department of proteomic and microbiology - umons - lab'insight proteomics

5
18/03/10 1 Department of Proteomic and Microbiology (ProtMic) University of Mons University of Liège ‐ 9 March 2010 Project concept at ProtMic Experimental design Global analysis vs. Targeted analysis Gel based approach vs. gel free Label‐free vs. Label based quan>fica>on Prefrac>ona>on needed?

Upload: reseau-lieu-liaison-entreprises-universites

Post on 07-Jul-2015

109 views

Category:

Health & Medicine


0 download

DESCRIPTION

description of the laboratory skills (09/03/2010)

TRANSCRIPT

Page 1: Department of Proteomic and Microbiology - UMons - Lab'InSight Proteomics

18/03/10

1

Department of Proteomic and Microbiology (ProtMic) 

University of Mons 

University of Liège ‐ 9 March 2010 

Proteins expression/purifica>on 

Valida>on 

Protein characteriza>on 

Proteome Prefrac>ona>on 

Proteomic strategy op>miza>on 

Project concept at ProtMic 

Proteins target discovery 

  Experimental design  

  Global analysis vs. Targeted analysis 

  Gel based approach vs. gel free   Label‐free vs. Label based quan>fica>on 

  Prefrac>ona>on needed? 

Page 2: Department of Proteomic and Microbiology - UMons - Lab'InSight Proteomics

18/03/10

2

University of Liège ‐ 9 March 2010 

Proteins expression/purifica>on 

Valida>on 

Protein characteriza>on 

Proteome Prefrac>ona>on 

Proteomic strategy op>miza>on 

Project concept at ProtMic 

Proteins target discovery 

Targeted analyses  Global analyses 

  TiO2 phopshopep=des enrichment   Surface exposed proteins purifica=on   … 

Top down or boLom up approaches 

  IMAC‐based proteome prefrac=ona=on   HPLC and FPLC   Liquid isoelectrofocusing (protein or pep=des level)   … 

New DPC chips 

University of Liège ‐ 9 March 2010 

Proteins expression/purifica>on 

Valida>on 

Protein characteriza>on 

Proteome Prefrac>ona>on 

Proteomic strategy op>miza>on 

Project concept at ProtMic 

Proteins target discovery 

 Gel‐based proteomic (Immunoproteomic)  Gel free differen>al proteomic 

Page 3: Department of Proteomic and Microbiology - UMons - Lab'InSight Proteomics

18/03/10

3

University of Liège ‐ 9 March 2010 

Proteins expression/purifica>on 

Valida>on 

Protein characteriza>on 

Proteome Prefrac>ona>on 

Proteomic strategy op>miza>on 

Project concept at ProtMic 

Proteins target discovery 

  Bacterial expression   Tag-based purification   Untagged proteins purification

University of Liège ‐ 9 March 2010 

Proteins expression/purifica>on 

Valida>on 

Protein characteriza>on 

Proteome Prefrac>ona>on 

Proteomic strategy op>miza>on 

Project concept at ProtMic 

Proteins target discovery 

  An=body‐based valida=on 

  MS‐based valida=on 

Page 4: Department of Proteomic and Microbiology - UMons - Lab'InSight Proteomics

18/03/10

4

University of Liège ‐ 9 March 2010 

Proteins expression/purifica>on 

Valida>on 

Protein characteriza>on 

Proteome Prefrac>ona>on 

Proteomic strategy op>miza>on 

Project concept at ProtMic 

Proteins target discovery 

  Enzyme ac>vity 

  Structural characteriza>on ‐  MS based characteriza>on ‐  Amino acid analysis ‐  Chromatography analysis (HPLC,…) ‐  Spectrophotometry characteriza>on 

‐  Purity ‐  Post transla-onal modifica-on studies (Phosphoryla-on , acetyla-on, formyla-on, determina-on of  S‐S link….) 

‐  Protein‐molecule interac-ons ‐  Conforma-onal studies 

University of Liège ‐ 9 March 2010 

Project concept at ProtMic 

Interdisciplinary center of mass spectrometry : CISMA 

« A new academic tool dedicated to small molecules and synthe>c or biological polymers” 

 open to the academic and industrial partners  

Scien=fic boarding : Dr. P. Gerbaux     Prof. R. Muller     Prof. P. Dubois     Prof. M. De Meyer     Prof. R. Sneyders 

Director : Prof. R. WaYez [email protected] 

10 complementary MS instruments 

High  experience level in small and large molecules 

Page 5: Department of Proteomic and Microbiology - UMons - Lab'InSight Proteomics

18/03/10

5

Thank you for your aLen>on