foredrag trygve brautaset - bioteknologirådet3 hva er syntetisk biologi? synthetic biology is the...
TRANSCRIPT
![Page 1: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/1.jpg)
1
Av Trygve Brautaset
![Page 2: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/2.jpg)
2
Kjøreplan
Hva er synt et isk biologi og hva kan det br ukes t il?
Hvor dan ut f ør es synt et isk biologi?
Hvor f or er Synt et isk biologi vikt ig?Egen f or skningsvir ksomhet knyt t et t il synt et isk biologiBør vi satse på syntetisk biologi i Norge?
Oppsummer inger
![Page 3: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/3.jpg)
3
Hva er syntet isk biologi?
Synt het ic biology is t he r edesign of biological syst ems and t heir parts for useful and practical purposes, including
Understanding life processesGenerating functional modular componentsDevelop novel applications and processes
![Page 4: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/4.jpg)
4
Syntet isk biologi er en kraf t f ull blanding av bioteknologi og ingeniørkunst .
Grunnleggende (basic) vitenskap: What I cannot create, I do not
understand! (R. Feynman)
OG
Anvendt (applied) vitenskap:- Produsere nye biologiske systemer med nye funksjoner.
![Page 5: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/5.jpg)
5
Hva kan Syntet isk biologi brukes t il?
BioMedisin (bedre diagnosesystemer, drug delivery, )
Biofarmasøyt ika (bedr e og billiger e medisiner , vaksiner , og antibiotika, )
Ener gi (biodr ivst of f , f ot osynt et iske bakt er ier , )
Miljø (bioremediering, miljøovervåking, ....)
White biotechnology (bedre, billigere, mer miljøvennlige og nye produksjonsprosesser, )
![Page 6: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/6.jpg)
6
Transf ormasjon av kunnskap via Syntet isk biologi
Syntetisk biologi er ingen nyvitenskap, men en konseptuel ny tenkemåte
Syntetisk biologi bygger påmange ulike fagdisipliner og teknologier
Teknologien setter begrensingene for hva som er mulig å gjøre
![Page 7: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/7.jpg)
7
Milepæler innen bioteknologisk f orskning
1995 2000 2005 20091990
Start sekvensering av humant genom
Ferdig sekvensering humant genom
Haemophilus influenzaes(bakterie) sekvensert
Første syntetiske bakterie utviklet
Metabolsk ingeniørkunst
Teknologi for robotisert screening
Teknologi for kvantitativ måling av antall genkopier og enzymer i celler
Omics - teknologier
Systembiologi
Syntetisk biologi
![Page 8: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/8.jpg)
8
Nøkkelteknologier Syntet isk Biologi
Gen synt ese, DNA sekvenser ing
Virale og ikke-virale genoverføringsmetoder
Modell-basert evaluering av genetiske systemer
Skape nye biologiske systemer som ikke eksisterer i naturen!
![Page 9: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/9.jpg)
9
Craig Venter Vår tids symbol på syntetisk biologi
Vent er turns f rom DNA to saving the environment
Vent er was on Time Magazine s 2007 list of the 100 Most I nf luent ial People in the World.
![Page 10: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/10.jpg)
10
Store gjennombrudd Craig Venter s forskning Syntetisk biologi
Science 2005: Massiv mar in biopr ospekt er ing: ident if iser t 6 millioner nye gener; The molecules of the future
Science 2007: Genomtransplantasjon i bakterier; endret én art til en annen
Science 2008: Laget et syntetisk bakteriegenom som kan replikere(kopieres opp) i gjærceller
Science 2009: Konst r uer t e bakt er iear t er f r a genom som var klonet og manipulert med i gjærceller
Demonst rert t eknologi f or design og skapelse av nytt syntetisk liv på laboratoriet
![Page 11: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/11.jpg)
11
Konst ruksjon av syntet isk bakterie genom i gjær
(Venter et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 December 23; 105)
![Page 12: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/12.jpg)
12
A Bug to Save the PlanetGENOME PIONEER CRAIG VENTER WANTS TO MAKE A BACTERIUM
THAT WI LL EAT CO2 AND PRODUCE FUEL.
- a bacterium that will ingest CO2, sunlight and water, and spew out liquid f uel t hat can be pumped int o Amer ican SUVs.
![Page 13: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/13.jpg)
13
Craig Venter: Programming algae to pump out oil (25 July 2009)
Genome pioneer Cr aig Vent er has t eamed up wit h Exxon Mobil t o t urn living algae into mini oil wells.
Algae that can turn CO2 back into fossil fuel it sounds too good to be true. How is this going to work?
Algae use CO2 to generate a number of oil molecules, via photosynthesis, as a way of storing energy.
We're changing the algae's gene structure to get them to producehydrocarbons similar to those that come out of the ground and to trick them into pumping these hydrocarbons out instead of accumulating them.
As other groups get CO2 sequestration techniques going, we'd like to take that CO2 and get the algae to convert it back into oil.
The aim is to prevent it from further increasing carbon in the atmosphere. ...
![Page 14: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/14.jpg)
14
Craig Venter på NBS- Kontaktmøtet Røros i Januar 2009
![Page 15: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/15.jpg)
15
Jay Keasling, Berkeley; Saving the world, one molecule at the t ime
Jay Keasling has received the first Biotech Humanitarian Award 2009 for his development of a microbial-based version of the antimalarial drug Artemisininusing the tools of synthetic biology.
![Page 16: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/16.jpg)
16
Analogous to the design of chemical manufacturing facilities, the flow of chemicals through enzymatic reactions within a cell must be optimized within the context of other cellular processes to ensure product composition and to minimize the generation of undesirable
products.
Mikrobiell produksjon av malariamedisin Artemisinin ved Syntetisk Biologi
San Francisco company Amyris is now working on scaling up Keasling's system for large-scale production of Artemesinin. The cost of the drug may drop by 90 percent.
Produksjonen av Artemisinin involverer i alt 11 enzymkatalyserte reaksjoner
![Page 17: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/17.jpg)
17
Hvordan gjøres Syntet isk biologi?
Naturen er en oase av unike forbindelser og egenskaper (gener)Bioprospektering; søke nye egenskaper ( moduler ) ikke nye organismerIsolere, modifisere og kombinere moduler i bioteknologisk velutviklet vertsorganismeKonstruere nye unaturligebiologiske systemer for ulike anvendelser
![Page 18: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/18.jpg)
18
Genom ProteomTranskriptom Metabolom
STATISK
DYNAMISK
System biologi søker å forstå hvordan alle delene av en celle samarbeider for å skape og opprettholde liv
System Biologi er grunnleggende basis f or Syntet isk Biologi
![Page 19: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/19.jpg)
19
Posit iv f eedback mellom System biologi og Syntet isk biologi
(Barrett et al., 2006: Curr Opinion Biotechnol 17:488-492)
System biologi: AnalytiskSyntetisk biologi: Operasjonell
![Page 20: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/20.jpg)
20
Egen f orskning ved SI NTEF / NTNU knyt tet t il Syntet isk Biologi
Mikrobe med godeegenskaper BioProsessEngineering
Fokus: Utvikle mikrobielle bioprosesser
![Page 21: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/21.jpg)
21
SO
S S S S S S S S
S S
O
OH
O
OH
OH
O
OH
OH
O
OH
OH
O
OH
OH
O
OH
OHOH
OH
O O
OH
OH
OH
OH
O O
OH
OH
OH
SS S S S S S SO
OH
OH
OH
OH
O
OH
OH
OH
OH
OH
O
OH
OH
OH
OH
OH
O
O
OH
OH
OH
OH
OH
O
OHO
OH
OH
OH
O
OH
OH
OH
O
OH
OH
OH
O
OH
OH
OH
OH
O
OH
OH
OH
O
OH
OH
OH
OH
OH
O
OH
OH
OH
OH
OH
O
OH
OH
OH
OH
L 1 2 3 4 5 6 7 8
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
NysI NysJ NysK
NysA NysB NysC
O
OOH
CH3
OH OHO OH OH
OH
OH
CH3CH3
CH3
OH
O
OOH
CH3
OH OHO OH OH
OH
OH
CH3
CH3
OH
COOH
OH
NysL + NysN
O
OOH
CH3
OH OHO OH
OH
OH
OH
O
COOH CH3
CH 3
O
OHNH2
CH3
OH
Nystatin A1 OH
NysDI+ NysDII+ NysDIII
L-Fructose-6-phosphate
NysK TE
Eks- 1: Nye antibiotika basert på antifungalt antibiotikumnystatin
![Page 22: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/22.jpg)
22
Module 3
NysC
Module 4Module 5
Module 6
KS AT DH KR ACP KS AT DH KR ACP KS AT DH ER KR ACP KS AT DH KR ACP KS AT DH KR ACP KS AT DH KR ACP
Module 7Module 8
O
OOH
CH3
OH OHO OH
OH
OH
OH
O
COOHCH3
CH3
O
OHNH2
CH3
OH
Nystatin A1
OH
1 3 5 7 9 11 13 15
16
33 31 29 27 25 23 21 19
34 32 30 28 26 24 22 20 18
2 4 6 8 10 12 14
1735
36
37
Grunnleggende forståelse Gener - Enzymer Biosyntese avnystatin; Design av nye antibiotika
![Page 23: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/23.jpg)
23
Nye og bedre antifungale antibiotika generert ved rasjonell design og genetic engineering
(Brautaset et al., 2008: Chem & Biol 15:1198-1206)
![Page 24: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/24.jpg)
24
Eks- 2: Mikrobiell produksjon av aminosyrer fra metanol
Alternativ produksjonsprosess for to av verdens viktigste biotek-produkter :
Lysin og Glutamat fra Metanol
Globale produksjonsvolumLysin 800,000 tonn / årGlutamat 1,500,000 tonn / år
Metan
Metanol
Aminosyrer
![Page 25: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/25.jpg)
25
Metabolic engineering av metylot rof Bacillus methanolicus f or omsetning av metanol til aminosyren Lysin
METHANOL
FORMALDEHYDE
RUMP
FORMATE
CO2
PYRUVATE
OXALOACETATE
-OXOGLUTARATE
GLUTAMATE
L-ASPARTATE
METHIONINE THREONINE
LYSINE
TCA
MESO -DIAMINOPIMELAT
metabolicengineering
METHANOL
FORMALDEHYDE
RUMP
FORMATE
CO2
PYRUVATE
OXALOACETATE
-OXOGLUTARATE
GLUTAMATE
L-ASPARTATE
METHIONINE THREONINE
LYSINE
TCA
MESO -DIAMINOPIMELAT
![Page 26: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/26.jpg)
26
CCHH33OHOH
CCHH33OHOH
CCHH33OHOH
ProductProduct
DonorDonor
HostHost
SyntheticSynthetic org.org.
Alternativ strategi: Engineere metylot rof i inn i bioteknologisk godt utviklet bakterie ved Syntet isk biologi
![Page 27: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/27.jpg)
27
Eks- 3: Marin Bioprospektering
Lygnenfjorden, NamdalseidPolyunsaturated fatty acids (DHA)
Carotenoides
Metagenome-library Antimicrobial andAnticancer compounds
Sea surface / sediments
![Page 28: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/28.jpg)
28
I solering av nye bakterieart er som produserer karotenoider(fargestoffer)
A
B
C
D
E
F
G
H
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Nye idéer og nye biologiske komponenter for Syntetisk biologi
![Page 29: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/29.jpg)
29
Register f or biologiske komponenter ved MI T, USA
![Page 30: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/30.jpg)
30
Hvorfor satse på Syntetisk Biologi i Norge
Grensesnittet grunnleggende og anvendt forskning; fanger bredt
Høy grunnleggende kompetanse på relevante fagområder:Molekylærbiologi (metabolic engineering, system biologi)Bioinformatikk KjemiFysikkNanoteknologi?
Unike nat ur r eser ver (biologisk mangf old) og pågående satsing innen bioprospektering; unike kilder for biologiske deler og gode idéer
Voksende Norsk biotekindustri (se: http://www.biotekforum.no/)
EU satser på Syntetisk Biologi
![Page 31: Foredrag Trygve Brautaset - Bioteknologirådet3 Hva er syntetisk biologi? Synthetic biology is the redesign of biological systems and their parts for useful and practical purposes,](https://reader034.vdocuments.net/reader034/viewer/2022050312/5f741c83d3ed55016203ab63/html5/thumbnails/31.jpg)
31
Oppsummering
USA leder an innenf or Syntet isk biologi; både på det grunnleggende (vit enskapelig publisering) og det anvendt e (indust rimedvirkning)
EU satser på Syntetisk Biologi: argumenterer for tverrfaglige og flernasjonale prosjekter
Synt et isk biologi har bredt nedslagsvindu og bygger på flere ulike fagområder Norge er sterke på