forschungsdaten & openaireplus

Main Library, Open Access

Forschungsdaten

& OpenAIREplus Christian Gutknecht, Hauptbibliothek

HBZ-Thementreff 23.7.2012

www.oai.uzh.ch

(except University Logo)

http://www.oai.uzh.ch/


Open Repositories 2012 - #OR2012 tagged tweets

2 http://adamfield.net/or2012/wordle.png

http://adamfield.net/or2012/wordle.png




FORSCHUNGSDATEN?

3


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4

http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Muon_Barrel.jpg?uselang=de

http://commons.wikimedia.org/wiki/File:CERN_Control_Center_(2).jpg?uselang=de







28.6.2012 Christian Gutknecht

Com

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Loek Essers (2011). CERN pushes storage limits as it probes secrets of universe. In Computerworld. 11.7.2011 5

http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Muon_Barrel.jpg?uselang=de

http://news.idg.no/cw/art.cfm?id=FF726AD5-1A64-6A71-CE987454D9028BDF





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Loek Essers (2011). CERN pushes storage limits as it probes secrets of universe. In Computerworld. 11.7.2011 6

http://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Datei:CERN_Server_03.jpg&filetimestamp=20090312142836

http://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Datei:CERN_Server_03.jpg&filetimestamp=20090312142836



Long Tail

Forschungsprojekte

Grö

sse,

Ko

mp

lexitä

t

7


ZUGÄNGLICHKEIT &

PUBLIKATION

8


Data Publication Pyramid EU Project ODE (Opportunities for Data Exchange)

Reilly, S. et al. (2011). Report on Integration of Data and Publications.

• Daten in Artikel enthalten oder darin erklärt Publications

with data

• Daten und Erklärungen als Supplements zum Artikel

Processed Data and Data

Representations

• Referenzierte Daten in Datenrepositories oder Rechenzentren

Data Collections and Structured Databases

• Daten auf Insitutslaufwerk oder persönlichem Laptop

Raw Data and Data Sets

9

http://www.alliancepermanentaccess.org/wp-content/uploads/downloads/2011/11/ODE-ReportOnIntegrationOfDataAndPublications-1_1.pdf.d




Berlin Declaration on Open Access

to Knowledge in the Sciences and Humanities

Open access contributions include original scientific

research results, raw data and metadata, source

materials, digital representations of pictorial and graphical

materials and scholarly multimedia material.

„ Von UZH unterzeichnet am 15.12.2004

http://oa.mpg.de/lang/de/berlin-prozess/berliner-erklarung/

10











Publikation von Forschungsdaten so...

11


Publikation von Forschungsdaten so...

12


http://dx.doi.org/10.1038/msb.2012.9

13






oder so...

Repositories für Primärdaten (150+), einige Beispiele:

• GenBank (US)

• Protein Data Bank (US)

• Dryad (UK)

• DANS: Data Archiving and Networked Services (NL)

• ADS: Archaeology Data Service (UK)

• GESIS Data Archive (DE)

• FORS (CH)

http://datacite.org/repolist DFG-Projekt (2012-2014)

14

http://datacite.org/repolist

http://datacite.org/repolist


oder gar nicht?

Manuscript

Publication

Library

Data Metadata

Private Files

Klump, Jens (2007).Semantic linking of data and journal publications in the STD-DOI project.

European GeoInformatics Workshop Edinburgh, 7 March 2007

15

http://www.nesc.ac.uk/talks/712/ Klump_GI_2007.ppt






INTEGRITÄT

16


Integrität in der Wissenschaft: Anspruch

Daten und Materialien mussen in einer Weise aufbewahrt

werden, welche Beschädigung, Verlust oder Manipulation

ausschliesst. Dies gilt sowohl fur handschriftliche wie auch

fur elektronische Daten. Besondere Vorfälle, z.B.

Datenverlust und Abweichungen vom ursprunglichen

Forschungsplan mussen dokumentiert werden.

Die Projektleitung ist dafur verantwortlich, dass Daten und

Materialien nach Abschluss des Projektes während einer fur

das Fachgebiet adäquaten Dauer aufbewahrt bleiben. Sie

hat fur ihre Haltbarkeit und Sicherung zu sorgen.

„

Integrität in der Wissenschaft: Reglement der Akademien der Wissenschaften Schweiz, 2008

17

http://www.akademien-schweiz.ch/dms/D/Portrait/Kommissionen/Integritaet/Reglement_d.pdf


Integrität in der Wissenschaft: Realität

Bossi, Emilio (2010). Wissenschaftliche Integrität, wissenschaftliches Fehlverhalten.

Schweizerische Ärztezeitung, 91(16): 618-620

Prozentualer Anteil an Forschern, die eigenes Fehlverhalten zugaben.

Fälschung, Fabrikation 0.3 - 4.9% 2.6% (Mittelwert)

Questionable Research Practices bis zu 33.7% 9.5% (Mittelwert)

Meta-Analyse von 18 Umfragen

Prozentualer Anteil an Forschern, die Fehlverhalten anderer beobachtet haben.

Fälschung, Fabrikation 5.2 – 33.3% 16.7% (Mittelwert)

Questionable Research Practices 6.2 – 72% 28.5% (Mittelwert)

18

http://www.samw.ch/dms/de/Ethik/WI/WissenschaftlicheIntegrit-t/WissenschaftlicheIntegrit%C3%A4t.pdf

http://www.samw.ch/dms/de/Ethik/WI/WissenschaftlicheIntegrit-t/WissenschaftlicheIntegrit%C3%A4t.pdf


Imageverlust!

19


DATA POLICIES

20


Data Policy von PLoS

PLoS is committed to ensuring the availability of data and

materials that underpin any articles published in PLoS

journals. PLoS's ideal is to make all data relevant to a given

article and all readily replaceable materials immediately

available without restrictions.

„

http://www.plosone.org/static/policies.action#sharing

ArrayExpress

BioModels Database

Database of Interacting Proteins

DNA Data Bank of Japan [DDBJ]

DRYAD

EMBL Nucleotide Sequence

Database

GenBank

Gene Expression Omnibus [GEO]

Protein Data Bank

UniProtKB/Swiss-Prot

ClinicalTrials.gov

Ensembl

Entrez Gene

FlyBase

InterPro

Mouse Genome Database (MGD)

Online Mendelian Inheritance in Man

(OMIM)

PubChem

Accession numbers should be provided:

21

http://www.plosone.org/static/policies.action






http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

http://www.ebi.ac.uk/biomodels/

http://dip.doe-mbi.ucla.edu/

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

http://datadryad.org

http://www.ebi.ac.uk/embl/

http://www.ebi.ac.uk/embl/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

http://www.rcsb.org/pdb/

http://www.ebi.ac.uk/swissprot/



http://clinicaltrials.gov

http://www.ensembl.org/index.html

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene

http://flybase.bio.indiana.edu/

http://www.ebi.ac.uk/interpro/

http://www.informatics.jax.org/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM

http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/deposit/deposit_help.html


Data Policy von Nature Publishing Group (1)

Therefore, a condition of publication in a Nature journal is

that authors are required to make materials, data and

associated protocols promptly available to readers

without undue qualifications in material transfer agreements.

„

http://www.nature.com/authors/policies/availability.html

The preferred way to share large data sets is via public

repositories. Some of these repositories offer authors the

option to host data associated with a manuscript

confidentially, and provide anonymous access to peer-

reviewers before public release.

„

22










Data Policy von Nature Publishing Group (2)

Peer-reviewers may be asked to comment on the terms of access to

materials, methods and/or data sets; Nature journals reserve the right to

refuse publication in cases where authors do not provide adequate

assurances that they can comply with the journal's requirements for

sharing materials.

„ After publication, readers who encounter refusal by the authors to

comply with these policies should contact the chief editor of the journal.

In cases where editors are unable to resolve a complaint, the journal may

refer the matter to the authors' funding institution and/or publish a formal

statement of correction, attached online to the publication, stating that

readers have been unable to obtain necessary materials to replicate the

findings.

„ http://www.nature.com/authors/policies/availability.html

23










Data Policy von Journal of Neuroscience Ausschluss von Supplemental Material

It is conceivable that removing supplemental material from

articles might motivate more scientific communities to create

repositories for specific types of structured data, which are

vastly superior to supplemental material as a mechanism for

disseminating data.

„ John Maunsell, Editor-in-Chief

Journal of Neuroscience 2010, 30(32):10599-10600

24

http://www.jneurosci.org/content/30/32/10599.full












Funder Policy: National Science Foundation (US)

Proposals submitted or due on or after January 18, 2011, must include a

supplementary document of no more than two pages labeled “Data

Management Plan”. This supplementary document should describe how

the proposal will conform to NSF policy on the dissemination and sharing

of research results.

„ http://www.nsf.gov/bfa/dias/policy/dmp.jsp

Investigators are expected to share with other researchers, at no more

than incremental cost and within a reasonable time, the primary data,

samples, physical collections and other supporting materials created or

gathered in the course of work under NSF grants.

„

25

http://www.nsf.gov/bfa/dias/policy/dmp.jsp


Funder Policy:

Engineering and Physical Sciences Council (EPSRC)

To allow time for this EPSRC expects all those it funds to have developed

a clear roadmap to align their policies and processes with EPSRC’s

expectations by 1st May 2012, and to be fully compliant with these

expectations by 1st May 2015.

„

http://www.epsrc.ac.uk/about/standards/researchdata/Pages/default.aspx

26












Research Data Management Policy, University of Edinburgh

This policy for managing research data was approved by the University Court on 16 May, 2011.

The University adopts the following policy on Research Data Management. It is acknowledged that this is an

aspirational policy, and that implementation will take some years.

• Research data will be managed to the highest standards throughout the research data lifecycle

as part of the University’s commitment to research excellence.

• Responsibility for research data management through a sound research data management

plan during any research project or programme lies primarily with Principal Investigators (PIs).

• All new research proposals [from date of adoption] must include research data management

plans or protocols that explicitly address data capture, management, integrity, confidentiality,

retention, sharing and publication.

• The University will provide training, support, advice and where appropriate guidelines and

templates for the research data management and research data management plans.

• The University will provide mechanisms and services for storage, backup, registration, deposit

and retention of research data assets in support of current and future access, during and after

completion of research projects.

• …

„

http://www.ed.ac.uk/schools-departments/information-services/about/policies-and-regulations/research-data-policy

27















UMFELD

28


JISC - UK

http://www.jisc.ac.uk/whatwedo/programmes/di_researchmanagement/managingresearchdata.aspx#

29

http://www.jisc.ac.uk/whatwedo/programmes/di_researchmanagement/managingresearchdata.aspx












Riding the Wave: How Europe can gain from the rising tide of scientific data

Final report of the High Level

Expert Group on Scientific Data

A submission to the European

Commission

Riding the Wave Report (2010)

30

http://cordis.europa.eu/fp7/ict/e-infrastructure/docs/hlg-sdi-report.pdf


A Surfboard for Riding the Wave Empfehlungen für DE, NL, DK & UK

Knowledge Exchange Primary Research Data Working Group (2011). A Surfboard for Riding the Wave: Toward a four country

action programm on research data.

31

http://www.knowledge-exchange.info/Default.aspx?ID=469




SCHWEIZ

32


Konzeptstudie ikeep 2008 im Rahmen von e-lib.ch Im Auftrag der Konferenz der Universitätsbibliotheken (KUB)

Keller-Marxer, Peter (2008). Konzeptstudie zur Entwicklung eines Modells für eine zentrale Langzeitarchivierung von

digitalen Primär- und Sekundärdaten der Forschung für die Schweiz. Situation, Bedarf, Nutzenziele, Modelle,

Anspruchsgruppen, Rahmenbedingungen und europäisches Umfeld. http://dx.doi.org/10.3929/ethz-a-006070903.

Zwei Archivierungsmodelle für Primärdaten:

Self Deposit

eine zentrale nationale Infrastrukturlösung ohne Regulierung, fokussiert

auf die Eigenverantwortung der Forschenden

Managed Deposit

eine nationale Archivstelle im Sinne der Archivgesetze, sieht eine

Organisationseinheit vor, welche die Forschenden bei der Hinterlegung

der Daten unterstützt und die Langzeitarchivierung übernimmt

33

http://dx.doi.org/10.3929/ethz-a-006070903








Keller-Marxer, Peter (2010). Umfrage «Archivdienstleistungen dLZA für Primärdaten an den Schweizer Hochschulen»

Umfrage bei Schweizer Hochschulen (2010) Im Auftrag der Konferenz der Universitätsbibliotheken (KUB)

• Umfrage bei Leiter/innen von 393 ausgewählten Forschungsstellen

(i.d.R. Institute) an den 10 Universitäten, ETH und 24 Fachhochschulen.

• Der Rücklauf war 31% (13 Antworten von UZH)

• Ziel: Rückschlüsse auf „Stimmungsbild“ und „Awareness“

Fazit:

• Bedarf an Langzeitarchivierung von Forschungsdaten ist vorhanden

• Zuständigkeiten der Archivierung (Wer? Was? Wie lang?) sind nicht

wirklich klar geregelt und liegen (zu) häufig beim einzelnen Forscher

• Unklar auf welchen Level (International, National, Institution,

disziplinspezifisch) das Thema angegangen werden soll.

34


E-Library Strategie Hauptbibliothek (2009)

2.2 Publikations- und Forschungsdaten

Im Rahmen der von EUROHORCs dargelegten Strategie

werden Konzepte für die Erfassung und Archivierung von

relevanten Forschungsdaten geprüft.

„

http://www.hbz.uzh.ch/images/docfiles/e-library-strategie_v2_0.pdf

http://www.eurohorcs.org/SiteCollectionDocuments/ESF_Road%20Map_long_0907.pdf

35







http://www.eurohorcs.org/SiteCollectionDocuments/ESF_Road Map_long_0907.pdf


The LERU Roadmap towards Open Access

It is important that universities actively continue current

investigations into the feasibility of storing open primary

data in repositories, linking the open data to the secondary

research publication.

This is potentially a new area for repositories and will bring

to light different issues and concerns. Primary data, across

all subject areas, forms the building blocks from which

secondary research articles and monographs are created.

„

Advice Paper No. 8, June 2011, p.8

36

http://www.leru.org/files/general/LERU AP8_Open Access.pdf








Supplemental Material in ZORA, zitierbar mit DOI

37


Data Repositories mit EPrints

Cadman, Christopher J. and Coles, Simon J. and Croft, Anna K. and Frey, Jeremy G. and Tizzard, Graham J. (2010)

University of Southampton, Crystal Structure Report Archive. http://dx.doi.org/10.3737/ecrystals.chem.soton.ac.uk/1343

38

http://ecrystals.chem.soton.ac.uk/1343/

http://dx.doi.org/10.3737/ecrystals.chem.soton.ac.uk/1343





Research Data @Essex mit EPrints

http://researchdataessex.posterous.com/

39

http://researchdataessex.posterous.com/


Forschungsdaten an der UZH?

Welche Daten gibt

es?

Wie wichtig sind diese

Daten?

Welche Aufbewahrun

gsdauer gelten?

Wer ist dafür verantwortlic

h?

Wie und wo werden diese

archiviert?

Ist die Integrität

gewährleistet?

Daten in der Zukunft noch lesbar und

verständlich?

Dossier aktuell bei:

Prorektorat Medizin und

Naturwissenschaften 40


OPENAIRE

41


EU-Projekte: OpenAIRE + OpenAIREplus

OpenAIRE (2009-2012)

• 5 Mio EUR, 27 Länder

OpenAIREplus (2011-2014)

• 5.1 Mio EUR, 33 Länder

Projektleitung:

• Universität Athen

• SUB Göttingen

• Italian National Research Council: Institute of Information Science and

Technologies

42


OpenAIRE

Open Access repositories FP7 Project

Information

Services

Infrastruktur für OA Publikationen

Ausführung, Support, Überwachung des Open Access Pilots der EU (SC39)

43


www.openaire.eu

44


OpenAIREplus

http://cordis.europa.eu/fetch?CALLER=FP7_PROJ_EN&ACTION=D&DOC=66&CAT=PROJ&QUERY=0130d4ffe108:f01f:6

1d5b17e&RCN=100079

• Baut auf OpenAIRE auf

• Verlinkung von OA-Publikationen zu Datensets

• Verlinkung von Förderinformationen

(auch ausserhalb von FP7)

• Weitere Services für Nutzer des OpenAIRE Portal

45

http://cordis.europa.eu/fetch?CALLER=FP7_PROJ_EN&ACTION=D&DOC=66&CAT=PROJ&QUERY=0130d4ffe108:f01f:61d5b17e&RCN=100079






















OpenAIREplus - Beteiligung durch HBZ

Arbeitspaket 2: Verbreitung und Öffentlichkeitsarbeit

• Interner Austausch zwischen Projektpartner

• Kommunikation von Projektresultaten

(Tools, Standards, Richtlinien, Informationsbroschüren etc.)

• Absprache mit anderen Initiativen/Projekten/Organisationen

Arbeitspaket 4: Community Unterstützung

• National Helpdesk

46


41 Partner aus 33 Ländern

„

47


Interne Gruppen

1

2

3

4

48


OpenAIREplus - Datenprovider

European Bioinformatics Institute


OpenAIREplus – Zwischenstand

• Website Schweiz:

http://www.openaire.eu/en/open-access/country-

information/switzerland

• Thema platziert bei UZH-Forschern mit FP7-Projekten

• Thema platziert bei Schweizer Repository Betreiber

(hoffentlich bald OpenAIRE compliant)

• Hauptarbeit wird kommen sobald weitere spezifische

Arbeitspakete von anderen OpenAIREplus-Partner

abgeschlossen sind.

50

http://www.openaire.eu/en/open-access/country-information/switzerland








BEDEUTUNG FÜR DIE

BIBLIOTHEK?

51


Bibliometrie

http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0000308

52



















Data Citation Index

http://www.reuters.com/article/2012/06/22/idUS109861+22-Jun-2012+HUG20120622

53
























Data Management Literacy (Informationskompetenz)

http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.1001339

54



















Journal of eScience Librarianship

http://escholarship.umassmed.edu/jeslib/

55













IFLA Kongress 2012 - Helsinki

http://www.ifla.org/en/news/the-role-of-libraries-in-data-curation-access-and-preservation-an-international-perspective

56



































Data Librarian

http://library.barnard.edu/2011/data-librarian

The Data Librarian will serve as the primary

liaison and personal librarian for Barnard

students and faculty in assigned departments

and programs.

The candidate should have experience with

one or more of the following: GIS, Qualtrex,

SPSS, STATA--or a demonstrated aptitude

for learning data management tools.

57















Data Librarianship

http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:525-opus-1633

58



























Research data can be new niche for librarians

• New roles within institutions

• New way to engage with wider range of clients

• New application of existing skills

• New partnerships with Research Office, IT Services, e-

Research folks

Andrew Treloar

Director of Technology, Australian National Data Service

Andrew Treloar (2012). Conceptualising Collaboration and Competition in the Changing Ecology of Research Data. In: Nordbib Conference 2012: Structural

frameworks for open, digital research, Copenhagen 11-13. June 2012. Slides:

http://conference.nordbib.net/fileadmin/user_upload/dokumenter/Treloar.pptx

„

59












forschungsdaten & openaireplus

Education