dominis sh2 i sh3
DESCRIPTION
Dominis Sh2 i Sh3. Xavi Fernández Alba González Alba Jené Macarena Toll. gag. pol. env. V-src. Introducció. 1911 Peyton Rous Virus Sarcoma Rous Transforma les cèl·lules càncer Src kinasa (primera Tyr-K). Src-Kinasa. Domini Src-Homolog 2 (SH2) Domini Src-Homolog 3 (SH3) - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
![Page 1: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/1.jpg)
Xavi FernándezAlba GonzálezAlba JenéMacarena Toll
Dominis Sh2 i Sh3
![Page 2: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/2.jpg)
Introducció
• 1911 Peyton Rous Virus Sarcoma Rous
• Transforma les cèl·lules càncer
• Src kinasa (primera Tyr-K)
gag pol env V-src
![Page 3: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/3.jpg)
Src-Kinasa
• Domini Src-Homolog 2 (SH2)• Domini Src-Homolog 3 (SH3)• Domini Tyr Kinasa• Autoinhibició per fosforilació de Tyr
![Page 4: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/4.jpg)
Domini SH2• Classe α/β
• Plegament tipus SH2
• Superfamília: SH2
• Família: SH2
![Page 5: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/5.jpg)
Fulles β
Hèlixs α
![Page 6: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/6.jpg)
FUNCIÓ• Modul no catalític, conservat, involucrat tant en modificar l’activitat quinasa com en direccionar les interaccions de les tyr kinases amb els seus substrats cel·lulars.
• S’uneixen a residus de fosfotirosines
![Page 7: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/7.jpg)
Xarxa de senyalització
• Domini SH2 permet agrupar proteïnes (mòduls) senyalització
• Aparició alhora de proteïnes SH2 i Tyr – Kinases Coevolució
• Diversificació + especialització conjunta dels dos dominis
![Page 8: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/8.jpg)
Proteïnes am
b domini
SH
2
![Page 9: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/9.jpg)
KINASES FOSFATASES ADAPTADORES DNA BINDING ALTRESp56(Lck) Syp Grb2 STAT1 SapSrc Shp2 Crk proto-oncogen STAT3b Eat2Fyn Shc STAThomolog PLCgammaHck Grb10 CblSyk Grb7Zap-70 Apsp55 (Blk) MonaCskChkBrkProto-oncogenTKPI3Kinasa
Proteïnes amb domini SH2 segons la funció
![Page 10: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/10.jpg)
• Kinases (TyrK): 13• Fosfatases (TyrP): 2• Adaptadores: 7• Factors transcripció (Unió DNA): 4• Altres: 3
Proteines que tenen SH2
Kinases
Fosfatases
Adaptadores
DNAbinding
Altres
![Page 11: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/11.jpg)
![Page 12: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/12.jpg)
![Page 13: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/13.jpg)
SH2Conservació de seqüència...
![Page 14: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/14.jpg)
![Page 15: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/15.jpg)
Arg
... conservació d’estructura...
![Page 16: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/16.jpg)
... i conservació de l’Arg entre espècies
Arg conservada Paper clau en l’estabilització
de la unió a la Tyr P
![Page 17: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/17.jpg)
Propietats del domini SH2
pTyr
Unió específica i forta però reversible
![Page 18: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/18.jpg)
Polar amb càrrega +
Polar sense càrrega
Hidrofòbics
![Page 19: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/19.jpg)
Butxaca polar
Arg
pTyr
Butxaca hidrofòbica
![Page 20: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/20.jpg)
Dos dominis SH2
![Page 21: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/21.jpg)
Lligand ESQpYEEIPpY
Unió al lligand - PTyr
PTyr
![Page 22: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/22.jpg)
Canvi conformacional del domini SH2
![Page 23: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/23.jpg)
![Page 24: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/24.jpg)
C-ter
![Page 25: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/25.jpg)
Butxaca polar
Butxaca hidrofobica
PTyr-Arg
![Page 26: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/26.jpg)
Arg conservades en la interacció amb el lligand
![Page 27: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/27.jpg)
Domini SH2: interacció PTyr
2,723A
2,723A
![Page 28: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/28.jpg)
Mecanisme d’inactivació de la Src Kinasa
![Page 29: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/29.jpg)
Selectivitat unió
Importància Thr 215
Thr 215
PTyr-X-Asn
![Page 30: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/30.jpg)
Thr
PTyr-X-Asn
Trp
Ptyr- val- asn val
![Page 31: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/31.jpg)
Aromatics
( F, Y, W, H )
Domini SH3
![Page 32: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/32.jpg)
![Page 33: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/33.jpg)
Abl
• Tyr Kinasa familia Src
• 47% homologia en seqüència
Diferent mecanisme d’inhibició !
![Page 34: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/34.jpg)
![Page 35: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/35.jpg)
SH3SH2-SH3
linker
SH3
SH2-Kinase loop
C-lobe
Kinase
Activation
loop
MYR
![Page 36: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/36.jpg)
![Page 37: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/37.jpg)
Grb2: Proteïna Adaptadora
![Page 38: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/38.jpg)
GRB2SH2
SH3
SH3
![Page 39: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/39.jpg)
Receptor Tyr-K
Fosforilat
Sos
SH2 SH3
SH3
![Page 40: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/40.jpg)
![Page 41: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/41.jpg)
![Page 42: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/42.jpg)
![Page 43: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/43.jpg)
Syp
Tyr fosfatasa
![Page 44: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/44.jpg)
PTyr
Arg
![Page 45: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/45.jpg)
![Page 46: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/46.jpg)
STATS
• Factors de transcripció
• Regulació creixement, supervivència i diferenciació cel·lular
• Importants en el S.I.
• Senyalització per citokines.
![Page 47: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/47.jpg)
![Page 48: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/48.jpg)
DNA
SH2
Domini unió DNA
(GAS)
Domini
dimerització
STAT- 1
![Page 49: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/49.jpg)
Preguntes PEM1. Que caracteritza a la proteina Src?• a. que s'autoinhibeix• b. que és inhibida per Shp-2• c. el seu loop sh2-kinasa és més flexible• d. totes les anteriors són falses• e. totes les anteriors són certes. 2. Un exemple/s de proteina/es que contenen el domini SH3 és:• 1. Shp-2• 2. Nebulin• 3. Syp• 4. Grb2
• a. 1,2,3• b. 1,3• c. 2,4• d.4• e.1,2,3,4
![Page 50: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/50.jpg)
3. El domini SH3 es caracteritza per ser:• a. tot alfa• b. alfa + beta• c. tot beta• d. ric en aminoàcids alifàtics• e. c i d són certes4. El domini SH2 es caracteritza per ser:• a. tot alfa• b. tot beta• c. alfa / beta• d. alfa + beta• e. partially opened beta barrel5. Quines butxaques trobem en el domini SH2?• a. 1 butxaca aromatica i una hidrofobica• b. 2 butxaques polars i una hidrofobica• c. 1 butxaca polar i una hidrofòbica• d. 1 butxaca apolar• e. 2 butxaques polars
![Page 51: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/51.jpg)
6. Quina butxaca s'encarrega de donar selectivitat a la unió del domini SH2 i el seu lligand?
• a. la butxaca polar• b. la butxaca positiva que interacciona amb el grup fosfat• c. la butxaca hidrofobica• d. la butxaca aromatica• e. cap de les anteriors és certa7. quin és el residu més important per a la interacció amb el fosfat de la tyr en
el domini SH2?• a. Lys• b. Arg• c. Val• d. Trp• e. Tyr8. Quins aminoàcids del domini sh3 són importans per a la interacció amb el
seu lligand?• a. Aminoacids basics• b. Aminoacids àcids• c. Aminoacids aromatics• d. b i c són certes• e. a i b són certes
![Page 52: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/52.jpg)
9. Digues quina afirmació és CORRECTA• 1. El domini SH2 s'uneix a seqüències riques en prolina• 2. El domini SH3 s'uneix a seqüències riques en prolina• 3. Els dominis SH2 i SH3 es troben sempre junts. • 4. Els dominis SH2 i SH3 tenen estructura diferent • a. 1, 2, 3• b. 1, 3• 2, 4• d.4• e.1,2,3,410. Quina de les següents afirmacions és FALSA:• a. El domini SH3 té estructura de partially opened beta barrel• b. Els dominis SH2 i SH3 són importants per la senyalització
intracel·lular• c. El domini SH2 s'uneix a Tyr fosforilada• d. El domini SH2 serveix per la unió al DNA. • e. El domini SH3 serveix per la unió a regions riques en prolina.
![Page 53: Dominis Sh2 i Sh3](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814473550346895db107b4/html5/thumbnails/53.jpg)
Preguntes assaig1. Explica les principals diferencies entre SH2 i SH3 (funció, estructura,
residus importants per la unió)RESPOSTA: funcio: sh2 unió a tyr P. sh3 unió a sequencies riques en prolina. Estructura: SH2 és tipus a/b i SH3 es un partially opened b barrel (tot beta). Residus importants: Sh2 te una butxaca polar on destaca l'arginina clau per la unió amb el fosfat de la tyr i una butxaca hidrofobica important per a la selectivitat del lligand. SH3 té aminoacids aromatics que reconeixen les prolines, i dues butxaques polars amb càrrega negativa (acides) que reconeixen els aminoàcids bàsics (lys, arg)
2. Com ho faries per veure si els dominis SH2 estan conservats entre diferents proteines?
RESPOSTA: retallar les sequencies i pdbs de la part corresponent al domini (consultar al Pfam els residus que formen el domini). alineament de seqüència amb clustal i alineament de estructura utilitzant stamp (opcions avançades).