Homology modeling, molecular

dynamic simulation

and docking studies of cyclin

dependent kinase 1

Lei Zhang, Huawei Zhu, Qiang Wang, Hao

Fang,

Wenfang Xu, Minyong Li Autor:

Jon Luzuriaga

INTRODUCCIÓN

INTRODUCCIÓN

OBJETIVO

Modelar la estructura teórica de CDK-

1 y simular interacciones con sus

inhibidores para conocer las

modificaciones químicas y

optimización necesaria para

mejorarlos.

EXPLICACIÓN

Homología

◦ Mejorar la eficiencia y racionalidad para el

desarrollo de inhibidores de CDK1.

Fue verificada la buena calidad de la

estructura para analizar.

Dinámica molecular

◦ Conocer las propiedades estructurales.

◦ Detalles de unión del complejo

Flavopiridol-CDK1.

EXPLICACIÓN

Acoplamiento y modelamiento

farmacofórico

◦ Estudiar interacción entre otros

inhibidores y los residuos centrales.

◦ Así conocer la estructura necesaria de los

inhibidores de la unión a CDK1.

RESULTADOS y DISCUSIÓN

Verificación del modelo construido

CDK TIPO % COMPARTIDO RMSD

CDK2 64 1,241

CDK4 44 1,337

CDK5 56 0,748

CDK6 46 0,967

CDK7 44 1,258

CDK9 41 0,813

RESULTADOS y DISCUSIÓN

RESULTADOS y DISCUSIÓN

Simulación de dinámica molecular

RESULTADOS y DISCUSIÓN

RESULTADOS y DISCUSIÓN

RESULTADOS y DISCUSIÓN

RESULTADOS y DISCUSIÓN Análisis de

acoplamiento

RESULTADOS y DISCUSIÓN

CONCLUSIÓN

Para diseñar inhibidores más potentes

◦ Tiene que haber múltiples dadores y

aceptores de puentes de H.

◦ La cadena lateral que se extiende al

bolsillo más grande debe ser prolongado

Grupos hidrófobos- Unión al bolsillo

hidrofóbico.

Terminación átomos polares- Unión a Leu83

◦ Algunos átomos de oxigeno deben ser

reemplazados por átomos de nitrógeno y

sulfuro en la apertura del bolsillo.