escience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/papp_gabor.pdfmapping the network of overlapping protein...
TRANSCRIPT
![Page 1: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/1.jpg)
Dr. Papp Gáboregyetemi tanár, igazgató
eScienceeScienceRegionRegionáális Egyetemi lis Egyetemi
TudTudáásksköözpontzpontELTE InnovELTE Innováácicióós Naps Nap
![Page 2: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/2.jpg)
Az eScience Regionális Egyetemi Tudásközpont egy olyan kutatás-szervezési és kutatásmenedzselési egység, mely az ELTE-n, mint kutatóegyetemen meglevő tudásbázist felhasználva és kibővítve magas szellemi hozzáadott értéket képviselő kutatás-fejlesztési projekteket szervez és valósít meg. Tevékenységét változatos együttműködési formákat kínálva, vállalati partnerekkel közösen, külsőforrások igénybevételével végzi, és a megszerzett tudást visszacsatolja az oktatásba, valamint segíti az új egyetemi szemléletmód kialakítását.
MissziMisszióó
![Page 3: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/3.jpg)
Hogyan találjunk valami hasznosat a hatalmas adattengerben, melyről viszonylag kevés a tudásunk, és maga az adathalmaz sem teljes?!
Napjainkbanelektronika, méréstechnika fejlődikaz adattárolás egyre olcsóbbhatalmas adatbázisok jelennek meg
Mihez kezdünk az adatokkal?informatikai kihívásadatfeldolgozási kihívásA válasz az informatika és a természettudományos gondolkodás szintézise: eScience!
Mi az eScience?Mi az eScience?
![Page 4: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/4.jpg)
BioInformatikaBiomimetikus neuronális hálózatok evolúciója Molekuláris kölcsönhatás ujjlenyomata Genom-annotációIn silico eljárás makromolekulák tervezésérePhylogeny Cafe
Hálózati InformatikaMunkaügyi statisztika elemző módszerekSzoftverhálózatokHálózatok dinamikájaHibaterjedés (energia)hálózatokon
Virtuális ObszervatóriumVirtuális Obszervatórium technológiaVizualizációs Centrum
A sejtkommunikáció interpretálása és megfigyelése a komplex rendszerek módszereivelSejtkommunikáció rendszerbiológiai vizsgálata autoimmun és depressziós betegségekben
ProgramokProgramok
Nagyméretű, szélesvásznú, aktívsztereografikus megjelenítő eszköz a TTK Vizualizációs Centrumában
Molekuláris Interakciós UjjlenyomatIn Silico Prediction of Sequence Features in tRNA Genes…
Phylogeny Based Reconstruction of Great Apes…Expressziós chip-adatok értékelése …
Gyógyszercélpontok azonosítása új módszerekkelEfficient Sampling of transpositions …
Structure Projector …Reticular Alignment …
Finding Overlaping Bicluster in Microarray Data …
Mapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional
modules of proteins
![Page 5: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/5.jpg)
Mire hasznMire hasznááljuk a Gyljuk a Gyóógyszerkutatgyszerkutatáásban?sban?Antibiotikumok tervezAntibiotikumok tervezéésese
a mikroba számára létfontosságú életfunkciót biztosító enzimek megtámadásaa blokkolandó enzim különbözzön minél jobban az emberi enzimektőlcélpontok:
baktériumok sejtfalának felépítéséhez szükséges enzimekbaktériumok fehérjeszintézisében résztvevő egyes fehérjékRNS molekulák
új célpontok folyamatos keresése (rezisztens mutációk)Új, nagy hatékonyságú in silico eljárás
képes kimutatni a tRNS szekvenciák szintetázfelismerőelemeitképes kiszűrni azon tRNS - aminosav-tRNS szintetázpárokat, melyek a leginkább eltérnek humán megfelelőiktől.
Estimates made by Cubist Pharmaceuticals, Inc.
![Page 6: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/6.jpg)
Mire hasznMire hasznááljuk a ljuk a GyGyóógyszerkutatgyszerkutatáásban?sban?
MolekulMolekulááris interakciris interakcióós ujjlenyomats ujjlenyomat
Cél:Gyógyszerjelölt molekulák mellékhatásainak előrejelzése in silicomolekuláris dokkolás segítségével
Szolgáltatás beindítása2007. augusztus
![Page 7: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/7.jpg)
Mire hasznMire hasznááljuk a Szoftverfejlesztljuk a Szoftverfejlesztéésben?sben?Cél:
A szoftverfejlesztés különböző folyamatayamatai során keletkező függőségi hálók vizsgálata.
Alkalmazások:Újratervezés, visszatervezésVáltozáskezelés és költségbecsléssTesztelési ráfordítások becslései
Jelenleg C,C++,Java és Erlang programokogramokhívási gráfjait (alrendszer, modul, függvény szinten is) tudjuk kinyerni,i,megjeleníteni, és bizonyos elemzéseketseketvégezni rajta.
![Page 8: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/8.jpg)
KonzorciumeScience RETCELLKOM RET
Közös fejlesztés: tipikusan egy ipari partnerrel adott feladatra szólóK+F együttműködés
(gyorstöltő projekt – tárgyalás alatt)Szolgáltatás: adott technológia, termék, tudás értékesítése
konzultációTámogatás: technológiatámogatás
MicroSoft MagyarországTudás- és Technológiaértékesítés
Innovációs menedzsment keretmegállapodásokSzabadalmak
EgyEgyüüttmttműűkkööddéési formsi formáákkForrForráásoksok:
VállalatiHazai pályázatokNemzetközi pályázatok
![Page 9: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/9.jpg)
EgyEgyüüttmttműűkkööddőő partnerekpartnerekAegon Zrt.Collegium BudapestEmitel Zrt.Ericsson Hungary Kft.Exendis-Deltronic Kft.HepispherXMagyar TelekomMark Kac Center, KrakkóMicrosoft Magyarországi Kft.MicroSoft ResearchMTA Rényi IntézetMTA SZBI Enzimológiai IntézeteMTA SZTAKIPasteur Intézet, Strasbourg
![Page 10: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/10.jpg)
Konzorciumi Tanács
FelügyelőBizottság
Tudományos Tanács ELTE OktatásNemzetközi Tanácsadó
Testület
Igazgató Elnök
Technológia-Transzfer Iroda
Irodavezető
Programigazgatók
ProjektvezetőkIpari partnerek
StruktStruktúúrara
• Rektor alatti közvetlen egység
• 100 fölötti munkatárs (>50 fiatal kutató)
![Page 11: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/11.jpg)
TudomTudomáány + ny + üüzlet = technolzlet = technolóógiatranszfergiatranszfer
A RET célja: a technológia-transzfer elősegítése. Ez az egyetemi kutatások, kutatási eredmények ipari hasznosítását jelenti.
1. Egyetemi vállalkozások segítése:
Spin-off cégek alapításaSpin-off cégeknek és kutatóknak tanácsadás Befektetők, vevők kereséseEgyetem átvilágítása: mi lehet értékes az ipar számára
2. Oktatás:
Szabadalmi oktatás kutatóknakTudományszervezés és üzlet oktatása hallgatóknak
3. Találmányok támogatásaAz egyetem pénzzel segíti a szabadalmak megszerzését
4. Diákvállalkozások támogatása5. Csúcstechnológia tőkeigényének kielégítése6. Egyetemi szemléletmód megváltoztatása
Az egyetem feleljen meg a társadalom és az ipar igényeinek, mind kutatásban, mind oktatásban
![Page 12: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/12.jpg)
Szoftvercsomagok és adatbázisok:
Bioinformatika: 1 külföldi szabadalom, 1 termék, 1 szolgáltatás, 6 prototípus, 31 cikkFelhasználói kör: gyógyszerkutatás, gyógyszerfejlesztés, biotechnológiai
vállalkozások; alkalmazott robotika
Hálózati informatika: 2 technológia, 12 cikkFelhasználói kör: nagyvállalatok, nagyszoftver fejlesztő vállalkozások,
nemzetbiztonság, infokommunikációs vállalkozások, energiaszolgáltató- és kereskedő, reklám, illetve pénzügyi vállalkozások
Virtuális obszervatórium: 1 szolgáltatás, 2 technológia, 2 alkalmazás, 1 prototípus, 4 cikk
Felhasználói kör: Nagy, elosztott, illetve komplex adatbázisokat használóvállalkozások, orvosmeteorológia, környezetvédelem, energiafelhasználás ésszerűsítése, infokommunikációs vállalkozások
EredmEredméények nyek –– 20062006
![Page 13: eScience - .:: pik.elte.hupik.elte.hu/file/Papp_Gabor.pdfMapping the network of overlapping protein "communities": predicting novel functional ... ¾a blokkolandó enzim különbözzön](https://reader035.vdocuments.net/reader035/viewer/2022070114/60913b19ea852a6b5652c5a7/html5/thumbnails/13.jpg)
Köszönöm a figyelmet!Kapcsolat:http://[email protected]: Jelencsics Mikolt, Papp Gá[email protected]: Horváth Alexandra, Wastl [email protected]: Bácskay András (TTI)