custom taqman® assay design tool...2 custom taqman® assay design tool 1. custom taqman® snp...

Custom TaqMan® Assay Design Tool

インターネットオーダー方法

20010/06/01

2

Custom TaqMan®

Assay Design Tool1.

Custom TaqMan®

SNP Genotyping Assays

P.5

2.

Custom TaqMan®

Gene Expression Assays

P.21

3.

カスタムデザインでのオーダー

P.30

4.

デザイン済みアッセイの再注文

P.35

5.

デザイン済みアッセイの閲覧

P.40

6.

関連資料

P.46

3

Custom TaqMan®

Assay Design Tool• Custom TaqMan®

Assay Design Toolとは？

−

Custom TaqMan®

SNP Genotyping Assays及びCustom TaqMan®

Gene Expression Assaysのデザイン、オーダーを行うインターネットツールです。

4

Custom TaqMan®

Assay Design Tool• Custom TaqMan®

Assay Design Toolを利用するには？

−

以下のサイトへアクセスします。

https://www5.appliedbiosystems.com/tools/cadt/

• ユーザーIDをお持ちでない方は、以下のアプライドバイオシステムズジャパ

ン社ホームページの『インターネットオーダーシステムご利用案内』

よりユ

ーザーIDの登録をお願いします。−

以下のサイトへアクセスします。

http://www.appliedbiosystems.co.jp/website/jp/store/pages.jsp?PGCD=15


http://www.appliedbiosystems.co.jp/website/jp/store/pages.jsp?PGCD=15

5

Custom TaqMan®


6

Custom TaqMan®

SNP Genotyping Assays• 以下のサイトへアクセスします。

−



7

Custom TaqMan®


Order Custom Genotyping Assaysをクリック

8

Custom TaqMan®


配列名を入力英数字および.-,_で10文字以内

この名前がチューブに記載されます。特徴的な名前を入力します。

1つの配列に複数のSNPｻｲﾄを入力できますが、ﾃﾞｻﾞｲﾝが最適である１つのｱｯｾｲのみ出荷されます。どのﾀｰｹﾞｯﾄｻｲﾄでｱｯｾｲが構築されているかは、後述のSNP Nameから判断できます。複数のSNPｻｲﾄを入力する場合、SNP間が2塩基以上あいていないとﾃﾞｻﾞｲﾝすることができません。SNPｻｲﾄ上下流2bpはNを入力することはできません。

塩基配列を入力

テキスト情報をコピー後Ctr+Vでペーストも可ATGCおよびNで入力（最低61bp 300bp以上推奨

最大5000bp）SNPｻｲﾄから配列の両端へは30bp以上確保SNPｻｲﾄの指定

例）[C/T]insertion deletionの指定

例）[ATG/*] 最大6塩基までMNPの指定

例）[TC/CT] 最大6塩基まで注意：配列内にある目的外のSNPはNでﾏｽｸします。

9

Custom TaqMan®


重要：

ヒトY染色体上のSNPアッセイ

は、Non-Human製品としてご

注文ください。

②Check Formatをクリック

①生物種・スケールの選択

10

Custom TaqMan®


正確に入力した場合Validの表示になります。

配列中に複数のSNPを入力すると複数のSNPが

アッセイの候補になります。

SNP

Nameを入力

英数字4文字以内で入力します。

SNP Nameはチューブなどには記載されません。

Name（この例ではSNP001）がチューブやアッセイ情報に記載されます。

SNP＃は5’末端より何番目のSNPであるかを表します。

注意：NでSNPをマスクした場合は､そのSNPは数えません。

Submit For Assay Design をクリック

11

Custom TaqMan®


Username/Passwordは、

インターネットオーダー用

のユーザーIDを使用

（4ページ参照）

Username・Passwordを入力後、Loginをクリック

12

Assays

オーダー方法

デザイン開始

クリックで情報更新

Batch ID – デザインの受付番号です。

Refresh Batch List －クリックするとデザインの最新状況がわかります。

デザインを開始したお知らせのEmailも届きます。

13

Assays

オーダー方法

デザイン終了

Details – デザインの結果です。Passedしたアッセイをオーダーすることが出来ます。

Refresh Batch List －クリックするとデザインの最新状況がわかります。

デザインが終了したお知らせのEmailも届きます。

14

Assays

オーダー方法 Passed デザインのオーダー方法

Batch IDをクリックでDesign Resultsを表示

Batch ID – IDをクリックするとDesign Resultsが表示されます。

Design Results－Passedアッセイをオーダーできます。

Assay ID－Assay IDは自動的に割り当てられます。デザインの時に入力した配列名も表示されます。

15

Assays


①Addをクリック

②リストを確認

③Order Nowをクリック

16

Assays


①Sizeなどを確認 ②Add To Basketをクリック

Shopping Basketをクリック

17

Assays


更新 – ショッピングバスケット内の製品の

注文数を変更した場合、このボタンを押

して下さい。

削除－注文した製品1つ、もしくは複数を

削除することができます。

ご注文を先に進める場合、

『ご注文プロセスを続ける』

ボタンを押します。

18

Assays


お支払方法について

お支払方法のPurchas Orderの表示、Blanket Orderの空欄はそのままで

変更しないでください。

お名前は、登録ユーザーの

お名前を半角アルファベット

でご入力ください。

お支払方法を入力後、次へをクリックします。

19

Assays


●

ご注文を完了するには、ご注文をクリックします。

●

内容を修正したい場合は、戻るをクリックします。

重要：ご注文をクリック後、キャンセルすることは出来ません。

20

Assays


●

ご注文ボタンを押すとご注文の確認ページが表示されます。

-

ご注文が完了し、受注伝票番号が発行されます。

- 受注伝票番号が表示されます。番号をお控えください。

- 印刷用ページボタンを押すと印刷画面が表示されます。

- ご登録いただいたお客様のe-mailアドレスに確認メールが送信されます。

21

Custom TaqMan®

Gene Expression

Assays

22

Custom TaqMan®

Gene Expression Assays• 以下のサイトへアクセスします。

−


Order Custom Gene Expression Assaysをクリック


23

Custom TaqMan®


入力した配列に対してTaqMan® Gene Experssion Assaysと同様のバイオイン

フォマティック解析や他の生物種の転写産物を検出しないオプションを追加する場合

にはCustom Plusを選択します。Custom Plusを選択した場合は納品時には

Primer及びProbeの配列は非公開になります。

ターゲットの生物種を選択します。

24

Custom TaqMan®

Gene Expression Assays• Custom

Plusを選択した場合は追加で特異性に関して選択を行います

（オプション）ターゲットの生物種とは別の生物種を1種類選択して、別の生物種の転

写産物を検出しないアッセイをデザインします。トランスジェニック実験に有用です。

インフォマティック解析によって入力した配列のみを検出するアッセイをデザインする

か、同じ遺伝子座に存在する他のスプライシングバリアントも検出するアッセイをデザ

インするかを選択します。

Custom Plusを選択した

場合はPrimer及び

Probeの配列は非公開

になります。

25

Custom TaqMan®


塩基配列を入力

テキスト情報をコピー後Ctr+Vでペーストも可ATGCおよびNで入力（最低61bp 300bp以上推奨

最大5000bp）配列内にあるSNPはNでﾏｽｸﾀｰｹﾞｯﾄｻｲﾄから配列の両端へは30bp以上確保

配列名を入力英数字および.-,_で10文字以内

この名前がチューブに記載されます。特徴的な名前を入力します。

26

Custom TaqMan®


②Check Formatをクリック

①スケールの選択

27

Custom TaqMan®

Gene Expression Assays正確に入力した場合Validの表示になります。

1つの配列に複数のﾀｰｹﾞｯﾄｻｲﾄを入力できますが、

ﾃﾞｻﾞｲﾝが最適である１つのｱｯｾｲのみ出荷されます。チューブやアッセイ情報にはName（この例ではGA001）が記載されます。ﾀｰｹﾞｯﾄｻｲﾄの上下流5bpには、Nを入力することはできません。

Target情報の入力

Target(Probeの位置)を指定しない場合は、Automaticを選択します。

自動設定されます。

Target(Probeの位置)を指定する場合は､Manualを選択します。

Target Positionには､

5’末端より何塩基目がﾀｰｹﾞｯﾄｻｲﾄであるかを入力。

Target Nameには、ﾀｰｹﾞｯﾄ名を英数字4文字以内で入力。

複数のTargetを指定しても､ﾃﾞｻﾞｲﾝが最適である１つのｱｯｾｲのみ出荷されます。

Targetの追加が可能

28

Custom TaqMan®


Submit For Assay Design をクリック

29

Custom TaqMan®







• ご注文の続きは、P.12 Assays オーダー方法を参照ください

30


31

カスタムデザインでのオーダー• 以下のサイトへアクセスします。

−


目的AssaysのEnter Custom Primer/Probe Pairをクリック


32

カスタムデザインでのオーダー• Primer/Probeの入れ値を入力します

AssayName/Primer/Probe情報を入力後Check Formatをクリック

注：TaqManGeneExpression製品の

カスタムデザイン画面には、

Probe2の入力項目はございませ

ん。

33

カスタムデザインでのオーダー• 入力に問題がなければValidが表示されます。

他のアッセイの入力は、Add New Sequenceをクリックオーダーを進めるには、Submitをクリック

生物種の選択

重要：

ヒトY染色体上のSNPアッセイ

は、Non-Human製品としてご

注文ください。

34







• ご注文の続きは、P.12 Assays オーダー方法を参照ください

35


36

デザイン済みアッセイの再注文• 以下のサイトへアクセスします。

−


Reorder Existing Custom Assaysをクリック


37


Click here to log in をクリック

38







39


Search Term（Assay ID等）を入力後、Searchをクリック

検索結果

• ご注文の続きは、P.15

Assays オーダー方法を参照ください

40


41

デザイン済みアッセイの閲覧• 以下のサイトへアクセスします。

−


View All Submitted Custom Design Jobs をクリック


42


Click here to log in をクリック

43







44


Refresh Batch Listをクリック

45


確認したいBatch IDを

クリック

Assay IDを

確認できます

• ご注文を行う場合は、P.15

Assays オーダー方法を参照ください

46

関連資料• その他の機能は、以下の資料を参照ください

Design and Ordering Guide (PDF, 2 MB)

http://www3.appliedbiosystems.com/cms/groups/mcb_support/documents/generaldocuments/cms_042307.pdf

47

• 研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用は出来ません

。

• The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation or their respective owners.

• TaqMan

is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc.

• 本誌に記載の社名および製品名は、弊社または各社の商標または登録商標です。

• © 2010 Life Technologies Japan Ltd,. All rights reserved.

custom taqman® assay design tool...2 custom taqman® assay design tool 1. custom taqman® snp...

Documents