![Page 1: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/1.jpg)
Човешкият геном върху предметно стъкло -
възможности на микрочиповия анализ
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 2: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/2.jpg)
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Микрочипове
![Page 3: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/3.jpg)
Само предметно стъкло или?
Проби (олигонуклеотиди, cDNA, антитела)
Микрочип (предметно стъкло)
Повърхност, покрита с т.нар. “spots”
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 4: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/4.jpg)
Southern blot с микро-размери
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 5: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/5.jpg)
Малко история...
Макрочип – средата на 80-те години на 20 век
- найлонова мембрана- 2000 гена
1991г. – фотолитографско принтиране (Affymetrix)
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 6: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/6.jpg)
1995г. – Количествено определяне на генната експресия с чипове1996г. - Започва продажбата на чипове (Affymetrix)1997г. – Анализ на генната експресия при дрожди (S. cerevisiae)2000г. – Анализ на тумори2003г. – Въвеждане в клиничната практика2004г. – Целият човешки геном на един микрочип
Малко история...
Публикации в PubMed
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 7: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/7.jpg)
Видове микрочипове
ДНК – олигонуклеотиди
РНК – cDNA
Белтък - антитела YYY
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 8: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/8.jpg)
Affymetrix Agilent NimbleGen Illumina
Платформи
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 9: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/9.jpg)
Affymetrix
Проби – 25 нд. (синтез in situ) По-голям брой проби за един ген Оцветяване – стрептавидин-фикоеритин 250 нг. ДНК 1М
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 10: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/10.jpg)
Agilent
Проби – 60 нд. (printed/spotted array) Оцветяване – Cy-3, Cy-5 500 нг. ДНК 1М
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 11: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/11.jpg)
NimbleGen
Проби – 60 нд. Оцветяване – Cy-3, Cy-5500 нг. ДНК4.2М
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 12: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/12.jpg)
Illumina
Проби – 50 нд. (beads array)Оцветяване – streptavidin-Cy-3750 нг. ДНК1М
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Biotin labeled cDNA
![Page 13: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/13.jpg)
aCGH (array Comparative Genomic Hybridization)
- определяне на геномни амплификации/ делеции
- сравнение с контролна ДНК
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 14: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/14.jpg)
2. ДНК белязване – Cy3, Cy5
3. Хибридизация, промиване
array CGH - стъпки
проба контрола
1. Изолиране на ДНК от проба и контрола
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 15: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/15.jpg)
Agilent - белязване
цианини
550 nm
650 nm
озон
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 16: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/16.jpg)
Array spot
Labelled DNA
Hybridize
Wash, Scan
R G Colour display
Hybridize
Wash, Scan
Hybridize
Wash, Scan
Agilent - белязване
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
Hybridize
Wash, Scan
![Page 17: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/17.jpg)
4. Сканиране – Tiff файл
array CGH - стъпки
5. Анализ на резултатите - Feature Extraction software – Tiff - Txt
- Genomic Workbench
- GeneSpring
- CytoSure…
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 18: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/18.jpg)
Agilent
aCGH - сканиране
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 19: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/19.jpg)
Приложения
CNV (copy number variations)
SNP (single nucleotide polymorphisms)
Methylation
Protein-DNA interaction
Gene expression
miRNA expression
Център по Молекулна Медицина, МУ - София
![Page 20: Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ](https://reader036.vdocuments.net/reader036/viewer/2022062502/568150b7550346895dbed0d9/html5/thumbnails/20.jpg)
Център по Молекулна Медицина, МУ - София