foredrag trygve brautaset - bioteknologirådet3 hva er syntetisk biologi? synthetic biology is the...

31
1 Av Trygve Brautaset

Upload: others

Post on 26-Jul-2020

3 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

1

Av Trygve Brautaset

Page 2: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

2

Kjøreplan

Hva er synt et isk biologi og hva kan det br ukes t il?

Hvor dan ut f ør es synt et isk biologi?

Hvor f or er Synt et isk biologi vikt ig?Egen f or skningsvir ksomhet knyt t et t il synt et isk biologiBør vi satse på syntetisk biologi i Norge?

Oppsummer inger

Page 3: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

3

Hva er syntet isk biologi?

Synt het ic biology is t he r edesign of biological syst ems and t heir parts for useful and practical purposes, including

Understanding life processesGenerating functional modular componentsDevelop novel applications and processes

Page 4: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

4

Syntet isk biologi er en kraf t f ull blanding av bioteknologi og ingeniørkunst .

Grunnleggende (basic) vitenskap: What I cannot create, I do not

understand! (R. Feynman)

OG

Anvendt (applied) vitenskap:- Produsere nye biologiske systemer med nye funksjoner.

Page 5: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

5

Hva kan Syntet isk biologi brukes t il?

BioMedisin (bedre diagnosesystemer, drug delivery, )

Biofarmasøyt ika (bedr e og billiger e medisiner , vaksiner , og antibiotika, )

Ener gi (biodr ivst of f , f ot osynt et iske bakt er ier , )

Miljø (bioremediering, miljøovervåking, ....)

White biotechnology (bedre, billigere, mer miljøvennlige og nye produksjonsprosesser, )

Page 6: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

6

Transf ormasjon av kunnskap via Syntet isk biologi

Syntetisk biologi er ingen nyvitenskap, men en konseptuel ny tenkemåte

Syntetisk biologi bygger påmange ulike fagdisipliner og teknologier

Teknologien setter begrensingene for hva som er mulig å gjøre

Page 7: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

7

Milepæler innen bioteknologisk f orskning

1995 2000 2005 20091990

Start sekvensering av humant genom

Ferdig sekvensering humant genom

Haemophilus influenzaes(bakterie) sekvensert

Første syntetiske bakterie utviklet

Metabolsk ingeniørkunst

Teknologi for robotisert screening

Teknologi for kvantitativ måling av antall genkopier og enzymer i celler

Omics - teknologier

Systembiologi

Syntetisk biologi

Page 8: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

8

Nøkkelteknologier Syntet isk Biologi

Gen synt ese, DNA sekvenser ing

Virale og ikke-virale genoverføringsmetoder

Modell-basert evaluering av genetiske systemer

Skape nye biologiske systemer som ikke eksisterer i naturen!

Page 9: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

9

Craig Venter Vår tids symbol på syntetisk biologi

Vent er turns f rom DNA to saving the environment

Vent er was on Time Magazine s 2007 list of the 100 Most I nf luent ial People in the World.

Page 10: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

10

Store gjennombrudd Craig Venter s forskning Syntetisk biologi

Science 2005: Massiv mar in biopr ospekt er ing: ident if iser t 6 millioner nye gener; The molecules of the future

Science 2007: Genomtransplantasjon i bakterier; endret én art til en annen

Science 2008: Laget et syntetisk bakteriegenom som kan replikere(kopieres opp) i gjærceller

Science 2009: Konst r uer t e bakt er iear t er f r a genom som var klonet og manipulert med i gjærceller

Demonst rert t eknologi f or design og skapelse av nytt syntetisk liv på laboratoriet

Page 11: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

11

Konst ruksjon av syntet isk bakterie genom i gjær

(Venter et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 December 23; 105)

Page 12: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

12

A Bug to Save the PlanetGENOME PIONEER CRAIG VENTER WANTS TO MAKE A BACTERIUM

THAT WI LL EAT CO2 AND PRODUCE FUEL.

- a bacterium that will ingest CO2, sunlight and water, and spew out liquid f uel t hat can be pumped int o Amer ican SUVs.

Page 13: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

13

Craig Venter: Programming algae to pump out oil (25 July 2009)

Genome pioneer Cr aig Vent er has t eamed up wit h Exxon Mobil t o t urn living algae into mini oil wells.

Algae that can turn CO2 back into fossil fuel it sounds too good to be true. How is this going to work?

Algae use CO2 to generate a number of oil molecules, via photosynthesis, as a way of storing energy.

We're changing the algae's gene structure to get them to producehydrocarbons similar to those that come out of the ground and to trick them into pumping these hydrocarbons out instead of accumulating them.

As other groups get CO2 sequestration techniques going, we'd like to take that CO2 and get the algae to convert it back into oil.

The aim is to prevent it from further increasing carbon in the atmosphere. ...

Page 14: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

14

Craig Venter på NBS- Kontaktmøtet Røros i Januar 2009

Page 15: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

15

Jay Keasling, Berkeley; Saving the world, one molecule at the t ime

Jay Keasling has received the first Biotech Humanitarian Award 2009 for his development of a microbial-based version of the antimalarial drug Artemisininusing the tools of synthetic biology.

Page 16: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

16

Analogous to the design of chemical manufacturing facilities, the flow of chemicals through enzymatic reactions within a cell must be optimized within the context of other cellular processes to ensure product composition and to minimize the generation of undesirable

products.

Mikrobiell produksjon av malariamedisin Artemisinin ved Syntetisk Biologi

San Francisco company Amyris is now working on scaling up Keasling's system for large-scale production of Artemesinin. The cost of the drug may drop by 90 percent.

Produksjonen av Artemisinin involverer i alt 11 enzymkatalyserte reaksjoner

Page 17: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

17

Hvordan gjøres Syntet isk biologi?

Naturen er en oase av unike forbindelser og egenskaper (gener)Bioprospektering; søke nye egenskaper ( moduler ) ikke nye organismerIsolere, modifisere og kombinere moduler i bioteknologisk velutviklet vertsorganismeKonstruere nye unaturligebiologiske systemer for ulike anvendelser

Page 18: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

18

Genom ProteomTranskriptom Metabolom

STATISK

DYNAMISK

System biologi søker å forstå hvordan alle delene av en celle samarbeider for å skape og opprettholde liv

System Biologi er grunnleggende basis f or Syntet isk Biologi

Page 19: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

19

Posit iv f eedback mellom System biologi og Syntet isk biologi

(Barrett et al., 2006: Curr Opinion Biotechnol 17:488-492)

System biologi: AnalytiskSyntetisk biologi: Operasjonell

Page 20: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

20

Egen f orskning ved SI NTEF / NTNU knyt tet t il Syntet isk Biologi

Mikrobe med godeegenskaper BioProsessEngineering

Fokus: Utvikle mikrobielle bioprosesser

Page 21: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

21

SO

S S S S S S S S

S S

O

OH

O

OH

OH

O

OH

OH

O

OH

OH

O

OH

OH

O

OH

OHOH

OH

O O

OH

OH

OH

OH

O O

OH

OH

OH

SS S S S S S SO

OH

OH

OH

OH

O

OH

OH

OH

OH

OH

O

OH

OH

OH

OH

OH

O

O

OH

OH

OH

OH

OH

O

OHO

OH

OH

OH

O

OH

OH

OH

O

OH

OH

OH

O

OH

OH

OH

OH

O

OH

OH

OH

O

OH

OH

OH

OH

OH

O

OH

OH

OH

OH

OH

O

OH

OH

OH

OH

L 1 2 3 4 5 6 7 8

9 10 11 12 13 14 15 16 17 18

NysI NysJ NysK

NysA NysB NysC

O

OOH

CH3

OH OHO OH OH

OH

OH

CH3CH3

CH3

OH

O

OOH

CH3

OH OHO OH OH

OH

OH

CH3

CH3

OH

COOH

OH

NysL + NysN

O

OOH

CH3

OH OHO OH

OH

OH

OH

O

COOH CH3

CH 3

O

OHNH2

CH3

OH

Nystatin A1 OH

NysDI+ NysDII+ NysDIII

L-Fructose-6-phosphate

NysK TE

Eks- 1: Nye antibiotika basert på antifungalt antibiotikumnystatin

Page 22: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

22

Module 3

NysC

Module 4Module 5

Module 6

KS AT DH KR ACP KS AT DH KR ACP KS AT DH ER KR ACP KS AT DH KR ACP KS AT DH KR ACP KS AT DH KR ACP

Module 7Module 8

O

OOH

CH3

OH OHO OH

OH

OH

OH

O

COOHCH3

CH3

O

OHNH2

CH3

OH

Nystatin A1

OH

1 3 5 7 9 11 13 15

16

33 31 29 27 25 23 21 19

34 32 30 28 26 24 22 20 18

2 4 6 8 10 12 14

1735

36

37

Grunnleggende forståelse Gener - Enzymer Biosyntese avnystatin; Design av nye antibiotika

Page 23: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

23

Nye og bedre antifungale antibiotika generert ved rasjonell design og genetic engineering

(Brautaset et al., 2008: Chem & Biol 15:1198-1206)

Page 24: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

24

Eks- 2: Mikrobiell produksjon av aminosyrer fra metanol

Alternativ produksjonsprosess for to av verdens viktigste biotek-produkter :

Lysin og Glutamat fra Metanol

Globale produksjonsvolumLysin 800,000 tonn / årGlutamat 1,500,000 tonn / år

Metan

Metanol

Aminosyrer

Page 25: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

25

Metabolic engineering av metylot rof Bacillus methanolicus f or omsetning av metanol til aminosyren Lysin

METHANOL

FORMALDEHYDE

RUMP

FORMATE

CO2

PYRUVATE

OXALOACETATE

-OXOGLUTARATE

GLUTAMATE

L-ASPARTATE

METHIONINE THREONINE

LYSINE

TCA

MESO -DIAMINOPIMELAT

metabolicengineering

METHANOL

FORMALDEHYDE

RUMP

FORMATE

CO2

PYRUVATE

OXALOACETATE

-OXOGLUTARATE

GLUTAMATE

L-ASPARTATE

METHIONINE THREONINE

LYSINE

TCA

MESO -DIAMINOPIMELAT

Page 26: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

26

CCHH33OHOH

CCHH33OHOH

CCHH33OHOH

ProductProduct

DonorDonor

HostHost

SyntheticSynthetic org.org.

Alternativ strategi: Engineere metylot rof i inn i bioteknologisk godt utviklet bakterie ved Syntet isk biologi

Page 27: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

27

Eks- 3: Marin Bioprospektering

Lygnenfjorden, NamdalseidPolyunsaturated fatty acids (DHA)

Carotenoides

Metagenome-library Antimicrobial andAnticancer compounds

Sea surface / sediments

Page 28: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

28

I solering av nye bakterieart er som produserer karotenoider(fargestoffer)

A

B

C

D

E

F

G

H

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

Nye idéer og nye biologiske komponenter for Syntetisk biologi

Page 29: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

29

Register f or biologiske komponenter ved MI T, USA

Page 30: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

30

Hvorfor satse på Syntetisk Biologi i Norge

Grensesnittet grunnleggende og anvendt forskning; fanger bredt

Høy grunnleggende kompetanse på relevante fagområder:Molekylærbiologi (metabolic engineering, system biologi)Bioinformatikk KjemiFysikkNanoteknologi?

Unike nat ur r eser ver (biologisk mangf old) og pågående satsing innen bioprospektering; unike kilder for biologiske deler og gode idéer

Voksende Norsk biotekindustri (se: http://www.biotekforum.no/)

EU satser på Syntetisk Biologi

Page 31: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,

31

Oppsummering

USA leder an innenf or Syntet isk biologi; både på det grunnleggende (vit enskapelig publisering) og det anvendt e (indust rimedvirkning)

EU satser på Syntetisk Biologi: argumenterer for tverrfaglige og flernasjonale prosjekter

Synt et isk biologi har bredt nedslagsvindu og bygger på flere ulike fagområder Norge er sterke på