ANKARA ÜNİVERSİTESİ

FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

DOKTORA TEZİ

İVESİ KOYUN IRKINDA GENETİK ÇEŞİTLİLİK İLE VERİM ÖZELLİKLERİ

ARASINDAKİ İLİŞKİLER

İlkay BARITCI

ZOOTEKNİ ANABİLİM DALI

ANKARA 2007

Her hakkı saklıdır

Prof.Dr. Ayhan ELİÇİN danışmanlığında, İlkay BARITCI tarafından hazırlanan “İvesi

Koyun Irkında Genetik Çeşitlilik ile Verim Özellikleri Arasındaki İlişkiler” adlı tez

çalışması 30/11/2007 tarihinde aşağıdaki jüri tarafından oy çokluğu ile Ankara

Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Zootekni Anabilim Dalı’nda DOKTORA TEZİ

olarak kabul edilmiştir.

Başkan: Prof.Dr. Ayhan ELİÇİN İmza:

Ankara Üniversitesi, Zootekni Anabilim Dalı

Üye: Prof.Dr. Gürsel DELLAL İmza:

Ankara Üniversitesi, Zootekni Anabilim Dalı

Üye: Prof.Dr. Cengiz SANCAK İmza:

Ankara Üniversitesi, Tarla Bitkileri Anabilim Dalı

Üye: Doç.Dr. Mehmet Ali YILDIZ İmza:

Ankara Üniversitesi, Zootekni Anabilim Dalı

Üye: Doç.Dr. Birol DAĞ İmza:

Selçuk Üniversitesi, Zootekni Anabilim Dalı

Yukarıdaki sonucu onaylarım.

İmza:

Prof.Dr. Ülkü MEHMETOĞLU

Enstitü Müdürü

i

ÖZET

Doktora Tezi

İVESİ KOYUN IRKINDA GENETİK ÇEŞİTLİLİK İLE VERİM ÖZELLİKLERİ

ARASINDAKİ İLİŞKİLER

İlkay BARITCI

Ankara Üniversitesi

Fen Bilimleri Enstitüsü

Zootekni Anabilim Dalı

Danışman: Prof.Dr. Ayhan ELİÇİN

Bu araştırma, Güneydoğu Anadolu Tarımsal Araştırma Enstitüsü’nde kayıtlı olarak yetiştiriciliği yapılan 81 baş İvesi ırkı koyundan elde edilen DNA örneklerinde gerçekleştirilmiştir. OarFCB20, OarFCB128 ve OarFCB304 mikrosatelit lokuslarında genetik polimorfizm değerlerinin incelendiği araştırmada OarFCB20 lokusunda 86-116 baz arasında 16, OarFCB128 lokusunda 92-122 bazlar arası 11 ve OarFCB304 lokusunda 138-190 bazlar arasında ise 22 adet allel gözlenmiştir. Laktasyon süt verimleri bakımından gruplandırılan İvesi koyun ırkından koyunlarda gruplara özgün olarak tespit edilen alleller, OarFCB20 lokusunda yüksek verim grubu 110 bazlık allel ve OarFCB128 lokusunda orta verim grubu 108 baz allelidir. Genel grubu için gözlenen heterozigotluk değerleri, OarFCB20 lokusunda 0,901; OarFCB128 lokusunda 0,654 ve OarFCB304 lokusunda ise 0,667 olarak hesaplanmıştır. Araştırmada hesaplanan parametreler; Genel için ortalama allel sayısı 16,33; Düşük grupta 9,33; Orta grupta 12,67 ve Yüksek grupta 14 olarak belirlenmiştir. Ortalama beklenen heterozigosite gruplar için sırasıyla 0,8646; 0,8505; 0,8570 ve 0,8793 olarak hesaplanmıştır. Polimorfik Bilgi İçeriği (PIC) değerleri de sırasıyla 0,8451; 0,8159; 0,8252 ve 0,8490 olarak bulunmuştur. 2007, 59 Sayfa Anahtar Kelimeler: İvesi, mikrosatelit, genetik çeşitlilik, laktasyon süt verimi

ii

ABSTRACT

Ph.D. Thesis

RELATIONSHIPS BETWEEN GENETIC POLYMORPHISM AND YIELD

PROPERTIES IN AWASSI SHEEP

ilkay BARITCI

Ankara University

Graduate School of Natural and Applied Science

Department of Animal Science

Supervisor: Prof.Dr. Ayhan ELİÇİN

This study were established on 81 blood samples obtained from Awassi sheep raised under record in Southeast Anatolian Research Institute. In this study, microsatellite genetic polymorphisms were investigated in OarFCB20, OarFCB128 and OarFCB304, observed 16 alleles in 86-116 bases; 11 alleles in 92-122 bases and 22 alleles in 138-190 bases, respectively. Private alleles in Awassi sheep which were grouped by lactation milk yield were 110 base in OarFCB20 high group and 108 bases in OarFCB128 moderate group. Observed heterozygosities for general group were calculated 0.901 in OarFCB20, 0.654 in OarFCB128 and 0.667 in OarFCB304 locus. Parameters researched in this study were Mean Allel Numbers 16.33 in general group, 9.33 in low group; 12.67 in moderate group and 14 in high group. Mean Expected Heterozygosities were 0.8646; 0.8505; 0.8570 and 0.8793, respectively. Polymorphic Information Content (PIC) values were found 0.8451; 0.8159; 0.8252 and 0.8490, respectively.

2007, 59 pages

Key Words: Awassi, microsatellite, genetic polymorphism, lactation milk yield

iii

TEŞEKKÜR

Bu çalışmanın hazırlanmasında ve yürütülmesinde önerileri ile yardımcı olan danışman

Hocam Prof.Dr. Ayhan Eliçin ve Prof.Dr. Gürsel Dellal’a, materyal temin aşamasında

yardımcı olan Yard.Doç.Dr. Nihat Tekel, Yard. Doç.Dr. Deniz Şireli ve Dr. Orhan

Yılmaz dostlarıma, DNA izolasyon çalışmasını birlikte yaptığımız Araş.Gör. Hasan

Meydan’a, PCR ve kapilar elektroforez aşamalarının yürütüldüğü REFGEN laboratuarı

personeli Ahmet Reşat Türkyılmaz’a teşekkürlerimi bir borç bilirim.

Uzakta olsalarda, destekleri ile hep yanımda olan aileme ve beni candan seven mesai

arkadaşlarıma da teşekkür ediyorum.

İlkay BARITCI

Ankara, Kasım 2007

iv

İÇİNDEKİLER

ÖZET ............................................................................................................................. i ABSTRACT .................................................................................................................. ii TEŞEKKÜR ................................................................................................................. iii ŞEKİLLER DİZİNİ ..................................................................................................... v ÇİZELGELER DİZİNİ ............................................................................................... vi 1. GİRİŞ ........................................................................................................................ 1 2. KURAMSAL TEMELLER VE KAYNAK ÖZETLERİ ..................................... 4 2.1 Biyolojik Çeşitlilik .................................................................................................. 4 2.1.1 Genetik çeşitlilik .................................................................................................. 4 2.1.2 Tür çeşitliği .......................................................................................................... 6 2.1.3 Ekosistem çeşitliliği ............................................................................................. 7 2.1.4 Ekolojik olaylar ve işlevler çeşitliliği ................................................................. 7 2.2 Canlılarda Genom Büyüklükleri (C Değerleri) ................................................... 7 2.3 C değeri Paradoksu ................................................................................................ 8 2.4 Ökaryotlarda Genom Organizasyonu .................................................................. 10 2.5 Ökaryotlarda DNA Tekrar Dizileri ...................................................................... 12 2.6 Mikrosatelitler ........................................................................................................ 14 2.6.1 Mikrosatelit polimorfizmleri .............................................................................. 15 2.6.2 Mikrosatelit lokuslarının izolasyonu ................................................................. 15 2.6.3 Doğru mikrosatelitlerin seçimi .......................................................................... 16 2.6.3.1 Tekrar tipi ......................................................................................................... 16 2.6.3.2 Tekrar uzunluğu .............................................................................................. 17 2.6.3.3 Ölçüm ve belirleme .......................................................................................... 18 2.6.3.4 Mikrosatelitlerin yorumlanması ..................................................................... 18 2.7 Genetik Çeşitlilik Ölçüsü – Heterozigosite .......................................................... 19 2.8 FIS, FIT ve FST Parametreleri ................................................................................. 22 2.9 Kaynak Özetleri ..................................................................................................... 23 3. MATERYAL VE YÖNTEM ................................................................................... 35 3.1 Materyal .................................................................................................................. 35 3.2 Yöntem .................................................................................................................... 35 3.2.1 Hayvan gruplarının belirlenmesi ....................................................................... 35 3.2.2 Kan örneklerinin alınması .................................................................................. 36 3.2.3 Genomik DNA izolasyonu .................................................................................. 36 3.2.4 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve kapilar elektroforez ........................... 38 3.2.5 İstatistik analizler için kullanılan paket programlar ....................................... 40 4. ARAŞTIRMA BULGULARI .................................................................................. 41 5. TARTIŞMA VE SONUÇ ......................................................................................... 50 5.1 OarFCB20 Lokusunun Değerlendirilmesi ........................................................... 50 5.2 OarFCB128 Lokusunun Değerlendirilmesi ......................................................... 51 5.3 OarFCB304 Lokusunun Değerlendirilmesi ......................................................... 52 5.4 Genel Değerlendirme ............................................................................................. 53 KAYNAKLAR ............................................................................................................. 55 ÖZGEÇMİŞ .................................................................................................................. 59

v

ŞEKİLLER DİZİNİ Şekil 2.1 Ökaryotik genomun organizasyonu (Page and Holmes 2000) ....................... 11 Şekil 2.2 Farklı tip ardışık tekrar dizilerinin kromozomal yerleşimleri (Strachan and Read 1999) ............................................................................... 14 Şekil 2.3.a. Hatasız dinükleotid tekrarları, b. Hatalı dinükleotid tekrarları; nokta mutasyonu okla gösteriliyor, c. Karışık mikrosatelit; GT/CA’dan GA/CT’ye geçiş gösteriliyor (Hoelzel 1998) .................................................................... 17 Şekil 4.1 OarFCB20 lokusuna ait örnek elektroforeogramlar ....................................... 41 Şekil 4.2 OarFCB128 lokusuna ait örnek elektroforeogramlar ..................................... 42 Şekil 4.3 OarFCB304 lokusuna ait örnek elektroforeogramlar ..................................... 43

vi

ÇİZELGELER DİZİNİ

Çizelge 2.1 Farklı bakteri taksonlarında genom büyüklükleri (Li and Graur 1991) ...... 8

Çizelge 2.2 Farklı taksonlarda genom büyüklükleri (Li and Graur 1991) ..................... 9

Çizelge 2.3 Ökaryotlarda DNA tekrar dizilerinin genel özellikleri

(Page and Holmes 2000) ............................................................................. 13

Çizelge 3.1 Laktasyon süt verimleri için tanımlayıcı değerler ...................................... 35

Çizelge 3.2 Laktasyon süt verimine ait varyans analizi tablosu .................................... 36

Çizelge 3.3 Düzeltilmiş laktasyon süt verimlerine ait tanımlayıcı değerler .................. 36

Çizelge 3.4 Tampon çözeltilerin molaritesi/miktarı ve içerikleri .................................. 38

Çizelge 3.5 Lokuslara ait özellikler ............................................................................... 39

Çizelge 3.6 Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) programı ........................................... 39

Çizelge 4.1 OarFCB20 lokusunda allel frekans değerleri .............................................. 44

Çizelge 4.2 OarFCB128 lokusunda allel frekans değerleri ............................................ 44

Çizelge 4.3 OarFCB304 lokusunda allel frekans değerleri ............................................ 45

Çizelge 4.4 Mikrosatelit lokuslarında genetik parametre değerleri ............................... 46

Çizelge 4.5 OarFCB20 lokusunda FIS değerleri ............................................................. 47

Çizelge 4.6 OarFCB128 lokusunda FIS değerleri ........................................................... 47

Çizelge 4.7 OarFCB304 lokusunda FIS değerleri ........................................................... 48

Çizelge 4.8 Lokuslarda heterozigotluk durumlarına göre tanımlayıcı değerler ............. 48

Çizelge 4.9 Lokuslarda gruplara göre homozigot/heterozigot tanımlayıcı değerleri ..... 49

Çizelge 4.10 Lokuslararasında heterozigotluk durumlarına göre tanımlayıcı değerler . 49

1

1. GİRİŞ

Biyolojik süreçlerin insan yaşamında kullanımı insanlık tarihi kadar eski bir geçmişe

dayanır. Bu anlamda geleneksel biyoteknoloji, insan toplulukları tarafından temelindeki

bilimsel mekanizma bilinmeden, yazılı tarihin başından bu yana ekmek yapımında,

alkollü içeceklerin mayalandırılmasında, kültür bitkilerinin ve evcil hayvanların

ıslahında yüzyıllardır uygulanmaktadır (Anonim 2007a).

Başlangıçta zanaatsal bir yaklaşımla kullanılan bu süreçlerin temel biyolojik bilimlerde

18. yüzyılda ortaya çıkan gelişmelere paralel olarak bilimsel ve teknolojik kontrolü

devreye girmiştir. Biyoteknoloji; “biyoloji” ve “teknoloji” kelimelerinden türetilerek,

bilinen ilk tanımı; 1919 yılında Karl ERSHY tarafından “biyolojik sistemlerin

yardımıyla hammaddelerin yeni ürünlere dönüştürüldüğü işlemlerdir” şeklinde

yapılmıştır (Anonim 2007a).

Moleküler biyoloji ve moleküler genetik bilimlerinde 1950’li yıllardan itibaren ortaya

çıkan gelişmeler, 1970’li yıllarda biyoteknoloji alanında meyvesini vermeye

başlamıştır. Buna bağlı olarak da moleküler düzeyde yapılan genetik manipulasyonlarla

verimliliğin ve üretkenliğin artırıldığı, yeni ürünlerin üretilebildiği modern

biyoteknoloji doğmuştur. Gelişmiş ve modern tekniklerin biyolojik sistemlere

uygulandığı günümüzde, mutasyon uygulamaları ve/veya rekombinant DNA

teknolojisinin yardımıyla geliştirilen mutant ve transgenik organizmalar (genetik

mühendisliği teknikleriyle genetik yapısı değiştirilmiş organizma) hemen her alanda

yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bu gelişmelere paralel olarak biyoteknolojinin

tanımı da değişikliğe uğrayarak “canlıların, canlı sistemlerin ve biyolojik işlemlerin

bilim ve mühendislik teknikleri uygulanarak, mal ve hizmet üretmek amacıyla

kullanılması” şeklinde tanımlanır olmuştur. Birleşmiş Milletler Biyolojik Çeşitlilik

Sözleşmesi altında yer alan, 2004 yılında yürürlüğe giren Cartagena Biyogüvenlik

Protokolü’nde modern biyoteknoloji “rekombinant DNA ve nükleik asitin hücrelere ya

da organellere doğrudan enjekte edilmesini içeren in vitro nükleik asit teknikleri” ya da

“geleneksel ıslah ve seleksiyonda kullanılmayan teknikler olan ve doğal fizyolojik

2

üreme veya rekombinasyon engellerinin üstesinden gelen, sınıflandırılmış familyanın

ötesinde hücrelerin füzyonu” şeklinde tanımlanmıştır (Anonim 2007a).

Modern biyoteknolojide, yalnızca canlılar değil, canlı sistemler ve biyolojik işlevler de

“girdi” olarak kullanılabilmektedir. Geleneksel biyoteknolojinin ürünleri insanın

yalnızca temel ihtiyaçlarına cevap verebilirken, modern biyoteknolojinin ürün ve

hizmetleri tıpta (insan veya hayvan genlerinin aktarıldığı bakteriler tarafından

fermantasyon yoluyla elde edilen ilaçlar, gen terapisi vb.), sanayide, tarımda (transgenik

bitkiler) ve hayvancılıkta (transgenik hayvanlar) çok değişik amaçlarla

kullanılabilmektedir. Bu teknikle, teoride doğada bulunan herhangi bir canlı hücredeki

(bakteri, böcek, hayvan, bitki vb.) bir karakter diğer bir canlıya aktarılabilmektedir. Bir

anlamda her canlı türü potansiyel olarak, biyoteknolojik gelişmeler için ayrı değeri olan

bir biyolojik zenginlik ve gen kaynağıdır (Anonim 2007a).

Çok geniş bir uygulama alanı olan biyoteknolojiyi, uygulandığı biyolojik varlıklara göre

adlandırmak mümkündür. Bitki biyoteknolojisi; bitki, organ, doku ve hücrelerinin

yapay besi ortamlarında kültürü, çoğaltılması ve bunların genetik olarak değiştirilmesini

kapsar. Bilindiği gibi tarımsal ürünler binlerce yıldır geliştirilmektedir. Bunlar ilk olarak

yiyecek, hayvan yemi, lif ve ilaca ihtiyacı olan insanlar tarafından yapılmıştır. İnsanlar

yüksek verimli olan bitkileri toplayarak yetiştirdiler. Bu seçim işlevi, kalıtımın bilimsel

özelliklerinin anlaşılmaya başlanmasından çok önceleri, ürün ıslahının devam ettirici

gücü oldu. Genler geleneksel bitki ıslahı yöntemleriyle (melezleme, mutasyon,

poliploidi ve seleksiyon), akraba türlerden veya cinslerden ürünlere aktarıldı. Bazı

durumlarda, bu aktarım işlemi bitkiler arasında, normalde gerçekleşme olasılığı çok

düşük olan veya hiç bulunmayan, zorunlu tozlaşma veya melezleme yolu ile

gerçekleştirildi. Fakat bütün genetik müdahaleler ve değişimler geleneksel ıslahta

akraba tür veya cinsler arasında olmuştur. Yeni teknolojiyle genetik olarak değiştirilmiş

organizmalarla yapılacak ıslahta türler arası gen aktarımı sadece akraba türlerle kısıtlı

olmayıp herhangi iki canlı arasında yapılabilmektedir. Gen mühendisliği yoluyla yeni

bir genetik kimliğe bürünmüş olan tek bir hücre, hücre kültürü ve doku kültürü

teknikleriyle, son özelliği hiç bozulmadan milyonlarca sayıda çoğaltılabilir. Bunların

3

her biri pazarlanabilir, laboratuarlarda ve arazide büyütülebilir. Özel büyüme

ortamlarında istenilen ürünü vermeleri sağlanabilir (Anonim 2007a).

Hayvan ve bitki biyoteknolojisinin uygulama alanları olarak aşağıdakileri sayabiliriz;

herbisitlere, böceklere, virüslere dayanıklı transgenik bitki geliştirilmesi, hastalıklara

dayanıklılığın artırılması, erkek kısır bitkilerin üretimi ve strese (Soğuk, kuraklık vb)

dayanıklılığın artırılması (Anonim 2007a).

Moleküler genetik alanındaki gelişmeler hayvan ıslahına da aynı şekilde yansımıştır.

Artık bütün dünyada ekonomik önemi olan çiftlik hayvanlarında, moleküler genetik

teknikleri kullanılarak, hayvanların verim özellikleri, yüksek karakterleri tespit edilerek,

bu özelliklerin populasyonlarda artırılması çalışmaları yapılmaktadır. Bunu yapmak için

de mevcut populasyonların genetik yapılarının belirlenmesi gerekmektedir.

Populasyonların genetik yapıları belirlenirken önceleri protein düzeyinde çalışmalar

yapılmaktaydı. Gelişen bilim ve teknoloji ile birlikte çalışmalar DNA düzeyine inmiştir.

DNA düzeyindeki çalışmalarda en çok kullanılan markerlerden biri de

mikrosatelitlerdir.

Dünyanın birçok ülkesindeki araştırıcılar, kendi ülkelerine özgü hayvan

populasyonlarında mikrosatelit markerleri kullanarak çalışmalar yapılmaktadır. Son

yıllarda sığır, koyun ve keçi DNA’sında birçok yeni genetik polimorfizm gösteren

bölgeler bulunmuştur. Türkiye’de DNA düzeyindeki çalışmalar oldukça yeni

sayılabilecek durumdadır. Bu çalışmanın amacı koyunlarda polimorfik olduğu daha

önceden tespit edilmiş çeşitli mikrosatelitlerin polimorfizmlerinin analiz edilmesi ve

bunların Türkiye yerli ırkı olan İvesi koyun ırkında süt verimi bakımından oluşturulan

üç ayrı verim grubu içinde belirlenerek gruplar arasında mikrosatelit lokuslar

bakımından farklılığın ortaya konulması amaçlanmıştır.

4

2. KURAMSAL TEMELLER VE KAYNAK ÖZETLERİ

2.1 Biyolojik Çeşitlilik

Biyolojik çeşitlilik, ekosistemlerin insanlığın gönenci için zorunlu olan yaşam destek

sürecini sürdürebilme yeteneğinin ve sağlıklı çevrenin bir göstergesidir. İster kültürel

isterse ekolojik boyutuyla olsun çeşitlilik; bir sisteme renk, güzellik, çeşni katan,

istikrar, güç ve canlılık kazandıran dinamik bir özelliktir. Biyoçeşitlilik tüm canlı

gruplarında ve organizasyon seviyelerinde yaşamın çeşitliliğini ifade etmektedir

(Anonim 2007b).

Biyolojik çeşitliliğin; Genetik, Tür, Ekosistem, Ekolojik olaylar ve işlevler çeşitliliği

olmak üzere dört ana bölümden oluştuğu söylenebilir (Anonim 2007b).

2.1.1 Genetik çeşitlilik

Bir türün veya populasyonun tüm üyelerinin sahip olduğu genlerin oluşturduğu bütüne

gen havuzu denir. Gen havuzunda genlerin bir ya da daha fazla biçimi bulunur. Aynı

genlerin farklı formları allel olarak adlandırılır. Allel çeşitliliği, populasyonların genetik

çeşitliliği sayılmaktadır (Anonim 2007b).

Polimorfizm: Bir populasyonda veya populasyonlar arasında, bir genin allelleri ya da

bir kromozomun homologlarıyla birleşen çeşitli fenotipik formların varlığı yani bir

lokusta bir allelden fazlasının bulunması olgusudur. Diğer bir ifade ile bir populasyonda

bir lokusta bulunan allellerin, en az %5’inin farklılık göstermesidir (Camp and Arms

1984, Becker and Deamer 1991, Bourdon 1997, Goldstein and Schlötter 2000).

İnsan vücut çatısı özelliklerindeki belirgin farklılıkların da net olarak gösterdiği gibi

DNA diziliminde normal bir değişkenlik vardır. DNA dizilimindeki değişkenlik, yani

polimorfizm, yaklaşık her 500 nükleotidde bir görülür. Kuşkusuz, her genomda DNA

kopma ve eklenmeleri ve tek baz değişiklikleri vardır. Sağlıklı toplumlarda bu

5

değişiklikler kodlanmış proteinin işlevinde herhangi bir değişikliğe neden olmayan

noktalarda veya DNA’nın kodlayıcı olmayan bölgelerinde görülür (Murray et al. 1996).

Polimorfizm kavramı, fenotip veya karakterler üzerine önemli bir bakış açısı

kazandırmaktadır. Kulak kepçelerinin şeklindeki varyasyon, kolayca gözlenebilen bir

polimorfizm örneğidir (Anonim 2007b).

Kromozom, protein veya DNA yapısındaki bireysel farklılıklar, çoğunlukla laboratuar

metotları ile belirlenebilir. Fakat herhangi bir DNA nükleotid varyasyonunun bir

hastalık mutasyonu mu yoksa bir polimorfizm mi olduğunu belirleyen; genin yapı ve

ifade durumudur. Fonksiyonu etkileyen karakterler nadirdir ve hastalık olarak gözlenir;

hastalık oluşturmayan varyasyonlar ise ortaktır ve karakter, varyant veya polimorfizm

olarak adlandırılır (Wilson 2000).

Heterozigotluk derecesi: Populasyonda heterozigot genlerin yüzdesi veya oranı olarak

tanımlanır. Her gen lokusu, bir allelin birbirinin aynı iki kopyasını (homozigot) ya da

farklı 2 allelin birer kopyasını (heterozigot) taşımaktadır. Polimorfik gen lokusu için 5

bireyin 2’si heterozigot ise heterozigotluk, 2/5=0,4 veya %40 olarak hesaplanır. Diğer

23 gen lokusu polimorfik olmadığı veya tek bir allele fikse olduğu durumda, bu gen

lokuslarında heterozigotluk mümkün değildir. 24 gen için her bir genin heterozigotluk

değerinden, ortalama heterozigotluk hesaplanabilir. Böylece, ortalama heterozigotluk;

0,4 (polimorfik lokus) +01+02+ .... +23 (diğer 23 lokus) = 0,4/24 (0,017) olarak

hesaplanır (Anonim 2007b).

Heterozigotluk, bir türe ait genetik çeşitliliğinin (Ht; Ht=Hs+Dst); ne kadarının türü

oluşturan her bir populasyonun kendi içindeki genetik çeşitlilikten (Hs), ne kadarının

populasyonlar arasındaki çeşitlilikten (Dst) kaynaklandığını değerlendirmek için

kullanılmaktadır (Anonim 2007b).

Bir türün genetik çeşitliliği daha çok populasyonlar arasındaki çeşitlilikten

kaynaklanıyor ise, türün genetik çeşitliliğinin sürdürülebilmesi için çok sayıda farklı

populasyonun korunma altına alınması gerekmektedir. Diğer taraftan, genetik çeşitlilik

6

daha çok her populasyonun kendi içindeki çeşitlilikten kaynaklanıyor ise, farklı

populasyonların korunma altına alınmasının öncelikli olmadığı söylenebilir (Anonim

2007b).

Genetik çeşitliliği fazla olan türlerin değişen çevre şartlarına uyum sağlama olasılığı,

diğer türlerden daha fazladır. Genetik çeşitlilik, bir türün devamlılığının sigortasıdır

(Anonim 2007b).

2.1.2 Tür çeşitliği

Biyolojik tür kavramı; doğal koşullar altında birbirleriyle çiftleşebilen ve üreme

yeteneğine sahip yavru yetiştirme potansiyelinde olan bireylerin ait olduğu taksonomik

bir birimdir (Anonim 2007b).

Shannon çeşitlilik indeksi, sadece bir ekosistemde bulunan tür sayısını değil, aynı

zamanda bu türlerin göreceli yoğunluğunu da dikkate alır. Bir ekosistemdeki tür sayısı,

sadece tür zenginliğini ifade eder, çeşitliliği açıklamaz (Anonim 2007b).

Örneğin; A ve B ekosistemlerinin her ikisinde de 3 tür (X, Y, Z) bulunduğunu

düşünelim. Bu durumda, her iki ekosistemin tür zenginliği birbirine eşittir. Yalnız, A

ekosistemindeki türlerin göreceli yoğunluklarının birbirine çok yakın olduğunu (X:40,

Y:30, Z:40), B ekosistemindeki türlerin göreceli yoğunluklarının ise birbirinden çok

farklı olduğunu (X:90, Y:10, Z:10) düşündüğümüzde, A ekosistemi B ekosistemine

göre daha çeşitlidir. Çünkü B ekosisteminde, bireylerin çoğu bir türe aittir (Anonim

2007b).

Tür çeşitliliği, bir bölgedeki bitki ve hayvan türleri ile alttürlerinin sayısını ve

yoğunluğunu ifade eder. Ancak, tür çeşitliliği ele alınırken taksonomik çeşitlilik de göz

önünde bulundurulmalıdır. İncelediğimiz iki bölge de aynı sayıda tür içerebilir. Ancak

bu bölgelerden biri sadece cins düzeyinde tek bir takson içerirken, diğeri cins düzeyinde

2 veya daha çok taksona sahip olabilir. Bu örnekte, tür sayısı aynı olmasına rağmen tür

çeşitliliği ikinci durumda daha fazladır (Anonim 2007b).

7

2.1.3 Ekosistem çeşitliliği

Belli bir alanda yaşayan ve birbirleriyle sürekli etkileşim içinde olan canlılar ile

bunların cansız çevrelerinin oluşturduğu bütüne ekosistem denir. Büyük, küçük tüm

ekosistemler şu temel öğelerden oluşur.

- Canlı Öğeler (üreticiler, tüketiciler ve ayrıştırıcılar)

- Cansız Öğeler (inorganik maddeler, organik maddeler ve fiziksel koşullar)

Bir ekosistemin nerede bittiğine ve bir diğerinin nerede başladığına karar vermek, daha

doğrusu bir ekosistemin sınırlarını belirlemek çok zordur (Anonim 2007b).

Aralarındaki sınırlar belli olsa bile, ekosistemleri farklı tipler halinde sınıflandırmak çok

zordur. İki farklı ekosistemin tek bir ekosistem tipi olarak değerlendirilebilmesi için,

aralarındaki benzerliğin ne kadar olması gerektiği belirlenmelidir (Anonim 2007b).

Ekosistem çeşitliliği, önce habitat çeşitliliğinin, sonra da tür çeşitliliğinin ortaya

çıkmasını sağlayan önemli bir faktördür. Bir bölgedeki ekosistemlerin, daha küçük

ölçekte de habitatların çeşitliliği, biyolojik çeşitliliğin kaçınılmaz bir parçasıdır

(Anonim 2007b).

2.1.4 Ekolojik olaylar ve işlevler çeşitliliği

Ekolojik olaylar ve işlevler çeşitliliği, biyolojik çeşitliliğin işlevsel boyutunu oluşturur.

Genlerin, türlerin ve ekosistemlerin birbirleri ve çevreleri ile etkileşimleri, ekolojik

süreçlerle sağlanmaktadır. Böylece süreçler çeşitliliği biyolojik çeşitliliğin bileşenleri

arasındaki karşılıklı dengeyi ve düzeni sağlar (Anonim 2007b).

2.2 Canlılarda Genom Büyüklükleri (C Değerleri)

Haploid genomdaki DNA miktarı, genom büyüklüğü veya C değeri olarak

tanımlanmaktadır. Bu değer her tür için karakteristik olup tür içinde sabittir. C değerleri

hem prokaryot hem ökaryot türleri arasında oldukça çeşitlilik göstermektedir (Li and

8

Graur 1991, Strachan and Read 1999, Freeman and Herron 1998, Lewin 2000; Page and

Holmes 2000).

Bakterilerin farklı türlerinin genom büyüklükleri yani C değerleri incelendiğinde

yaklaşık 20 kat değişkenlik gösterdiği görülmektedir (Çizelge 2.1). Bu değerler hücre

içi zorunlu parazitlerde ~6x105 iken birçok mavi-yeşil algde ~6x107 civarındadır.

Bakterilerin sahip oldukları gen sayısının yaklaşık 500-8.000 arasında değiştiği

bilinmektedir. Diğer bir deyişle bakteri türleri arasında C değerlerinde gözlenen

değişkenlik ile gen sayısı bakımından gözlenen değişkenlik uyumlu görülmektedir.

Nitekim bakteri genomunda kodlamayan DNA bölgelerinin fazla olmaması yani %8-12

civarında olması da bu uyumu desteklemektedir (Li and Graur 1991, Lewin 2000, Page

and Holmes 2000).

Çizelge 2.1 Farklı bakteri taksonlarında genom büyüklükleri (Li and Graur 1991)

Takson Genom büyüklükleri (kb) Oran (En yüksek / En düşük) Öbakteriler 650-13.200 20 Gram negatif 650-7.800 12 Gram pozitif 1.600-11.600 7 Mavi-yeşil algler 3.100-13.200 4 Mikoplazmalar 650-1.800 3 Arkeobakteriler 1.600-4.100 3

2.3 C değeri Paradoksu

Ökaryotların C değerleri, prokaryotların C değerlerine nazaran oldukça büyüktür.

Bunun istisnai durumları da mevcuttur. Örneğin bir maya olan Saccharomyces

cerevisiae, birçok gram pozitif bakteri ve mavi-yeşil algden daha küçük genom

büyüklüğüne sahiptir (Li and Graur 1991, Freeman and Herron 1998, Lewin 2000, Page

and Holmes 2000).

Bununla beraber ökaryotların C değerleri arasındaki değişkenlik, prokaryotlarda

gözlenenden oldukça fazladır. Ökaryotlarda C değerleri 8,8x106 bç’den 6,9x1011 bç’ne

kadar değişebilmektedir yani genom büyüklükleri arasında 80.000 kat bir değişkenlik

9

söz konusudur (Çizelge 2.2) (Li and Graur 1991, Freeman and Herron 1998, Lewin

2000, Page and Holmes 2000).

Çizelge 2.2 Farklı taksonlarda genom büyüklükleri (Li and Graur 1991)

Takson Genom büyüklükleri (kb) Oran (En yüksek / En düşük) Tek hücreliler 23.500-686.000.000 29.191

Kamçılılar 98.000-2.350.000 24 Silliler 23.500-8.620.000 367

Kök bacaklılar 35.300-686.000.000 19.433 Mantarlar 8.800-1.470.000 167 Hayvanlar 49.000-139.000.000 2.837

Süngerler 49.000-53.900 1 Halkalı solucanlar 882.000-5.190.000 6

Yumuşakçalar 421.000-5.290.000 13 Kabuklular 686.000-22.100.000 32

Böcekler 98.000-7.350.000 75 Derisi dikenliler 529.000-3.230.000 6

Çenesizler 637.000-2.790.000 4 Kıkırdaklı balıklar 1.470.000-15.800.000 11 Kemikli balıklar 382.000-13.900.0000 364

Kurbağalar 931.000-84.300.000 91 Sürüngenler 1.230.000-5.340.000 4

Kuşlar 1.670.000-2.250.000 1 Memeliler 1.420.000-5.680.000 4

Bitkiler 50.000-307.000.000 6.140 Algler 80.000-30.000.000 375

Eğreltiler 98.000-307.000.000 3.133 Çıplak tohumlular 4.120.000-76.900.000 17 Kapalı tohumlular 50.000-125.000.000 2.500

En fazla çeşitlilik özellikle tek hücrelilerde ~30.000 ve kökbacaklı amiplerde ~20.000

kat gibi yüksek seviyede görülmektedir. Bunun aksine memeliler, kuşlar ve

sürüngenlerin C değerlerinde gözlenen çeşitlilik yaklaşık 2-4 kat gibi oldukça düşük

seviyededir (Li and Graur 1991, Lewin 2000, Page and Holmes 2000).

Canlılarda her filumdaki en düşük DNA miktarına sahip canlı, o filum için gerekli

minimum C değeri olarak alınmaktadır. Minimum C değerleri kıyaslandığında,

canlılarda genom büyüklüğü arttıkça organizmanın gelişmişlik seviyesinin (organizmal

kompleksite) de arttığı görülmektedir. Ancak evrimsel ağacın üst basamaklarındaki

yüksek ökaryotik canlılara baktığımızda, DNA miktarı ile organizmal kompleksite

10

arasındaki uyumun kaybolduğu da gözlenmektedir. Örneğin amfibilerden X. Ieavis ile

insanın aynı genetik kompleksiteye (DNA uzunluğu) sahip olmalarını gelişmişlik

seviyeleri ile açıklamak mümkün değildir. Böcek, amfibi ve bitki türleri arasında bile C

değerlerinde ~75-6.000 kat farklılıkların bulunduğu da görülmektedir (Li and Graur

1991, Lewin 2000, Page and Holmes 2000).

Türler arasında genom büyüklükleri bakımından gözlenen yüksek orandaki çeşitliliği ne

organizmal kompleksite ne de taşıdıkları kodlayıcı gen sayısı ile ilişkilendirmek

mümkün olmadığı için ortaya oldukça ilginç bir durum çıkmaktadır. Örneğin memeli

türleri ile kıyaslandıklarında, evrimsel açıdan daha basit canlılar olan birçok protist

türünde DNA miktarının memelilerinkinden daha fazla olması organizmal

kompleksiteyi yansıtmamaktadır. Buna ilaveten komplekslikleri bakımından birbirine

yakın türlerin ve hatta fenotipik olarak birbirlerinden ayırt edilemeyen ikiz türlerin bile

C değerleri birbirlerinden farklı olabilmektedir. Bu çelişki yani, genomdaki genetik

bilgi (genetik kompleksite) ile organizmal kompleksite arasında belirgin bir ilişkinin

bulunmaması C değeri paradoksu (çelişkisi) olarak ifade edilmektedir (Li and Graur

1991, Freeman and Herron 1998, Lewin 2000, Page and Holmes 2000).

2.4 Ökaryotlarda Genom Organizasyonu

C değeri çelişkisinin nedenlerini anlayabilmek amacıyla mukayeseli olarak ökaryotik

canlılarda DNA/DNA hibridizasyon çalışmaları yapılmıştır. Bu çalışmalardan birinde

Britten ve Kohne 1968 yılında, DNA yeniden birleşme (hibridizasyon/reassosiasyon)

kinetiklerinin analizi sonucu ökaryotik genomlarda farklı Cot değerleri ile karakterize

edilebilen yüksek derecede tekrarlayan DNA, Orta derecede tekrarlayan DNA ve Tek

kopya DNA olmak üzere üç farklı tip DNA dizilerinin bulunduğunu göstermişlerdir (Li

and Graur 1991, Freeman and Herron 1998, Lewin 2000, Page and Holmes 2000).

Yüksek derecede tekrarlayan DNA dizileri birkaç 100 bç’lik tekrar birimlerinin

ortalama 500.000 defa tekrarlanması sonucu meydana gelmektedir. Orta derecede

tekrarlayan DNA dizilerinin ise yaklaşık 100-1.000 bç uzunluğundaki tekrar

11

birimlerinin yaklaşık 100 defa tekrarlanmasıyla oluştukları görülmektedir (Li and Graur

1991, Freeman and Herron 1998, Lewin 2000, Page and Holmes 2000).

Organizmaların sahip oldukları gen sayıları ile organizmal kompleksiteleri arasında

pozitif korelasyon görülmektedir. Ökaryotlarda kodlayan genlerin sayısı yaklaşık olarak

3.000’den 100.000’e kadar değişmektedir. Gen sayısında gözlenen bu 33 katlık

çeşitliliğin, C değerleri arasındaki 80.000 katlık çeşitliliği açıklamak için yetersiz

kaldığı da açıkça görülmektedir. Ökaryotlarda kodlayıcı ve düzenleyici dizilerin

genomik oranının yaklaşık %3 gibi çok düşük seviyede olduğu gösterilmiş

bulunmaktadır. Bu durumda geriye kalan %97 gibi oldukça yüksek seviyede

kodlamayan dizilerin varlığı C değeri çelişkisini güçlendirmektedir. Diğer bir deyişle,

ökaryotik genomun büyük bir çoğunluğu herhangi bir genetik bilgi içermeyen DNA’dan

oluşmaktadır. Ökaryotlarda bu kodlamayan DNA dizilerinin miktarı 3x106 bç’den

1x1011 bç’ne kadar değişmektedir (x100.000) (Li and Graur 1991, Lewin 2000, Page

and Holmes 2000).

Şekil 2.1 Ökaryotik genomun organizasyonu (Page and Holmes 2000).

Ökaryotlarda genomik organizasyon Şekil 2.1’de özetlenmektedir.

Farklı organizmalar arasında, kodlayan ve kodlamayan DNA bölgelerinin ortalama

uzunlukları arasındaki farklılıklar ile bu organizmaların gen uzunlukları ve genom

12

büyüklükleri arasında da belirgin bir ilişki bulunmamaktadır. Fakat rDNA’daki genlerin

tekrar derecesi ile genom büyüklükleri arasında pozitif bir ilişki bulunmuştur (Page and

Holmes 2000).

Genomda kodlayan DNA dizileri içinde yer alan ve tekrarlamayan DNA segmentleri,

tek kopya DNA veya özgün DNA olarak isimlendirilmekte ve yapısal gen olarak kabul

edilmektedirler. Kodlamayan ökaryot DNA dizilerinin büyük bir kısmını oluşturan

tekrar dizilerinin herhangi bir ürünü yoktur. Herhangi bir ürün kodlamamasına rağmen

çok sayıda tekrarlar içeren bu diziler her zaman ilgi konusu olmuştur (Li and Graur

1991, Lewin 2000, Page and Holmes 2000). Bu diziler hakkında bildiklerimiz arttıkça,

ökaryotik genoma şekil veren evrimsel mekanizmalar hakkında da daha fazla bilgi

sahibi olacağımız açıktır. Örneğin, bu dizilerin bazılarının tamamen kendi yararları için

genom içerisinde dağıldıkları tartışılmaktadır ve bu nedenle söz konusu diziler “bencil

DNA” olarak adlandırılmaktadır. Hatta bu dizilerin bazıları, diğer genlerin

fonksiyonlarını engellemek suretiyle, kendi kopya sayılarını artırdıkları için “ultra-

bencil DNA” olarak düşünülmektedir. Ayrıca kodlamayan tekrar dizilerinin niteliği ve

tekrar sayılarındaki türe özgü farklılıklar, genomik büyüklüklerin aynı filumda yer alan

türler arasında farklılık göstermesinin başlıca sebebi olarak kabul edilmektedir (Page

and Holmes 2000).

2.5 Ökaryotlarda DNA Tekrar Dizileri

Ökaryotlarda DNA tekrar dizileri, genom içinde ardışık veya dağılmış olarak

bulundukları gibi farklı uzunluklarda da olabildikleri ve genellikle aynı tekrar

birimlerinden oluşmalarına rağmen farklı kompozisyondaki nükleotit dizilerinden de

oluşabildikleri bilinmektedir. Herhangi bir genomda kodlamayan DNA dizileri içinde

yer alan tekrar dizilerinin oranı farklı taksonlarda çeşitlilik göstermektedir. Bu oranlar

mayada %20 iken, memelilerde %60, bitkilerde ise %80 civarındadır (Li and Graur

1991, Lewin 2000, Page and Holmes 2000).

Ökaryotlarda DNA tekrar dizilerinin genom içindeki lokalizasyonlarına göre, genel

olarak lokalize ardışık tekrar dizileri ve dağılmış tekrar dizileri şeklinde iki gruba

13

ayrıldığı da bilinmektedir. Ökaryotlarda DNA tekrar dizilerinin genel özellikleri Çizelge

2.3’de verilmektedir.

Çizelge 2.3 Ökaryotlarda DNA tekrar dizilerinin genel özellikleri (Page and Holmes 2000)

DNA Tekrar dizileri Tekrar (kopya) Sayısı Organizasyon

Satelit DNA Yüksek derecede tekrarlanan (> 104) Ardışık tekrar Minisatelit ve mikrosatelitler Orta derecede tekrarlanan Ardışık tekrar Hareketli Elementler Orta ve yüksek derecede tekrarlanan Dağılmış

Birçok ökaryotik genomun birbiri ardınca, yüksek derecede tekrarlayan DNA dizilerini

içerdikleri görülmektedir. Örneğin bir kanguru türü olan Dipodomys ordii genomunun

%50’si üç tip tekrar dizisi ailesinden oluşmaktadır: AAG (240 milyon kez), TTAGGG

(220 milyon kez) ve ACACAGCGGG (120 milyon kez). Bu aileler tamamen homojen

değildir ve konsensus dizilerinde bir veya iki nükleotidlik farklılık bulunduran varyant

formları da içermektedir. Nitekim TTAGGG ailesi tekrarlarının bazı birimlerindeki

dizilerin TTAGAG olduğu bilinmektedir. Fakat yine de yüksek derecede tekrar eden ve

ardışık olarak genomun belirli bir bölgesinde lokalize olan bu diziler aynı nükleotid

kompozisyonuna sahip olarak kabul edilir. Söz konusu diziler CsCl yoğunluk gradyanı

ile ayrıldıklarında, esas DNA bandından ve “smear” oluşturan çeşitli uzunlukta diğer

heterojen kompozisyondaki DNA fragmanlarından, bir veya daha fazla sayıda kalın

bantlar şeklinde ayrılırlar. Bu nedenle bu diziler satelit DNA olarak isimlendirilirler.

Satelit DNA dizilerinin ayırıcı özellikleri arasında yaklaşık 100-270 bç’lik tekrar

bloklarından oluşması, tekrar bloklarının farklı tekrar dizileri taşıması, tekrar dizilerinin

heterojen olması sayılabilir (Li and Graur 1991, Strachan and Read 1999, Lewin 2000,

Page and Holmes 2000).

Bazı türlerde, yüksek derecede tekrarlayan ardışık diziler farklı kromozomlarda

dağılmış olarak bulunurken, bazı türlerde ise bu dizilerin yerleşimlerinin özel

kromozomlara sınırlandığı görülmektedir. Örneğin satelit DNA dizilerinin Drosophila

nasutoldes genomunun %60’ını oluşturduğu ve dört kromozomdan yalnızca birinde

lokalize olduğu görülmektedir (Li and Graur 1991, Strachan and Read 1999, Lewin

2000, Page and Holmes 2000). Satelit DNA genellikle işe yaramayan DNA olarak kabul

14

edilse de sentromer dizilerini oluşturduğu, kinetokor yapısında yer aldığı ve bölünme

sırasında kromozomların ayrılmasında rol oynadığı kabul edilmektedir. Satelit

dizilerden oluşan sentromer dizilerinin yapısal heterokromatin yapıda olduğu da

bilinmektedir. Buna karşılık 2-5 bç ve 6-100 bç uzunluğundaki daha kısa ardışık tekrar

dizilerine sırasıyla mikrosatelitler (STR=Short Tandem Repeats) ve minisatelitler

denilmektedir. Bu diziler satelit dizilere nazaran kromozomlar üzerinde türe özgü bir

şekilde dağınık olarak bulunurlar. Mikrosatelitlerdeki tekrar dizileri yüksek homojenliğe

sahiptirler (Li and Graur 1991, Debrauwere et al. 1997, Strachan and Read 1999, Lewin

2000, Page and Holmes 2000) (Şekil 2.2). Hareketli elementler bencil DNA grubuna

girerler ve transpozisyon yoluyla genom içinde dağınık şekilde bulunurlar (Page and

Holmes 2000, Gümüş 2002).

Şekil 2.2 Farklı tip ardışık tekrar dizilerinin kromozomal yerleşimleri (Strachan and Read 1999)

2.6 Mikrosatelitler

Mikrosatelitler ileri derecede polimorfik DNA markerleri olup, kanatlılar dahil birçok

türde geniş bir uygulama alanına sahiptirler. Tüm genoma hemen hemen eşit dağılmış

olmaları, genom haritalama projeleri için kullanışlı olmalarını sağlamaktadır.

Populasyon genetiği, babalık ve akrabalık tayininde sahip oldukları yüksek çeşitlilik

onları genetik bir marker haline getirmiştir. Mikrosatelitler, doğal populasyonların

15

yapılarının araştırılmasında gün geçtikçe daha çok önem kazanmaktadırlar (Hoelzel

1998, Beuzen et al. 2000, Goldstein and Schlötter 2000, Kaiser et al. 2000).

Mikrosatelitler, 1-6 baz çifti uzunluğundaki tekrar ünitelerini içeren, kısa ardışık tekrarlı

dizilerdir. Yüksek miktarda ökaryotik genomlarda bulunmakla beraber prokaryotlarda

da düşük frekanslarda bulunmaktadırlar. 70’den fazla tekrar ünitesi içerebilirler ve tüm

genom boyunca dağılmışlardır. Örneğin memelilerde en yaygın motif olan GT/AC,

ortalama her 30 kilobazda bir ortaya çıkmaktadır (Hoelzel 1998, Beuzen et al. 2000).

Mikrosatelitlerin genom içinde kodlayıcı ve düzenleyici fonksiyonları olduğu

düşünülmektedir (Goldstein and Schlötter 2000).

2.6.1 Mikrosatelit polimorfizmleri

Mikrosatelit mutasyonları, ‘DNA kayması’ olarak adlandırılan intramoleküler bir

mutasyon mekanizmasının neden olduğu tekrar sayılarındaki değişikliklerdir. En yaygın

mutasyonlar tek bir tekrar ünitesinin değişiklikleridir. Bu tür mikrosatelit

mutasyonlarında, mutasyon sürecinin basamak basamak yorumlanma olanağı vardır.

Belirlenen mutasyon oranları 10-3’den 10-6’ya kadar değişmektedir. Mikrosatelitlerin

allelik durumu polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile ortaya konmaktadır. Tekrar

ünitelerine bitişik olan primerler PCR amplifikasyonu için kullanılmaktadır. Yüksek

çözünürlükteki jeller üzerindeki veya kapilar elektroforez ile PCR ürünlerinin

ölçülmesi; tekrar sayısını belirleme ve farklı alleller arasındaki tekrar sayılarındaki

varyasyonu ortaya koyma olanağı sağlar (Hoelzel 1998, Beuzen et al. 2000).

2.6.2 Mikrosatelit lokuslarının izolasyonu

Mikrosatelit uzunluk varyasyonu, primer diziler kullanılarak PCR ile kolayca

belirlenebilir. Bir tür için geliştirilen PCR primerleri, yakın türlerde de etkili olabilir.

Mikrosatelitler kullanılarak oluşturulan genetik markerler, ekonomik özellikleri kontrol

eden genlerin haritalanmasında önemli rol alırlar (Beuzen et al. 2000, Hale et al. 1998,

Pirottin et al. 1999).

16

Herhangi bir mikrosatelit lokusunun amplifikasyonundan önce, spesifik primerlerin

dizaynı için mikrosatelit lokusuna komşu DNA iplikçiğinin dizilim bilgisi

sağlanmalıdır. Bazı model organizmaların mikrosatelit dizileri ve onlara komşu diziler,

bilgisayar veri bankalarına kaydedilmektedir. Böylece çok sayıda tür için

mikrosatelitlere özgü primer bilgisi içeren merkezler (ArkDB, EMBL ve Gen Bank

gibi) oluşturulmaktadır (Hoelzel 1998).

Mikrosatelit lokuslarının ve bunlara bitişik bölgelerin izolasyonu mikrosatelit

analizlerinde ilk basamağı teşkil etmektedir. Genomik DNA’dan mikrosatelitlerin

izolasyonu için iki farklı protokol bulunmaktadır. Protokollerden biri mikrosatelit

lokuslarının izolasyonu için yeterli ve kısmi bir genomik kütüphane kurmak için ana

stratejiyi sağlamaktadır. Bu protokol sınırlı sayıda (30’dan az) dinükleotid lokusunun

izolasyonu için önerilmektedir (Hoelzel 1998).

Yukarıda da anlatıldığı gibi kısmi bir kütüphanenin görüntülenmesi az sayıda

dinükleotidin izolasyonu için iyi çalışmaktadır. Bununla birlikte çok sayıda dinükleotid

lokuslarının veya daha az bulunan tri veya tetranükleotid tekrarlarının izolasyonu

yapılırken, tekrara özgü mikrosatelit motifi için zenginleştirilmiş bir kütüphanenin

kurulması önerilmektedir. Bu şartlar ise ikinci protokol ile sağlanmaktadır. İlk

protokolden temel farkı sadece bir mikrosatelit motifinin varlığı için ön seçime tabi

tutulan DNA fragmanlarının dizileme vektörüne klonlanmasıdır. Bu nedenle daha az

klon yeterli sayıda mikrosatelit lokusunu belirlemek için görüntülenme ihtiyacı duyar

(Hoelzel 1998).

2.6.3 Doğru mikrosatelitlerin seçimi

2.6.3.1 Tekrar tipi

Dinükleotid tekrarları genellikle en yaygın tekrar tipleridir. Memelilerde GT/AC,

bitkilerde ise AA/TT ve AT/TA en sık rastlanan dinükleotid tekrarlarıdır. Bu

dinükleotid tekrarlarının bolluğu onların mikrosatelit izolasyonlarını kolaylaştırmıştır.

Dinükleotid tekrarlarının kullanımıyla ilgili en önemli mesele bunların PCR

17

amplifikasyonu boyunca tekrarlayan bantları üretme eğilimleri olup, bazen allellerin

ayrılmasını güçleştirmektedir. Trinükleotid ve tetranükleotid tekrarları ise bu kadar

yaygın olmamakla beraber, daha az tekrarlayan bant üretme eğilimine ve böylece de

değerlendirme kolaylığına sahiptirler (Hoelzel 1998).

2.6.3.2 Tekrar uzunluğu

İnsanlardaki ilk sistematik çalışmalar, uzun mikrosatelitlerin ortalama olarak kısa

olanlardan daha polimorfik olduğunu ortaya koymaktadır. Oysa sonraki çalışmalar bu

durumu doğrulamamıştır. Bu nedenle kısa mikrosatelitlerin yapılacak analizlerde hesaba

katılması önerilmektedir. Buna ilave olarak, ortalama mikrosatelit uzunluğu türe özgü

değildir. Mikrosatelit tekrarının tek tekrar ünitelerindeki mutasyonlarla kesilmesi daha

az çeşitliliğe neden olabilir. İki farklı tekrar tipi içeren mikrosatelitler daha az uzunluk

varyasyonu göstermektedir. Fakat her bir tekrar ünitesinin nisbi frekanslarındaki

değişiklikler, daha az homoplaziye bağlı olarak populasyon yapıları için ek bir anlayış

sağlamıştır (Hoelzel 1998).

Şekil 2.3.a. Hatasız dinükleotid tekrarları, b. Hatalı dinükleotid tekrarları; nokta

mutasyonu okla gösteriliyor, c. Karışık mikrosatelit; GT/CA’dan GA/CT’ye

geçiş gösteriliyor (Hoelzel 1998)

18

2.6.3.3 Ölçüm ve belirleme

Mikrosatelit analizleri, uzama bölgelerini ve yan bölgeleri içeren tüm PCR ürünlerinin

ölçülmesine bağlıdır. Eğer yan bölge dizisi uygunsa, tekrar sayısı yan nükleotidlerin

çıkarılmasıyla bulunur ve kalan baz çiftinin, tekrar ünitesi sayısına bölünmesiyle

hesaplanır. PCR ürünlerinin ölçümü ise poliakrilamid jel elektroforezi ve kapilar

elektroforez ile gerçekleştirilir (Hoelzel 1998).

PCR ürünleri, PCR reaksiyonunu takiben bilinen allellerinin karışımının

düzenlenmesiyle ölçülebilmektedir. Bu yöntem özellikle PCR ürünleri DNA-DNA

hibridizasyonuyla belirlenebildiğinde tercih edilmektedir (Hoelzel 1998).

2.6.3.4 Mikrosatelitlerin yorumlanması

Mikrosatelitler; cinsiyet tayini, babalık ve akrabalığın araştırılmasında çok gelişmiş bir

marker sistemi sunmaktadır. Mikrosatelitlerin sahip olduğu yüksek çeşitlilik, ana ve

yavrunun genotiplerinin karşılaştırılması ve babasal allelin tanınmasına olanak verir.

Populasyondaki allel frekansına bağlı olarak paternal yansımalar hesaplanabilir. 10-3 ile

10-6 arasında değişen mutasyon oranları yüksek çözünürlükte yeterli polimorfizm elde

edebilmektedir (Hoelzel 1998, Horng and Huang 2000).

Araştırılan allel frekanslarından populasyonun tarihi hakkında bilgi edinmek için

mikrosatelit çeşitliliğinin altında yatan mutasyon mekanizmasını anlamak gerekir.

İn vitro ve in vivo çalışmalar göstermiştir ki bir mikrosatelit allelinin en yaygın

mutasyonu tek bir tekrar ünitesinin kaybı ya da kazanımıdır. Bu uzunluk değişimleri

muhtemelen intramoleküler bir seyir olan DNA kayması tarafından oluşturulmaktadır.

Bir sonraki mutasyonun daha kısa mı yoksa daha uzun mu bir mikrosatelit alleli

oluşturacağı hakkında bir öngörüde bulunmak mümkün değildir (Hoelzel 1998).

Mikrosatelit mutasyon deseni, allozim varyasyon desenlerini açıklamak için yoğun

olarak populasyon genetikçilerince kullanılan basamak basamak mutasyon modeline

uyum göstermektedir. Bu temelde populasyon genetiğinde yaygın olarak kullanılan

19

mikrosatelit analizleriyle genetik mesafeyi ortaya çıkarmak mümkün olmaktadır. Bu

genetik mesafeler RST, delta mu veya DSW olarak adlandırılır (Hoelzel 1998).

PCR ile çoğaltılmış bir mikrosatelit allelinin en yaygın görünümü, tek bir bant değil bir

bantlar merdivenidir. Genellikle en yoğun bant, beklenen allel ölçüsünde ortaya çıkar.

Tekrarlayan bantlar olarak ifade edilen ilave bantlar, genellikle orijinal allelden küçük

olup, çok sayıda tekrar üniteleri ile uzunluk farkı gösterirler. Benzer şekilde tekrarlayan

bantlar PCR amplifikasyonu boyunca in vitro DNA kaymasının sonucudur. Tekrarlayan

bantların jel üzerinde azalan yoğunluğu DNA kayması dağılımının bir yansımasıdır. İn

vitro DNA kayması oranları tekrar ünitesi uzunluğuyla azalmaktadır. Dinükleotid

tekrarları, trinükleotid tekrarlarına göre daha çok tekrarlayan bant oluşturmaktadır

(Hoelzel 1998).

Tekrarlayan bantlara ilave olarak birçok mikrosatelit beklenen allel ölçüsünden fazla

ilave bant göstermektedir. Bu Taq DNA polimerazın PCR ürününe bir A ekleten,

terminal transferaz aktivitesinden ileri gelmektedir (Hoelzel 1998, Devrim 2002).

2.7 Genetik Çeşitlilik Ölçüsü – Heterozigosite

Geleneksel olarak populasyon genetikçileri tarafından kullanılan verilerin önemli bir

kısmını, genlerin farklı formlarının bir populasyon içerisindeki göreceli frekansları

oluşturmuştur. Mutasyonlar sonucu oluşan genin farklı formları allel olarak tanımlanır.

Bir genin iki veya daha fazla sayıda allele sahip olması, populasyonun söz konusu gen

bakımından polimorfizm gösterdiği anlamına gelir. Bir populasyonun genetik

yapısındaki farklılıkların varlığı ve birden fazla farklılığın bir arada bulunması genetik

polimorfizm olarak ifade edilir. Polimorfizmin temel özellikleri, genomun belli bir

bölgesindeki baz çifti dizisindeki farklılıkların olması, bu farklılıkların o populasyonda

kalıcı olması, yani bir sonraki nesile aktarılabilmesi ve sıklığının %l’den az olmaması

şeklinde özetlenebilir (Li and Graur 1991, Page and Holmes 2000, Nei and Kumar

2000).

20

Bir populasyonda polimorfizm görülen bir lokusta en yüksek frekansta bulunan allel

yaban tip, daha nadir olarak gözlenen allel ise varyant tip olarak isimlendirilir. Allel

sıklıklarının neden gözlendikleri şekilde olduğunu anlamak için, allel frekanslarının

matematiksel modeller şeklinde ifade edilmesi gerekmektedir (Page and Holmes 2000).

A ve a olarak ifade edilen iki allele sahip bir gen lokusu en basit modeli göstermektedir.

Bu durumda söz konusu allellerin belli bir populasyon içindeki frekansları matematiksel

olarak sırasıyla p ve q’dur. DNA seviyesinde ortaya çıkan çok fazla miktardaki genetik

çeşitliliğe geçmeden önce, basit görünmekle beraber, yalnızca iki allele sahip bir genin

ele alındığı matematiksel model konunun anlaşılmasında ilk basamak olması

bakımından önemlidir (Page and Holmes 2000).

Üzerinde çalışılan organizmaların çoğu diploit olduğundan, bir gen her biri homolog

kromozomların birinde bulunan iki allele sahiptir ve bireyler allel kombinasyonları

düşünüldüğünde 3 farklı genotipe sahip olabilirler (AA, Aa ve aa). AA ve aa

genotipindeki bireyler aynı tipteki allelleri taşıdıkları için homozigot, Aa genotipindeki

bireyler ise farklı iki allel taşıdıkları için heterozigot olarak ifade edilirler. Heterozigot

bireylerin fenotipi alleller arası ilişkiye bağlıdır. Bazı lokuslar itibariyle heterozigot

bireylerde bir allel diğerine nazaran fenotipte daha fazla ifade bulur. Bu durumda söz

konusu allel dominant (baskın), diğeri ise resesif (çekinik) ve bu tip alleller arası ilişki

dominant-resesif allel ilişkisi olarak isimlendirilir. Dominant-resesif allel ilişkisinde

(A>a) Aa genotipine sahip bir bireyin fenotipi AA genotipteki bireyle aynı olacaktır. Bu

lokus itibariyle bir populasyonda genotipik frekansları (p, q) bulmak için dominant

fenotipteki bireylerin genotipinin homozigot veya heterozigot olduğunu tespit etmek

gerekmektedir. Heterozigot genotipli bireylerin fenotipinde şayet her iki allel birden

aynı oranda ifade buluyor ise bu alleller kodominant (eşbaskın) olarak tanımlanırlar.

Kodominans görülen karakterler itibariyle heterozigot bireylerin üçüncü bir fenotipi

oluşturması heterozigot bireylerin kolayca tanımlanabilmesine olanak sağlar. Bu

nedenle, populasyon genetiği çalışmalarında kullanılan protein ve DNA markerlerinin

çoğu kodominanttır (Li and Graur 1991, Page and Holmes 2000).

21

Yukarıda belirtilen genotiplerin (AA, Aa ve aa) bir populasyon içerisindeki frekansları,

fAA, fAa ve faa olarak ifade edilecek olursa, A ve a frekanslarını p ve q şeklinde

hesaplamak kolay olacaktır.

p=fAA+1/2fAa, q=faa +1/2fAa p+q=l’dir.

Özetleyecek olursak bir allelin frekansı, o allel itibariyle populasyonda mevcut

homozigotların frekansı ile heterozigotların frekansının yarısının toplamına eşittir (Li

and Graur 1991, Page and Holmes 2000, Düzgüneş vd. 2003).

Allel frekansları p ve q, bir populasyonda var olan genetik çeşitliliğin miktarının basit

bir ifadesi olarak kullanılmaktadır. Ancak bir populasyonda herhangi bir lokusla ilgili

olarak genellikle ikiden fazla allel bulunduğunda bunların frekansları ile ilgilenmek her

zaman kolay olmayabilir. Bu nedenle, herhangi bir populasyondaki genetik çeşitliliğin

ölçüsü olarak heterozigosite terimi kullanılır. Heterozigosite, bir populasyonda mevcut

heterozigotların toplam frekansının ifadesidir. Heterozigosite aşağıda verilen basit

formülle hesaplanmaktadır (Page and Holmes 2000).

∑=

−=m

iiXH

1

21

m: Bir lokusta tespit edilen toplam allel sayısı

Xi: i. allelin sıklığıdır.

Heterozigosite, bir lokusla ilgili çok sayıda ve birbirine eşit frekansta alleller bulunduğu

durumlarda en büyük değerini almaktadır (Page and Holmes 2000, Nei and Kumar

2000).

Yakın zamana kadar, heterozigosite genellikle protein elektroforezi yoluyla tespit edilen

elektroforetik mobiliteleri farklı olan allozimik enzimlere bağlı olarak allozim

frekansları şeklinde tespit edilmiştir. Her ne kadar allozim çeşitlilikleri üzerindeki

çalışmalar populasyon genetiği çalışmalarının temelini oluşturmuş olsa da, günümüzde

yapılan populasyon genetiği çalışmaları, kesin ve doğrudan bilgilendirici olması

22

nedeniyle DNA seviyesindeki farklılıklar üzerinde yoğunlaşmış bulunmaktadır (Li and

Graur 1991, Page and Holmes 2000, Nei and Kumar 2000).

2.8 FIS, FIT ve FST Parametreleri

Populasyonlar arası genetik farklılaşmanın en yaygın olarak kullanılan ölçüsü ise FST

(Fixation index) değeridir. Bir populasyondaki genetik çeşitliliğin ölçüsünün ise

heterozigosite olduğu bilinmektedir. Herhangi bir polimorfik lokus için populasyonlar

arası genetik farklılaşmanın belirlenmesinde kullanılan FST değeri, bu lokus itibariyle

farklı populasyonlarda belirlenen heterozigosite değerlerinin ikişerli olarak

birbirlerinden ne kadar farklı olduğunun F istatistiği ile hesaplanması sonucu elde

edilmektedir. FST değeri ne kadar küçük ise söz konusu lokus için karşılaştırılan iki

populasyonun birbirine o kadar yakın olduğu anlaşılır. FST değerinin küçük çıkması için

karşılaştırılan iki populasyonun heterozigositeleri arasındaki farkın küçük olması

gerekmektedir ki bu da ancak iki populasyon arasında gen göçü olması durumunda söz

konusu olmaktadır. Büyük FST değeri ise tam tersi bir durumu ifade etmektedir. Başka

bir ifadeyle herhangi bir lokus için karşılaştırılan iki populasyonun genetik açıdan

birbirinden farklı olduğu anlaşılır (Nei and Kumar 2000, Page and Holmes 2000).

HO: Alt populasyonlarda gözlenen heterozigotluk ortalamasını, HS: Alt populasyonlarda

beklenen heterozigotluk ortalamasını ve HT: Toplam populasyonlardaki heterozigotluk

ortalamasını ifade etmektedir (Nei 1987).

FIS alt populasyonlarda birbirine yakın (akraba) olan bireylerin içinde homolog alleller

arasındaki korelasyonları tanımlar. Yani alt populasyonlarda rastgele birleşen iki

gametin müşterek atadan gelme ihtimalidir. Alt populasyonlardaki akrabalı yetiştirme

katsayısı olarak tanımlanır. Alt populasyonlar içerisinde Hardy-Weinberg dengesinden

sapmaların ölçülebilmesi için FIS alt populasyonlar seviyesinde bireylerin akrabalığına

değinmektedir ve FIS=(HS-HO)/HS şeklinde hesaplanır (Nei 1987).

FIT toplam populasyonda birbirine yakın bireyler içerisinde birbirinin yerini tutan

allellerdeki korelasyonları tanımlar yani populasyon seviyesinde rastgele birleşen iki

23

gametin müşterek atadan gelme ihtimalini belirler. Populasyonların akrabalı yetiştirme

katsayısı olarak tanımlanabilir. FIT ile alt populasyon içerisindeki akrabalığın etkileri ve

alt populasyonları olan populasyonların etkileri hesaplanır. FIT toplam populasyon

üzerinden Hardy-Weinberg dengesinden sapmaların ölçümüdür ve FIT=(HT-HO)/HT

şeklinde hesaplanır (Nei 1987).

FST (FST=(HT-HS)/HT)) alt populasyonlardaki genetik farklılıkların ölçümü için

belirlenen bir değerdir. Bir lokus açısından populasyonları karşılaştırmada kullanılır. Alt

populasyonlarda rastgele ele alınan iki gametin müşterek atadan gelme ihtimali olup alt

populasyonlar arasındaki genetik farklılığın ölçüsüdür. 0 ile 1 arasında değer alır.

Belirlenen değer 1’e ne kadar yakınsa alt populasyonlar müşterek atadan oldukça uzak

demektir (Nei 1987).

2.9 Kaynak Özetleri

Mikrosatelit polimorfizmi kullanılarak yapılan çalışmaların özet bilgileri aşağıda

verilmiştir.

Sekiz koyun mikrosateliti kullanılarak altı farklı koyun ırkında (Romney, Border,

Leicester, Suffolk, İvesi, Avustralya ve Yeni Zelenda Merinosları) akrabalık ilişkisi

olmayan ortalama 40-50 bireyde yapılan çalışmada farklı ırklardan alınan örneklerin

allel frekanslarının oldukça önemli farklılıklar gösterdiği bildirilmiştir. Bu allel

frekanslarının çalışılan ırklardaki bir bireyi bile tanımlamak için doğruluğu yüksek

sonuçlar verdiği bildirilmiştir. Allel frekenslarının farklılıkları kullanılarak soy ağacı

çizilmiş ve çizilen ağaçta Merinosların bir grup; Border Leicester, Suffolk ve Romney

ırklarının başka bir grup ve İvesi ırkının hepsinden farklı başka bir grup oluşturduğu

gözlemlenmiştir. Merinos ve İngiliz ırkı koyunların protein polimorfizmi çalışmalarıyla

da ayrımının başarıldığını, fakat belirli ırkların evrimsel ilişkilerinin mikrosatelit

markerlerle daha iyi gösterilebileceği bildirilmiştir (Buchanan et al. 1994).

Crawford et al. (1995) ilk kapsamlı koyun genom haritasını hazırlamışlardır. Koyun

genomunun 2070 cM’lik bölümünü kapsayan bu çalışmada, kullanılan markerlerin yedi

24

RFLP ve yedi protein markeri dışında hepsi mikrosatelit markerleridir. Mikrosatelit

markerlerinden 19’u bilinen mikrosatelitler ve gerisi 86 koyun, 126 sığır ve bir geyik

mikrosatelitinden oluşmaktadır. Bulunan önemli sonuçlardan birisi koyunların genetik

olarak çok heterojenik yapıda olduğu şeklinde belirtilmiştir. Bundan üç yıl sonra 1998

yılında koyun genomunda ikinci generasyon linkage gen haritası yayımlanmıştır (de

Gortari et al. 1998). Bu çalışmada 2-3 gen haritası birleştirilmiştir. Çalışmada kullanılan

519 markerin 504’ü mikrosatelit markerleridir. Toplam gen haritasının uzunluğu 3063

cM, ortalama marker aralığı ise 6,5 cM bulunmuştur. Üçüncü generasyonun linkage

haritası 1093 marker içermekte olup, 3500 cM uzunluğundadır ve markerler arası

ortalama uzaklık 3.4 cM olarak tespit edilmiştir (Maddox 2000).

Büyük boynuzlu koyun ırklarında populasyonlar ve bireyler arasındaki genetik

çeşitliliği Major Histocompability Complex (MHC) ve mikrosatelit lokusları açısından

aynı ırk ve bireylerde karşılaştırmışlar ve genetik çeşitliliğin MHC ve mikrosatelit

markerleri yönünden benzer olduğunu gözlemlemişlerdir (Boyce et al. 1997).

Ellegren et al. (1997) çalışmalarında polimorfik özellikteki mikrosatelitlerle yaptığı bir

çalışmada 13 sığır, 14 koyun mikrosatelit markeri kullanılmışlar ve polimorfik olan

markerlerden altı sığır mikrosatelitinin koyunlarda, yedi koyun mikrosatelitinin de

sığırlarda monomorfik olduğu, heterozigotluk derecesinin oldukça yüksek düzeyde

olduğunu bildirmişlerdir. Ayrıca bu iki tür arasında farklılığın boyutunun ve genetik

çeşitliliğinin derecesi bakımından açıklayıcı bir ilişki sayılamayacağını ileri

sürmüşlerdir.

Muflonlarda (Ovis gmelini) mikrosatelitlerin genetik çeşitliliği belirlemedeki

kapasitesinin araştırıldığı çalışmada, altı adet sığır mikrosateliti muflonda incelenmiş ve

hepside polimorfik bulunmuştur. Çalışılan populasyonda örnek sayısının azlığına

rağmen beş lokusta yüksek oranda genetik çeşitlilik gözlemişlerdir. Diğer genetik

markerlere nazaran mikrosatelitlerin genetik yapıyı belirleme gücü muflon

populasyonunda daha fazla tespit edilmiştir (Petit et al. 1997).

25

Gootwine et al. (1998) Booroola FecB geninin tek bir B alleli doğuran koyun başına

kuzulama oranını %60 oranında artırmaktadır. BM1329 ve OarAE101 mikrosatelit

lokusları Booroola geninin B alleli ile ilişkili iken İvesi populasyonunda nadir olarak

görülmektedir. Bu durum FecB geni taşıyan Booroola-İvesi melezi koyunlarda Marker

Destekli Seleksiyon çalışmalarında kullanımını sağlamaktadır.

Nicoll et al. (1998) çalışmalarında Avustralya Poll Dorset ırkında Carwell lokusunun

koyun 18. kromozomunda veya CSSM18 telomerik kısmında bulunduğuna dair kanıtlar

elde etmişlerdir. Lokusun döllerde koyun türüne bağlı olmakla birlikte, bilinmeyen

düzenleyici lokuslar nedeniyle çeşitli etkileri olduğu görülmektedir. Belirlenen bölgesi

Callipyge lokusu ile allelik olduğu yönündedir. Ancak yalnızca göz kasını etkilemesi

nedeniyle fenotipik etkisi sınırlı görülmektedir. Taşıyıcı koyunlarda, canlı ağırlığa göre

düzeltilmiş verilerde 12. kaburgada 1,14 ile 3,30 cm2 daha geniş göz kası alanına sahip

iken %8 daha ağır göz kası tespit edilmiştir.

Mikrosatelitlerin ebeveyn tayini için kullanıldığı araştırmalara da rastlanmaktadır. Bu

konuda Luikart et al. (1999) çalışmaları şöyledir: Sekiz keçi mikrosateliti, dokuz sığır

mikrosateliti ve beş koyun mikrosateliti olmak üzere toplam 22 adet mikrosatelit

markeri kullanarak keçilerde ebeveyn tayini yaptıkları bilinmektedir.

Saitbekova et al. (1999) 20 adet sığır mikrosatelit markeri kullanarak sekiz farklı İsviçre

keçi ırkında genetik çeşitliliği araştırmışlar ve sığır mikrosatelitlerinin keçilerde de iyi

randıman verdiğini belirtmişlerdir. Yapılan çalışmada İsviçre keçi ırklarının birbirleriyle

genetik olarak yakın ilişkili olduğunu gözlemlemişlerdir. Araştırıcılar mikrosatelitlerin

keçi ırkları arasındaki farklılığın gösterilmesinde kullanılabilecek çok güçlü markerler

olduğunu ve ilerde populasyonların geçmişi ile ilgili yapacakları çalışmada yine

mikrosatelitleri kullanacaklarını belirtmişlerdir.

Beş adet sığır ve bir adet koyun mikrosateliti olmak üzere toplam altı mikrosatelit

markeri ile Çin’de bulunan beş yerli keçi ırkındaki genetik ilişkinin araştırıldığı bir

çalışmada elde edilen sonuçların keçilerin tarihi geçmişi ve bulundukları coğrafyayla

uyumlu olduğu belirtilmiştir (Yang et al. 1999).

26

Diez-Tascon et al. (2000) altı Merinos ırkı koyun populasyonu arasında mikrosatelit

markerlerle genetik çeşitliliği araştırdığı çalışmalarında; 253 adet akrabalık ilişkisi

olmayan birey ve 20 adet mikrosatelit markeri kullanılmıştır. Altı populasyon arasındaki

genetik çeşitliliğin birbirine benzer sonuçlar verdiği, çalışılan markerlerden iki tanesinin

Hardy-Weinberg dengesinden sapma gösterdiği bildirilmiştir. Bu iki markerin, pedigrisi

bilinen numunelerle incelendiğinde yanlış sonuçlar verdiği belirlenmiş ve çalışmadan

çıkarılmıştır. Ayrıca Portekiz Siyah Merinos populasyonunda yüksek derecede akrabalı

yetiştirme sonucu heterozigotluğun çok düşük olduğu ve populasyonun risk altında

bulunduğu bildirilmiştir.

Farid et al. (2000) Kanada’da yetiştirilen 10 adet koyun ırkında toplam 257 koyun

kullanarak 10 mikrosatelit lokusu açısından koyunlarda ırk içi ve ırklar arası genetik

çeşitliliğin seviyesini belirlemişlerdir.

Bighorn koyunlarında 10 mikrosatelit markeri kullanarak yapılan bir çalışmada; 13

farklı bölgeden 279 adet koyun kullanılmış ve bu koyunlarda genetik çeşitlilik ve

populasyon yapıları incelenmiştir. Çalışmada bütün lokuslar yönünden genetik

çeşitliliğin önemli düzeyde olduğu belirtilmiştir. Araştırıcılar ayrıca populasyonlar

arasındaki genetik farklılığın yüksek olduğunu, genetik ve coğrafi uzaklık arasında

pozitif ilişki bulduklarını bildirmişlerdir (Gutiérrez-Espeleta et al. 2000).

Arranz et al. (2001a) İspanya’daki koyun ırklarında (Churra, Latxa, Castellana, Rasa-

Aragonesa, Merinos ve İvesi) mikrosatelitleri kullanarak, bu ırklar arasında genetik

farklılığı araştırmışlardır. Yapılan araştırmada Latxa ırkında kümeleşme en yüksek

düzeydeyken, Merinoslarda en düşük seviyede bulunmuş, ayrıca Merinos ırkının özel

bir gruplaşma gösterdiği ve diğer bazı ırklarla da yakın ilişkili olduğu gözlemlenmiştir.

İspanyol koyun ırklarında yapılan bir çalışmada (Arranz et al. 2001b) 18 mikrosatelit

markeri ve altı İspanyol yerli koyun ırkı kullanılarak genetik çeşitlilik araştırılmış ve

Merinos koyun ırkı her lokusta görülen allel sayısının en yüksek olması bakımından en

yüksek genetik çeşitliliği gösterirken, Latxa ırkında genetik çeşitlilik en düşük düzeyde

gözlemlenmiştir. Aynı araştırıcılara ait başka bir çalışmada (Arranz et al. 1998)

27

İspanyol koyun ırkları arasındaki genetik ilişki mikrosatelit markerlerle araştırılmış ve

beş İspanyol ırkı koyun, 19 mikrosatelit markeri kullanılmış, ayrıca İvesi koyun ırkı

referans ırk olarak kullanılmıştır. Aynı şekilde Merinos ırkında genetik çeşitliliğin en

fazla olduğu ve en düşük varyasyonunda Awassi ırkında gözlendiği bildirilmiştir. İvesi

ırkı ile İspanyol ırkları arasında büyük bir farklılığın olduğu gözlemlenmiştir. Çalışma

sonuçlarına göre de morfolojik verilerin tek başına ırklar arası genetik ilişkinin

tanımlanmasında yetersiz olduğu, genetik markerleri de içine alan çalışmaların bu

konuda büyük fayda sağlayacağı bildirilmiştir.

Arruga et al. (2001) Raga Aragonesa ırkı koyunlarda babalık testi için dört mikrosatelit

lokusu kullanmışlar, heterozigotluğun oldukça yüksek olduğunu gözlemlemişlerdir.

Sonuçta mikrosatelitler ile serum transferrin lokusunun birlikte kullanılmasıyla babalık

tayininde %97,2 oranında doğru sonuçlar alınabileceğini belirtmişlerdir.

İspanyol Churra koyun ırkında pedigri dizaynı ile altıncı kromozomda süt verimini

etkileyen QTL (Quantitative Trait Loci) lokuslarının varlığını belirlemek için yapılan

çalışmalarında; sekiz üvey kardeş familyasında süt verimi, protein verimi ve protein

yüzdesinde sapma değerlerinden yararlanarak 11 mikrosatelit ve QTL lokuslarının

etkileri incelenmiştir. Regresyon yönteminin uygulandığı Çoklu QTL Model haritalama

yöntemi esasına dayanan QTL analizi yapılmıştır. Kabul edilebilir eşik değerler, çoklu

testler için düzeltme değerleri ile permütasyon testlerinden belirlenmiştir. Elde edilen

sonuçlar kazein kümesininde bulunduğu altıncı koyun kromozomundaki bölgenin süt

verim özelliklerini ve kısıtlı olarak protein yüzdesinde etkili olduğunu göstermiştir

(Diez Tasco et al. 2001).

Hedrick et al. (2001) Tiburon Adası’ndaki Desert Bighorn koyunlarında mikrosatelit ve

MHC lokuslarını kullanarak yaptıkları bir çalışmada, Tiburon Adası’ndaki

populasyonda genetik çeşitliliğin Arizona bölgesindeki aynı ırka ait alt gruplardan daha

az olduğunu gözlemlemişlerdir. Ayrıca Tiburon populasyonuyla, Arizona’daki örnekler

arasında genetik uzaklığın fazla olduğunu ve bu durumun populasyondaki genetik

sürüklenmeden kaynaklanabileceğini, bunun sebebinin de populasyonun oluşumunda az

28

sayıda aynı erkek bireylerin kullanılmasından ve bilinmeyen diğer etkilerden

kaynaklanabileceğini belirtmektedirler.

Stahlberger-Saitbekova et al. (2001) 16 koyun, dokuz sığır ve altı keçi mikrosateliti

kullanarak, İsviçre koyun ırklarındaki genetik ilişkiyi araştırmışlardır. Ayrıca yedi

İsviçre koyun ırkına ilave olarak, bir yaban tipi Muflonu çalışmaya dahil etmişlerdir.

Bütün yerli koyun ırklarında ortalama heterozigotluğun oldukça yüksek olduğunu,

Muflonda ise en düşük olduğunu belirtmişlerdir. Bütün sığır, keçi ve koyun mikrosatelit

markerlerinin koyunlarda iyi sonuçlar verdiğini gözlemlemişlerdir. 19-20 allel sayısı ile

BM1818, INRA063, MAF70 ve OarJMP29 lokuslarının yüksek derecede bilgi verici

olduğunu belirtmişlerdir. Ayrıca OarFCB193 lokusunun 107 baz çifti uzunluğu ile

%92’lik bir frekansla Muflonda özel bir allele sahip olduğu gözlemlenmiştir. Özel

allellerin diğer koyun ırklarında da bulunduğu fakat frekanslarının %10’u geçmediği

belirtilmiştir.

Türkiye’deki yerli (Akkaraman, İvesi ve Kıvırcık) ve melez (Konya Merinosu ve

Türkgeldi) toplam beş koyun populasyonu kullanılarak yapılan bir çalışmada (Soysal vd

2001) toplam 174 birey, üç mikrosatelit markeri yönünden incelenmiştir. Yapılan

çalışmada toplam 45 adet allel gözlemlenmiş, populasyonların Hardy-Weinberg

dengesinde ve varyasyonun yüksek olduğu bildirilmiştir.

Grigaliunaite et al. (2003) yaptıkları çalışmalarında; M.Ö. 2700 yıllara kadar dayanan

Baltık ülkeleri koyun yetiştiriciliğinin, günümüz Batı ırklarının Baltık ırklarında görülen

gelişmelerden ağırlıklı olarak etkilendiğini söylemişlerdir. Kaba yapağılı Litvanya,

Siyah yüzlü Litvanya, Siyah başlı Litvanya, Estonya Ruhnu, Beyaz Başlı Estonya,

Siyah Başlı Estonya ve Estonyan Saaremaa ırklarında; 195 bireyde birbirleriyle

bağlantısız 15 mikrosatelit marker kullanılarak populasyonlar arası varyasyon ve

mikrosatelit markerlerin ebeveyn testinde kullanılırlığını araştırmışlardır. Allel sayıları,

gözlenen (Hgöz) ve beklenen (Hbek) heterozigositluk değerleri hesaplanmıştır.

Lokuslarda ortalama allel sayıları 4,4 ile 10,9 allel gösterdiği için bütün lokuslar

polimorfiktir. Irklarda 3,9 (Estonyan Ruhnu) ile 8,3 (Beyaz Başlı Estonya) arasında

değişen ortalama allel sayıları az sayıda olan Baltık ırklarında bile ebeveyn testinde

29

kullanımını sağlamaktadır. Estonya Saaremaa ırkı hariç diğer ırklarda ortalama

beklenen ve ortalama gözlenen heterozigotluk değerleri arasında farlılıklar yüksek

bulunmamıştır. Çalışılan populasyonlarda Estonyan Ruhnu ırkı düşük genetik değişim

göstermektedir. Grafik yöntemler ve Wilcoxon İşaret Sıralama Testi ile Bootleneck testi

uygulanarak populasyon genişliğindeki azalmalar incelenmiştir. Yalnızca Estonya

Ruhnu populasyonu allel frekanslarında düşük mod-yüksek sapma göstermesi

populasyon genişliğinde muhtemel azalmayı belirtmektedir.

İtalya’nın merkezinde Viterbo ilinde yetiştirilen 17 adet sürüde genetik varyasyonun

dağılımının belirlenmesi için 11 polimorfik mikrosatelit değerleri kullanılmıştır. Örnek

genişliği lokus sayılarının uygunluğu bootstrap prosedürü ile kontrol edilmiştir. Elde

edilen veriler sürü içinde ve sürüler arasında genetik varyasyonu ve sürüdeki

akrabalığın belirlenmesi için kullanılmıştır. Sürüler arasında genetik ilişkilerin

belirlenmesi için Nei genetik uzaklık değerlerine Temel Bileşenler Analizi uygulanarak

belirlenmiştir. Genetik analizler bazı sürülerde homozigotların çoğunluğunu

göstermiştir. Genetik verilerin en yüksek olabilirlik testlerinde kullanımı ile uygun ıslah

yöntemlerinin belirlenmesi araştırılmıştır. Sürüler arasında genetik varyasyonu artırmak

için uygulanacak uygun çiftleştirme stratejisi geliştirmek için örnek bir çalışmadır. Elde

edilen sonuçların diğer evcil türlerde de kullanımının mümkün olduğunu belirtmişlerdir

(Pariset et al. 2003).

Bulut (2004) tarafından hazırlanan doktora tez çalışmasında yedi farklı koyun

populasyonunun (Konya Merinosu, Karacabey Merinosu, Akkaraman, Alman Siyah

Baş (ASB), Hasmer, Hasak ve ASB x AK melezi) genetik yapısını araştırmak için 169,

diğer araştırıcılardan temin edilen Kıvırcık ve Dağlıç populasyonlarının verilerinin de

ilavesiyle toplam 226 adet bireyden edilen verileri kullanmıştır. Bu populasyonların

genetik yapılarını belirlemek amacıyla üç mikrosatelit lokusu (OarFCB20, OarJMP29

ve OarJMP58) incelenmiş ve toplam 49 adet allel, Kıvırcık ve Dağlıç populasyonlarıyla

birlikte toplam 61 adet allel gözlenmiştir. Akkaraman, Hasak, Hasmer, Kıvırcık ve

Dağlıç populasyonlarında olmak üzere toplam 11 adet özel allele rastlanmıştır.

Populasyonların heterozigotluk düzeylerine bakıldığında ortalama gözlenen

heterozigotluğun (Ho) 0,762-0,857 (dokuz populasyon birlikte 0,707-0,857) arasında

30

olduğu, ortalama beklenen heterozigotluğun (He) ise hem kendi populasyonlarımızda

hem de Kıvırcık ve Dağlıç verilerinin ilavesinde 0,790-0,867 arasında olduğu

görülmüştür. F istatistikleri populasyonların Hardy-Weinberg dengesinde olduğunu

göstermiştir. Populasyonlar için hesaplanan FIS değerlerinin -0,051-0,088 (Kıvırcık ve

Dağlıç verilerinin ilavesiyle -0,051-0,148) arasında değiştiği ve Kıvırcık hariç (P<0,01)

bütün populasyonlar için istatistiksel olarak önemsiz (P>0,05), FST değerlerinin ise

(0,053, Kıvırcık ve Dağlıç verilerinin ilavesiyle 0,071) istatistiksel olarak önemli olduğu

belirlenmiştir (P<0.001). Çalışma sonucu olarak; çalışılan ırklar ve ilave edilen Kıvırcık

ile Dağlıç ırklarında, populasyonlar içi ve populasyonlar arası genetik çeşitliliğin

yüksek olduğu görülmesine karşın, faktöriyel birleştirici analiz sonuçlarında sadece

Kıvırcık, Alman Siyah Baş ve Dağlıç populasyonlarının farklı gruplar oluşturduğu,

diğer populasyonların ise tek bir grupta toplandığı belirlenmiştir.

Cerit et al. (2004) 140 adet Kıvırcık ırkı koyundan elde edilen DNA örneklerinde 10

adet mikrosatelit lokusunda polimorfizmlere baktıkları çalışmalarında; OarFCB129

lokusunun, genel populasyonda Hardy-Weinberg dengesinden belirgin bir sapma

eğiliminde olduğu gözlemlenmiştir (P=0,0037; P<0,05). Her lokus için beklenen ve

gözlenen heterozigotluk oranı, dışlama gücü, ayrımlama gücü ve uyuşma olasılığı

hesaplamışlardır. STR/mikrosatelit lokusları içinde en yüksek heterozigotluk değeri

0,857 ile OarHH41 lokusunda gözlenirken, en düşük değer 0,650 ile OarFCB266

lokusunda görülmüştür. En yüksek dışlama olasılığı 0,71 ile OarHH41 lokusunda

gözlenirken, en düşük değer 0,36 ile OarFCB266 lokusunda saptanmıştır. En yüksek

ayrımlama gücü 0,968 ile OarHH41 lokusunda gözlenirken, en düşük değer 0,820 ile

OarFCB266 lokusunda gözlemlenmiştir. Uyuşma olasılığında ise en yüksek değeri

veren lokuslar OarFCB266, OarHH64 ve OarHH51 olurken, en düşük değerler

OarHH41, OarFCB19 ve OarFCB20 lokuslarında saptanmıştır. Bu çalışmada kullanılan

lokusların kombine ayrımlama ve dışlama gücü değerleri 10 lokusun tamamı

kullanıldığında sırası ile 0,999706 ve 0,999999 olarak gözlenmiştir. Araştırıcılar bu

lokuslar içerisinde OarHH41, OarFCB19, OarFCB20, OarVH110, OarFCB128,

OarFCB48 ve OarFCB129 lokuslarının yüksek ayrımlama ve dışlama gücüne sahip

olduğunu ve kolaylıkla tiplenebilmeleri açısından akrabalık ilişkilerinin saptanmasında

kullanılmalarının önerilebileceğini bildirmişlerdir.

31

Koban (2004) hazırladığı doktora tez çalışmasında, Türkiye yerli koyun ırklarında

mevcut genetik çeşitliliği mikrosatelit DNA lokusları kullanılarak incelenmiştir. Devlet

Üretme Çiftlikleri, üniversite üretim çiftlikleri ve yerel yetiştiricilerin elinde bulunan

sürülerden yerli ve melez 11 Türk ırkı (Akkaraman, Morkaraman, Kıvırcık, İvesi,

Dağlıç, Karayaka, Hemşin, Norduz, Kangal, Konya Merinosu ve Türkgeldi) ile bireyleri

Irak'tan getirilmiş yabancı bir ırkı (Hamdani) temsil eden toplam 423 örnek bu

çalışmada kullanılmıştır. Öncelikle üretim çiftliklerinden toplanan populasyonlardan

akrabalık derecesi yüksek bireylere ait veriler yakınlık (Kinship) analizinin sonuçları

doğrultusunda çıkartılmıştır.

Genetik varyasyonun ölçütlerinden beklenen heterozigotluk (HE) 0,686 ile 0,793

arasında, ortalama gözlenen allel sayıları (OAS) ise 5,8 ile 11,8 arasında değişmiştir.

Türkiye üzerinde allel frekans dağılımları Neolitik Gruplarca Yayılma Modeli'nin

beklediği gibi bir değişim göstermemiştir. FST indeksi Akkaraman, Karayaka ve

Dağlıç'ta aynı ırkın farklı populasyonlarındaki farklılaşmayı ölçmek için kullanılmıştır

ve yetiştirme çiftliğinden alınan Akkaraman1'in diğer iki Akkaraman populasyonundan

istatistiki önemde (P<0,001) farklı olduğu bulunmuştur. FIS indeksi ile ırklar Hardy-

Weinberg dengesi açısından test edilmiş, Akkaraman1, İvesi, Morkaraman ve

Hemşin'de Hardy-Weinberg’den sapma tespit edilmiştir. Mokeküler Varyans Analizi

(AMOVA) toplam genetik varyasyonun büyük bir kısmının (~%90) bireyler içinde

ayrışarak paylaşıldığını göstermiştir. Paralel sonuçlar bireylerarası genetik ilişkinin

incelendiği faktöriyel benzerlik analizi ve allel paylaşım uzaklığı ile de elde edilmiş ve

ırklararası belirgin bir fark görülmemiştir. DA genetik uzaklığı ile çizilen NJ ağacı ve

Temel Bileşenler Analizi ise populasyonlar arası farklılaşmayı incelemek için

kullanılmıştır. Delaunay örgüsü ırklar arasında dört adet (ikisi coğrafi bariyer ile

paralel) genetik sınır belirlemiştir. Sonuçların hepsi Kıvırcık'ın diğerlerinden çok farklı

olduğu yönündedir. Mantel ve Bottleneck testleri istatistiksel olarak anlamlı bir sonuç

ortaya koymamıştır. Avrupa ırklarının çoğuna genetik olarak en yakın bulunan ırk

Kıvırcık ırkı olup, Türk ırklarında Avrupa ırklarından farklı ve yüksek bir genetik

çeşitlilik belirlenmemiştir. Bunun nedeninin son yıllarda koyun sayısında yaşanan hızlı

düşüşün olabileceği ileri sürülmüştür (Koban 2004).

32

Soysal vd. (2005a) en erken evcilleştirilen koyun ırklarının olası komşu ırklardan olan

Türkiye yerli koyun ırklarının gelecekte koyun ırklarının gelişiminde önemli genetik

özelliklere sahip olduğunun düşünüldüğünü belirttikten sonra, koruma stratejilerinin

belirlenmesi için genetik varyasyon özelliklerinin belirlenmesi zorunluluğuna

değindikleri çalışmalarında, Kıvırcık, İvesi, Akkaraman gibi saf ve melez ırklar olan

Türkgeldi ve Konya Merinosunda karşılaştırmalı olarak mikrosatelit lokusları analiz

etmişlerdir. Gözlenen heterozigotluk değerlerinin (0,6673-0,7822) diğer ırklarda elde

edilen değerlere göre yüksek olması ırkların evcilleştirme merkezine yakın olduğunu

düşündürmektedir. Allel paylaşım değerlerinden yararlanarak çizilen Komşu Birleştirme

Ağacı (NJ) ırklar arası ilişkinin yüksek olmadığını göstermiştir. Genetik farklılığın

belirtisi olan FST değerleri önemli bulunmuştur. Üç mikrosatelit lokusu bakımından üç

ırkı ve melez ırkları belirlemede İvesi, Kıvırcık-Türkgeldi ve Akkaraman-Konya

Merinosu üç grup oluşturmuştur.

Soysal vd. (2005b) yaptıkları diğer bir araştırmada OarFCB304, OarFCB20 ve MAF65

mikrosatelit lokuslarında mikrosatelit DNA polimorfizmi kullanılarak Kıvırcık,

Akkaraman, İvesi, Türkgeldi ve Konya Merinosu koyun ırklarında yapağı özellikleri

(uzunluk, mukavemet, incelik, elastikiyet vb.) bakımından farklılıkları araştırmışlar,

homozigot ve heterozigot yapılar bakımından farklılıkları incelemişlerdir.

Türkiye yerli koyun ırklarında genetik ilişkiyi üç ana hattında mtDNA analizi ile

açıklamaya çalışmışlardır. 30 mikrosatelit lokusunda genetik varyasyon belirlenmiştir.

Varyasyon parametreleri ırklararasında yüksek varyasyonu belirtmektedir. Ortalama

allel sayıları 7,8 ile 10,4 arasında değişirken heterozigotluk 0,69 ile 0,74 arasında

değişmiştir. Irk içindeki varyasyondan kaynaklanan ırklararasında belirgin farklılıklar

gözlenmektedir. Bütün ırklarda 75 adet özgün allel belirlemişlerdir. Hemşin ırkında

genetik varyasyon ırkın sayısındaki azlıktan dolayı düşük bulunmuştur. Ortak allel

oranları (%54,8 ile %69.5) ve gen akımı değerleri (5,98 ile 28,32) ırklar arasında

farklılığın belirtisi olarak bildirilmiştir (Gutiérrez-Gil et al. 2006).

Mukesh et al. (2006) Kuzey Batı Hindistan’ın kurak ve yarı kurak bölgelerinde

yetiştirilen Nali ve Chokla ırkı ile Doğu Hindistan’da tuzlu balçık bölgelerde yetiştirilen

33

Garole ırkı koyunlar FAO MoDAD programı tarafından tavsiye edilen 11 koyuna özgü

mikrosatelit markerler bakımından inceledikleri çalışmalarında; mikrosatelit analizi

sonucu üç ırkında yüksek allelik ve gen çeşitliliğine sahip olduğunu saptamışlardır. Nali

ırkı (6,27 ve 0,65) Chokla (5,63 ve 0,64) ve Garole (5,63 ve 0,59) ırkından fazla

ortalama allel sayısı ve gen varyasyonu göstermiştir. Akrabalı yetiştirme değeri (FIS,

Chokla 0,286, Nali 0,284, Garole 0,227) ırklar içinde yüksek ilişkiyi gösterirken

heterozigot azlığının da belirtisidir. Ölçülen F istatistik değerleri sıfırdan farklı değerler

göstermiştir (P<0,05). Bütün lokuslar arasında FST (0,183) yüksek değerleri ırklararası

büyük farklılık derecesini izah etmektedir. Irklar arasında FST ve Nm değerleri dikkate

alındığında, Nali ve Chokla ırkları (FST=%6,62 ve Nm=4,80) çok yakın olarak

gözlenirken diğer ırklarda; Garole ve Nali (FST=%20,9 ve Nm=1,80) ırkları ve Garole

ve Chokla (FST=%21,4 ve Nm=1,71) olarak belirlenmiştir. Bunlara ek olarak ırklararası

genetik benzerlik ve populasyon yapısını belirlemek için yapılan genetik uzaklık

değerleri, filogenetik analiz ve bireysel belirleme testi Garole ile diğer ırklar arasındaki

farklılıkları açıklamaktadır. Garole ırkının belirlenen bu genetik farklılık değerleri bu

ırkın koruma altına alınması gerektiğini göstermektedir.

Hindistan’ın kuzey batı bölgelerinde kurak ve yarı kurak alanda yetiştirilen halı yapağısı

veren, kahverengi yüzlü, kısa kuyruklu Nali ve Chokla koyun ırklarında populasyonun

yapısı ve genetik varyasyonu FAO tarafından tavsiye edilen 25 koyuna özgü

mikrosatelite marker kullanarak belirledikleri çalışmada elde edilen sonuçlarda; (Allel

varyasyonu Nali ırkında 5,52, Chokla ırkında 5,32; gen varyasyonu Nali ırkında 0,651,

Chokla ırkında ise 0,657) yüksek oranda genetik varyasyon belirlenmiştir. Genetik

benzerliklerin belirlenmesinde kullanılan parametrelerde farklılığın az olduğu

belirlenmiştir. Genetik farklılık değeri (FST=0,083) çok düşük bir değer bulunurken

%70,4 gibi yüksek ortak allel yüzdesi ve Nei’s genetik uzaklık değerleri de (DS=0,229

ve DA=0,168) olarak bulunmuştur. Gen akımı değeri (Nm=3,896) birbirlerine yakın

coğrafik alanlarda yetiştirilen bu ırkların benzerliklerinin kaynağında önemli rol

oynamıştır. Populasyon akrabalı yetiştirme ölçüleri de (FIS; Nali=0,397, Chokla=0,299;

FIT=0,40) yetiştirilen ırklarda yüksek akrabalı yetiştirme ve yüksek genetik homojenite

olduğunu göstermiştir (P<0,05). Mikrosatelitlere göre karşılaştırmada ırklar arasında

elde edilen yakın genetik ilişki Rajasthani (Bikaneri grubu) koyunlarında elde edilen

34

bilgileri doğrulamaktadır. Elde edilen verilerden yararlanarak ıslah programlarına ve

hayvan kaynakları koruma çalışmalarına yön verilmesinde belirleyici bilgiler

sağlanacağını bildirmişlerdir (Sodhi et al. 2006).

Peter et al. (2007) Avrupa ve Ortadoğu’da 15 ayrı ülkede yetiştirilen yerli ve melez 57

adet koyun ırkının populasyon yapısı ve genetik varyasyonu 31 mikrosatelit marker ile

inceledikleri araştırmalarında ortalama beklenen heterozigotluk değerleri 0,63 (British

Exmoor Horn) ile 0,77 (Albanian Ruda) arasında değişmektedir. Güneydoğu Avrupa ve

Ortadoğu koyun ırkları Batı ve Kuzeybatı Avrupa ırklarına göre önemli derecede

varyasyona sahip bulunmuşlardır. Genetik farklılıklar (h) %5,7 olarak bulunurken

heterozigotluk eksikliği (f) bütün lokuslarda (P<0,001) gözlenmiştir. Temel Bileşenler

Analizi ve Bayesian modeline dayalı kümeleme analizi Güneydoğu ve Kuzeybatı

ayrımını ayrıca Ortadoğu yağlı kuyruklu, Güneydoğu Avrupa ve Batı/Kuzeybatı Avrupa

ırklarının ayrıldığını göstermektedir. Son gruplar ile Merinos ve Alpin grupları arasında

az farklılık gözlenmiştir. Çoğu küme arasındaki ayrımın oluşmamasının nedeninin

melezleme ve/veya değişimlerden kaynaklanabileceğini belirtilmektedir.

35

3. MATERYAL VE YÖNTEM

3.1 Materyal

Çalışmanın materyalini Güneydoğu Anadolu Tarımsal Araştırma Enstitüsü’nde

(Diyarbakır) kayıtlı olarak yetiştiriciliği yapılan 81 baş İvesi ırkı koyun oluşturmaktadır.

3.2 Yöntem

3.2.1 Hayvan gruplarının belirlenmesi

Hayvan gruplarının belirlenmesinde, Güneydoğu Anadolu Tarımsal Araştırma Enstitüsü

İşletmesinde tutulan 2005 yılı süt kontrol kayıtlarından faydalanılmıştır. Üç kontrol

döneminde (Aylık) ölçülen ikişer adet sabah ve akşam süt verimlerinden elde edilen

günlük süt verimi ortalaması, gün ve kontrol sayısına çarpılarak bulunan laktasyon süt

verim değerlerine göre gruplandırılmıştır. İşletmede kayıt altında yetiştirilen mevcut

234 koyunun süt verimlerine ait tanımlayıcı değerler Çizelge 3.1’de verilmiştir.

Çizelge 3.1 Laktasyon süt verimleri için tanımlayıcı değerler

İşletme Geneli Düşük Orta Yüksek Örnek Geneli

n 234 27 27 27 81

Ortalama (kg) 74,55 54,28 77,26 100,81 77,45

Standart Hata 1,43 1,83 1,44 3,52 2,54

Standart Sapma 21,86 9,49 7,47 18,29 22,83

Varyans 477,9 90,02 55,73 334,34 521,38 Varyasyon Katsayısı (%) 29,32 17,48 9,66 18,14 29,48

Minimum (kg) 29,93 35,07 58,65 51,64 35,07 %25'lik dilim (kg) 58,01 46,15 74,01 93,11 58,46 Ortanca Değer (kg) 75,85 55,35 77,82 98,31 77,8 %75'lik dilim (kg) 89,75 59,56 83,18 109,41 93,22 Maksimum (kg) 160,3 69,89 91,33 160,27 160,27

Laktasyon süt verimlerine yapılan varyans analizi (Çizelge 3.2) sonucu etkileri önemli

bulunan yaş ve laktasyon süresi çevre faktörlerine göre düzeltme yapıldıktan sonra elde

36

edilen verim değerlerinden (Çizelge 3.3); rasgele örnek seçilerek Yüksek, Orta ve

Düşük verimli olmak üzere üç grup oluşturulmuştur.

Çizelge 3.2 Laktasyon süt verimine ait varyans analizi tablosu

Varyasyon KaynağıSerbestlik DerecesiKareler Top.Düzeltilmiş Kareler Top. Düz. Kareler Ort. F P

Doğum Tipi 2 716,6 213,8 106,9 0,24 0,785

Yaş 6 7372,5 6386,6 1064,4 2,41 0,028

Laktasyon süresi 1 4695,1 4695,1 4695,1 10,620,001

Hata 222 98133,5 98133,5 442

Genel 231 110917,7

Çizelge 3.3 Düzeltilmiş laktasyon süt verimlerine ait tanımlayıcı değerler

N Ortalama

(kg) Standart Hata

Varyans

Varyasyon

Katsayısı

Min. (kg)

Maks. (kg)

İşletme Geneli

234

58,4 1,35 426,06 35,36 17,13 137,49

Düşük 27 39,0 1,43 55,04 19,02 23,34 48,85

Orta 27 59,1 1,20 39,17 10,59 49,6 68,62

Yüksek 27 84,3 2,72 199,42 16,74 69,33 137,49

Örnek Geneli 81 60,8 2,34 443,8 34,64 23,34 137,49

Seçilen gruplar arasında yapılan varyans analizi sonucu gruplar arasındaki farklılıklar

istatistiksel (P<0,01) olarak önemli bulunmuştur.

3.2.2 Kan örneklerinin alınması

Bu çalışmada kullanılan kan örnekleri steril ve tek kullanımlık iğneler ile 10 ml’lik

EDTA’lı tüplere boyun toplardamarından alınmıştır. Hayvanlardan alınan kanlar soğuk

zincirde laboratuvara getirilerek genomik DNA izolasyonu yapılıncaya kadar -20 ºC’de

saklanmıştır.

3.2.3 Genomik DNA izolasyonu

37

Genomik DNA molekülünün izolasyonunda Miller et al. (1988) tarafından bildirilen

DNA izolasyon protokolü laboratuvar ortamında optimize edilerek aşağıda açıklandığı

şekilde uygulanmıştır.

-20 ºC’de muhafaza edilen kan örnekleri derin dondurucudan çıkartılarak çözülene

kadar oda sıcaklığında (24-25 ºC) bekletilmiştir. Her bir kan örneğinden 500 µl alınarak

1,5 ml’lik ependorf tüp içine konulmuştur. Örneklerin üzerine 1 ml Eritrosit Lysis

Tampon Çözeltisi ilave edilmiş ve kısa bir süre vortekslenerek 10 dakika oda

sıcaklığında bekletilmiştir.

Bekletme süresinin sonunda örnekler 5.000 rpm’de 10 dk. santrifüj edilmiştir. Ependorf

tüplerin üst kısmında toplanan sıvı kısım dikkatli bir şekilde uzaklaştırılmıştır. Dipte

kalan peletlerin rengi gözlenerek peletlerin rengi beyaz olana kadar Eritrosit Lysis

Tampon Çözeltisi ile tekrar (en fazla 3 kez) muamele edilmiştir. Peletlerin üzerine 1 ml

Fizyolojik Tampon Çözeltisi eklenmiş ve kısa bir süre karıştırılmıştır. Örnekler 5.000

rpm’de 10 dk. santrifüj edilmiş ve santrifüj sonunda sıvı kısım dikkatli bir şekilde tekrar

uzaklaştırılmıştır. Peletlerin üzerine 300 µl Lysis TE Tampon Çözeltisi eklenmiş ve

peletlerin iyice çözünmesi sağlanmıştır. Çözülen peletlerin üzerine 100 µl SDS (%10)

solüsyonu ve 5 µl Proteinaz K (10 mg/ml) eklenerek hafifçe karıştırılmış ve 65 ºC’de

1,5 saat su banyosunda tutulmuştur. İnkübasyon süresince her 15 dakikada bir hafifçe

karıştırılmıştır. İnkübasyondan çıkarılan örneklerin üzerine 200 µl 6M NaCl çözeltisi

eklenerek 15 dk. vortekslenmiştir. Örnekler 11.000 rpm’de 10 dk. santrifüj edilmiştir.

Santrifüj sonunda üstte kalan ve DNA moleküllerini içeren sıvı kısım yeni bir ependorf

tüp içine koyulmuştur.

Örnekler 11.000 rpm’de 10 dk. tekrar santrifüj edilerek yine üstte kalan sıvı kısım yeni

bir ependorf tüp içine alınmıştır. Örnekler üzerine örnek hacminin iki katı hacimde

(yaklaşık 1 ml) %99’luk saf etil alkolden ilave edilmiştir. Etil alkol ilave edildikten

sonra ependorf tüpü DNA iplikçikleri kümeleşinceye kadar 4-5 kez hafifçe

karıştırılmıştır. Kümeleşen DNA iplikçiklerinin tüpün dibine çökmesi için tüp 10.000

rpm’de 5 dk. santrifüj edilmiştir. Santrifüj sonunda etil alkol uzaklaştırılarak tüpün

dibine çökmüş olan DNA peletinin üzerine 1 ml %70’lik etil alkol ilave edilerek 10.000

rpm’de 2 dk. santrifüj edilmiştir. Santrifüj işleminden sonra tüpün üstünde yer alan

38

alkol uzaklaştırılmıştır. Tüp içindeki alkolün tamamen uzaklaşmasını sağlamak

amacıyla örnekler çeker ocak içinde kurumaya bırakılmıştır. Tamamen kuruyan

örnekler üzerine 50 µl TE Tampon Çözeltisi ilave edilerek DNA peletinin çözülmesi

için bir gece +4ºC’de bekletilmiştir.

Genomik DNA izolasyonunun miktar ve saflık kontrollerinin yapılmasında NanoDrop

Spektrofotometre (ND 1000)’den yararlanılmıştır. Spektrofotometre ölçümleri

sonucunda 260/280 dalga boylarında 1,8-2,0 saflık ile miktar olarak 50 ng/µl değerinin

üzerinde bulunan DNA molekülleri PCR işlemi yapılıncaya kadar +4 ºC’de muhafaza

edilmiştir.

Çizelge 3.4 Tampon çözeltilerin molaritesi/miktarı ve içerikleri

3.2.4 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve kapilar elektroforez

Çalışmada PCR karışımı 10x Buffer (GeneMark), 3mM MgCl2 (GeneMark), 0,2 mM

dNTP (Fermantes), geri ve ileri primer 20 pmol/µL, Taq polimeraz (Genmark) 1,25 U,

75 ng/µL DNA) her bir örnek için toplam hacim 50 µl olacak şekilde 0,5 ml’lik steril

ependorf tüplerine hazırlanmıştır. Her PCR reaksiyonunda 2 adet negatif kontrol (DNA

örneği ilave edilmemiş bir tüp) ve 2 adet pozitif kontrol (daha önce yarı otomatik sekans

cihazında aynı gen bölgeleri yönünden çalışılmış, allel uzunlukları bilinen DNA

örnekleri) kullanılarak hem kontaminasyon olup olmadığı, hem de yükseltgenmenin

Tampon Çözelti Molarite/Miktar İçerik

Eritrosit Lysis 0,32 M 10 mM 5 mM

Sukroz EDTA MgCl2

Fizyolojik 75 mM 25 mM

NaCl EDTA

Lysis TE 500 mM 20 mM 10 mM

Tris-HCl EDTA NaCl

TE 10 mM 1 mM

Tris EDTA

6M NaCl Çözeltisi 5,64 g

10 ml’ye tamamlanır NaCl

Deiyonize ddH2O

39

doğruluğu kontrol edilmiştir. PCR reaksiyonu için optik densiteleri önceden hesaplanan

TE içinde çözdürülen DNA solüsyonlarından her örnek için 5 µl kullanılmıştır.

Çizelge 3.5’te çalışmada kullanılacak mikrosatelit lokuslara ait çeşitli özellikler

gösterilmiştir.

Çizelge 3.5 Lokuslara ait özellikler

Lokus OarFCB20 OarFCB128 OarFCB304 Erişim Numarası L20004 L01532 L01535

Kromozom 2p 2q 19

Geri Primer AAATGTGTTTAA

GATTCCATACAGTG CAGCTGAGCAACTA AGACATACATGCG

CCCTAGGAGCTTT CAATAAAGAATCGG

İleri Primer GGAAAACCCCC

ATATATACCTATAC ATTAAAGCATCTTC TCTTTATTTCCTCGC

CGCTGCTGTCAA CTGGGTCAGGG

Tekrar bölgesi (TG)15 (GT)15 (CT)11(CA)15

Lokusların çoğaltılmasında Çizelge 3.6’da verilen PCR programı uygulanmıştır. PCR

işlemi sonucunda örneklerin kontrolü %2’lik agaroz jellerinde yapılmıştır. PCR ürünleri

1/10 oranında sulandırılarak, 1 µl PCR ürününe, 12 µl Formamide, 0,5 µl Size Marker

Tamra 500 (GeneScan-500 TAMRA Size Standart Applied Biosystems) eklenerek

karıştırıldı. Karışım 95 ºC’de 2 dk. inkübe edilerek elektroforez işlemi

gerçekleştirilinceye kadar +4 ºC’de saklanmıştır.

Çizelge 3.6 Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) programı

Sıcaklık - Süre Aşama 95 oC → 5 dk. Ön denaturasyon (DNA eksenlerinin birbirlerinden ayrılması)

95 oC → 30 s.

25 döngü

Denaturasyon (DNA eksenlerinin birbirlerinden ayrılması)

55 oC → 30 s. Annealing (Primerin komplementer kalıp DNA ekseni bölgesine bağlanması)

72 oC → 30 s. Uzama (DNA bölgesinin sentezinin yapılması)

72 oC → 10 dk. Son Uzama (Üzerinde durulan DNA bölgesinin sentezinin son kez yapılması, Taq polimerazın PCR bölgesine polyA eklemesi)

Formamid ile muamele edilmiş örnekler ABI-310 Genetik Analiz cihazında POP4

polimeri kullanılarak C filtrede yürütülen örneklerden lokusların allel uzunlukları

belirlenmiştir.

40

3.2.5 İstatistik analizler için kullanılan paket programlar

Çalışılan mikrosatelit lokuslarına ait allel uzunlukları belirlendikten sonra, bu allel

uzunluk verileri mikrosatelit lokuslarına ait populasyonlar içi genetik çeşitlilik,

heterozigotluk düzeyleri, Wright’ın F istatistik değerleri GENETIX 4.05 programı ve

Hardy-Weinberg dengesine uyum, Polimorfik Bilgi İçeriği (PIC) Cervus programı

kullanılarak analiz edilmiştir. Ayrıca yapılan analizler Genepop ve Arlequin paket

programlarında tekrarlanmıştır.

Kullanılan programlara ait web sayfaları aşağıda listelenmiştir.

- Genetix 4.05: http://www.genetix.univ-montp2.fr/genetix/genetix.htm

- Cervus : http://www.fieldgenetics.com/pages/aboutCervus_Overview.jsp

- Arlequin : http://anthropologie.unige.ch/arlequin/

- Genepop : http://genepop.curtin.edu.au/index.html

41

4. ARAŞTIRMA BULGULARI

ABI-310 Genetik Analiz cihazında elde edilen ölçüm değerleri kapilar

elektroforeogramlar olarak elde edilmiştir. Şekil 4.1, 4.2 ve 4.3’te lokuslara ait örnek

elektroforeogramlar gösterilmiştir.

Şekil 4.1 OarFCB20 lokusuna ait örnek elektroforeogramlar

42

Şekil 4.2 OarFCB128 lokusuna ait örnek elektroforeogramlar

43

Şekil 4.3 OarFCB304 lokusuna ait örnek elektroforeogramlar

Lokuslar için elde edilen mikrosatelit allel genişlikleri literatür bilgileri ve lokus

gözlemleri dikkate alınarak çalışılan tüm lokuslar için çift değerler alacak şekilde

düzeltilerek Cervus, Genepop, Arlequin ve Genetix paket programlarında analizleri

44

yapılmıştır. Çizelge 4.1, 4.2 ve 4.3’te gruplar ve genel populasyon allel frekans

değerleri verilmiştir.

Çizelge 4.1 OarFCB20 lokusunda allel frekans değerleri

Allel Düşük Orta Yüksek Genel

% N (NHet) % N (NHet) % N (NHet) % 86 5,556 3(1) 3,704 2(2) 1,852 1(1) 3,704 88 3,704 2(2) - - 1,852 1(1) 1,852 90 5,556 3(3) 9,259 5(5) 5,555 3(3) 6,790 92 12,960 7(5) 11,111 6(6) 18,519 10(10) 14,197 94 12,960 7(5) 18,518 10(8) 18,519 10(10) 16,667 96 9,259 5(5) 5,556 3(3) 5,555 3(3) 6,790 98 - - 5,556 3(3) 3,704 2(2) 3,086 100 22,220 12(8) 20,370 11(7) 5,555 3(3) 16,049 102 11,110 6(6) 7,407 4(4) 7,407 4(4) 8,642 104 - - 5,556 3(3) 3,704 2(2) 3,086 106 5,556 3(3) 7,407 4(4) 9,259 5(5) 7,407 108 7,407 4(4) 3,704 2(2) 5,555 3(3) 5,556 110 - - - - 5,555 3(3) 1,852 112 1,852 1(1) - - 1,852 1(1) 1,235 114 - - - - 3,704 2(2) 1,235 116 1,852 1 (1) 1,852 1(1) 1,852 1(1) 1,852

OarFCB20 lokusuna ait allel genişliği 86-116 baz ve allel sayısı 16 adet olmakla birlikte

110 ve 114 bazlık alleller yüksek süt verimi grubu için özgün allellerdir.

Çizelge 4.2 OarFCB128 lokusunda allel frekans değerleri

Allel Düşük Orta Yüksek Genel

% N (NHet) % N (NHet) % N (NHet) % 92 9,259 5(5) 12,963 7(5) 11,110 6(6) 11,111 98 - - 1,852 1(1) - - 0,617 102 3,704 2(0) - - - - 1,235 104 16,670 9(7) 14,815 8(6) 14,815 8(8) 15,432 106 14,820 8(6) 35,185 19(9) 29,630 16(8) 26,543 108 - - 5,555 3(1) - - 1,852 110 3,704 2(0) - - 3,704 2(2) 2,469 112 20,370 11(7) 7,407 4(2) 22,222 12(4) 16,667 114 27,780 15(9) 16,667 9(5) 12,963 7(7) 19,136 116 3,704 2(2) 3,704 2(2) 3,704 2(2) 3,704 122 - - 1,852 1(1) 1,852 1(1) 1,235

45

OarFCB128 lokusunda ise allel genişliği 92-122 baz, allel sayısı 11 adettir ve 102

bazlık allel düşük süt verimi grubu, 98 ve 108 bazlık alleller ise orta süt verimi

grubunda özgün allellerdir.

Çizelge 4.3 OarFCB304 lokusunda allel frekans değerleri

Allel Düşük Orta Yüksek Genel

% N (NHet) % N (NHet) % N (NHet) % 138 - - 1,852 1(1) 1,852 1(1) 1,235 140 - - 7,407 4(4) 1,852 1(1) 3,086 146 - - 3,704 2(0) - - 1,235 150 - - 1,852 1(1) 1,852 1(1) 1,235 152 - - - - 1,852 1(1) 0,617 156 - - 3,704 2(2) 3,704 2(0) 2,469 158 7,407 4(2) 1,852 1(1) 3,704 2(2) 4,321 160 - - - - 3,704 2(0) 1,235 162 14,815 8(4) 18,518 10(6) 14,815 8(4) 16,049 164 35,185 19(11) 31,481 17(11) 25,926 14(10) 30,864 166 - - 3,704 2(2) 5,555 3(1) 3,086 168 - - 1,852 1(1) - - 0,617 170 12,963 7(3) 5,555 3(3) 7,407 4(2) 8,642 172 9,259 5(1) 7,407 4(2) 3,704 2(2) 6,790 174 1,852 1(1) 3,704 2(2) - - 1,852 176 - - - - 3,704 2(0) 1,235 178 9,259 5(5) - - 3,704 2(2) 4,320 180 9,259 5(5) 1,852 1(1) 7,407 4(4) 6,173 182 - - 1,852 1(1) 3,704 2(2) 1,852 184 - - 1,852 1(1) 1,852 1(1) 1,235 188 - - - - 3,704 2(2) 1,235 190 - - 1,852 1(1) - - 0,617 OarFCB304 lokusunda allel genişliği 138-190 baz; allel sayısı 22 adet olup; 146, 168 ve

190 allelleri orta süt verimi; 152, 160, 176 ve 188 allelleri ise yüksek süt verim grubu

için özgün allellerdir. Özgün allellerin belirlenmesinde %5 değerinin altındaki allellerin

dikkate alınmadığı durumda; OarFCB20 lokusunda yüksek verim grubunda 110 bazlık

allel ve OarFCB128 lokusunda 108 bazlık allelin özgün allel olarak kabul edilmesi

gerekir.

Mikrosatelit lokuslarına ait çeşitli populasyon genetiği parametreleri Çizelge 4.4’te

verilmiştir. Çizelgede verilen bilgiler incelendiğinde allel sayılarının lokuslara göre

46

sırasıyla genel içinde 16, 11 ve 22; düşük grupta 12, 8 ve 8; orta grupta 12, 9 ve 17;

yüksek grubu için ise 16, 8 ve 18 olduğu görülmektedir. Tüm gruplarda PIC

parametresinin yüksek değerler aldığı gözlenmektedir. OarFCB128 ve OarFCB304

lokuslarında gözlenen heterozigotluk değerleri beklenen değerlerin altında bulunmuştur.

Bu lokuslar bakımından İvesi koyun ırkına ait bu sürünün Hardy-Weinberg dengesinde

olmadığı görülmektedir. Buradan sürü içinde dengeyi bozan uygulamaların özellikle

seleksiyona tabi tutularak yetiştiriciliğin yapıldığı sonucu çıkarılabilir. OarFCB20

lokusu bakımından aynı durum geçerli değildir.

Çizelge 4.4 Mikrosatelit lokuslarında genetik parametre değerleri

Lokus Parametre Genel Düşük Orta Yüksek

OarFCB20

Allel Sayısı 16 12 12 16 HGöz. 0,901 0,815 0,889 1,000 HBek. 0,902 0,896 0,897 0,913 PIC 0,888 0,868 0,869 0,888

F(Null) -0,002 0,039 -0,002 -0,058

OarFCB128

Allel Sayısı 11* 8 9 8 HGöz. 0,654 0,667 0,593 0,704 HBek. 0,831 0,834 0,814 0,824 PIC 0,804 0,795 0,776 0,783

F(Null) 0,116 0,099 0,149 0,078

OarFCB304

Allel Sayısı 22* 8* 17 18* HGöz. 0,667 0,593 0,741 0,667 HBek. 0,860 0,821 0,860 0,901 PIC 0,844 0,785 0,831 0,876

F(Null) 0,118 0,144 0,064 0,134 * Belirtilen lokuslarda Hardy-Weinberg dengesine uyum sağlanmamaktadır.

Hardy-Weinberg dengesine uyum kontrolleri Genepop ve Arlequin paket programları

kullanılarak yapılmıştır.

Populasyonda ve allellerde tespit edilen FIS değerleri Çizelge 4.5, 4.6 ve 4.7’de

gösterilmiştir.

OarFCB20 lokusunda hesaplanan FIS değerleri diğer lokuslar için hesaplanan

değerlerden daha küçük değerler almıştır. Akrabalı yetiştirmenin bir ölçüsü olan bu

47

değer OarFCB128 ve OarFCB304 lokuslarında Hardy Weinberg dengesinde sapma

oluşturacak kadar büyük değerler hesaplanmıştır.

Çizelge 4.5 OarFCB20 lokusunda FIS değerleri

Allel Düşük Orta Yüksek Toplam 86 0,658 -0,020 0,000 0,313 88 -0,020 - 0,000 -0,013 90 -0,040 -0,083 -0,040 -0,067 92 0,198 -0,106 -0,209 -0,058 94 0,198 0,037 -0,209 -0,016 96 -0,083 -0,040 -0,040 -0,067 98 - -0,040 -0,020 -0,026 100 0,161 0,219 -0,040 0,181 102 -0,106 -0,061 -0,061 -0,088 104 - -0,040 -0,020 -0,026 106 -0,040 -0,061 -0,083 -0,074 108 -0,061 -0,020 -0,040 -0,053 110 - - -0,040 -0,013 112 0,000 - 0,000 -0,006 114 - - -0,020 -0,006 116 0,000 0,000 0,000 -0,013

W&C 0,092 0,009 -0,097 0,001 R&H 0,072 -0,021 -0,049 -0,002

Weir and Cockerham (1984), Robertson and Hill (1984)

Çizelge 4.6 OarFCB128 lokusunda FIS değerleri

Allel Düşük Orta Yüksek Toplam 92 -0,083 0,198 -0,106 0,006 98 - 0,000 - 0,000 102 1,000 - - 1,000 104 0,085 0,138 -0,156 0,013 106 0,138 0,287 0,307 0,278 108 - 0,658 - 0,664 110 1,000 - -0,020 0,492 112 0,219 0,475 0,584 0,427 114 0,188 0,350 -0,130 0,168 116 -0,020 -0,020 -0,020 -0,032 122 - 0,000 0,000 -0,006 W&C 0,204 0,276 0,148 0,214 R&H 0,345 0,232 0,043 0,282

48

Çizelge 4.7 OarFCB304 lokusunda FIS değerleri

Allel Düşük Orta Yüksek Toplam 138 - 0,000 0,000 -0,006 140 - -0,061 0,000 -0,026 146 - 1,000 - 1,000 150 - 0,000 0,000 -0,006 152 - - 0,000 0,000 156 - -0,020 1,000 0,492 158 0,475 0,000 -0,020 0,259 160 - - 1,000 1,000 162 0,429 0,281 0,429 0,364 164 0,125 0,074 0,055 0,080 166 - -0,020 0,658 0,386 168 - 0,000 - 0,000 170 0,521 -0,040 0,475 0,380 172 0,787 0,475 -0,020 0,517 174 0,000 -0,020 - -0,013 176 - - 1,000 1,000 178 -0,083 - -0,020 -0,039 180 -0,083 0,000 -0,061 -0,060 182 - 0,000 -0,020 -0,013 184 - 0,000 0,000 -0,006 188 - - -0,020 -0,006 190 - 0,000 - 0,000 W&C 0,282 0,141 0,264 0,226 R&H 0,280 0,099 0,256 0,245

Örnek sürüden elde edilen düzeltilmiş laktasyon süt verim değerlerine göre lokuslarda

heterozigotluk/homozigotluk durumlarına tanımlayıcı değerler çizelge 4.8’de

verilmiştir.

Çizelge 4.8 Lokuslarda heterozigotluk durumlarına göre tanımlayıcı değerler

OARFCB20* OARFCB128 OARFCB304

Heterozigot Homozigot Het. Hom. Het. Hom. N 73 8 53 28 54 27

Ortalama 62,54 45,07 61,25 60 61,99 58,47 Standart Hata 2,46 5,08 3,1 3,45 2,63 4,7 Standart Sapma 21,04 14,36 22,56 18,27 19,31 24,42

Varyans 442,5 206,17 508,9 333,8 373,03 596,56 V.K. 33,63 31,86 36,83 30,45 31,16 41,77

Minimum 25,6 23,34 23,34 33,32 25,6 23,34 Maksimum 137,49 64,49 137,49 94,05 100,54 137,49

* Ortalamalararası farklılık istatiksel olarak önemli (P<0,05)

49

Örnek sürüden elde edilen düzeltilmiş laktasyon süt verim değerlerine göre gruplara

ayrılarak inceleme yapıldığında (Çizelge 4.9) gruplar arasında farklılık önemli

çıkmamaktadır. Çizelge 4.9 incelendiğinde OarFCB20 lokusunda homozigot birey

olmadığı gözlenmektedir.

Çizelge 4.9 Lokuslarda gruplara göre homozigot/heterozigot tanımlayıcı değerleri

Lokus Grup N Ortalama±Standart Hata OarFCB20 Heterozigot Düşük 22 39,5±1,41 OarFCB20 Homozigot Düşük 5 36,9±4,93 OarFCB20 Heterozigot Orta 24 59,2±1,32 OarFCB20 Homozigot Orta 3 58,8±3,04 OarFCB20 Heterozigot Yüksek 27 84,3±2,72 OarFCB20 Homozigot Yüksek - -

OarFCB128 Heterozigot Düşük 18 38,4±1,98 OarFCB128 Homozigot Düşük 9 40,2±1,71 OarFCB128 Heterozigot Orta 16 58,9±1,64 OarFCB128 Homozigot Orta 11 59,4±1,84 OarFCB128 Heterozigot Yüksek 19 84,9±3,63 OarFCB128 Homozigot Yüksek 8 83,1±3,4

OarFCB304 Heterozigot Düşük 16 40,0±1,79 OarFCB304 Homozigot Düşük 11 37,6±2,39 OarFCB304 Heterozigot Orta 20 59,6±1,32 OarFCB304 Homozigot Orta 7 57,8±2,83 OarFCB304 Heterozigot Yüksek 18 84,3±2,23 OarFCB304 Homozigot Yüksek 9 84,5±7,14

Çizelge 4.10’da lokusların karşılıklı olarak homozigotluk durumları dikkate alındığında

elde edilen tanımlayıcı değerleri verilmiştir.

Çizelge 4.10 Lokuslar arasında heterozigotluk durumlarına göre tanımlayıcı değerler

OarFCB20 Heterozigot

Heterozigot Homozigot Homozigot

OarFCB128 Homozigot Heterozigot OarFCB304 Het. Hom. Het. Hom. Het. Hom. Het. Hom.

N 31 18 18 6 3 1 2 2 Ortalama 64,04 61,68 61,82 59,59 42,46 23,337 61,11 43,82

Standart Hata 3,66 5,96 4,29 9,56 7,9 - 3,38 4,2 Minimum 25,6 31,34 34,17 33,32 27,39 23,337 57,74 39,62 Maksimum 100,54 137,49 94,05 91,72 54,11 23,337 64,49 48,02

50

5. TARTIŞMA VE SONUÇ

Araştırma sonucunda elde edilen veriler lokuslara göre başlıklar halinde incelenecektir.

5.1 OarFCB20 Lokusunun Değerlendirilmesi

OarFCB20 lokusunda 86-116 baz genişliğinde Düşük grupta 12, Orta grupta 12, Yüksek

grupta 16 ve Genel için 16 adet allel bulunurken gözlenen ve beklenen heterozigotluk

değerleri gruplar için sırasıyla 0,815-0,896; 0,889-0,897; 1,0-0,913 ve 0,901-0,902

olarak belirlenmiştir. Ortalama Polimorfik Bilgi İçeriği (PIC) değerleri de Düşük grupta

0,868; Orta grupta 0,869; Yüksek grupta 0,888 ve Genel için 0,888 olarak

hesaplanmıştır.

OarFCB20 mikrosatelit lokusu kullanılarak yapılan çalışmalar aşağıda özetlenmiştir.

Beş Çin keçi ırkında altı mikrosatelit lokusunda yaptıkları araştırmada Yang et al.

(1999); Tibetian ırkında yedi allel 96-126 baz genişliğinde, Neimonggol ırkında yedi

allel 96-120 baz genişliğinde, Liaonnig ırkında yedi allel 90-106 baz genişlikte, Taihang

ırkında altı allel 98-128 baz genişlikte ve Matou ırkında 90-106 baz genişliğinde yedi

allel bulmuşlardır.

Behl et al. (2003) iki Hindistan keçi ırkında 22 mikrosatelit lokusu ile yaptıkları

araştırmalarında; Bengal ırkında dokuz allel 90-126 baz genişliğinde (HGöz. 0,81; HBek.

0,86) PIC değeri 0,84; Chegu ırkında sekiz allel 90-126 baz genişliğinde (HGöz. 0,74-

HBek. 0,80) PIC değeri 0,88 olarak bulmuşlardır.

Kıvırcık ırkı 140 adet koyunda mikrosatelit lokuslarında yaptıkları araştırmada 94-118

baz genişliğinde 12 allel, HGöz. 0,814, HBek. 0,818 ve Q değerini 0,63 olarak tespit

etmişlerdir (Cerit et al. 2004).

Xiang-Long and Valentini (2004) araştırmalarında sekiz Çin keçi ırkında 18 adet

mikrosatelit lokuslarında yaptıkları moleküler genetik çalışmalarında, 79-106 baz

51

genişlikte 10 allel belirlemişlerdir. PIC değerini 0,671 ve gözlenen heterozigotluk

değerini de 0,79 olarak bulmuşlardır.

Beş adet Türkiye Yerli koyun ırkından toplam 174 adet koyunda yaptıkları çalışmada

Soysal vd. (2005a); PIC değerini 0,80 olarak bulmuşlardır. Akkaraman ırkında dokuz

allel, HBek. 0,752, HGöz. 0,6571; İvesi ırkında sekiz allel HGöz. 0,8065, HBek. 0,8318;

Kıvırcık ırkında 11 allel 0,896 HBek., 0,8824 HGöz.; Türkgeldi ırkında yedi allel 0,7713

HBek., 0,7813 HGöz. ve Konya Merinosu ırkında ise yedi allel 0,77 HBek., 0,7941 HGöz.

olarak bulunmuştur.

Baumung et al. (2006) 11 İngiliz ırkından oluşan 717 adet koyunda 25 mikrosatelit

lokusunu inceledikleri çalışmalarında, 85-118 baz genişlikte 15 allel gözlemişler ve

HGöz. 0,767; HBek. 0,846 olarak bulmuşlardır.

5.2 OarFCB128 Lokusunun Değerlendirilmesi

OarFCB128 lokusunda 92-122 baz genişliğinde Düşük grupta sekiz, Orta grupta dokuz,

Yüksek grupta sekiz ve Genel için 11 allel bulunurken gözlenen ve beklenen

herozigotluk değerleri gruplar için sırasıyla 0,667-0,834; 0,593-0,814; 0,593-0,814 ve

0,654-0,831 olarak bulunmuştur. PIC değerleri Düşük grupta 0,795; Orta grupta 0,776;

Yüksek grupta 0,783 ve Genel için 0,804 olarak hesaplanmıştır.

OarFCB128 mikrosatelit lokusu kullanılarak yapılan çalışmalar aşağıda özetlenmiştir.

Romney, Merinos, Coopworth, Perendale, Texel ve Finnish Landrace ırkı koyunlardan

24 erkek, 26 dişi olmak üzere 50 koyunda yapılan mikrosatelit çalışmasında, 99-131

allel genişliğinde sekiz allel tespit ederlerken PIC değerini 0,72 olarak bulmuşlardır

(Buchanan and Crawford 1993).

Merinos ırkında Tomasco et al. (2002) tarafından yapılan araştırmada, 112-128 baz allel

genişliklerinde altı allel tespit etmişlerdir. PIC değeri 0,68; heterozigotluk 0,59 ve

52

dışlama olasılığı (Q) değeri 0,45’tir. Corriedale ırkında ise 100-128 baz genişliğinde

yedi allel bulmuşlar ve 0,79 PIC değeri, Q değerini de 0,63 olarak bulmuşlardır.

Cerit et al. (2004), 140 adet Kıvırcık ırkı koyunda mikrosatelit lokuslarında yaptıkları

araştırmada 99-125 baz genişliğinde sekiz allel, HGöz. 0,786, HBek. 0,77 ve Q değerini de

0,57 olarak tespit etmişlerdir.

Nali ve Chokla ırkı koyunlarda yapılan mikrosatelit polimorfizmi araştırmasında Nali

ırkında 96-120 baz genişliğinde beş allel, HBek. 0,563, PIC (0,525) ve Chokla ırkında ise

96-120 baz genişliğinde altı allel, HBek. 0,799 ve PIC değerini de 0,768 olarak

bulmuşlardır (Sodhi et al. 2006).

5.3 OarFCB304 Lokusunun Değerlendirilmesi

OarFCB304 lokusunda 138-190 baz genişliğinde Düşük grupta sekiz, Orta grupta 17,

Yüksek grupta 18 ve Genel için 22 adet allel bulunurken gözlenen ve beklenen

heterozigotluk değerleri gruplar için sırasıyla 0,593-0,821; 0,741-0,860; 0,667-0,901 ve

0,667-0,860 olarak bulunmuştur. PIC değerleri Düşük grupta 0,785; Orta grupta 0,831;

Yüksek grupta 0,876 ve Genel için 0,844 olarak hesaplanmıştır.

OarFCB304 mikrosatelit lokusu kullanılarak yapılan çalışmalar aşağıda özetlenmiştir.

Buchanan and Crawford (1993) Romney, Merinos, Coopworth, Perendale, Texel ve

Finnish Landrace ırkı koyunlardan 24 erkek, 26 dişi olmak üzere 50 koyunda yapılan

mikrosatelit çalışmasında PIC değerini 0,54 ve 150-188 allel genişliğinde dokuz allel

tespit etmişlerdir.

Yang et al. (1999) beş Çin keçi ırkında altı mikrosatelit lokusunda yaptıkları

araştırmada; Tibetian ırkında dokuz allel 130-166 baz genişliğinde; Neimonggol ırkında

sekiz allel 130-164 baz genişliklerinde; Liaonnig ırkında sekiz allel 130-176 baz

genişlikte; Taihang ırkında dokuz allel 130-166 baz genişlikte ve Matou ırkında sekiz

allel 130-176 baz genişliğinde bulmuşlardır.

53

İki Hindistan keçi ırkında 22 mikrosatelit lokusu kullanarak yaptıkları araştırmalarında;

Bengal ırkında 12 allel 130-166 baz genişliğinde (HGöz. 0,68- HBek. 0,89) PIC değerini

0,88 ve Chegu ırkında 10 allel 130-166 baz genişliğinde (HGöz. 0,68- HBek. 0,88) PIC

değerini ise 0,86 olarak bulmuşlardır (Behl et al. 2003).

Xiang-Long and Valentini (2004) araştırmalarında sekiz Çin keçi ırkında 18 adet

mikrosatelit lokusu ile yaptıkları moleküler genetik çalışmalarında; 126-175 baz

genişlikte 10 adet allel tespit ederken, PIC değerini 0,705, HGöz. değerini de 0,846 olarak

belirlemişlerdir.

Marwari keçilerinde 25 mikrosatelit lokusunda yaptıkları araştırmada 124-164 baz

genişliğinde sekiz allel, PIC (0,781), HGöz. (0,66) ve HBek. (0,815) değerlerini

belirlemişlerdir (Kumara et al. 2005).

Soysal vd. (2005a) beş adet Türkiye Yerli koyun ırkından toplam 174 adet koyunda

yaptıkları çalışmada, PIC değerini 0,54 olarak bulmuşlardır. Akkaraman ırkında 13 allel

HBek. 0,8203; HGöz. 0,8571; İvesi ırkında 12 allel HBek. 0,7282, HGöz. 0,6774; Kıvırcık

ırkında sekiz allel 0,6936 HBek., 0,4706 HGöz.; Türkgeldi ırkında sekiz allel 0,7911 HBek.,

0,8485 HGöz.; Konya Merinosu ırkında ise dokuz allel 0,779 HBek. ve HGöz. değeri ise

0,6364 olarak bulunmuştur.

Baumung et al. (2006) 11 İngiliz ırkından oluşan 717 adet koyunda 25 mikrosatelit

lokusunu inceledikleri çalışmalarında 154-191 baz genişlikte 15 allel belirlemişler ve

HGöz. 0,699; HBek. 0,790 olarak bulmuşlardır.

Jamunapari keçilerinde yapılan bir araştırmada (Goura et al. 2006) 10 allel 133-170 baz

genişliğinde PIC (0,725), HGöz. (0,773) ve HBek. (0,760) bulunmuştur.

5.4 Genel Değerlendirme

Populasyonlar için hesaplanan parametreler ise Genel için ortalama allel sayısı 16,33;

Düşük grupta 9,33; Orta grupta 12,67 ve Yüksek grupta 14 olarak belirlenmiştir.

54

Ortalama beklenen heterozigosite gruplar için sırasıyla 0,8646; 0,8505; 0,8570 ve

0,8793 olarak hesaplanmıştır. PIC değerleri de sırasıyla 0,8451; 0,8159; 0,8252 ve

0,8490 olarak bulunmuştur.

Tez çalışmasında elde edilen veriler literatür verileri ile karşılaştırıldığında tüm lokuslar

için allel sayılarının fazla olduğu gözlenmektedir. OarFCB20 lokusunda allel

genişlikleri 60-128 bazları arasında iken, çalışmamızda 86-116 baz olarak

belirlenmiştir. OarFCB128 lokusunda allel genişlikleri 90-131 bazları arasında iken,

çalışmamızda 92-122 baz olarak belirlenmiştir. OarFCB304 lokusunda allel genişlikleri

120-188 bazları arasında iken, çalışmamızda 138-190 baz olarak belirlenmiştir.

OarFCB128 ve OarFCB304 lokuslarında heterozigotluk değerleri beklenen

heterozigotluk değerlerinin altında değerler hesaplanmıştır.

Lokuslar içinde özgün alleller OarFCB20 lokusunda yüksek verim grubunda 110 baz

alleli ve OarFCB128 lokusunda orta verim grubunda 108 baz allelidir.

Gruplar içinde en düşük heterozigotluk değeri (0,593) OarFCB128 lokusunda Orta

grubunda ve OarFCB304 lokusunda Düşük grubunda, en yüksek değer (1,000) ise

OarFCB20 lokusunda Yüksek grubunda gözlemlenmiştir. PIC değerleri ise 0,776-0,888

arasında değişmektedir.

Laktasyon süt verim değerlerine göre gruplara ayrılan İvesi ırkı koyunlarda moleküler

yapının gruplara göre değişiminin incelendiği bu araştırmada elde edilen sonuçlardan

yararlanarak seleksiyon çalışmalarında kullanılarak uygulamaya aktarılabilir. QTL

çalışmasının yapılabilmesi için gerekli olan ön bilgileri sağlamaktadır.

55

KAYNAKLAR

Anonim. 2007a. Web sitesi. http://www.ortohum.gov.tr/Tekbul/biotek.doc. Erişim

Tarihi: Ağustos 2007. Anonim. 2007b. Web sitesi. http://www.tagem.gov.tr/hgk/biyocesitlilik.htm. Erişim

Tarihi: Ağustos 2007. Arranz, J.J., Bayon, Y. and Primitivo, F.S. 1998. Genetic relationships among Spanish

sheep using microsatellites, Animal Genetics, 29(6) 435-440. Arranz, J.J., Bayon, Y. and Primitivo, F.S. 2001a. Genetic variation at microsatellite

loci in Spanish sheep, Small Ruminant Research, 39(1) 3-10. Arranz, J.J., Bayon, Y. and Primitivo, F.S. 2001b. Differentiation among Spanish sheep

breeds using microsatellites, Genetic Selection Evolution, 33(5) 529-42. Arruga, M.V., Monteagudo, L.V., Tejedor, M.T., Barrao, R. and Ponz, R. 2001.

Analysis of microsatellites and paternity testing in Rasa Aragonesa sheep, Research in Veterinary Science, 70(3) 271-273.

Baumung, R., Cubric-Curik, V., Schwend, K., Achmann, R. and Sölkner, J. 2006. Genetic characterisation and breed assignment in Austrian sheep breeds using microsatellite marker information. J. Anim. Breed. Genet. 123: 265–271.

Becker, W.M. and Deamer, D.W. 1991. The World of the Cell. Second Edition, 748, The Benjamin/Cummings Publishing Co., Redwood City.

Behl, R., Sheoran, N., Behl, J., Vijh, R. K. and Tantia, M. S. 2003. Analysis of 22 heterologous microsatellite markers for genetic variability in Indian goats. Animal Biotechnology Vol. 14, No. 2, pp. 167-175.

Beuzen, N.D., Stear, M.J. and Chang, K.C. 2000. Molecular markers and their use in animal breeding. The Veterinary Journal, 160:42-52.

Bourdon, R.M. 1997. Understanding animal breeding. 29-412, Prentice-Hall Inc., London.

Boyce, W.M., Hedrick, P.W., Muggli-Cockett, N.E., Kalinowski, S., Penedo, M.C. and Ramey, R.R. 1997. Genetic variation of major histocompatibility complex and microsatellite loci: a comparison in Bighorn sheep, Genetics, 145: 421-433.

Buchanan, F.C., Adams, L.J., Littlejohn, R.P., Maddox, J.F. and Crawford, A.M. 1994. Determination of evolutionary relationships among sheep breeds using microsatellite, Genomics, 22(2) 397-403.

Buchanan, F.C. and Crawford, A.M. 1993. Ovine microsatellites at the OarFCB11, OarFCB128, OarFCB193, OarFCB266 and OarFCB304 loci. Animal Genetics 24:145.

Bulut, Z. 2004. Türkiye’deki bazı koyun ırklarının genetik yapılarının mikrosatelitlerle incelenmesi. Selçuk Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü. Yayımlanmamış Doktora Tezi.

Camp, P.S. and Arms, K. 1984. Exploring Biology. Second Edition, 587, Saunders College Publishing, Philadelphia.

Cerit, H., Altınel, A., Elmaz, Ö. and Avanus, K. 2004. Polymorphism Evaluation of Various Genomic Loci in the Kıvırcık Sheep Breed of Turkey. Turk J. Vet. Anim. Sci. 28:415-425.

Crawford, A.M., Dodds, K.G. and Pierson, C.A. 1995. An autosomal genetic linkage map of the sheep genome, Genetics, 40:703-724.

56

de Gortari, M.J., Freking, B.A., Cuthbertson, R.R., Kappes, S.M., Kele, J.W., Stone, R.T., Leymaster, K.A., Dodds, K.G., Crawford, A.M. and Beattie, C.W. 1998. A second-generation linkage map of the sheep genome, Mam. Genome, 9:204-209.

Debrauwere, H., Gendrel, C. G., Lechat, S. and Dutreix, M. 1997. Differences and similarities between various tandem repeat sequences: minisatellites and microsatellites. Biochemie. 79:577-586.

Devrim, A.K. 2002. Genetik polimorfizm ve mikrosatelitler. Kafkas Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, yayımlanmamış doktora semineri.

Diez-Tascon, C., Littlejohn, R.P., Almeida, P.A.R. and Crawford, A.M. 2000. Genetic variation within the Merino sheep breed: analysis of closely related populations using microsatellites, Animal Genetics, 31: 243-251.

Diez-Tascon, C., Bayon, Y., Arranz, J.J., De La Fuente, F. and San Primitivo, F. 2001. Mapping quantitative trait loci for milk production traits on ovine chromosome 6. Journal of Dairy Research. 68:389-397.

Düzgüneş, O., Eliçin, A. ve Akman, N. 2003. Hayvan Islahı. Ders kitabı. Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi Ders kitabı:488, yayın no: 1535. Ankara.

Ellegren, H., Moore, S., Robinson, N., Byrne, K., Ward, W. and Sheldon, B.C. 1997. Microsatellite evolution-a reciprocal study of repeat lengths at homologous loci in cattle and sheep. Mol. Biol. Evol., 14(8):854-860.

Farid, A., O'Reilly, E. and Kelsey, C.R. 2000. Genetic analysis of ten sheep breeds using microsatellite markers. Canadian Journal of Animal Science, 80:9-17.

Freeman, S. and Herron, C. 1998. Evolutionary Analysis. USA:Prentice-Hall, Inc. Chapters 5 and 7.

Goldstein, D.B. and Schlötter, C. 2000. Microsatellites. Second Edition, 1-22, Oxford. Gootwine, E., Yossefi, S., Zenou, A. and Bor, A. 1998. Marker assisted selection for

FecB carriers in Booroola Awassi crosses. Pages 161-164 in Proc. 6th World Cong. Genet. Appl. Livest. Prod., Armidale, Australia.

Goura, D. S., Malik, G., Ahlawat, S.P.S., Pandey, A.K., Sharma, R., Gupta, N., Gupta, S.C., Bisen, P.S. and Kumar, D. 2006. Analysis of genetic structure of Jamunapari goats by microsatellite markers. Small Ruminant Research. 66:140-149.

Grigaliunaite, I., Tapio, M., Viinalass, H., Grislis, Z., Kantanen, J. and Miceikiene, I. 2003. Microsatellite variation in the Baltic sheep breeds. Veterinarija ir Zootechnika, 21(43) 66-73.

Gutiérrez-Espeleta, G.A., Kalinowski, S.T., Boyce, W.M. and Hedrick, P.W. 2000 Genetic variation and population structure in desert bighorn sheep: implication for conservation, Conservation Genetics, 1: 3-15.

Gutiérrez-Gil, B., Uzun, M., Arranz, J.J., Primitivo, F.S., Yildiz, S., Cenesiz, M. and Bayón, Y. 2006. Genetic diversity in Turkish sheep, Acta Agriculturae Scandinavica, Section A -Animal Sciences, 56:1, 1-7.

Gümüş, G. 2002. Türk popülasyonunda D1S80, D4S95, D17S30 ve TP53 VNTR lokuslarının polimorfizmleri D1S80, D4S95, D17S30 and TP53 VNTR loci polymorphisms in Turkish population. Ankara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü. Yayımlanmamış Yüksek Lisans Tezi.

Hale, C.S., Herring, W.O., Johnson, G.S., Shibuya, H., Lubahn, D.B. and Keisler, D.H. 1998. Evaluation of the leptin gene as a possible marker of carcass traits in angus cattle. UMC Animal Sciences Departmental Report, 25-27.

57

Hedrick, P.W., Gutierrez-Espelata, G.A. and Lee, R.N. 2001. Founder effect in an island population of bighorn sheep. Molecular Ecology, 10: 851-857.

Hoelzel, A.R. 1998. Molecular Genetic Analysis of Populations. Second Edition, 237-260, IRL Press, Oxford.

Horng, Y.M. and Huang, M.C. 2000. Male-spesific band in random amplified microsatellite polymophism fingerprints of holstein cattle. Proc. Nati. Sci. Counc. ROC (B), 24: 41-46.

Kaiser, M.G., Yonash, N., Cahaner A. and Lamont, S.J. 2000. Microsatellite polymorphism between and within Broiler Populations. Poultry Science, 79: 626- 628.

Koban, E. 2004. Anadolu yerli ve melez koyun ırklarının genetik çeşitliliği. Fen Bilimleri Enstitüsü, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara. Yayımlanmamış Doktora Tezi.

Kumara, D., Dixita, S.P., Sharmaa, R., Pandeya, A.K., Sirohia, G., Patelb, A.K., Aggarwala, R.A.K., Vermaa, N.K., Goura, D.S. and Ahlawat, S.P.S. 2005. Population structure, genetic variation and management of Marwari goats. Small Ruminant Research. 59: 41-48.

Lewin, B. 2000. Genes VII. New York: Oxford University Pres, Inc., Chapters 3 and 4. Li, W. and Graur, D. 1991. Fundamentals of molecular evolution. Sunderland: Sinauer

Associates, Inc. Publishers, Chapters 2 and 8. Luikart, G., Biju-Duval, M.P., Ertuğrul, O., Zagdsuren, Y., Maudet, C. and Taberlet, P.

1999. Power of 22 microsatellite markers in fluorescent multiplexes for parentage testing in goats (Capra hircus). Animal Genetics. 30(6) 431-438.

Mukesh, M., Sodhi, M. and Bhatia, S. 2006. Microsatellite-based diversity analysis and genetic relationships of three Indian sheep breeds. J. Anim. Breed. Genet. 123:258-264.

Maddox, J.F. 2000. Chromosomal assignments and polymorphism information content in sheep for 12 cattle microsatellites. Animal Genetics. 31(2) 144-145.

Miller, S.A., Dykes, D.D. and Polesk, H.F. 1988. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleid Acids Research. 16(3):1215.

Murray, R., Granner, D.K., Mayes, P.A., Rodwell, V.W. and Granner, D.K. 1996. Harper’ın Biyokimyası. 24. Baskı, 420-801, Barış Kitabevi.

Nei, M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics, Columbia University Pres, Newyork. Nei, M. and Kumar, S. 2000. Molecular evolution and phylogenetics. New York:

Oxford University Pres Inc., Chapter 12. Nicoll, G.B., Burkin, H.R., Broad, T.E., Jopson, N.B., Greer, G.J., Bain, W.E., Wright,

C.S., Dodds, K.G., Fennessy, P.F. and McEwan, J.C. 1998. Genetic linkage of microsatellite markers to the carweel locus for rib-eye muscling in sheep. Proceedings of the VI World Conference on Genetics Applied to Livestock Production, Armidale, Australia, 26, 529-532.

Page, R.D.M. and Holmes, E.C. 2000. Molecular Evolution, a Phylogenetic Approach. Malden:Blackwell Science Ltd. Chapters 3 and 4.

Pariset, L., Savarese, M. C., Cappuccio, I. and Valentini, A. 2003. Use of microsatellites for genetic variation and inbreeding analysis in Sarda sheep flocks of central Italy. J. Anim. Breed. Genet. 120:425-432.

Peter, C., Bruford, M., Perez, T., Dalamitra, S., Hewitt, G. and Erhardt, G. 2007. Genetic diversity and subdivision of 57 European and Middle-Eastern sheep

58

breeds. The ECONOGENE. 2007 International Society for Animal Genetics, Animal Genetics, 38, 37-44.

Petit, E., Aulagnler, S., Valman, D., Bouissou, C. and Crouau-Roy, B. 1997. Microsatellite variation in an introduced Mouflon population. The Journal of Heredity 88(6).

Pirottin, D., Poncelet, D., Grobet, L., Royo, L.J., Brouwers, B., Masabanda, J., Takeda, H., Fries, R., Sugimoto, Y., Womack, J.E., Dunner, S. and Georges, M. 1999. High-resolution, human-bovine comparative mapping based on a ciosed yac contig spanning the bovine mh locus. Mammalian Genome, 10:289-293.

Robertson, A. and Hill, W.G. 1984. Deviations from Hardy–Weinberg proportions sampling variances and use in estimation of inbreeding coefficients. Genetics 107: 703–718.

Saitbekova, N., Gaillard, C., Obexer-Ruff, G. and Dolf, G. 1999. Genetic diversity in Swiss goat breeds based on microsatellite analysis. Animal Genetics. 30(1):36-41.

Sodhi, M., Mukesh, M. and Bhatia, S. 2006. Characterizing Nali and Chokla sheep differentiation with microsatellite markers, Small Ruminant Research 65:185-192.

Soysal, M.İ., Togan, İ., Nizamlıoğlu, M., Ergüven, A., Altunok, V., Tuna, Y.T., Özkan, E., Gürcan, K., Bulut, Z. ve Koban, E. 2001. Türkiye Yerli ve Melez Koyun Irklarının Genetik Yapılarının Mikrosatelitlerle İncelenmesi, VHAG-1553, TÜBİTAK.

Soysal, M. İ., Koban, E., Özkan, E., Altunok, V., Bulut, Z., Nizamlioglu, M. and Togan, İ. 2005a. Evolutionary relationship among three native and two crossbreed sheep breeds of Turkey : preliminary results Revue Méd. Vét., 156, 5:289-293.

Sosyal, M.İ., Tuna, Y.T., Özkan, E., Gürcan, E.K., Togan, İ. and Altunok, V. 2005b. A study on wool characteristics of several Turkish sheep breeds according to microsatellite DNA types. Pakistan Journal of Biological Sciences 8(2):186:189.

Stahlberger-Saitbekova, N., Schlapfer, J., Dolf, G. and Gaillard, C. 2001. Genetic relationships in Swiss sheep breeds based on microsatellite analysis. J. Anim. Breed. Genet., 118: 379-387.

Strachan, T. and Read, A.P. 1999. Human Molecular Genetics. New York. John Wiley&Sons, Chapters 7 and 9.

Tomasco, I., Wlasiuk, G. and Lessa, E.P. 2002. Evaluation of polymorphism in ten microsatellite loci in Uruguayan sheep flocks. Genetics and Molecular Biology, 25, 1: 37-41.

Weir, B.S. and Cockerham, C.C. 1984. Estimating F-statistics for the analysis of population structure. Evolution 38:1358-1370.

Wilson, G. N. 2000. Clinical Genetics. Wiley-Liss, 9-63, New York. Xiang-Long, L. and Valentini, A. 2004. Genetic diversity of Chinese indigenous goat

breeds based on microsatellite markers. J. Anim. Breed. Genet. 121:350-355. Yang, L., Zhao, S. H., Li, K., Peng, Z. Z. and Montgomery, G. W. 1999. Determination

of genetic relationships among five indigenous Chinese goat breeds with six microsatellite markers. Animal Genetics, 30 (6) 452-455.

59

ÖZGEÇMİŞ

Adı Soyadı : İlkay Barıtcı

Doğum Yeri : Mihalıççık / Eskişehir

Doğum Tarihi : 17/10/1977

Medeni Hali : Bekar

Yabancı Dili : İngilizce

Eğitim Durumu (Kurum ve Yıl)

Lise : Semiha Şakir Lisesi, İstanbul (1994)

Lisans : Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi Zootekni Bölümü

(1998)

Yüksek Lisans : Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Zootekni

Anabilim Dalı (2001)

Çalıştığı Kurum/Kurumlar ve Yıl

Araştırma Görevlisi, Gazi Osman Paşa Üniversitesi, Ziraat Fakültesi Zootekni Bölümü,

Tokat, 1999-2000

Araştırma Görevlisi, Ankara Üniversitesi, Ziraat Fakültesi Zootekni Bölümü, Ankara,

2000 - 2008