Polimorfismo de comprimento de fragmentos amplificados (AFLP)

Combina: especificidade da digesto com enzimas de restrio com a velocidade e praticidade de deteco dos polimorfismos via PCR. Os marcadores de AFLP so dominantes, ou seja, no apresentam a distino entre homozigotos e heterozigotos.

Como surgem os polimorfismos de fragmentos de AFLP? mutaes de ponto inverses e delees inseres Como so detectados? Perda ou ganho de um stio de restrio Alterao das sequncias reconhecidas pelos primers arbitrrios.

A base gentica da deteco de marcadores moleculares AFLP consiste em 4 etapas: 1) Clivagem com enzimas de restrio EcoRI - corte raro (6 a 8 pares de bases) GAATTC CTTAAG MseI - corte frequente (4 pares de bases) TTAA AATT

Resultado dessas clivagens so gerados 3 classes de fragmentos: fragmentos grandes - enzima de corte raro; fragmentos pequenos - enzima de corte frequente; fragmentos de tamanhos intermedirios combinao das duas enzimas.

2) Ligao de adaptadores especficos Adaptadores com terminais complementares as extremidades resultantes da clivagem pela enzima de restrio. 3) Seleo de amplificados fragmentos a serem

Ocorre em 2 etapas:

Pr seletivo Primers utilizados contm apenas um nucleotdeo arbitrrio adicional Seletivo Primers utilizados possui outros nucleotdeos arbitrrios adicionais 2

Como os dados analisados?

so

visualizados

e

Os fragmentos so separados em um gel de poliacrilaminada e visualizados aps colorao com nitrato de prata e fotografados. Bandas em comum entre gentipos representam similaridades genticas, enquanto que bandas no comuns representam diferenas gentica.

combinao de primers EcoRI CAG e MseI CAT

Vantagens dos marcadores de AFLP Grande nmero de fragmentos gerados e resolvidos em um nico gel; Grande poder de variabilidade gentica; deteco de

Maior robustez quando comparado ao RAPD.

Limitaes do AFLP Baixo contedo de informao gentica por loco; Um grande nmero de etapas, grande quantidade de reagentes e equipamentos; O DNA deve ser altamente puro.