climcor cyber-carotheque-v1 resomar-2014

CLIMCOR: paleoCLIMatic CORing: High Resolution and Innovations Carottage paléoclimatique: Haute Résolution et Innovations

http://climcor-equipex.dt.insu.cnrs.fr 1

ANR-11-EQPX-0009-CLIMCOR Dir. Denis-Didier Rousseau ([email protected]), Dir. Adj. Michel Calzas

([email protected])

Portail national des carottages Français

« Cyber-carothèque nationale »

Quels enjeux pour la gestion conservatoire

des carottes sédimentaires et de leurs méta-données ?

(maquette démonstrative)

****

Présenté par,

Cécile Pignol , Coordinateur du projet (IE - Laboratoire EDYTEM – C2FN)

Fabien ARNAUD (EDYTEM), Arnaud CAILLO, Xavier CROSTA (EPOC)

Elodie GODINHO (DT INSU)

Loic PETIT DE LA VILLEON, Vanessa TOSELLO (IFREMER)

Eva Moreno (MNHN)

****

Colloque RESOMAR, Bordeaux, 24-26 Novembre 2014

Direction Denis-Didier Rousseau – Dir-Adj : Michel Calzas - ANR-11-EQPX-0009-CLIMCOR

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=> INITIATIVE TRANSVERSALE AUX 3 WP CLIMCOR

« PORTAIL NATIONAL DES CAROTTAGES SCIENTIFIQUES » CAROTTAGES MARINS, CÔTIERS, LACUSTRES, FLUVIAUX, TERRESTRES

ADOSSEE AU C2FN Centre national de forage national

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Dans quel contexte s’inscrit ce projet de Cyber-carothèque ?

Volet «Cyber-carothèque nationale»

CONTEXTE NATIONAL Retard dans la gestion des prélèvements et échantillons en France

Concept de la gestion conservatoire (curation) carottes sédimentaires peut abordé en France

CONTEXTE DE LA MONTÉE EN PUISSANCE DE L’OPEN-DATA EN RECHERCHE

Incitation à valoriser & pérenniser les (méta)-données de la recherche H2020

CONTEXTE DE MOBILISATION INTERNATIONALE CROISSANTE

Projet E-infrastructures innovantes, … au EU et UE BELMONT-FORUM « E-Infrastructures & data management »

DESC / EARTHCUBE «Community-led cyberinfrastructure to promote data sharing for Geosciences» SEADATANET «Cyberinfrastructure of data … of the seas and oceans »

Portails internationaux de diffusion de métadonnées NOAA/IMLGS - ICDP

Diffusion de « bonnes pratiques » de procédures de curating Consortium International des curateurs (16ème meeting, avr 2015, Texas), LaCORE

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Pourquoi est-ce le bon moment traiter de cette question ?


SCIENTIFIQUE Accroissement de la mutualisation des prélèvements, des plateformes (demande des chercheurs & des financeurs)

Besoin d’accompagnement labos français, mise en œuvre d’actions de curation

INSTITUTIONNEL Cadre règlementaire français (Directive INSPIRE) obligatoire 2017

Cadre incitatif (H2020) pour le Libre Accès aux données de la recherche Open Research Data, en préconisant la définition préalable de Plan Management Données

TECHNIQUES Moyens technologiques (BDr, interopérabilité, webservice, Persitant ID)

OPERATIONEL Nouveaux investissements - Moyens de forages (Equipex Climcor) - Saturation, agrandis. / modernisation ou transfert de carothèques physiques (EPOC, IFREMER, EDYTEM, CHRONO-ENVIRON.)

OUVRE DE NOUVELLES PERSPECTIVES ET APPROCHES

DMP 6 concepts fondamentaux qui déterminent l’ organisation - de la collecte - du traitement - de l’analyse - de La Conservation - de L’ accès / Diffusion - de la réutilisation




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DONNÉES EN RECHERCHE

=> Plus on descend vers la base de la pyramide, plus il est difficile d'établir un lien entre les articles, les données sous-jacentes

Données publiées dans les articles scientifiques

représentent seulement la « partie émergée de

l'iceberg » du BIG DATA

Rôle du scientifique : Dataset associées aux publis

=> WDC : PANGAEA – NOAA


et les prélèvements

VIS

IBIL

ITE




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POURQUOI IL NE FAUT NEGLIGER CE PROJET ?

PRELEVEMENTS – ECHANTILLONS (BD Cyber-carothèque)

Rôle du scientifique : Dataset associées aux publis => WDC : PANGAEA – NOAA

PLA

N M

AN

AG

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TA

(D

MP

) – H

20

20

Données publiées dans les articles scientifiques

représentent seulement la « partie émergée de

l'iceberg » du BIG DATA


La curation des ech. = un des SOCLES d’un futur DMP en PALEOSCIENCES ?

VIS

IBIL

ITE




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COMMENT ABORDER LA GESTION CONSERVATOIRE (CURATION) DES CAROTTES SÉDIMENTAIRES ?


PRELEVEMENTS Rapport Mission carottage

DONNEES METADONNEES

EN N’OMETTANT AUCUN DES 3 FLUX RELIANT

LES 3 POLES COMPOSANT LA CURATION

(CAROTTES SEDIMENTAIRES)

EN STRUCTURANT LES 3 POLES

COMPOSANT LA CURATION (CAROTTES SEDIMENTAIRES)




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1. De portails internationaux existants IMLGS (NOAA) « Index to marine and lacustrine Geological Samples» ICDP / GESEP « Virtual core repository » IODP – D.I.S «Syst. d’information des données de carottages »

EXPERIENCES & PROJETS INTERNATIONAUX

2. Identifiants pérennes internationaux opérationnels (Persitant ID) - PID des publications ou jeux de données DOI, ARK - Le système international de référencement des échantillons DESC/SESAR-IGSN (International GeoSample Number) - PID des chercheurs ORCIDRESEARCH ID - PID institutions ISNI

IGSN : EDY-LDB14P1


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Des projets historiques…. Carothèque nat. physique (anciens projets CALIFF, JURA)

Depuis quelques années

=> proto- cartothèques virtuelles

CONTEXTE NATIONAL : Identification des labos gérant des carothèques

Initiatives de BDr locales,

inégales et toujours non-coordonnées

-MNHN – BG GEOCORES (v2) -EPOC – BD GEOSCIENCES (v2) -IFREMER – BD BGMB (v2) -LGGE – BD EPICA (v2) -EDYTEM – BDD EDYTEM (v1)

… ailleurs, des listes xls, +/- à jour


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Nice




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LES BESOINS IDENTIFIES

A quelles questions le système d’information devrait répondre ?

Niv 1 : (niveau d’information d’INSPIRE)

- Historique de la prise de la carotte (mission) : qui, pour qui (PI), ou, comment

(Logistique, techniques), pourquoi (objectifs scientifiques) => RAPPORT MISSION Carottage

- Où se trouve l’objet physique ? => GESTION DE STOCKS

Niv2 :

- Puis-je échantillonner (reste-t-il du sédiment …), qui contacter ?

- Suivi analytique : Qu’est-ce qui a déjà été fait sur ce prélèvement : Quels types de données

existe-t-il ? (acquisition routines, analyses spécifiques)

Niv3 :

- Niveau de la donnée existante (brute, nettoyée )

et la qualité de la données (Protocoles, paramètres …) ?

- Comment retrouver les données à long terme (accès, partage, embargo, …),

- Comment la ré-utiliser (Charte d’utilisation, Licences d’utilisation) ?


Concept du « LIMS »

Laboratory Information management system

=> ENTREPOTS DATA

=> LIMS




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LES BESOINS IDENTIFIES

A quelles questions le système d’information devrait répondre ?

Niv 1 : (niveau d’information d’INSPIRE)

- Historique de la prise de la carotte (mission) : qui, pour qui (PI), ou, comment

(Logistique, techniques), pourquoi (objectifs scientifiques) => RAPPORT MISSION Carottage

- Où se trouve l’objet physique ? => GESTION DE STOCKS

Niv2 :

- Puis-je échantillonner (reste-t-il du sédiment …), qui contacter ?

- Suivi analytique : Qu’est-ce qui a déjà été fait sur ce prélèvement : Quels types de données

existe-t-il ? (acquisition routines, analyses spécifiques)

Niv3 :

- Niveau de la donnée existante (brute, nettoyée ) et la qualité de la données (Protocoles,

paramètres …) ?

- Comment retrouver les données à long terme (accès, partage, embargo, …),

- Comment la ré-utiliser (Charte d’utilisation, Licences d’utilisation) ?


=> ENTREPOTS DATA

=> LIMS

Concept du « LIMS »

Laboratory Information management system

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ETAT ACTUEL : saturation (17km carottes) Dép. Géosciences Marines et Environ. Littoral Tech. ou chercheurs gèrent archivage (+/- libre-service) BGMN BGMB v1

PROJET: stockage pour 20/30ans IFREMER+SHOM

lancement de la construction en Janv. 2015

- lithothèque roches (20°C) = 700 m2

- carothèque (4°C)=450m2 76.000étuisx1m= 38km

€ : 50% Région Bretagne + 10% SHOM + 40% IFREMER

PROJET GESTION / CURATION Inventaire précis pour le futur déménagement

Accès contrôlé (Poste avec profil « curateur »)

Outils numérique 2014-2015 :

- Particip. «Portail commun Cyber-carothèque»

- Develop. Logiciels embarqués Casino+ & Sealog

(méta(données) depuis la campagne à la mer)

- Restructration BD BGMB v2

Banque de Géologie Marine Nationale

BD BGMB BD BGMN (2000)

(ex Base BRGM)

BD BGMB v1 (2006)

- Métadonnées carottes + roches

(prélèv. + échantillons)

- Montée en base des fichiers d’analyses (DATA)

(chimiques, granulo, stratigraph. litholog.)

CAROTHEQUES PHYSIQUES (nouveaux projets)

BD BGMB v2 (2014) - Interface consultation & visualisation

- Interface saisie des mises à jour (LIMS)

- Gestion de stocks

- Diffusion : Dévelop. service web (2015)




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ETAT ACTUEL : saturation (8km carottes) « Plateforme d'analyses automatisées carottes»

1 IE + 2 TECH. (tps partiel.)

+/- libre-service (gestion tech. ou chercheur)

BD GEOSCIENCES (portail, métadonnées, suivi )

PROJET de nouvelle carothèque :

Construction en cours => fin2015 - Carothèque (4°C)=100m2 + échantillon sec = 200m²

11.000 étuis x 1,5m= 16km - € : Plan Campus Université de Bordeaux

GESTION / CURATION Inventaire précis pour le futur déménagement Accès contrôlé via ITA de la Plateforme

Outils numérique (OASU + CLIMCOR/C2FN)

2014 : « Cyber-carothèque nationale » (nb : Cyber-Caroth. DEMO sur architecture «BD GEOSCIENCES » )

2015? Outils de gestion plus fin (C2FN, OASU ?)

BD GEOSCIENCES

-Organiser, centraliser et pérenniser

les DONNEES paléoclimat (MySQL)

-Géolocalisation carottes (ArcGIS)

> BD Carothèque Géosciences (Carottes)

(PaléoClimat v2) 2013: - Portail géoloc. des carottes (GoogleMaps API)

- Organiser, centraliser et pérenniser les métadonnées

- Accès à les fichiers de données (personnels UMR)

- Fichier de traçabilité analytique sur une carotte

-Proto Gestion stock (localisation dans les caves)

CAROTHEQUES PHYSIQUES (nouveaux projets)

> BD PaléoClimat v0,v1 (DATA)




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En Paléosciences intra-labo, inter-labo, inter-instituts ou inter-organismes -Faible informations des prélèvements (à la source) -Difficulté gestion des stocks d’échantillons -Difficulté de suivi des actions analytiques et de synthèse -Faible gestion des données (plateformes et/ou projets)

-Pas de partage d’informations (métadonnées)

Question des prélèvements et échantillons (CURATION) N’a JAMAIS été TRAITÉE dans sa GLOBALITÉ parce qu'elle NE PEUT PAS ETRE TRAITEE à l’échelon d’un seul laboratoire

CAROTTES MUTUALISEES + ACTIONS MULTI-PARTENAIRES


SYNTHESE DES CONSTATS en France A quel grain faudrait-il traiter cette question ?

= RUPTURES FLUX D’INFORMATION

DANS LES WORK & DATAFLOW

LE WORK & DATAFLOW est GLOBAL & NATIONAL




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La Cyber-carothèque Nationale =

Projet inter-organismes ?

via des procédures de curation et un outil adapté

CO-PILOTAGE Coordination de projet Cécile PIGNOL- Resp. plateau tech. sédimentologie , Géomaticienne EDYTEM – Université de Savoie Mont-Blanc Chefs projet Informatique Arnaud CAILLO- Resp. Sys. Informations – OASU – EPOC Karim BERNARDET- Resp. Sys Informations –DT INSU (soutien C2FN)

EQUIPE PROJET « Curation » créée en mars 2014

COORDINATION SCIENTIFIQUE MARIN Xavier CROSTA - CNRS INSU Participation - Bernard DENNIELOU, Gilbert MAUDUIRE - IFREMER - Eva MORENO (Muséum / Collection ) - MNHN GLACE Jérôme CHAPPELLAZ - CNRS INSU (+ Curateur LGGE, G TESTE) CONTINENT Fabien ARNAUD - CNRS INEE + Co-Pil « WP Climcor-Continent »

Développement Informatique Elodie GODINHO- Dev. Informatique, DT INSU Arnaud CAILLO- Dev. Informatique - OASU – EPOC Extraction inventaire BD existantes Lola Johannes (MNHN) - Vanessa TOSELLO (SISMER – IFREMER), C PIGNOL (EDYTEM)

Direction Denis-Didier Rousseau – Dir-Adj : Michel Calzas


COMMENT organiser le circuit de collecte & diffusion des métadonnées ?

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H

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Portail national Inter-organismes CNRS – IFREMER – MNHN – INRA

La cyber-carothèque nationale

Une BD modulaire en plusieurs phases

PHASE 3 : Système de gestion d’info. de laboratoire (LIMS)

Métadonnées d’analyse (quels échantillons, quelles analyses,

dispo. du matériel etc.)

PHASE 2 : Rapport de mission «carottage» en ligne

Métadonnées de sondage (détails des opérations, localisation, noms

des carottes etc.)

Outils à développer

PHASE 1 INVENTAIRES (LEGACY)

LABOS LABOS LABOS


Outil important à développer qu’attendent les labos

GESTION STOCK Inter-labo

AV

EN

IR




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http://www.climcor-cyber.fr/cores/

/28

PHASE 1 2014 : Maquette du PORTAIL NATIONAL COMMUN en cours depuis mai 2014

1- GESTION DU LEGACY : Récolte/import des inventaires

- recommandée si BD existante dans un labo, - appuis sur le réseau Zones Ateliers INEE «Projet Inter-ZA Archives Sed.»2014

- sinon, du cas par cas

2- CONSULTATION des metadonnées via la maquette Cyber-carothèque (livr. Nov2015)

- Consultation des missions, points de carottage, sections, analyses

- Requête simples sur métadonnées

1er Trim2015 : Validation de la démarche INTER-ORGANISMES

(CNRS – MNHN – IFREMER – IPEV – INRA – IRD)

Carotte (Métadonnées mini) Nom mission

Nom carotte

Chef de mission

Site - Lac

Année

Nb sections

LATITUDE

LONGITUDE

Profondeur bathy

Longueur totale

Localisation_archive

Localisation_travail Pi 1 – PI 2

…/…








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Qualité - Vérification de la qualité des inventaires existants - Aider les laboratoires à mettre en œuvre leur inventaire => protocole (ex : prochainement assistance à ISEM Montpellier M-P LEDRU)

PHASE 1 : LIMITES ACTUELLES (-> Consolidation 2015)


Homogénéisation des vocabulaires Thésaurus un travail collectif d’harmonistation Engins de forage (en cours), Campagne ou Mission, Analyses, …

COMMENT ? Réunir les communautés en groupe de travail

Com. Continent = support Co-Pil Climcor, Com. Marines => ?

Table ronde ? Journées Paléocéano, Brest au printemps , Fev2014 Proposer Atelier / Session « Open-data », ASF 2015 (Nov.) à Chambéry

Mise en œuvre des ID existants SESAR, ORCID, ISNI




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PHASE 2 : OBJECTIF 2015

1- Dévelop. des modules «Rapport de mission carottage»

TRACABILITE histoire du prélèvement :

- Applications synchronisables, type « carnet terrain électronique »

- Archivage métadonnées de carottage & données brutes (Photos, données in-situ,….) - Intérop. INSPIRE, Publication annuelle des RM (DOI) à minima pour missions C2FN - Codification syst. des carottes SESAR–IGSN + Localisation du répository d’accueil - Visibilité internationale

CONTINENT MARIN GLACE

RM sur le modèle actuel EDYTEM

=> 2015

UMS FLOTTES IPEV / IFREMER ?

En cours

LGGE LSCE-CEREGE

A préciser !

AV

AN

TAG

ES


DT INSU

RAPPORT MISSION

CAROTTAGE

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MARIN « Rapport de campagne » (UMS FLOTTE / IFREMER)

Rapport de « mission de carottage » (Métadonnées)

MARION-DUF. IPEV

FLOTTE IFREMER

FLOTTE INSU

MAIS la démarche reste inhérente à :

- VALIDATION DEMARCHE PORTAIL COMMUN INTER-ORGANISMES - REUNION DES ACTEURS OPERATIONNELS

X

METHODE CAPTATION

METADONEES

En cours à l’IPEV (DT INSU-IPEV)

En cours de dev. Suite logiciel IFREMER

PHASE 2 (2015) Rapport de mission en ligne (info à la source)

Versement des métadonnées récoltées dans portail commun Cyber-carothèque

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Un exemple d’un workflow opérationnel en 2015 => Rapport mission OPERATIONS (Futur flux de données FLOTTE IFREMER)

- Récupère les évènements de CASINO+

-Permet de gérer les opérations et les

échantillons

CASINO+ (cahier de quart

électronique)

SEALOG (ex Alamer)

BDD à terre - BGMB v1 - Autres …

Connecté aux capteurs du navire

Permet d’enregistrer, dater et géoréférencer

automatiquement les évènements d’une campagne

Cyber-carothèque nationale




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PHASE 2 & 3 : Nouveaux objectifs 2015 ?

1-PHASE 2 : Développement des modules «Rapports de mission carottage»

Cyber-carothèque

2-PHASE 2 : Développement d’un module «Gestion de stocks» national » CONSOLIDATION des inventaires EN COURS => outil de mise à jour des FLUX de carottes

PREPARATION des MODALITES DE GESTION DE NOUVELLES carothèques (EPOC) … et des autres ?

INTERACTION MÉTHODOLOGIQUE ENTRE EPOC&OASU – IFREMER – MNHN – C2FN ?

3-PHASE 3 : Préparation du PROJET NATIONNAL «E-Infrastructure …» ?

Dépôt en Octobre 2015

Quelles interactions avec les autres réflexions initiées en 2014 ? Prospective INSU 2014, « Réflexion sur les carothèques marines et la gestion des prélèvements » Frank BASSINOT, Jean-Pierre VALET

Pôle thématiques / Pole de donnée « Terre Solide » Macia MAIA, Chargée de mission INSU Géosc. marines « Démarche concernant l’inventaire des données d’échantillons géologiques et échantillons de roches marines»

Belmont-Forum "E-Infrastructures and Data Management Collaborative Research Action » Jean-Pierre Vilotte, IPGP (SC Co-Lead, Steering Committee)

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Les carothèques sont pleines, les communautés sont au pied du mur, mais elles semblent mures !

Aidons-les à se mobiliser pour l’avenir !




([email protected])


Maquette développée et hébergée par EPOC OASU 2014 => Transfert pour pérennisation au C2FN via DT INSU (2015)

2.878 carottes issues de 299 missions http://www.climcor-cyber.fr/cores/









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Une architecture semi-distribuée : Interopérabilité

IHM Usage Privé + Base de Données Carothèque Marine

(EPOC)

Données

IHM Usage Privé + Base de Données Carothèque Marine

(MNHM)

Données

Métad

on

nées

IHM Usage Privé + Base de Données

Carothèque continentale (EDYTEM)

Données

IHM Usage Privé + Base de Données

Carothèque AUTRE LABOS

LGGE LSCE, CEREGE,

CHRONO-ENV…

IHM Usage Public (DT INSU)

Cyber Carothèque

IHM CNRS À développer

Méta Données

Centralisées (INSPIRE)

Outil centralisé interroge des bases de méta-données délocalisées => données restent dans les labos

PORTAIL en projet

IHM + Base de Données Carothèque Marine

et/ou terrestre (IFREMER)

Méta Données

Centralisées (INSPIRE)

Données BGMB (IFREMER) BDSS1 (SHOM)

SHOM


Portail Nationaux

Pause-café RESOMAR 26/11/2014 : Démonstration de la MAQUETTE + Schéma « Architecture »

climcor cyber-carotheque-v1 resomar-2014

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