ecología molecular – tp 7 selección natural adaptación
TRANSCRIPT
![Page 1: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/1.jpg)
Ecología Molecular – TP 7
Selección natural
Adaptación
![Page 2: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/2.jpg)
El caracol curador
4 muestras de 40 individuos
10 loci, izoenzymas
![Page 3: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/3.jpg)
2
3 Isla
1
20 km
![Page 4: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/4.jpg)
![Page 5: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/5.jpg)
Paso 4: Fst por pares y permutaciones
![Page 6: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/6.jpg)
3
1
20 km
ml de bava
z: valor fenotípico de un indivudog: efecto medio del genotipoe: efecto del ambiente
z = g + e
![Page 7: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/7.jpg)
Cultivo
Componente genética
31
ml de bava
![Page 8: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/8.jpg)
31
ml de bava
B1=1,070
VB1=0,128B3=2,336
VB3=0,290
![Page 9: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/9.jpg)
Fst = 0,145
Qst = 0,49
¿Conclusión?
![Page 10: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/10.jpg)
Escaneo GenómicoDetección de Loci Outliers
![Page 11: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/11.jpg)
Cuenca del Río Limarí: se muestrearon 3 sitios.
Cuenca del Río Maipo: se muestrearon 3 sitios.
Se amplificaron 136 AFLP.
Basilichthys microlepidotus
![Page 12: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/12.jpg)
Objetivos:
• Determinar loci bajo selección entre las cuencas
• Determinar loci bajo selección dentro de cada cuenca
![Page 13: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/13.jpg)
Programa Mcheza: Marcadores dominanteshttp://popgen.eu/soft/mcheza/
Selección direccional:
• reduce la diversidad genética dentro de la población • incrementa la diferenciación entre las poblaciones.
Selección balanceadora: • responsable de la mantención de la variación genética, es decir mantiene diferentes alelos en los loci seleccionados. • Tiende a la homogenización de las frecuencias alélicas, por lo tanto disminuye la diferenciación genética entre las poblaciones.
![Page 14: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/14.jpg)
![Page 15: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/15.jpg)
![Page 16: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/16.jpg)
![Page 17: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/17.jpg)
![Page 18: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/18.jpg)
![Page 19: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/19.jpg)
![Page 20: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/20.jpg)
![Page 21: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/21.jpg)
![Page 22: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/22.jpg)
![Page 23: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/23.jpg)
![Page 24: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/24.jpg)
![Page 25: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/25.jpg)
![Page 26: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/26.jpg)
![Page 27: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/27.jpg)
![Page 28: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/28.jpg)
![Page 29: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/29.jpg)
![Page 30: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/30.jpg)
![Page 31: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/31.jpg)
![Page 32: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/32.jpg)
Se contruyen set de datos con los loci neutrales, loci bajo selección
balanceadora y bajo selección direccional.
![Page 33: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/33.jpg)
Cuenca del Río Limarí
Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3
Limarí 1 0.0
Limarí 2 -0.035 (0.99) 0.0
Limarí 3 -0.035 (0.99) -0.035 (0.99) 0.0
Tabla: Fst pareados y p values para loci bajo selección balanceadora
Tabla: Fst pareados y p values para loci neutrales
Comparaciones pareadas para loci neutrales y bajo selección balanceadora
Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3
Limarí 1 0.0
Limarí 2 0.073 (0.00) 0.0
Limarí 3 0.031 (0.005) 0.075 (0.00) 0.0
![Page 34: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/34.jpg)
Cuenca del Río Maipo
Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3
Limarí 1 0.0
Limarí 2 -0.034 (0.99) 0.0
Limarí 3 -0.0325 (0.99) -0.029 (0.99) 0.0
Tabla: Fst pareados y p values para loci bajo selección balanceadora
Tabla: Fst pareados y p values para loci neutrales
Comparaciones pareadas para loci neutrales y bajo selección balanceadora
Limarí 1 Limarí 2 Limarí 3
Limarí 1 0.0
Limarí 2 0.037 (0.00) 0.0
Limarí 3 0.073 (0.00) 0.082 (0.00) 0.0
![Page 35: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/35.jpg)
Entre cuencas
![Page 36: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/36.jpg)
RNA-seqDetección de genes con
expresión génica diferencial
![Page 37: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/37.jpg)
Cuenca del Río Maipo: se muestrearon 4 sitios.2 sitios de alta contaminación y 2 sitios con
menor contaminación (3 individuos por sitio, 2 en SFM).
![Page 38: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/38.jpg)
Objetivo
Determinar genes con expresión diferencial entre individuos habitando zonas contaminadas y no
contaminadas
![Page 39: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/39.jpg)
Pasos previos
- Filtrado de los datos
- Ensamble de novo
- Mapeo de los fragmentos (reads)
- Conteo de los reads en cada contig
- Selección de contigs con expresión en todos los individuos
![Page 40: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/40.jpg)
Determinación de genes expresados diferencialmente
MeV: MultiExperiment Viewer
![Page 41: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/41.jpg)
![Page 42: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/42.jpg)
![Page 43: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/43.jpg)
![Page 44: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/44.jpg)
![Page 45: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/45.jpg)
![Page 46: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/46.jpg)
![Page 47: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/47.jpg)
31 genes con expresión diferencial entre los individuos
de zonas contaminadas y no
contaminadas
Pero, algunos genes podrían estar
sesgados por un solo individuo!!!
![Page 48: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/48.jpg)
![Page 49: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/49.jpg)
6 contigs con expresión diferencial entre los individuos habitando zonas contaminadas y no
contaminadas
4 sobre expresados en contaminación
2 sub expresados en contaminación
Ornitina descarboxylasa-like Proteína nuclear cisteína rica en serina-1-like Factor de transcripción Junb-likeFosfoenolpiruvato citosólico
Quimotripsina b-likeProbable proteína
ubiquitina ligasa DTX2-like
![Page 50: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/50.jpg)
Ornitina descarboxylasa-like (ODC-like): activación de ODC ha sido asociada con la promoción y progresión de tumores.
Estudios han y no detectado actividad de la descarboxilasa asociados a ODC-like.
Proteína nuclear cisteína rica en serina-1-like
Factor de transcripción Junb-like
Posiblemente asociados a la supresión de
tumores.
Posiblemente asociados a la supresión de
tumores.
Fosfoenolpiruvato citosólico: tiene actividad fosfoenolpiruvato carboxiquinasa y ha sido considerada como una de las
enzimas controladoras de la gluconeogénesis.
![Page 51: Ecología Molecular – TP 7 Selección natural Adaptación](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022051211/5528bde3497959977d8f96b8/html5/thumbnails/51.jpg)
Dos contigs sub-expresados en los individuos que habitan zonas contaminadas:
Quimotripsina b-like
Probable proteína ubiquitina ligasa DTX2-like
Ambos involucrados en la degradación de las proteínas
Organismos de zonas contaminadas presentan menor degradación de proteínas que los individuos que habitan
zonas no contaminadas