基礎から応用まで

の使い方

1

福井大学医学図書館

PubMedとは？

2

米国国立医学図書館NCBIによる

医学/生物学分野の無料学術文献検索システム

MEDLINEに収録されないものデータ整備前のレコード出版社が直接提供するレコード

MEDLINE:PubMedのベースとなる医学文献データベース

PubMed

Non-MEDLINE

MEDLINE1965年以降

OLD-MEDLINE1946～1965年

・収録雑誌 約5,700誌， 40言語 （日本語は69誌）

・収録範囲 1946年～現在 （毎日更新）

・インターネットで世界中から利用可能

PubMed のデータ作成手順

3

順番

データの状態 状態表示

① 雑誌出版社からデータが提供される [PubMed-as supplied by publisher]

② 書誌事項の確認や索引付等を行う（データ整備作業中のもの）

[PubMed-in process]

③ MEDLINEデータとして登録する（データ整備が終わったもの）

[PubMed-indexed for MEDLINE]

④ MEDLINEデータとして登録しない [PubMed]

基本編

4

画面構成

5

詳細検索へ

検索マニュアル より多くの情報資源各種ツール

・クイックマニュアル・論文の入手方法・ＦAＱ・テュートリアル（自己学習）・最新情報

・MeSHデータベース・Journalデータベース・臨床試験情報

・モバイル用Pubmed・特定論文の簡易検索・複数の論文の書誌一括検索・臨床医学情報におけるEBM文献検索・特定のトピックに絞った検索

検索キーワードを入力

検索語入力のルール

6

・２つ以上のキーワードを掛け合わせる場合

スペース△を挟んで並べて入力 A △ B

・大文字，小文字どちらでもよい

・ギリシャ文字 α→alpha，β→beta，γ→gamma

（2010年9月以降の新規データはギリシャ文字も認識）

・－(ハイフン)の代わりにスペース。

・‘(アポストロフィ)、記号(！？％＄など)は省略

・アクセント記号 ä → a é → e

検索語入力のルール

7

・分子式など H O→H2O または h2o

℃→degrees C

・前置詞・冠詞等は検索対象にならない

・キーワードが熟語のとき→“ ”で囲む

“gastric cancer” “quality of life”

この場合、自動マッピングは働かない

2

論理演算子を使用した検索

AND、OR、NOT

演算子は記述した順に左から右へ処理される。

（）でくくればカッコ内優先

例 (A OR B) AND (C OR D)

8

著者名検索9

ラストネーム△ファーストネームのイニシャル

（＋あればミドルネームのイニシャル）ex) Yamanaka Shinya → Yamanaka S

Andrew B. John → John AB

・Smith Aで検索 … Smith ADもSmith AGも検索

Smith Aだけを検索 … Smith A@で検索

・2002年以降の文献は原著に記載があればフルネームで

検索可能。

・2000年以降は全著者が収録されているが，1999年以前

は刊行年によって人数に制限あり。

前方一致検索

10

語尾の最後に「＊」を付ける

単数形と複数形を一緒に検索するなど，語尾変化のある単語をまとめて検索したいとき

ex) child＊→ child, children,childhood など

この場合、自動マッピングは働かない

雑誌名検索

正式名と略誌名のどちらでも検索できる

ex) Journal of clinical oncology 又は

j clin oncol

検索結果の表示

11

表示件数/ヒット件数

検索結果の文献情報タイトルをクリックすると詳細表示へ

Filter機能(絞込み)

ページの移動 検索結果の出版年別文献数グラフ

PubMedCentral中の関連文献の画像

検索結果の表示

12

論文タイトル

著者名

PMID(PubMedの文献番号)

雑誌名(省略形),出版年月,巻号頁,doi

英語以外の論文は[ ]が付く

本文の言語

13

検索結果の表示

Print版未掲載 電子版にフルテキスト有

抄録なし

検索結果の表示設定14

表示方法 並び順表示件数

Summary：書誌情報のみ

Abstract : 詳細表示、EJへのリンクアイコン

MEDLINE : 全データ表示（フィールド名のタグ付）

検索結果の保存/転送15

File：検索結果をテキストファイルに保存（5,000件まで）

Clipboard：一時的(8時間)に保存（500件まで）

Collections：My NCBIに保存

E-mail：電子メールで送信（200件まで）

My Bibliography：自分の著書リストを作成

Citation manager：文献管理ソフトへの取り込み

左の□にㇾを入れた文献が対象（複数可）ㇾを入れなかった場合は全文献が対象

16

検索結果を一時的に保存（500件、8時間まで保存できる）

最後にまとめて印刷や保存

Clipboardに保存

Clipboardに保存された表示

「xx items」をクリックするとClipboardの文献が表示される

Clipboard内にデータがある場合PubMedのトップ画面にはこのように表示される

Clipboard内に保存データの重複があった場合は、一方が自動的に除去される

17

文献管理ソフトに保存

「Send to」から「File」をクリック保存形式は「MEDLINE」

①

②

③

④

① 保存したファイルを選択

② 「PubMed(NLM)」を選択

③ [未整理]またはグループを選択

④ インポート

※「Citation manager」はブラウザやバージョンによって使えない場合あり

応用編

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１．絞り込み（Filter）19

全ての項目を表示

※この機能を使うと、整備されていないデータを漏らす可能性もある

絞り込みたい対象条件をクリックすると再検索される

こどもに関するインフルエンザワクチン(influenza vaccine) の症例報告(case report)を探したい

・文献の種類・抄録/EJ全文へのリンクの有無・参加者が付与したコメントの有無・出版時期・研究対象（人または動物）・言語・性別・主題・収載誌の分野・年齢・メニューから検索項目を指定

絞り込みの解除20

Filterを設定すると、解除するまですべての検索に適用される「Clear all」か「Clear」で随時変更

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Advanced SearchをクリックするとQueryに式と検索件数が表示。これを利用して経過を見ながら検索したり，掛け合わせ検索ができる。

２．詳細検索～Advanced Search builder

①履歴検索

「Add」をクリックするとbuilderに検索語として入る→「Search」をクリックすると検索結果画面へ→「Add to history」をクリックするとhistoryに履歴が増える

→履歴の items foundの件数をクリックすると検索結果画面へ

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履歴の削除

すべての履歴を削除したいときは「Clear history」選んだものだけ削除したいときは番号をクリックして「Delete from history」

Download history検索式をダウンロード

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『 JAMA 』に掲載された「乳がん(breast cancer)」に関するなるべく新しい文献を探したい

プルダウンメニューからフィールドを選んで、キーワードを入力

２．詳細検索～Advanced Search builder

②フィールド検索

24

検索結果の件数を確認しながら検索ができる複数の項目を選択することもできる

２．詳細検索～Advanced Search builder

③リスト検索

３．タグ検索

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・データには項目があり、各項目を表すタグがある

例 author(著者名）→ [au]affiliation(第一著者の所属機関) → [ad]title(文献のタイトル) → [ti]journal title / abbreviation(雑誌名/略誌名) → [ta]publication date(出版年）→ [dp]publication type(資料種類）→ [pt]mesh terms（MeSH用語）→ [mh]

・タグを使って検索ができる例 diabetes[TI] (文献タイトルにdiabetesがあるもの）

n engl j med[TA] (雑誌名がn engl j medのもの）

４．検索式のブックマーク

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「Search details」を開いて「URL」をクリックすると、URLに検索式が入力される。このページをブックマークしておくと、ブックマークにアクセスすればその検索式で再検索した結果が表示される。

右下に検索式

27

５.関連文献表示Summary形式

Abstract形式

(E-1)正式な雑誌名又は略誌名を調べる。～Journals Database

28

６.正式な雑誌名又は略誌名を調べる～Journals in NCBI Database

PubMedのﾄｯﾌﾟ画面

完全な誌名・略誌名・ISSN等の情報がわかる。雑誌名をクリックするとさらに詳しい情報が表示される。

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７.文献情報の確認 ～Single Citation Matcher

30

８.EBMに使える文献検索 ～Clinical Queries

検索ボックスにキーワードを入れて「search」最新の５件が表示

Category:病因診断治療予後臨床予測指針

Scope:狭い広い

システマティックレビュー・Meta-analysis・EBMレビュー・コンセンサス形成会議・ガイドライン など

遺伝関係の文献を検索Topicで絞り込める

診断鑑別診断臨床記述管理遺伝相談分子遺伝学遺伝子検査

9．Topic-Specific Queries31

Topic Specific Queriesトピック性のある特定の分野を検索するのに便利

【トピックの内訳】・臨床医や医療サービス研究者向けの検索式・エイズ、生命倫理、腫瘍、補完代替医療、栄養補助食品、医学史など、特定の主題に合わせた

絞り込み条件や専用の検索画面・実験動物、MedlinePlus Health Topics（米国国立衛生研究所が一般向けに提供している

健康情報）、撤回論文、有害化学物質など、特殊な情報を検索するための絞り込み条件や専用の検索画面

・収載誌の種類（臨床系主要誌・歯学関係誌・看護関係誌）で絞り込むためのフィルター

32

10. Ｍy ＮＣＢＩ

主な機能

・検索式の保存、保存した検索式の結果をメールで受け取る

・検索結果の長期保存

・検索結果のフィルタリング

・画面のカスタマイズ

①「Sign in to NCBI」 をクリック

Google アカウントでログインもできる

②アカウントを持っている人はここからログイン

ユーザーネーム/パスワードを忘れたら・・

初めての人はここから登録

検索式の登録とアラート （Create alert）

33

「Create alert」をクリック

頻度/形式/件数を選択

ヒトのiPS細胞に関する文献を継続的に検索したい！

AND hasabstract

11．MeSH

34

PubMedで用いられている統制語用語集（シソーラス）

MeSHとは、Medical Subject Headings同一の概念において、この言葉で表現しようと決められた用語

cancer, neoplasm, tumor

PubMedでは、入力されたキーワードをもとに、最適な検索結果になるようにシステム側でより適切な検索語が付与される

自動マッピング機能

MeSH neoplasms

PubMedで“cancer”と検索してみましょう。

検索式を見ると・・"neoplasms"[MeSH Terms] OR "neoplasms"[All Fields] OR "cancer"[All Fields]

MeSH Database35

①トップ画面でプルダウンメニューから MeSH を選択

（または MeSH Database をクリック）

②キーワードを入力してSearch

③MeSH候補語が表示されるので、使用したいMeSH用語

をクリックして詳細画面へ

副標目：このMeSH用語と組み合わせる副次的用語

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検索式に対する絞込み条件□Major Topic（主要テーマ）

に限定□下位語に含めない

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上位語より広い意味のキーワード

下位語より狭い意味のキーワード

１つの用語に複数の階層構造を持つ場合もあり

Entry Terms ： 同義語→これらのワードで検索すると「Breast Neoplasms」に自動的に置き換えられる

・・

Breast cancer で検索した場合

特定の論文のMeSH を利用して検索

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＊がmajor topic

MeSHでPubMed検索

MeSHの解説

MeSHをﾎﾞｯｸｽに入れる

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・統一された用語を使用

例：cancer,neoplasia,tumor もMeSH用語“neoplasms”で検索可能

・多様な検索が可能例：上位語をキーワードにしてより広い範囲を検索する

下位語をキーワードにして検索結果を絞り込む副標目と組み合わせる など

・ノイズ（関係のない文献）を減らすことができる

・新しい文献には付与されていないMeSH用語が付与されているのは [PubMed-indexed for MEDLINE]と表示されるデータのみ

・MeSH改訂後の調整が不完全MeSH用語新設の際、既存の論文データの再検索は原則として行われない

・固有名詞や医学用語でない言葉はMeSHにない場合がある

ＭｅＳＨの長所

ＭｅＳＨの短所

便利な機能

40

Discovery Service41

Science Direct (Elsevier)

• Pay Per View（トランザクション方式）

• 1 論文につき，2200 円課金されますが、 費用については今のところ図書館予算で支払っています。

42

ScienceDirect非購読誌の利用方法および設定方法

https://www.flib.u-fukui.ac.jp/sites/default/files/SD%20payperview2019.pdf

（学内専用）

EndNote basic

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パスワード作成時の注意

・８文字以上

・アルファベット、数字、記号を必ず使用

EndNoteにサインイン

初めての人は登録から→

自分が使うパソコンでEndNoteにログインし「CWYW(Cite While You Write)プラグイン」をインストールしておくと、EndNote basicにデータを直接取り込めるので便利

入手に便利なプラグイン Kopernio

• 「ワンクリック」で読みたい論文へ

• 無駄が省いて漏れなく「安心安全な本文」を入手

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ライフサイエンス辞書

通常のWeb翻訳サービスでは翻訳しにくい医学関連用語の英訳に役立つオンライン辞書 （京都大学の研究プロジェクトで作成）

http://lsd-project.jp/cgi-bin/lsdproj/ejlookup04.pl

45

英語論文作成支援コーナー

1階閲覧室 福井県医学資料室内に論文作成に役立つ

参考書や辞書ソフト等をそろえたコーナーを開設

46

利用できるソフト等・MED-Transer V15パーソナル

・ライフサイエンス英語論文文例辞典・ステッドマン医学大辞典・医学略語辞典・医学英語活用辞典 ほか

参考文献

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・図解PubMedの使い方 インターネットで医学文献を探す/ 岩下愛，山下ユミ 共著 第７版 2016.11

・PubMed の使い方 / 東京大学医学図書館 2014.4http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf

・PubMedパワーアップ講座 / 東京大学医学図書館 2015.6http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/siryo/2015/PubMed-a.pdf

・基礎から学ぶ PubMedの使い方 / 京都大学医学図書館 2015.5http://www.lib.med.kyoto-u.ac.jp/pdf/pubmed_howto.pdf

・PubMed@KEIO 基本から上級テクニックまで/ 慶應義塾大学 信濃町メディアセンター 2014.10

http://www.med.lib.keio.ac.jp/pdf/ug/ug_pubmed.pdf

・MeSHから検索する PubMed 検索マニュアルⅤ/日本医科大学図書館 2012.10http://libserve.nms.ac.jp/manual5/pubmed/pubmedmanual5.pdf

・医学論文の探し方 （医中誌・PubMed ) / 筑波大学大塚図書館 2017.5https://www.tulips.tsukuba.ac.jp/lib/sites/default/files/attach/2017igakuronbun_ootsuka.pdf

2017.6~電子ブックで利用可能