gambaran polimorfisme gen fto (fat mass and obesity...
TRANSCRIPT
i
i
GAMBARAN POLIMORFISME GEN FTO (Fat Mass and
Obesity associated) RS8050136 PADA KEJADIAN
DIABETES MELITUS TIPE 2
Laporan Penelitian ini ditulis sebagai salah satu syarat untuk
memperoleh gelar SARJANA KEDOKTERAN
OLEH :
INTAN AZIZ
11151030000048
PROGRAM STUDI KEDOKTERAN
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI
SYARIF HIDAYATULLAH
JAKARTA
1440 H/2018 M
LEMBAR KEASLIAN KARYA
Dengan ini saya menyatakan bahwa.
1. Laporan penelitiar ini merupakan hasil karya asli saya yang diajukan untukmemenuhi salah satu persyaratan memperoleh gelar Strata I dt UniversitasIslam Negeri (UIN) Syarif Hidayafullah Jakarta.Senua sumber yang saya gunakan dalam penulisan ini telah sayacantumkan sesuai dengan ketentuan yang berlaku di UIN SyarifHidayatullah Jakarta.
3. Jika di kemudian hari terbukti bahwa karya ini bukan karya asli saya ataumerupakan hasil jiplakan dari karya orang lain, maka sa)/a bersediamenerima sanksi yang berlaku di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
1l
Ciputat, 3 Desember 201 8
lntan Aziz
LENIBAR PERSETUJUAN PEN{BI}IBING
GAMBARAN POLIMORFISIIIE GEN FTo (Fut tlluss antl obesi4' ussociated)
RS8O5O136 PADA KEJADIAN DIABETES NIELITUS TIPE 2
Laporan Penelitian
Diajukan kepada Program Studi Kedokteran, Fakultas I(edokteran unt'lk Memenuhi
Persyaratan Memperoleh Gelar Satjana Kedokteran (S.Ked)
Oleh
Intarr Aziz
NrN{ il151030000048
Pembimbing II
Chris Adiyanto, S.Si, M.Biomcd, PhD
NIP. 19690511 200312 1 001
DR. Zcti Harriyati,S.Si, M.Biomcd
PROGRAM STUDI KEDOI{TERAN
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNI\'ERSITAS ISLAM NEGERI SYAR]F HIDAYATULLAH
JAKARTA
L439Hl 20L8
1V
.\'(*-'
\\
LEMBAR PENGESAHAN
Laporan Penelitian be{udul GAMBARAN POLINIORFIS}IE GEN FTO (Fat
Mass and Obesity associttlarr) RS8050136 PADA KEJADI'A'N DIABETES
N{ELITUS TIPE 2 yang diajukan oleh Intan Aziz (NIM t I151030000048), telah
'- diujikan dalam sidang di Fakultas Kedokteran pacla Novetnbct' 2018' Laporan
penelitian iru telah diterima sebagai salah satu syarat mernperoleh gelar Saljaua
Kedokteran (S.Ked) pada prograrn Studi Kedokteran.
Jakarta, 3 Desember 201 8
DEWAN PENGUJIK{tpa Pidaug\\ l\
\ \\-\\L
Chris Adhyanto, S\i. M.Bionrccl. PhD
NIP. 19690511 200312 1 001
bing 1
NIP. 1969051 I 200312 1 001
ch'. Nouval ACS, Ph.D DR Errdal
fe\ffpnning 1. Pembimbing 2
\h qt"\,
Chris Adiyanto, S.Si, Nl.Biomeci, Pt,.D DR. Zcti Ilaniyati, S.Si N{ B:cmcd
dr.
NIP. 1 1103 200604 r 001
PhD, FINASIM
Pimpinan Fakultas
7 r r009 200501 2 005
Kaprodi PSI(ED
dr. Achmad Zaki, M.EPid, SPOT
NrP r9780507 200501 I 005
Penguji I
12 1003
v
KATA PENGENTAR
Assalamualaikum Wr.Wb.,
Alhamdulillah puji syukur penulis ucapkan kepada Allah SWT yang telah
melimpahkan segala rahmat dan nikmat yang tak terhingga sehingga penulis dapat
menyelesaikan penelitian dan laporan hasil penelitian dengan judul GAMBARAN
POLIMORFISME GEN FTO (Fat Mass and Obesity associated) RS8050136
PADA KEJADIAN DIABETES MELITUS TIPE 2. Solawat serta salam tidak lupa
penulis ucapkan juga kepada Nabi besar kita, junjungan kita; Nabi Muhammad SAW,
yang telah membawaa dunia ini dari zaman jahiliyah menuju zaman ilmu pengetahuan.
Penelitian dan penyusunan laporan penelitian ini dapat terselesaikan karena
mendapat banyak bantuan dari berbagai pihak. Oleh karena itu, penulis ingin
memberikan banyak ucapan terima kasih kepada:
1. Mama dan Papa; yang setiap hari selalu berdoa untuk anak-anaknya disetiap
sujudnya, yang selalu memotivasi anaknya untuk terus melakukan yang terbaik,
dan yang selalu memberikan yang terbaik untuk anak-anaknya.
2. Kedua pembimbing penelitian ini; Chris Adhiyanto, S.Si, M.Biomed., PhD dan
DR. Zeti Harriyati, M.Biomed. yang telah membimbing, mengajarkan,
memfasilitasi dan selalu menyemangati peneliti.
3. Kedua penguji siding skripsi; Dr. Nouval Shahab, Sp. U, FICS, FACS, Ph.D dan
DR. Endah Wulandari, S. Si., M.Biomed yang telah meluangkan waktunya untuk
menguji saya.
4. Laboran laboratorium biokimia dan biologi; Mbak Ayi dan Mbak Sur yang
telah membantu berlangsungnya penelitian ini.
5. Kakak, kembaran, dan adik penulis; Adi Qumara WS, Mutiara Aziz, dan Selena
Azzahra yang selalu memberikan support terbaiknya untuk penulis.
6. Teman-teman angkatan; AMIGDALA, yang selalu menyemangati dan
membantu hal-hal yang bisa dibantu dalam menyelesaikan penelitian ini.
vi
7. Teman-teman CIMSA; yaitu COLA dan OSCAR yang selalu menyemangati
penulis.
8. Adik-adik angkatan 2016 dan 2017 yang sudah dengan sukarela memberikan
sampel darahnya untuk kelancaran penelitian ini.
9. Seluruh responden penelitian yang sudah memberikan sampel darahnya dengan
ikhlas untuk kelancaran penelitian ini.
10. Mbak-mbak dan mas-mas Starbucks Cirendeu yang selalu menyemangati
penulis saat mengerjakan laporan ini.
11. Sahabat-sahabat MAN Insan Cendekia Serpong terutama angkatan ASTONIC
DRALEN RELASTON yang selalu mendooakan dan menyemangati penulis
dalam penyelesaian penelitian sekaligus laporan penelitian ini.
12. Semua pihak yang senantiasa membantu dan menyemangati saya dalam
menyelesaikan penelitian dan laporan penelitian ini yang tidak dapat
disebutkan satu per satu namanya.
Penulis menyadari dalam penyusunan laporan ini masih banyak terdapat
kekurangan. Kritik dan saran yang membangun dari semua pihak akan panulis terima
demi laporan penelitian yang lebih baik. Penulis berharap penelitian ini dapat
bermanfaat bagi masyarakat. Semoga Allah selalu memberi balasan, rahmat dan ridho-
Nya kepada seluruh pihak yang membantu penelitian ini. Aamiin.
Wassalamualaikum Wr.Wb.
Ciputat, 3 Desember 2018
Penulis
vii
ABSTRAK
Intan Aziz, Program Studi Kedokteran, Gambaran Polimorfisme Gen FTO (Fat
Mass and Obesity associated) Rs8050136 pada Kejadian Diabetes Melitus Tipe 2
Diabetes Melitus Tipe 2 merupakan masalah global yang muncul diakibatkan dari
adanya interaksi dari faktor lingkungan dan faktor genetik. Pada beberapa penelitian
yang telah dilakukan di beberapa negara. Pada beberapa studi genetik dan epigenetik,
gen FTO (Fat Mass and Obesity) menunjukkan hubungan dengan meningkatnya
kejadian obesitas dan diabetes mellitus tipe 2. Pada penelitian ini, didapatkan bahwa
genotip yang memiliki alel risiko memang lebih banyak dimiliki oleh grup Diabetes
Melitus Tipe 2 dan masing-masing anaknya dibandingkan dengan grup control, dengan
masing-masing persentasenya adalah 4,61% untuk grup diabetes mellitus tipe 2, 4,61%
untuk grup anak dari penderita diabetes mellitus tipe 2, dan 1,32% pada grup kontrol.
Penelitian ini juga menemukan bahwa polimorfisme gen FTO rs8050136
meningkatkan terjadinya diabetes melitus tipe 2 sebanyak 1,6022 kali lebih besar
daripada orang tanpa polimorfisme FTO rs8050136 dengan nilai interval kepercayaan
95% (1.3143 - 1.9531) dan nilai P <0,0001. Uji SPSS menunjukkan polimorfisme yang
terjadi pada Orang tua dengan diabetes melitus tipe 2 berhubungan dengan
polimorfisme yang terjadi pada masing-masing anaknya dengan p value 0,000.
Kata kunci: FTO, Diabetes Melitus Tipe 2.
viii
ABSTRACT
Intan Aziz, Medicine Study Program, Representation of FTO ((Fat Mass and
Obesity associated) Gene Rs8050136 on Insidence of Type 2 Diabetes Mellitus.
Type 2 Diabetes Mellitus is a global problem that arises from the interaction of
environmental factors and genetic factors. Several studies about FTO gene and Type 2
Diabetes Mellitus conducted in several countries. In several genetic and epigenetic
studies, the FTO (Fat Mass and Obesity) gene showed a relationship with the increased
incidence of obesity and type 2 diabetes mellitus. In this study, it was found that
genotypes with risk alleles were more commonly owned by Type 2 Diabetes Mellitus
groups and their child compared to the control group, with each percentage being
4.61% for type 2 diabetes mellitus group, 4.61% for group of children with type 2
diabetes mellitus, and 1.32% in the control group. The study also found that the FTO
gene polymorphism rs8050136 increased the incidence of Type 2 Diabetes Mellitus by
1.6022 times greater than those without the FTO polymorphism rs8050136 with a 95%
confidence interval (1.3143 - 1.9531) and P value <0,0001. The SPSS test showed the
polymorphism that occurs in people with Type 2 Diabetes Mellitus associated with the
polymorphism that occurs in each child with p value 0,000.
Key words: FTO, Type 2 Diabetes Mellitus.
ix
DAFTAR ISI
LEMBAR KEASLIAN KARYA ............................................................................... ii
LEMBAR PERSETUJUAN PEMBIMBING .......................................................... iii
LEMBAR PENGESAHAN ....................................................................................... iv
KATA PENGENTAR ................................................................................................. v
ABSTRAK ................................................................................................................. vii
ABSTRACT ............................................................................................................... viii
DAFTAR ISI ............................................................................................................... ix
DAFTAR TABEL ...................................................................................................... xi
DAFTAR GAMBAR ................................................................................................. xii
DAFTAR SINGKATAN .......................................................................................... xiii
DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................................ xiv
BAB I 1PENDAHULUAN .......................................................................................... 1
1.1 Latar Belakang.................................................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah .............................................................................................. 2
1.3 Hipotesis ............................................................................................................. 2
1.4 Tujuan Penelitian ................................................................................................ 3
1.4.1 Tujuan Umum ..................................................................................................... 3
1.4.2 Tujuan Khusus .................................................................................................... 3
1.5 Manfaat Penelitian .............................................................................................. 3
1.5.1 Manfaat bagi Peneliti .......................................................................................... 3
1.5.2 Manfaat bagi Institusi ......................................................................................... 3
1.5.3 Manfaat bagi Masyarakat ................................................................................... 3
1.5.4 Manfaat Klinis .................................................................................................... 4
BAB II 5TINJAUAN PUSTAKA .............................................................................. 5
2.1 Landasan Teori ................................................................................................... 5
2.1.1 Diabetes Melitus ................................................................................................. 5
2.1.2 Polimorfisme gen FTO ..................................................................................... 14
2.2 Kerangka Teori ................................................................................................. 22
2.3 Kerangka Konsep ............................................................................................. 23
2.4 Definisi Operasional ......................................................................................... 24
BAB III25METODE PENELITIAN ....................................................................... 25
3.1 Desain Penelitian .............................................................................................. 25
3.2 Waktu dan Tempat Penelitian .......................................................................... 25
3.3 Sampel Penelitian ............................................................................................. 25
3.4 Besar Sampel .................................................................................................... 25
x
3.5 Teknik Pengambilan Sampel ............................................................................ 26
3.6 Teknik Pemiihan Sampel .................................................................................. 26
3.6.1 Kriteria Inklusi.................................................................................................. 26
3.6.2 Kriteria Eksklusi ............................................................................................... 27
3.7 Alur Penelitian .................................................................................................. 28
3.8 Prosedur Penelitian ........................................................................................... 29
3.9 Cara Kerja Penelitian ........................................................................................ 30
3.9.1 Pengumpulan Data............................................................................................ 30
3.9.2 Isolasi DNA ...................................................................................................... 30
3.9.3 Reverse Transcription PCR (RT-PCR) ............................................................ 36
3.9.4 Analisis Data .................................................................................................... 42
BAB IV44HASIL DAN PEMBAHASAN ............................................................... 44
4.1 Hasil .................................................................................................................. 44
4.1.1 Karakteristik Sampel berdasarkan Jenis Kelamin ............................................ 44
4.1.2 Karakteristik Sampel berdasarkan Genotip ...................................................... 45
4.1.3 Karakteristik Sampel berdasarkan Alel ............................................................ 48
4.2 Analisis Alel gen FTO dengan DM Tipe 2 ...................................................... 49
4.3 Analisis Hubungan Genom Orang Tua dengan DM Tipe 2 terhadap Anaknya49
4.4 Keterbatasan Penelitian .................................................................................... 50
BAB V51KESIMPULAN DAN SARAN ................................................................. 51
5.1 Kesimpulan ....................................................................................................... 51
5.2 Saran ................................................................................................................. 51
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................ 52
LAMPIRAN ............................................................................................................... 59
CURRICULUM VITAE ........................................................................................... 74
xi
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
3 1 Alat dan bahan penelitian ...................................................................................... 29
3 2 Campuran SNP untuk DNA Assay ....................................................................... 36
4 1 Karakteristik Jenis Kelamin Total Responden ...................................................... 44
4 2 Karakteristik Sampel berdasarkan Genotip........................................................... 45
4 3 Distribusi genotip pasangan orang tua dengan Diabetes Melitus Tipe 2 dan
masing-masing anaknya ...................................................................................... 47
4 4 Distribusi Alel ....................................................................................................... 48
4 5 Analisis Statistik Polimorfisme Gen FTO rs8050136 terhadap Diabetes Melitus
Tipe 2 ................................................................................................................... 49
xii
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
2 1 The ominous octet, delapan organ yang berperan dalam patogenesis hiperglikemia
pada DM tipe 2 .................................................................................................... 10
2 2 Faktor-faktor yang memengaruhi Diabetes Melitus Tipe 2 1 ................................ 11
2 3 Komplikasi-komplikasi yang dapat terjadi di Diabetes Melitus Tipe 2 1 ............. 12
2 4 Struktur sel, bakteri secara general (a), tumbuhan (b), hewan (c) 33..................... 15
2 5 Gambaran proses DNA --> mRNA --> Polipeptida 33 .......................................... 17
2 6 Gambaran skematik letak gen FTO dalam kromosom 40 ...................................... 18
3 1 Tahapan isolasi genom DNA dari whole blood .................................................... 33
3 2 Tahapan isolasi genom DNA dari air liur ............................................................. 35 3 3 Blok bangunan utama dari LightCycler® 480 Instrument. 71 ............................... 37 3 4 Prinsip kerja Endpoint Genotyping dengan pewarna berbeda 71 .......................... 39 3 5 Screen Genotyping Analysis ................................................................................. 41 3 6 Tabel Hasil PCR LightCycler® 480 Software ...................................................... 42
xiii
DAFTAR SINGKATAN
FTO Fat Mass and Obesity associated
DM Diabetes Melitus
HGP Hepatic Glucose Production
FFA Free Fatty Acid
GLP-1 Glucagon-like Polypeptide
GIP Glucose-dependent Insulinotrophic Polypeptide / Gastric
Inhibitory Polypeptide
SGLT-2 Sodium Glucose co- Transporter
WHO World Health Organization
OSA Obstructive Sleep Apnea
GFR Glomerulus Filtration Rate
UAE Urinary Albumin Excretion
ESRD End Stage of Renal Disease
DNA Deoxyribonucleic Acid
NPY Neuro Peptide Y
POMC Pro-Opio-Melano-Cortin
α-MSH α-Melanicyte Stimulating Hormone
SNP Single Nucleotide Polymorphism / Polimorfisme Tunggal
Nukleotida
Ft Fused toes
GWAS Genome Wide Association Studies
OR Odds Ratio
HOMA-IR Homeostatic odel assessment (HOMA) of β-cell function and
insulin resistance (IR)
M6A N6-methyladenosine
xiv
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
1 Susunan Asam Basa Gen FTO rs8050136 pada manusia ........................................ 59
2 Analisis Data Genom Genom Orang Tua terhadap Anaknya .................................. 60
3 Karakteristik Sampel Kontrol .................................................................................. 62
4 Karakteristik Sampel Penderita DM Tipe 2 ............................................................. 64
5 Karakteristik Sampel Anak Penderita DM Tipe 2 ................................................... 66
6 Alat dan bahan ......................................................................................................... 68
7 Lembar Informed Consent Pengambilan Sampe ...................................................... 72
1
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Penyakit Diabetes Melitus telah menjadi suatu masalah kesehatan masyarakat
global.1 Berdasarkan tren saat ini, Federasi Diabetes Internasional memperkirakan
bahwa akan ada 642 juta (dengan interval ketidakpastian sekitar 521-829 juta)
penderita DM dengan usia 20–79 tahun pada tahun 2040.2
Laporan hasil Riset Kesehatan Dasar (Riskesdas) tahun 2013 oleh Departemen
Kesehatan, menunjukkan bahwa terdapat 2,1% penduduk Indonesia yang terkena DM
terdiagnosis dokter atau gejala. Prevalensi diabetes yang terdiagnosis dokter tertinggi
terdapat di DI Yogyakarta (2,6%), DKI Jakarta (2,5%), Sulawesi Utara (2,4%) dan
Kalimantan Timur (2,3%). Prevalensi diabetes yang terdiagnosis dokter atau gejala,
tertinggi terdapat di Sulawesi Tengah (3,7%), Sulawesi Utara (3,6%), Sulawesi Selatan
(3,4%) dan Nusa Tenggara Timur 3,3 persen. Prevalensi hipertiroid tertinggi di DI
Yogyakarta dan DKI Jakarta (masing-masing 0,7%), Jawa Timur (0,6%), dan Jawa
Barat (0,5%).3
Di Amerika Serikat, DM adalah penyebab utama penyakit ginjal stadium akhir
(ESRD), amputasi ekstremitas nontraumatik bawah, dan kebutaan dewasa. Ini juga
merupakan predisposisi penyakit kardiovaskular. Dengan meningkatnya kejadian di
seluruh dunia, DM kemungkinan akan menjadi penyebab utama morbiditas dan
mortalitas di masa depan, hal ini berkaitan pula dengan lifestyle masyarakat yang
semakin tidak baik dan menggiring mereka menderita Diabetes Melitus Tipe 2.4
Pada tahun 2007, Genome-Wide Association Studies (GWAS) pertama kali
melaporkan bahwa single nucleotide polymorphism (SNP) rs8050136 pada fat mass
and obesity-associated gene (FTO) dikaitkan dengan risiko Diabetes Tipe 2 pada
populasi Eropa.5,6 Namun, asosiasi ini tidak signifikan setelah penyesuaian indeks
massa tubuh (body mass index / BMI).7
2
Setelah laporan awal populasi populasi Eropa, Horikoshi dkk. menemukan
bahwa rs8050136 juga dikaitkan dengan risiko Diabetes Tipe 2 pada populasi Jepang,
namun tidak bergantung pada BMI.8 Sebaliknya, Ng dkk. tidak menemukan hubungan
yang signifikan pada populasi Hongkong dan Korea (OR = 1,09, 95% CI = 0,97-1,23).9
Yun dkk. menemukan bahwa varian genetik di FTO dapat menyebabkan risiko
Diabetes Tipe 2 pada polimorfisme Han China dan rs8050136 mungkin merupakan
penanda genetik untuk kerentanan Diabetes Tipe 2.7 Berdasarkan dari beberapa
penelitian yang telah disebutkan di atas, dan juga dikarenakan belum adanya penelitian
lebih lanjut mengenai hubungan FTO rs8050136 dengan Diabetes Melitus Tipe 2 di
Indonesia, peneliti merasa terpicu untuk meneliti akan keterkaitan rs8050136 ini
dengan risiko Diabetes Melitus Tipe 2.
1.2 Rumusan Masalah
a. Apakah terdapat kejadian polimorfisme gen FTO rs8050136 dengan riwayat orang
tua Diabetes Melitus Tipe 2?
b. Apakah terdapat hubungan antara polimorfisme genetik FTO rs8050136 dengan
risiko terjadinya Diabetes Melitus Tipe 2?
c. Apakah terdapat hubungan antara genom FTO rs8050136 yang dimiliki orang tua
dengan DM Tipe 2 terhadap anaknya?
1.3 Hipotesis
a. Terdapat kejadian polimorfisme gen FTO rs8050136 dengan riwayat orang tua
Diabetes Melitus Tipe 2
b. Terdapat hubungan antara polimorfisme genetik FTO rs8050136 dengan risiko
terjadinya Diabetes Melitus Tipe 2
c. Terdapat hubungan antara genom FTO rs8050136 yang dimiliki orang tua dengan
DM Tipe 2 terhadap anaknya
3
1.4 Tujuan Penelitian
1.4.1 Tujuan Umum
Tujuan umum dari penelitian ini adalah untuk mengetahui adanya hubungan
antara polimorfisme genetik FTO rs8050136 dengan risiko Diabetes Melitus Tipe 2.
1.4.2 Tujuan Khusus
Tujuan khusus dari penelitian ini adalah:
1. Untuk mengetahui adanya kejadian polimorfisme gen FTO rs8050136
dengan riwayat orang tua Diabetes Melitus Tipe 2
2. Untuk mengetahui hubungan antara polimorfisme genetik FTO
rs8050136 dengan risiko Diabetes Melitus Tipe 2.
3. Untuk mengetahui hubungan antara genom FTO rs8050136 yang
dimiliki orang tua dengan DM Tipe 2 terhadap anaknya
1.5 Manfaat Penelitian
1.5.1 Manfaat bagi Peneliti
Manfaat penelitian ini bagi peneliti adalah menambah ilmu pengetahuan
tentang gen FTO rs8050136 dalam bidang penelitian biomolekular.
1.5.2 Manfaat bagi Institusi
Manfaat penelitian ini bagi institusi adalah penelitian ini dapat
digunakan sebagai referensi penelitian di Fakultas Kedokteran UIN Syarif
Hidayatullah Jakarta dan juga dapat digunakan sebagai bahan untuk melakukan
penelitian lebih dalam bagi peneliti lain.
1.5.3 Manfaat bagi Masyarakat
Manfaat penelitian ini bagi masyarakat adalah penelitian ini dapat
memberikan informasi tentang polimorfisme genetik FTO rs8050136 yang
dapat memengaruhi risiko dan Diabetes Melitus Tipe 2.
4
1.5.4 Manfaat Klinis
Penelitian ini dapat memberikan informasi bahwa dengan mengetahui
adanya polimorfisme genetik FTO rs8050136 dapat menjadikannya sebagai
sumber informasi/ pengetahuan tentang risiko Diabetes Melitus Tipe 2.
5
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Landasan Teori
2.1.1 Diabetes Melitus
Diabetes Melitus (DM) mengacu pada kelompok gangguan metabolik
umum yang memiliki fenotipe hiperglikemia.4 Hiperglikemia adalah suatu
kondisi yang menunjukkan peningkatan kadar glukosa dalam darah sampai
melebihi batas normalnya.10 Beberapa tipe DM yang berbeda disebabkan oleh
interaksi genetika dan faktor lingkungan yang kompleks. Bergantung pada
etiologi DM, faktor yang berkontribusi terhadap hiperglikemia meliputi
berkurangnya sekresi insulin, penurunan utilisasi glukosa, dan peningkatan
produksi glukosa. Disregulasi metabolik yang terkait dengan DM
menyebabkan perubahan patofisiologis sekunder pada beberapa sistem organ
yang memberlakukan beban yang luar biasa pada individu dengan diabetes dan
sistem perawatan kesehatan.4
Umumnya DM dibagi menjadi dua kategori, yaitu DM tipe 1 dan tipe
2. DM tipe 1 adalah hasil defisiensi insulin total atau hampir total. DM tipe 2
adalah kelompok gangguan heterogen yang dicirikan dengan meningkatnya
tingkat resistensi insulin, gangguan sekresi insulin, dan peningkatan produksi
glukosa. Perbedaan genetik dan gangguan metabolisme kerja insulin dan/atau
sekresi insulin menimbulkan fenotip umum hiperglikemia pada DM tipe . DM
tipe 2 didahului oleh periode homeostasis glukosa abnormal yang
diklasifikasikan sebagai gangguan gula darah puasa atau gangguan toleransi
glukosa.4
6
Tabel 2 1 Macam-macam Diabetes Melitus
2.1.1.1 Patofisiologi Diabetes Melitus Tipe 2
Patofisiologi kerusakan sentral dari DM tipe 2 yang paling dikenal
adalah resistensi insulin pada otot dan hati serta kegagalan sel beta pankreas.
Belakangan ini telah diketahui bahwa kegagalan sel beta dalam memproduksi
insulin terjadi lebih dini dan lebih berat daripada yang diperkirakan
sebelumnya. Selain otot, hati, dan sel beta, organ lain seperti: jaringan lemak
(meningkatnya lipolisis), gastrointestinal (defisiensi incretin), sel alpha
pankreas (hiperglukagonemia), ginjal (peningkatan absorpsi glukosa), dan otak
Tipe 1 Destruksi sel beta. Umumnya menjurus ke
defisiensi insulin absolut
- Autoimun
- Idiopatik
Tipe 2 Bervariasi, mulai yang dominan resistensi
insulin disertai defisiensi insulin relative
sampai yang dominan defek sekresi insulin
disertai resistensi insulin.
Tipe lainnya - Defek genetik fungsi sel beta
- Defek genetik fungsi insulin
- Penyakit insulin pankreas
- Endokrinopati
- Karena obat atau zat kimia
- Infeksi
- Sebab imunologi yang jarang
- Sindrom genetic lain yang berkaitan dengan
DM
Diabetes mellitus
gestasional
7
(resistensi insulin), kesemuanya itu ikut berperan dalam menimbulkan
terjadinya gangguan toleransi glukosa pada penyakit DM tipe 2.10
Dari penjelasan di atas, secara garis besar patogenesis DM tipe 2
disebabkan oleh delapan hal (omnious octet) berikut:
a) Kegagalan sel beta pankreas:
Pada kebanyakan orang, fungsi sel beta sudah sangat berkurang
pada saat diagnosis DM tipe 2 ditegakkan.10
b) Liver:
Saat resistensi insulin berat terjadi, proses glukoneogenesis (proses
sintesis glukosa dari prekursor bukan karbohidrat, yang terjadi terutama di
hati pada keadaan puasa) akan terpicu sehingga produksi glukosa dalam
keadaan basal oleh liver (HGP=hepatic glucose production) juga
meningkat.10
c) Otot:
Pada penderita DM tipe 2 akan didapatkan gangguan kinerja insulin
yang multiple di intramioselular yang terjadi akibat gangguan fosforilasi
tirosin sehingga akan menimbulkan gangguan transport glukosa dalam sel
otot, penurunan sintesis glikogen, dan penurunan oksidasi glukosa.10
d) Sel lemak:
Insulin memberikan efek antilipolisis terhadap sel lemak. Sel lemak
yang resisten terhadap efek antilipolisis dari insulin akan mengakibatkan
peningkatan proses lipolisis yang berakhir pada peningkatan kadar asam
lemak bebas (FFA=Free Fatty Acid) dalam plasma. Penigkatan FFA ini
kemudian akan merangsang proses glukoneogenesis, dan mencetuskan
resistensi insulin di liver dan otot. Selain itu, FFA juga akan mengganggu
8
sekresi insulin di pankreas. Lipotoxocity merupakan segala gangguan yang
disebabkan oleh FFA ini.10
e) Usus:
Glukosa yang dikonsumsi oleh penderita memicu respon insulin
jauh lebih besar dibanding jika diberikan secara intravena. Efek ini dikenal
sebagai efek incretin.10 Penurunan sebesar 50% dari respon incretin terjadi
pada penderita DM tipe 2.11 Efek ini diperankan oleh dua hormone, yaitu
GLP-1 (glucagon-like polypeptide) dan GIP (glucose-dependent
insulinotrophic polypeptide / gastric inhibitory polypeptide). Maka saat
salah satu atau kedua hormon ini terjadi gangguan akan dapat
mengakibatkan gangguan respon incretin.12 Defisiensi GLP-1 dan resisten
terhadap GIP ditemukan pada penderita DM tipe 2. Disamping hal tersebut
incretin segera dipecah oleh keberadaan enzim DPP-4, sehingga hanya
bekerja dalam beberapa menit. Obat yang bekerja menghambat kinerja
DPP-4 adalah kelompok DPP-4 inhibitor.10
Selain itu, saluran pencernaan juga mempunyai peran dalam
penyerapan karbohidrat melalui kinerja enzim α-glukosidase yang kerjanya
adalah dengan memecah polisakarida menjadi monosakarida yang
kemudian diserap oleh usus dan mengakibatkan adanya peningkatan
glukosa darah setelah makan. 10
f) Sel Alpha Pankreas:
Sel α pankreas akan mensintesis glukagon saat dalam keadaan
puasa. Peningkatan ini akan menyebabkan HGP (Hepatic Glucose
Production) dalam keadaan basal meningkat secara signifikan dibanding
individu normal untuk melakukan tugasnya (glikogenolisis). 10
9
g) Ginjal:
Setiap harinya, ginjal memfiltrasi -/+163 gram glukosa. Sembilan
puluh persen dari glukosa terfiltrasi tersebut akan diserap kembali oleh
SGLT-2 (Sodium Glucose co- Transporter) pada bagian convulated tubulus
proksimal, dan 10% sisanya akan diabsorbsi melalui peran SGLT-1 pada
tubulus desenden dan asenden, sehingga akhirnya tidak akan ada glukosa
dalam urine.10
Lain halnya dengan penderita DM, pada penderita DM terjadi
peningkatan ekspresi gen SGLT-2 yang menyebabkan adanya pengeluaran
glukosa dalam urin.10
h) Otak:
Insulin merupakan penekan nafsu makan yang kuat. Pada individu
yang obes baik yang DM maupun non-DM, didapatkan hiperinsulinemia
yang merupakan mekanisme kompensasi dari resistensi insulin. Salah satu
penyebab DM adalah adanya resistensi insulin pada berbagai organ
termasuk otak. Oleh karena itu, fungsi insulin sebagai penekan nafsu makan
di otak pun tidak akan berfungsi pada penderita DM.10
10
Gambar 2 1The ominous octet, delapan organ yang berperan dalam
patogenesis hiperglikemia pada DM tipe 2
2.1.1.2 Faktor Risiko Diabetes Melitus Tipe 2
Meskipun penyebab pasti DM Tipe 2 belum diketahui, akan tetapi saat
ini sudah diketahui bahwa factor genetic memegang peranan sangat penting
dalam perjalanannya.1 Selain itu, berbagai variasi lifestyle juga sangat
mempengaruhi perjalanan penyakit DM Tipe 2 ini. Diantaranya adalah
sedentary lifestyle, kurangnya aktivitas fisik dalam sehari-hari, merokok, dan
mengkonsumsi alkohol.1 Penelitian epidemologi yang besar menunjukkan
obesitas adalah factor risiko terpenting yang dapat memengaruhi terjadinya
resistensi insulin dan akhirnya membentukan penyakit DM Tipe 2.14 Kurang
lebih 90% pasien Diabetes Tipe 2 mempunyai status nutrisi overweight atau
lebih (WHO,2011). Apa lagi obesitas merupakan hal yang sangat menurun.15
Beberapa penelitian menunjukkan Obstructive Sleep Apnea (OSA) pada
penderita DM Tipe 2 berprevalensi sekitar 36-60% lebih banyak disbanding
pada populasi normal.16,17
11
Pola diet juga dipertimbangkan sebagai factor risiko dari DM Tipe 2.
Penelitian menunjukkan bahwa pola makan rendah serat dibarengi dengan
tingginya indeks glikemik berkaitan postif dengan DM Tipe 2,18 dan spesifik
diet asam lemak dapat mengakibatkan terjadinya resistensi insulin dan risiko
terjadinya DM dalam beberapa tipe.19 Soft drinks juga sangat berpengaruh
dalam perjalanan penyakit DM Tipe 2 dan sindrom metabolic karena soft drinks
berpengaruh langsung terhadap Indeks Massa Tubuh (IMT) seseorang.20,21,22
Gambar 2 2 Faktor-faktor yang memengaruhi Diabetes Melitus Tipe 2 1
12
2.1.1.3 Komplikasi Diabetes Melitus Tipe 2
Gambar 2 3 Komplikasi-komplikasi yang dapat terjadi di Diabetes Melitus
Tipe 2 1
Penderita DM Tipe 2 sangat berisiko untuk terkena komplikasi baik
komplikasi jangka pendek, maupun janngka panjang. Seperti yang terlihat pada
gambar di atas, komplikasi yang mungkin terjadi meliputi penyakit-penyakit
makrovaskular (hipertensi, hyperlipidemia, serangan jantung, penyakit arteri
koroner, stroke, penyakit pembuluh darah otak, dan penyakit pembuluh darah
perifer), penyakit-penyakit mikrovaskular (retinopati, nefropati, dan
neuropati), dan kanker (hepar, ginjal, kantung kemih, dan colorectal).1
Penyakit kardiovaskular merupakan faktor morbiditas dan mortalitas
terbanyak pada penderita Diabetes bahkan Pre-diabetes juga.23
Neuropati diabetes berhubungan dengan ulser pada kaki, amputasi, luka
di kulit yang tidak sembuh, dan juga disfungsi seksual.24 Neuropati
13
menyebabkan hilangnya sensasi perlindungan pada kulit, yang dapat
menyebabkan formasi kalus, ulserasi dan akhirnya terjadi infeksi (selulitis,
osteomyelitis) dan gangren.25 Sedangkan disfungsi seksual dapat terjadi karena
stress oxidative pada jaringan cavernosa.26
Nefropati diabetes basanya terjadi dengan didahului adanya
microalbuminuria yang tidak dapat dideteksi dengan uranalisi rutin tapi dapat
dideteksi dengan tes yang lebih spesifik lagi.25 Pada keadaan hiperglikemik
yang tidak terkontrol, dapat memicu hiperfiltrasi dan hipertrofi ginjal yang
mengakibatkan area filtrasi glomerulus berkurang. Perubahan tersebut
menyebabkan fungsi ginjal terganggu menjadi glomerulosklerosis dan berakhir
ke gagal ginjal.27 Nefropati diabetes dibagi dalam lima tahapan. Pada tahap
pertama, Glomerulus Filtration Rate (GFR) dan ekskresi albumin dalam urin
(UAE/Urinary Albumin Excretion) akan meningkat. Hal ini masih bisa
dikontrol dengan penggunaan insulin. Selain itu akan terjadi pertumbuhan
ginjal sekitar beberapa centimeter. Tahap kedua biasanya akan mulai muncul
sekitar 5-15 tahun setelah diagnosis ditegakkan. Karakteristik tahap ini
diantaranya adalah GFR akan tetap meningkat karena adanya hiperfiltrasi,
ginjal juga akan hipertrofi, dan UAE tetap normal. Selain itu juga akan mulai
ada perubahan histologi pada organ ginjal. Pada tahap ketiga microalbuminuria
akan muncul sekitar 80%pada penderita lebih dari 10-15 tahun (30-50% pada
awal diabetes), GFR akan tetap meningkat atau kembali normal, dan hipertensi
muncul pada 60% penderita. Tahap keempat/ nefropati klinis/ overt nephopathy
akan terbentuk gambaran khas histologis berupa nodul Kimmelstiel-Wilson
(glitorular sclerosis fokal) dan makroproteinuria. Pada tahap kelima, saat GFR
berkembang semakin buruk, End Stage of Renal Disease (ESRD) pun akan
berkembang.28
Retina adalah daerah dalam tubuh yang paling banyak vaskulernya. Hal
ini berkaitan dengan kebutuhan oksigen retina yang tinggi untuk mengubah
cahaya menjadi energy listrik dalam sel batang dan kerucut. Hiperglikemia
kronik dapat menyebabkan kerusakan mikrovaskuler pada pembuluh retina,
14
dan akhirnya menyebabkan edema dan / atau perdarahan ke retina atau humor
vitreous karena permeabilitas pembuluh darah. Bahkan, dysglycemia (kelainan
glukosa darah) sering terjadi lebih awal daripada saat diagnosis diabetes
ditegakkan, karena hampir 20% pasien diabetes yang baru didiagnosis
menunjukkan bukti retinopati.29
Kanker dan Diabetes Melitus Tipe 2 sama-sama memiliki faktor-faktor
risiko seperti usia, obesitas, sedentary lifestyle, rokok dan beberapa faktor
psikologis.30 Selain itu, hiperinsulinemia yang terjadi pada Diabetes Melitus
Tipe 2 dapat memicu peningkatan IGF-1 yang memiliki sifat mitogenik dan
antiapoptosis pada sel kanker31 dan kadar IGF-1 dalam serum juga berkaitan
positif dengan risiko terjadinya kanker.32
2.1.2 Polimorfisme gen FTO
Sel merupakan unit terkecil yang terdapat dalam makhluk hidup. Sel
dibagi menjadi dua, yaitu sel prokariotik dan sel eukariotik. Sel prokariotik
memiliki struk sel yang sederhana, termasuk diantaranya adalah bakteria.
Sedangkan sel eukariotik memiliki struktur sel yang lebih kompleks, termasuk
diantaranya adalah protista, fungi, dan hewan. Sel eukariotik dan prokariotik
sama-sama memiliki DNA (deoxyribonucleic acid) yang berisi kromosom. Sel-
sel eukariotik memiliki sejumlah kromosom yang terpisah, masing-masing
mengandung satu molekul tunggal DNA. Sebaliknya, hampir semua prokariota
yang telah dipelajari mengandung kromosom sirkular tunggal.33
15
Informasi di dalam DNA disimpan sebagai kode yang terdiri atas empat
basa kimia, yaitu adenine (A), guanine (G), sitosin (C), dan timin (T). Basa
dalam DNA tersebut saling berpasangan, A dengan T dan C dengan G. mereka
berpasangan untuk membentuk sebuah unit yang disebut pasangan basa. Setiap
basa juga berpasangan dalam molekul gula dan satu molekul fosfat dan
kemudian disebut sebagai nukleotida. Nukleotida ini tersusun menjadi dua
rantai panjang dan spiral (double helix). Di dalam nucleus sel manusia,
umumnya terdapat 23 pasang kromosom. Informasi di dalam DNA ini
kemudian akan diperbanyak dengan proses yang disebut replikasi sel.33
Gambar 2 4 Struktur sel, bakteri secara general (a), tumbuhan (b), hewan (c) 33
Tiap kromosom mengandung satu DNA, dan di dalam tiap DNA sendiri
memiliki jutaan gen. Organisme dibangun berdasarkan informasi yang
dikodekan dalam kumpulan gen. Program genetika manusia mengandung
cukup informasi, jika dikonversikan ke kata-kata, kata-kata tersebut dapat
untuk mengisi jutaan halaman teks. Hebatnya, sejumlah besar informasi ini
dikemas ke dalam satu set kromosom yang menempati ruang inti sel, yang mana
16
ratusan kali lebih kecil dari titik di huruf “I” ini. Gen ini lebih dari hanya
sekedar loker penyimpanan untuk informasi saja, akan tetapi mereka juga
merupakan cetak biru untuk membangun struktur sel, petunjuk untuk
menjalankan aktivitas seluler, dan program untuk memperbanyak mereka
sendiri. Struktur molekul gen memungkinkan terjadinya perubahan informasi
genetik (mutasi) yang menyebabkan variasi di antara individu, yang
membentuk dasar evolusi biologis.34
Gen meregulasi pembentukan asam amino. Asam amino terdiri dari
gugus amino, gugus karboksil, dan α-karbon. Asam amino memiliki total 20
bentuk yang dapat dikelompokkan menjadi tiga grup, yakni grup nonpolar
(hydrophobic), polar (hydrophilic), dan electrically charged. Saat dua asam
amino bersatu (dengan bantuan enzim yang mencetuskan reaksi dehidrasi
sehingga molekul airnya lepas) akan membentuk yang dinamakan peptide
bond. Peptide bond ini kemudian akan bersatu dengan peptide bond – peptide
bond lain dan akhirnya membentuk suatu Polipeptida. Polipeptida ini nantinya
akan mengalami proses folding dan coiling menjadi suatu bentuk tiga dimensi
dan bias kita sebut sebagai protein. Protein inilah yang kemudian membentuk
sel-sel, jaringan, organ, hingga menjadi suatu individu seperti contohnya
manusia.33,34
17
Gambar 2 5 Gambaran proses DNA --> mRNA --> Polipeptida 33
Dua proses utama yang menghubungkan gen ke protein adalah proses
transkripsi dan translasi. Transkripsi adalah sintesis RNA berdasarkan arahan
dari DNA. RNA secara kimiawi sama dengan DNA, hanya sebagai gulanya,
RNA mengandung ribosa, bukan deoksiribosa, dan memiliki basa nitrogen
Urasil (U), bukan Timin (T). Kedua asam nukleat menggunakan bahasa yang
sama, yaitu RNA menyalin informasi yang ada di DNA. Molekul RNA yang
dihasilkan disebut RNA messenger (mRNA). Proses transkripsi ini terjadi di
nucleus sel. Setelah mRNA terbentuk, mRNA akan dimodifikasi lagi yang
mencakup penggantian ujung-ujung mRNA dan pemisahan-penyambungan
RNA untuk mendapatkan rantai RNA dengan segmen pengkode saja (ekson)
atau dengan kata lain membuang segmen-segmen bukan pengkodenya (intron).
RNA messenger yang sudah dimodifikasi kemudian keluar dari nucleus sel
melalui pori-pori nucleus dan melanjutkan prosesnya, yaitu Translasi. Translasi
merupakan sintesis polipeptida yang sebenarnnya. RNA messenger yang sudah
18
keluar dari nucleus ke sitoplasma akan menempel dengan ribosom dan dengan
bantuan tRNA (transfer RNA) akan dibentuk susunan asam amino dengan
tahapan-tahapan yang mencakup pengenalan kodon, pembentukan ikatan
peptide, dan translokasi.33
Lokus gen FTO manusia ada di kromosom 16q12.2 dan diekspresikan
secara luas di jaringan pusat dan perifer termasuk hipotalamus, adiposa dan
jaringan pankreas.35-37 Gen FTO merupakan bagian dari superfamili
dioksigenase, dan studi in vitro menunjukkan bahwa FTO mengkatalisis
demetilasi 3-methylthymine dalam DNA untai tunggal.38 Analisis
bioinformatik dan studi fungsional telah menunjukkan peran biologis FTO
dalam modifikasi posttranslation, transkripsi gen, apoptosis sel, dan proses
metabolisme.39
Gambar 2 6 Gambaran skematik letak gen FTO dalam kromosom 40
Gen FTO banyak diekspresikan di otak, termasuk hipokampus, batang
otak, dan hipotalamus, terutama pada pada nucleus yang mengatur regulasi
asupan makanan.40 Upregulasi gen FTO terjadi saat tubuh mengalami
kekurangan asupan makanan. Secara spesifik, hal ini terjadi di nucleus
arkuataus pada hipotalamus.41 Nukleus arkuatus memiliki dua subset neuron
yang berfungsi saling berlawanan, yaitu neuro peptide Y (NPY) dan
melanokortin yang berasal dari proopiomelanocortin (POMC), suatu molekul
precursor yang menghasilkan beberapa produk hormon. NPY merupakan salah
satu perangsang nafsu makan terkuat yang pernah ditemukan, sedangkan
melanokortin terutama α-melanicyte stimulating hormone (α-MSH) dari
19
hipotalamus merupakan hormon penekan nafsu makan.42 Pada suatu studi,
ditemukan bahwa SNP FTO berhubungan dengan nafsu makan dan asupan
makanan. Menariknya, data dari tikus menunjukkan bahwa FTO mungkin
memengaruhi ekspresi NPY di hipotalamus yang berarti dapat meningkatkan
nafsu makan manusia sehingga dapat meningkatkan IMT seseorang dan
membuatya menjadi obesitas.41 Pada penelitian lain, SNP pada intron pertama
FTO menunjukkan bahwa SNP ini sangat berhubungan dengan obesitas dan
segala ciri-ciri terkait obesitas.35,43
Susanne et al. melaporkan bahwa varian FTO juga berhubungan dengan
resistensi insulin (salah satu pathogenesis dari DM Tipe 2) dan asosiasi ini
masih menunjukkan hubungan bahkan setelah data disesuaikan (adjusted)
dengan IMT. 44 Frayling et al. juga menemukan bahwa SNP FTO meningkat
risiko DM Tipe 2 dan hubungan ini dimediasi oleh IMT.35 Dalam suatu
penelitian lain ditemukan bahwa FTO mungkin berkontribusi pada salah satu
pathogenesis lain dari diabetes yaitu disfungsi sel β dari pulau pankreas dan
inaktivitas dari FTO berpotensial menjadi target penyembuhan dari diabetes.45
Polimorfisme Tunggal Nukleotida / Single Nucleotide Polymorphism
(SNP), biasa dibaca “snip”, adalah suatu bentuk variasi materi genetik yang
ditunjukkan oleh perbedaan nukleotida tunggal (adenina, timina, guanina,
sitosina) di dalam susunan rangkaian basa DNA. SNP secara normal timbul di
manusia dengan rata-rata 1 dari tiap 300 nukleotida, yang berarti secara kasar
terdapat 10 juta SNP dalam genome manusia. Kebanyaan SNP tidak
berpengaruh terhadap kesehatan, namun beberapa SNP diketahui mempunyai
peranan penting dalam kesehatan manusia.47
Gen FTO pada awalnya ditemukan pada tikus dengan positional cloning
(pendekatan pilihan untuk identifikasi mutasi genetik yang mendasari
perkembangan patologis penyakit dengan simple Mendelian inheritance)
sebagai salah satu gen dalam penghapusan 1,6 megabas pada kromosom 8 yang
bertanggung jawab untuk fenotipe Fused toes (Ft).48 Beberapa saat kemudian,
salah satu dari gen yang terdelesi pada segment Ft dikloning lagi dan
20
dinamakan Fatso (Fto), bukan karena fenotipnya berhubungan dengan body
fatness, akan tetapi karena gen ini merupakan gen terbesar pada segmen yang
terdelesi sejauh ini.49 Pada tahun 2007, FTO menjadi gen pertama muncul dari
GWAS (Genome Wide Association Studies; cara yang relatif baru bagi para
ilmuwan untuk mengidentifikasi gen yang terlibat dalam penyakit manusia.
Metode ini mencari genom untuk variasi kecil, yang disebut polimorfisme
nukleotida tunggal atau SNP [diucapkan "snips"], yang terjadi lebih sering pada
orang dengan penyakit tertentu daripada pada orang tanpa penyakit) yang
dikaitkan dengan variasi risiko DM Tipe 2.50,51 DM Tipe 2 sangat bergantung
pada faktor risiko obesitas, dan DM Tipe 2 saat disesuaikan (adjusted) dengan
IMT (Indeks Massa Tubuh; pengganti kegemukan tubuh) didapatkan bahwa
kaitan FTO dengan DM Tipe 2 menjadi berkurang (OR=1.27 OR=1.03).50
Oleh karena itu dapat disimpulkan bahwa SNPs FTO lebih memengaruhi IMT
dibandingkan DM Tipe 2 secara langsung.52 Fatso kemudian diubah
akronimnya menjadi fat mass and obesity-associated.52
FTO memiliki beberapa bentuk polimorfisme. Salah satunya adalah
rs8050136.8 Rs8050136 memiliki alel C dan A. Alel A dari SNP ini diketahui
berhubungan positif dengan presentasi energi dari lemak dan negative dengan
presentasi energi dari karbohidrat.53 Alel A ini juga memiliki peranan penting
di pusat regulasi makan dalam hal peningkatan nafsu makan.54 Alel risiko dari
SNP ini dilaporkan berhubungan juga dengan cerebrocortical insulin
resistance55, suatu kondisi yang dikaitkan dengan obesitas.56 Pasien dengan alel
risiko menunjukkan serum insulin dan HOMA-IR (Homeostatic model
assessment (HOMA) of β-cell function and insulin resistance (IR)) yang lebih
tinggi secara signifikan dibandingkan dengan yang tidak memiliki alel risiko.57
Selain polimorfisme genetik dari FTO, studi epigenetik menunjukkan
status metilasi FTO terutama hipometilasi CpG di intron 1 FTO memiliki
hubungan dengan peningkatan prevalensi DM Tipe 2.58 Metilasi FTO di pulau
pankreas pasien dengan DM Tipe 2 juga diketahui lebih berkurang
dibandingkan dengan non-DM.59 Biasanya, hipometilasi akan menyebabkan
21
peningkatan aktivitas gen60, hal ini sejalan dengan studi yang menyebutkan
bahwa level ekpresi mRNA FTO ternyata lebih tinggi secara signifikan
dibandingkan dengan control. Peningkatan level ekspresi mRNA ini ternyata
juga berhubungan dengan DM Tipe 2.61
FTO termasuk dalam superfamili dari Fe (II) 2-oksoglutarat (2-OG) -
dependen dioksigenase.62 FTO mengkatalisis demetilisasi 3-methylthymine
dan 3-methyluracil pada DNA untai tunggal dan RNA untuk timin dan urasil.63
N6-methyladenosine (m6A) di RNA merupakan substrat mayor dari demetilase
FTO.64 Hipometilasi CpG FTO di sel β pulau pankreas pasien DM Tipe 2 dapat
mengurangi metilasi m6A mRNA. Hal ini sejalan dengan kenyataan bahwa
m6A yang ada di RNA pasien DM Tipe 2 dan tikus yang diabetes diketahui
lebih sedikit daripada control.64 Dari penjelasan sebelumnnya dapat diketahui
bahwa hipometilasi spesifik CpG gen FTO dapat menyebabkan peningkatan
ekspresi FTO.
Saat ini, sudah ada beberapa bukti pula bahwa SNP di intron 1 FTO
dapat meningkatkan ekspresi FTO.65,66 Pada tikus, overekspresi FTO
menyebabkan peningkatan massa tubuh dan lemak tergantung pada dosis yang
diberikan, terlepas dari apakah tikus diberi makan standar atau diet tinggi
lemak. Bagaimanapun juga, tikus dengan peningkatan ekspresi FTO pada diet
tinggi lemak menyebabkan terjadinya intoleransi glukosa yang mana
merupakan salah satu dari pathogenesis DM Tipe 2.67 Oleh karena itu dapat kita
simpulkan bahwa secara tidak langsung, SNPs di intron 1 FTO dapat
menyebabkan hipometilasi CpG di intron 1 yang mengakibatkan peningkatan
ekspresi FTO. Peningatan ekspresi FTO ini menyebabkan terjadinya intoleransi
glukosa dan akhirnya dapat menyebabkan terjadinya DM Tipe 2.
22
2.2 Kerangka Teori
Gen FTO
Mutasi gen FTO
rs8050136
Perubahan alel CC
AC atau AA
Hipometilasi CpG di
intron 1 FTO
Peningkatan
produksi insulin
Peningkatan
nafsu makan
Cerebrocortical
insulin resistance
Peningkatan ekspresi FTO
(FTO overexpression)
Intoleransi
glukosa
Diabetes Melitus Tipe 2
(DM Tipe 2)
Diturunkan ke
anak
Faktor
lingkungan
23
2.3 Kerangka Konsep
Orang tua dengan
DM Tipe 2
Identifikasi polimorfisme
gen FTO rs8050136
Anak dari orang tua
DM Tipe 2
CC
(normal)
AC
(alel dengan satu risk alell)
AA
(alel dengan dua risk alell)
Gen FTO
24
2.4 Definisi Operasional
Dalam penelitian ini, digunakan istilah-istilah yang didefinisikan
sebagai berikut:
No. Variabel Definisi Cara Ukur Skala
1. Gen FTO
Rs8050136
(CC,AC,AA)
FTO termasuk dalam
superfamili dari Fe (II) 2-
oksoglutarat (2-OG) -
dependen dioksigenase.
FTO mengkatalisis
demetilisasi 3-
methylthymine dan 3-
methyluracil pada DNA
untai tunggal dan RNA
untuk timin dan urasil
Diidentifikasi
dengan Real Time
PCR
Nominal
25
BAB III
METODE PENELITIAN
3.1 Desain Penelitian
Penelitian ini menggunakan metode analitik dengan desain
observational analitik- cross sectional.
3.2 Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian ini akan dilaksanakan mulai bulan Desember 2017 hingga
Agustus 2018. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Kultur Sel, Biokimia,
dan Biologi Fakultas Kedokteran UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Sampel
dperoleh dari beberapa daerah di Indonesia.
3.3 Sampel Penelitian
Sampel penelitian ini adalah penderita DM Tipe 2 yang telah
mengkonsumsi Obat Anti Diabetes secara rutin, anak penderita DM Tipe 2
tersebut, dan mahasiswa Fakultas Kedokteran UIN tahun 2015-2017 yang tidak
memiliki riwayat DM Tipe 2 di keluarganya.
3.4 Besar Sampel
𝑁 =Z𝛼2 X P X Q
𝑑2
𝑁 =1,962 X 0,5 X 0,5
0,12
𝑁 = 96,04 → 97
26
Keterangan:
N = besar sampel
Zα = deviasi baku alfa
P = proporsi kategori variable yang diteliti
Q = (1-P)
d = presisi
Pada penelitian ini ditetapkan alfa sebesar 5% sehingga nilai Zα = 1,96,
dengan kesalahan prediksi yang masih bisa diterima (presisi) ditetapkan sebesar
10%. Nilai P ditetapkan oleh peneliti sebesar 50% karena belum ada nilai dari
kepustakaan sebelumnya. Nilai P = 50% dipilih karena perkalian antara P dan
Q akan menunjukkan hasil yang maksimal apabila nilai P = 50%. Apabila
prediksi peneliti benar, maka peneliti akan memperoleh prevalensi sebesar 50%
± 10%, yaitu 40% - 60%. Apabila dihitung nilai N x P, akan didapatkan minimal
40% x 97 = 38,8 dan maksimal 60% x 97 = 58,2. Keduanya > dari 5. Dengan
demikian, besar sampel 97 boleh digunakan karena memenuhi syarat N x P > 5
dan N x (1 – P) > 5 dalam penelitian analitik.68
3.5 Teknik Pengambilan Sampel
Teknik pengambilan sampel yang digunakan adalah Purposive
Sampling.
3.6 Teknik Pemiihan Sampel
3.6.1 Kriteria Inklusi
Kriteria Inklusi pada penelitian ini adalah penderita DM Tipe 2 yang
telah mengkonsumsi Obat Anti Diabetes secara rutin, anak penderita DM Tipe
2 tersebut, dan mahasiswa Fakultas Kedokteran UIN tahun 2015-2017 yang
tidak memiliki riwayat DM Tipe 2 di keluarganya.
27
3.6.2 Kriteria Eksklusi
Kriteria Eksklusi pada penelitian ini adalah penderita DM Tipe 2 yang
tidak berkehendak untuk diambil sampelnya dan yang tidak memungkinkan
untuk diambil sampelnya karena masalah jarak dan kondisi penderita.
28
3.7 Alur Penelitian
Kontrol: Mahasiswa FK UIN
2015 -2017
Mahasiswa FK UIN dan Fikes UIN
Syarif Hidayatullah Jakarta Angkatan
2015 – 2017 beserta orang tua
dengan DM tipe 2, Pasien Diabetes
Klinik Salsabilla Cibinong beserta 1
orang anak pasien
Sampel Darah atau Liur
Isolasi Genom
Mengukur konsentrasi
dan kemurnian DNA
DNA Genom + TaqMan
Mastermix + Probe
DNA
RT - PCR
Interpretasi alel CC, AC,
AA
Identifikasi jumlah
kejadian polimorfisme
gen FTO rs8050136
29
3.8 Prosedur Penelitian
Alat dan bahan yang digunakan dalam penelitian ini terdapat di dalam
tabel dibawah ini.
Tabel 3 1 Alat dan bahan penelitian
Alat Bahan Keterangan
Pengambilan sampel darah dan liur
Spuit 1 cc
Torniquet
Tabung EDTA 3 cc
Handscoen
Alchohol swab
Tabung centrifuge plastik 15 mL
Isolasi genom DNA dari darah dan liur
Microsentrifuge tube 1,5 mL steril
Water bath AS ONE TRW-42 TP 60o C
GD Collumn
2 mL Collection Tube
Eppendorf centrifuge 5417 R
Micropipet Nichipet Ex
Nichiryo (2 – 20 µL dan 20 – 200 µL)
Micropipet BIORAD ukuran 100 – 1000 µL
Microtip Biologix ukuran 200 µL dan 1000 µL
Biomedical Freezer SANYO
Whole Blood 300 µL
RBC Lysis 900 µL dan
uffer 100 µL
GB Buffer 200 µL
Ethanol 200 µL
Absolute
W1 buffer 400 µL
Wash Buffer 600 µL
Elution Buffer 50 µL
Pengkuran kemurnian dan konsentrasi hasil
isolasi DNA
30
Tabel 3 1 Alat dan bahan penelitian (Lanjutan)
Alat Bahan Keterangan
Maestro nano drops
Aquadest
Micropipet 0,5 – 2 µL
Microtip Biologix 10 µL
RT PCR
LightCycler 480
Genom DNA 1 µL
Blanko (elution 1 µL
buffer)
Taqman SNP
Assay
Mastermix
Genom DNA + 2 µL
Aquades
3.9 Cara Kerja Penelitian
3.9.1 Pengumpulan Data
Penelitian ini menggunakan data primer dari responden yang sudah
menandatangani lembar informed consent dan mengerti akan penjelasan
mengenai penelitian dari pengambil data. Data responden diperoleh dengan
pengambilan pungsi vena sebanyak 1 cc darah dan disimpan dalam tabung
EDTA atau mengumpulkan air liur dalam tabung centrifuge plastic sebanyak
15 cc. Sampel diberi label nama dan tanggal pengambilan, lalu disimpan dalam
biomedical freezer dengan suhu -20o C sambil menunggu waktu isolasi DNA.
3.9.2 Isolasi DNA
Darah dan liur yang sudah didapatkan kemudian diisolasi untuk
mendapatkan genom DNA dari sampel darah dan liur responden. Isolasi DNA
ini menggunakan Genomic DNA Mini Kit dengan langkah pengerjaan seperti
berikut:
Isolasi DNA dengan whole blood
31
A. Persiapan Sampel
1. Menyiapkan Microsentrifuge tube dan diberi label sesuai dengan
kode sampel
2. Memasukkan darah sampel sebanyak 300 μl ke dalam
Microsentrifuge tube ukuran 1,5 ml
3. Menambahkan 900 μl RBC Lysis buffer kemudian mengocok
Microsentrifuge tube
4. Menyentrifugasi Microsentrifuge tube selama 5 menit dengan
kecepatan 3000 rpm
5. Membuang supernatant
6. Menambahkan 100 μl RBC Lysis buffer untuk mensuspensi
endapan leukosit kemudian mengocok Microsentrifuge tube
B. Cell Lysis
1. Menambahkan 200 μl GB buffer ke dalam Microsentrifuge tube
2. Menginkubasi tabung selama 10 menit pada suhu 600C untuk
memastikan bahwa sel telah lisis
3. Menyiapkan tabung berisi Elution buffer sebanyak 50 μl dan
inkubasi pada suhu 600C, Elution buffer akan digunakan pada
proses selanjutnya.
4. Mendinginkan Micosentrifuge tube sampel pada suhu ruangan
C. DNA Binding
1. Menambahkan 200 μl Ethanol absolute ke dalam Microsentrifuge
tube kemudian mengocok tabung selama 10 detik
2. Menyiapkan GD column pada 2 ml Collection tube
3. Memindahkan campuran Microsentrifuge tube ke dalam GD
column
4. Menyentrifugasi GD column selama 5 menit pada kecepatan
14.000 – 16.000 rpm
5. Membuang cairan yang tidak tersaring pada Collection tube
6. Menempatkan kembali GD column ke Collection tube
32
D. Wash
1. Menambahkan 400 μl W1 buffer ke dalam GD column kemudian
menyentrifugasi selama 1 menit pada kecepatan 14.000 – 16.000
rpm
2. Membuang cairan yang tidak tersaring pada Collection tube
3. Menempatkan kembali GD column ke Collection tube
4. Menambahkan 600 μl Wash buffer ke dalam GD column
5. Menyentrifugasi GD column selama 1 menit pada kecepatan
14.000 – 16.000 rpm
6. Membuang cairan yang tidak tersaring pada Collection tube
7. Menempatkan kembali GD column ke Collection tube
8. Menyentrifugasi GD column selama 1 menit pada kecepatan 3.000
rpm untuk mengeringkan matriks column
E. DNA Elution
1. Memindahkan GD column yang sudah kering ke dalam
Microsentrifuge tube yang steril
2. Menambahkan 50 μl Elution buffer yang telah diinkubasi ke dalam
GD column dan dibiarkan selama 3 menit
3. Menyentrifugasi Microsentrifuge tube selama 1 menit pada
kecepatan 14.000 – 16.000 rpm untuk mendapatkan hasil
33
Gambar 3 1 Tahapan isolasi genom DNA dari whole blood
Isolasi DNA dengan air liur
A. Persiapan Sampel
1. Menyentrifugasi 13-15mL air liur selama 10 menit dengan
kecepatan 3000 rpm
2. Membuang air liur hingga tersisa endapannya
3. Menambahkan reagen GST 200 μl kemudian dihomogenkan
4. Memindahkan endapan air liur dan GST yang sudah dihomogenkan
ke tube 1,5 mL
34
B. Cell Lysis
1. Menambahkan 10 μl Protease ke dalam tube kemudian
mengocoknya kuat-kuat
2. Menginkubasi tabung selama 10 menit pada suhu 60oC kemudian
tunggu hingga suhu tabung turun ke suhu ruang
3. Menambahkan 200 μl GSB buffer ke dalam Microsentrifuge tube
4. Menginkubasi tabung selama 20 menit pada suhu 60oC dan
mengocoknya pelan tiap 10 menit
5. Menyiapkan tabung berisi Elution buffer sebanyak 50 μl dan
inkubasi pada suhu 600C, Elution buffer akan digunakan pada
proses selanjutnya.
6. Mendinginkan Micosentrifuge tube sampel pada suhu ruangan
C. DNA Binding
1. Menambahkan 200 μl Ethanol absolute ke dalam Microsentrifuge
tube kemudian mengocok tabung selama 10 menit
2. Menyiapkan GS column pada 2 ml Collection tube
3. Memindahkan campuran Microsentrifuge tube ke dalam GS
column
4. Menyentrifugasi GS column selama 1 menit pada kecepatan
14.000 – 16.000 rpm
5. Membuang cairan yang tidak tersaring pada Collection tube
6. Menempatkan kembali GS column ke Collection tub
D. Wash
1. Menambahkan 400 μl W1 buffer ke dalam GS column kemudian
menyentrifugasi selama 30 detik pada kecepatan 14.000 – 16.000
rpm
2. Membuang cairan yang tidak tersaring pada Collection tube
3. Menempatkan kembali GS column ke Collection tube
4. Menambahkan 600 μl Wash buffer ke dalam GS column
35
5. Menyentrifugasi GS column selama 30 detik pada kecepatan
14.000 – 16.000 rpm
6. Membuang cairan yang tidak tersaring pada Collection tube
7. Menempatkan kembali GS column ke Collection tube
8. Menyentrifugasi GS column selama 30 detik pada kecepatan 3.000
rpm untuk mengeringkan matriks column
E. DNA Elution
1. Memindahkan GS column yang sudah kering ke dalam
Microsentrifuge tube yang steril
2. Menambahkan 50 μl Elution buffer yang telah diinkubasi ke dalam
GS column dan dibiarkan selama 5 menit
4. M enyentrifugasi Microsentrifuge tube selama 3 menit pada
kecepatan 14.000 – 16.000 rpm untuk mendapatkan hasil
Gambar 3 2 Tahapan isolasi genom DNA dari air liur
Hasil isolasi DNA dinilai jumlah konsentrasi dan kejernihan DNA-nya
menggunakan Maestro Nano Drops. Sampel DNA diambil sebanyak 1 µL,
kemudian diteteskan di lensa nano, lalu ditutup dan diproses. Setelah proses
36
analisa alat selesai, di layar alat akan muncul jumlah konsentrasi dan
kejernihan. Peneliti kemudian mencatat hasilnya. Setelah dipastikan bahwa
konsentrasi dan kejernihan DNA-nya sesuai dengan batas minimum, hasil
isolasi DNA disimpan dalam lemari pendingin dengan suhu 4o C hingga akan
dilakukan proses selanjutnya.
3.9.3 Reverse Transcription PCR (RT-PCR)
Setelah isolasi dilakukan, langkah selanjutnya adalah
menghomogenkan DNA yang sudah didapatkan dengan campuran Master Mix,
Taqman SNP, dan dH2O dengan perbandingan 2 : 8 menggunakan alat micro
pippet di dalam LightCycler® 480 Multiwell Plate 96 white yang kemudian
ditutup dengan LightCycler® 480 Sealing Foil. Setelah itu, LightCycler® 480
Multiwell Plate 96 white digerak-gerakkan dengan tangan secara horizontal
untuk menghomogenkan campuran lalu dimasukkan ke dalam The
LightCycler® 480 Instrumen yang sudah dihidupkan.
Tabel 3 2 Campuran SNP untuk DNA Assay
Komponen dan konsentrasi bahan Volume akhir dalam larutan
Master Mix 5 x (n+1) μl
Taqman SNP + dH2O* 0,5 x (n+1) μl
dH2O 2,5 x (n+1) μl
Penelitian ini menggunakan kit Taqman-ThermoFisher dengan Catalog
Number: 4351379, SNP Id: rs8050136, dan SNP Type: Intron. 69
The LightCycler® 480 Instrument adalah suatu rapid thermal block
cycler dengan kemampuan deteksi online real-time terintegrasi. Pengaturan ini
memungkinkan PCR homogen dibuat, yaitu, amplifikasi simultan dan deteksi
asam nukleat target. Deteksi asam nukleat target dilakukan dengan
37
menambahkan pewarna fluorescent untai ganda DNA spesifik atau urutan
probe oligonukleotida spesifik yang berlabel dengan fluorophores. Kedua
pendekatan ini memungkinkan pengukuran generasi produk PCR selama
amplifikasi, yang mana merupakan dasar PCR kuantitatif (qPCR).71
Berikut merupakan diagram dari The LightCycler® 480 Instrument:
Gambar 3 3 Blok bangunan utama dari LightCycler® 480 Instrument. 71
Sistem The LightCycler® 480 memiliki dua cara yang berbeda yang
dapat digunakan untuk melakukan analisis SNP, yaitu Endpoint Genotyping
Analysis dan Melting Curve Genotyping Analysis. Pada penelitian ini, peneliti
menggunakan Endpoint Genotyping Analysis. Analisis kurva amplifikasi
endpoint biasanya dilakukan dengan memperoleh sinyal fluorescent dengan
dua probe hidrolisis berlabel berbeda (satu untuk setiap alel) dalam dua saluran.
Endpoint Genotyping menyediakan metode yang mudah diakses dan dapat
38
dijalankan setup eksperimental sederhana untuk menganalisis SNP tunggal di
regio yang ditandai dengan baik tanpa variasi yang tidak diketahui yang
diharapkan.71
Endpoint Genotyping Analysis mengguanakan dua probe dengan
sequence spesifik yang dirancang untuk target DNA wildtype daan mutan dan
dilabeli dengan pewarna yang berbeda. Software ini menentukan genotipe
dengan mengukur intensitas distribusi dari dua zat pewarna setelah PCR
dilakukan. Intensitas pewarna relatif dapat divisualisasikan secara
komprehensif pada plot pencar, menyederhanakan diskriminasi menjadi
wildtype, mutan heterozigot, atau sampel mutan homozigot. 71
Berikut merupakan representasi skematis Endpoint Genotyping dengan
pewarna reporter yang berbeda:
39
Gambar 3 4 Prinsip kerja Endpoint Genotyping dengan pewarna berbeda 71
A: Probe dengan spesifik sequence dan pewarna reporter yang berbeda
B: Selama fase elongasi, hanya probe yang pas yang dibelah, memisahkan pewarna
reporter dari pemadam.
C: Pewarna reporter yang dibelah tidak lagi dipadamkan dan memancarkan sinyal
fluoresensi.
40
D: Plot pancer menampilkan intensitas fluoresensi akhir dari beberapa sampel yang
memungkinkan adanya diskriminasi yang mudah: Intensitas tinggi dari Probe alel X
ditempatkan ke kanan, intensitas tinggi dari Probe alel Y ditempatkan ke atas, intensitas
tinggi dari kedua Probe ditempatkan di atas dan kanan ini menandai sampel
heterozigot.
Berikut merupakan langkah-langkah penggunaan LightCycler® 480
Software:71
1. Membuka the LightCycler® 480 Software main window
2. Memasukkan informasi sampel pada Sample Editor
3. Memencet tombol Analysis pada the LightCycler® 480 Software bar
module
4. Memilih Endpoint Genotyping pada Analysis Type
5. Pilih subset All Sample
6. Memencet simbol check
7. Dialog “Creat New Analysis” akan terbuka
8. Memilih kombinasi filter yang akan digunakan untuk genotyping
Dalam list alel X: Pilih kombinasi filter untuk sumbu x dari scatter plot.
Dalam list alel Y: Pilih kombinasi filter untuk y-axis dari scatter plot.
41
9. Screen Genotyping Analysis akan terbuka
Gambar 3 5 Screen Genotyping Analysis
10. Memilih tombol Standards (In Run) / Auto Group
11. Pilih tombol Calculate
Perangkat lunak ini menghitung kelompok genotipe dan memberikan warna
dan nama ke setiap grup.
Kelompok genotipe secara otomatis akan diberi nama oleh perangkat lunak
sebagai berikut:
Alel X: sampel yang memancarkan sinyal fluoresensi dominan dengan
kombinasi filter yang dipilih untuk alel X
Alel X dan Y: sampel yang memancarkan sinyal fluoresensi yang kuat
dengan kedua kombinasi filter
Alel Y: sampel yang memancarkan sinyal fluoresensi dominan dengan
kombinasi filter yang dipilih untuk Allele Y
Negatif: sampel yang memancarkan sinyal fluoresensi lemah atau tidak ada
12. Menunggu sampai proses kalkulasi selesai
42
13. Ketika proses kalkulasi selesai, hasilnya akan ditampilkan dalam gambar
MWP dan tabel Hasil.
Gambar 3 6 Tabel Hasil PCR LightCycler® 480 Software
14. Memilih tombol save untuk menyimpan hasil analisis.
3.9.4 Analisis Data
Data yang telah diperoleh berupa genotip gen FTO rs8050136 (CC, AC,
dan CC), alelnya, dan jenis kelamin subjek penelitian dianalisis dengan
menggunakan software Medcalc online72 dan Allel Frequency Calculator via
Easycalculation.com.73 Data disajikan dalam bentuk table dan penjelasan
deskriptif mengenai hasil yang diperoleh. Selain itu, dilakukan juga uji korelasi
43
Lambda genom FTO rs8050136 yang dimiliki orang tua dengan DM Tipe 2
yang diambil sampelnya terhadap anaknya dengan menggunakan aplikasi IBM
SPSS Statistics 22.
44
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil
4.1.1 Karakteristik Sampel berdasarkan Jenis Kelamin
Penelitian ini melibatkan 152 responden yang terdiri dari 50 responden
yang tidak memiliki riwayat DM di keluarga intinya (kontrol) dan 52 pasang
orang tua (ayah/ibu) yang terdiagnosis DM Tipe 2 dan telah mengonsumsi Obat
Anti Diabetes (OAD) dan anaknya. Dari semua sampel penelitian, terdapat 44
responden berjenis kelamin laki-laki, dan sisanya perempuan.
Tabel 4 1 Karakteristik Jenis Kelamin Total Responden
Berdasarkan tabel di atas menunjukkan jumlah responden kontrol
perempuan lebih banyak 60,0% dibandingkan dengan jumlah responden laki-
laki, yaitu perempuan sebanyak 40 orang dan laki-laki sebanyak 10 orang.
Tabel di atas juga menunjukkan responden dengan Diabetes Melitus Tipe 2
lebih banyak pada jenis kelamin perempuan, yaitu 18 (35,3%) dibandingkan
laki-laki, yaitu 33(64,7%). Sedanglan responden anak pasangan orang tua
Diabetes Melitus Tipe 2 terdiri dari 16(31,4%) anak laki-laki dan 35(68,4%)
Kontrol,
n (%)
DM Tipe 2,
n (%)
Anak
penderita
DM Tipe 2,
n (%)
Total,
n (%)
Jenis
Kelamin
Laki-laki 10 (20,0) 18 (35,3) 16 (31,4) 44 (28,9)
Perempuan 40 (80,0) 33 (64,7) 35 (68,4) 108 (71,1)
Total 50 (100,0) 51 (100,0) 51 (100,0) 152 (100,0)
45
anak perempuan. Dari tabel di atas dapat juga diketahui bahwa jumlah proporsi
total responden perempuan lebih besar, yaitu 108 orang responden atau 71,1%
dibandingkan dengan laki-laki, yaitu 44 orang responden atau 28,9%.
4.1.2 Karakteristik Sampel berdasarkan Genotip
Gen FTO rs8050136 memiliki tiga jenis genotip, yaitu CC (wildtype),
AC, dan AA (mutan). Data ini didapatkan dari hasil RT-PCR yang telah
dilakukan.
Tabel 4 2 Karakteristik Sampel berdasarkan Genotip
Berdasarkan data di atas, genotip tanpa alel berisiko dimiliki oleh
19,07% responden dari grup kontrol, 16,45% dari grup Diabetes Melitus Tipe
2, dan 18% dari grup anak penderita Diabetes Melitus Tipe 2. Hal ini
menunjukkan bahwa genotip normal memang paling banyak dimiliki oleh grup
kontrol, yaitu yang tidak memiliki riwayat Diabetes Melitus Tipe 2 di keluarga
intinya.
SNP Risk
Allel
Genotype Distribution
Kontrol,
n (%)
DM Tipe
2,
n (%)
Anak
penderita DM
Tipe 2, n (%)
Total,
n (%)
rs8050136 A
CC 29 (19,07) 25 (16,45) 18 (11,84) 72 (47,37)
AC 19 (12,5) 19 (12,5) 26 (17,11) 64 (42,10)
AA 2 (1,32) 7 (4,61) 7 (4,61) 16 (10,53)
Total
Sampel 50 (32,89) 51 (33,55) 51 (33,56) 152 (100)
46
Genotip AC dimiliki oleh 12,5% dari grup kontrol, 12,5% dari grup
Diabetes Melitus Tipe 2, dan 17,11% dari grup anak penderita Diabetes Melitus
Tipe 2. Sedangkan genotip AA (mutan) dimiliki oleh 2% dari grup kontrol, 7%
dari grup Diabetes Melitus Tipe 2, dan 7% lagi dari grup anak penderita DM
Tipe 2. Dari data ini secara kasar dapat disimpulkan bahwa genotip yang
memiliki alel risiko memang lebih banyak dimiliki oleh grup Diabetes Melitus
Tipe 2 dan masing-masing anaknya dibandingkan dengan grup kontrol.
Penderita DM Tipe 2 yang memiliki genotip CC (wildtype)
menunjukkan bahwa penderita memiliki gen lain selain gen FTO yang sama-
sama memiliki risiko terjadinya DM Tipe 2 di tubuh manusia, dan grup kontrol
yang memiliki genotip AA menunjukkan beberapa kemungkinan, diantaranya
dilakukannya gaya hidup sehat dalam keluarga (faktor eksternal), individu
tersebut memiliki suatu gen lain yang secara garis besar fungsinya mencegah
terjadinya DM Tipe 2 di dalam tubuhnya (faktor internal), atau memiliki fenotip
dari genotip yang sama yang dipengaruhi oleh beberapa hal lain lagi (studi
epigenomik).
47
Tabel 4 3 Distribusi genotip pasangan orang tua dengan Diabetes Melitus Tipe 2 dan
masing-masing anaknya
Berdasarkan di atas, diketahui bahwa genotip CC yang dimiliki oleh
orang tua dengan DM Tipe 2 jelas menunjukkan tidak adanya genotip AA sama
sekali pada keturunannya. Hal ini dikarenakan genotip seorang anak ditentukan
dari gabungan alel ayah dan ibunya. Oleh karena itu jika genotip ayah CC, maka
kemungkinan genotip anaknya hanya berkisar antara CC atau AC tergantung
pada genotip yang dimiliki ibunya.
SNP Risk Allel
Distribusi genotip pasangan orang tua DM
Tipe 2 dan anak
Orang tua Anak n (%)
rs8050136 A
CC CC 15 (29,41%)
AC AC 13 (25,49%)
AA AA 4 (7,84%)
CC AC 10 (19,61%)
CC AA 0 (0%)
AC CC 3 (5,88%)
AC AA 3 (5,88%)
AA CC 0 (0%)
AA AC 3 (5,88%)
48
4.1.3 Karakteristik Sampel berdasarkan Alel
Penelitian ini melibatkan 152 responden untuk diambil DNA-nya
melalui darah atau air liur, yang berarti penelitian ini menggunakan 152 genotip
atau 304 alel. Berikut merupakan tabel distribusi alel yang telah diperoleh:
Tabel 4 4 Distribusi Alel
Berdasarkan tabel di atas, diketahui bahwa perbandingan persentase
distribusi alel C (nonrisiko) di grup kontrol lebih banyak dibandingkan dengan
perbandingan persentase pada grup penderita DM Tipe 2 dan anaknya, yaitu
25,33% pada grup kontrol, 22,70% pada grup penderita DM Tipe 2, dan 20,39%
pada anak penderita DM Tipe 2. Hal ini tentu berbanding terbalik dengan
persentase jumlah alel A (risiko), yaitu urut dari yang paling sedikit di grup
kontrol dengan 7,57%, kemudian didapatkan 10,85% di grup penderita DM
Tipe 2, dan terbanyak ada pada grup anak penderita DM Tipe 2 dengan angka
persentase 13,16%. Sedangkan dilihat dari total jumlah persebaran alel, alel C
menunjukkan jumlah presentase yang lebih unggul dibandingkan alel A, yaitu
alel C terdapat di 68,42% jumlah total alel responden dan alel Aterdapat di
31,58% jumlah total alel responden.
Anak dengan alel risiko menunjukkan bahwa mereka memiliki
kecenderungan lebih besar untuk terkena Diabetes Melitus Tipe 2 (sama seperti
orang tuanya), dan anak yang lebih sedikit atau tidak punya alel risiko
Alel Kontrol,
n (%)
DM Tipe 2,
n (%)
Anak
penderita
DM Tipe 2, n
(%)
Total,
n (%)
C 77(25,33) 69(22,70) 62(20,39) 208(68,42)
A 23(7,57) 33(10,85) 40(13,16) 96(31,58)
Total 100(32,90) 102(33,55) 102(33,55) 304(100,00)
49
menunjukkan besar risiko terkena DM Tipe 2 lebih kecil dibandingkan dengan
yang memiliki genotip mutan (AA).
4.2 Analisis Alel gen FTO dengan DM Tipe 2
Berikut merupakan analisis data yang diperoleh dari Aplikasi Medcalc
online dan Allel Frequency Calculator via Easycalculation.com:
Tabel 4 5 Analisis Statistik Polimorfisme Gen FTO rs8050136 terhadap Diabetes
Melitus Tipe 2
Berdasarkan table di atas, dapat diketahui frekuensi alel risiko grup
control adalah sebesar 0,230 dan grup DM Tipe 2 adalah 0,324. Kemudian
dapat diketahui pula bahwa polimorfisme gen FTO rs8050136 meningkatkan
terjadinya Diabetes Melitus Tipe 2 sebanyak 1,6022 kali lebih besar daripada
orang tanpa polimorfisme FTO rs8050136 dengan nilai interval kepercayaan
95% (1.3143 - 1.9531) dan nilai P <0,0001 atau P <0,005 yang artinya penelitian
ini bermakna.
4.3 Analisis Hubungan Genom Orang Tua dengan DM Tipe 2 terhadap Anaknya
Jumlah persentase genom orang tua dan anak telah dipaparkan
sebelumnya. Uji hipotesis digunakan untuk mengetahui ada tidaknya hubungan
yang dimiliki oleh FTO rs8050136 yang dimiliki orang tua dengan DM Tipe 2
terhadap anaknya. Uji hipotesis dilakukan dengan menggunakan aplikasi IBM
Alel Frekuensi
Alel Risiko
Odds Ratio
(OR)
95%
Confidence
Interval (CI)
Significance
level (P)
Kontrol 0,230
1,6022 1.3143 -
1.9531 P < 0,0001
DM Tipe 2 0,324
50
SPSS Statistics 22. Karena kedua data yang digunakan merupakan data
kategorik, maka dapat diketahui uji yang akan digunakan adalah uji hipotesis
chi square. Setelah melakukan analisis menggunakan IBM SPSS Statistics 22,
penulis mendapatkan hasil p value adalah 0,000 (dilihat berdasarkan nilai
likelihood ratio) yang berarti bahwa pada hubungan genom FTO rs8050136
yang dimiliki orang tua dengan DM Tipe 2 terhadap anaknya, yang artinya H1
diterima, yang artinya memang benar terdapat hubungan antara genom FTO
rs8050136 yang dimiliki orang tua dengan DM Tipe 2 terhadap anaknya.
4.4 Keterbatasan Penelitian
Penelitian ini memiliki keterbatasan antara lain:
1. Penelitian mengenai gen FTO rs8050136 masih sangat terbatas di
Indonesia, peneliti mengalami kesulitan untuk menemukan acuan yang
menjelaskan mengenai patofisiologi FTO rs8050136 secara pasti
2. Penelitian ini tidak memerhatikan BMI responden
51
BAB V
KESIMPULAN DAN SARAN
5.1 Kesimpulan
1. Terdapat kejadian polimorfisme gen FTO rs8050136 dengan riwayat orang
tua Diabetes Melitus Tipe 2
2. Terdapat hubungan antara polimorfisme genetik FTO rs8050136 dengan
risiko terjadinya Diabetes Melitus Tipe 2
3. Terdapat hubungan antara genom FTO rs8050136 yang dimiliki orang tua
dengan DM Tipe 2 terhadap anaknya
5.2 Saran
1. Diperlukan pemeriksaan diagnosis Diabetes Melitus Tipe 2 kepada
responden untuk lebih meyakinkan diagnosisnya
2. Diperlukan data usia dan BMI pasien karena berkaitan dengan patofisiologi
Diabetes Melitus Tipe 2
3. Diperlukan kuesioner tambahan untuk mengetahui gaya hidup pasien
berkaitan dengan patofisiologi Diabetes Melitus Tipe 2
52
DAFTAR PUSTAKA
1. Yanling Wu, Yanping Ding, Yoshimasa Tanaka and Wen Zhang. Review Risk
Factors Contributing to Type 2 Diabetes and Recent Advances in the Treatment
and Prevention. International Journal of Medical Science. 2014; 11(11): 85-
1200. Avalaible from: doi: 10.7150/ijms.10001.
2. K. Ogurtsova, J.D. da Rocha Fernandes, Y. Huang, U. Linnenkamp, L.
Guariguata, N.H. Cho, D. Cavana, et al. IDF Diabetes Atlas: Global estimates
for the prevalence of diabetes for 2015 and 2040. Diabetes Research and
Clinical Practice. 2017; 128: 40-50. Avalaible from: doi:
https://doi.org/10.1016/j.diabres.2017.03.024.
3. Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Kementrian Kesehatan RI,
Riset Kesehatan Dasar (RISKESDAS). 2013.
4. Kasper D. L., Fauci A. S., Hauser S. L., Longo D. L. 1., Jameson J. L., Loscalzo
J.: Harrison's principles of internal medicine. New York: McGraw Hill
Education. 2015; 19: 2392-2454.
5. Scott LJ, Mohlke KL, Bonnycastle LL, Willer CJ, Li Y, Duren WL, et al. A
genome-wide association study of type 2 diabetes in Finns detects multiple
suspectibility variance. Science. 2007; 316(5829):1341-1345. Avalaible from:
doi: 10.1126/science.1142382.
6. Zeggini E, Weedon MN, Lindgren CM, Frayling TM, Elliott KS, Lango H, et
al. Replication of genome-wide association signals in UK samples reveals risk
loci for type 2 diabetes. Science. 2007; 316(5829):1336–1341. Avalaible from:
doi: 10.1126/science.1142364.
7. Qian Y, Liu S, Lu F. Genetic variant in fat mass and obesity-associated gene
associated with type 2 diabetes risk in Han Chinese. BMC Genetics. 2013;
14:86. Availlable from: doi:10.1186/1471-2156-14-86.
8. Horikoshi M, Hara K, Ito C, Shojima N, Nagai R, Ueki K, et al. Variations in
the HHEX gene are associated with increased risk of type 2 diabetes in the
Japanese population. Diabetologia. 2007; 50(12): 2461–2466. Available from:
doi: 10.1007/s00125-007-0827-5.
9. Ng MCY, Park KS, Oh B. Implication of Genetic Variants Near TCF7L2,
SLC30A8, HHEX, CDKAL1, CDKN2A/B, IGF2BP2, and FTO in Type 2
Diabetes and Obesity in 6,719 Asians. Diabetes. 2008; 57(8):2226-2233.
Avalaible from: doi:10.2337/db07-1583.
53
10. Perkumpulan Endokrinologi Indonesia (PERKENI), Konsensus Pengelolaan
dan Pencegahan Diabetes Melitus Tipe 2 di Indonesia 2015. 2015.
11. Knop FK, Vilsboll T, Hojberg PV. Reduced incretin effect in type 2 diabetes:
cause or consequence of the diabetic state?. Diabetes. 2007; 56: 1951–1959.
Available from: 10.2337/db07-0100.
12. Piteau S, Olver A, Kim SJ. Reversal of islet GIP receptor downregulation and
resistance to GIP by reducing hyperglycemia in the Zucker rat. Biochem
Biophys Res Commun. 2007; 362: 1007–1012. Available from:
10.1155/2015/326359.
13. Ralph A. DeFronzo. From the Triumvirate to the Ominous Octet: A New
Paradigm for the Treatment of Type 2 Diabetes Mellitus. Diabetes. 2009; 58:
773-795.
14. Belkina AC, Denis GV. Obesity genes and insulin resistance. Current opinion
in endocrinology, diabetes, and obesity. 2010; 17(5):472-477. Available from:
doi: 10.1097/MED.0b013e32833c5c48.
15. Walley AJ, Blakemore AI, Froguel P. Genetics of obesity and the prediction of
risk for health. Hum Mol Genet. 2006; 15 (Spec No 2): R124–R130. Available
from: doi: 10.1093/hmg/ddl215.
16. Einhorn D, Stewart DA, Erman MK. Prevalence of sleep apnea in a population
of adults with type 2 diabetes mellitus. Endocr Pract. 2007; 13(4): 355–362.
Avalaible from: doi: 10.4158/EP.13.4.355.
17. Schober AK, Neurath MF, Harsch IA. Prevalence of sleep apnoea in diabetic
patients. Clin Respir J. 2011; 5(3): 165–172. Available from: doi:
10.1111/j.1752-699X.2010.00216.x.
18. Liu S, Manson JE, Stampfer MJ, Hu FB. A prospective study of whole-grain
intake and risk of type 2 diabetes mellitus in US women. Am J Public Health.
2000; 90(9): 1409–1415.
19. Hu FB, van Dam RM, Liu S. Diet and risk of type II diabetes: the role of types
of fat and carbohydrate. Diabetologia. 2001; 44: 805–817. Available from: doi:
10.1007/s001250100547.
20. Schulze MB, Manson JE, Ludwig DS. Sugar-sweetened beverages, weight
gain, and incidence of type II diabetes in young and middle-aged women.
JAMA. 2004; 292: 927–934.
54
21. Dhingra R, Sullivan L, Jacques PF. Soft drink consumption and risk of
developing cardio-metabolic risk factors and the metabolic syndrome in
middle- aged adults in the community. Circulation. 2007; 116: 480–488.
22. Duffey KJ, Popkin BM. Adults with healthier dietary patterns have healthier
beverage patterns. J Nutr. 2006; 136: 2901–2907.
23. Chaturvedi N. The burden of diabetes and its complications: Trends and
implications for intervention. Diabetes Res Clin Pract. 2007; 76(3): S3–S12.
24. Sanghera DK, Blackett PR. Type 2 diabetes genetics: beyond GWAS. J
Diabetes Metab. 2012; 3(198): pii6948.
25. Vigersky RA. An overview of management issues in adult patients with type 2
diabetes mellitus. J Diabetes Sci Technol. 2011; 5(2): 245–250.
26. Zatalia SR, Sanusi H. The role of antioxidants in the pathophysiology,
complications, and management of diabetes mellitus. Acta Med Indones. 2013;
45(2): 141–147.
27. Probosari, E. Faktor Gagal Ginjal pada Diabetes Melitus. JNH. 2013; 1(1).
Avalaible from: doi:http://dx.doi.org/10.14710/jnh.1.1.2013.%p.
28. Adler AI, Stevens RJ, Manley SE, Bilous RW, Cull CA, Holman RR.
Development and progression of nephropathy in type 2 diabetes. The United
Kingdom Prospective Diabetes Study (UKPDS 64). Kidney Int. 2003; 63: 225-
32
29. Fong DS, Aiello L, Gardner TW. Retinopathy in diabetes. Diabetes Care. 2004;
27(1): S84–87.
30. Giovannucci E, Harlan DM, Archer MC, et al. Diabetes and cancer: a consensus
report. CA Cancer J Clin. 2010; 60(4): 207–221.
31. Sandhu MS, Dunger DB, Giovannucci EL. Insulin, insulin-like growth factor-
I (IGF-I), IGF binding proteins, their biologic interactions, and colorectal
cancer. J Natl Cancer Inst. 2002; 94(13): 972–980.
32. Wu X, Zhao H, Do KA. Serum levels of insulin growth factor (IGF-I) and IGF-
binding protein predict risk of second primary tumors in patients with head and
neck cancer. Clin Cancer Res. 2004; 10: 3988–3995.
33. Reece, Jane B., Lisa A. Urry, Michael L. 1956- Cain, Steven Alexander
Wasserman, Peter V. Minorsky, Rob Jackson, and Neil A. Campbell. Campbell
Biology. Tenth edition. Boston: Pearson, 2014.
55
34. Gerald, Karp. In: Introduction to the study of cell and molecular biology. Cell
and Molecular Biology Concepts and Experiments. John Wiley & Sons, Inc.
2007. 6: 3-10.
35. Frayling TM, Timpson NJ, Weedon MN, Zeggini E, Freathy RM, Lindgren
CM, et al. A common variant in the FTO gene is associated with body mass
index and predisposes to childhood and adult obesity. Science. 2007;
316(5826):889–94. PMID: 17434869.
36. Gao X, Shin YH, Li M, Wang F, Tong Q, Zhang P. The fat mass and obesity
associated gene FTO functions in the brain to regulate postnatal growth in mice.
PLoS One. 2007. 5(11):e14005. Available from: doi: 10.1371/journal.
pone.0014005 PMID: 21103374.
37. Stratigopoulos G, Padilla SL, LeDuc CA, Watson E, Hattersley AT, McCarthy
MI, et al. Regulation of Fto/Ftm gene expression in mice and humans. Am J
Physiol Regul Integr Comp Physiol. 2008; 294(4): R1185–96. Avalaible from:
doi: 10.1152/ajpregu.00839.2007 PMID: 18256137.
38. Gerken T, Girard CA, Tung YC, Webby CJ, Saudek V, Hewitson KS, et al. The
obesity-associated FTO gene encodes a 2-oxoglutarate-dependent nucleic acid
demethylase. Science. 2007; 318(5855):1469–72. PMID: 17991826.
39. Church C, Lee S, Bagg EA, McTaggart JS, Deacon R, Gerken T, et al. A mouse
model for the metabolic effects of the human fat mass and obesity associated
FTO gene. PLoS Genet. 2009; 5(8):e1000599. Avalaible from: doi:
10.1371/journal.pgen.1000599 PMID: 19680540
40. Rask-Andersen M, Almen MS, Olausen HR, Olszewski PK, Eriksson J, Chavan
RA, et al. Functional coupling analysis suggests link between the obesity gene
FTO and the BDNF-NTRK2 signaling pathway. BMC Neurosci. 2011;12:117
41. Fredriksson R , Hagglund M , Olszewski PK. The obesity gene, FTO, is of
ancient origin, upregulated during food deprivation and expressed in neurons
of feeding-related nuclei of the brain . Endocrinology. 2008 ; 149 : 2062 – 2071
42. Sherwood, Lauralee. Human Physiology : from Cells to Systems. Belmont, CA
:Brooks/Cole, Cengage Learning, 2013.
43. Dina C, Meyre D, Gallina S, Durand E, Körner A, Jacobson P, et al. Variationin
FTO contributes to childhood obesity and severe adult obesity. Nat Genet.
2007;39:724–6.)
56
44. Tan S, Scherag A, Janssen OE, Hahn S, Lahner H, Dietz T, et al. Large effects
on body mass index and insulin resistance of fat mass and obesity associated
gene (FTO) variants in patients with polycystic ovary syndrome (PCOS). BMC
Med Genet. 11:12. doi: 10.1186/1471-2350-11-12 PMID: 20092643.
45. Fan H-Q, He W, Xu K-F, Wang Z-X, Xu X-Y, Chen H. FTO Inhibits Insulin
Secretion and Promotes NF-κB Activation through Positively Regulating ROS
Production in Pancreatic β cells. PLoS ONE. 2015. 10(5): e0127705.
doi:10.1371/ journal.pone.0127705.
46. Giles S.H. Yeo. The role of FTO (fat mass and obesity related) locus in
regulating body size and composition. Elsevier. 2014; Available from: doi:
10.1016/j.mce.2014.09.012.
47. US National Library of Medicine. What are single nucleotide polymorphisms
(SNPs)?. Avalaible from: https://ghr.nlm.nih.gov/primer/genomicresearch/snp
[accessed 9th October 2018].
48. Van der Hoeven, F. et al. Programmed cell death is affected in the novel mouse
mutant Fused toes (Ft). Development. 1994; 120:2601–2607.
49. Peters, Thomas & Serth, Katrin & Rüther, Ulrich. Cloning of Fatso (Fto), a
novel gene deleted by the Fused toes (Ft) mouse mutation. Mammalian
genome. Official journal of the International Mammalian Genome Society.
1999; 10:983-6. Available from: 10.1007/s003359901144.
50. Frayling TM, Timpson NJ, Weedon MN. A common variant in the FTO gene
is associated with body mass index and predisposes to childhood and adult
obesity. Science. 2007;316:889–94.
51. Scuteri A, Sanna S, Chen WM, et al. Genome-wide association scan shows
genetic variants in the FTO gene are associated with obesity-related traits. PLoS
Genet. 2007;3:1200–10.
52. Speakman, John R. The ‘Fat Mass and Obesity Related’ (FTO) gene:
Mechanisms of Impact on Obesity and Energy Balance. Springer
Science+Business Media New York. 2015. Available from: DOI
10.1007/s13679-015-0143-1
53. Park SL, Cheng I, Pendergrass SA. Association of the FTO Obesity
RiskVariant rs8050136With Percentage of Energy Intake From Fat inMultiple
Racial/Ethnic Populations. Am J Epidemiol. 2013;178:780–90.
57
54. A. Haupt , C. Thamer , H. Staiger , O. Tschritter , K. Kirchhoff , F. Machicao ,
et al. Variation in the FTO Gene Influences Food Intake but not Energy
Expenditure. Exp Clin Endocrinol Diabetes. 2009 117: 194 – 197.
55. Tschritter O, Preissl H , YokoyamaY. Variation in the FTO gene locus is
associated with cerebrocortical insulin resistance in humans. Diabetologia
2007; 50 : 2602 – 2603.
56. Tschritter O, P reissl H, H ennige AM. The cerebrocortical response to
hyperinsulinemia is reduced in overweight humans: a
magnetoencephalographic study. Proc Natl Acad Sci USA. 2006; 103 : 12103
– 12108.
57. Serralde-Zúñiga AE, Guevara-Cruz M, Tovar AR, Herrera-Hernández MF,
Noriega LG, Granados O, et al. Omental adipose tissue gene expression, gene
variants, branched-chain amino acids, and their relationship with metabolic
syndrome and insulin resistance in humans. Genes Nutr. 2014;9:431.
58. Toperoff G, Kark JD, Aran D, Nassar H, Ahmad WA, Sinnreich R, et al.
Premature aging of leukocyte DNA methylation is associated with type 2
diabetes prevalence. Clin Epigenetics. 2015;7:35.
59. Dayeh T, Volkov P, Salö S, Hall E, Nilsson E, Olsson AH, et al. Genomewide
DNA methylation analysis of human pancreatic islets from type 2 diabetic and
non-diabetic donors identifies candidate genes that influence insulin secretion.
PLoS Genet. 2014;10:e1004160.
60. Li E, Zhang Y. DNA methylation in mammals. Cold Spring Harb Perspect
Biol. 2014;6:a019133.
61. Shen F, Huang W, Huang JT, Xiong J, Yang Y, Wu K, et al. Decreased N(6)-
methyladenosine in peripheral blood RNA from diabetic patients is associated
with FTO expression rather than ALKBH5. J Clin Endocrinol Metab.
2015;100:E148–54.
62. Gerken T, Girard CA, Tung YC, Webby CJ, Saudek V, Hewitson KS, et al. The
obesity-associated FTO gene encodes a 2-oxoglutarate-dependent nucleic acid
demethylase. Science. 2007;318:1469–72.
63. Jia G, Yang CG, Yang S, Jian X, Yi C, Zhou Z, et al. Oxidative demethylation
of 3-methylthymine and 3-methyluracil in single-stranded DNA and RNA by
mouse and human FTO. FEBS Lett. 2008;582:3313–9.
64. Jia G, Fu Y, He C. Reversible RNA adenosine methylation in biological
regulation. Trends Genet. 2013;29:108–15.
58
65. Yang J, Loos RJ, Powell JE, Medland SE, Speliotes EK, Chasman DI, et al.
FTO genotype is associated with phenotypic variability of body mass index.
Nature. 2012;490:267–72.
66. Berulava T, Horsthemke B. The obesity-associated SNPs in intron 1 of the FTO
gene affect primary transcript levels. Eur J Hum Genet. 2010;18:1054–6.
67. Church C, Moir L, McMurray F, Girard C, Banks GT, Teboul L, et al.
Overexpression of Fto leads to increased food intake and results in obesity. Nat
Genet. 2010;42:1086–92.
68. Dahlan MS. Penelitian Deskriptif. In: Besar Sampel dan Cara Pengambilan
Sampel dalam Penelitian Kedokteran dan Kesehatan. Salemba Medika; 2013;
:56-60.
69. Thermofisher Scintific Genotyping Analysis. Avalaible from:
https://www.thermofisher.com/order/genome-
database/details/genotyping/C___2031259_10?CID=&ICID=&subtype=.
[11/11/18].
70. Geneaid. Blood/ cell DNA mini kit (GB100/GB300). Avalaible from:
http://www.geneaid.com/products/genomic-dna-purification/dna-extraction-
kit-blood-cultured-cell-miniprep. [11/11/18].
71. Roche Diagnostics GmbH. The LightCycler® 480 Instrument Operator’s
Manual Book Software Version 1.5. Roche Applied Science.2008:90-232.
72. Free Stastistical Calculator. Avalaible via:
https://www.medcalc.org/calc/odds_ratio.php. [11/11/18].
73. Allele Frequency Calculator. Avalaible via:
https://www.easycalculation.com/health/allele-frequency-calculator.php.
[11/11/18].
59
LAMPIRAN
Lampiran 1 Susunan Asam Basa Gen FTO rs8050136 pada manusia
60
Lampiran 2 Analisis Data Genom Genom Orang Tua terhadap Anaknya
Case Processing Summary
Cases
Valid Missing
N Percent N Percent
FTONumerik *
FTOAnakNumerik 51 100.0% 0 0.0%
Case Processing Summary
Cases
Total
N Percent
FTONumerik * FTOAnakNumerik 51 100.0%
FTONumerik * FTOAnakNumerik Crosstabulation
Count
FTOAnakNumerik
Total 1 2 3
FTONumerik
1 15 10 0 25
2 3 13 3 19
3 0 3 4 7
Total 18 26 7 51
61
Chi-Square Tests
Value df
Asymptotic
Significance (2-
sided)
Pearson Chi-Square 23.762a 4 .000
Likelihood Ratio 25.101 4 .000
Linear-by-Linear
Association 19.691 1 .000
N of Valid Cases 51
a. 5 cells (55.6%) have expected count less than 5. The minimum expected
count is .96.
62
Lampiran 3 Karakteristik Sampel Kontrol
No No Sampel Jenis Kelamin Konsentrasi 260/280 Genom FTO
1 3 L 90,856 1,86 CC
2 4 P 82,557 1,86 CC
3 5 L 106,916 1,88 CC
4 6 P 104,116 1,88 CC
5 7 P 97,619 1,78 CC
6 8 P 116,224 1,82 AC
7 9 P 69,672 1,90 CC
8 10 P 81,716 1,88 AC
9 13 P 77,020 1,86 CC
10 15 L 71,092 1,88 CC
11 20 P 106,341 1,90 AA
12 26 P 61,651 1,91 CC
13 27 P 68,537 1,60 CC
14 28 P 98,592 1,89 CC
15 29 P 117,143 2,10 AC
16 30 P 64,294 1,60 CC
17 31 P 66,003 1,03 CC
18 32 P 104,116 1,71 CC
19 38 P 75,023 1,90 CC
20 39 P 97,357 1,84 CC
21 40 P 173,793 1,86 AC
22 41 L 112,477 1,85 CC
23 42 P 92,312 1,85 AC
24 43 P 73,376 1,84 CC
25 44 P 112,619 1,87 AC
26 45 L 132,721 1,68 CC
63
27 46 L 77,324 1,85 AC
28 47 P 68,594 1,84 CC
29 48 P 57,642 1,75 AC
30 49 P 68,069 1,88 CC
31 51 L 120,113 1,88 AC
32 52 L 15,81 2,02 CC
33 55 P 85,444 1,83 AC
34 56 P 120,942 1,85 CC
35 57 P 164,679 1,86 AC
36 58 P 60,068 1,86 AC
37 59 P 189,987 1,49 AC
38 60 P 143,146 1,86 CC
39 61 P 272,328 1,84 AA
40 62 P 220,708 1,91 AC
41 63 P 219,691 1,86 CC
42 66 L 194,297 1,86 CC
43 12 P 37,387 1,32 AC
44 16 P 46,492 1,93 CC
45 17 P 54,434 1,92 AC
46 19 L 39,157 1,51 AC
47 24 P 49,716 1,82 AC
48 25 P 47,239 1,72 AC
49 54 P 81,872 1,79 CC
50 84 P 103,852 1,90 CC
64
Lampiran 4 Karakteristik Sampel Penderita DM Tipe 2
No No sampel Jenis Kelamin Konsentrasi 260/280 Genom FTO
1 A L 99,307 1,80 AC
2 B L 85,410 1,16 CC
3 C L 515,397 2,01 AA
4 E L 23,427 2,08 AC
5 G L 139,175 1,12 CC
6 L L 396,132 1,71 CC
7 M P 68,854 1,75 CC
8 N L 109,385 1,71 CC
9 O L 31,038 1,91 CC
10 P P 33,914 1,77 AC
11 Q P 36,609 1,74 AC
12 AB L 32,370 1,64 CC
13 AC P 14,092 1,76 CC
14 AD P 35,178 1,94 AC
15 AE L 65,803 1,79 AC
16 AF P 97,470 1,85 AC
17 AG L 120,822 1,85 CC
18 AH P 22,692 1,82 AC
19 AI P 13,446 1,15 AC
20 AJ L 12,372 2,13 CC
21 AK P 27,571 1,92 CC
22 AL L 14,483 1,78 AC
23 AP L 88,461 1,16 CC
24 AW P 40,580 1,66 AA
25 AX L 7,750 1,21 CC
26 AY L 34,610 1,71 CC
65
27 AZ P 99,452 1,64 CC
28 BA L 41,535 1,71 AA
29 BB P 86,627 1,88 AA
30 BC P 67,825 1,81 AA
31 BD P 134,457 1,83 CC
32 BF P 106,980 1,76 CC
33 BG P 74,836 1,77 AC
34 BH P 98,176 1,78 AC
35 BI P 41,114 1,73 AC
36 BJ P 21,634 1,62 AC
37 BK L 70,368 1,76 CC
38 BL P 54,397 1,72 AC
39 BM P 73,334 1,76 CC
40 BN L 42,527 1,71 AC
41 BO P 53,760 1,71 CC
42 BP P 46,224 1,70 CC
43 105 P 25,461 1,92 AC
44 BR L 23,350 1,62 CC
45 BT P 90,026 1,71 CC
46 BU L 27,805 1,74 CC
47 BV P 45,656 1,75 CC
48 BW P 30,796 1,54 AA
49 BX P 47,302 1,90 AC
50 BY P 45,359 1,79 AA
51 BZ L 35,673 1,55 AC
66
Lampiran 5 Karakteristik Sampel Anak Penderita DM Tipe 2
No No sampel anak Jenis Kelamin Konsentrsasi 260/280 Genom FTO
1 2 L 109,710 1,90 AC
2 14 L 49,152 1,68 AC
3 18 P 49,569 1,27 AA
4 23 P 34,949 1,84 AC
5 36 L 64,590 1,85 CC
6 65 P 135,639 1,82 AC
7 82 P 61,805 1,96 AC
8 67 P 31,404 1,92 AC
9 68 P 90,615 1,83 AC
10 69 P 132,136 1,88 AC
11 70 P 29,276 1,95 AC
12 81 L 88,205 1,76 CC
13 72 P 39,638 1,79 AC
14 73 L 33,174 2,03 AC
15 74 P 24,127 1,51 AC
16 75 L 19,929 2,15 AC
17 76 P 37,549 1,79 CC
18 77 P 17,962 2,13 CC
19 78 P 58,565 1,83 AC
20 79 P 27,129 1,81 AC
21 80 L 11,232 2,57 CC
22 83 P 37,751 1,86 AC
23 85 P 120,140 1,85 CC
24 106 P 26,178 1,94 AC
25 109 L 41,950 1,97 CC
26 111 L 60,491 1,85 CC
67
27 89 P 39,364 1,72 AC
28 103 P 58,903 1,85 AC
29 93 P 31,804 1,80 AA
30 107 P 35,072 1,94 AA
31 110 P 23,915 2,09 CC
32 113 L 31,894 1,88 CC
33 88 L 82,576 1,80 AC
34 90 L 59,677 1,75 AC
35 96 P 64,046 1,79 AC
36 87 P 53,373 1,75 AA
37 92 P 68,248 1,82 AC
38 114 P 82,681 1,85 CC
39 104 P 41,502 1,99 CC
40 108 L 8,773 2,21 AA
41 112 L 74,180 1,82 CC
42 91 L 55,649 1,81 CC
43 BQ L 9.581 1,31 AC
44 95 P 18,561 2,07 CC
45 94 P 104,322 1,86 AC
46 97 P 90,616 1,80 CC
47 102 P 34,461 1,88 CC
48 100 P 27,252 1,96 AA
49 99 P 40,908 1,74 AA
50 101 P 57,141 1,85 AC
51 98 P 26,894 1,88 CC
68
Lampiran 6 Alat dan bahan
LightCycler® 480 Instrument.
TaqMan Master Mix
GS Column GB Column
Waterbath AS ONE TRW-42 TP
69
Genomic DNA Mini Kit Geneaid GB
100
GT Buffer, GB Buffer, W1 Buffer
Wash Buffer, RBC Lysis Buffer, Elution
Buffer
Microtip dan Microsentrifuge Tube
70
Tabung EDTA
Micropipet
Microsentrifuge Eppendorf 5417 R Vortex
71
-4oC Kulkas Penyimpan
-20o C Kulkas Penyiman
72
Lampiran 7 Lembar Informed Consent Pengambilan Sampel
73
74
CURRICULUM VITAE
A. Identitas Diri
Nama : Intan Aziz
Jenis Kelamin : Perempuan
Tempat, Tanggal Lahir : Salatiga, 5 Februari 1997
Glongan Darah : O +
Agama : Islam
E-mail : [email protected]
Alamat : Jln. Joyo Imron no.1, Cabean RT3/14, Mangunsari,
Sidomukti Salatiga, Jawa Tengah. 50721
B. Pendidikan
Sekolah Dasar : SD N Sidorejo Lor 3, Salatiga
Sekolah Menengah Pertama : MTs N Salatiga, Salatiga
Sekolah Menengah Atas : MAN Insan Cendekia Serpong, Tangerang
Selatan
Universitas : UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Tangerang
Selatan
C. Pengalaman Organisasi
2013 : Member Kelompok Bidang Studi Ekonomi MAN Insan Cendekia
Serpong
: Koordinator Bazaar Bingo (internal event of MAN Insan Cendekia
Serpong)
75
2014 : Staf Art and Culture Division of OSIS
: Bendahara Umum SEJATY (Perkumpulan Pelajar Jawa Tengah dan
DIY MAN Insan Cendekia Serpong)
: Penanggung jawab Choir Family MAN Insan Cendekia Serpong
: Member PMR Man Insan Cendekia Serpong
: Koordinator Dokumentasi I-Care 2014
: Koordinator Lomba Short Movie Sonic Linguistic 2014
2015 : Koordinator Publikasi dan Dokumentasi Social Project FKIK UIN
Jakarta
: Koordinator Dokumentasi AMYGDALA (Internal event of PSKPD
UIN JKT)
: Member aktif CIMSA UIN
: Bendahara SCOPE CIMSA UIN
2016 : Koordinator Publikasi dan Dokumentasi CHEESE SCOPE CIMSA
UIN
: Member Research Supporting Division CIMSA UIN
: Member Media and Communication Team CIMSA UIN
: Liaison Officer October Meeting 2016
2017 : Bendahara CIMSA UIN
2018 : Trainer CIMSA INDONESIA
: Bendahara CIMSA INDONESIA
D. Penghargaan
1. Finalis Mathematic Olympiade SMA Semesta Semarang 2012
2. Delegasi Regional Medical Olympiade Urogenital Jakarta 2017
3. Delegasi International Medical Olympiade Uroreproduksi Yogyakarta 2018