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Étude de la diversité génétique intraspecifique
Typer 25-30 individus non apparentés
Marqueurs moléculaires
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Représentation des génotypes dans un tableau (Exel)
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Équilibre de Hardy-Weinberg
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Mis en évidence en 1908 par G.h. Hardy et W. Weinberg
Les fréquences alléliques et genotypiques restent stable de génération en génération dans une population diploïde idéale
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Condition de l’équilibre de Hardy-Weinberg
1. La population est panmictique : le choix du conjoint se fait de manière aléatoire
2. Tous les individus participant au processus de reproduction appartiennent à la
même génération
3. La population est isolée : aucun gène n'est introduit par des migrants extérieurs
4. La taille de la population est infinie
5. Il n'y a pas de mutation au locus considéré
6 Il n'y a pas de sélection agissant sur le locus considéré
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Fréquence allélique F
pf A qfa
1 qp
Loi de Hardy-Weinberg:
Equilibre de la fréquence des allèles et des génotypes au cours des générations.
2ppp
Gamète 1
Gam
ète
2
2qqq pqqp
pqqp
A (p)
A (p)
a (q)
a (q)
AA Aa
Aa aa
Cas d’un locus bi-allélique
Fréquence génotypique2pf AA
pqpqpqf Aa 22qfaa p2+2pq+q2=1
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l'axe horizontal indique les deux fréquences d'allèle p et q,
l'axe vertical indique la fréquence des génotypes les trois génotypes possibles sont représentés par des courbes différents
Prédiction des fréquences génotypiques de la génération t+1 à partir des fréquences alléliques de la génération t
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Pour un système multiallèlique à n allèles la formule devient (p1 + p2 +… pn )2 = 1.
fAiAi = Pi2 fAiAj = PiPj
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GENPOP (version 1.2) ( Raymond et Rousset 1995)
deux estimation de Fis(mesure l’écart à la panmixie à l’intérieur des populations):une basée sur le modèle de Weir et Cockerham’s (1984) et la deuxième sur le modèle de Robertson et Hill (1984)
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Fis=1-Ho/HsFis=1-Ho/Hs
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Test d’excès d’hétérozygotes
Ho: absence d’excès en hétérozygotes
H1: présence d’excès en hétérozygotes
Test de déficit en hétérozygotes
Ho: absence de déficit en hétérozygotes
H1: présence de déficit en hétérozygotes
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Ho rejetéeValeur de Fis > P calculée H1
acceptée
Valeur de Fis < P calculée Ho acceptée
P est estimée utilisant la méthode des chaines de Markov (Guo et Thompson)
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Dérive génétique
Pression sélective
Migration
Mutation
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Fluctuation des fréquences géniques d’une génération à l’autre à l’intérieur d’une population fermée (à faible effectif)
diminution du taux d’hétérozygotes
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Les individus n’ont pas la même probabilité de devenir reproducteurs et/ou n’ont pas, une fois reproducteur la même espérance de taille de descendance.
Evolution orientée des fréquences géniques
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À sens unique
Echange entre deux populations
évolution rapide des fréquences géniques
Homogénéisation génétique
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Le rythme d’évolution des fréquences est très lent
Sélection et la dérive génétique
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Croisement consanguin Homogamie Biais d’échantillonnage, Biais d’enregistrement des généalogies Insémination artificiel Allèle nul Effet père