El Nodo Español de la iniciativa GBIF

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• Que es GBIF

• Implementación de GBIF en España

• Las colecciones como prioridad de GBIF

• Retos que plantea la explotación de la información de las colecciones

Sumario

El Nodo Español de la iniciativa GBIF y el papel de las colecciones en el mismo

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Iniciativa GBIF

• Es una iniciativa internacional, a 10 años vista, para hacer accesible por Internet toda la información disponible sobre los organismos vivos conocidos a nivel mundial (se ha hablado de GBIF como el “proyecto genoma humano” de la biodiversidad)

• A instancias de la OCDE (1996, MegaScience Forum)

• Los miembros ordinarios de GBIF son estados

• Los estados miembros se comprometen a establecer un nodo nacional de GBIF que –entre otras cosas-- será portal de esta información, además contribuyen económicamente a la inciativa

Global Biodiversity Information Facility

Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad

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•Junio de 1999: el Consejo de Ministros de la OCDE acuerda crear GBIF

•Marzo del 2001: GBIF nace oficialmente

•2002: La Secretaría Mundial del GBIF se instala en Copenague

•2003: Primer plan de trabajo anual de GBIF y primeras convocatorias de proyectos y contratos

Cronología de GBIF

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• Informatización de las colecciones de Historia Natural

• Tecnología e interoperabilidad de bases de datos

• Catálogo electrónico de nombres científicos

• Formación y cooperación

• “Species bank”: bases de datos con información sobre especies (descripciones, claves, imágenes, …)

• Biblioteca Virtual de la Biodiversidad

Programas temáticos

Iniciativa GBIF

El catálogo electrónico de nombres de organismos conocidos para la ciencia posibilitará el enlace entre muchos tipos de bases de datos biológicas y no biológicas

Iniciativa GBIFContenidos y relaciones

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España firma el MoU

Plan de actuaciónAbril 2001

Resolución del MCYT

Sesiones informativas

Trabajos iniciales

GBIF.ES UC, arranca

De la voluntad política a la realidadGBIF en España

Febrero 2001

Invierno 2002

Otoño 2002

Julio 2002

Julio 2003

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Museo Nacional de Ciencias Naturales

Real Jardín Botánico

Resolución

del MCYT

Consejo Superior de Investigaciones Científicas

Nodo Nacional de GBIF

Unidad de Coordinación

Impleméntación

GBIF en España

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– Estructura en red (U. coordinación + centros y proyectos)

– Unidad de Coordinación dentro de un centro– Sin presupuesto para financiar proyectos

Propuesta de implementación

GBIF en España

ANEP

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El sistema de información del nodo español del GBIF está formado por una Unidad de Coordinación (UC) y por una federación de bases de datos integrada por los Centros Asociados a la Red (CAR)

GBIF.ES = UC +CAR

GBIF en España

• Acceso unificado

• Información distribuída

Los proveedores de datos retienen el control sobre los mismos

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Esta misión se plasma en las siguientes tareas:• Proporcionar soporte técnico (información, formación,

estándares, software y asesoramiento)• Asegurar la coherencia entre las iniciativas nacionales

y la arquitectura informática de GBIF, para garantizar la interoperabilidad

• Investigar como maximizar el valor de los datos, al desarrollar herramientas de análisis, validación y visualización de los mismos

• Recopilar y difundir información relevante para las colecciones y para el conocimiento y gestión de la información sobre biodiversidad

GBIF en EspañaUnidad de Coordinación

Misión: apoyar a las colecciones, centros y proyectos relevantes sobre biodiversidad para que participen en GBIF

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• Decisiones iniciales:– Nombre, logotipo, ubicación de la UdC, acuerdos de

cooperación con el CTI del CSIC, y con los departamentos pertinentes del MCYT (ahora MEC)

• Acciones iniciales:– Contratación de personal, instalaciones informáticas y de

comunicación, presencia Web (www.gbif.es), ...

– Plan de formación y apoyo, implementación de una plataforma DIGIR, herramientas de informatización, …

– Estado de las colecciones y proyectos de biodiversidad en España

• Proyectos:– 2 de “seed money” del GBIF

– 13 Acciones Especiales del Ministerio

GBIF en EspañaActividades

13

• Conocer la situación • Establecer líneas de actuación y prioridades

Informe disponible en www.gbif.es Sobre la base de datos de BioCase

Colecciones: informe

En total:101 colecciones

47

30

49

18

5

0

0

1

0

10

20

30

40

50

60

70

80

Botánica Zoología Miscelaneo Microbiología

Número y tipo de las colecciones

Número de colecciones de historia natural Número de colecciones vivas

GBIF en España

Botánica 47 30 77

Zoología 49 18 67

Miscelaneo 5 0 5

Microbiología 0 1 1

Número de colecciones de historia natural

Número total de colecciones

Número de colecciones vivas

14

3.550.805

8.299.1762.169.917

2.037.723

98.479

2.7748.000

0

Zoología Botánica Miscelánea Microbiología

Ejemplares informatizados Ejemplares sin informatizar

Zoología 8.299.176 3.550.805 11.849.981 30%

Botánica 2.037.723 2.169.917 4.207.640 52%

Miscelánea 2.774 98.479 101.253 97%

Microbiología 0 8.000 8.000 100%

Número total de ejemplares

Porcentaje informatizado

Ejemplares sin informatizar

Ejemplares informatizados

• Distinta magnitud según la disciplina • Esfuerzos de informatización en marcha

GBIF en EspañaColecciones: informatización

15

47 herbarios y más de 4 millones de especímenes

GBIF en EspañaColecciones: Botánica

16

49 colecciones y más de 12 millones de especímenes

98% de los especímenes en 12 colecciones

GBIF en EspañaColecciones: Zoología

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• Por el tamaño: posición intermedia• Por el número de colecciones: alta dispersión• Diferente situación entre la Botánica y la

Zoología en cuanto a:– Tamaño– Proyectos de informatización y acceso a datos

(Acciones especiales del MCYT: 13 = 9 +4)– Organización

GBIF en EspañaColecciones: puntos a recordar

18

AHIM

• 1992: Primera reunión de trabajo (herbarios portugueses y españoles)

• 1994: Se constituye formalmente

• 2004: Miembros: 46 centros y 25 individuos

www.ahim.org

19

• Boletín

• Foro de Internet

• Asamblea anual

• Exsiccata

• Viajes de recolección • Sitio Web

• Aplicación para informatizar colecciones

AHIM: actividades

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• Fauna iberica• Flora iberica• Flora Micológica

Ibérica• Flora Lichenologica

Iberica • Flora Briofítica Ibérica • Flora Phycologica

Iberica

• Proyecto Biota-Especies (Islas Canarias)

GBIF en EspañaProyectos de biodiversidad (en curso)

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GBIF en EspañaColecciones y proyectos

Proyectos Centros

Colecciones

Formación y cooperación

Informatización de las

colecciones de Historia

Natural

Biblioteca virtual de la biodiversidad

Tecnología e interoperabilidad de

bases de datos

Catálogo electrónico de nombres científicos

“Species Bank”

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• Informatización de las colecciones de historia natural

• Tecnología e interoperabilidad de bases de datos

• Catálogo electrónico de nombres científicos

• Formación y cooperación

• “Species bank”: bases de datos con información sobre especies (descripciones, claves, imágenes,…)

• Biblioteca Virtual de la Biodiversidad

Programas temáticos de GBIF:

Papel de las colecciones en GBIF

• Informatización de las colecciones de Historia

Natural

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Porqué las colecciones son prioritarias:

• Fuente primaria de información• Proporcionan la mayor y más fiable fuente de

información sobre la biodiversidad del planeta• Los ejemplares de las colecciones son falsables

– Calidad, reproducibilidad

… y GBIF es Ciencia

Papel de las colecciones en GBIF

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Colecciones de Historia Natural

• Base del trabajo

• Resultado del trabajo

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• Esta es la diferencia clave entre las colecciones y otras fuentes de información (Literatura, observaciones, base de datos a nivel de especies, ...)

La información esta disponible para ser revisada y reevaluada

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Información en las colecciones

• de personas

• de habitat / ecológica

• el ejemplar (est.

moleculares, biometría,..)

• histórica / fenológica

• taxonómica

• de localidad / distribución

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Para que sirven la informaciónde las colecciones

• “Para todo:”– Salud pública – Contaminación ambiental (DDT, Hg, …)– Agricultura (plagas, OGM, ...)– Pérdida de habitat– Especies invasoras– Cambio climático– …

Suarez, A.V. & Tsutsui, N.D. ( 2004). The Value of Museum Collections for Research and Society. BioScience 54 (1): 66-74

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Retos que plantean el uso de esta información

1. Acceso a la información de una colección

2. Acceso a la información de todas las

colecciones

3. Acceso a la información para la sociedad

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1. Acceso a la información de una colección

• Con base de datos múltiples índices múltiples usos

• Acceso tradicional a la información : n-1 tareas complicadas o imposibles

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• Al añadir los puntos correspondientes al resto de las colecciones ibéricas, aparecen áreas nuevas considerables

• Las colecciones, y por tanto su información, son un recurso distribuido. Los datos de todas la colecciones son necesarios

• Prácticamente la mitad de estos ejemplares (c. 6.000) se conservan en el herbario del Real Jardín Botánico, que es la colección de referencia para estos grupos

• Un caso: ejemplares de varios grupos de hongos (Aphyllophorales, Gasteromycetes s.l. y Myxomycetes) de la península ibérica: 13.500 registros (solo datos georeferenciados)

2. Acceso a la información detodas las colecciones

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Acceso unificado, información distribuida

Red GBIF

Precursores:

REMIB de

Conabio, México

TSA de

Univ. Kansas

2. Acceso a la información detodas las colecciones: la solución

32

www.gbif.net

(Iniciado en diciembre 2003)

Provedores de datos:

•21 países

•4 organizaciones

23.880.960 registros

2. Acceso a la información detodas las colecciones: red GBIF

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Base para el acceso

unificado:

• Perfil común:

Las bases de datos de los centros – cada una con su propia estructura y sistema– se exportan a otra con el perfil de la red; una tabla con campos comunes que resultan accesibles de manera uniforme

• Estándares: www.tdwg.org

2. Acceso a la información detodas las colecciones: perfil común

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• Los usuarios de la información sobre biodiversidad se encuentran con el escollo de que la misma especie se puede citar con distintos nombres, o que un mismo nombre puede hacer referencia a especies (o conceptos de especie) diferentes

3. Acceso a la información para la sociedad

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Ejemplo: el helecho machoFl. iberica

Dryopteris filix-mas

Dryopteris affinis

ssp. affinis

ssp. borreri

ssp. stilluppensis

Dryopteris oreades

Dryopteris submontana

Dryopteris pallida

ssp. pallida

spp. balearica

Dryopteris carthusana

Dryopteris expansa

Dryopteris dilatata

Fl. Països Catalans Dryopteris austriaca

ssp. assimilis

ssp. dilatata

ssp. spinulosa

 

Dryopteris filix-mas

ssp. borreri

ssp. filix-mas

ssp. oreades

 

Dryopteris villarii

ssp. submontana

ssp. balearica

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ssp. affinis

D. affinisD. filix-mas

spp. filix-mas

D. filix-mas

D. oreades

ssp. oreades

ssp. stilluppensis

ssp. borrerissp. borreri

Fl. iberica Fl. Paisos Catalans

Ejemplo: nombres y conceptos

37

By Nozomi Ytow & al.

Ejemplo: nombres y conceptosAbstracción y generalización

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• Koperski & al. 2000. Referenzliste der Moose Deutschlands: 45% de los táxones son inestables

• Clasificaciones vigentes alternativas:– Fl. iberica, – Fl. Països Catalans– Fl. Andalucía Occidental– Fl. Europaea– Med. Check List

5+

• Información implícita: Identificaciones en las colecciones no indican

la taxonomía usada

3. Acceso a la información para la sociedad: ¿Como de grande es el problema?

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Retos que plantean el uso de la información de las colecciones

11 Acceso a la información de una colección

11 Acceso a la información de todas las

colecciones

11 Acceso a la información para la sociedad– Se necesitan herramientas de visualización y

algoritmos que den cuenta de los posible conflictos de los nombres y de los conceptos de las identificaciones

– Es conveniente registrar la taxonomía empleada en las identificaciones, tanto en las etiquetas como en las bases de datos

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• Cada colección grande o pequeña es una pieza importante para entender y conocer la biodiversidad en la tierra a todas las escalas

• GBIF es la iniciativa que hace posible que las colecciones jueguen el papel que merecen en el conocimiento y gestión de la biodiversidad

• La misión del nodo español de GBIF es la de facilitar la participación en GBIF de colecciones y proyectos colaborando con ellos y aportando soporte técnico

• Sin colecciones no hay ciencia de la biodiversidad, sin ciencia, no hay buen conocimiento, sin buen conocimiento no puede haber ni buen uso, ni buena conservación de la biodiversidad

Conclusiones

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CréditosGBIF.ES, Unidad de Coordinación

Marisa EstebanSilvia LusaJesús FernandezDavid RodríquezIsabel Ortega

Nodo Nacional de BioCaseCarmen DieguezMercedes ParisFrancisco SastrónJorge Lobo