Welcome  

Genome-­‐in-­‐a-­‐Bo.le    Consor2um  Workshop  

Clinical  Transla2on  of    Human  Genome  Sequencing  

Clinical  Sequencing?  

•  first,  you’ve  got  to  have  reliable  measurements  

•  next,  you  need  to  know  how  reliable  they  are  •  then,  you  need  clinical  interpreta2on  •  in  prac2ce,  you’ll  need  infrastructure  to  enable  distributed  clinical  implementa2on  

Clinical  Sequencing?  

•  first,  you’ve  got  to  have  reliable  measurements  

•  next,  you  need  to  know  how  reliable  they  are  •  then,  you  need  clinical  interpreta2on  •  in  prac2ce,  you’ll  need  infrastructure  to  enable  distributed  clinical  implementa2on  

Genome-­‐in-­‐a-­‐Bo*le  Consor0um    to  work  on  these…  

Measurement  Infrastructure  

Reference  Materials,    Reference  Data,    

Reference  Methods,    Performance  Metrics  

Why  a  consor2um?  

Who  does  what?  •  what  NIST  can/will  do  

–  host  and  convene  •  NIST  is  non-­‐regulatory,  neutral  

broker  •  NIST  can  and  will  commit  to  

development  and  dissemina2on  of  products  

–  NIST  Reference  Materials  •  access  interna2onal  

community  with  recognized  reference  material  program  

•  wide  regulatory  acceptance  

•  what  members  can/will  do  –  at  this  point,  it's  easiest  for  

membership  to  be  voluntary  •  without  requirements  for  

CRADAs,  formal  declara2ons  of  membership  

–  members  may  find  it  useful  to  par2cipate  in  the  standard  seRng  work  of  the  consor2um  •  collabora2on  on  development  

of  RMs,  data,  tools,  and  documentary  standards  

Genome-­‐in-­‐a-­‐Bo.le  Consor2um  

•  NIST  hosted  three  small  workshops  to  address  Reference  Material  needs  in  this  space  –  Stanford,  June  2011  –  ASHG,  Montreal,  October  2011  

–  NIST,  Gaithersburg,  MD,  April  2012  

•  August  2012  –  get  feedback  on  draX  work  plan,  refine  

–  get  working  groups  underway  

–  iden2fy  resources  •  materials  •  sequencing  •  analysis  

Agenda  

Thursday  16  August  2012  •  Clinical  Applica2ons  of  WGS  •  WGS  Technology  Outlook  •  2  approaches  to  Genome  

Characteriza2on  •  5  minute  Topic  Talks  •  NIST  work  to  develop  

Whole  Genome  RMs  –  in  partnership  with  FDA  

•  Breakout  Groups  

Friday  17  August  2012  •  Report-­‐out  from  Breakout  

Groups  •  Workplan  Refinement  •  Resources  &  Next  Steps  

Genome  in  a  Bo.le  Working  Groups  

Reference  Material  Selec2on  &  Design    Andrew  Grupe,  Celera  

• Develop  priori2zed  list  of  whole  human  genomes  for  Reference  Materials  • Iden2fy  candidate  approaches  and  materials  for  ar2ficial  RMs  • Develop  priori2zed  list  

Meaurements  for  Reference  Material  Characteriza2on    Ellio.  Margulies,  Illumina  

• Develop  consensus  plan  for  experimental  characteriza2on  of  Reference  Materials  

Bioninforma2cs,  Data  Integra2on,  and  Data  Representa2on    Steve  Sherry,  NCBI  

• Develop  plan  for  integra2ng  experimental  data  and  forming  consensus  variant  calls  and  confidence  es2mates  • Develop  consensus  plan  for  data  representa2on  

Performance  Metrics  &  Figures  of  Merit      Jus2n  Johnson,  EdgeBio  

• User  interface  to  the  Genome-­‐in-­‐a-­‐Bo.le  Reference  Material  • “Dashboard”  • what  an  end  user  will  see  and  report  to  understand  and  describe  the  performance  of  their  experiment  • variant  call  accuracy  • process  performance  measures  to  enable  op2miza2on  

Map  of  Admin  Building  1st  Floor  

Logis2cs  •  Food  

–  NIST  Cafeteria  adjacent  to  this  auditorium  

•  Internet  Access  –  passwords  for      NIST-Visitor  are  in  your  folder  

•  Transporta2on  Ma.ers  –  please  see  Angela  Ellis  or  Tia  Crawford  @  registra2on  desk  

•  This  is  an  open,  public  mee2ng  

•  Press  may  be  in  a.endance  

•  There  will  be  an  open  webinar  broadcast  of  this  mee2ng  

•  Speakers,  please  ask  audience  to  refrain  from  twee2ng/blogging  if  you  so  desire  –  otherwise,  it’s  fair  game  

GENOME-­‐IN-­‐A-­‐BOTTLE  CONSORTIUM  WEBINAR  

you’re  a.ached  to  the…  

Charge  to  Breakout  Groups  

Genome  in  a  Bo.le  Working  Groups  

Reference  Material  Selec2on  &  Design    Andrew  Grupe,  Celera  

• Develop  priori2zed  list  of  whole  human  genomes  for  Reference  Materials  • Iden2fy  candidate  approaches  and  materials  for  ar2ficial  RMs  • Develop  priori2zed  list  

Meaurements  for  Reference  Material  Characteriza2on    Ellio.  Margulies,  Illumina  

• Develop  consensus  plan  for  experimental  characteriza2on  of  Reference  Materials  

Bioninforma2cs,  Data  Integra2on,  and  Data  Representa2on    Steve  Sherry,  NCBI  

• Develop  plan  for  integra2ng  experimental  data  and  forming  consensus  variant  calls  and  confidence  es2mates  • Develop  consensus  plan  for  data  representa2on  

Performance  Metrics  &  Figures  of  Merit      Jus2n  Johnson,  EdgeBio  

• User  interface  to  the  Genome-­‐in-­‐a-­‐Bo.le  Reference  Material  • “Dashboard”  • what  an  end  user  will  see  and  report  to  understand  and  describe  the  performance  of  their  experiment  • variant  call  accuracy  • process  performance  measures  to  enable  op2miza2on  

Map  of  Breakouts  

Some  use  scenarios…  •  Obtain  metrics  for  valida2on,  

QC,  QA,  PT  •  Determine  sources  and  types  

of  bias/error  •  Learn  to  resolve  difficult  

structural  variants  •  Improve  reference  genome  

assembly  •  Op2miza2on  

–  integra2on  of  data  from  mul2ple  plagorms  

–  sequencing  and  analysis  •  Enable  regulated  applica2ons