curs d’especialista universitari en bioinformàtica febrer 2007
DESCRIPTION
Mòdul 8.1. Seqüenciació de proteïnes. Mètodes de determinació de l’estructura primària de proteïnes. (continuació). Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica Febrer 2007. Exemple: la Insulina (I). Àc. perfòrmic. Exemple: la Insulina (II). Exemple: la Insulina (III). - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
Mòdul 8.1. Seqüenciació de proteïnes.Mètodes de determinació de l’estructura primària de
proteïnes.(continuació)
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica
Febrer 2007
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 2
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 3
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 4
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 5
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 6
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 7
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 8
Exemple: la Insulina (I)
Àc. perfòrmic
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 9
Exemple: la Insulina (II)
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 10
Exemple: la Insulina (III)
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 11
Exemple: la Insulina (IV)
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 12
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 13
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 14
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 15
1.Phe-Trp-Met2.Gly-Ala-Lys-Leu-Pro-Met3.Asp-Gly-Arg-Cys-Ala-Gln
Corte con CNBr (después de Met):
Corte con tripsina (después de Lys y Arg):
1.Cys-Ala-Gln2.Phe-Trp-Met-Gly-Ala-Lys3.Leu-Pro-Met-Asp-Gly-Arg
Determina la secuencia de la proteína:
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 16
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 17
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 18
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 19
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 20
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 21
Enzims
Enzim Procedència Especificitat Observacions
Tripsina Pàncreas boví Rn-1 = restes carregats positivament: Arg, Lys Rn no pot ser Pro
Molt específic
Quimotripsina Pàncreas boví Rn-1 = restes hidrofòbics voluminosos: Phe, Trp, Tyr Rn no pot ser Pro
És més lent quan Rn-1 = Asn, His, Met, leu
Elastasa Pàncreas boví Rn-1 = restes neutres petits: Ala, Gly, Ser, Val Rn no pot ser Pro
Termolisina Bacillus thermoproteolyticus
Rn-1 = Ile, Met, Phe, Trp, Tyr, Val Rn no pot ser Pro
Estable tèrmicament Rn = Ala, Asp, His, Thr
Pepsina Mucosa gàstrica bovina
Rn-1 = Leu, Phe, Trp, Tyr Rn no pot ser Pro
Poc específic, pH òptim = 2
Endopeptidasa Staphylococcus
aureus
Rn-1 = Glu
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 22
Buscar el resultado de la digestión proteolítica del siguiente péptido con varios métodos de digestión:
MFEIDYSRDS FLKDGQPFRY ISGSIHYSRV PRFYWKDRLL KMKMAGLNAI QTYVPWNFHE PWPGQYQFSE DHDVEYFLRL AHELGLLVIL RPGPYICAEW EMGGLPAWLL EKESILLRSS DPDYLAAVDK WLGVLLPKMK PLLYQNGGPV ITVQVENEYG SYFACDFDYL RFLQKRFRHH LGDDVVLFTT DGAHKTFLKC GALQGLYTTV
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 23
Buscar el resultado de la digestión proteolítica del siguiente péptido con varios métodos de digestión:
MRIILLGAPG AGKGTQAQFI MEKYGIPQIS TGDMLRAAVK AGSELGLKAK EIMDAGKLVT DELVIALLKE RITQEDCRDG FLLDGFPRTI PQADAMKEAG IKVDYVLEFD VPDELIVERI VGRRVHAASG RVYHVKFNPP KVEDKDDVTG EELTIRKDDQ EATVRKRLIE YHQQTAPLVS YYHKEADAGN TQYFKLDGTR NVAEVSAELA TILG
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 24
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 25
6. Microseqüenciació de proteïnes. Noves estratègies.
Mètode tradicional
Purificació proteïna
Fragmentació
Seqüenciació proteïna
Seqüència proteïna
Mètode actual
Purificació gen
Fragmentació
Seqüenciació ADN
Seqüència ADN
Seqüència proteïna
Codi genèticCodi genètic
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 26
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 27
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 28
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 29
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 30
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 31
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 32
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 33
Buscar si la siguiente secuencia de ADNc se corresponde con alguna proteína conocida:
tgccggggt tcctggttcg catcctcctt ctgctgctgg ttctgctgct tctgggccctacgcgcggct tgcgcaatgc cacccagagg atgtttgaaa ttgactatag ccgggactccttcctcaagg atggccagcc atttcgctac atctcaggaa gcattcacta ctcccgtgtgccccgcttct actggaagga ccggctgctg aagatgaaga tggctgggct gaacgccatccagacgtatg tgccctggaa ctttcatgag ccctggccag gacagtacca gttttctgaggaccatgatg tggaatattt tcttcggctg gctcatgagc tgggactgct ggttatcctgaggcccgggc cctacatctg tgcagagtgg gaaatgggag gattacctgc ttggctgctagagaaagagt ctattcttct ccgctcctcc gacccagatt acctggcagc tgtggacaagtggttgggag tccttctgcc caagatgaag cctctcctct atcagaatgg agggccagttataacagtgc aggttgaaaa tgaatatggc agctactttg cctgtgattt tgactacctgcgcttcctgc agaagcgctt tcgccaccat ctgggggatg atgtggttct gtttaccactgatggagcac ataaaacatt cctgaaatgt ggggccctgc agggcctcta caccacggtg
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 34
Buscar si la siguiente secuencia de ADNc se corresponde con alguna proteína conocida:
TACGCAATGCGTATCATTCTGCTGGGCGCTCCGGGCGCAGGTAAAGGTACTCAGGCTCAATTCATCATGGAGAAATACGGCATTCCGCAAATCTCTACTGGTGACATGTTGCGCGCCGCTGTAAAAGCAGGTTCTGAGTTAGGTCTGAAAGCAAAAGAAATTATGGATGCGGGCAAGTTGGTGACTGATGAGTTAGTTATCGCATTACTCAAAGAACGTATCACACAGGAAGATTGCCGCGATGGTTTTCTGTTAGACGGGTTCCCGCGTACCATTCCTCAGGCAGATGCCATGAAAGAAGCCGGTATCAAAGTTGATTATGTGCTGGAGTTTGATGTTCCAGACGAGCTGATTGTTGAGCGCATTGTCGGCCGTCGGGTACATGCTGCTTCAGGCCGTGTTTATCACGTTAAATTCAACCCACCTAAAGTTGAAGATAAAGATGATGTTACCGGTGAAGAGCTGACTATTCGTAAAGATGATCAGGAAGCGACTGTCCGTAAGCGTCTTATCGAATATCATCAACAAACTGCACCATTGGTTTCTTACTATCATAAAGAAGCGGATGCAGGTAATACGCAATATTTTAAACTGGACGGAACCCGTAATGTAGCAGAAGTCAGTGCTGAACTGGCGACTATTCTCGGTTAATTCTGGATGGCCTTATAGCTAAGGCGGTTTAAGGCCGCCTTAGCTATTTCAAGTAAGAAGGGCGTAGTACCTACAAAAGGAGATTTGGCATGATGCAAAGCAAACCCGGCGTATTAATGGTTAATTTGGGGACACCAGATGCTCCAACGTCGAAAGCTATCAAGCGTTATTTAGCTGAGTTTTTGAGTGACCGCCGGGTAGTTGATACTTCCCCATTGCTATGGTGGCCATTGCTGCATGGTGTTATTTTACCGCTTCGGTCACCACGTGTAGCAAAACTTTATCAATCCGTTTGGATGGAAGAGGGCTCTCCTTTATTGGTTTATAGCCGCCGCCAGCAGAAAGCACTGGCAGCAAGAATGCCTGATATTCCTGTAGAATTAGGCATGAGCTATGGTTCAC
Curs d’Especialista Universitari en Bioinformàtica. Febrer 2007 35
Si de las anteriores secuencias has determinado qué proteína se corresponde busca las características químicas de la misma a partir de la secuencia de
aminoácidos.