ (Eds.), Antarctic Biology in a Global Context,
pp 140-143. Backhuys Publishers, Leiden, The Netherlands.
Medaković D, Slapnik R, Popovic S, Gržeta B, 2003. Mineralogy of shells from two
freshwater snails Belgrandiella fontinalis and B.kuesteri. Comparative Biochemistry and
Physiology Part A 134; 121-127
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
- Rasprave sa studentima i kolegama
- Praćenje napredovanja svakog studenta
- Evaluacija uspješnosti od strane voditeljstva studija
177
Šifra predmeta: 2409
Naziv predmeta: BIOLOGIJA VAŽNIH ŽIVOTINJSKIH VRSTA U JADRANU
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija mora
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Jasna Vidaković
Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Anita Galir Balkić
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente s važnošću oceana (abiotičkih i biotičkih čimbenika) u održivošću života
na kopnu, značaju morskih organizama u prehrani i liječenju raznih bolesti (leukemija,
tumori, cistična fibroza, artritis).
Sadržaj predmeta:
Oceani – abiotički i biotički čimbenici koji određuju prostornu i vremensku raspodjelu biota
(salinitet, temperatura, tlak, prozirnost, koncentracija otopljenih plinova, nutrijenti, morske
struje, morske mijene). Ekološki sustavi velike bioraznolikosti: koraljni grebeni, šume
mangrova, naselja i šume smeđih alga, polarna mora, dubokomorsko područje te zajednice
hridinastog dna. Biologija i ekologija morskih organizama koji se koriste u medicinskim
istraživanjima kao izvor kemijskih spojeva u svrhu pronalaženja lijekova za liječenje raka,
leukemije, artritisa, cistične fibroze: Algae, Porifera, Cnidaria, Echinodermata, Tunicata,
Chondrychthyes. Nekonvencionalni izvori hrane iz mora i zaštita morskih ekosustava
obzirom na sve veću eksploataciju ekoloških sustava poznatih po izuzetno velikom broju
vrsta.
Bioaktivne prirodne supstance iz morskih organizama (Algae, Porifera, Cnidaria,
Echinodermata, Tunicata, Chondrychthyes) koje se mogu/ili se primjenjuju u farmaceutskoj
industriji i medicini.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Spoznaja o sekundarnim metabolitima morskih organizama u farmaceutskoj industriji i
medicini.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 10
Vježbe
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
Napomene: predavanja i seminari – multimedija i internet
Obveze studenata:
Redovito prisustvovanje nastavi i seminarima.
178
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja: usmeno
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
32. From Monsoons to Microbes. Understanding the Oceans Role in Human Health
(1999). The National Academies Pres
33. Bioactive Marine Natural Products. D.S. Bhakuni and D.S. Rawat, (2005): Springer
Anamaya.
Dopunska (preporučena) literatura:
29. Znanstveni radovi
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
179
Šifra predmeta: 2501
Naziv predmeta: ORGANIZACIJA I FUNKCIJA BILJNIH STANICA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Hrvoje Lepeduš
Ustanova nositelja predmeta: Filozofski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Zadaća kolegija je dati znanja o molekularnom ustroju biljne stanice, te povezati organizaciju
staničnih struktura i biomolekula s njihovom funkcijom. Posebno je važno da studenti usvoje
princip dinamičke povezanosti između struktura i njihovog funkcioniranja u stanici, te da
usvoje spoznaju o kontinuitetu staničnih procesa. Cilj praktikuma je samostalan rad studenata
u smjeru razumijevanja i vizualizacije događanja u stanici.
Sadržaj predmeta:
Značaj i funkcija kemijskih veza u interakcijama unutar bioloških sustava. Organizacija i
kemizam biomembrana. Transport kroz biomembranu. Stanični ciklus i citoskelet. Struktura i
funkcija interfazne jezgre: kromosomi, DNA i geni. Replikacija. Transkripcija. Mitoza i
mejoza. Endoplazmatski retikulum, ribosomi i biosinteza proteina. Golgijev sustav, lizosomi,
peroksisomi, glioksisomi, vakuole. Mitohondriji: ultrastruktura i funkcija. Plastidi i plastidni
pigmenti. Ultrastruktura kloroplasta. Molekularna organizacija tilakoidnih membrana:
fotosintetski pigmenti, fotosustavi, elektron-transportni lanac. Calvin-ov ciklus. Fotosinteza i
evolucija.
U praktikumu će se obraditi eksperimentalne tehnike u istraživanju fotosinteze:
kromatografska i spektrofotometrijska analiza fotosintetskih pigmenata, određivanje neto-
fotosinteze upotrebom kisikove elektrode, in vivo mjerenje fluorescencije klorofila metodom
saturacijskog pulsa.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim i specifičnim znanjima o organizaciji i funkciji biljnih stanica
što je preduvjet za planiranje i izvođenje istraživanja iz tog područja.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 25
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, svim
praktikumima i seminarima.
180
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
ALBERTS, B., JOHNSON, A., LEWIS, J., RAFF, M., ROBERTS, K., WALTER, P., 2002: Molecular
biology of the cell. 4th ed. Garland Science, New York.
RAGHAVENDRA, A. S., 2000: Photosynthesis: a comprehensive treatise. Cambridge University
Press, Cambridge.
HELDT, H.–W., 1999: Plant Biochemistry and Molecular Biology. Oxford University Press
Inc., New York, Oxford
BOWES, B.G., 1996: A colour atlas of plant structure. Manson Publishing, London.
DENIS, D.T., TURPIN, D.H., LEFEBVRE, D.D., LAYZELL, D.B., 1997: Plant metabolism. 2nd ed.
Longman, Edinburgh Gate, Hralow.
VOET, D., VOET J.G., 2004: Biochemistry, 3rd ed. John Wiley & Sons, Inc. New York.
Dopunska (preporučena) literatura:
FULGOSI, H., LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2005: Differential accumulation of
plastid preprotein translocon components during spruce (Picea abies L. Karst.) needle
development. Biol. Chem., 386, 777-783.
LEPEDUŠ, H., VILJEVAC, M, CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2005: Functioning of the
photosynthetic apparatus under low and high light conditions in chlorotic spruce needles as
evaluated by in vivo chlorophyll fluorescence. Russian J. Plant Physiol., 52, 165-170.
LEPEDUŠ, H., GAĆA, V., CESAR, V., 2005: Guaiacol peroxidases and photosynthetic pigments
during maturation of spruce needles. Croat. Chem. Acta, 78(3), 355-360.
CESAR, V., LEPEDUŠ, H., LJUBEŠIĆ, N., 2004: Histochemical observations on the needles of
Norway spruce (Picea abies L. Karst.) trees affected by cement dust pollution. Phyton, 44,
205-217.
LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., HAS-SCHÖN, E., 2003: Photosynthetic pigments,
chloroplast distribution and fine structure in vegetative buds of two spruce species. Biologia
(Bratislava), 58, 867-873.
LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2001: Chloroplast ultrastructure and chlorophyll
levels in vegetative buds and needles of Norway spruce (Picea abies L. Karst.). Period.
Biol.,103, 61-65.
WILKINSON, D. G., 1998: In situ Hybridization. Practical Approach. Oxford University Press,
Oxford, New York, Tokyo.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
181
Šifra predmeta: 2502
Naziv predmeta: STRUKTURA I FUNKCIJA BILJNIH PROTEINA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Elizabeta Has-Schön
Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju Sveučilišta J.J. Strossmayer u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Rosemary Vuković
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Proučiti građu odabranih biljnih proteina, prvenstveno onih koji su potrebni za odvijanje
specifičnih biokemijskih procesa u biljkama. Ukazati na posebnosti u građi nekih biljnih
proteina, vezanih uz njihovu funkciju.
Sadržaj predmeta: Teoretski dio
Analizirat će se odabrani predstavnici slijedećih grupa proteinskih molekula:
enzimi uključeni u proces fotosinteze i asimilacije dušika, te oni integrirani u stanične
membrane pri prijenosu iona i metabolita (transferaze, crpke) kao i pri sintezi energije
(ATP-sintaza kloroplasta);
receptorni proteini, npr. oni koji raspoznaju signale (npr. svjetlost određene valne
dužine) ili kemijske sastojke poput fitohormona;
strukturni proteini koji grade stanični skelet (mikrotubuli, mikrofilamenti, intermedijarni
filamenti);
skladišni proteini u pojedinim biljnim vrstama, koji su važni i u ljudskoj prehrani.
Također će se obraditi neki aspekti izolacije i karakterizacije proteina, aloenzimi, izoenzimi, te
mogućnost korištenja proteina u analizi staničnih struktura i lokalizaciji molekula u stanicama.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će se upoznati s osnovnim principima izgradnje proteina, čimbenicima koji određuju
njihovu prostornu građu, mogućnostima njihova proučavanja i prikazivanja, specifičnostima
strukture nekih biljnih proteinskih molekula, te povezanosti njihove strukture s funkcijom.
Upoznat će se s relevantnim bazama podataka na web-u, kao i originalnim znanstvenim
publikacijama iz toga područja i steći samostalnost u izučavanju ove problematike.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 25
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave (maksimalni izostanak 2h predavanja); izrada
samostalnog seminarskog rada na odgovarajuću temu, te odgovarajuća prezentacija.
182
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. TAIZ L. AND ZEIGER E., 1998: Plant Physiology, 2nd ed. Sinauer Associates, Inc.,
Sunderland, USA.
2. HELDT H.-W., 1999: Plant biochemistry and molecular biology, Oxford University
Press, Oxford.
3. WHITFORD D., 2005: Proteins, Structure and Function, John Wiley & Sons, Chichester,
England.
4. BRANDEN C., TOOZE J., 1999: Introduction to Protein Structure, 2nd ed. Garland
Publishing New York, USA.
5. LEA P.J. AND LEEGOOD R.C., eds., 1993: Plant Biochemistry and Molecular Biology,
John Wiley & Sons, Chichester.
6. GARRETT, R.G., GRISHAM, C.M., 1995: Biochemistry, Saunders College Publishing,
Fort Worth.
7. BERG, J.M., TYMOCZKO, J.L., STRYER, L., 2002: Biochemistry, 5th ed. Freeman &
Comp., New York.
8. HAS-SCHÖN, E.: Struktura i funkcija proteina, elektronički udžbenik u pripremi.
9. web1: http://www.proteinstructure.com
web2: http://www.rcsb.org/pdb/Welcome.do;jsessionid=bFK7Q9+C1FkKtHSp+NcwcA**
web3: http://www.bio.ic.ac.uk/research/barber/
web4: http://photoscience.la.asu.edu/photosyn/photoweb/default.html
web5: http://www.photosynthesisresearch.org/
web6: http://www.ks.uiuc.edu/
web7: http://www.ks.uiuc.edu/Research/psu/psu.html
web8: http://www.biologie.uni-hamburg.de/b-online/e00/contents.htm
web9: http://www.life.uiuc.edu/crofts/ahab/home.html
Dopunska (preporučena) literatura:
1. NELSON, D.L., COX, M.M., 2000: Lehninger Principles of Biochemistry, 3rd ed. Worth
Publishers, New York.
2. VOET , D., VOET, J.G., PRATT C.W., 1995: Biochemistry, 2nd ed. J. Wiley & Sons inc.,
New York.
3. MATHEWS, C.K., VAN HOLDE, K.E., 1996: Biochemistry, 2nd ed. Benjamin and
Cummings Publishing Company, California.
4. GARRETT, R.G., GRISHAM, C.M., 1995: Biochemistry, Saunders College Publishing, Fort
Worth.
5. DEVLIN, T.M. (ed.), 1997: Textbook of Biochemistry with Clinical Correlations, 4th ed.
Wiley-Liss, New York.
6. HAS-SCHÖN E., LEPEDUŠ, H., JERABEK LJ., CESAR, V., 2005: Influence of storage
temperature on Total Peroxidase Activity in Crude Extracts from Picea abies L. Karst.
Needles. Croatica Chemica Acta 78, 349-353.
7. HAUß, T., DANTE, S., HAINES, T. H., DENCHER, N. A., 2005: Localization of coenzyme
Q10 in the center of a deuterated lipid membrane by neutron diffraction. Biochimica et
Biophysica Acta 1710, 57-62.
183
8. SYROSA, T., YUPSANISA, T., PETKOUB, D., ECONOMOU, A.S., 2005: Protein, leucine
aminopeptidase, esterase, acid phosphatase and photosynthetic responses of oleander
(Nerium oleander L.) during cold acclimation and freezing treatments. Journal of Plant
Physiology 162, 886-894.
9. HARRIS, G. C., ANTOINE, V., CHAN, M., NEVIDOMSKYTE, D., , KÖNIGER M., (2006):
Seasonal changes in photosynthesis, protein composition and mineral content in
Rhododendron leaves. Plant Science 170, 314-325.
10. FROMME, P., YU, H., DERUYTER, Y. S., JOLLEY, C., CHAUHAN, D. K., MELKOZERNOV,
A., GROTJOHANN I. (2005): Structure of photosystems I and II, C. R. Chimie Article in press
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Rasprave sa studentima i kolegama.
Praćenje napredovanja svakoga studenta.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo
Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku.
184
Šifra predmeta: 2503
Naziv predmeta: KINETIKA ENZIMSKIH REAKCIJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Elizabeta Has-Schön
Doc.dr.sc. Valentina Pavić
Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju Sveučilišta J.J. Strossmayer u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Steći osnovne spoznaje o kinetici enzimskih reakcija, mogućnostima i tehnikama praćenja
brzine enzimskih reakcija, kinetičkim modelima, kinetičkim konstantama i njihovim
određivanjem te inhibitorima i tipovima inhibicije enzimskih reakcija, kao i primjeni ovih
spoznaja pri pojašnjavanju metaboličkih i molekularno bioloških procesa.
Sadržaj predmeta: Teoretski dio
Osnovni principi enzimske katalize
Termodinamičke promjene u enzimskim sustavima
Jedinice kojima se izražava aktivnost enzima
Promjene koncentracije sudionika tijekom enzimske reakcije
Michaelis-Menten model, kinetičke konstante KM i Vmax i njihovo značenje
Kinetika alosteričkih enzima
Načini mjerenja brzine enzimskih reakcija
Inhibicija enzimskih reakcija, tipovi inhibicije, promjene kinetičkih konstanti
inhibiranih enzimskih reakcija
Kinetika enzima u fiziološkim sustavima
Regulacija metaboličkih procesa kinetičkim osobinama nekih enzima
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će biti osposobljeni da samostalno iz literaturnih podataka (originalni znanstveni
radovi) odaberu i primjene određeni enzimski esej, prilagode uvjete reakcije optimalno u
odnosu prema vlastitom analiziranom biološkom materijalu, provedu mjerenje brzine
enzimske reakcije u biološkom materijalu, izraze dobivene rezultate na odgovarajući,
uobičajen način, odrede osnovne kinetičke konstante i rasprave dobivene rezultate, te prate
učinak inhibitora na enzime u odabranim biološkim sustavima.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
185
Napomene:
Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave (maksimalni izostanak 2h predavanja);
vježbe, tj. laboratorijski rad mora se odraditi u cjelosti.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. SEGEL, H.I., 1976: Biochemical Calculation, 2nd ed. J. Wiley & Sons inc., New York.
2. CORNISH-BOWDEN, A., 1995: Fundamentals of Enzyme Kinetics. Portland Press,
London.
3. HAS-SCHÖN, E.: Struktura i funkcija proteina, elektronički udžbenik u pripremi.
4. GARRETT, R.G., GRISHAM, C.M., 1995: Biochemistry, Saunders College Publishing,
Fort Worth.
5. CORNISH-BOWDEN, A., 1995: Analysis of Enzyme Kinetic Data, Oxford University
Press, New York.
6. FINKELSTEIN A.V., PTITSYN O.B., 2002: Protein Physics, Academic Press, London,
UK.
7. BERG, J.M., TYMOCZKO, J.L., STRYER, L., 2002: Biochemistry, 5th ed. Freeman &
Comp., New York.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. CORNISH-BOWDEN, A., 1995: Analysis of Enzyme Kinetic Data, Oxford University
Press, New York.
2. BERG, J.M., TYMOCZKO, J.L., STRYER, L., 2002: Biochemistry, 5th ed. Freeman &
Comp., New York.
3. NELSON, D.L., COX, M.M., 2000: Lehninger Principles of Biochemistry, 3rd ed. Worth
Publishers, New York.
4. VOET , D., VOET, J.G., PRATT C.W., 1995: Biochemistry, 2nd ed. J. Wiley & Sons
inc., New York.
5. MATHEWS, C.K., VAN HOLDE, K.E., 1996: Biochemistry, 2nd ed. Benjamin and
Cummings Publishing Company, California.
6. DEVLIN, T.M. (ed.), 1997: Textbook of Biochemistry with Clinical Correlations, 4th
ed. Wiley-Liss, New York.
7. Mishra N.P., Mishra R.K., Singhal G.S., 1993: Changes in the Activities of Anti-
Oxidant Enzymes during Exposure of Intact Wheat Leaves to Strong Visible Light at
Different Temperatures in the Presence of Protein Synthesis Inhibitors. Plant
Physiology 102, 903-910.
8. KOREN, E., SCHÖN, E., LUKAČ, J., 1975: The coagulation of insoluble and basic
proteins from rat seminal vesicle secretion with vesiculase: influence of collagenase-
like peptidase from rat testis. Journal of Reproduction and Fertility 42, 491-495.
9. OŽEGOVIĆ, B., SCHÖN, E., MILKOVIĆ, S. 1979: The Effect of Triamterene upon the Rat
Kidney Plasma Membrane Na-K-ATP-ase Activity. Archives internationales de
Pharmacodynamie et de Therapie 241, 16-23.
186
10. HAS-SCHÖN E., LEPEDUŠ, H., JERABEK LJ., CESAR, V., 2005: Influence of storage
temperature on Total Peroxidase Activity in Crude Extracts from Picea abies L. Karst.
Needles. Croatica Chemica Acta 78, 349-353.
11. DEGARA L., DEPINTO M.C., MOLITERNI V.M.C., D'EGIDIO M.G., 2003: Redox
regulation and storage processes during maturation in kernels of Triticum durum.
Journal of Experimental Botany 54, 249-258.
12. HRISTOZOVA T., RASHEVA T., NEDEVA T., KUJUMDZIEVA A., 2002: Superoxide
Dismutase during Glucose Repression of Hansela polymorpha CBS 4732. Zeitschrift
für Neturforschung 57c, 313-318.
13. SHAH K., KUMAR R.G., VERMA S., DUBEY R.S., 2001: Effect of cadmium on lipid
peroxidation, superoxide anion generation and activities of antioxidant enzymes in
growing rice seedlings. Plant Science 161, 1135-1144.
14. BAILLY C., AUDIGIER C., LADONNE F., WAGNER M.H., COSTE F., CORBINEAU F., CÔME
D., 2001: Changes in oligosaccharide content and antioxidant enzyme activities in
developing bean seeds as related to acquisition of drying tolerance and seed quality.
Journal of Experimental Botany 52, 701-708.
15. BAILLY C., BENAMAR A., CORBINEAU F., CÔME D., 1996: Changes in
malondialdehyde and in superoxide dismutase, catalase and glutation reductase
activities in sunflower seeds as related to deterioration during accelerated aging.
Physiologia Plantarum 97, 104-110.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Rasprave sa studentima i kolegama.
Praćenje napredovanja svakoga studenta.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo
Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku.
187
Šifra predmeta: 2504
Naziv predmeta: RAZVOJNA BIOLOGIJA BILJAKA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Vera Cesar
Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: Prof.dr.sc. Hrvoje Lepeduš
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Zadaća kolegija jest dati znanja o procesima i mehanizmima diferencijacije tijekom razvoja
biljnog organizma. Tijekom seminara studenti će samostalno obraditi pojedine sadržaje.
Sadržaj predmeta:
Životni ciklus sjemenjača i gametogeneza: mikrosporogeneza i megasporogeneza. Oplodnja.
Embriogeneza. Postembrionalni razvoj. Klijanje. Diferencijacija stanica i tkiva tijekom
razvoja vegetativnih i generativnih organa. Molekularni mehanizmi djelovanja biljnih
regulatora rasta: auksini, citokinini, apscizinska kiselina, jasmonična kiselina, brasinolidi,
oligosaharidi, giberelini, etilen. Metode istraživanja i pristup razvojnim procesima biljnog
organizma: citološke i anatomske metode. molekularne analize: genski transkripti i proteini.
fiziološke metode.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim znanjima iz razvojne biologije biljaka što će im omogućiti
planiranje i izvođenje istraživanja iz tog područja.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 25
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, te
pripremiti i izložiti seminarski rad
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u Prezentacija Praktičan rad
188
tijeku nastave
Obvezna literatura:
RAGHAVAN, V., 2000: Developmental Biology of Flowering Plants. Springer-Verlag, New
York, Berlin, Heidelberg.
PEVALEK-KOZLINA, B., 2003: Fiziologija bilja. Profil, Zagreb.
SMITH, C. J., GALLAN, J., CHIATANTE, D., ZOCCHI, G., 1994: Biochemical Mechanisms
Involved in Plant Growth Regulation. Clarendon Press, Oxford.
TAIZ, L., ZEIGER. E., 1998: Plant Physiology. Sinauer Associates, Inc., Publishers,
Sunderland, Massachusetts.
Dopunska (preporučena) literatura:
FULGOSI, H., LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2005: Differential accumulation of
plastid preprotein translocon components during spruce (Picea abies L. Karst.) needle
development. Biol. Chem., 386, 777-783.
LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., HAS-SCHÖN, E., 2003: Photosynthetic pigments,
chloroplast distribution and fine structure in vegetative buds of two spruce species. Biologia
(Bratislava), 58, 867-873.
LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2001: Chloroplast ultrastructure and chlorophyll
levels in vegetative buds and needles of Norway spruce (Picea abies L. Karst.). Period.
Biol.,103, 61-65.
LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2003: The appearance of vacuolar polyphenols in
vegetative buds and developing needles of Norway spruce (Picea abies L. Karst.). Period.
biol., 105, 295-300.
HAS-SCHÖN, E., LEPEDUŠ, H., CESAR, V., 2002: Trendline analysis in biological processes
during the proliferation of spruce vegetative buds into young needles. Period. biol. 104, 469-
474.
CESAR, V., LEPEDUŠ, H., HAS-SCHÖN, E., 2001: Total soluble proteins amount in vegetative
buds and needles of Norway spruce during the bursting time. Acta Bot. Hung., 43, 299-309.
LEPEDUŠ, H., LJUBEŠIĆ, N., CESAR, V., 2001: The effect of 2,4-D on the photosynthetic
apparatus in cotyledons of spruce (Picea abies L. Karst.) seedlings grown in the dark. Acta
Bot. Croat., 60, 211-218.
CESAR, V., PAPEŠ, D., BORNMAN, C.H., 1997: Nuclei distribution pattern in the tissue of
vegetative buds of spruce species (Picea abies, Picea pungens and Picea omorika) grown in
vivo and in vitro. Period. Biol. 99 (1), 107–116.
CESAR, V., BORNMAN, C.H., 1996: Anatomy of vegetative buds of Norway spruce (Picea
abies) with special reference to their exchange from winter to spring. Nat. Croat. 5 (2), 99-
108.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
189
Šifra predmeta: 2505
Naziv predmeta: MOLEKULARNI MEHANIZMI OKSIDATIVNOG STRESA U
BILJAKA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Tihana Teklić1
Prof. dr. sc. Hrvoje Lepeduš2
Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni fakultet 2Filozofski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Zadaća kolegija je dati znanja o mehanizmima nastanka oksidativnog stresa na molekularnoj,
subcelularnoj i celularnoj razini, te mehanizmima uklanjanja čimbenika koji ga uzrokuju, s
posebnim naglaskom na abiotske čimbenike okoliša (ekstremne temperature, nedostatak i
suvišak vode, solni i osmotski stres te poremećaji mineralne ishrane i toksičnost teških
metala). Tijekom seminara studenti će samostalno obraditi pojedine sadržaje.
Sadržaj predmeta:
Kisik i reaktivne kisikove jedinke. Oštećenja biomolekula i staničnih struktura u uvjetima
oksidativnog stresa. Oksidansi i provođenje signala u stanici. Neenzimski antioksidansi:
askorbinska kiselina, glutation, vitamin E, karotenoidi, fenoli. Antioksidativni enzimi:
katalaza, peroksidaze, superoksid dismutaza, glutation reduktaza i monodehidroaskorbat
reduktaza. Halliwell-Asada ciklus. Abiotski čimbenici oksidativnog stresa: sub- i
supraoptimalne temperature, pristupačnost vode, zaslanjenost tla, deficit i suficit hraniva,
kontaminacija tla teškim metalima.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim znanjima iz biologije oksidativnog stresa biljaka što će im
omogućiti planiranje i izvođenje istraživanja iz tog područja.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 25
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, te
pripremiti i izložiti seminarski rad
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u Obvezan seminarski Vježba ili case
190
nastavi rad study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
SCANDALIOS, J. G., 1997: Oxidative Stress and the Molecular Biology of Antioxidant
Defenses. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
TAIZ, L., ZEIGER. E., 1998: Plant Physiology. Sinauer Associates, Inc., Publishers,
Sunderland, Massachusetts.
SCGEEL, D., WASTERNACK, C., 2003: Plant Signal Transduction. Oxford University Press,
New York.
LAMBERS, H., CHAPIN, F. S., PONS, T. L., 1998: Plant Physiological Ecology. Springer-
Verlag, New York Inc.
WOLFE, S. L., 1993: Molecular and Cellular Biology. Wadsworth Publishing Company, Inc.,
Belmont, California.
MARSCHNER, H., 1995: Mineral Nutrition of Higher Plants. Academic Press Ltd.
Dopunska (preporučena) literatura:
LEPEDUŠ, H., CESAR, V., 2004: Guaiacol peroxidases and callose deposition in Norway
spruce needles affected with urban dust pollution. Ekologia (Bratislava), 23, 430-437.
LEPEDUŠ, H., VILJEVAC, M, CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2005: Functioning of the
photosynthetic apparatus under low and high light conditions in chlorotic spruce needles as
evaluated by in vivo chlorophyll fluorescence. Russian J. Plant Physiol., 52, 165-170.
LEPEDUŠ, H., JOZIĆ, M., ŠTOLFA, I., PAVIČIĆ, N., HACKENBERGER, B. K., CESAR, V., 2005:
Changes in guaiacol peroxidase activity in the peel of Unshiu mandarin (Citrus unshiu Marc.)
fruit with different storage treatments. Food Technol. Biotechnol., 43, 71-77.
LEPEDUŠ, H., GAĆA, V., CESAR, V., 2005: Guaiacol peroxidases and photosynthetic pigments
during maturation of spruce needles. Croat. Chem. Acta, 78(3), 355-360.
SABO, M., TEKLIĆ, T. VIDOVIĆ, I. 2002: Photosynthetic productivity of two winter wheat
varieties (Triticum aestivum L.). Rostlinna Vyroba. 48(2), 80-86
TEKLIĆ, T., PARADJIKOVIĆ, N., VUKADINOVIĆ, V., 2003: The influence of temperature on
flower opening, vase life and transpiration of cut roses and carnations. Acta Hort. 624, 405-
505.
ALSCHER, R.G., DONAHUE, J.L., CRAMER, C.L., 1997: Reactive oxygen species and
antioxidants: Relationships in green cells. Physiologia Plantarum, 100, 224-233.
ARORA, A., SAIRAM, R.K., SRIVASTAVA, G.C., 2002: Oxidative stress and antioxidative
system in plants. Current Science, 82(10), 1227-1238.
DAT, J., VANDENABEELE, S., VRANOVA, E., VAN MONTAGU, M., INZE, D., VAN BREUSEGEM,
F., 2000: Dual action of the active oxygen species during plant stress responses. Cell. Mol.
Life Sci., 57, 779-795.
MATYSIK, J., ALIA, BHALU, B., MOHANTY, P., 2002: Molecular mechanisms of quenching of
reactive oxygen species by proline under stress in plants. Current Science, 82(5), 525-532.
MITTER, R., 2002: Oxidative stress, antioxidants and stress tolerance. Trends in Plant Science,
7(9), 405-410.
VRANOVA, E., INZE, D., VAN BREUSEGEM, F., 2002: signal trasduction during oxidative sterss.
Journal of Experimental Botany, 53(372), 1227-1236.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
191
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
192
Šifra predmeta: 2506
Naziv predmeta: BILJNI TESTOVI TOKSIČNOSTI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Izv.prof. dr.sc. Janja Horvatić
Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Zadaća kolegija je usvajanje znanja o djelovanju poznatog čimbenika na testni organizam u
laboratorijskim uvjetima, kao i njegov mogući utjecaj na živi svijet u okolišu. U laboratoriju
će studenti razvijati praktične vještine testirana utjecaja pojedinih toksikanata na biljke.
Sadržaj predmeta:
Vrste testova. Test organizmi. Način izvođenja testova u laboratoriju. Pojedinačan prikaz
toksičnosti metala i ksenobiotika na alge, koji po svojoj toksičnosti i/ili zastupljenosti u
industriji ili okolišu zaslužuju posebnu pažnju. Porijeklo i količina ksenobiotika u vodi.
Lemna test - kao pokazatelji toksičnosti najčešće se prate prirast biljaka (određivanjem svježe
i suhe tvari, određivanjem ukupne površine biljaka), koncentracija fotosintetskih pigmenata i
količina proteina. Utvrđivanje toksičnosti metala (olovo, kadmij, živa, mangan, krom, nikal,
kobalt, i aluminij) i ksenobiotika na alge kult. Chlorella kessleri, Pseudokirchneriella
subcapitata i Desmodesmus subspicatus metodom miniaturiziranog bioassay-a. Statistička
obrada podataka.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Osposobljavanje studenata za primjenu biljnih biotestova, odnosno odabir odgovarajućih
testnih organizama (alga ili makrofita) u laboratorijskim uvjetima. Predmet razvija znanje i
vještine izvođenja testova te interpretiranje dobivenih rezultata.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: redovito pohađanje predavanja uz mogući opravdani izostanak do 2 sata,
redovito pohađanje vježbi bez mogućnosti izostanaka.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
193
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
HORVATIĆ, J., LUKAVSKÝ, J., 1997: Algal growth potential (AGP) and toxicity of the waters
of the Stara Drava channels and the Sakadaš Lake (Kopački rit, Croatia). Arch. Hydrobiol.
Suppl., 120, Algological Studies 86:163 – 170.
PAVLIĆ, Ž., STJEPANOVIĆ, B., HORVATIĆ, J., PERŠIĆ, V., PUNTARIĆ, D., ČULIG, J., 2005:
Comparative sensitivity of Pseudokirchneriella subcapitata, Desmodesmus subspicatus and
Chlorella kessleri to herbicides using Erlenmeyer flask and microplate growth-inhibition
assays. Bull. Envirom. Toxic. and Chem. (u tisku).
HORVATIĆ, J., VIDAKOVIĆ-CIFREK, Ž., REGULA, I., 2000: Trophyc Level, Bioproduction and
Toxicity of the Water of Lake Sakadaš (Nature Park Kopački Rit, Croatia). In: Horvatić, J.
(ed): Limn. Reports, Internat. Assoc. Danube Res., Osijek, 33, 89-94.
Rai, L. C., Gaur, J.P. & Soeder, C.J., 1994: Algae and water polution. E. Schweizerbart,
Stuttgart.
CHEMICAL SAFETY - International Reference Manual, 1994: M. Richardson (ur.) VCH
Verlagsgesellschaft, Weinheim, Njemačka.
LEWIS, M. A. (1995) Use of freshwater plants for phytotoxycity testing: A review. Environ.
Poll. 87, 319-336.
WANG, W. (1992) Use of plants for the assessment of environmental contaminants. Rev.
Environ. Contam. Toxicol. 126, 87-127.
Dopunska (preporučena) literatura:
VIDAKOVIĆ-CIFREK, Ž., TKALEC, M., HORVATIĆ, J., REGULA, I., 1999: Effect of Oil Industry
High Density Brines in Miniaturized Algal Growth Bioassay and Lemna Test. Phyton
(Austria). – Ann. Rei Botanicae, 39(3),193-197.
M. TKALEC, Z. PERINČIĆ, Ž. VIDAKOVIĆ-CIFREK, B. PEVALEK-KOZLINA, I. REGULA, 2003:
Physiological response of duckweed (Lemna minor L.) to herbicide norflurazon. Period. biol.
105(3) 269-274.
HRN ISO 8692, 2000: Ispitivanje inhibicije slatkovodnih alga Scenedesmus subspicatus i
Selenastrum capricornutum.
PETERSON, H. G., BOUTIN, C., MARTIN, P. A., FREEMARK, K. E., RUECKER, N. J., MOODY, M.
J., 1994: Aquatic phytotoxicity of 23 pesticides applied at expected environmental
concentrations. Aquatic Toxicol. 28, 275-292.
SMITH, S., KWAN, K. H., 1989: Use of aquatic macrophytes as a bioassay method to assess
relative toxicity, uptake kinetics and accumulated forms of trace metals. Hydrobiologia
188/189, 345-351.
Finney, D.J., 1978: Statistical Methods in Biological Assay. Griffin, Weycombe, U.K.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
- provjera razumijevanja dobivenih informacija, načina prezentacije
- rasprave sa studentima i kolegama.
- praćenje napredovanja svakoga studenta
- “uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku”
194
Šifra predmeta: 2507
Naziv predmeta: KVANTITATIVNA I POPULACIJSKA GENETIKA U
OPLEMENJIVANJU BILJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Georg Drezner1
Doc.dr.sc. Sonja Petrović2
Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni institut Osijek 2Poljoprivredni fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Dario Novoselović
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Steći uvid u promjene frekvencije gena i genotipova u populaciji pod utjecajem migracije,
mutacije i selekcije, Hardy-Weinbergov zakon genetičke ravnoteže, genetsku varijabilnost,
tipove djelovanja gena, heterozis, heritabilnost, vezanost gena, razvoj QTL molekularnih
markera, eksperimentalne dizajne za otkrivanje i statističku analizu QTL, primjena marker
assisted selection u oplemenjivanju bilja.
Sadržaj predmeta:
Povijesni pregled razvoja kvantitativne i populacijske genetike. Alelna frekvencija. Hardy-
Weinbergov zakon genetičke ravnoteže. Promjene u frekvenciji gena.Tipovi i izvori varijacije
u populacijama. Heritabilnost. Načini djelovanja gena u kontroliranju nasljeđivanja
kvantitativnih svojstava. Epistaza i vezanost gena. Majčinski efekti. Tipovi dizajna za
proučavanje genetskih učinaka i komponenti genetske varijacije. Uzroci heterozisa. Uzroci i
priroda interakcije genotip x okolina. Oplemenjivačka vrijednost. Genetske korelacije. Dobit
od selekcije. Predviđanje odgovora na selekciju. Genetski markeri. Mapirajuće populacije.
Analiza genetske udaljenosti populacija. Što su QTL-ovi? Eksperimentalni dizajni za
otkrivanje QTL i linkage disekvilibrija. Statističke metode za otkrivanje QTL i procjene
parametara. Uvod u QTL mapiranje. Marker assisted selection (MAS) u oplemenjivanju bilja.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Stjecanje teorijskih osnova iz područja kvantitativne i populacijske genetike s posebnim
osvrtom na primjenu molekularnih markera u oplemenjivanju bilja. Na osnovi vježbi i
seminarskog rada student će biti osposobljen za samostalno rješavanje konkretnog problema
iz područja kolegija.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad Terenska
nastava
195
Napomene:
Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave ( min. 80 % nastave i vježbi)
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Katarina Borojević (1991): Geni i populacija, drugo prošireno izdanje, Forum, Novi Sad.
Manjit S. Kang (2002): Quantitative Genetics, Genomic and Plant Breeding. CABI
Publishing.
Michael J. Kearsey and Harpal S. Pooni (1996): The Genetical Analysis of Quantitative
Traits. Chapman and Hall.
Falconer, D.S., and T.F.C. Mackay (1996): Introduction to Quantitative Genetics (4.ed.)
Longman Group Ltd., Essex.
Michael Lynch and Bruce Walsh (1998):Genetics and Analysis of Quantitative Traits. Sinauer
Associates, Inc.
Dopunska (preporučena) literatura:
Hartl, D.L. and A.G. Clark (1997): Principles of Population Genetics (2.ed) Sinauer Ass., Inc.,
Sunderland.
Ben Hui Liu (1997): Statistical Genomics, Linkage Mapping and QTL Analysis. CRC Press,
Boca Raton.
Časopisi: Theoretical and Applied Genetics, Genetics, Nature, Euphytica, Crop Science, Plant
Breeding,
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Anketni upitnik kojim studenti daju komentare i sugestije vezano uz ocjenu
kvalitete izvođenja nastave.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo
Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku”.
196
Šifra predmeta: 2509
Naziv predmeta: MOLEKULARNA BIOLOGIJA FOTOSINTETSKIH
ORGANIZAMA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Izv.prof. dr. sc. Hrvoje Fulgosi, znanstveni savjetnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Zadaća kolegija je stjecanje znanja o molekularnom ustroju fotosintetskog aparata, te
povezivanje organizacije struktura i biomolekula s njihovom funkcijom. Tijekom praktikuma
studenti će naučiti nekoliko suvremenih metoda istraživanja fotosinteze.
Sadržaj predmeta:
Molekularna organizacija tilakoidnih membrana: fotosintetski pigmenti, fotosustavi, lanac
transporta elektrona;
Regulacije u procesu fotosinteze;
Regulacija transkripcije jezgrinih gena kloroplastnim signalima;
Unos proteina u kloroplast;
Fotosinteza u stresnim uvjetima: fotoinhibicija, utjecaj temperature, manjak vode, prisustvo
soli, teških metala i herbicida.
Evolucija fotosustava.
Vježbe:
Određivanje fotosintetskih pigmenata tekućinskom kromatografijom visoke djelotvornosti;
Određivanje neto-fotosinteze upotrebom kisikove elektrode;
Mjerenje fluorescencije klorofila in vivo metodom saturacijskog pulsa;
Izolacija intaktnih kloroplasta;
Lokalizacija kloroplastnih proteina konfokalnim mikroskopom.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Upoznavanje s najnovijim spoznajama o procesu fotosinteze u cjelini te upoznavanje i
izvođenje nekih od suvremenih laboratorijskih tehnika koje se koriste u istraživanju
fotosinteze.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
197
Napomene:
Obveze studenata: Redovito polaženje nastave te aktivno sudjelovanje – redovita izrada
izvješća o izvedenim vježbama i tumačenje rezultata na temelju znanja stečenih u teorijskoj i
praktičnoj nastavi.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Buchanan, B., Gruissem, W., Jones, R. L. 2002. Biochemistry and Molecular Biology of
Plants. John Wiley and Sons.
Taiz, L., Zeiger, E. 2002. Plant Physiology. Sinauer Associates, Inc., Sunderland,
Massachusetts.
Dopunska (preporučena) literatura:
Raghavendra, A., S., 2000. Photosynthesis: a comprehensive treatise. Cambridge University
Press, Cambridge.
Fulgosi, Hrvoje; Soll, Juergen; Inaba-Sulpice, Masami.
Protein translocation machinery in chloroplasts and mitochondria: Structure, function
and evolution. // Organelles, genomes and eukaryote phylogeny: an evolutionary synthesis in
the age of genomics / Hirt, Robert P. ; Horner, David S. (ur.).
Boca Raton : CRC Press, 2004.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Razgovorom sa studentima te anonimnim anketama. Uspješnost kolegija će evaluirati svake
godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i
Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
198
Šifra predmeta: 2510
Naziv predmeta: STRUKTURNA GENOMIKA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Miroslav Plohl, znanstveni savjetnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente s općim načelima organizacije i funkcije eukariotskog genoma (kodirajuće
i nekodirajuće sekvence DNA, organizacija kromatina i genomski odjeljci te centromerna i
telomerna struktura i funkcija, projekti sekvenciranja genomske DNA). Upoznavanje s
arhitekturom interfazne jezgre. Poseban naglasak biti će na specifičnostima genomske
organizacije kod biljaka. S tim ciljem, studenti će se posebno upoznati s rezultatima
proučavanja genomske organizacije u biljnim modelnim organizmima. Biti će prikazane
osobitosni evolucije biljnog genoma.
Sadržaj predmeta:
1. Opća svojstva eukariotskog genoma. Strukturna genomika i projekti sekvenciranja
genomske DNA. 2. Klasifikacija sekvenci DNA prema funkciji (kodirajuće i nekodirajuće) i
zastupljenosti u genomu. Suvremeni koncepti razumijevanja uloge ponovljenih sekvenci
DNA i njihove genomske razdiobe s obzirom na globalnu organizaciju i funkciju
eukariotskog genoma. 3. Transponirajući elementi i njihove moguće uloge u funkcioniranju i
evoluciji genoma. 4. Struktura i organizacija sekvenci DNA u pojedinim genomskim
odjeljcima, eukromatinu i heterokromatinu. 5. Histonski kod i epigenetska razina
naslijeđivanja. Struktura centromernih i telomernih genomskih područja. 6. Prostorna
organizacija interfazne jezgre s obzirom na pojedine tipove sekvenci DNA i funkcioniranje
genoma kao cjeline. 7. Biljni modelni organizmi u genomskim studijama (na primjer,
Arabidopsis, riža, kukuruz). Organizacijske i evolucijske specifičnosti biljnih genoma
(također i s obzirom na veličinu genoma, razinu ploidije, međuvrsnu hibridizaciju,
introgresiju i slično). Usporedbe s životinjskim genomima.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Očekuje se da se studenti upoznaju s globalnim načelima strukturne organizacije eukariotskog
genoma te funkcionalnim posljedicama takve organizacije. Posebno će se upoznati s
osobitostima biljnog genoma. Stečeno će im znanje omogučiti bolje razumijevanje uloga koje
kod eukariota imaju različiti tipovi sekvenci DNA i epigenetski čimbenici, a koji su svi
zajedno odgovorni za usklađenu aktivnost tisuća gena u složenim višestaničnim organizmima.
Ovo će znanje studentima pomoći u planiranju rada i rješavanju problema s kojima se mogu
susresti u svojim istraživanjima, kao i u lakšem razumijevanju različitih drugih aspekata u
širokom području eukariotske molekularne genetike.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
199
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: pohađanje nastave (opravdani izostanak do 2 sata), analiza objavljene
publikacije, seminarski rad
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Ovo je primjer popisa obvezne literature koji će biti kontinuirano mijenjan i nadopunjavan s
novoobjavljenim preglednim radovima u najuglednijim svjetskim časopisima.
1. Grewal, S.I.S., Jia, S. (2007) Heterochromatin revisited. Nature Rev. Genet. 8, 35-46
(pregledni rad)
2. Carroll, C.W., Straight, A.F. (2006) Centromere formation: from epigenetics to self-
assembly. Trends Cell Biol. 16. doi: 10.1016/j.tcb.2005.12.008 (pregledni rad)
3. Talbert, P.B., Bryson, T.D. and Henikoff, S. (2004) Adaptive evolution of centromere
proteins in plants and animals. J. Biol. 3, 1-18 (pregledni rad)
4. Driel, R., Fransz, P. (2004) Nuclear architecture and genome functioning in plants and
animals: what can we learn from both? Exp. Cell res. 296, 86-90 (pregledni rad)
5. Ugarković, Đ. and Plohl, M. (2002) Variation in satellite DNA profiles-causes and effects.
EMBO J. 21, 5955-5959 (pregledni rad)
6. Heslop-Harrison, J.S. (2000) Comparative genome organization in plants: from sequence
and markers to chromatin and chromosomes. Plant Cell 12, 617-635 (pregledni rad)
7. R.J. Brooker (2005) Genetics, analysis and principles. McGraw-Hill Companies, Inc.
8. R.H. Tamarin (1999) Principles of genetics. 6. izdanje. McGraw-Hill Companies, Inc.
9. G.M. Cooper (2000) The cell: a molecular approach. 2. izdanje. ASM Press, Washington,
D.C. i Sinauer Associates, Inc. Sunderland, Massachusetts.
Dopunska (preporučena) literatura:
Dodatna literatura će se zasnivati popisu primarnih znanstvenih radova od interesa. Popis će
se neprestano obnavljati i nadopunjavati novoobjavljenim radovima. Radovi će se analizirati
tijekom nastave i koristiti kao materijal za prezentacije na seminarima. Naveden je primjer
takvog popisa:
1. Meštrović, N., Castagnone-Sereno, P., Plohl, M. (2006) Interplay of selective pressure and
stochastic events directs evolution of the MEL 172 satellite DNA library in root-knot
nematodes. Mol. Biol. Evol. 23, 2316-2325
2. Lee, H-R., Zhang, W., Langdon, T., Jin, W., Yan, H., Cheng, Z., Jiang, J. (2005) Chromatin
immunoprecipitation cloning reveals rapid evolutionary patterns of centromeric DNA in
Oryza species. PNAS 102, 11793-11798
3. Wu et al. (21 koautor) (2004) Composition and structure of the centromeric region of rice
chromosome 8. Plant Cell 16, 967-976
200
4. Talbert, P.B., Masuelli, R., Tyagi, A.P., Comai, L. and Henikoff, S. (2002) Centromeric
localization and adaptive evolution of an Arabidopsis histone H3 variant. Plant Cell 14, 1053-
1066
5. Durajlija Žinić, S., Ugarković, Đ., Cornudella, L. and Plohl, M. (2000) A novel,
interspersed type of organization of satellite DNAs in Tribolium madens heterochromatin.
Chromosome Res. 8, 201-212
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
201
Šifra predmeta: 2511
Naziv predmeta: FITOPATOGENE GLJIVE U BILJNOJ PROIZVODNJI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Prof.dr. sc. Jasenka Ćosić
Ustanova nositelja predmeta: Poljoprivredni fakultet u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati polaznike doktorskog studija s ulogom fitopatogenih gljiva u proizvodnji hrane od
polja do gotovih proizvoda.
Sadržaj predmeta:
Najvažniji rodovi fitopatogenih gljiva i njihove karakteristike. Utjecaj okolišnih čimbenika na
fitopatogene gljive. Utjecaj fitopatogenih gljiva na urod i kakvoću najznačajnijih ratarskih
kultura (pšenica, kukuruz, suncokret, soja). Fitopatogene gljive koje se prenose sjemenom.
Sekundarni metaboliti gljiva. Mogućnosti suzbijanja fitopatogenih gljiva.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Polaznici doktorskog studija stječu znanstvene spoznaje o fitopatogenim gljivama u procesu
proizvodnje hrane. Stečena znanja daju im uvid u specifične odnose između biljaka,
fitopatogenih gljiva i okoliša i kakvoće biljnih proizvoda. Pisanjem obveznih seminarskih
radova polaznici stječu vještinu pisanja i izlaganja stručnih i znanstvenih radova te pravilnog
odabira i korištenja literature.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 25
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: pohađanje nastave, aktivno sudjelovanje u predavanjima, izrada
seminarskog rada
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
202
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Agrios, G.N. (1997.): Plant pathology. General Aspects. Academic Press, New York.
Agrios, G.N. (1997.): Plant Pathology. Specific Plant Diseases. Academic Press, New York.
Leonard, K. J., Bushnell, W. R. (2003.): Fusarium Head Blight of Wheat and Barley. APS, St.
Paul, Minnesota.
Kozakiewicz, Z. (1994.): Aspergillus, p. 575-606. In Foodborne Diseases Handbook;
Diseases Caused by Viruses, Parasites and Fungi. Edited by Hui Y.H., Gorham R.J., Murrell
K.D., Cliver D.O., Marcel Dekker, Inc. New York.
Marasas, W. F. O., Nelson, P. E., Toussoun, T. A. (1984.): Toxigenic Fusarium Species.
Identity and Mycotoxicology. The Pennsylvania State University Press. University Park and
London.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Jurković, D., Culek, M., Ćosić, J. (1998.): Mycopopulation of the treated winter wheat
seed in Eastern Croatia. Cereal Research Communication, vol. 26, No. 1, 67-72.
2. Jurković, D., Ivezić, M., Pančić, S., Culek, M., Žugec, I. (1998.): Effect of reduced soil
tillage on diseases and pests incidence on winter wheat. 14th ISTRO Conference, Pulawy,
Poland, p. 335-338.
3. Jurković, D. (1998.): Mikroorganizmi sjemena i plodova. U knjizi: Skender A. i sur.
"Sjemenje i plodovi poljoprivrednih kultura i korova na području Hrvatske", str. 27-32.
Nakladnik "Grafika" d.o.o.
4. Vratarić, M., Sudarić, A., Duvnjak, T, Jurković, D., Culek, M. (2000.): The occurence
and attack intensity of diseases in soybean fields. Eurosoya 12:17-22.
5. Parađiković, N., Ćosić, J., Jurković, D. (2000.): Suzbijanje Fusarium oxysporum na
gerberama (Gerbera Jamesonii H. Bolus ex JD Hook) biološkim pripravkom.
Poljoprivreda, vol. 6, br. 2, 58-61.
6. Ledenčan, T, Jurković, D., Šimić, D., Palaveršić, B. (2001.): Comparison between two
methods of maize leaf infection with Exserohilum turcicum. Cereal Research
Communication 29(3-4):429-433.
7. Ćosić, J., Vrandečić, K. (2002.): Biološke karakteristike Fusarium graminearum Schw. i
F. culmorum (W.G. Smith) Sacc. Poljoprivreda, 8(2):16-20.
8. Jurković, D., Ćosić, J., Popović, R., Vrandečić, K. (2002.):Presence of some important
species on wheat seed. Sustainable Systems of Cereal Crop Protection against Fungal
Diseases as the Way of Reduction of Toxin Occurrence in Food Webs, Kromeriž, Czech
Republic. PETRIA Giornale di Patologia delle Piante, 12(1/2):229-233.
9. Vrandecic, K., Cosic, J, Riccioni, L., Duvnjak, T., Jurkovic, D. (2004.): Phomopsis
longicolla Hobbs. - new pathogen on Abutilon theophrasti Med. in Croatia. Plant
Pathology 53(2):251.
10. Jurković, D., Ćosić, J., Vrandečić, K. (2004.): Weeds as an inoculum source of parasitic
fungi for cultivated plants. VIII ESA Congres, Copenhagen, Denmark, Book of
Proceedings, 759-760.
11. Jurković, D., Ćosić, J. (2004.): Bolesti suncokreta. U knjizi Vratarić M. i sur. "Suncokret
Helianthus annuus L.", str. 283-328. Poljoprivredni institut Osijek.
12. Vrandečić, K., Ćosić, J., Riccioni, L., Duvnjak, T., Jurković, D. (2005): Isolation of Diaporthe phaseolorum var. caulivora from Abutilon theophrasti in Croatia. Plant Pathology 54 (4):576.
Časopisi (Plant Disease, Phytopathology, Plant Pathology i dr.)
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
203
Razgovori s polaznicima doktorskog studija o sadržaju predmeta i načinima prezentacije kao i
o načinu održavanja ispita.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
204
Šifra predmeta: 2512
Naziv predmeta: KULTURA TKIVA I GENETIČKA TRANSFORMACIJA
BILJAKA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Dr. sc. Snježana Mihaljević, znanstvena suradnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Zadaća kolegija jest upoznati polaznike s osnovama i primjenama kulture biljnih stanica i
tkiva, te gentičkog inženjerstva komercijalno vaznih kultura. Studenti će dobiti uvid u
povezanost osnovnih i primjenjenih istraživanja u agronomiji i šumarstvu, te u prednosti i
nedostatke uzgoja genetički modificiranih biljnih vrsta. Tijekom praktikuma studenti će
upoznati neke od metoda kulture biljnog tkiva i pratiti horizontalni prijenos gena iz genetički
modificiranih biljaka u srodne biljne vrste ili bakterije.
Sadržaj predmeta:
Vegetativno razmnožavanje u uvjetima in vitro. Kultura stanica, protoplasta i kalusa. Kultura
antera. Biljni regulatori rasta. Transformacija biljnih stanica s posebnim osvrtom na
transformacju pomoću A. tumefaciens i A. rhizogenes. Genetički modificirane biljne vrste.
Otpornost na patogene, herbicide, itd. Biološka kontrola biljnih bolesti genetičkom
transformacijom patogena. Horizontalni transfer gena in vitro i in vivo.
Praktikum: vegetativno razmnožavanje izdanaka inficiranih biljnim patogenima, dokazivanje
transgena u biljnom tkivu ili dokazivanje patogena.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim i specifičnim znanjima o kulturi biljnog tkiva, primjeni
genetičkog inženjerstva na biljkama i horizontalnom transferu gena.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima, praktikumima i
seminarima.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
205
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Ausubel F. M. et al. Current Protocols in Molecular Biology. John Wiley and Sons, New
York 1994.
Jelaska S. Kultura biljnih stanica i tkiva. Školska knjiga, Zagreb, 1994.
Sambrook J,Russell D. Molecular cloning: a laboratory manual 3rd ed. CSH Laboratory press,
Cold Spring Harbor 2001.
Dopunska (preporučena) literatura:
GM Science Rewiev website: http://www.gmsciencedebate.org.uk/default.htm
Nuss DL. Hypovirulence: Mycoviruses at the fungal-plant interface. Nature Reviews.
Microbiology. 3 (2005): 632-642.
Tepfer D, Garcia-Gonzales R, Mansouri H, Šeruga M, Message B, Leach F, Ćurković Perica
M Homology-dependent DNA transfer from plants to a soil bacterium under laboratory
conditions: implications in evolution and horizontal gene transfer. Transgenic Research 12
(2003): 425-437.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
206
Šifra predmeta: 2513
Naziv predmeta: BILJNI HORMONI: OD BIOSINTEZE DO AKTIVNOSTI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Dr. sc. Branka Salopek Sondi, znanstvena savjetnica
Ustanova nositelja predmeta: Zavod za molekularnu biologiju
Institut Ruđer Bošković, Zagreb
Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Snježana Mihaljević, znanstvena suradnica
Dipl.ing. Ana Smolko, stručna suradnica
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Informirati studente o biljnim hormonima, od njihove klasifikacije, biosinteze, mehanizma
djelovanja, molekularne regulacije aktivnosti, fiziološke uloge u biljnom rastu i razvitku do
primjene u poljoprivredi, voćarstvu i hortikulturi.
Sadržaj predmeta:
Klasifikacija biljnih hormona (auksini, citokinini, giberelini, abscisinska kiselina i dr). Osvrt
na biosintezu, metabolizam i regulaciju metabolizma pojedinih hormona. Djelovanje hormona
na staničnoj razini (auksini i izduživanje stanica, citokinini i regulacija diobe stanica,
giberelini i klijanje). Molekularni mehanizmi djelovanja hormona (prijenos signala, uloga
receptora, itd.). Međudjelovanje hormona («crosstalk»). Fiziološka uloga hormona u raznim
aspektima rasta i razvitka biljke (cvjetanje, razvoj sjemena i klijanje, starenje, itd.). Biljni
hormoni u biotehnologiji. Primjena biljnih hormona u poljoprivredi, voćarstvu, hortikulturi.
Analitika biljnih hormona. Biotestovi.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Proširivanje znanja o biljnim hormonima. Samostalno pripremanje seminara i izlaganje
kolegama.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 20
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, te
pripremiti i izložiti seminarski rad
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
207
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
DAVIES P. J., 2004: Plant Hormones: Biosynthesis, Signal Transduction, Action. Kluwer
Academic Publisher, Dordrecht, Boston, London
HOOYKAAS, P.J.J., HALL, M.A., LIBBENGA, K.R. 1999: Biochemistry and molecular biology
of plant hormones. Elsevier, Amsterdam, Lausanne, New York, Oxford, Shannon, Singapore,
Tokyo
Dopunska (preporučena) literatura:
Najnoviji znanstveni i pregledni radovi iz područja biologije biljnih hormona.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
208
Šifra predmeta: 2515
Naziv predmeta: ANALIZA GENETSKE RAZNOLIKOSTI BILJAKA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Sonja Petrović1
Doc. dr. sc. Domagoj Šimić, znanstveni savjetnik2
Doc. dr. sc. Sonja Grljušić, znanstveni savjetnik2
Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku 2Poljoprivredni institut Osijek
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Proširivanje postojećih i stjecanje novih znanja i vještina iz područja analize genetske
raznolikosti biljaka putem teoretskih predavanja i praktičnih vježbi na konkretnim podatcima.
Sadržaj predmeta:
Predmet obuhvaća sljedeća poglavlja: (1) Definicija i značaj genetske raznolikosti biljaka, (2)
Definicija polimorfizma, (3) Domestikacija i svojstva biljaka (vrsta, podvrsta,
divlji/udomaćeni ekotip, populacija, kultivar), (4) Gubitak genetske raznolikosti i posljedice,
(5) Banke biljnih gena, (6) Fenotip/Genotip, (7) Izbor i kriteriji izbora biljnih gena, (8)
Procjena genetske raznolikosti, (9) Metode procjene genetske raznolikosti (frekvencija alela,
genetske distance), (10) Mjere genetske raznolikosti (rata polimorfizma, proporcija
polimorfnih lokusa, broj alela, očekivana heterozigotnost/populacije, jedinke), (11) Upotreba
markera u procjeni raznolikosti (morfološki, molekularni/ kodominantni, dominantni), (12)
Analiza rezultata procjenjene divergentnosti (dendrogrami, PCoA), (13) Pregled računalnih
programa za procjenu raznolikosti, (14) Budući trendovi.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Predmetom se proširuju postojeća i stječu nova znanja iz područja analize genetske
raznolikosti biljaka. Studenti savladavaju osnovne korake u procjeni genetske raznolikosti i
glavne načine opisivanja genetske raznolikosti unutar i između populacija. Tijekom nastave i
vježbi osposobljavaju se za pravilan izbor izračuna distance za procjenu odnosa unutar uzorka
kojeg proučavaju, kao i za slikovito prikazivanje dobivenih rezultata. Dobivaju uvid u
postojeće raspoložive genetske izvore i računalne programe za procjenu raznolikosti.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
209
Napomene: Za izvođenje dijela nastave potrebna je dostupnost računalu/Internetu.
Obveze studenata: Studenti su obavezni redovito pohađati predavanja (ili doći na
konzultacije), aktivno sudjelovati u izvođenju vježbi, te pripremiti i izložiti seminarski rad.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja: Seminarski rad, prezentacija i usmeni ispit koje dogovorno ocjenjuju
predavači.
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
De Vicence MC, Fulton T (2000-2004) Volume 1, Using molecular marker technology in
studies on plant genetic diversity, Learning module. International Plant Genetic Resources
Institute, Rome, Italy, Institute for Genomic Diversity, Cornell University, Ithaca, NY,
USA
De Vicence MC, Lopez C, Fulton T (2000-2004) Volume 2, Genetic diversity analysis with
molecular marker data, Learning module. International Plant Genetic Resources Institute,
Rome, Italy, Universidad Nacional Agraria „La molina“, Peru, Institute for Genomic
Diversity, Cornell University, Ithaca, NY, USA
Engels JMM, Ramanatha Rao V, Brown AHD, Jackson MT (eds) (2002) Managing plant
genetic diversity. CABI Publishing, Oxford, UK.
Ford-Lloyd B, Painting K (1996) Measuring genetic variation using molecular markers.
International Plant Genetic Resources Institute, Rome, Italy
Dopunska (preporučena) literatura:
Znanstveni časopisi: Euphytica, Genetics, Genetic Resources and Crop Evolution, Heredity,
Nature, Plant Genetic Resources, Plant Diversity and Evolution, Teoretical and Applied
Genetics
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost izvedbe predmeta procjenjivat će svake godine zajedničko stručno povjerenstvo
Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u
Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i upitnika o primjerenosti sadržaja i uspješnosti
predavača koji popunjavaju studenti.
210
Šifra predmeta: 2516
Naziv predmeta: MOLEKULARNA FIZIOLOGIJA ISHRANE BILJAKA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Tihana Teklić,
Prof. dr. sc. Zdenko Lončarić
Ustanova nositelja predmeta: Poljoprivredni fakultet,
Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I godina, II semestar
Cilj predmeta:
Stjecanje znanja o temeljnim principima ishrane biljaka na primjerima iz suvremene
znanstvene literature. Upoznavanje s ishranom biljaka u okvirima kruženja elemenata u
prirodi i stjecanje znanja o fiziološkim funkcijama esencijalnih elemenata u biljkama na
molekularnoj razini, kao i utjecaju toksičnih elemenata na biljke. Upoznavanje studenata sa
suvremenim analitičkim metodama vezanim za detekciju i mjerenje sadržaja elemenata u
biljnoj tvari kao i molekularnim metodama koje se primjenjuju u znanstvenim istraživanjima
iz ovog područja.
Sadržaj predmeta:
Kemijska svojstva i podjele esencijalnih i toksičnih elemenata za biljke. Mehanizmi usvajanja
i transporta hraniva u biljkama, svojstva propustljivosti i selektivnosti biomembrana, aktivni i
pasivni transport. Fiziološka uloga makro- i mikrohraniva, poremećaji ishrane biljaka,
povezanost sadržaja pojedinih elemenata u biljci s intenzitetom fizioloških procesa i
kvalitetom biljaka. Genetska osnova molekularnih komponenata biljaka koje sudjeluju u
staničnoj homeostazi makro- i mikroelemenata. Praktikum posvećen analitičkim metodama za
utvrđivanje elementarnog sastava biljne tvari. Samostalan rad (seminar) vezan za proučavanje
odgovarajuće literature, analitike, kompjutorskog modeliranja u području ishrane bilja i sl.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati temeljnim znanjima iz područja fiziologije ishrane biljaka, s naglaskom
na fiziološkim funkcijama kemijskih elemenata u biljkama, na molekularnoj razini. Također
će se upoznati s najvažnijim analitičkim metodama i tehnikama primjenjivim u elementarnoj
analizi biljne tvari.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
211
Napomene:
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama i
vježbama (praktikum) te pripremiti i izložiti seminarski rad.
raćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Vukadinović, V., Lončarić, Z. (1998): Ishrana bilja. Poljoprivredni fakultet Osijek
Pevalek-Kozlina, B. (2003.): Fiziologija bilja. Profil International. Zagreb.
Kastori, R., Maksimović, I. (2008): Ishrana biljaka. Vojvođanska akademija nauka i
umetnosti. Novi Sad.
Taiz, L., Zeiger, E. (2006): Plant Physiology. 4th Edition. Sinauer Associates, Inc.
Roger, M.J.R.(ed.) (2001): Handbook of plant ecophysiology techniques. Kluwer Academic
Publishers.
Marschner, H. (1986): Mineral Nutrition of Higher Plants. Academic Press, London.
Dopunska (preporučena) literatura:
Časopisi: Journal of Plant Nutrition, Plant Physiology i dr.
Rengel, Z. 2005, Breeding Crops for Adaptation to Environments with Low Nutrient
Availability; in Abiotic Stresses: Plant Resistance Through Breeding and Molecular
Approaches Food Products PressBinghamton, NY, USA
Rengel, Z. 1999, Physiological Mechanisms Underlying Differential Nutrient Efficiency of
Crop Genotypes; in Mineral Nutrition of Crops - Fundamental Mechanisms and Implications
Food Products PressNew York
Rengel, Z. 1999, Mineral Nutrition of Crops- Fundamental Mechanisms and Implications,
Crop Science, The Food Products Press, New York, USA
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa.
212
Šifra predmeta: 2517
Naziv predmeta: UPOTREBA MEDITERANSKIH GENETSKIH
RESURSA BILJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Goran Zdunić, viši znanstveni suradnik
Doc. dr. sc. Irena Budić Leto, znanstveni savjetnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut za jadranske kulture i melioraciju krša, Split
Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Katarina Hančević,znanstveni suradnik,
Institut za jadranske kulture i melioraciju krša;
Dr. sc. Tomislav Radić, viši znanstveni suradnik,
Institut za jadranske kulture i melioraciju krša
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se
predmet predaje:
I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj kolegija je dati nova znanja o vrijednosti, načinima upotrebe, tehnologiji i očuvanju
odabranih grupa mediteranskih biljaka u suvremenoj poljoprivrednoj proizvodnji. Tijekom
praktikuma studenti će naučiti nekoliko suvremenih metoda vezanim za procjenu genetske
raznolikosti promatranih biljaka, analizu terpena, norisoprenoida i pojedinih bioaktivnih
spojeva.
Sadržaj predmeta:
Kultivirane i divlje biljke u Mediteranskoj poljoprivredi. Fundamentalni principi biologije i
kultivacije pojedinih mediteranskih kultura uključujući taksonomiju, morfologiju,
fiziologiju, distribuciju, domestikaciju, razmnožavanje, upotrebu i proizvodne sisteme.
Molekularne metode na bazi polimorfizma DNA za procjenu genetske raznolikosti.
Genetski markeri. Upotrebna i oplemenjivačka vrijednost kulture. Analiza patogenih i
korisnih mikrorganizama na mediteranskim kulturama koji utječu na proizvodna svojstva.
Instrumentalne metode (HPLC, spektrofotometrija) bioaktivnih sekundarnih biljnih
metabolita uključujući flavonoide i ostale fenolne spojeve.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:
Studenti će se upoznati sa najnovijim spoznajama o upotrebi pojedinih mediteranskih
kultura i laboratorijskim tehnikama koje se koriste u istraživanju njihove vrijednosti i
održive eksploatacije. Stečeno znanje će im omogućiti razumjevanje uloge genotipa u
poljoprivrednoj proizvodnji Mediterana.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati
Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
213
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje
na daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentor
ski rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: redovito pohađanje nastave.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne
kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti
u nastavi
Obvezan seminarski rad Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza
objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Poljuha D., Sladonja B. (2013) The Mediteranean Gentic Code – Grapevine and
Olive, InTech
2. Roubelakis – Angelakis K. (2009) Grapevine Molecular Physiology &
Biotechnology, Springer
3. Haslam, E. (1989) Plant Polyphenols—Vegetable Tannins Revisited Cambridge
University Press, Cambridge
4. Jackson R. (2014) Wine Science, Principles and Applications, 4th Edition, Elsevier
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Zdunić G., Hančević K., Butorac L., Mucalo A., Radić T., Budić-Leto I., Leko M.,
Beljo J., Mandić A., Šimon S., Maletić E. (2015) Divlja loza, predak plemenite
vinove loze, istraživanja uz Krku i Neretvu, Split, Institut za jadranske kulture i
melioraciju krša.
2. Zdunić G., Preece J.E., Dangl G.S., Koehmstedt A., Mucalo A., Maletić E., Pejić I.
(2013) Genetic characterization of grapevine cultivars collected throughout the
Dalmatian region. American journal of enology and viticulture. 64 (2): 285-290.
3. Budić-Leto I., Humar I., Zdunić G., Hribar J., Zlatić E. (2015) Volatile Compounds
in Prošek Dessert Wines Produced from White and Red Grapes. Czech journal of
food sciences. 33 (4): 354-360
4. Budić-Leto, I., Lovrić, T., Gajdoš-Kljusurić, J., Pezo, I., Vrhovšek, U. (2006)
Anthocyanin composition of the red wine Babić affected by maceration treatment.
214
European Food Research and Technology. 222 (3-4) 397-402.
5. Hančević K., Zdunić G., Vončina D., Radić T. (2015) Virus composition influences
virus elimination success and in vitro growth characteristics of the Grapevine cv.
Plavac mali. Journal of plant pathology. 97 (1): 199-202
6. Nikolau, B.J. Wurtele, E.S., 2007 Concept in Plant Metabolomics, Springer
7. Vrhovsek, U., Masauero, D., Franceschi, P., Caputi, R.V., Mattivi, F. (2012) A
Versatile targeted metabolomics method for rapid quantification of multiple classes
of phenolics in fruits and bevereges. J. Agric. Food. Chem. 60, 8831-8840.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost izvedbe predmeta procjenjivat će svake godine zajedničko stručno povjerenstvo
Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera
u Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i upitnika o primjerenosti sadržaja i uspješnosti
predavača koji popunjavaju studenti.
215
Šifra predmeta: 2601
Naziv predmeta: PERSONALNA MEDICINA – PREDIKTIVNA MEDICINA I
FARMAKOGENETIKA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Dr.sc. Sanja Kapitanović, znanstvena savjetnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji: Mr.sc. Tamara Čačev, znanstveni asistent
Doc.dr.sc. Vesna Eraković, dr.med
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Prikazati najnovija dostignuća molekularne medicine vezano uz personalnu medicinu,
odnosno medicinu usmjerenu ka pojedincu, u cilju presimptomatske dijagnostike nasljednih
bolesti, predvidjanja tijeka bolesti te odgovora na terapiju u pojedinca
Sadržaj predmeta:
Uvod u osnovne pojmove vezane uz personalnu medicinu (prediktivna i preventivna medicina
te farmakogenetika i farmakogenomika).
Varijabilnost genoma, važnost SNP polimorfizama.
Moderne tehnike molekularne biologije koje nam omogućuju analizu SNP polimorfizama.
Prediktivna medicina u onkologiji, presimptomatska molekularna dijagnostika nasljednih
tumora te predikcija tijeka bolesti.
Uloga SNP polimorfizama gena za citokine u neoangiogenezi i metastaziranju.
Specifičnosti personalne medicine u pedijatriji.
Farmakogenetika, uloga SNP polimorfizama gena odgovornih za metabolizam lijekova
(TPMT, TS, MTHFR i dr.) (efikasnost terapije, toksičnost ili rezistencija na terapiju).
Farmakogenomika, kreiranje novih lijekova, kontolirana farmakogenetska ispitivanja.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Razumijevanje najnovijih spoznaja molekularne medicine te njihove moguće primjene u
svakodnevnoj kliničkoj praksi.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
216
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Fierz W. Challenge of personalized health care: to what extent is medicine already
individualized and what are the future trends? Med Sci Monit 10:111-123, 2004.
2. Cancer Pharmacogenomics: SNPs, chips, and the individual patient. Cancer Invest
21:630-640, 2003.
3. Imyanitov EN i sur. Searching for cancer-associated gene polymorphisms: promises and
obstacles. Cancer Letters 204:3-14, 2004.
4. Loktionov A. Common gene polymorphisms, cancer progression and prognosis. Cancer
Letters 208:1-33, 2004.
5. Bian XW i sur. Angiogenesis as an immunopharmacologic target in inflammation and
cancer. Int Immunopathol 4:1537-1547, 2004.
6. Yamayoshi Y i sur. Cancer pharmacogenomics: international trends. Int J Clin Oncol
10:5-13, 2005.
7. Leeder JS. Developmental and pediatric pharmacogenomics. Pharmacogenomics 4:331-
341, 2003.
8. Sartor RB. Clinical applications of advances in the genetics of IBD. Rev Gastroenterol
Disord 3:S9, 2003.
9. Johnson JA i Evans WE. Molecular diagnostics as a predicitve tool: genetics of drug
efficacy and toxicity. TRENDS in Molecular Medicine 8:300-305, 2002.
10. Roses AD. Genome-based pharmacogenetics and the pharmaceutical industry. Nature
Rev/Drug Discovery 1:541-549, 2002.
11. Nebert DW i Vesell ES. Advances in pharmacogenomics and individualized drug therapy:
exciting challenges that lie ahead. Eur J Pharmacology 500:267-280, 2004.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Gurwitz D, Weizman A, Rehavi M. Education: Teaching pharmacogenomics to
prepare future physicians and researchers for personalized medicine. TREND in
Pharmacological Sciences 24(3):123-125, 2003.
2. Frueh FW i Gurwitz D. From pharmacogenetics to personalized medicine: a vital need
for educating health professionals and the community. Pharmacogenomics 5:571-579,
2004.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Upitnik za ispitivanje stavova korisnika programa prema programu i nastavnicima (sadržaj
programa, način prezentacije, nastavni materijal). Uspješnost kolegija će evaluirati svake
godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i
Sveučilišta u Osijeku.
217
Šifra predmeta: 2602
Naziv predmeta: GENETIKA NEURODEGENERATIVNIH BOLESTI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Dr.sc. Silva Hećimović, znanstvena suradnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je da polaznici steknu znanje o molekularno-genetičkoj osnovi
neurodegenerativnih bolesti te da se na primjerima nekoliko neurodegenerativnih oboljenja
upoznaju s različitim mehanizmima bolesti, animalnim modelima te mogućnostima razvoja
novih metoda liječenja. Stečeno znanje na ovom kolegiju bi predstavljalo osnovu za sve
polaznike koji se bave istraživanjem u području neuroznanosti.
Sadržaj predmeta:
Ovaj kolegij bi obrađivao slijedeće tematske cjeline: Pojam neurodegenerativnih bolesti,
njihove sličnosti i različitosti: ova tematska cjelina će na primjerima nekoliko
neurodegenerativnih oboljenja, kao što su Huntingtonova bolest, Alzheimerova bolest,
Parkinsonova bolest i ”prionova” bolest, razjasniti njihove sličnosti i različitosti vezano za
patologiju bolesti, morfološke promjene na mozgu te mehanizam nastanka bolesti; Genetika
neurodegenerativnih bolesti: ova tematska cjelina će obraditi nove spoznaje o genetici
neurodegenerativnih bolesti, pri tom će se koristiti primjeri gore navedenih bolesti te će se
razjasniti genetička osnova nasljednih i sporadičnih oblika neurodegenerativnih bolesti kao i
razlika između monogenskih i kompleksnih neurodegenerativnih oboljenja uključujući i
metode koje se koriste za njihovog genetičko otkrivanja kao i otkrivanje još nepoznatih gena;
Molekularna i stanična biologija neurodegenerativnih bolesti: ova tematska cjelina će dati
uvid u moguće mehanizme procesa neurodegeneracije te će na primjerima Huntingtonove,
Alzheimerove i prionove bolesti razjasniti pretpostavljene hipoteze molekularne osnove
nastanka bolesti, objasnit će patološke promjene na razini stanice neurona te dati uvid u
funkcije ključnih proteina; Animalni modeli neurodegenerativnih bolesti: ova tematska cjelina
će dati saznanja o postojećim animalnim modelima neurodegenerativnih bolesti te o tome
koliko pojedini životinjski modeli dobro ili loše repliciraju određenu bolest kao i o njihovoj
primjeni u istraživanju novih mogućnosti liječenja bolesti; Nove mogućnosti terapije
neurodegenerativnih bolesti: na primjerima Azheimerove bolesti, Parkinsonove bolesti i
Huntingtonove bolesti bit će opisane nove mogućnosti liječenja ovih bolesti te će se dati
saznanja o najnovijim rezultatima njihove primjene u kliničkim ispitivanjima.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Ovaj predmet će dati širok uvid u najnovija saznanja o molekularno-genetičkoj osnovi
neurodegenerativnih bolesti te o primjeni ovih znanja u dizajniranju novih mogućnosti
njihovog liječenja. Stečeno znanje na ovom predmetu će predstavljati osnovu za sve polaznike
koji imaju interes za neuroznanost.
218
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 2 sata
nastave.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Knjiga:
1. Chesselet M-F: Molecular Mechanisms of Neurodegenerative Disorders (2000) Humana
Press.
2. Bear MF, Connors BW, Paradiso, MA: Neuroscience – Exploring the Brain, 2nd edition
(2001) lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia (PA).
3. Harper PS, Perutz M: Glutamine repeats and neurodegenerative diseases. molecular
aspects, 1st edition (2001) Oxford University Press Inc., New York, NY.
Originalni znanstveni radovi:
1. Kehoe P, Wavrant-De Vrieze F, Crook R, Wu WS, Holmans P, Fenton I, Spurlock G,
Norton N, Williams H, Williams N, Lovestone S, Perez-Tur J, Hutton M, Chartier-Harlin
MC, Shears S, Roehl K, Booth J, Van Voorst W, Ramic D, Williams J, Goate A, Hardy J,
Owen MJ (1999) A full genome scan for late onset Alzheimer's disease. Hum Mol Genet
8:237-245.
2. Hećimović S, Klepac N, Vlašić J, Vojta A, Janko D, Škarpa-Prpić I, Canki-Klain N,
Marković D, Božikov J, Relja M, Pavelić K. (2002) Genetic background of Huntington’s
disease in Croatia: molecular analysis of CAG, CCG and 2642 polymorphisms. Human
Mutation 20(3): 233.
3. Forman MS, Lee VM, Trojanowski JQ (2003) 'Unfolding' pathways in neurodegenerative
disease. Trends Neurosci 26:407-410.
4. Harris DA (2003) Trafficking, turnover and membrane topology of PrP.
Br Med Bull 66:71-85.
219
5. Harris DA, Chiesa R, Drisaldi B, Quaglio E, Migheli A, Piccardo P, Ghetti B (2003) A
murine model of a familial prion disease. Clin Lab Med 23:175-86.
6. Cam JA, Zerbinatti CV, Knisely JM, Hećimović S, Yonghe L, Bu G (2004) The LDL
receptor-related protein 1B retains APP at the cell surface and reduces amyloid- peptide
production. Journal of Biological Chemistry 279: 29639-46.
7. Hećimović S, Wang J, Martinez M, Goate A (2004) Mutations in APP have independent
effects on A and CTF generation. Neurobiology of Disease 17: 205-218.
8. Forman MS, Trojanowski JQ, Lee VM (2004) Neurodegenerative diseases: a decade of
discoveries paves the way for therapeutic breakthroughs. Nat Med 10:1055-1063.
9. Levine MS, Cepeda C, Hickey MA, Fleming SM, Chesselet MF (2004) Genetic mouse
models of Huntington's and Parkinson's diseases: illuminating but imperfect. Trends Neurosci
27:691-697.
10. Landles C, Bates GP (2004) Huntingtin and the molecular pathogenesis of Huntington's
disease. Fourth in molecular medicine review series. EMBO Rep 5:958-963.
11. Cookson MR (2005) The Biochemistry of Parkinson's Disease.
Annu Rev Biochem 74:29-52.
12. Andreasen N, Blennow K (2005) CSF biomarkers for mild cognitive impairment and early
Alzheimer's disease. Clin Neurol Neurosurg 107:165-173.
Dopunska (preporučena) literatura:
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Praćenje kvalitete i uspješnosti izvedbe kolegija će se evaluirati za pojedina predavanja, tj.
tematske cjeline i za cjelokupni predmet, a ujedno će uspješnost kolegija evaluirati svake
godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i
Sveučilišta u Osijeku.
220
Šifra predmeta: 2603
Naziv predmeta: MOLEKULARNA BIOLOGIJA PSIHIČKIH POREMEĆAJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Izv.prof.dr. sc. Nela Pivac
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji: Miro Jakovljević, Marina Šagud, Maja Mustapić,
Martina Deželjin, Darko Marčinko
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente s etiologijom i biokemijskim osnovama mentalnih poremećaja (depresija,
shizofrenija, Alzheimerova bolest, posttraumatski stresni poremećaj, poremećaji ponašanja i
ovisnosti). Objasniti osnove molekularne biologije u psihičkim poremećajima. Prikazati
najnovija dostignuća u povezanosti genetskih promjena s etiologijom i liječenjem psihičkih
poremećaja. Naglasit će se uloga proteina koji su uključeni u sintezu i razgradnju
neurotransmitora i njihovih receptora.
Sadržaj predmeta:
Etiopatogeneza i dijagnostika depresije (unipolarne i bipolarne), shizofrenije, Alzheimerove
bolesti, posttraumatskog stresnog poremećaja i poremećaja ponašanja i ovisnosti. Prijenos
živčanih podražaja. Neurotransmitori. Uloga neurotransmitora u etiologiji psihičkih
poremećaja. Periferni biokemijski pokazatelji. Temeljna načela molekularne dijagnostike.
Polimorfizmi promotora gena za proteine odgovorne za sintezu kateholamina (tirozin
hidroksilaza, dopamin-beta hidroksilaza), serotonina (triptofan hidroksilaza), aktivni unos
neurotransmitora (kateholaminergički i serotoninski transporter), razgradnju
neurotransmitora (monoaminooksidaza A i B, katehol-O-metiltransferaza), te receptora
(kateholaminergičkih i serotonergičkih). Psihofarmakogenetika. Genetska osnova i uspjeh
liječenja psihotropnim lijekovima.
Vježbe izolacija DNA iz pune krvi, umnažanje DNA (lančana reakcija polimerazom, PCR
reakcija), elektroforeza PCR produkata. Određivanje učestalosti pojedinog alela i genotipa.
Završni seminar: kritička analiza jednog znanstvenog članka iz područja predmeta («journal
club»)
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Predmet razvija znanja o ulozi bioloških i posebice genetskih parametara u etiologiji psihičkih
poremećaja. Studenti će razviti znanje o mogućnostima primjene metoda molekularne
biologije u liječenju psihičkih bolesti i upoznati se s osnovnim tehnikama molekularne
genetike.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
221
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Redovito pohađanje nastave, opravdani izostanak do 2 sata nastave.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
-Lacković Z. Neurotransmitori u zdravlju i bolesti. Medicinski fakultet Zagreb, 1994.
Bondy B Zill P. Pharmacogenetics and psychopharmacology. Current Opinion in
Pharmacology, 4:72-78, 2004.
-Stavljenić i suradnici. Neurokemija. Školska knjiga, Zagreb, 1988.
-Cubells JF, Zabetian CP. Human genetics of plasma dopamine beta-hydroxylase activity:
applications to research in psychiatry and neurology. Psychopharmacology, 174:463-476,
2004.
-Sourey D, Van Gestel S, Massat I, Blairy S, Adolfsson R, Blackwood D, Del-Favero J,
Dikeos D, Jakovljević M et al. Tryptophan hydroxylase polymorphism and suicidality in
unipolar and bipola affective disordres: A multicenter association study. Bilogical Psychiatry,
49:405-409,2001.
-Šerman D, Stavljenić-Rukavina A, Sertić J, Bulić-Jakušić F (Ed): Metode molekularne
biologije u medicini. Priručnik. Znanstveni poslijediplomski studij u području medicine i
zdravstva. Editor Lacković Z, Medicinska naklada, Zagreb, 2002.
Dopunska (preporučena) literatura:
-Ressler KJ, Nemeroff CB. Role of norepinephrine in the pathophysiology and treatment of
mood disorders. Biol. Psychiatry, 46:1219-1233, 1999.
-Azmitia EC. Serotonin neurons, neuroplasticity, and homeostasis of neural tissue.
Neuropsychopharmacology, 21:33S-45S, 1999.
-Williams RB, Marchuk DA, Gadde KM, Barefoot JC, Grichnik K, Helms MJ et al.
Serotonin-related gene polymorphism and central nervous system serotonin function.
Neuropsychopharmacology, 28:533-541, 2003.
-Dean B, Keriakous D, Thomas E, Scarr E. Understanding the pathology of schizophrenia: the
impact of high-throughput screening of the genome and proteome in postmortem CNS.
Current Psychiatry Reviews, 1:1-9, 2005.
-Bray NJ, Owen MJ. Seraching for schizophrenia genes. TRENDS in Molecular Medicine
7:169-174, 2001.
-Pickar D, Rubinow K. Pharmacogenomics of psychiatric disorders. TRENDS in
Pharmacological Sciences 22:75-83, 2001.
-Lesch KP. Gene-environment interaction and the genetics of depression. J Psychiatry
Neurosci, 29:174-184, 2004.
222
-Stein MB, Jang KL, Taylor S, Vernon PA, Livesley W.J. Genetics and environmental
influences on trauma exposure and posttraumatic stress disorder symptoms: a twin study. Am
J Psychiatry 159:1675-1681, 2002.
-Bertram L, Tanzi RE. The current status of Alzheimer's disease genetics: what do we tell the
patients? Pharmacological Research, 50:385-396, 2004.
-Serretti A, Lilli R, Smeraldi E. Pharmacogenetics in affective disorders. Eur J Pharmacology,
438:117-128, 2002.
-Rausch JR, Johnson ME, Fei Y-J, Li QJ, Shendarkar N, MacHobby H, Ganapathy V,
Leibach FH. Initial Conditions of serotonin transporter kinetics and genotype: influence on
SSRI treatment trial outcome.Biological Psychiatry, 51:723-732, 2002.
-Lemonde S, Du L, Bakish D, Hrdina P, Albert PR. Association of the C(-1019)G 5-HT1A
functional promoter polymorphism with antidepressant response. Int J
Neuropsychopharmacology 7:501-506, 2004.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Diskusija sa studentima i kolegama
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku
223
Šifra predmeta: 2604
Naziv predmeta: METABOLIČKE I GENETSKE PROMJENE U AKUTNIM,
KRONIČNIM I MALIGNIM OBOLJENJIMA GUŠTERAČE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Dr. sc. Mirko Hadžija, znanstveni savjetnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji: Marijana Popović Hadžija, Marina Korolija
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Osnovni je cilj ovog predmeta prikazati metaboličke i genetske promjene povezane s
nastankom i progresijom akutnih, kroničnih i malignih bolesti gušterače. Vezano uz to,
posebna pažnja biti će usmjerena na etiologiju, mehanizme nastanka i razvoja bolesti, s
posebnim osvrtom na moguće nove terapijske pristupe.
Sadržaj predmeta:
Metabolizam hranjivih tvari u fiziološkim uvjetima; Promjene metabolizma hranjivih tvari u
patološkim stanjima gušterače; Hiperkalcemija u apoptozi; Utjecaj stresa, alkohola i pušenja
na patološke promjene gušterače; Diabetes mellitus; Komplikacije (rane i kasne) u šećernoj
bolesti; Akutni i kronični pankreatitis; Maligne promjene gušterače; Molekularno-genetička
analiza 18q kromosoma u karcinomima pankreasa; Embrionalne matične stanice miša kao
eksperimentalni model; Teratokarcinomi; Retrovirusi kao inicijatori endokrinoloških
poremećaja gušterače; Ekeperimentalni animalni (miševi, štakori) model šećerne bolesti u
ljudi.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Dobivanje općeg uvida u promjene vezane uz akutna i kronična patološka stanja gušterače,
kao i uz maligne promjene tog organa. Predloženi predmet pružit će specifična znanja o do
sada poznatim mehanizmima nastanka dodatnih patoloških komplikacija koje prate bolesti
gušterače (tumor, apoptoza, neuropatija...), kao i o mogućnostima i ograničenjima novih
vidova terapije. U okviru predmeta polaznici bi trebali steći vještine rada na mišjem
eksperimentalnom modelu šećerne bolesti.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari
Vježbe 15
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u Obvezan seminarski Vježba ili case
224
nastavi rad study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Forquet F, Hadžija M, Semple JW, Speck E, Delovitch T Proc Natl Acad Sci USA 1994; 91:
3936-3940.
Katić M, Hadžija M, Wrischer M, Pavelić K Carcinogenesis 1999; 20: 1521-1527.
Pavelić K, Hadžija M Handbook of zeolite science and technology Marcel Dekker (ed) 1141-
1172.
Textbook of diabetes, Blackwell scientific publications, Pickup J, Williams G (eds), 2001.
Emberyonic Stem cells, Humana Press, K. Turksen (ed), 2002.
Dopunska (preporučena) literatura:
Hruban RH, Goggins M, Parsons J, Kern SE. Clinical Cancer Resaerch 6; 2969-2972: 2000.
Hall PM, Wilentz RE, Klerk W, Bornman PPC. Pathology 34; 504-517: 2002.
Chen JM, Ferec C. European Journal of Human Genetics 8; 473-479: 2000.
Heinmoller E, Bockholt A, Werther M, Ziemer M, Muller A, Ghadami BM, Ruschoff J.
Pathology Research 199; 363-371: 2003.
Cavestro GM, Camparto G, Nouvenne A, Sereni SB, Frulloni L, Valle RD, Soliani P, Zanelli
PF, Franze A, Di Mario F. JOP 6; 53-59: 2005.
Berna G, Leon-Quinto T, Ensenat-Waser R, Montanya E, Martin F, Soria B. Biomed
Pharmacother 55; 206-212: 2001.
Servitja JM, Ferrer J. Diabetologia 47; 597-613: 2004.
Peck AB, Ramiya V. Transplant Immunology 12; 259-272: 2004.
Colman A. Seminars in Cell&developmental biology, xxx 2004.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Rasprave sa stedentima i kolegama.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
225
Šifra predmeta: 2605
Naziv predmeta: FUNKCIONALNA GENOMIKA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Dr. sc. Marijeta Kralj, znastvena savjetnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut "Rudjer Bošković", Zavod za molekularnu
medicinu
Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Koraljka Gall-Trošelj, znanstveni suradnik
Mr- sc. Mirela Sedić, Mr. sc. Sandra Kraljević, IRB
Status predmeta: obvezni x izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Stjecanje uvida u suvremenu tehnologiju korištenu u analizi ekspresije i funkcije gena i
proteina, važnosti kompjuterske obrade podataka (bioinformatike) te ogromnih mogućnosti
korištenja ovh metoda u osnovnom istraživanju, dijagnostici, prognostici i otkriću novih
lijekova.
Sadržaj predmeta:
Funkcionalna genomika temelji se na eksperimentima kojima se obuhvaća analiza širokog
raspona gena i/ili proteina te kompjuterskoj analizi dobivenih rezultata. Osnovna strategija
rada u području funkcionalne genomike jest širenje raspona istraživanja nekog biološkog
uzorka tako da se sa analize pojedinog gena (proteina), prelazi na sustavno proučavanje
aktivnosti mnoštva njih odjednom. Funkcionalna genomika za cilj ima objediniti i povezati
informaciju koju nam daju sekvence gena sa njegovom funkcijom a sve to kako bi se dobio
uvid u procese nekog biološkog sustava.
Teme: Uvod u funkcionalnu genomiku, tehnologija DNA čipova, snovni principi proteomike,
pregled tehnika koje se koriste u proteomici s posebnim naglaskom na "diferencijalno"
profiliranje, identifikaciju proteina i post-translacijskie modifikacije, otkriće gena u zdravim
organizmima i u bolesnim stanjima, određivanje funkcije gena, genska i ciljana terapija,
farmakogenomika i toksikogenomika, molekularni portreti raka, molekularni portreti
odgovora na terapiju raka, značaj bioinformatike.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Predmet razvija znanje o novim tehnologijama širokog raspona (teoretsko i praktično), daje
uvid u mogućnosti korištenja tih tehnologija u istraživanju funkcija stanica u zdravlju i bolesti
te uvid u potrebu interdisciplinarnih istraživanja i kompjuterske obrade podataka.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 3
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 15
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
226
Obveze studenata: redovito pohađanje nastave i obavezno pohađanje vježbi
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Koristiti će se recentne znanstvene publikacije (znanstveni i pregledni članci) koji pokrivaju
područje funkcionalne genomike.
1. Friend SH, Stoughton RB: The magic of microarrays. Sci. Am. February 34-41, 2002.
2. Snijders AM, Meijer GA, Brakenhoff RH, van den Brule AJC, van Diest PJ.
Microarray techniques in pathology: tool or toy. J. Clin. pathol: Mol. Pathol, 53:289-
294, 2000.
3. Debouck C, Metcalf B. The impact of genomics on drug discovery. Annu. Rev.
Pharmacol Toxicol. 40:193-208, 2000.
4. Young RA. Biomedical discovery with DNA arrays. Cell, 102:9-15, 2000.
5. Graves PR, Haystead AJT. Molecular biologist's guide to proteomics. Microbiol. Mol.
Biol. Rev. 66:39-63, 2002.
6. Pandey A, Mann M. Proteomics to study genes and genomes. Nature, 405:837-846,
2000.
Dopunska (preporučena) literatura:
7. Macgregor PF, Squire JA. Application of microarrays to the analysis of gene
expression in cancer. Clin. Chem. 48:1170-1177, 2002.
8. Mohr S, Leikauf GD, Keith G. Rihn BH. Microarrays as cancer keys: an array of
possibilities. J. Clin. Oncol. 20:3165-3175, 2002.
9. Wu W, Hu W, Kavanagh JJ. Proteomics in cancer research. Int. J. Gynecol. Cancer.
12:409-423, 2002.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku, a voditelji će putem ankete
od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspješnosti od strane voditeljstva.
227
Šifra predmeta: 2606
Naziv predmeta: TUMOR SUPRESORSKI GEN P53 I NJEGOVI SRODNICI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Dr. sc. Neda Slade, viša znanstvena suradnica
Dr. sc. Marijeta Kralj, znanstvena savjetnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković, Zavod za molekularnu
medicinu
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I.godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Stjecanje osnovnog znanja o tumor supresorskim genima i njihovom značenju u onkologiji s
naglaskom na obitelji gena p53/p63/p73. Mogućnost korištenja tumor supresorskih gena u
genskom liječenju tumora.
Sadržaj predmeta:
Tumor supersorski geni i njihov značaj u onkologiji. Ključna uloga gena p53 u sprečavanju
zloćudne transformacije. Obitelj p53/p63/p73 – strukturne i funkcionalne sličnosti i razlike.
p53/p63/p73 kao transkripcijski faktori. Uloga u kontroli staničnog ciklusa i staničnom
odgovoru na oštećenja DNA. Inaktivacija gena p53 kao jedinstven genetički događaj u
nastanku raka. Analiza mutacija gena p53 u humanim tumorima. Regulacija gena
p53/p63/p73u tumorima i apoptozi. Uloga p63/p73 u razvoju. p63 and p73 razvijaju svoj
vlastiti identitet. Gen p53 i terapija tumora. Gensko liječenje tumora tumor supresorskim
genima. Kombinirano liječenje kemoterapeuticima i genom p53.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Predmet omogućuje shvaćanje izuzetne važnosti tumor supresorskih gena u kontroli i
regulaciji normalnog funkcioniranja stanice te uvid u mogućnosti korištenja dosadašnjih
rezultata istraživanja u prognostici, dijagnostici i terapiji tumora.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 2
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 10
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: redovito pohađanje nastave, seminarski rad
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski Vježba ili case
228
rad study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Vogelstein B., Lane D., Levine A.J. (2000) Surfing the p53 network. Nature 408: 307-
310.
2. Bénard J., Douc-Rasy S., Ahomadegbe J.C. (2003) TP53 family members and human
cancers. Hum. Mutation 21: 182-191.
3. Moll U., Erster S., Zaika A. (2001) p53, p63 and p73 – solos, alliances and feuds
among family members. Biochim. Biophys. Acta 1552: 47-59.
4. Soussi T. (2003) Focus on the p53 gene and cancer: Advances in TP53 mutation
research. Hum. Mutation 21:173-175.
5. Nielsen L.L., Maneval D.C. (1998) p53 tumor suppressor gene therapy for cancer.
Cancer Gene Ther. 5: 52-63.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Slade N. (2004) Two faces of p73, a member of p53 family. Period. Biol. 106: 223-
231.
2. Schmale H., Bamberger C. (1997) A novel protein with strong homology to the tumor
suppressor p53. Oncogene 15: 1363-1367.
3. Yang A., Kaghad M., Wang Y., Gillet E., Fleming M.D., Dotsch V., Andrews N.C.,
Caput D., McKeon F. (1998) p63, a p53 homolog at 3q27-29, encodes multiple
products with transactivating death-inducing and dominant-negative activities. Mol.
Cell 2: 305-316.
4. Slade N., Moll U.M. (2003) Mutational analysis of p53 in human tumors:
immunocytochemistry. Methods Mol. Biol. 234: 231-243.
5. Erster S., Slade N., Moll U.M. (2003) Mutational analysis of p53 in human tumors:
direct DNA sequencing and SSCP. Methods Mol. Biol. 234: 219-230.
6. Moll U.M., Slade N. (2004) p63 and p73: Roles in Development and Tumor
Formation. Mol. Cancer Res. 2: 371-386.
7. Fang B., Roth J. A. (2003) Tumor-suppresing gene therapy. Cancer Biol. Ther.
2:S115-S121
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku, a voditelji će putem ankete
od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspješnosti od strane voditeljstva.
229
Šifra predmeta: 2607
Naziv predmeta: GENSKO LIJEČENJE: EKSPERIMENTALNI I KLINIČKI
ASPEKTI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Jasminka Pavelić
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković, Zavod za molekularnu
medicinu
Suradnici – izvoditelji: Neda Slade, Marijeta Kralj, Jelena Knežević, Rajko
Kušec
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznavanje s najnovijim dostignućima istraživanja i kliničke primjene genskog,
molekularno usmjerenog, liječenja.
Sadržaj predmeta:
Opća načela genskog liječenja; Načela molekularno usmjerenog liječenja; Prijenosni sustavi
(neviralni, viralni, umjetno dizajnirani); Terapeutski agensi (ribozimi, aptameri, katalitička
DNA); Molekularna kemoterapija; Korekcija mutacija; Poticanje imunološke reakcije;
Poticanje/dokidanje rezistencije na lijekove; Uporaba matičnih hematopoetskih stanica za
gensko liječenje; Klinička primjena u liječenju oboljelih od tumora; Klinička primjena u
liječenju monogenskih i neurodegenerativnih bolesti; Kombinirana primjena kemoterapije i
genskog liječenja; Gensko liječenje mitohondrijskih bolesti; Primjena telomeraze u lijčenju
oboljelih od tumora; Etička načela
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Opće – spoznaje o najnovijim dostignućima istraživanja i kliničke primjene genskog,
molekularno usmjerenog, liječenja.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 3
Broj sati Predavanja 10
Seminari 5
Vježbe -
Ukupno 15
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: redovito pohađanje nastave, obavezan seminarski rad
230
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Pavelić J, Slade N, Galetić I, Pavelić K: Gensko liječenje: načela, dometi i perspektive.
Pharmaca, 36: 151-170, 1998.
Hicke BJ, Stephens AW: Escort aptamers: a delivery service for diagnosis and therapy. J Clin
Invest 106: 923-928, 2000.
Baum C, Fairbairn LJ, Hildinger M, et al.: New perspectives for cancer chemotherapy by
genetic protection of haematopoietic cells. Expert Reviews in Molecular Medicine,
http://www-ermm.cbcu.cam.ac.uk
Horig H, Medina FA, Conkright WA, et al.: Strategies for cancer therapy using
carcinoembryonic antigen vaccines. Expert Reviews in Molecular Medicine, http://www-
ermm.cbcu.cam.ac.uk
Mann M, Dzau VJ: Therapeutic application of transcription factor decoy oligonucleotides. J
Clin Invest, 106:1071-1075.
Kerr D. Clinical development of gene therapy for colorectal cancer. Nature Rev, 3:615, 2003.
Kohn DB i sur. Occurence of leukaemia following gene therapy of X-linked SCID. Nature
Rev, 3:477, 2003.
Kohn DB i sur. Occurence of leukaemia following gene therapy of X-linked SCID. Nature
Rev, 3:477, 2003.
Dopunska (preporučena) literatura:
WEB stranice
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Za pojedina predavanja - Provjera razumijevanja dobivenih informacija i načina prezentacije.
Za predmet - Ispitivanje primjerenosti programa, načina prezentacije, nastavnih materijala.
Rasprave sa studentima i kolegama.
Evaluacija uspješnosti od strane voditeljstva studija i zajedničkog stručnog povjerenstva
ustanova nositelja studija.
Uspješnost kolegija će svake godine evaluirati zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
«Ruđer Bošković», Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
231
Šifra predmeta: 2608
Naziv predmeta: UVOD U NANOMEDICINU
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Dr. sc. Mile Ivanda
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X □ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente sa dosadašnjim dostignućima molekularne nanotehnologije i
mogućnostima njezine primjene u medicini.
Sadržaj predmeta:
Uvod u nanosvijet, Nanosustavi. Molekularna mehanika, potencijalne plohe i formiranje
nanostruktura. Kontrola položaja atoma u nanostrukturi i toplinski šum. Krutost i elastičnost
nanostrukture. Molekularni roboti. Ideje i problemi samoreprodukcije. Molekularna
nanotehnologija danas i sutra. Vizualizacija nanostruktura, elektronski mikroskop i njegove
nadgradnje- SPM (Scaning Probe Microskopy), AFM (Atomic Force Microskopy) i MFM
(Magnetic Force Microskopy). Primjena nanotehnologija u medicini.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će ovladati osnovnim znanjima iz molekularne mehanike na nanoskali. Imati će uvid
u sadašnje stanje nanomedicine i mogućnostima njezina daljnjeg razvoja u svijetu. Uočiti
snažnu povezanost temeljnih znansvenih disciplina kao što su kemija, fizika i biologija sa
inženjerstvom na nano skali.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 2
Broj sati Predavanja 5
Seminari 2
Vježbe 3
Ukupno 10
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorsk
i rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave, seminarski rad
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
232
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave Prezentacij
a
Praktičan rad
Obvezna literatura:
K. Eric Drexler: Nanosystems: molecular machinery, manufacturing, and computation, Wiley
Interscience, 1992.
Gregory Timp: Nanotecnology, Springer, 1999.
Dopunska (preporučena) literatura:
http://www.zyvex.com/nanotech/
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Upitnik korinicima za ispitivanje primjerenosti programa, načina prezentacije, korištenih
nastavnih materijala te razina usvojenog gradiva. Uspješnost kolegija će svake godine
evaluirati zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u
Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
233
Šifra predmeta: 2609
Naziv predmeta: STRUKTURNE ZNAČAJKE NUKLEINSKIH KISELINA I
ORGANSKE MOLEKULE KAO PROTUTUMORSKI
LIJEKOVI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Dr.sc. Ivo Piantanida, znanstveni savjetnik
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji: Mr.sc. Lidija Tumir
Dr. sc. Biserka Kojić-Prodić, znastvena savjetnica
Dr. sc. Marija Luić, znanstvena savjetnica
Status predmeta: □ obvezni x izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studenta sa strukturnim značajkama nukleinskih kiselina te molekulsko
prepoznavanje jedinica nukleinskih kiselina kao osnova pristupa pronalasku protutumorskih
ljekova. Sudentima će biti predstavljene metode koje se koriste za određivanje interakcija
malih organskih molekula sa nukleinskim kiselinama.
Sadržaj predmeta:
Osnovne strukturne značajke DNA i RNA; kovalentne i nekovalentne interakcije u
nukleinskim kiselinama. Sekundarne strukture višeg reda: trostruke i četverostruke uzvojnice.
Rentgenska strukturna analiza i kompjutorski modeli nukleinskih kiselina. Molekulsko
prepoznavanje jedinica nukleinskih kiselina – osnova racionalnog pristupa pronalasku
protutumorskih ljekova. Prepoznavanje posebnih strukturnih motiva nukleinskih kiselina
(ukosnice, izbočine), prepoznavanje jednolančanih i dvolančanih domena. Tipovi vezanja
organskih molekula na nukleinske kiseline, elektrostatske interakcije, vezanje u mali i veliki
utor dvostruke uzvojnice, interkaliranje. Primjeri molekula koje se vežu u utore dvostruke
uzvojnice (groove binders). Interkalatori, primjeri klasičnih, neklasičnih i bisinterkalatora.
Kratki pregled uobičajenih eksperimentalnih metoda u istraživanju interakcija malih
organskih molekula sa sintetskim i prirodnim DNA i RNA polinukleotidima: spektroskopske
metode (UV, fluorescencija, NMR), termička denaturacija dvostruke uzvojnice,
mikrokalorimetrija. Mogućnosti i primjeri racionalnog pristupa dizajnu novih lijekova
temeljem prepoznavanja strukturnih značajki i sekvencija nukleinskih kiselina: RNA meta u
dizajnu novih antiviralnih lijekova; bleomycini; dizajn organskih molekula za vezanje na
HIV RNA; inhibitori Tat-TAR interakcija; novi platinski antitumorski ljekovi; dikationski
antimikrobni agensi koji se vežu u DNA utor; interkaliranje i citotoksičnost; novi ljekovi na
bazi inhibicije DNA topoizomeraza.
Eksperimentalni rad: određivanje konstanti i načina vezanja izabranih molekula na
polinukleotide primjenom UV i fluorescencijske spektroskopije i termalne denaturacije.
Primjeri analiza kompleksnih sustava multivarijantnom regresijskom metodom (ligand, DNA
/ RNA i više njihovih različitih istovremeno prisutnih kompleksa).
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
234
Uz temeljna znanja iz biokemijskih znanosti vezana za ovu problematiku studenti će steći i
znanja neophodna za razumijevanje dizajna novih lijekova temeljem prepoznavanja
strukturnih značajki i sekvencija nukleinskih kiselina.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 5
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 15
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Da bi uspješno savladao ciljeve ovog predmeta student treba redovito pohađati nastavu i
pratiti literaturu iz područja.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. D. S. Johnson, D. L. Boger, “DNA Binding Agents” in Comprehensive
Supramolecular Chemistry Series (Ed. J.-M. Lehn) vol. Ed. Y. Murakami,
Pergamon/Elsevier, Oxford, 1996, vol. 6 157-230.
2. W. D. Wilson in “Comprehensive Natural Product Chemistry” (Ed’s D. Barton and K.
Nakanishi) vol. Ed. E. Kool, vol. 7, 427-476.
3. Small Molecule DNA and RNA Binders, Vol. I and II; M. Demeunynck, C. Bailly and
W. D. Wilson ED.’s, Wiley-VHC, 2002.
4. H.-J. Schneider, A. Yatsimirsky,“Principles and Methods in Supramolecular
Chemistry, Wiley, 1999.
5. W. Saenger, “Principles of Nucleic Acid Structure, Springer-Verlag, 1984.
6. W. D. Wilson, K. Li “Targeting RNA with Small Molecules” Current Medicinal
Chemistry , 2000, 7, 73-98.
7. P. B. Dervan “Molecular Recognition of DNA by Small Molecules, Bioorganic &
Medicinal Chemistry, 2001, 9, 2215-2235.
8. R. M. Wadkins, Targeting DNA Secondary Structures, Current Medicinal Chemistry ,
2000, 7, 1-15.
9. C. Bailly, Topoisomerase I Poisons and Supresors as Anticancer Drugs. Current
Medicinal Chemistry , 2000, 7, 39-58.
Dopunska (preporučena) literatura:
235
New permanently charged phenanthridinium-nucleo base conjugates.
Interactions with nucleotides and polynucleotides and recognition of ds- polyAH+ Tumir, Lidija-Marija; Piantanida, Ivo; Juranović Cindrić, Iva; Hrenar, Tomica; Meić, Zlatko;
Žinić Mladen.Journal of Physical Organic Chemistry 16, (2003), 891-899.
Interactions of novel phenanthridinium-nucleobase conjugates with
complementary and non- complementary nucleotides in aqueous media. Tumir, L.-M.; Piantanida, I.; Novak, P.; Žinić, M., J. Phys. Org. Chem. (2002), 15, 599-607.
New Porphyrin-Nucleobase Hybrid Compounds and Their Interaction
with Nucleosides And Nucleic Acids V. Malinovski, L. Tumir, I. Piantanida, M. Žinić, H.-J.
Schneider Eur. J. Org. Chem. (2002), 3785-3795.
Synthesis and antitumor activity of N-sulfonyl derivatives of nucleo bases
and sulfonamide nucleoside derivativesŽinić, Biserka; Krizmanić, Irena; Glavaš-Obrovac,
Ljubica; Karner, Ivan; Žinić, Mladen.Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. 22 (2003.) ;
1623-25.
Synthesis, structure and biological evaluation of C-2 sulfonamido
pyrimidine nucleosidesKrizmanić, Irena; Višnjevac, Aleksandar; Luić, Marija; Glavaš-
Obrovac, Ljubica; Žinić, Mladen; Žinić, Biserka. Tetrahedron. 59 (2003) , 23; 4047-4057.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Provjera razumijevanja dobivenih informacija, načina prezentacije i opsega usvojenog gradiva
korištenjem upitnika na kraju predavanja predmeta.
Rasprave sa studentima i kolegama.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine voditeljstvo studija i zajedničko stručno
povjerenstvo ustanova nositelja studija.
236
Šifra predmeta: 2610
Naziv predmeta: ULOGA ŽELJEZA U KRONIČNIM I MALIGNIM
BOLESTIMA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Dr. sc. Suzana Kukulj, viša znanstvena suradnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II semestar
Cilj predmeta:
Poremetnje u metabolizmu željeza su dvojake: željeza može biti u organizmu premalo ili
previše kada se govori o pretrpavanju organizma željezom. Studenti će naučiti koje posljedice
u organizmu nastaju kada željeza ima previše. Nagomilavanje željeza u pojedinom organu
pogoduje infekcijama, kardiomijopatijama, artropatijama, nastanku i progresiji malignih
bolesti, raznim endokrinim i neurodegenerativnim bolestima (Parkinsonova i Alzheimerova
bolest). Dakle, cilj predmeta je upoznati ulogu željeza u razvoju i progresiji kroničnih i
malignih bolest.
Sadržaj predmeta:
1. Mehanizam toksičnog djelovanja željeza. Slobodne ione željeza (neproteinski vezane
ione željeza) reducira superoksid, a nastali fero oblik željeza se reoksidira u
prisutnosti peroksida pri ćemu nastaju feri ioni i hidroksilni radikal, koji oštećuje sve
biološke makromolekule. Hidroksilni radikal može depolimerizirati polisaharide,
oštetiti DNK molekulu, inaktivirati enzime i izazvati lipidnu peroksidaciju.
2. Bolesti koje mogu biti izazvane viškom željeza. Posljedica povišene količine željeza u
određenom tkivu može biti: infekcija, aritmija-kardiomiopatija, artroza, dijabetes,
ciroza i karcinom jetre, tumori, te razne endokrine (impotencija) i neurodegenerativne
bolesti (npr. depresija, Parkinsonova i Alzheimerova bolest).
3. Načini za uklanjanje viška željeza. Organizam je razvio endogene sisteme za
uklanjanje viška željeza, ali postoje i tretmani kojima se može smanjiti nakupljanje
viška željeza u organizmu.
4. Profilaktične i terapeutske mogućnosti. Pokazati ćemo dva načina: 1. Posebni aspekti
sprječavanja nakupljanja viška željeza u organizmu, 2. Farmakološke metode za
pomoć bolesnicima s viškom željeza.
5. Eksperimentalni dokazi antitumorskog učinka nekih spojeva željeza. Željezo i spojevi
željeza mogu oštetiti i inhibirati rast normalne i maligne stanice. Željezo je esencijalni
nutritijent za tumorske stanice koje se nekontrolirano dijele. Međutim, previše
katalitičkog željeza (stvaranjem slobodnih kisikovih radikala) može razoriti tumorsku
stanicu.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će naučiti o poremećajima koji se javljaju zbog pretjeranog gomilanja željeza u
organizmu. Pretjerano gomilanje željeza može biti posljedica različitih genetičkih poremećaja,
nekih oblika anemije, slučajne ingestije, uzastopnih transfuzija krvi, udisanja duhanskog dima
ili azbesta ili pak posljedica predoziranja suplementom ili tabletama željeza propisanim od
strane liječnika. Ukoliko se pretjerano gomilanje željeza ne dijagnosticira na vrijeme i ne
provode odgovarajuće terapije može doći do razvoja tumora, infarkta miokarda, dijabetesa,
artritisa, depresije, porfirije, kronične anemije (ACD) i drugih ozbiljnih komplikacija.
237
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 5
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 15
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Poljak-Blaži M. Uloga željeza u neoplazmi. Revijalni rad. Liječnički vjesnik 122: 234-238,
2000.
Poljak-Blaži M. Role of iron in carcinogenesis, and anticarcinogenic effect of iron
compounds. Trace elements in medicine. 1: 29-42. 2003.
Weiss G. Modification of iron regulation by the inflammatory response. Bast Practice Res
Clin Hematol. 18: 183-201. 2005.
Kukulj S. Uloga i promjene metabolizma željeza u oboljelih od raka pluća. Doktorska
Disertacija. Sveučilište u Zagrebu, Medicinski fakultet. 2004.
Dopunska (preporučena) literatura:
Poljak-Blaži M, Stančić-Rokotov D, Ferle-Vidović A. Inhibitory effect of iron on melanoma
B16 growth. Period. biol. 87: 17-22, 1985.
Flajsig I, Poljak-Blaži M. Influence of iron on proliferation and cell cycle kinetics on
cultured malignant and normal cells. Oncology, 47: 443-446, 1990.
Weinberg ED. Roles of iron in neoplasia: promotion, prevention and therapy. Biol Trace
Elem Res 1992;34:123-140.
Weinberg ED. Association of iron with respiratory tract neoplasia. J Trace Elem Exp Med
1993;6:117-23.
Stevens RG, Graubard BI, Micozzi MS, Neriishi K, Blumberg BS. Moderate elevation of
body iron level and increased risk of cancer occurrence and death. Int J Cancer 1994;56:364-
369.
deSousa M. The immunology of iron overload. U: de Sousa M, Brock Jh, ur. Iron in
immunity, cancer and inflamation. Chichester: Wiley; 1989, p. 247- 58.
Weinberg JB, Hibbs JB Jr. Endocytosis of red blood cells or hemoglobin by activated
macrophages inhibits their tumorocidal effect. Nature 1977;269:245-7.
238
Weinberg ED. Iron withloading. A defense against infection and neoplasia. Physiol Rev
1984;64:55-102.
Weinberg ED, Weinberg GA. The role of iron in infection. Current Opinion in Infectious
Diseases 1995;8:164-9.
Weinberg ED. The role of iron in cancer. Europ J of Cancer Prev 1996;5:19-36.
Herbert V. Dangers of iron and vitamin C supplements. J Am Diet Assoc 1993;93:526-7.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Anketa
239
Šifra predmeta: 2611
Naziv predmeta: MOLEKULSKE OSNOVE METASTAZIRANJA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Dr. sc. Maja Herak Bosnar, viša znanstvena suradnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Rudjer Bošković, Zavod za molekularnu
medicinu
Suradnici – izvoditelji: Dipl. inž. Ružica Bago, Institut Rudjer Bošković,
Mr.sc. dr. med. Nenad Nola, Kirurška onkologija,
Klinika za tumore, Zagreb
Status predmeta: □ obvezni x izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje:
Cilj predmeta:
Cilj predmeta je upoznati polaznike s najnovijim znanstvenim dostignućima u vezi nastanka i
širenja metastaza kao osnovnog uzroka smrtnosti u oboljelih od tumorskih bolesti. Polaznici
bi bili upoznati s molekularnim mehanizmima koji do toga dovode, tehnikama koje se koriste
u istraživanjima, te najnovijim dostignućima u dijagnostici i liječenju metastaza te kako
povezati dostignuća bazičnih istraživanja s potrebama u dijagnostici i liječenju.
Sadržaj predmeta:
Teme: 1) Osnovni procesi metastaziranja (odvajanje od ishodišnog tkiva, prodor u krvotok,
naseljavanje udaljenih tkiva i organa), 2.) supresori metastaziranja, poglavito gen
nm23/NDPK, 3.) uloga adhezijskih molekula (katenina, kadherina, integrina) i Rho-GTP-aza
u metastaziranju, 4.) metaloproteinaze i njihovi inhibitori, 5.) neovaskularizacija, 6.) pregled
najnovijih tehnika u istraživanju molekularnih mehanizama nastajanja i širenja metastaza
(mikro i makročipovi) 7.) najnovije spoznaje u dijagnostici i liječenju metastaza. 8.) praktični
prikaz vizualizacije adhezijskih molekula i supresora metastaziranja uz pomoć fluorescentne
imunocitokemije i tehnologije koja rabi zeleni fluorescentni protein i fluorescentnu
mikroskopiju te praktični prikaz osnovnih tehnika detekcije invazivnosti stanica u kulturi.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Tijekom nastave i vježbi polaznici će moći prikupiti znanja o funkcioniranju i ulozi
adhezijskih i srodnih molekula, signalnim putovima u kojima sudjeluju u zdravim stanicama
te promjenama koje nastupaju u patološkim stanjima koje dovode do stvaranja metastaza.
Steći će, također, saznanja o najnovijim mogućnostima otkrivanja i liječenja metastaza te
praktičan prikaz nekih tehnika koje se koriste u istraživanjima, a koje se mogu primijeniti i u
drugim područjima bioloških znanosti, poglavito molekularnoj onkologiji te biomedicini i
molekularnoj biologiji, općenito.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 3
Broj sati Predavanja 5
Seminari
Vježbe 10
Ukupno 15
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
240
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
Pohađanje nastave.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Herak Bosnar M, de Gunzburg J, Bago R, Brečević L, Weber I, Pavelić J. Subcellular
localization of A and B NDPK subunits. Exp Cell Res 298, 275-284, 2004.
2. Liotta L. Cancer cell invasion and metastasis. Sci Am 266 (1992) 34-41.
3. Engers R, Gabbert HE. Mechanism of tumor metastasis: cell biological aspects and
clinical implications. J Cancer Clin Oncol 126 2002 ( 682-692).
4. Steeg PS. Metastasis suppressors alter the signal transduction of cancer cells. Nature
Rew 3 (2003) 55-63.
5. Nabeshima K, Inoue T, Shimao Y, Shameshima T. Matrix metalloproteinases in tumor
invasion: Role for cell migration. Pathol Int 52 (2002) 255-264.
6. Okegawa T, Li YM Pong RC, Hsieh JT. Cell adhesion proteins as tumor suppressors.
J Urol 167 (2002) 1836-1843.
7. Rho-family GTPases in cadherin-mediated cell-cell adhesion. Nat Rev Cell Biol 2
(2001) 887-897.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. Jiang YF, Goldberg ID, Shi YE. Complex rols of tissue inhibitors of
metalloproteinases in cancer. Oncogene 21 (2002) 2245-2252.
2. Sledge GW, Miller KD. Angiogenesis and antiangiogenic therapy. Curr Probl Cancer
26 (2002) 6-59.
3. Sternlicht MD, Werb Z. How matrix metalloproteinases regulate cell behavior. Annu
Rev Cell Dev Biol 17 (2001) 463-516.
4. Lukaš Z, Dvorak K. Adhesion Molecules in Biology and Oncology. BRNO 73: (2004)
93-104.
5. Eliceiri BP. Integrin and Growth factor Receptor Crosstalk. Circ Res 89 (2001) 1104-
1110.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Kvaliteta i uspješnost izvedbe kolegija pratila bi se anonimnim upitnikom uz sugestije za
poboljšanje nastave. Uspješnost kolegija evaluirati će svake godine zajedničko stručno
povjerenstvo Instituta Rudjer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
241
Šifra predmeta: 2612
Naziv predmeta: KOMBINACIJA TERAPIJA I MEHANIZMI U LIJEČENJU
MALIGNIH BOLESTI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Prof.dr. sc. Sonja Levanat, znanstvena savjetnica
Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković, Zavod za molekularnu
medicinu
Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Lidija Orešković
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina II. semestar
Cilj predmeta:
Povezati najnovija bazična istraživanja sa kliničkim istraživanjima i primjenom u liječenju
malignih bolesti.
Sadržaj predmeta:
Molekularna osnova maligne transformacije, uloga onkogena i tumor
supresorskih gena. In vitro modeli.Osnovni principi djelovanja radioterapije. Klinička
primjena radiobiologije. Vrste citostatika i mehanizmi kliničkog djelovanja. Mehanizmi
međudjelovanja radioterapije i kemoterapije. Kliničko značenje mehanizama otpornosti na
kemoterapiju i radioterapiju. Neželjeni učinci kombiniranog liječenja kemo-radioterapijom.
Najčešće primjenjivani klinički protokoli kombiniranog liječenja malignih bolesti.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Sveobuhvatno sagledavanje najnovijih dostignuća i moguća primjena u praksi
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 5
Seminari 5
Vježbe 10
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata:
redovito pohađanje nastave
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
242
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Skeel RT and Khleif SN: Biological and pharmacological basis of cancer chemotherapy.
In: (Skeel RT ed.) Handbook of Cancer Chemotherapy. Lippincott Williams and
Wilkins, Philadelphia, 2003; pp.3-26.
2. Steel GG: Combination of radiotherapy and chemotherapy: principles. In: (Steel GG
ed.) Basic Clinical Radiobiology. Edward Arnold, 2002; 184-194.
3. Stewart FA, Saunders MI: Combined radiotherapy and chemotherapy: clinical
application and evaluation. In: (Steel GG ed.) Basic Clinical Radiobiology. Edward
Arnold, 2002; 184-194.
Dopunska (preporučena) literatura:
1. DiSaia PJ, Creasman WT: Basic principles of chemotherapy. In: (DiSaia PJ, Creasman
WT, eds.) Clinical Gynecologic Oncology. Mosby, Inc., London, 2002; pp.501-520.
2. Perez MD: Combination of radiotherapy and chemotherapy. In: (Carlos A, Perez MD.,
eds.) Principles and Practice of Radiation Oncology, Lippincott Williams and Wilkins,
Philadelphia, 2003; pp.230-249.
3. Sikic BI, Fisher GA, Lum BL, Halsey J, Beketic-Oreskovic L, Chen G:
Modulation and prevention of multidrug resistance by inhibitors of P-glycoprotein.
Cancer Chemother Pharmacol. 1997;40 Suppl:S13-9. Review.
4. Chen GK, Duran GE, Mangili A, Beketic-Oreskovic L, Sikic BI:
MDR1 acivation is the predominant resistance mehanism selected by vinblastine in
MES-SA cells.
Br J Cancer. 2000 Oct;83(7):892-8.
5. Beketic-Oreskovic L, Duran GE, Chen G, Dumontet C, Sikic BI:
Decreased mutation rate for cellular resistance to doxorubicin and suppression of
mdr1 gene activation by cyclosporine PSC 833.
J Natl Cancer Inst. 1995 Nov 1;87(21):1593-602.
6. Beketic-Oreskovic L, Osmak M:
Modulation of resistance to cisplatinum by amphotericin B and aphidicolin in human
larynx carcinoma cells.
Cancer Chemother Pharmacol 1995;35(4):327-33.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Za pojedina predavanja – tematske cjeline – provjera razumijevanja dobivenih informacija,
načina prezentacije, itd.
Rasprave sa studentima i kolegama – anketa po završetku kolegija.
Praćenje napredovanja svakoga studenta.
Evaluacija uspješnosti od strane voditeljstva studija i zajedničkog stručnog povjerenstva
ustanova nositelja studija. Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno
povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku”.
243
Šifra predmeta: 2614
Naziv predmeta: PATOFIZIOLOGIJA PROCESA ZGRUŠAVANJA KRVI KOD
TUMORSKIH BOLESTI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelji predmeta: Prof. dr. sc. Kata Šakić1
Doc.dr.sc. Slavica Kvolik, znanstvena savjetnica2
Ustanova nositelja predmeta: 1KBC Zagreb, MF Sveučilišta u Zagrebu i Osijeku 2Klinička bolnica Osijek, Medicinski fakultet
Sveučilišta u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: Mr. sc. Bahrija Lenz, dr med
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznavanje poremećaja koagulacije kod tumora
Sadržaj predmeta:
Patofiziologija poremećaja zgrušavanja kod tumora, prokoagulacijski fatori kod tumorskih
bolesti, inhibitori zgrušavanja kod tumorskih bolesti, fibrinolitički sustav
Neovaskularizacija tumora, gustoća krvožilja u tumorima, mehanizmi angiogeneze, enzim
MMP, faktori rasta VEGF/VPF
Aktivacija endotela kod malignih bolesti, poremećaji trombocita kod malignih bolesti,
poremećaji zgrušavanja vezani za pojedine maligne bolesti
Eksperimentalni modeli istraživanja koagulacije kod tumora
Laboratorijski dijagnostika i pokazatelji poremećaja zgrušavanja kod tumora, indikacije
Poremećaji zgrušavanja nakon zračenja
Učinak kemoterapije tumorskih bolesti na procese zgrušavanja, neoadjuvantna kemoterapija,
hormonalna terapija, lokalna aplikacija citostatika i zgrušavanje, promjene trombocita nakon
kemotrapije
Učinak heparina na zgrušavanje, anti IIa/antiXa učinak; antagonisti viamina K,
Najčešće kliničke manifestacije poremećaja zgrušavanjakod tumora: plućna embolija, duboke
venske tromboze, diseminirana intravaskularna koagulacija
Preventivni postupci u sprečavanju nastanaka tromboembolijskih poremećaja kod bolesnika s
malignim bolestima
Liječenje poremećaja zgrušavanja kod tumora, postoperacijski poremećaji zgrušavanja
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Upoznavanje patofiziologije zgrušavanja kod tumora, prepoznavanje učinka kemoterapije na
zgrušavanje
Pretraživanje literature iz područja faktora rasta i poremećaja zgrušavanja kod tumora
Analiza znanstvenog rada iz područja patofiziologije zgrušavanja kod tumora
Analiza koagulacijskog statusa na temelju laboratorijskih nalaza
Procjena učinka antikoagulacijskih lijekova kod oboljelih od karcinoma
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 10
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 20
244
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja 5 Seminari 5 Vježbe 3 Radionice Samostalni zadaci 1
Multimedija i
internet 1
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: obvezno pohađanje 80 % nastave
Pretraživanje literature iz područja faktora rasta i poremećaja zgrušavanja kod tumora
Analiza jednog znanstvenog rada iz područja patofiziologije zgrušavanja kod tumora
Analiza koagulacijskog statusa na temelju laboratorijskih nalaza
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave
Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. Kvolik S, Šakić K. Skripta za predmet ''Poremećaji zgrušavanja krvi kod tumorskih
bolesti''
2. Šakić K., S. Kvolik, Lj Glavaš-Obrovac: Patophysiology of perioperative coagulation
disorders in cancer patients, rad na receziji u EJA
3. Kvolik S, Glavas-Obrovac L, Sakic K, Margaretic D, Karner I. Anaesthetic
implications of anticancer chemotherapy. Eur J Anaesthesiol. 2003 Nov;20(11):859-71.
4. Gamulin S. Patofiziologija, Medicinska naklada Zagreb
5. Šakić K i sur. Autotransfuzija i perioperacijsko krvarenje. Medicinska naklada,
Zagreb.2003., priručnik s tečaja kontinuirane medicinske edukacije
Dopunska (preporučena) literatura:
1 Kvolik S. Brozović G. Poremećaji zgrušavanja kod bolesnika na kemoterapiji. Acta
anaesthesiologica Croatica, 2004; 1(7):33-36.
2. Verheul HM, Hoekman K, Lupu F, et al. Platelet and coagulation activation with vascular
endothelial growth factor generation in soft tissue sarcomas. Clin Cancer Res 2000; 6: 166-
171.
3. Dvorak HF. Vascular permeability factor/vascular endothelial growth factor: a critical
cytokine in tumor angiogenesis and a potential target for diagnosis and therapy. J Clin
Oncol 2002; 20: 4368-4380.
4. Baluk P, Morikawa S, Haskell A, Mancuso M, McDonald DM. Abnormalities of basement
membrane on blood vessels and endothelial sprouts in tumors. Am J Pathol 2003; 163:
1801-1815.
5. Wojtukiewicz MZ, Sierko E, Zacharski LR, Zimnoch L, Kudryk B, Kisiel W. Tissue
factor-dependent coagulation activation and impaired fibrinolysis in situ in gastric cancer.
Semin Thromb Hemost 2003; 29: 291-300.
6. Di Micco P, Romano M, Niglio A, et al. Alteration of haemostasis in non-metastatic gastric
cancer. Dig Liver Dis 2001; 33: 546-550.
7. Ozturk M, Sengul N, Dagli M, Kosar A, Bavbek N. Global fibrinolytic capacity in
colorectal cancer: a new clue to occult fibrinolysis. Clin Appl Thromb Hemost 2003; 9: 151-
154.
245
8. Hurwitz HI, Fehrenbacher L, Hainsworth JD, et al. Bevacizumab in combination with
fluorouracil and leucovorin: an active regimen for first-line metastatic colorectal cancer. J
Clin Oncol 2005; 23: 3502-3508.
9. Douketis JD. Perioperative anticoagulation management in patients who are receiving oral
anticoagulant therapy: a practical guide for clinicians. Thromb Res. 2002; 108: 3-13.
10. Szende B, Paku S, Racz G, Kopper L. Effect of Fraxiparine and heparin on experimental
tumor metastasis in mice. Anticancer Res 2005; 25: 2869-2872.
11. Donat R, Mancey-Jones B. Incidence of thromboembolism after transurethral resection of
the prostate (TURP), a study on TED stocking prophylaxis and literature review. Scand J
Urol Nephrol 2002; 36: 119-123.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Upitnici za ispitivanje stavova polaznika programa prema programu i predavačima
(ispitivanje prethodnog znanja prije početka nastave i na kraju predavanja predmeta).
Rasprave sa studentima i kolegama.
Praćenje napredovanja svakoga studenta.
Evaluacija uspješnosti od strane voditeljstva studija i zajedničkog stručnog povjerenstva
ustanova nositelja studija.
246
Šifra predmeta: 2616
Naziv predmeta: MOLEKULSKI MEHANIZMI IMUNOPATOFIZIOLOŠKOG
ODGOVORA U SUSTAVNOM UPALNOM ODGOVORU I
SEPSI
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Jerko Barbić
Prof. dr.sc. Ines Drenjančević
Ustanova nositelja predmeta: Medicinski fakultet Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: doc. dr. sc. Ljiljana Perić dr.med., mr. sc. Dubravka
Ivic, dr. med., Domagoj Drenjančević dr.med.
Status predmeta: □ obvezni X□ izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznavanje studenata s molekulskim mehanizmima sustavnih reakcija organizma na
ošetećenje tkiva ili infekciju koja dovode do sindroma sustavnog upalnog odgovora i sepse.
Poznavanje ovih mehanizama temelj je novih terapijskih postupaka u liječenju ovog složenog
i u velikom broju slucajeva smrtonosnog stanja.
Sadržaj predmeta:
Definiranje pojmova: sindrom sustavnog upalnog odgovora (SIRS od engl. systemic
inflammatory response syndrome), sepsa, septički šok, sindrom višesustavnog zatajenja
organa (MOFS od engl. multiple organ failure syndrome).
Molekularne osobine najčešćih uzročnika sepse (virulentni čimbenici i adhezijske molekule) i
interakcija s imunološkim sustavom domaćina. PAMP (engl pathogen associated molecular
patterns) kao što su LPS, lipoteikoična kiselina, peptidoglikani i DNA klica i njhova uloga.
Molekulski mehanizmi prepoznavanja PAMP-ova i unutarnjih signala opasnosti u ošetećenju
tkiva (uloga TLR od engl toll like receptors, C-reaktivnog proteina i lektina kao molekula
koje prepoznaju PAMP).
Načela pobude nespecifične i specifične imunosti (uloga makrofaga, limfocita). Uloga
upalnih citokina (TNF-α, IL-1, IL-8) i protuupalnih citokina (IL-10, TGF-β). Prirođeni
nedostaci nespecifične imunosti (komplement, fagociti i prirodna protutijela) u nastanku
sepse. Molekulski mehanizmi kontrole upalnog odgovora u sepsi (uloga LBP, topljivog CD14
receptora, topljivog IL-1 i TNF-α receptora). Alelni polimorfizam gena za TNF-α i IFN-γ i
težina sepse.
Uloga mikrocirkulacije u patogenezi i patofiziologiji sepse: mehanizmi oštećenja i disfunkcije
endotela kao glavni mehanizam nastanka višeoorganskog zatajenja i šoka (uloga NO,
bradikinin, PAF). Sepsa i mehanizmi hemodinamskih promjena. Mehanizmi nastanka
diseminirane intravaskularne koagulacije (DIK).
Klinički pokazatelji SIRS, sepse i MOFS. Suvremeni terapijski postupci koji mogu djelovati
na obrazac imunosnog odgovora u sepsi.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
247
Stjecanje vještine izrade pokusa na in vitro vaskularnom modelu sepse (vježba).
Sposobnost izvođenja in vitro pokusa aktivacije limfocita T i određivanja citokina u nadtalogu
tako stimuliranih stanica (vježba). PCR za alelni polimorfizam gena za citokine i TLR.
Praćenje hemodinamske stabilnosti bolesnika na odjelu intenzivnog liječenja (mjerenje
centralnog venskog tlaka, količine tjelesne vode i određivanje laboratorijskih parametara u
navedenim stanjima, klinička demonstracija i vježba)
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 6
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe 5
Ukupno 30
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija i
internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene:
Obveze studenata: redovito pohađanje i priprema za nastavu,
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
Cytokines in Severe Sepsis & Septic Shock (Progress in Inflammation Research) Urednici: H. Redl G Schlag. Izdavać: Birkhauser 1. izdanje 2003
Sepsis and Multiple Organ Dysfunction: A Multidisciplinary Approach Urednici: E Deitch, JL Vincent, A. Windsor. Izadavać: WB Saunders 2002
Zeni F et al. Crit Care Med. 1997;25:1095-100.
Wheeler AP et al. N Engl J Med. 1999;340:207-14.
Esmon CT. Immunologist. 1998;6:84-9.
Vervloet MG et al. Semin Thromb Hemost. 1998;24:33-44.
Dopunska (preporučena) literatura:
Immunobiology Urednici: CA Janeway, P Travers, M Walport, M Shlomchik. Garlad
publishing V izdanje 2001
Patofiziologija Urednici: S Gamulin, M Marušić, Z Kovač V izdanje Medicinska naklada
Zagreb 2002
Imunologija Andreis I, Batinić D, Čulo F, Grčević D, Marušić M, Taradi M, Višnjić D.
Imunololgija 6.izdanje. Medicinska naklada-Zagreb, 2004.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.
248
Šifra predmeta: 2617
Naziv predmeta: OSNOVE NUTRIGENOMIKE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Ljubica Glavaš-Obrovac
Ustanova nositelja predmeta: Medicinski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: Prof.dr.sc. Ivan Karner, dr.med.
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
1. Upoznati studente kako na molekularnoj razini sastojci hrane utječu na zdravlje
čovjeka direktno ili indirektno mijenjajući ekspresiju gena, metaboličke putove i
homeostatsku kontrolu.
2. Upoznati studente sa značajem razumijevanja i određivanja polimorfizama u genima i
njihove povezanosti s osjetljivošću pojedinih genotipova na tip prehrane, a time i na
promjene u genima važnim u tumorigenezi.
Sadržaj predmeta:
Što je nutrigenomika i uloga mikronutritijenata i makronutritijenata u metabolizmu;
Transkripcijski faktori i na koji način mogu posredovati u interakcijama hrane i gena;
Imunološki odgovor organizma u bolesti; Signalni putovi i prijenos signala u tumorskim
oboljenjima i upalnim reakcijama; Prehrana i geni udruženi s nastankom tumora. Alati za
analizu genoma i njihova primjena u nutrigenomici; Osnove bioinformatike i kako učiniti
podatke korisnim biolozima; Polimorfizam u genima i osjetljivost genotipova na tip prehrane;
Molekularni biomarkeri; Funkcionalna hrana i prilagodba ishrane osjetljivom genotipu.;
Uloga nutraceutika u unapređenju zdravlja i mehanizam njihova djelovanja; Prednosti i upitni
učinci nutraceutika.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Nakon odslušanog kolegija student će:
- razumijeti osnove genetike, genomike i regulacije gena u odnosu na prehranu
- biti sposoban čitati i razumijeti literaturu u polju molekularne prehrane i nutrigenomike
- razumijeti molekularne aspekte i regulaciju metabolizma hrane
- biti sposoban izdvojiti relevantne podatke i informacije s interneta u svrhu istraživanja
učinaka prehrane na razvoj bolesti
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 5
Broj sati Predavanja 20
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 25
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu
Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
249
Napomene:
Obveze studenata:
Da bi uspješno savladao ciljeve ovog predmeta student treba redovito pohađati nastavu,
aktivno sudjelovati u «problem-solving» seminarima (e-learning), pratiti literaturu iz
područja, koristiti se genomskim bazama podataka, raspravljati s drugim studentima o
temama predavanja i pripremiti prezentaciju.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave Prezentacij
a
Praktičan rad
Obvezna literatura:
1. S.S. Gropper, J.L. Smith, J.L. Groff: Advanced Nutrition and Human Metabolism,
4th Ed, 2005.
2. J.M. Ordovas, D. Corella: Nutritional genomics. Ann. Rev. Genomics Human
Genetics. 2004;5:71-118.
3. Mathers, JC: The biological revolution – towards a mechanistic understanding of the
impact of diet on cancer risk. Mutation Research/Fundamental and Molecular
Mechanisms of Mutagenesis, 2004;551(1-2):43-49.
4. Davis CD, Milner J: Frontiers in nutrigenomics, proteomics, metabolomics and cancer
prevention. Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of
Mutagenesis. 2004;551(1-2):51-64.
Dopunska (preporučena) literatura:
3. T. Brody: Nutritional Biochemistry, 1st Ed, Academic Press, San Diego, USA, 1999.
4. M.H. Stipanuka: Biochemical and Physiological Aspects of Human Nutrition, 1st Ed,
W.B. Sanders, 2000.
5. German J:. Genetic dietetics: Nutrigenomics and the future of dietetics practice
Journal of the American Dietetic Association, 2005;105(4):530-531.
6. Štefanić M, Karner I, Glavaš-Obrovac Lj, Papić S, Vrdoljak D, Levak G, Krstonošić
B: Association of vitamin D receptor gene polymorphisms with susceptibility to
Graves' disease in eastern Croatian population. Croatian Medical Journal
2005;46(4):571-578.
7. Siân B, Astley AB, Elliott RM: The European Nutrigenomics Organisation: linking
genomics, nutrition and health research (NuGO). Trends in Food Science &
Technology, 2005;16(4)155-161.
8. Bingham S. & Riboli E: Diet and cancer – the European Prospective Investigation into
Cancer and Nutrition. Nat. Rev. Cancer 2004;4: 206-215
9. Glavaš-Obrovac Lj, Jakas A, Marczi S, Horvat Š: The influence of cell growth media
on the stability and antitumour activity of methionine enkephalin. Journal of Peptide
Science 2005;11(8):506-511.
10. Marczi S, Glavaš-Obrovac Lj, Karner I: Induction of apoptosis of human tumor cells
by 4,9-diazapyrenium derivative (FDAP) and its affects on topoisomerase II action.
Chemotherapy 2005;51(4):217-222.
11. Baus-Loncar M, Al-azzeh E, Romanska H, Lalani EN, Stamp GWH, Blin N,
250
Kayademir T (2004) Transcriptional control of TFF3 (intestinal trefoil factor) via
promoter binding sites for the nuclear factor kappaB and C/EBPbeta. Peptides.
2004;25(5):849-54.
12. Klapec T, Mandić M, Grgić J, Primorac Lj, Perl A, Krstanović V: Selenium in
selected foods grown or purchased in eastern Croatia. Food Chemistry. 2004;85:445-
452.
13. Kornman, KS, Martha, PM, Duff, GW: Genetic variations and inflammation:: a
practical nutrigenomics opportunity. Nutrition.2004;20(1)44-49.
14. Hu, R, Kong Ah-Ng T. Activation of MAP kinases, apoptosis and nutrigenomics of
gene expression elicited by dietary cancer-prevention compounds. Nutrition.
2004;20:83-88.
15. Azarschab P, Stembalska A, Baus Loncar M, Pfister M, Sasiadek MM, Blin N.
Epigenetic control of E-cadherin (CDH1) by CpG methylation in metastasising
laryngeal cancer. Oncol Rep. 2003;10(2): 501-3.
16. Loncar MB , Al-azzeh E, Sommer PSM, Marinovic M, Schmel K, Kruschewski M,
Blin N, Stohwasser R, Gött P, Kayademir T. Tumour necrosis factor alpha and nuclear
factor kappaB inhibit transcription of human TFF3 encoding a gastrointestinal healing
peptide. Gut. 2003;52(9):1297-303.
17. Glavaš-Obrovac Lj, Klapec T, Mandić ML, Karner I: Anticancer effect of selenium
compounds on human colonic carcinoma cells. Acta Alimentaria 2000;29:295-306.
18. Glavaš-Obrovac Lj, Steiner-Biočić I, Delaš I, Popović M: Medium-chain triacylglycerols
effect fatty acid modification in rat's kidney. Croatica Chemica Acta 1996;69:353-362.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Provjera razumijevanja dobivenih informacija, načina prezentacije i opsega usvojenog gradiva
korištenjem upitnika na kraju predavanja predmeta
Rasprave sa studentima i kolegama
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine voditeljstvo studija i zajedničko stručno
povjerenstvo ustanova nositelja studija
251
Šifra predmeta: 2619
Naziv predmeta: INHALACIJSKI ANESTETICI U ZNANSTVENIM
ISTRAŽIVANJIMA
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Slavica Kvolik, znanstveni savjetnik
Ustanova nositelja predmeta: Katedra za anesteziologiju, reanimatologiju i
intenzivno liječenje
Medicinski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja
Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji: Mr. Blaženka Dobrošević, dipl. ing
Dr. Ozana Katarina Tot, asistent
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar
Cilj predmeta:
Zadaća kolegija jest dati polaznicima znanja o mogućnostima istraživanja učinaka
inhalacijskih anestetika. Posebno će se obraditi načini primjene inhalacijskih anestetika za
anesteziju kod eksperimantalnih životinja, mjerenje koncentracije i ocjena anestezijskog
učinka. U eksperimentalnom dijelu predočiti će se mjerenja učinka inhalacijskih anestetika
etera, izoflurana ili sevoflurana kao dijela smjese anestezijskih plinova in vivo. Tijekom
seminara studenti će kritički analizirati publikaciju u kojoj se procjenjuje neanestezijski
učinak inhalacijskih anestetika, poput citotoksičnosti ili rasta malignih stanica.
Sadržaj predmeta:
Podjela inhalacijskih anestetika. Sustavi za doziranje inhalacijskih anestetika in vitro. Sustavi
za primjenu inhalacijskih anestetika in vivo i u medicini. Izvođenje inhalacijske anestezije kod
eksperimentalne životinje. Procjena dubine anestezije temeljem ocjene promjene ponašanja
eksperimentalne životinje; minimalna alveolarna koncentracija (MAK). Nuspojave
inhalacijskih anestetika. Ocjena citotoksičnog učinka in vitro i in vivo primjenjenog
inhalacijskog anestetika. Učinak inhalacijskih anestetika na stanični rast. Priprema i bojanje
stanica za protočnu citometriju nakon izlaganja inhalacijskim anesteticima. Tumačenje
rezultata učinka inhalacijskog anestetika, priprema podataka za statističku analizu. Primjena
inhalacijskih anestetika u istraživanjima neanestezijskih učinaka drugih lijekova i metoda.
Prezentacija rezultata.
Objavljene studije o učincima inhalacijskih anestetika. Seminarski rad: kritička analiza
publikacije iz područja primjene inhalacijskog anestetika.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
Studenti će se upoznati s metodama primjene i procjene učinka inhalacijskih anestetika in vivo
i in vitro. Tijekom izvođenja vježbi student će izvesti inhalacijsku anesteziju kod
eksperimentalne životinje (miš ili štakor) te procijeniti dubinu i nuspojave anestezije.
Student će kritički procijeniti publikaciju u kojoj se opisuje učinak inhalacijskog anestetika.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
252
Vježbe
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju
Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene: Vježbe u trajanju od 5 sati održati će se u laboratoriju Medicinskog fakulteta u
Osijeku i Kliničkog bolničkog centra u Osijeku.
Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama,
odraditi vježbe te samostalno izvesti jednu anesteziju i analizu jedne publikacije iz područja
uporabe inhalacijskih anestetika.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba
Način ocjenjivanja:
Pismeni ispit Usmeni ispit Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u
tijeku nastave Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
KVOLIK, S., GLAVAŠ-OBROVAC, LJ., BAREŠ, V., KARNER, I. 2005: Effects of inhalation
anesthetics halothane, sevoflurane and isoflurane on human cell lines. Life Sci., 77(19): 2369-
2383.
KVOLIK, S., DOBROSEVIC, B., MARCZI, S., PRLIC, L., GLAVAS-OBROVAC, L., 2009: Different
apoptosis ratios and gene expressions in two human cell lines after sevoflurane anaesthesia.
Acta Anaesthesiol. Scand., 53(9):1192-9.
JUKIĆ, M., HUSEDŽINOVIĆ I., KVOLIK, S., MAJERIĆ KOGLER, V., PERIĆ, M., ŽUNIĆ, J., 2011:
KLINIČKA ANESTEZIOLOGIJA, Chapter 5. Inhaled anesthetics; Medicinska naklada
Zagreb
Dopunska (preporučena) literatura:
KVOLIK, S. 2008: FARMAKOKINETIKA I FARMAKODINAMIKA LIJEKOVA. U: JUKIĆ, M., I SUR.
Intenzivna medicina. Medicinska naklada, Zagreb. 392-405.
PAVIĆ R, PAVIĆ ML, TVRDEIĆ A, TOT OK, 2011: HEFFER M. Rat sciatic nerve crush injury and
recovery tracked by plantar test and immunohistochemistry analysis. Coll Antropol. ;35 Suppl
1:93-100.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
na temelju uspjeha na ispitu i anketa polaznika.
253
Šifra predmeta: 2620
Naziv predmeta: MULTIREZISTENTNE BAKTERIJE - IZVORIŠTE,
EVOLUCIJA I METODE DETEKCIJE
OPĆI PODACI:
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biomedicina
Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Domagoj Drenjančević
Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište J. J. Strossmayera u Osijeku, Medicinski
fakultet Osijek
Suradnici – izvoditelji: nastavnici Katedre za mikrobiologiju i parazitologiju,
MF Osijek
Status predmeta: □ obvezni X izborni
Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina , II. semestar
Cilj predmeta:
Upoznati studente s najčešćim multirezistentnim bakterijama uzročnicima infekcija povezanih
sa zdravstvenom skrbi kao i vanbolničkim multirezistentnim patogenima, s njihovim
habitatima, načinima prijenosa, te postupcima za sprečavanje njihovog širenja. Specifični
ciljevi su usmjereni prema stjecanju znanja o prevenciji multirezistentnih patogena i
metodama detekcije te razumijevanje epidemiologije. Cilj je da student steknu razumijevanje
uloge zdravstvenih postupaka, skrbi i postupaka liječenja i dijagnostike poput invazivnih
zahvata i rizika nastanka bolničkih infekcija kao i uloge bolničke okoline u širenju bolničkih
infekcija.
Sadržaj predmeta:
Defincija, evolucija i izvorište multirezistentnih bakterija. Potrošnja antibiotika, selektivni
pritisak antibiotika i razvoj rezistencije. Mehanizmi rezistencije bakterija na antibiotike.
Rezervoari i širenje multirezistentnih bakterija. Primjena antibiotika u agrarnoj industiriji i
proizvodnji hrane. ESCAPE bakterije. Multirezistentne Gram pozitivne bakterije uzročnici
bolničkih infekcija: meticilin rezistentni Staphylococcus aureus (MRSA), rezistencija na
vankomicin kod S. aureusa – vankomicin umjereno osjetljivi S. aureus (VISA) i vankomicin
rezistentni S. aureus (VRSA), vankomicin rezistentni enterokoki VRE, rezistentni
Streptocccus pneumoniae. Multirezistentne Gram negativne bakterije: enterobakterije koje
produciraju beta-laktamaze proširenog spektra Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae,
anterobakterije koje produciraju karbapenemaze (CRE), multirezistentni nonfermentori
Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Stenotrophomonas maltophilia.
Rezistencija Gram negativnih bakterija na rezervne antibiotike – panrezistentne bakterije.
Laboratorijska detekcija multirezistentnih bakterija.
Razvoj rezistencije bakterija u vanbolničkoj sredini. Praćenje rezistencije bakterija na
antibiotike na razinama ustanove i države. Nacionalni program za kontrolu bakterija na
antibiotike. Interdisciplinarna sekcija za kontrolu rezistencije bakterija na antibiotike
(ISKRA). Rezistentne bakterije uzročnici izvanbolničkih infekcija: Streptococcus
pneumoniae, izvanbolnički meticilin rezistentni Staphylococcus aureus (CA-MRSA)
Salmonella, ESBL enterobakterije, Mycobacterium tuberculosis. Rezistencija bakterija na
antibiotike koji se propisuju vanbolničkoj populaciji – rezistencija streptokoka na makrolide.
Sprječavanje infekcija uzrokovanih s multirezistentnim bakterijama. Mjere prevencije i
nadzora nad infekcijama uzrokovanih rezistentnim bakterijama.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija
254
Student će steći znanja o patogenezi i detekciji multirezistentnih bakterija, njihvom izvorištu,
i evoluciji. Biti će osposobljen samostalno prepoznati i definirati najučestalije multirezistentne
bakterije MRSA,VRE, ESBL bakterije I nonfermentore. Također će steći znanja o načinima
sprečavanja bolničkih infekcija. Studenti će steći znanja o dijagnostici infekcija uzrokovanih
multirezistentnim bakterijama, prevenciji i nadzoru nad širenjem bakterijske rezistencije.
Studenti će proširiti postojeća znanja o laboratorijskim metodama detekcije multirezistentnih
bakterija i njihovoj primjeni u biomedicinskim istraživanjima u području mikrobiologije i
infektivnih bolesti.
Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta
ECTS bodovi 4
Broj sati Predavanja 15
Seminari 5
Vježbe
Ukupno 20
NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA
Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci
Multimedija
i internet
Obrazovanje na
daljinu Konzultacije Rad u
laboratoriju Mentorski
rad
Terenska
nastava
Napomene: /
Obveze studenata:
Pohađanje nastave i aktivno sudjelovanje na seminarima.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Pohađanje nastave Aktivnosti u
nastavi
Obvezan seminarski
rad
Vježba ili case
study
Način ocjenjivanja: seminarski rad i pismeni ispit koji sastavljaju svi predavači zajedno
Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz
slučaja
Analiza objavljene
publikacije
Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku
nastave
Prezentacija Praktičan rad
Obvezna literatura:
12. Bacterial Resistance to Antimicrobials, 2nd edition. Lewis K, Salyers AA, Taber HW
Richard GW, editors. CRC Press, Taylor and Francis Group, Boca Raton: 2008.
13. Nikaido H. Multidrug resistance in bacteria. Annu Rev Biochem 2009;78:119-46.
14. Aminov RI, Mackie RI. Evolution and ecology of antibiotic resistance genes. FEMS
Microbiol Lett 2007;271:147-61.
15. Magiorakos AP1, Srinivasan A, Carey RB, Carmeli Y, Falagas ME, Giske CG et al.
Multidrug-resistant, extensively drug-resistant and pandrug-resistant bacteria: an
international expert proposal for interim standard definitions for acquired resistance.
Clin Microbiol Infect 2012;18:268-81.
16. Boucher HW, Talbot GH, Bradley JS, Edwards JE, Gilbert D et al. Bad bugs, no
drugs: no ESKAPE! An update from the Infectious Diseases Society of America. Clin
Infect Dis 2009;48:1-12.
Dopunska (preporučena) literatura:
7. Singh A, Goering RV, Simjee S, Foley SL, Zervos MJ. Application of molecular
techniques to the study of hospital infection. Clin Microbiol Rev. 2006;19:512-30.
8. Antibiotic Resistance, Methods and Protocols. Stephen H. Gillespie, editor. Series:
Methods in Molecular Biology, Vol. 48. Humana Press; New Jersey: 2001.
255
9. Mayhall G. (urednik): Hospital Epidemiology and Infection Control, 3. izdanje;
Lippincott Williams&Wilkins, Philadelphia, 2004.
10. Management of Multiple Drug-Resistant Infections. Gillespie, SH editror. Humana
Press: New Jersey, 2004.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta
Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku, a voditelji će putem ankete
od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspješnosti od strane voditeljstva.
top related