Ge#ng  started  with  OMERO.searcher  Local  

Client  v1.3

To  download  the  latest  version:    h"p://murphylab.web.cmu.edu/so4ware/searcher/  

SLF  feature  sets  •  The  SLF  feature  sets  are  described  in  many  of  our  previous  publica?ons  (see  References  at  the  end)  and  h"p://murphylab.cbi.cmu.edu/services/SLF/  

•  OMERO.searcher  contentDBs  that  are  currently  publicly  available  use  SLF33  and  SLF34  

•  SLF33  can  be  used  for  images  of  any  probe  depic?ng  a  subcellular  pa"ern  –  The  image  does  not  have  to  be  segmented  into  individual  cells  

•  SLF34  requires  an  addi?onal  reference  image  of  the  nuclear  DNA  for  the  same  field  

SLF33  •  SLF33.1-­‐SLF33.91  –  Haralick  texture  features  calculated  at  the  resolu?on  

of  the  input  image  and  six  different  levels  of  downsampling  of  that  image  by  2.    At  each  resolu?on,  the  features  are  calculated  as  described  for  SLF3.66-­‐3.78                            (Boland  and  Murphy,  2001)    

•  SLF33.92-­‐SLF33.96  object  features  (SLF1.1-­‐1.5)  (Boland  and  Murphy,  2001)  •  SLF33.97-­‐SLF33.101  edge  features  (SLF1.9-­‐1.13)  (

Boland  and  Murphy,  2001)  •  SLF33.102-­‐SLF33.106  skeleton  features  (SLF7.80-­‐7.84)  (Murphy  et  al  2002)  •  SLF33.107  the  frac?on  of  fluorescence  not  contained  in  objects  (SLF7.79)  

(Murphy  et  al  2002)  •  SLF33.108-­‐SLF33.161  parameter  free  TAS  (pfTAS)  features  calculated  by  

the  modifica?ons  (Coelho  et  al  2010)  of  the  original  TAS  features  (Hamilton  et  al  2007).    18  features  are  calculated  from  the  input  image  plus  18  each  calculated  at  mean  and  mean-­‐margin.  

advanced  

SLF34  •  SLF34  consists  of  all  of  the  features  of  SLF33  plus  

•  SLF34.162-­‐163  DNA  features  SLF2.21  and  SLF2.22  (Boland  and  Murphy,  2001).  

•  SLF34.164-­‐173  addi?onal  DNA  overlap  features.  

advanced  

Using  OMERO.searcher  Local  Client  

•  Need  to  install  python  and  various  packages  (see  installa?on  instruc?ons  on  web  site)  

•  Runs  from  “command  line”  or  “terminal”  •  Query  images  must  be  in  .png,  .bmp  or  .jpg  format  

•  Cri?cal  that  you  know  the  pixel  resolu?on  of  the  query  image(s)  (in  microns/pixel)  

Helper  scripts  •  Scripts  available  for  searches  of  common  databases  – Two  categories  of  images:  ones  on  your  computer  and  ones  on  a  web  site  

– Two  feature  sets,  depending  on  whether  a  parallel  DNA  image  is  available  

•  searchHPA and getsearchHPA!•  searchHPA2 and getsearchHPA2!•  searchCELL and getsearchCELL  (only)  

Using  one  or  more  local  images  •  On  command  line/terminal,  type  •  searchHPA myfolder/*.png!

–  (the  result  will  be  in  a  file  called  searchHPAoutput.html)  

•  searchHPA myOTHERfolder/*.png OTHER!–  (the  result  will  be  in  a  file  called  searchHPAoutputOTHER.html  so  that  you  can  keep  results  separate)  

•  Assumes  that  the  images  are  at  the  same  resolu?on  at  the  HPA  images  (0.08  microns/pixel)  

Using  an  image  on  the  web  •  On  command  line/terminal,  type  •  getsearchHPA http://website.org/image.jpg!–  (the  result  will  be  in  a  file  called  getsearchHPAoutput.html)  

Using  from  python  •  Each  command  starts  with  “python omero.search.py”  and  is  followed  by  various  op?ons  and  the  filename(s)  

advanced  

Op?ons   advanced  

Common      -­‐s/-­‐-­‐server  <servername>   Specify  server/s  where  images  are  located  -­‐f/-­‐-­‐featureset  <featuresetname>   Specify  featureset  to  be  used  -­‐r/-­‐-­‐resolu?on  <value>   Specify  image  scale  (as  a  float)  -­‐n/-­‐-­‐numimages  <value>   Specify  maximum  number  of  images  to  return  -­‐o/-­‐-­‐output  <path>   Specify  filename  for  output  HTML  file  

-­‐e/-­‐-­‐everywhere  <which>  Use  all  databases  available,  follow  by  "localDBs”  for  ones  you  have  in  same  directory,  or  "globalDBs"  all  known  from  murphylab  website  

-­‐h/-­‐-­‐help   Print  this  help  message  and  exit          Rare      -­‐d/-­‐-­‐db   Return  list  of  available  databases    and  exit  -­‐a/-­‐-­‐alpha    <value>   Specify  alpha  value  (as  a  float)  -­‐t/-­‐-­‐tolerance  <value>   Specify  downsample  tolerance  (as  a  float)  

EXAMPLE  SEARCHES  USING  HUMAN  PROTEIN  ATLAS  IMAGES  

Local  Client  

•  Currently available contentDBs – Human Protein

Atlas – PSLID RandTag – The  Cell  Library  – more coming…

Query:  DKC1  

7/6/13 2:33 PMOMERO.searcher results

Page 1 of 1file:///Users/murphy/Bob/Software/OMERO.searcher/omero.searcher.client-v1.3_fordownload/HPA_DKC1_ch2.html

Query Image(s)

images/proteinatlas/24_A3_1_green.jpg.ch2.bmp

Content Database ['proteinatlas.org-slf33-v2.pkl']Original Scale 0.08Comparison Scale/s [0.08, 0.16, 0.32, 0.64, 1.28]Feature Set slf33Number to Retrieve 10

Results0.08 0.16 0.32 0.64 1.28

Thumbnail ImageData Thumbnail Image

Data Thumbnail ImageData Thumbnail Image

Data Thumbnail ImageData

Info Info Info Info InfoInfo Info Info Info InfoInfo Info Info Info InfoInfo Info Info Info InfoInfo Info Info Info InfoInfo Info Info Info InfoInfo Info Info Info InfoInfo Info Info Info InfoInfo Info Info Info InfoInfo Info Info Info Info

OMERO.searcher results

Query:  DKC1  

Query:  CANX  

Query:  CANX  +  DNA  

PDIA3   PDIA3   PDIA3  

Query:  FHIT  +  DNA  

TTBK2   TTBK2   MCOLN3  

ADDITIONAL  READING  

•  A.  Shariff,  J.  Kangas,  L.P.  Coelho,  S.  Quinn  and  R.F.  Murphy  (2010)  Automated  Image  Analysis  for  High  Content  Screening  and  Analysis.  J.  Biomolec.  Screening  15:726-­‐734  (available  at  h"p://murphylab.web.cmu.edu/publica?ons/174-­‐shariff2010.pdf)  

•  B.H.  Cho,  I.  Cao-­‐Berg,  J.A.  Bakal,  and    R.F.  Murphy  (2012)  OMERO.searcher:  Content-­‐based  image  search  for  microscope  images.  Nature  Methods  9:633-­‐634.  (available  at  h"p://murphylab.web.cmu.edu/publica?ons/186-­‐cho2012.pdf)