energetické zajištění života buněk – mitochondrie a...
TRANSCRIPT
1
Energetické zajištění života buněk –mitochondrie a plastidy
doc. Mgr. Jiří Drábek, PhD.
Laboratoř experimentální medicínypři Dětské klinice LF UP a FN Olomouc
2
Molecular Biology of the CellFifth Edition
Molecular Biology of the CellFifth Edition
Chapter 14Energy Conversion:
Mitochondria and Chloroplasts
Chapter 14Energy Conversion:
Mitochondria and Chloroplasts
Copyright © Garland Science 2008
Alberts • Johnson • Lewis • Raff • Roberts • WalterAlberts • Johnson • Lewis • Raff • Roberts • Walter
3
Dnešní program
• Mitochondrie (mt)• Elektronové transportní řetězce a jejich
protonové pumpy• Chloroplasty a fotosyntéza• Genetické systémy mt a plastidů• Srovnání elektronových transportních řetězců
4
Vlastnosti buňky
1. Informace, dědičnost2. Vnitřní prostředí3. Aktivita, odpověď, pohyb4. Energie (pro předchozí)
5
Figure 14-1 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Získávání energie pro život
Mb – má proteinovou pumpu, ATP syntházu, zdroj e- (chemické palivo - oxidace potravin; slunce). H+ je volně dostupný z vody
1) Přenos e- nastartuje pumpu pro vodíkové kationty – tvorba elektrochemického protonového gradientu (iontový gradient je akumulátorem E)
2) Protonový gradient je využit „turbínou“ ATP syntházou k tvorbě ATP z ADP a anorganického fosfátu (anebo u bkt k přímé rotaci flagela bez mezistupněATP)
6
Figure 14-2 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Chemiosmoticképropojení
Chemi – chemická tvorba ATPOsmo – transport přes mbMt – elektrony jsou uvolněny v průběhu degradace polysacharidů na CO2, přenášeny řetězcem elektronových přenašečů až redukují plynný kyslík na vodu. Během přenosu se E e- přenáší na tři protonové pumpy. První pumpa je NAD+ (přeměněna na NADH)Ct – mají fotosystémy, světelná E zachycena chlorofylem; e- jsou odebrány z vody (narozdíl od mt) pro tvorbu O2 a darovány (přes NADPH) CO2 k tvorběsacharidů
7
Figure 14-3 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Transport elektronů
Elektronový transportní řetězec – soubor mlk transportuSvětle zeleně vstupní E, výstup modrý, červenými šipkami dráha elektronů, oranžově proteinové komplexy v mbVstupní a výstupní mlk se liší u mt a ct
8
Mitochondrie
Tvorba ATP bez mt – E nevýhodná anaerobní glykolýza (glukóza na pyruvát)Tvorba ATP s mt – pyruvát oxidován na CO2 a O2, tvoří 15krát více ATP=30 mlk ATP/mlk glukózy (!)
9
Figure 14-4 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Plasticita mt
Mt jsou „živé“, pohybují se podél mikrotubulíStudium mt – jaterní buňky, u kterých v každé 1500 mt
10
Figure 14-5 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Mt pomocíRhodaminu 123
Mt se seřazují podél mikrotubulů
Mikrotubuly pomocí Ab
Stejná buňka
11
Figure 14-6 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Mt na místech vysoké spotřeby ATP
Mt v místech vysoké spotřeby se nepohybují podél mikrotubulů – zůstávajífixovány, fúze mt
12
Figure 14-7 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Biochemická frakcionace mt
Při nízkém osmotickém tlaku praská vnější mb
13
Figure 14-8 (part 1 of 2) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Mitochondrie
Jaterní mtVnější mb obsahuje porin (vodní kanál prostupný pro max 5kDa)Vnitřní lipidová dvojvrstva obsahuje kardiolipin – fosfolipid se čtyřmi mastnými kyselinami namísto dvou (více nepropustné pro ionty)Proteiny v mt matrix:-Metabolizace pyruvátu-Metabolizace mastných kyselin-Produkce CoA-Oxidace CoA v cyklu kyseliny citrónové (citrátový cyklus)Elektronový transportní řetězec v mt - dýchací řetězec (oxidativní fosforylace)Vnitřní mb tvoří kristy
14
Figure 14-8 (part 2 of 2) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
…mitochondrie
Matrix – stovky enzymů, mt genom (několik kopií), tRNA, mt ribozómyVnitřní mb – kristy zvětšují povrch; proteiny dýchacího řetězce, ATP syntházy, transportní proteiny pro metabolityVnější mb – kanálový porin, enzymy pro syntézu lipidůMezimb prostor- využití ATP k fosforylaci nukleotidů
Cukry nebo mastné kyseliny se přemění na acetylCoA, acetyl CoA se citrátovým cyklem přemění na odpadní CO2 při přenosu nabitých elektronů na NADH, FADH2 (které přeměněny na NAD+ a FAD)
15
Figure 14-9 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
NADH daruje elektrony
Červené tečky – nabité elektronyHydridový iont – vodík s elektronem navíc – je přeměněn na H+ a 2 elektronyObdobně FADH2
16
Figure 14-10 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Výroba E v mt
1) Zespodu – pyruvát a mastné kyseliny jsou rozloženy na acetylCoA2) acetylCoA je metabolizován citrátovým cyklem (NAD+ redukováno na NADH a FAD na FADH2)3) Během oxidativní fosforylace jsou elektrony z NADH a FADH2 přeneseny na kyslík, při tom je generován protonový gradient, který je využit k tvorbě ATP ATPsyntházou
17
Figure 14-11 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Přeměna NADH (a FADH2) energie na ATP energii
Oxidativní fosforylace – přeměna chemické E na chemickou (NADH a FADH2 na ATP)
18
Figure 14-12a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Srovnání biologické oxidace a výbuchu
Figure 14-12b Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Výbuch – vodík spálen, uvolněno teploBiologická oxidace – vodík rozložen na protony a elektrony, které jsou přenášeny z jednoho kovového iontu na druhý (3 velké enzymové dýchací komplexy), většina E je uložena do formy s odkladem použití, část uvolněna jako teploPohyb vodíkových protonů vytváří pH gradient (pH vyšší v mt matrix) a mb potenciál (vnitřek mb negativní), delta pH a delta V (=delta Ψ), což je dohromady zvané elektrochemický protonový gradient a měřitelné jako protonová síla v milivoltech
19
Figure 14-13 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Elektrochemický protonový gradient
Celková protonová přenášecí síla mt (nese protony do matrix) sestává z menšíčásti z delta pH a z větší části z delta V
20
Figure 14-14 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Oxidativní fosforylace
ATPsyntháza vytváří hydrofilní cestu přes vnitřní mt mb
21
Figure 14-15 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
ATP syntháza
Květ tulipánuStator (zelené a), rotor (červené c podjednotky), hlava (alfa beta, ATPázová fce po uvolnění z mb, 3D obraz z krystalografie)
22
Figure 14-16 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Gradienty na mt mb
23
Figure 14-17 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Rotace bkt bičíku poháněná H+
Rotace je poháněná tokem vodíkových protonů přes vnější prstenec proteinů(stator)
24
Table 14-1 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Produkty oxidace cukrů a tuků
25
Figure 14-18 (part 1 of 4) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Hydrolýza ATP
ATP - nabitý akumulátor, používaný pro E nevýhodné procesyReakční kinetika
26
Figure 14-18 (part 2 of 4) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Syntéza ATP
27
Figure 14-18 (part 3 of 4) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Rovnováha ATP
Rovnovážná konstanta K
28
Figure 14-18 (part 4 of 4) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Termodynamika hydrolýzy ATP
Při rovnováze standardní změna volné energie na reakci (delta G0) = -RTlnKR plynová konstantaT absolutní teplotaDelta G = jak daleko je reakce od rovnováhy, poháněcí síla chemické reakce
29
Figure 14-19 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
ATP syntháza mění E v obou směrech
A) Elektrochemický protonový gradient změněn na chemickou E vazbyB) Chemický E ATP vazby změněna na elektrochemický protonový gradient (pumpování protonů proti elektrochemickému gradientu) Zpětnosměrný spřažný mechanismusSměr reakce závisí na celkové změně volné E (delta G) spřaženého procesuATP syntháza pumpuje 60 krát silněji než dieselový motor o stejné velikosti
30
Elektronové transportní řetězce a jejich protonové pumpy
31
Figure 14-20a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Protony ve vodě
Protony se rychle pohybuje podél „řetězce“ mlk vody, vázaných vodíkovou vazbou Protony neexistují osamoceně, ale navázané na H2O (H3O+)Při neutrálním pH je koncentrace H3O+ rovna 10-7 MModrá šipka – protonový skokHydroniový iont (H3O+) – zelené pozadí
32
Figure 14-20b Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Elektronový transfer může přenést celý vodíkový atom
H+ na rozdíl od Na+ anebo K+:-Časté v organických mlk-Součást všudypřítomné vody-Mobilní (přeskakují z jedné mlk H2O na druhou)
33
Figure 14-21 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Pumpování protonůpřes mb
Elektronový transportní řetězec v lipidové dvouvrstvě přenáší elektronB nabere proton z jedné strany mb, odevzdá na druhé straně (při přenosu e- z A na C)Přenosem e- se jedna mlk oxiduje, druhá redukuje – jedná se o redoxní rciRedoxní pár NADH/NAD+: NADH ↔ NAD+ + H+ + 2e-Redoxní potenciál – měřítko afinity k e-, elektrony spontánně přecházejí z redoxních párů s nízkým redoxní potenciálem (NADH/NAD+) na redoxní páry s vysokým redoxním potenciálem (O2/H2O), měřítkem je změna standardní volnéE (delta G0)Reakce 2H+ + 2e- + 1/2O2 → H2O probíhá v živých systémech po malých krocích v elektronovém transportním řetězci, aby se využila E (a nepřeměnila v teplo)
34
Figure 14-22 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Kovalentnípřipojení hemu k cytochromu c
Proteiny dýchacího řetězce – cytochromy, železosirné proteiny, chinony, měďnaté atomy a flavinCytochromy: modře zobrazený porfyrinový kruh (existují rozdílné cytochromy v respiračním řetězci s různými afinitami k elektronu)Obdobně železo v hemoglobinu v krvi a hořčík v chlorofylu v listechElektronové přenašeče v dýchacím řetězci absorbují viditelné světlo a mění barvu při oxidaci nebo redukci – spektroskopický objev cytochromů a, b, c v 1925Železo se přijetím e- redukuje z Fe3+ na Fe2+
35
Figure 14-23 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Železosirné centrum 2Fe2S a 4Fe4S
Přenášejí jen jeden e-
36
Figure 14-24 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Chinonoví přenašeči elektronů
Ubichinon v mt (plastochinon v chloroplastech) = koenzym Q, malá hydrofobnímlk v lipidové dvojvrstvě, přenáší jeden nebo dva e- (a jeden nebo dva H+)Elektronové přenašeče mají zvyšující se afinity pro e- (vyšší redoxní potenciály) podél respiračního řetězce
37
Figure 14-26 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Dráha elektronů v enzymových komplexech dýchacího řetězce
Většina enzymů dýchacího řetězce je seskupena do tří velkých enzymových komplexů:NADH dehydrogenáza (komplex I) směr flavin-železnosirná centra-ubichinon (pumpování protonů)Cytochrom b-c1 (dimer) směr od ubichinonu přes cytochromy a železnosirnécentra do cytochromu cCytochrom-oxidázový komplex (dimer) – z cytc přes cytochromy a měďnatéatomy přenáší na kyslík 4 e- (cytochrom-oxidáza funguje jako sběrné místo pro e-: NADH daruje dva e-, přenašeče přenášejí po jednom e-, 2 musí získat 4 e-). Důležitost sběrného místa: superoxidový radikál O2- je nebezpečně reaktivní, proto uzamknutí v bimetalickém (Fe-Cu) centruKyanid a azid blokují elektronový transport (a tvorbu ATP) ve vnitřní mt mb svou silnou vazbou k cytochrom-oxidázovému komplexuKyslík uvolní velké množství volné E při své redukci na vodu (evolučníenergetický skok ve srovnání s anaerobním metabolismem)
38
Figure 14-29 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Změny redoxního potenciálu v mt elektronovém řetězci
Redoxní potenciál E0 se zvyšuje s přechodem e- podél dýchacího řetězceČást E využita k pumpování H+ přes vnitřní mt mb
39
Figure 14-31 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Obecný model vodíkové pumpy
Model společný pro cytochromoxidázu a světlem poháněnou prokaryotickou protonovou pumpu (bakterio-rhodopsin)Různá E konformací A, B, CA nabere vodík z vniřní mb (z matrix mt)C odevzdá vodík do mezimb prostoru mtPřechod B na C je u cytochrom-oxidázy z e- transportu, u bakteriorhodopsinu ze svěla (další možnost ATP)Odpřahovací činidla (uncoupling agents) – např. 2,4 dinitrofenol, oddělujíelektronový transport od ATP syntézy tím, že umožňují zkrácený přenos vodíku přes vnitřní mt mb bez využití ATPsyntházyPřirozené oddělení e- transportu od ATP syntézy generuje teplo: je u „hnědého tuku“ pro probuzení hibernujících zvířat a ochranu novorozenců
40
Figure 14-32 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Hlad a dostatek
Zpětnovazebná kontrola procesů glykolýzy, rozkladu mastných kyselin, citrátového cyklu a elektronového transportu dle ATP:ADP poměru umožňuje desetinásobné navýšení oxidace (při svalovém vypětí)Baktérie: stejné principy chemiosmózy, ale větší rozmanitost-Aerobní, anaerobní (fermentativní glykolýza), fakultativně aerobní-Alternativním elektronovým akceptorem může být dusíková, sirná nebo uhlíková (fumarát, karbonát) mlk místo kyslíku
41
Chloroplasty a fotosyntéza
Většina organického materiálu na Zemi je a byla (až po samé geochemicképrvopočátky) tvořena fotosyntetizujícími organismyNejpokročilejší fotosyntetizující bkt jsou cyanobkt: fixují uhlík reakcí nH2O + nCO2 + světlo → (CH2O)n + nO2U rostlin a řas je fotosyntéza ve specializované organele, chloroplastu (pocházející z endocytované bkt stejně jako mt)
42
Figure 14-34 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Plastidová diverzita
Plastidy mají genom ve více kopiích, jsou obklopeny dvěma koncentrickými mb, probíhá zde syntéza purinů, pyrimidinů, ak a mastných kyselin (u živočichů v cytosolu), vyvíjejí se z proplastidů v rostlinných meristémech (špička kořene)List ve tmě – proplastid se vyvine v etioplast, po expozici světlu chloroplastEpidermální a vntiřní pletiva – leukoplast, např. amyloplast naplněný škrobem (u bramboru velký jako průměrná živočišná buňka)
43
Figure 14-35a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Velká vakuola, kolem malá cytoplazma s ct, jádrem, mt
44
Figure 14-35b Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Chloroplast s produkty syntézy
Ct se podobá mt, ale je větší a má navíc kompartment thylakoidGranum je štos thylakoidů
45
Figure 14-35c Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Dvě thylakoidová zrnka
46
Figure 14-36 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Chloroplast
Mb:-Vnější-Vnitřní bez krist a dýchacího řetězce-Thylakoidová mb s elektronovým transportním řetězcem, ATPsyntházou a fotosyntetickým systémy k zachycení světlaThylakoidy jsou navzájem propojené a vytvářejí zrna
47
Figure 14-37 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Srovnání mt a ct
Stroma ct ≈ matrix mt
48
Figure 14-38 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Schéma fotosyntézy
v chloroplastu
Voda je oxidována, kyslík uvolněn a CO2 asimilován=fixován k tvorbě cukrůReakce-Fotosyntetický transport e-, světelná rce, e- nabije chlorofyl, elektronový transport, pumpování H+ přes thylakoidní mb umožňuje syntézu ATP ve stromatu, nakonec změna NADP+ na NADPH -Fixace uhlíku, temnostní rce, ATP a NADPH se využije k přeměně CO2 na sacharid (sacharóza)
49
Figure 14-39 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Primární reakce při fixaci uhlíku
Přeměna CO2 na organický uhlíkRibulóza bisfosfát karboxyláza/oxygenáza (RuBisCo) ve stromatu, pomalý enzym ve velkém množství (nejčastější enzym na Zemi)
50
Figure 14-40 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Celý Calvinův cyklus
(cyklus fixace uhlíku)
Tři ATP a dvě NADPH se spotřebují k fixaci jediného CO23CO2 + 9ATP + 6NADPH + H2O → glyceraldehyd 3 fosfát + 8 Pi + 9 ADP + 6NADP+
51
Figure 14-41a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Anatomie C3 a C4 listu
C3: buňky mají chloroplast fixující uhlík ve všech buňkáchU C3-rostlin reaguje CO2 s ribulosa-1,5-bisfosfátem za katalýza Rubisco a prvním detegovatelným produktem je tříuhlíkatá (proto C3) sloučenina 3-fosfoglycerát. většina rostlin mírného pásu. V důsledku nízkého parciálního tlaku CO2 v atmosféře a vysokého parciálního tlaku O2 zde probíhá fotorespirace.C4: tropické rostliny, kukuřice, cukrová třtina, buňky mezofylu jsou specializované k pumpování CO2 do buněk okolo cévního svazku namísto k fixaci uhlíku; vaskulární svazek roznáší vytvořenou sacharózu; energetickávýhoda: možnost fotosyntézy při nižší koncentraci CO2 uvnitř buněk (možnost méně častého otevírání stomat)U C4-rostlin je primárním akceptorem CO2 fosfoenolpyruvát a vznikáčtyřuhlíkatý oxalacetát. Ten je následně redukován na malát, který je transportován do jiných buněk, kde je dekarboxylován; tím je zde dosaženo vyššíkoncentrace CO2 a fotorespirace je potlačena.U CAM (Crassulacean Acid Metabolism) rostlin v noci fixace CO2 podobným způsobem jako C4-rostliny, uchovávní malátu ve vakuolách. Ve dne, kdy je dostatek světla a tedy i ATP a NADPH, Calvinův cyklus - časové oddělení fixace CO2 od jeho využití. Tyto rostliny (Crasulacea, tučnolisté) jsou adaptovány na horké a suché podnebí tím, že během dne mohou mít uzavřené průduchy, a bráníse tak vysychání.
52
Figure 14-42 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Struktura chlorofylu
Stru chlorofylu: hořečnatý iont v porfyrinovém kruhu, elektrony delokalizované(modře)Fotochemie chlorofylu: chlorofyl je exitovaný fotonem (světelným kvantem), e-se posune na mlk orbital o vyšší EExcitovaná mlk je nestabilní a stabilizuje se buď:-Tvorbou tepla (mlk pohyb) nebo tvorbou fluorescence-Rezonančním přenosem E bez přenosu e- na sousedící chlorofyl-Přenosem nabitého e- na sousedící e- akceptor a náborem nízkoenergetického e-od e- donora
53
Figure 14-43 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Anténa a fotochemické reakčnícentrum ve fotosystému
Přenos E nebo e- se využívá ve fotosyntéze. Rezonanční přenos se využívá v anténním pigmentovém komplexu (stovky chlorofylových mlk a jejich protioxidačních bariér = karotenoidů), přenos e- ve fotosyntetickém reakčním centru (zvláštní pár chlorofylových mlk).
54
Figure 14-45 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Přenos excitace
Postupné přesuny e-U purpurové bkt obdobně, ale není zde jako slabý elektronový donor (s afinitou k elektronům) využita voda, ale cytochrom
55
Figure 14-48 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Pohyb elektronů thylakoidní mb při fotosyntéze
Tvorba ATP a NADPH u rostlin i cyanobkt acyklickou fotofosforylacíNapřed fotosystém II (historické důvody): -4 fotony uvolní čtyři elektrony z vody 2H2O →4H+ + 4e- + O2 a přenese je na chinony (plastochinon podobný mt ubichinonu)-Chinony předají elektrony vodíkové pumpě cytochrom b6-f (podobné cytochrom b-c1 u mt)-Cytochrom napumpuje H+ dovnitř thylakoidů-Vzniklý elektrochemický gradient H+ umožní syntézu ATP ATPsyntázouNásleduje fotosystém I:-Elektrony cytochrom předá do elektronové díry v plastocyaninu (vypálenédalším fotonem), plastocyanin předá e- dál feredoxinu-NADP+ redukováno na NADPH
56
Figure 14-49 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Změny v redoxním potenciálu při fotosyntéze
Model necyklické fotofosforylace (fotosyntetické tvorby ATP), známý jako Z schéma:Potenciálové nahoru-dolů-nahoru, protože jedna fotonová dávka nestačíExistuje také cyklické schéma fotofosforylace, využívající jen fotosystém I:Pro fixaci uhlíku je nutná na 1 mlk NADPH 1,5 mlk ATP, proto se dá přepnout na režim tvorby ATP namísto NADPH (elektron nepřejde na NADP+, ale na cytochrom b6-f)
57
Figure 14-50 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Srovnánífotosyntetických reakčních center
Zeleně anténové pigmenty Červeně proteiny centrální fotochemické rceA) Purpurové bktB) fotosystém II - manganový klastrC) fotosystém I – plastocyanin, červené tečky Fe-S centra
58
Figure 14-51 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Srovnání toku H+ a orientace ATP syntázy
v mt a ct
Stejná barva odpovídá stejnému pH kompartmentu Ct stroma pH 7,5, thylakoidní prostor pH 5, delta pH = 2,5 umožní syntézu ATP, podobně jako mb potenciál umožní syntézu ATP u mtMb potenciál ct je nízký, protože thylokoidní mb je propustná pro Mg2+ a Cl-Glyceraldehyd 3 fosfát produkovaný fixací CO2 v stromatu ct je přenášet ven z ct do cytosolu výměnou za anorganický fosfátGlyceraldehyd 3 fosfát je zčásti využit ke tvorbě cukrů, zčásti je glykolyticky přeměněn na 3 fosfoglycerát za tvorby ATP (energie) a NADH (redukční zdroj)Další rce v ct: syntéza mastných kyselin a ak, redukce NO2- na NH3 (zdroj dusíku pro nt a ak)
59
Genetické systémy mt a plastidů
60
Figure 14-52 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Mt DNA a jaderná DNA
Euglena gracilisČerveně (jaderná) DNA, zeleně mt, žlutě mt DNA (superpozice červené a zelené)
61
Figure 14-53 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Mt a jaderné proteiny jsou exprimovanédvěma rozdílnými genetickými systémy
Většina proteinů mt a ct je kódována jádrem - import z cytosoluExport proteinů mezimb prostoru mt jen během apoptózyEvoluční endosymbióza mt a ct – začátek proteosyntézy N-formylmethioninem a ne methioninem, citlivost mt a ct DNA na ATB (chloramfenikol, tetracyklin)
62
Figure 14-54 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Živočišná mtDNA v průběhu replikace
Žlutě – nově vytvořená DNA; šipkami vymezena replikovaná část
63
Table 14-2 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Relativní množství DNA v organelách
64
Figure 14-55 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Dynamické mt retikulum
Tvar a počet mt v buňce závisí na fyziologické potřeběMt v kvasinkách vytváří souvislé retikulum pod plazma mbRovnováha GTPázové fúze a dělení (červené šipky): 3 minutové intervaly mezi snímkyMutace u Drosophil, která postihuje mt fúzi blokuje vývin spermií – neplodnostReplikace organelové DNA probíhá kontinuálně (i mimo S fázi), kopie se klastrují do nukleoidů (bez histonů)Dlouhodobá stimulace kosterních svalů způsobí řádové navýšení počtu mt
65
Figure 14-56a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Dělení a slučování mt
Dělení podobné jako dělení bkt stěnyZahrnuta vnější i vnitřní mb
66
Figure 14-57 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Relativní velikosti mt genomů
Mt DNA prvoka Reclinomonas americana má rekordních 97 genů
67
Figure 14-58 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Evoluční původ mt
Nejméně tři nezávislé endosymbiotické pohlcení ct (vysvětluje rozdíly mezi řasami a vyššími rostlinami)Microsporidia a Giardia – anaerobní prvoci současné doby bez mt Ct z fotosyntetických cyanobkt, integrace ct DNA do jaderného genomuMt z purpurových bkt
68
Figure 14-60 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Lidský mt genom
16500 ntAndersonova Cambridgeská sekvence 1981Výjimečné vlastnosti mt genomu (rychlejší evoluce vyplývající z):-Nižší věrnost replikace-Neúčinná oprava DNAVýjimečné vlastnosti lidského mt genomu:-Geny nahusto – transkripce v obou směrech, nejsou introny-Relaxované použití standardních kodonů „wobbling“ (22 tRNA stačí místo cytoplazmových 30 tRNA)-Rozdíly v genetickém kódu (viz dále)
69
Table 14-3 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Výjimky z univerzálního genetického kódu
70
Figure 14-61 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Ct genom mechorostu
120 genů pro trkci, trlaci, biosyntézu malých mlk (ak, mastné kyseliny, pigmenty) a fotosyntézu
71
Figure 14-62 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Rozdíl v dědičnosti mt a jaderných genů
v kvasinkách
Jaderné - mendelistická dědičnost; 90 proteinů mt a ct kódovaných v jádřeMt – nemendelistická (cytoplazmická), po přesliciPř.: rezistence ke chloramfenikoluMitotická segregace – stochastický proces, kdy dceřinná buňka může nést více nebo méně mutantních mt než buňka mateřskáHomoplazmie - je přítomna jen jedna homogenní populace mtDNA (odpovídástavu u drtivé většiny "normálních" jedinců). Frekvence mutací je u mitochondrií10-20x vyšší než u jaderné DNA, což vede k heteroplazmii.Mt dědičnost v kvasinkách je biparentální, u vyšších organismů mateřská
72
Figure 14-63 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Skvrnitý list: v bílých místech jsou defektní ct
Figure Q14-2 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Ct dědičnost biparentální nebo mateřskáVariegation - skvrnitost, pestrost způsobená defektními ct u biparentálního dědění ct rostlinMozaikovitost u mt: MERRF myogenic epilepsy and ragged red fiber disease –mutace v mt tRNA genu, mitotická segregace a prahová hodnota u tkáněMěření stáří dle mutací v mt DNA
73
Figure 14-64 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Kvasinky
standard
petit mutant
(chybí „jaderné“ části mt)
Důležitost jaderného genomu pro mt
74
Figure 14-65 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Kardiolipin
Ct si vyrábějí většinu lipidůMt importují většinu lipidů:-z ER přijde fosfatidylserin a fosfatidylcholin-Fosfatidylserin je v mt dekarboxylován na fosfatidyletanolamin-Importované lipidy jsou v mt přeměněny na kardiolipin (bisfosfatidylglycerol, čtyři ocásky mastných kyselin místo obvyklých fosfolipidových dvou), který zůstává ve vnitřní mt mb
75
Srovnání elektronových transportních řetězců
76
Figure 14-71 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Hlavní události evoluce života na Zemi
Fermentace → okyselení → vznik protonových pumpAkumulace kyslíku v atmosféře začala, až se nasytilo železo Fe2+ na Fe3+ (po miliardě let)Více kyslíku – vznikají nefotosyntetické organismy využívající kyslík, nakonec rovnováha O2Nutnost protektivních mechanismů vůči O2, oxidace DNA je znakem stárnutí
77
Figure 14-73 (part 1 of 3) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Srovnání elektronových transportních řetězců: purpurové nesirné bkt
Evoluce je konzervativní: staré + něco nového dá nové; homologie mezi transportními řetězci purpurových bkt, ct a mtMb komplexy přijímají e- z chinonu a pumpují vodíkový proton přes mbCytochromový komplex bf odpovídá bc1
78
Figure 14-73 (part 2 of 3) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Srovnání elektronových transportních řetězců: ct a cyanobkt
79
Figure 14-73 (part 3 of 3) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Srovnání elektronových transportních řetězců: mt
80
Děkuji vám za pozornost!