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Oracle au CHUV
Pierre-Francois RegameyDirecteur des systèmes d’information - CHUV
Raphael ColsenetChef de projet BI – Cube Groupe Conseil Sarl
Oracle Digital Day21 mars 2017
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Agenda
• Le CHUV en très bref
• Son système d’information
• Les stratégies
• ODA pour fiabiliser le SI
• Oracle Cloud en
support aux projets de
recherche clinique et
génomique
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Le CHUV en très bref
Un des 5 hôpitaux
universitaires
suisses
Entièrement public
Collaboration avec
les HUG
3
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3 missions de base
Soignerle savoir au service du patient
Enseignerla relève des professionnels de la santé
Rechercherles traitements de demain
4
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Pôles d’excellenceCHU : multidisciplinaire complexe
Approche multidisciplinaire en oncologie
Synergies entre neurosciences cliniques & psychiatriques
Traitement médico-chirurgical des maladies cardiovasculaires
Transplantations de coeurs et reins
Centre de traitement de grands brûlés5
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Chiffres clefs CHF 1,5 Mia de budget
1’468 lits
8’200 EPT
1’434 médecins
1’300 étudiants en médecine
(1ère – 6ème année)
46’337 cas d’hospitalisation
38’597 patients en urgence
3’802 cas ambulatoires / jour
2’976 naissances
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La stratégie 2014-2018
Multidisciplinaire -> partage d’informations -> SI
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Un hôpital transversal, numérique et interconnecté
Dossier patient institutionnel eHealth
BiobanqueInstitutionnelleLausannoise
Projets deRecherche
Human Brain Project
Dossier médical personnel
Neurotech Project
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L’IT du CHUV en quelques chiffres
Budget de CHF ~42 Millions
160 collaborateurs
12’000 postesde travail
13’000 téléphones IP
4’000 téléphonesGSM
200 applications centrales
1’000 serveurs9
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~200 applications IT centrales
70 applications cliniques
Applications IT : stratégie d’achat et d’intégration
Fragmentation des applications et des
données…
Moteurs de bases multiples: Oracle,
SQLserveur, mySQL
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Missions de l’hôpital
Clients et partenaires
Processusinternes
Apprentissageet futur
S3 Implémenter le nouveau SIRH
S2 Soutenir la recherche clinique et
translationnelle
S1 Développer le SI clinique
S4 Développer les échanges de données avec nos partenaires
Carte stratégique des SI 2014 - 2018
S10 Renforcer l'orientation service
de la DSI
S7 Gérer par priorités S8 Poursuivre la
fiabilisation du SI
S6 Centrer l'environnement de
travail sur l'utilisateur
S5 Développer l’accessibilité et la
mobilité
S9 Intégrer le processus
d’architecture d’entreprise du SI
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S8 Poursuivre la fiabilisation du SITransformation : aujourd’hui, l’hôpital dépend du SI pour soigner !
• En 2018 les applications critiques sont définies par des niveaux de services (SLA) négociés avec les métiers prenant en compte notamment la disponibilité. Les niveaux délivrés sont mesurés et atteignent les objectifs des SLAs.
• Les applications critiques disposent d’infrastructures à tolérance de pannes et/ou redondantes.
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Oracle Database Appliance
Un moyen de contribuer à la poursuite de la
fiabilisation du système d’information sur trois axes:
La conformité : l’entier du stack est validé par Oracle
La sécurité : toutes les versions d’Oracle Database admises sont sous support
La disponibilité : deux nœuds actifs
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Oracle Database Appliance
DATAGUARD
Node 0: Environnement OLTP PRODNode 1: Environnement DWH
Pas (encore) de RAC entre les nodes
Node 0: Environnement DRNode 1: Environnement DEV + VAL
Pas (encore) de RAC entre les nodes
Site primaire Site secondaire
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Notre expérience avec Oracle Database Appliance
La mise en œuvre et déploiement
• Intégration aisée dans le Datacenter : une journée de setup et configuration
• OAKCLI/ODACLI: outil spécifique ODA pour le déploiement de bases de données en une ligne de commande
• Reprise des workloads sur le deuxième nœud avec un effort modéré
o La virtualisation• La gestion des multiples vLan est complexe
• Des performances insuffisantes, très inférieures au déploiement type BareMetal
• La compétence du support et partenaires à améliorer
o La définition de l’appliance• ODA n’est pas une solution black-box !
-> nos DBAs doivent développer leurs compétences sur le système ODA
• ODA est un choix de conformité, on n’a pas la souplesse de configuration d’une solution Build your Own
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Notre expérience avec Oracle Database Appliance
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S2 Soutenir la recherche clinique et translationnelleTransformation : aujourd’hui, la recherche dépend des données
informatisées, Big data, …
• En 2018 le CHUV a déployé un
datawarehouse soutenant la
recherche clinique
• Les chercheurs disposent d’un
environnement applicatif mis à
disposition par la DSI ainsi que
d’un accès facilité et sécurisé aux
données du SI clinique
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Médecine personnalisée(ou médecine de précision)
2002 2015
Une révolution médicale en marche
Capitaliser sur les technologies
génomiques pour catalyser la
découverte et le développement de
thérapies.
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Initiatives en cours
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Initiatives en cours
Arc lémanique
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Plateforme de soutien pour la médecine de précision au CHUV
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Unité de valorisation des données et des échantillons
Soutenir les investigateurs du CHUV et de l’UNIL, ainsi que leurs partenaires dans leurs projets de recherche
3 unités - 27 collaborateurs
Unité Consentement Général
Unité de Laboratoire pré-analytique
Unité IT pour la recherche clinique (8 personnes)
• Equipe Data warehouse
• Bioinformaticiens
• Data scientist
• Data manager
Sous la responsabilité du Prof. Vincent Mooser
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Projet Data warehouse de recherche clinique
Fournir une vue 360 degrés du patient aux investigateurs. Intégrer dans une vue consolider les informations cliniques des patients du CHUV en provenance des différentes applications du système d’information du CHUV (dossiers patients, échantillons
biologiques, analyses de laboratoire, données d’imagerie,
données et analyses génétiques…).
Mettre à disposition des médecins chercheurs des outils facilitant l’exploration et l’utilisation de ces données à des fins de recherche.
Offrir un environnement ultra performant et à la pointe de la technologie en ce qui concerne la sécurité, journalisation des accès aux données avec un respect intégral des contraintes légales liées à la recherche humaine.
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Les défis technologiques
La diversité des données• Données structurées (cliniques, résultats labo,…)
• Données non structurées (notes dossier patient,…)
• Données génétiques
• Images – radiographies
Le volume de données / performance• Données génomiques très volumineuses
• 1 génome
• VCF: 1.1GB
• BAM (données brutes): 125GB
La sécurité des données• Données extrêmement sensibles – Cadre légal suisse
• Techniques de dépersonnalisation (K-Anonymization, Noise,..)
• Anonymisation des images et texte libre
• Données génétiques identifiantes intrinsèquement
• Collaboration avec EPFL
• Technique « differential privacy »
• Technique « homomorphic encryption »
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La réponse technologique
Architecture cible
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Data warehouse de recherche clinique
Molis
Soarian
Axya
Ultragenda
Diamic
Predimed
Sapphire
Pacs
Digistat
Gyroflux
Metavision
…
Applications sources
OMICS Données génétiques
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Data warehouse de recherche clinique
Molis
Soarian
Axya
Ultragenda
Diamic
Predimed
Sapphire
Pacs
Digistat
Gyroflux
Metavision
…
Applications sources
Modèles de données
Interface tables (Staging area)
Healthcare/OMICS data model1200 entities – 14K attributs
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Data warehouse de recherche clinique
Molis
Soarian
Axya
Ultragenda
Diamic
Predimed
Sapphire
Pacs
Digistat
Gyroflux
Metavision
…
Applications sources
Outils de chargement
Données cliniques : Oracle Data Integration
(> 1000 jobs de chargement)
Données génétiques : Oracle OMICS loaders
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Data warehouse de recherche clinique
Molis
Soarian
Axya
Ultragenda
Diamic
Predimed
Sapphire
Pacs
Digistat
Gyroflux
Metavision
…
Applications sources
Application Tool Kit
Healthcare Common Datamart
Accélérateur – >100 entités
(dimensions, hiérarchies, facts,..)
Business Intelligence Tool - OBIEE
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Data warehouse de recherche clinique
Molis
Soarian
Axya
Ultragenda
Diamic
Predimed
Sapphire
Pacs
Digistat
Gyroflux
Metavision
…
Applications sources
Infrastructure analytique dédiée
Oracle Exadata
Oracle Cloud
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Oracle CloudAccélérateur et preuves de concept
Développement
Production
Oracle Data IntegratorSQL developer
OBIEEWeblogic
Molis
Soarian
Axya
Ultragenda
Diamic
Predimed
Sapphire
Pacs
Digistat
Gyroflux
Metavision
…
Applications sources
![Page 32: 21 mars 2017 Oracle au CHUV...Projet Data warehouse de recherche clinique Fournir une vue 360 degrés du patient aux investigateurs. Intégrer dans une vue consolider les informations](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022042513/5f4dcd1820469a6eb5793a18/html5/thumbnails/32.jpg)
Notre expérience avec Oracle Cloud
Rapidité de mise en œuvre • Environ 3 jours après la signature du contrat pour l’environnement BD• 1 mois pour Oracle Healthcare Foundation
Flexibilité• Ressources serveur, espace disque,…• Gestion des utilisateurs, droits d’accès,…• Coût de la solution et durée d’engagement
Outils de développement• Complétement transparent selon les développeurs sur le projet
o Mise en garde• Cycle de développement uniquement – pas de production sur le CLOUD au CHUV !
• Condition de sécurité - cadre légal – protection des données• Anonymisation des données avant le transfert sur le cloud
• Virtual Machine peu performante, solutions alternatives envisagées
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Merci de votre attention
RemerciementsProf. Vincent MooserNathalie Jacquemont
Nicolas RosatNicolas Pinaud
et leurs équipes