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CNRCampylobacter spp et bactéries
apparentées isolés chez l’homme en France
2003-2010
Francis Mégraud & Philippe LehoursUniversité de Bordeaux et Hôpital Pellegrin,
Bordeaux
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Campylobacter jejuni
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Surveillance des infections à Campylobacters en France
- 1986-2001 : réseau de surveillance basé sur des laboratoires hospitaliers
- 2002 : 2 réseauxextension du réseau de laboratoires
hospitaliers (50)
organisation d’un réseau de laboratoires privés (300)
- 2013: début de saisie directe par certains gros laboratoires
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0
1000
2000
3000
4000
5000
2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
2200 2127 2047
26763058
3472
40194316
Années
Nbre de souches
Evolution du nombre de souches
reçues (2003-2010)
Nombre total de souches identifiées : 22 245
(1 733 souches additionelles reçues n’on pas donné de subculture)
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Distribution des espèces de Campylobacters & bactéries apparentées identifiées au CNR selon l’origine du prélèvement (2003-2010)
Espèces Selles Hémoculture Autres plvts Total (%)
C. jejuni 17291 202 82 17575 (79,3)C. coli 3322 38 22 3382 (15,2)C. fetus 235 544 94 873 (3,9)C. lari 77 16 2 95 (0,4)C. upsaliensis 25 2 27 (0,1)C. jejuni ssp doylei 3 3 C. sputorum 1 1A. butzleri 164 3 3 170 (0,8)A. cryaerophila 13 13 H. pullorum 14 14 H. canadensis 11 1 12
Total 21 155 (95,4%) 807 (3,6%) 203 (0,9 %) 22 165
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C. jejuni C. coli C. fetus C. lari A. bu tzleri(56) (16) (62) (1) (2)
Biopsies intestinales 42 15 1Bile 3Liquide articulaire 2 32*Liquide pleural 4Liquide d ’ascite 2 4Liquide de dialyse péritonéal 1 1 3 2LCR 3Urine 2Placenta 1 1Anévrysme 4Pus d ’ostéite 2Prothèse d ’aorte 2Autres** 3 7
*inclus 5 sur prothèses (hanche)** C. jejuni : utérus, hématome tibial, méconium
C. fetus : sonde intracardiaque, hématome rétropéritonéal, c alcul abdominal, chambre implantable, abcès du rein , drain, abcès de jambe
Distribution des espèces de Campylobacters & bactéries apparentées identifiées au CNR
selon l’origine du prélèvement autre que selles et hémocultures (2006-2010)
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Distribution selon le sexe
(2003-2010)
Total No %
Homme 12,087 54.6
Femme 10,016 45.3
Inconnu 142
Sex ratio : 1,2
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0
1000
2000
3000
4000
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0-9 10-19 20-29 30-39 40-49 50-59 60-69 70-79 80-89 90-99 >100
6733
26763054
1848
1372 15481382
1594
960
Age (années)
163 6
Nbre de souches
Autres
C. jejuni
C. coli
Distribution selon l’âge
(2003-2010)
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0
500
1000
1500
2000
2500
3000
J F M A M J J A S O N D
Autres
C. jejuni
C. coli
Mois
Nbre de souches
Distribution selon le mois del’année (2003-2010)
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Contexte de cas groupés (2003-2010)
Total No. %
Cas isolés 11 226 96,2Cas groupés 438 Famille 334 3,7
Collectivité 50Inconnu 54
Inconnu 10 581
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Contexte de voyage à l’étranger (2003-2010)
Total No. %
Voyage 810 14,2
Pas de voyage 4 906 85,8
Inconnu 16 259
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Exemples de pays où le voyage a eu lieu,
568 cas (2006-2010)
Afrique = 315 (55,4%) Amérique = 52 (9,4%)
Maroc 114 Haïti 15Tunisie 31 Antilles françaises 8Sénégal 21 Rep. Dominicaine 6Burkina Faso 19 Canada 4Algérie 14 Etats Unis 4Madagascar 14 Autres 15Autres 102
Asie = 118 (20.7%) Europe = 77 (13.5%) Océanie = 6 (1 %)
Inde 42 Espagne 25Turquie 11 Portugal 13Cambodge 6 Italie 8Indonésie 6 Grèce 6Népal 6 Royaume Uni 6Autres 47 Autres 19
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Comparaison des facteurs de risque
pour les infections à C. jejuni & C. coliAnalyse multivariée
C. jejuni est associé à:• survenue durant l’été (Mai-Septembre)
C. coli est associé à:• survenue à un âge plus élevé• existence d’un voyage à l’étranger
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Comparaison des facteurs de risque
des infections à C. fetus à ceux des infections à Campylobacters thermotolérants
Analyse multivariée
C. fetus est associé à:
• survenue à un âge plus élevé• échantillons autres que les selles• hospitalisation
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Surveillance de la résistance des Campylobacters aux antibiotiques
- Tous les isolats sont testés par antibiogramme
- Une PCR en temps réel pour identifier les mutations associées à la résistance aux macrolides peut être employée
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0
20
40
60
80
100
86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10
% Résistant C. jejuni
C. coli
50,8 53,746,6
51,5 54,2
65,2
44,450,4
34,8
26 2723
29,922,7
p<0.001
Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à l’amoxicilline
(1986-2010)
années
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86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10
% Résistant C. jejuni
C. coli
0,89,9
1,1
12,2
1,7
18
2,511
0,9
10
1
10
0,5
13,9
Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à l’érythromycine
(1986-2010)
années
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20
40
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80
100
86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10
% Résistant C. jejuni
C. coli
8 11,3 1117,1 18
31,9
15
3325,7
50,4
32
4435,5
69,6
p<0.001
Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à la doxycycline
(1986-2010)
années
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0
20
40
60
80
100
86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10
% Résistant C. jejuni
C. coli
4,9 68,9 8,5
17
41,5
26,3
44,6
28,9
44,538
53 47
74,3
p<0.001
Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à l’acide nalidixique
(1986-2010)
années
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Conclusions
- Augmentation apparente de l’isolement des Campylobacters en France
- Augmentation constante de la résistance aux fluoroquinolones
- C. jejuni et C. coli ont des caractéristiques épidémiologogiques différentes
- Importance des maladies systémiques en particulier de la morbidité et la mortalité due à C. fetus
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Observation d’une fréquence élevée de C. coli multirésistants
C. coli résistants: AmpicillineCiprofloxacineTétracyclineErythromycine
7,3
11,1
8,4
6,1
760 706 703 613N testés:
%
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Origine géographique des C. coli multirésistants
Question : Est-ce une épidémie qui serait liée à u ne contamination permanente dans un abattoir ou élevage?
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Typage MLST au LNR des C. coli multirésistants (K. Rivoal)
11 souches d’origine porcine9 souches d’origine aviaire
prélevées à l’abattoir de matières fécales d’animau x provenant de différents types d’élevage et de diffé rentes régions
Toutes du complexe clonal (CC) 828 mais « séquence t ypes » (ST) différents:
Porc 10 ST (2 ST 1068)Volaille 5 ST (3 ST 872)
Pas de différence avec les C. coli non résistants eux aussi du CC828 mais de différents ST
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Typage MLST au CNR des C. coli multirésistants (L. Bénéjat)
17 souches C. coli multi R typées par MLST
Toutes du complexe clonal 828 représentant 3 « séquence types »
NST 825 1 ST 6689 4ST 872 6
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1 2 5 9 13 17
MADD
Comparaison des 6 C. coli ST-872
1290
1 2 5 9 13 17
2 5 9 13 17
HLWL74
Sans
souche 1
HLWL85
Sans
souche 1
2 5 9 13 17
6 profils différents
Souches 1 et 13 différentesSouche 9 différente Souches 5 et 13 identiques
Souches 2, 9 et 13 identiques
1 = 2012/136
2= 2012/319
5 = 2012/468
9 = 2012/1059
13 = 20122309
17 = 2012/2689
Différenciation du ST872 par RAPD
Conclusion: il ne s’agit pas d’une épidémie
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