相同性検索 　既知の塩基orタンパク質配列から、自分のサンプルの配

列(Query)とよく似たものを探し、比較する。  

プログラム    解析の用途に合わせて以下のプログラムのいずれかを使う。    Web上で利用可能。  

Blastn�(nucleotide blast) 目的の塩基配列を塩基配列データベースと比較。 �

blastx 目的の塩基配列を表裏6通りの読み枠で翻訳し、アミノ酸配列データベースと 比較。 �

tblastx 目的の塩基配列を6通りの読み枠で翻訳し、翻訳された塩基配列データベースと比較。 �

Blastp (protein blast) 目的のアミノ酸配列をアミノ酸配列データベースと 比較。 �

tblastn 目的のアミノ酸配列に対して、塩基配列データベースを表裏6通りの読み枠で翻訳し比較。 �

①　  h#p://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

Blastn  (nucleo8de  blast)の使い方  

②　nucleo8de  blastをクリック

③　配列データをペーストする  

④　Databese→Othersとする

⑤　Run  Start！

トップヒットのバーをクリック

Bacillus  megaterium  の16s  rRNA遺伝子

Query：入力配列  Sbjct：データベース登録配列  Iden88es：同一性  Expect：偶然この配列となる確率

・進化的に共通祖先を持つ配列が複数あれば、それらのマルチプルアライメントを作成できる。マルチプルアライメントの結果を用いて系統樹を作成することができる。

マルチプルアライメント、系統樹の作成

用いるデータを精査して行う

ClastalW：インターネットを通じて利用可能

共通祖先の配列群

正しい系統樹

誤った系統樹

・  h-p://align.genome.jp/  ・h-p://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-­‐j.html  

           etc・・

①　h-p://align.genome.jp/

①  CLUSTALを選択  

②配列の種類

④スタート！

③配列のペースト  

＞配列１  ATGCGTAGTTAGGT・・・  ・・・・  

＞配列２  ATGCCTAGTTAGGT・・・  ・・・・  

結果

結果２

系統樹の種類を選択

結果３