die era van groot data en groot demografie · gemiddelde kontrole matriks van ongeveer 100 plant...

1
Bekendstelling van die COMPADRE Plant Matriks Databasis en die COMADRE Diere Matriks Databasis Hierdie openlike toegang databasisse sal aanlyn wees in die somer 2014 (COMPADRE) en vroeg 2015 (COMADRE) en word aangebied by die Max Planck Instituut van Demografiese Navorsing (Rostock, Germany). COMPADRE en COMADRE bevat huidiglik bevolkings voorspelling matrikse vir >900 plant en >1,300 dier spesies, en gesamentlik >12,000 matrikse van verskillende behandellings, jaarlikse kondisies en wêreldwye bevolkings. COMPADRE en COMADRE bevat ook informasie oor kovariate (bv. Taksonomie, biografie, geolokasie van studie bevolkings) om narvorsers te help om analises te interpreteer. Demografiese metodes laat die afleiding van baie uitkomste van hierdie matrikse met direkte biologiese interpretasie (bv. Sensitiwiteite, gemiddelde lewens verwagting, bevolkings groeikoers) toe. 0 200 400 600 800 1000 1200 1400 1945 1950 1955 1960 1965 1970 1975 1980 1985 1990 1995 2000 2005 2010 2015 COMPADRE Vers. 1.0 COMPADRE Vers. 2.0 COMPADRE Vers. 3.0 Leslie se publikasie Fig. 1a COMPADRE is gestig deur M. Franco en J. Silvertown. Weergawe 1.0, bevat die gemiddelde kontrole matriks van ongeveer 100 plant spesies. Verskeie parallele pogings het die databasis oor die volgende jare verleng (bv. Y. Buckley, J. Che- Castaldo, E. Crone, D. Hodgson, T. Knight, S. Ramula, R. Salguero-Gómez). R. Salguero-Gómez het die steekproefgrootte van oor die 500 plant spesies vermeerder, en ook kovariate bygevoeg (bv. behandeling in v. 2.0). COMPADRE 3.0 word tans gelei deur R. Salguero-Gómez en O.R. Jones en, benewens dat dit belangrike kovariate bevat (bv. geolokasie, taksonomie, groei vorm), het dit ook die voorgenoemde parallel digitalisering pogings geherintegreer, in ‘n enkele stoor. COMADRE v 1.0 was geskep deur R. Salguero-Gómez en O.R. Jones. In weergawe 2.0, het COMADRE parallele diere demografie datastelle geïntegreer (bv. D. Hodgson, L.A. Velez-Espino, M. van de Kerk). Die databasisse word al sedert 2012 ondersteun by die Labratorium van Ewolutionêre Demografie, en die onafhanklike navorsings groep Modelering van die Ewolusie van Oudword by die Max Planck Instituut vir Demografiese Navorsing (Rostock, Duitsland). Kontak: [email protected] Databasis studieleiers: Rob Salguero-Gómez en Owen Jones. Kern komitee: Yvonne Buckley, Judy Che-Castaldo, Hal Caswell, Dalia Conde, Dave Hodgson, Rob Salguero-Gómez, Owen Jones, Alexander Scheuerlein en James Vaupel. Digitaliserings span: Hendrik de Buhr, Alexander Hartmann, Anne Henning, Claudia Farack, Fränce Gottschalk, Gesa Römer, Tara Ruoff, Julia Wille, en Stefan Zeh, met Ruth Archer (Postdoc). Wetenskaplike komitee: Res Altwegg, Fernando Colchero, Ming Dong, Miguel Franco, Hans de Kroon, Jean Dominique Lebreton, Jessica Metcalf, Maile Neel, Ingrid Parker, Bernt-Erik Sæther, Juan Silva, Jonathan Silvertown, Takenori Takada, Teresa Valverde, Luis Antonio Velez-Espino en Glenda Wardle. Van die veld to die verbruiker! COMPADRE en COMADRE stoor bevolkings matriks modelle gepubliseer deur navorsers wêreldwyd. Ons digitalisering span (sien foto onder) is opgelei om die informasie te onttrek en na te gaan, en om navorsers te kontak vir addisionele inligting, indien nodig. Periodies, word nuwe data beskikbaar gemaak via die COMPADRE & COMADRE webwerf, met die uitsondering van data wat tydelik onder embargo is. Die eksponensiële groei van data wat gepubliseer word (Fig. 1a, b) maak dit veral ‘n opwindende onderneming, alhoewel navorsers wat begin in die studie van die demografie van plante en diere, sterk moet dink oor die geografiese (Fig. 2a, b*) en taksonomiese (Fig. 3a, b) vooroordele in data versameling. Ons hoop dat navorsers, student, onderwys en omgewings agentskappe, insluitend ander entiteite, hierdie hulpbron sal gebruik om demografiese vrae te beantwoord.. *Let weld at baie van die geografiese data in COMADRE nog nie gedigitaliseer is nie, maar vordering in hierdie verband is aan die gang. n = 6730 1 5 10 50 100 500 1000 1500 Number of population matrix models per country 0 2500 Fig. 2a Fig. 3a 0 200 400 600 800 1000 1200 1400 1945 1950 1955 1960 1965 1970 1975 1980 1985 1990 1995 2000 2005 2010 2015 COMADRE Vers. 1.0 COMADRE Vers. 2.0 Leslie se publikasie Fig. 1b n = 2942 1 5 10 50 100 500 1000 1500 0 2500 Fig. 2b Fig. 3b Die afgelope dekade het, onder andere,die aanlyn publikasie van genetiese (GenBank), anatomiese en fisiologiese (TRY, BIEN), en klimatiese data (FetchClimate) gesien, wat die mate tot wat biologiese onderwerpe aangespreek word op ‘n breë, wêreldwye skaal, verander het. Demografie, die studie van bevolkingsdinamika en sy onderliggende drywers, is die sleutel tot die beantwoording van vrae, insluitende: Hoekom sterf sommige spesies plaaslik uit, terwyl ander indringer peste word?; hoe kan ons voedsel voorraad verseker in ontwikkelende lande?; hoe reageer spesies oor wêreldwye veranderings?; hoekom verouder sommige spesies en ander nie? Maar, demografiese data van ‘n groot getal spesies is nie beskikbaar nie, en dit het ons vermoëns om hierdie vrae te antwoord beperk. Hierdie databasisse dra by tot die oplossing van die probleem. Anthozoa Merostomata Gastropoda Bivalvia Cephalaspidomorphi Polychaeta Chondrichthyes Actinopterygii Branchiopoda Malacostraca Maxillopoda Insecta Arachnida Amphibia Reptilia Aves Mammalia 0 10 20 30 40 50 60 70 Phaeophyceae Florideophyceae Rhodophyceae Bryopsida Polypodiopsida Pteridopsida Cycadopsida Pinopsida Liliopsida Magnoliopsida 0 10 20 30 40 50 60 70 www.compadre-db.org www.comadre-db.org Die era van groot data en groot demografie % taksonomiese klasse in COMADRE % taksonomiese klasse in COMPADRE Die aantal bevolkings matriks modelle per land Die aantal bevolkings matriks modelle per land Jaar van publikasie Jaar van publikasie Kumulatiewe getal plant studies Kumulatiewe getal diere studies Andere Navorser COMPADRE & COMADRE Team Navorsers, Onderwysers, Studente, Agentskappe, ens. COMPADRE anlyn weergawe COMADRE anlyn weergawe Foutsoek COMPADRE werkende weergawe COMADRE werkende weergawe Data digitalisering Periodiese soektogte Publikasie Pers. komm. Bevolkings matriks model konstruksie Veldwerk

Upload: others

Post on 27-Nov-2020

2 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Die era van groot data en groot demografie · gemiddelde kontrole matriks van ongeveer 100 plant spesies. Verskeie parallele pogings het die databasis oor die volgende jare verleng

Bekendstelling van die COMPADRE Plant Matriks Databasis en die COMADRE Diere Matriks Databasis Hierdie openlike toegang databasisse sal aanlyn wees in die somer 2014 (COMPADRE) en vroeg 2015 (COMADRE) en word aangebied by die Max Planck Instituut van Demografiese Navorsing (Rostock, Germany). COMPADRE en COMADRE bevat huidiglik bevolkings voorspelling matrikse vir >900 plant en >1,300 dier spesies, en gesamentlik >12,000 matrikse van verskillende behandellings, jaarlikse kondisies en wêreldwye bevolkings. COMPADRE en COMADRE bevat ook informasie oor kovariate (bv. Taksonomie, biografie, geolokasie van studie bevolkings) om narvorsers te help om analises te interpreteer. Demografiese metodes laat die afleiding van baie uitkomste van hierdie matrikse met direkte biologiese interpretasie (bv. Sensitiwiteite, gemiddelde lewens verwagting, bevolkings groeikoers) toe.

0

200

400

600

800

1000

1200

1400

Year of publication

Cum

mul

ative

num

ber o

f pla

nt s

tudi

es

1945 1950 1955 1960 1965 1970 1975 1980 1985 1990 1995 2000 2005 2010 2015

COMPADRE Vers. 1.0

COMPADRE Vers. 2.0

COMPADRE Vers. 3.0

Leslie se publikasie

Fig. 1a

COMPADRE is gestig deur M. Franco en J. Silvertown. Weergawe 1.0, bevat die gemiddelde kontrole matriks van ongeveer 100 plant spesies. Verskeie parallele pogings het die databasis oor die volgende jare verleng (bv. Y. Buckley, J. Che-Castaldo, E. Crone, D. Hodgson, T. Knight, S. Ramula, R. Salguero-Gómez). R. Salguero-Gómez het die steekproefgrootte van oor die 500 plant spesies vermeerder, en ook kovariate bygevoeg (bv. behandeling in v. 2.0). COMPADRE 3.0 word tans gelei deur R. Salguero-Gómez en O.R. Jones en, benewens dat dit belangrike kovariate bevat (bv. geolokasie, taksonomie, groei vorm), het dit ook die voorgenoemde parallel digitalisering pogings geherintegreer, in ‘n enkele stoor.

COMADRE v 1.0 was geskep deur R. Salguero-Gómez en O.R. Jones. In weergawe 2.0, het COMADRE parallele diere demografie datastelle geïntegreer (bv. D. Hodgson, L.A. Velez-Espino, M. van de Kerk). Die databasisse word al sedert 2012 ondersteun by die Labratorium van Ewolutionêre Demografie, en die onafhanklike navorsings groep Modelering van die Ewolusie van Oudword by die Max Planck Instituut vir Demografiese Navorsing (Rostock, Duitsland).

Kontak: [email protected] Databasis studieleiers: Rob Salguero-Gómez en Owen Jones. Kern komitee: Yvonne Buckley, Judy Che-Castaldo, Hal Caswell, Dalia Conde, Dave Hodgson, Rob Salguero-Gómez, Owen Jones, Alexander Scheuerlein en James Vaupel. Digitaliserings span: Hendrik de Buhr, Alexander Hartmann, Anne Henning, Claudia Farack, Fränce Gottschalk, Gesa Römer, Tara Ruoff, Julia Wille, en Stefan Zeh, met Ruth Archer (Postdoc). Wetenskaplike komitee: Res Altwegg, Fernando Colchero, Ming Dong, Miguel Franco, Hans de Kroon, Jean Dominique Lebreton, Jessica Metcalf, Maile Neel, Ingrid Parker, Bernt-Erik Sæther, Juan Silva, Jonathan Silvertown, Takenori Takada, Teresa Valverde, Luis Antonio Velez-Espino en Glenda Wardle.

Van die veld to die verbruiker!!COMPADRE en COMADRE stoor bevolkings matriks modelle gepubliseer deur navorsers wêreldwyd. Ons digitalisering span (sien foto onder) is opgelei om die informasie te onttrek en na te gaan, en om navorsers te kontak vir addisionele inligting, indien nodig. Periodies, word nuwe data beskikbaar gemaak via die COMPADRE & COMADRE webwerf, met die uitsondering van data wat tydelik onder embargo is. Die eksponensiële groei van data wat gepubliseer word (Fig. 1a, b) maak dit veral ‘n opwindende onderneming, alhoewel navorsers wat begin in die studie van die demografie van plante en diere, sterk moet dink oor die geografiese (Fig. 2a, b*) en taksonomiese (Fig. 3a, b) vooroordele in data versameling. Ons hoop dat navorsers, student, onderwys en omgewings agentskappe, insluitend ander entiteite, hierdie hulpbron sal gebruik om demografiese vrae te beantwoord.. *Let weld at baie van die geografiese data in COMADRE nog nie gedigitaliseer is nie, maar vordering in hierdie verband is aan die gang.

Number of matrices in COMPADRE

n = 6730

1 5 10 50 100 500 1000 1500 Number of population matrix models per country

0 2500

Fig. 2a

Fig. 3a

0

200

400

600

800

1000

1200

1400

Year of publication

Cum

mul

ative

num

ber o

f ani

mal

stu

dies

1945 1950 1955 1960 1965 1970 1975 1980 1985 1990 1995 2000 2005 2010 2015

COMADRE Vers. 1.0

COMADRE Vers. 2.0

Leslie se publikasie

Fig. 1b

Number of matrices in COMADRE

n = 2942

1 5 10 50 100 500 1000 1500 Number of population matrix models per country

0 2500

Fig. 2b

Fig. 3b

Die afgelope dekade het, onder andere,die aanlyn publikasie van genetiese (GenBank), anatomiese en fisiologiese (TRY, BIEN), en klimatiese data (FetchClimate) gesien, wat die mate tot wat biologiese onderwerpe aangespreek word op ‘n breë, wêreldwye skaal, verander het. Demografie, die studie van bevolkingsdinamika en sy onderliggende drywers, is die sleutel tot die beantwoording van vrae, insluitende: Hoekom sterf sommige spesies plaaslik uit, terwyl ander indringer peste word?; hoe kan ons voedsel voorraad verseker in ontwikkelende lande?; hoe reageer spesies oor wêreldwye veranderings?; hoekom verouder sommige spesies en ander nie? Maar, demografiese data van ‘n groot getal spesies is nie beskikbaar nie, en dit het ons vermoëns om hierdie vrae te antwoord beperk. Hierdie databasisse dra by tot die oplossing van die probleem.

Other

Anthozoa

Merostomata

Gastropoda

Bivalvia

Cephalaspidomorphi

Polychaeta

Chondrichthyes

Actinopterygii

Branchiopoda

Malacostraca

Maxillopoda

Insecta

Arachnida

Amphibia

Reptilia

Aves

Mammalia

0 10 20 30 40 50 60 70

% taxonomic class in COMADRE

Phaeophyceae

Florideophyceae

Rhodophyceae

Bryopsida

Polypodiopsida

Pteridopsida

Cycadopsida

Pinopsida

Liliopsida

Magnoliopsida

0 10 20 30 40 50 60 70

% taxonomic class in COMPADRE

www.compadre-db.org www.comadre-db.org

Die era van groot data en groot demografie

% taksonomiese klasse in COMADRE% taksonomiese klasse in COMPADRE

Die aantal bevolkings matriks modelle per land Die aantal bevolkings matriks modelle per land

Jaar van publikasieJaar van publikasie

Kum

ulat

iew

e ge

tal p

lant

stu

dies

Kum

ulat

iew

e ge

tal d

iere

stu

dies

Andere

Navorser(

COMPA

DRE(&(COMAD

RE(Team(

Navorsers,(

Ond

erwysers,(

Stud

ente,(

Agen

tskapp

e,(

ens.(

COMPADRE(anlyn(weergawe(COMADRE(anlyn(weergawe(

Foutsoek(

COMPADRE)werkende(weergawe(COMADRE)werkende)weergawe(

Data(digitalisering(

Periodiese(soektogte(

Publikasie( Pers.(komm.(

Bevolkings(matriks(model(konstruksie(

Veldwerk(