HongosMastigomycotina:Siempre al medio acuático, y poseen un aspecto diverso en el que no producen micelio tubular ni hifas. Su talo puede ser unicelular y se dan dos tipos: holocárpico en el que el talo se transforma en un zoosporangio, y eucárpico en el que el zoosporangio emite una serie de hifas afiladas llamadas rizoides.

Zygomycotina:

No poseen células móviles, y, aunque son terrestres, pueden volver al medio acuático, pero sin formar zoosporas, mediante una readaptación. Su reproducción sexual es por gametangiogamia, es decir, fusión de gametos y su reproducción asexual es por esporas inmóviles.

Ascomycotyna:

Es el grupo más numeroso de eumycota con aproximadamente 28.500 especies, su micelio es septado por septos simples, y producen ascas o ascos que son meiosporangios microscópicos unicelulares, que forman ascosporas que son esporas de origen sexual. Su formación está precedida por el final de la dicariofase y en su interior se produce la cariogamia y la meiosis. La fase de las ascas, corresponde a la fase sexual, el teleomorfo, que es al se perfecta de la reproducción. Muchos ascomicetos se reproducen por conidios (mitósporas, dispersadas por el viento), esta fase se llama anamorfo que es la fase asexual o imperfecta de reproducción.

Deuteromycotina:

Son un grupo artificial de hongos imperfectos que no tienen o no se conoce su fase formadora de ascas, es decir, no tienen o no se conoce el cuerpo fructífero. Muchos tienen la fase asexual de los ascomicetos y su fase sexual no se conoce y pudiera ser que la hayan perdido y tengan un ciclo parasexual. Son unos hongos tan simples que es difícil elegir una característica para diferenciarlos y finalmente se hace en base a los conidios y su formación que todos comparten.

Basidiomycotina:

Son los hongos más desarrollados, con 16.000 especies. Junto con los ascomicetos constituyen la división deuteromicotes. Su micelio es septado haploide, aunque más normalmente sea dicariótico n+n. Su pared celular está formada por quitina y sus septos son simples o con doliporos de complejo doliporo-parentosoma. La mayoría tienen cuerpos fructíferos muchos de ellos macroscópicos, son las setas. Su dicariofase es larga y se mantiene por clamp-connections o fíbulas. Los basidios son meiosporangios al igual que las ascas, producen en su exterior basidiosporas, esporas de origen sexual, sobre pedúnculos o esterigmas. Algunos forman rizomorfas.