groupe bacillus cereus

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  • Badji Mokhtar Annaba Universit Badji Mokhtar University Annaba

    FACULTE DES SCIENCES

    DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE

    THESE

    Prsent en vue de lobtention du diplme de

    DOCTORAT EN SCIENCES

    Option : Microbiologie Applique

    Thme

    Prsente par : Mme GUECH FAFFANI pouse LAMARI

    Evalue par le Jury Prsident Mr DJERIBI RIAD Pr Univ. Badji Mokhtar-ANNABA Rapporteur Mme GACEMI KIRANE DJAMILA Pr Univ. Badji Mokhtar-ANNABA Examinateur Mr BENOUARETH DJAMEL EDDINE Pr Univ. 08 Mai 1945 - GUELMA Examinateur Mr HOUHAMDI MOUSSA Pr Univ. 08 Mai 1945 - GUELMA

    Anne 2014-2015

    Les bactries du groupe Bacillus cereus dans les conserves pH peu acide (petits pois) :

    dtection, caractrisation par mthode probabiliste numrise, molculaire

    et antibiorsistance

  • DEDICACES

    A ceux qui me sont chers

    A mes dfunts parents

    A ceux qui mont quitte trs tt :

    Mon beau frre Mr M.Souici et Tonton MD.Aissat

    Merci pour tout ce que vous aviez fait pour moi !!!!

    Que DIEU ait votre me et que le Paradis soit votre

    demeure ternelle.

  • REMERCIEMENTS

    Au terme de ce travail qui a t ralis au laboratoire de Microbiologie

    de lInstitut de Biochimie lUniversit dAnnaba et lInstitut Pasteur de

    Lille (Caractrisation molculaire), je tiens remercier le professeur Nelly

    Cochet, Professeur LUTC de Compigne, pour lintrt quelle a port pour

    la thmatique de ma thse ainsi que Mme Frdrique DE MATOS pour son

    aide prcieuse pour la ralisation du squenage de ma souche.

    Toute ma reconnaissance va Mme D.Kirane Gacemi, Professeur

    lUniversit dAnnaba. Je tiens lui exprimer toute ma gratitude, pour

    mavoir inlassablement encourage, soutenue moralement et aide tout au

    long de la ralisation de mon travail. Pour cela, je la remercie sincrement

    et lui exprime tout mon respect.

    Je remercie vivement Mr R.Djribi, Professeur lUniversit dAnnaba

    pour mavoir fait lhonneur de prsider mon jury de soutenance. Je remercie

    galement Mme B.Djaghri, Professeur LE.N.S.S.M.AL dAlger, Mr

    DE.Benouareth, Professeur lUniversit de Guelma pour lintrt quils ont

    bien voulu porter mon travail en acceptant la lourde charge

    dexaminateurs.

    Un remerciement spcial est aussi adress Mr et Mme D.MESLATI

    Professeurs lUniversit dAnnaba (Dpartement dInformatique) pour leur

    extrme gentillesse, leur disponibilit et leur abngation.

    Toute ma sympathie va lquipe technique du laboratoire de

    Microbiologie, en particulier Mme S.HACHELFI, qui a toujours rpondu

    mes appels. Quelle trouve ici lexpression de toute mon estime.

    Merci tous de mavoir soutenue jusqu laboutissement de cette thse, jespre tre l pour vous comme vous laviez t pour moi.

  • Je fais partie des personnes qui croient mordicus quil ny a de force,

    ni de puissance que par DIEU le tout puissant. Cela tant, je commence par

    le remercier davoir eu la bont de mentourer de personnes formidables

    dans le moment le douloureux de ma vie.

    Cest par une haute gratitude et reconnaissance, que jadresse

    travers cette thse mes vifs remerciements tous ceux qui, de prs ou de

    loin mont aide vaincre ma maladie. Je cite dabord ma petite sur, ma

    grande fille et mon amie Mme GACEMI KIRANE Djamila et les Professeurs

    A.Bendib, chef de service snologie (CPMC Mustapha Bacha Alger) et A.

    Kadi, Ex Recteur de lUniversit Badji Mokhtar et chef du service urologie

    du CHU dAnnaba.

    Toute ma famille, sans oublier mes deux petits curs Ines et Adel

    (Tata Vani) ainsi que leur douce et tendre maman Ghano, son poux Tarik et

    sa belle famille. Merci Sonia pour ta gentillesse, ta sympathie et ta sagesse.

    Je ne peux oublier ceux qui mont aussi tendu la main Alger et Blida. Je

    commencerai, par le Docteur N.Benachenhou, le Docteur A.Boughazi, le

    Docteur MD.Birem (mon neveu et fils), le Docteur M.Moussaoui, Prsident

    de lAssociation EL BADR ainsi que les anges gardiens de Dar El Ihssene

    dont mon frre Rda, ma sur Salima et la respectable Madame A. Berkani.

    Merci Docteur F. Abbassi pour votre accueil trs chaleureux et votre

    humanit, au sein du service de Radiothrapie de la clinique saint Jean de

    Melun France.

    Mme F. Boulares, vous tes une vraie amie, disons une sur et vous le

    serez toujours !

    Ma reconnaissance, va ceux qui ont particulirement assur le

    soutien affectif de ce travail doctoral. Par l, je remercie toute ma famille

    pour son irremplaable et inconditionnel soutien. Cette thse est un peu la

    leur.

    Les mots me manquent pour remercier sa juste valeur, mon poux

    pour sa patience et son soutien psychologique indfectible au travers des

    alas de ma vie.

  • Merci mes grands garons et mes surs davoir toujours t mes

    cts.

    Merci toutes mes nices et tous mes neveux.

  • RsumLaconservationdesalimentsestuncombatconstantcontrelesmicroorganismesdaltration

    et/ou les pathognes de lHomme. Ces bactries sont haut potentiel de rsistance, parmi

    elles,certainessontresponsablesdintoxicationsalimentaires.

    Lobjectif de notre travail est de vrifier la qualit hyginique et marchande de dix lots

    constitus,chacun,decinqbotesdeconservesdepetitspoisimports,normalesetidentiques

    entreelles.

    Toutescesbotesontsubi,dansunpremiertemps,untestdestabilitsuividuncontrlede

    strilit.Cedernieratcompltparuneanalysemicrobiologiqueclassiquepourlamiseen

    culture de tous les types morphologiques observs au cours du contrle de stabilit.

    Lobservation dunemicroflore trs abondante et varie sansmodifications apparentes du

    produit,acaractrisletestdestabilit.

    Lesrsultatsdececontrle,ajoutsceuxde lamiseencultureetde laconfirmationde la

    sporulation,nousontorients vers leprofildesBacillus.Unemicroflorepeuple,enpartie,

    despces plus ou moins toxinognes, a t mise en vidence grce une identification

    biochimiqueparAPI20Eenutilisantunemthodeprobabilistenumriseetunerecherchede

    testscomplmentairestelsquelalcithinase,lacasinaseetlamylase.

    Parmi les espces caractrises figurent principalement B. cereus (42,50%) sous trois profils

    diffrents,B.megaterium (30,40%), B.mycoides (10,73%), B. sphaericus (7,24%), B. pumilus

    (4,60%)etBrevibacillusbrevis(4,53%).

    LestroisprofilsdeB.cereusobtenusprcdemmentonttconfirmsparune identification

    complmentaireparAPI50CHB,enutilisantgalementunemthodeprobabilistenumrise.

    LesquenagedelADNr16SdundesprofilsbiochimiquesobtenusparAPI20EetAPI50CHBa

    montruneaffiliationaugroupeB.cereusavecunpourcentagedesimilaritde99%.

    Le niveaumoyen de contamination des botes de conserves ltude par les bactries du

    groupeB.cereusdontBacilluscereusestde2,7.104UFCpargrammedeproduit.Cetauxest

    voisinduseuilrequispourlapparitiondurisquedetoxiinfectionalimentaire.

    Les isolats du groupe Bacillus cereus confirm par mthode molculaire ont montr une

    multirsistance,desdegrsvariables,visvisdelaplupartdesantibiotiquesutilisstelsque

    la pnicilline, lampicilline, la colistine, le trimthoprime, lamoxycilline, la clindamycine,

    lrythromycineetlattracycline.

    Motscls:Conservesvgtales,petitspois,bactriessporules,identificationprobabilistenumrise,identificationmolculaire,prvalence,antibiorsistance.

  • AbstractFood preservation is a constant battle against weathering microorganisms and/or human

    pathogens.Thesebacteriaarehighresistancepotential,amongthem,someareresponsiblefor

    foodpoisoning.

    The aim of our work is to check the hygienic and marketable quality of ten packs, each

    composedoffivenormalandidenticalcansofimportedpeas.Thesecansweresubmitted,ina

    firststep, toastability test followedbyasterilitycontrol.The latterwassupplementedbya

    conventionalmicrobiological analysis for the cultivation of allmorphological types observed

    during the stability control. The observation of a very large and variedmicroflorawithout

    apparentchangestotheproduct,characterizedthestabilitytest.

    The results of this control, added to those of the cultivation and sporulation confirmation,

    directedustotheprofileofBacillus.Amicroflorapartiallypopulatedbymoreorlesstoxigenic

    species, has been shown through biochemical identification by API 20E using a digitized

    probabilistic method and a search for additional tests such as lecithinase, caseinase and

    amylase.

    Amongthecharacterizedspecies,wecanfindmainlyB.cereus(42.50%)underthreedifferent

    profiles, B. megaterium (30.40%), B. mycoides (10.73%), B. sphaericus (7.24%) B. pumilus

    (4.60%)andBrevibacillusbrevis(4.53%).

    The three profiles of B. cereus obtained previously were confirmed by an additional

    identificationwithAPI50CHB,alsousingadigitizedprobabilisticmethod.16SrDNAsequencing

    of one of the biochemical profiles obtainedwithAPI 20E andAPI 50CHB showed B. cereus

    groupmembershipwithasimilaritypercentageof99%.

    ThecontaminationaveragelevelofcansunderconsiderationbythebacteriaofB.cereusgroup

    includingBacilluscereus is2,7.104CFUpergramofproduct.Thisrate isclosetotherequired

    thresholdforthefoodpoisoningriskoccurrence.

    IsolatesofBacilluscereusgroupconfirmedbymolecularmethodshowed,atvariabledegrees,a

    multiresistancetowardsthemajorityo

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