identifikasi marka rflp untuk toleransi terhadap keracunan

10
236Sutrisno et al.: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan Besi pada Padi Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan Besi Pada Padi di Indonesia Sutrisno, I. H. Somantri, T. Suhartini, S. Rianawati, ^- Sustiprijatno, KL R. Trijatmiko, TJ. Santosa, S. Moeljopawiro / Balai Penelitian Bioteknologi Tanaman Pangan ABSTRAK Suatu penelitian dilakukan untuk tujuan mengidentifikasi tetua-tetua padi yang menunjuk- kan toleran atau peka terhadap keracunan besi, mensurvai polimorfisme antara tetua-te tua toleran dan peka, mempelajari keterkaitan antara marka-RFLP dan toleransi terhadap keracunan besi. Suatu kajian lapang yang dilaksanakan di Tamanbogo, Lampung pada tanah sawah yang mengandung sekitar 175 ppm Fe, menunjukkan bahwa padi varietas Mahsuri, Batang Ombiiin, BW 267-3, dan KDM 105, adalah toleran terhadap keracunan besi, sedangkan varietas IR 64 dan Sei Lilin adalah peka. Suatu survai polimorfisme antara tetua toleran (Batang Ombiiin, BW 267-3, Mahsuri) dan peka (IR64 dan Sei Lilin) menggunakan kombinasi 5 enzim restriksi dan 43 klon DNA menunjukkan bahwa 42 kombinasi enzim-klon DNA menghasilkan polimorfisme antara tetua-tetua tersebut. Sedangkan survai polimorfisme antara tetua toleran (Mahsuri) dan peka (IR64) menggunakan kombinasi 5 enzim restriksi dan 43 klon DNA, menunjukkan bahwa 18 kombinasi enzim-klon DNA menghasilkan polimorfisme antara kedua tetua tersebut. Dari 86 klon DNA yang digunakan untuk hibridisasi, 23 klon DNA tidak terjadi hibridisasi dengan fragmen DNA padi hasil potongan kelima enzim restriksi yang diuji. Dari kombinasi enzim-klon DNA yang menunjukkan polimorfisme tersebut, 22 kombinasi enzim-klon DNA digunakan untuk kajian keterpautan pada 24 individu F2 hasil silangan Mahsuri/IR64. Hasil kajian keterpautan tersebut menunjukkan bahwa 4 kombinasi, yaitu R202-EcoRV, RZ144-Hindlll, RZ450-Pstl, dan RZ721-Pstl berpeluang besar untuk terpaut dengan gen toleransi terhadap keracunan besi pada varietas Mahsuri. Kajian keterpautan perlu dilanjutkan dengan menggunakan individu F2 yang lebih banyak dan kombinasi enzim-klon DNA yang lain. Kata kunci: Marka RFLP, keracunan besi, padi ABSTRACT Experiments were carried out to identify parents of rice that shows tolerance or suscep tible to iron toxicity, to survey polymorphism between tolerance and susceptible parents, and to study the linkage between RFLP markers and tolerance to iron toxicity. Results of field study, carried out at Tamanbogo, Lampung on lowland area contained 175 ppm Fe, revealed that rice cultivar of Mahsuri, Batang Ombiiin, BW 267-3, dan KDM 105, showed tolerance to iron toxicity, while cultivar of IR64 and Sei Lilin showed susceptible. A survey of polymorphisme between tolerance parents (Batang Ombiiin, BW 267-3, Mahsuri) and susceptible one (IR64 dan Sei Lilin) using combination of 5 restriction enzim and 43 clon DNA indicated that 42 combinations of enzim-clone DNA yielded polymorphism among these parents. In other polymorphism survey between tolerance (Mahsuri) and suscep tible parent (IR64) using combination of 5 restriction enzim and 43 clones DNA, revealed that 18 combination of enzim DNA clone yielded polymorphism between the two parents. Out of 86 clones DNA tested in hybridization, 23 clon DNA hybridized with DNA frag-

Upload: others

Post on 19-Oct-2021

1 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan

236Sutrisno et al.: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan Besi pada Padi

Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadapKeracunan Besi Pada Padi di Indonesia

Sutrisno, I. H. Somantri, T. Suhartini, S. Rianawati, ^-

Sustiprijatno, KL R. Trijatmiko, TJ. Santosa, S. Moeljopawiro /

Balai Penelitian Bioteknologi Tanaman Pangan

ABSTRAK

Suatu penelitian dilakukan untuk tujuan mengidentifikasi tetua-tetua padi yang menunjuk-kan toleran atau peka terhadap keracunan besi, mensurvai polimorfisme antara tetua-tetua toleran dan peka, mempelajari keterkaitan antara marka-RFLP dan toleransi terhadapkeracunan besi. Suatu kajian lapang yang dilaksanakan di Tamanbogo, Lampung padatanah sawah yang mengandung sekitar 175 ppm Fe, menunjukkan bahwa padi varietasMahsuri, Batang Ombiiin, BW 267-3, dan KDM 105, adalah toleran terhadap keracunanbesi, sedangkan varietas IR 64 dan Sei Lilin adalah peka. Suatu survai polimorfismeantara tetua toleran (Batang Ombiiin, BW 267-3, Mahsuri) dan peka (IR64 dan Sei Lilin)menggunakan kombinasi 5 enzim restriksi dan 43 klon DNA menunjukkan bahwa 42kombinasi enzim-klon DNA menghasilkan polimorfisme antara tetua-tetua tersebut.Sedangkan survai polimorfisme antara tetua toleran (Mahsuri) dan peka (IR64)menggunakan kombinasi 5 enzim restriksi dan 43 klon DNA, menunjukkan bahwa 18kombinasi enzim-klon DNA menghasilkan polimorfisme antara kedua tetua tersebut. Dari86 klon DNA yang digunakan untuk hibridisasi, 23 klon DNA tidak terjadi hibridisasidengan fragmen DNA padi hasil potongan kelima enzim restriksi yang diuji. Darikombinasi enzim-klon DNA yang menunjukkan polimorfisme tersebut, 22 kombinasienzim-klon DNA digunakan untuk kajian keterpautan pada 24 individu F2 hasil silanganMahsuri/IR64. Hasil kajian keterpautan tersebut menunjukkan bahwa 4 kombinasi, yaituR202-EcoRV, RZ144-Hindlll, RZ450-Pstl, dan RZ721-Pstl berpeluang besar untukterpaut dengan gen toleransi terhadap keracunan besi pada varietas Mahsuri. Kajianketerpautan perlu dilanjutkan dengan menggunakan individu F2 yang lebih banyak dankombinasi enzim-klon DNA yang lain.

Kata kunci: Marka RFLP, keracunan besi, padi

ABSTRACT

Experiments were carried out to identify parents of rice that shows tolerance or susceptible to iron toxicity, to survey polymorphism between tolerance and susceptible parents,and to study the linkage between RFLP markers and tolerance to iron toxicity. Results offield study, carried out at Tamanbogo, Lampung on lowland area contained 175 ppm Fe,revealed that rice cultivar of Mahsuri, Batang Ombiiin, BW 267-3, dan KDM 105, showedtolerance to iron toxicity, while cultivar of IR64 and Sei Lilin showed susceptible. A surveyof polymorphisme between tolerance parents (Batang Ombiiin, BW 267-3, Mahsuri) andsusceptible one (IR64 dan Sei Lilin) using combination of 5 restriction enzim and 43 clonDNA indicated that 42 combinations of enzim-clone DNA yielded polymorphism amongthese parents. In other polymorphism survey between tolerance (Mahsuri) and susceptible parent (IR64) using combination of 5 restriction enzim and 43 clones DNA, revealedthat 18 combination of enzim DNA clone yielded polymorphism between the two parents.Out of 86 clones DNA tested in hybridization, 23 clon DNA hybridized with DNA frag-

Page 2: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan

Prosiding Seminar Perhimpunan Bioteknologi Pertanian Indonesia237

mens of rice. From the combination of enzim-clon DNA showed polymorphism, 22 combinations was used in linkage study on 24 individues of F2 crossed between Mahsuriand IR64. Results of linkage study indicated that 4 combinations, namely R202-EcoRV,RZ144-Hindlll, RZ450-Pstl, and RZ721-Pstl showed a high probability to link with genestolerance to iron toxicity on cultivar of Mahsuri. Further study is needed to determineclone DNA which is tightly linked with tolerance genes to iron toxicity.

Key words: RFLP marker, iron toxicity, rice.

PENDAHULUAN

Apabila DNA genom padi dipotong-potong dengan enzim restriksi, maka DNA ituakan terpotong pada tempat restriksi (pada urutan tertentu DNA). Jika dua tetua padiberbeda satu nukleotida saja pada tempat restriksi, maka enzim restriksi akanmemotong DNA tetua padi yang satu tetapi tidak yang lain. Dengan demikian kerjaenzim restriksi akan menghasilkan fragmen restriksi (fragmen DNA) yang berbeda-beda panjangnya, yang kemudian disebut polimorfisme panjang fragmen restriksi{restriction fragmen length polymorphism) atau disingkat RFLP. RFLP ini dapatdigunakan sebagai marka DNA. Marka DNA ini dapat dimanfaatkan untuk berbagaikeperiuan, antara lain untuk membantu dalam seleksi progeni hasil silangan,

pemetaan gen-gen, dan pengklonan gen-gen.

Lebih dari 600 marka RFLP telah disusun pada suatu peta molekuler (McCouchet al., 1988; Tanksley et al., 1992). Ishii et al. (1993) menunjukkan bahwa marka RFLPRG457 terpaut dengan gen ketahanan terhadap wereng batang coklat, sedangkanCDO98 terpaut dengan gen pembungaan awal. Namun demikian, sampai sekarang

belum diketahui marka RFLP yang terkait erat dengan gen-gen toleransi terhadapkeracunan besi. Padahal marka RFLP tersebut akan bermanfaat dalam upaya pemu-liaan padi untuk memperoleh varietas padi yang toleran terhadap keracunan besi.

Marka RFLP tersebut dapat diperoleh dengan cara menyaring klon-klon DNAyang telah tersedia. Dewasa ini telah tersedia ratusan klon-klon DNA padi yangmerupakan potongan-potongan dari kromosom satu sampai dengan 12 (Tanksley et

al., 1992). Apabila klon DNA tersebut dapat ditemukan, maka akan tersedia markaRFLP yang dapat membantu dalam seleksi progeni yang mengandung gen toleransiterhadap keracunan besi, memetakan gen toleransi keracunan besi, dan mengisolasi

dan mengklonkan gen toleransi keracunan besi.

Hasil penelitian bioteknologi tersebut akan mendukung program perbaikan padi,khususnya padi toleran keracunan besi. Apabila varietas toleran keracunan besi

dapat ditemukan, maka lahan bermasalah keracunan besi seluas satu juta hektaryang terse^ar di lahan pasang surut, lahan sawah berdrainase buruk, dan lahan

bukaan baru (Ismunadji, 1990) dapat dijadikan tempat produksi padi.

Laporan ini mengemukakan hasil identifikasi marka RFLP yang terpaut eratdengan gen keracunan besi pada padi selama tahun anggaran 1995/96 dan 1996/97.

Page 3: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan

238Sutrisno et al.: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi lerhadap Keracunan Besi pada Padi

BAHAN DAN METODE

* ^aterial Tanaman

Penelitian ini menggunakan beberapa tetua toleran dan peka serta^ Fl dan F2hasil silangan tetua Mahsuri (toleran) dan IR64 (peka). Tetua tolerart dan pekatersebut dipilih berdasarkan hasil pengujian di Tamanbogo, Lampung yahg lahannyamengandung besi sekitar 175 ppm.

Tetua toleran dan peka, serta Fl ditanam pada tanah dalam pot. Setelah

tanaman berumur satu bulan, daun padi dipanen untuk diisolasi DNA-nya. Populasi

F2 ditanam di lapang (Tamanbogo). Setelah tanaman populasi F2 berumur satubulan, individu tanaman itu diamati gejala keracunan besinya dengan metode

skoring (IRRI, 1988). Pada waktu yang bersamaan, sampel daun padi F2 diambil dandibawa ke laboratorium untuk diekstrak DNA-nya.

Isolasi DNA

Total DNA genom tetua toleran, peka, Fl dan populasi F2 diisolasi dari daunmenggunakan metode Dellaporta etal. (1983).

Analisis RFLP

Lima enzim restriksi, yaitu EcoRl, EcoRV, Hindlll, PstI, dan Xbal dipakai untukSouthern-based RFLP. Sebanyak 86 klon DNA yang terletak pada kromosom satusampai dengan 12 yang diperoleh dari Dr. S.R. McCouch, Cornell University, Ithaca,New York digunakan dalam survei polimorfisme. Nama klon DNA, ukuran pasanganbasa, dan letaknya pada kromosom dapat dilihat pada Tabel 1. Tetua-tetua yang

digunakan dalam survei polimorfisme adalah Mahsuri, Batang Ombilin, BW267-3, SeiLilin, dan IR64.

Lima enzim restriksi tersebut, tetua Mahsuri dan IR64, serta Fl dan F2silangannya, digunakan dalam studi keterpautan. Sebanyak 22 klon DNA yang telahterbukti menunjukkan adanya polimorfisme antara tetua Mahsuri dan IR64 digunakanuntuk studi keterkaitan tersebut.

DNA (5-10 |jg) dipotong-potong dengan masing-masing enzim restriksi, kemudi-

an dielektroforesis semalam dengan voltase 20 V, pada 1,0% gel agarose denganbufer TBE. Fragmen DNA ditransfer ke membran nilon, kemudian dihibridisasi

dengan klon DNA yang telah dilabel dengan pelabel nonradioaktif, yaitu digoxigenin-dUTP. Signal dideteksi dengan khemiluminesen, yaitu Lumiphos atau CSPD,menggunakan metode deteksi seperti yang dilakukan oleh Panaud et al. (1993).

Page 4: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan

239Prosiding Seminar Perhimpunan Bioteknologi Pertanian Indonesia

6544

1116

1051626

10121057416

1010514

12

127193985616837,56

chr.No.

1,21,70,42,20,91.01,31,62,11,61,30,91,51,40,50,70,71,30,90,71,00,91,40,70,61,10,7

0,64,10,90,60,52,41,70,51,31,91,50,90,91,50,6

Ukuran (kb)

RG138RG207RG 122RG91RG1109RG811RG213RG752RG697RG462RG445RG73RG64RZ337RZ 397RZ561RZ244RZ753RZ74ORZ730RZ588RZ421RZ337RZ556RZ566RG788RG543RG617RZ816RZ721RZ288RZ206RZ452RZ422RZ66RZ67RZ450CDO 54RZ144RG28RZ393RG556RZ242

Klon DNA

86858483828180797877767574737271706968676665646362616059585756555453525150494847464544

No

631485467646

111235155

114

1232317

122721481

11112

1012122

11

chr.No.

1,00,70,50,81,30,71,31,21,40,71,40,91,21,00,91,01,31,82,83,01,01,21,80,61,20,40,81,40,81,00,71,30,91,20,71,50,91,21,41,31,41,50,8

Ukuran (kb)

R 111R265AR37R374R202RZ182RG329RG456RZ989RZ612RZ879CDO17CDO 365R887R321R521R476R188RZ296RZ797RZ717RG457RZ284RZ103RG450RG236RG351RG181RG144RG272RG 171RZ744RZ69RZ562RZ776RG2RG304RG139RG136RG396RG190RG365RG16

Klon DNA

43424140393837363534333231302928272625242322212019181716151413121110987654321

No.

Tabel 1. Daftar klon DNA yang diidentifikasi keterpautannya dengan gen-gen toleransi keracunan besi. Balitbio1995-1997.

Page 5: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan

HASIL DAN PEMBAHASAN

Setelah DNA tetua-tetua Mahsuri; Batang Ombilin, BW 267-3, Sei Lilin, atau IR64dipotong-potong dengan enzim restriksi EcoRI, EcoRV, HindHI, PstI, ataff Xbal,kemudian dihibridisasi dengan 86 klon DNA, ternyata bahwa 63 klon DN^ terjadihibridisasi, sedangkan 23 klon DNA tidak terjadi hibridisasi dengan DNA tetua-tetuatersebut. Tidak terjadinya hibridisasi tersebut dapat disebabkan oleh beberapa hal,antara lain fragmen DNA padi yang diuji tidak ada yang homolog dengan klon DNA,dan kemungkinan lain adalah terjadi hibridisasi tetapi signal terlalu lemah sehinggasignal tidak terdeteksi. Analisis RFLP dengan metode deteksi signal yang lebihsensitif, misalnya dengan zat radioaktif, akan dapat menunjukkan penyebab tidakterjadinya hibridisasi ke-23 klon DNA tersebut.

Fragmen DNA padi hasil potongan lima enzim restriksi dan yang terjadihibridisasi dengan 63 klon DNA yang dihasilkan dari penelitian ini kemudian dirincijumlah fragmen, ukuran pasangan basa fragmen, dan ada/tidaknya fragmen tersebut

pada populasi tanaman yang diuji. Perincian tersebut menghasilkan informasitentang adanya polimorfisme antara tetua-tetua yang diuji (Tabel 2).

Banyaknya kombinasi klon DNA-enzim yang menunjukkan polimorfisme antara

Mahsuri dan Sei Lilin, Batang Ombilin dan Sei Lilin, BW267-3 dan Sei Lilin, Mahsuridan IR64, Batang Ombilin dan IR64, dan BW267-3 dan 1R64 berturut-turut adalah 38,20, 23, 58, 8, dan 8 kombinasi. Kombinasi klon DNA-enzim yang menghasilkanfragmen restriksi polimorfis tersebut untuk selanjutnya akan digunakan dalam studiketerpautan marka RFLP dengan gen toleransi keracunan besi.

Pada penelitian ini, tetua-tetua yang dipilih untuk studi keterpautan adalahMahsuri dan IR64. Pilihan tersebut mendasarkan pada pertimbangan bahwa keduatetua tersebut menunjukkan perbedaan yang jelas dalam responnya terhadap

keracunan besi.

Dari 58 kombinasi klon DNA-enzim yang menunjukkan polimorfisme antara tetuaMahsuri dan IR64, kemudian dipilih 22 kombinasi untuk studi keterpautan padapopulasi F2. Studi keterpautan tersebut diawali dengan analisis RFLP terhadap 24individu F2 yang terdiri dari individu yang memiliki skor keracunan besi 3, 5, dan 7.Dengan asumsi bahwa skor 3, 5, dan 7 berturut-turut adalah individu yang homozigos

toleran, heterozigos, dan homozogos peka terhadap keracunan besi.

Hasil analisis RFLP F2 tersebut disusun dalam bentuk matrik seperti yang ter-cantum pada Tabel 3. Studi keterpautan pendahuluan ini dimaksudkan untukmemilih kombinasi klon DNA-enzim yang memberikan peluang besar terpaut dengangen toleransi keracunan besi. Kombinasi klon DNA-enzim yang memberikan peluang

besar tersebut untuk selanjutnya akan diujikan pada lebih dari 100 individu F2.

Pemilihan kombinasi klon DNA-enzim tersebut mendasarkan pada pola distribusigenotipe 11 (homozigos toleran), genotipe 12 (heterozigos), genotipe 22 (homozigos

240Sutrisno et al.: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan Besi pada Padi

Page 6: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan

Prosiding Seminar Perhimpunan Bioteknalogi Pertanian Indonesia241

peka) pada individu F2 yang memiliki skor keracunan besi 3, 5, dan 7. Sebagaipegangan sementara, kombinasi klon DNA-enzim yang berpeluang besar adalah yangmemenuhi kriteria (1) apabila genotipe 11 banyak dijumpai pada individu yangmemiliki skor 3, tetapi tidak/hampir tidak ada pada individu yang memiliki skor 7,dan (2) apabila genotipe 22 banyak dijumpai pada individu yang memiliki skor 7,tetapi tidak/hampir tidak ada pada individu yang memiliki skor 3.

Dari 22 kombinasi klon DNA-enzim yang dianalisis, temyata bahwa hanya empatkombinasi yang mempunyai peluang besar untuk diuji selanjutnya. Kombinasitersebut adalah R 202-EcoRV, RZ 144-Hind 111, RZ 450-Pstl, dan RZ 721-PstI (Tabel 3).Mengingat bahwa kombinasi klon DNA-enzim yang diidentifikasi berpeluang terpautdengan gen toleransi keracunan besi hanya ada empat kombinasi, sedangkan studi

genetik mengindikasikan bahwa gen toleransi keracunan besi adalah poligenik,maka perlu penelitian lebih lanjut untuk mendapatkan kombinasi klon DNA-enzimyang memadai. Kombinasi klon DNA-enzim tersebut akan sangat bermanfaat dalam

analisis QTL di kelak kemudian hari.

Page 7: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan

Sutriano et al.: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan Besi pada Padi242

RZ 66-XbalCDO 54-Xbal

RG 136-XbalCDO 54-Xbal

RZ 566-EcoRIRZ 566-EcoRVRG 788-XbalRG 543-XbalRG617-EcoRIRZ721-XbalRZ 452-PstlR111-XbalR 887-PstlRZ717-XbalRG 450-EcoRVRG144-XbalRZ 556-EcoRVCDO 54-Xbal

RG 543-Hind IIIRZ816-XbalRZ 288-EcoRVRZ 66-XbalRZ 144-Hindlll

RZ 566-PstlRG 543-Xbal,RZ721-XbalRZ 206-XbalRZ 66-Xbal

RZ 556-HindlllRZ 566-PstlRG 788-EcoRIRG 543-EcoRIRG617-HindlllRZ721-PstlRZ 206-EcoRIRZ 72f-PstlRZ14^EcoRI

RG 28-EcoRVRZ 450-Pstl

RZ 66-XbalRZ 450-Pstl

RZ 556-XbaRG 788-PstlRG788-EcoRVRG 543-EcoRVRG617-XbalRZ721-EcoRVRZ 66-XbalR 202-EcoRIR 887-HindlllRZ 284-HindlllRG 236-HindlllRG171-coRVRZ 144-H/ndlllRZ 450-Psfl

RZ 566-HindlllRG 543-EcoRVRZ721-PstlRZ 206-HindlllRG 556-EcoRVRZ 144-EcoRI

RZ 566-EcoRVRG 543-EcoRVRZ721-EcoRVRZ 452-PstlRZ 144-Xbal

RZ 556-EcoRIRZ 566-EcoRVRG 788-XbalRG 543-Xbal,RG617-EcoRIRZ721-XbalRZ 206-XbalRZ422-EcoRVCDO 54-Xbal

RZ 144-HindlllRZ 450-Xbal

RZ 144-HindlllRZ 450-Xbal

RZ 556-PstlRZ 556-EcoRVRG 788-HindlllRG 543-Hindlll,RG617-PstlRG617-ECORVRZ 288-EcoRVRG 556-EcoRVRZ 989-HindlllR 188-EcoRVRG 103-EcoRIRG351-EcoRIRG136-XbalRZ 144-EcoRIRZ 450-Xbal

RZ 566-EcoRIRZ816-PstlRZ721-XbalRZ 206-EcoRIRZ 242-EcoRVRZ 450-Psfl

RG 543-Hind IIIRZ816-EcoRVRZ 206-HindlllRZ 422-EcoRVRZ 450-Pstl

RZ 556-XbalRG 788-PstlRG 788-EcoRVRG 543-EcoRVRG617-XbalRZ 288-EcoRVRG 556-EcoRVRZ 66-XbalRZ 450-Pstl

RZ 144-XbalRZ 450-EcoRV

RZ 144-EcoRIRZ 450-EcoRV

RZ 566-HindlllRZ 566-PstlRG 788-EcoRIRG 543-EcoRIRG617-HindlllRZ721-PstlRZ 206-EcoRIRZ 242-EcoRVRZ612-EcoRIRZ717-PstlRG 450-XbalRG351-ECORVRZ 66-PstlRZ 144-XbalRZ450-ECORV

RZ 566-EcoRVRZ816-ECORIRZ721-EcoRVRZ 206-XbalRG 28-EcoRVRZ 450-Xbal

RG 543-EcoRIRZ721-PstlRZ 206-EcoRI,RZ 66-PstlRZ 450-Xbal

RZ 556-PstlRZ 556-EcoRVRG 788-HindlllRG 543-HindlllRG617-PstlRG617-EcoRVRZ 206-HindlllRZ 242-EcoRVRZ 556-EcoRVRZ 450-Xbal

Kombinasi prob-enzim yang menunjukkan polimorfisme

/IR64BW267-3

IR64Bat. Ombilin/

IR64Mahsuri/

/Sei LilinBW267-3

Sei LilinOmbilin/Batang

Sei LllinMahsuri/

dan pekaTetua toleran

6

5

4

3

2

1

No

Tabel 2. Kombinasi prob-enzim yang menunjukkan polimorfisme antara varietas toleran dan peka terhadapkeracunan besi.

Page 8: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan

243Prosiding Seminar Perhimpunan Bioteknoiogi Pertanian Indonesia

7734

152

7

2139

798

18-6

4, 7

13

5136

68

10

6108

00

24

14

10

1176

Total

413

40

4

242

611

6-2

251

251

323

422

008

4-4

602

(SS, Skor 7)Peka

2. •. 5 ' ' "•

1 .

to en1

062

080

6

2

224

314

044

134

008

7

1

242

(RS, Skor 5)Toleran

170

60

2

035

107

6

2

008

071

323

152

008

3-5

332

(RR,Skor3)Toleran

Banyaknya tanaman dengan reaksi terhadap keracunan besib

221211

R202 pndlll)311

R 111 (Pstl)221211

RZ 450 (Pstl)221211

RZ144 (Hindlll)221211

RG 136 (Xbal)221211

R 202 (EcoRV)221211

RG171 (Xbal)221211

RG236 (Hindlll)221211

RG 556 (EcoRV)221211

RZ 721 (EcoRV)221211

RZ 450 (Xbal)221211"

RZ 422 (EcoRV)

Genotipe

Tabel 3. Kosegregasi marka RFLP dan toleransi terhadap keracunan besi pada F2 hasil silangan Mahsuri(toleran) and IR64 (peka).

Page 9: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan

Sutrisno et al.: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan Besi pada Padi244

*1= alel dari Mahsuri: 2= alel dari IR 64"Ditetapkan berdasarkan pada reaksi populasi F2 terhadap keracunan besi.

2166

6144

9150

4-

20

39

12

4164

1185

3183

18-6

413

. 6•t

Total

260

170

440

1

7

017

233

125

143

7-1

224

(SS, Skor 7)Peka

062

440

440

2

6

044

170

530

260

6

2

151

(RS, Skor 5); Toleran

044

134

170

1

7

341

161

530

080

5-3

161

(RR, Skor3)Toleran • •

Banyaknya tanaman dengan reaksi terhadap keracunan besi"

221211

RZ 721 (Pstl)221211

RG 450 (EcoRV)221211

RG 543 (Xbal)221211

RG 543 (Hindlll)221211

RG 171 (EcoRI)221211

RG351 (EcoRI)221211

RG 351 (EcoRV)221211

RZ612 (EcoRI)221211

RZ816(Xbal)221211

RG 543 (EcoRV)

Genotipe

Tabel 3. (lanjutan).

Page 10: Identifikasi Marka RFLP untuk Toleransi terhadap Keracunan

Prosiding Seminar Perhimpunan Bioleknologi Pertanian Indonesia245

DAFTAR PUSTAKA

Dellaporta, S.L, J. Wood, and J.B. Hick. 1983. A plant DNA minipreparation:

version II. Plant Mol. Biol. Rep. 1: 19-21.

International Rice Research Institute. 1988. Standard evaluation system for rice.IRRI, Los Banos, Philippines. 54p.

Ishii, T., D.S. Brar, D.S. Multani, and G.S. Khush. 1993. Molecular tagging of genesfor brown planthopper resistance and earliness introgressed from Oryza

australiensis into cultivated rice, O. sativa. Genome.Vol.37: 217-221.

Ismunadji, M. 1990. Allevating iron toxicity in lowland rice. Indonesian Agric. Res.

and Develop. Jour. 12(4): 67-72.

McCouch, S.R. and G. Kochert, Z.H. Yu, Z.Y. Wang, G.S. Khush, W.R. Coffman,and S.D. Tanksley. 1988. Molecular mapping of rice chromosomes. Theor. Appl.

Genet. 76:815-829.

Panaud O., G. Magpantay, and S.R. McCouch. 1993. A protocol for non-radioactive

DNA labelling and detection in the RFLP analysis of rice and tomatoes usingsingle copy probes. Plant Mol. Biol. 11(1).

Tanksley, S., M. Causee, T. Fulton, N. Ahn, Z. Wang, K. Wu, J. Xiao, Z. Yu, G.

Second, and S. McCouch. 1992. A high density molecular map of the ricegenome. Rice Genet. Newsl. 9: 111-115.

UCAPAN TERIMA KASIH

Kami mengucapkan terima kasih kepada Dr. Susan R. McCouch yang telahmemberikan klon DNA Penelitian ini dibiayai terutama dari Proyek Riset UnggulanTerpadu, No. 3207/SP-KD/PPIT/IV/95.