institut für reine und angewandte chemie – chemie und computer chemie und computer ws 07/08

Institut für Reine und Angewandte Chemie – Chemie und Computer

Chemie und Computer

WS 07/08

2 Institut für Reine und Angewandte Chemie – Chemie und Computer

Inhalt

• Hinweise zu Office-Paketen und Microsoft Produkten

– MSDNAA, Word, Excel, Powerpoint

• Chemische Software

– Einführung in ISIS-Draw

– Chemdraw, Chemsketch

– freie Software im Internet

• Informationen aus dem Internet

– Gefahr von Plagiaten, Zuverlässigkeit von Quellen

– Datenbanken und andere Quellen

• SciFinder, Beilstein, SDBS, acros.be

• Kataloge von Chemikalienherstellern

• andere Quellen im in- und externen Netz

– Einführung in Beilstein


MSDNAA

• MSDNAA Lizenzen

– Studierende der Fakultät V erhalten auf Antrag Lizenzen für alle Microsoft Betriebssysteme, Entwickler-Werkzeuge sowie einige Office Anwendungen

– Keine klassischen Office Produkte (Word, Excel, Powerpoint)

– Lizenzen sind auch für den Heimgebrauch und lebenslang gültig

– Infos unter http://www.uni-oldenburg.de/fk5/17641.html


Office-Pakete

• Verfügbarkeit des Microsoft Office-Paketes

– CIP-Raum des Fachbereichs Chemie Raum W3 1-153• 10 Arbeitsplätze mit 17“-TFT-Bildschirmen und AMD-Athlon 2000+

CPU´s

• Betriebssystem Windows XP, diverse Software installiert, unter anderem das Office-Paket von Microsoft und der Beilstein-Commander

– Rechnerräume des HRZ, die Standorte findet man unter: http://www.ibit.uni-oldenburg.de/7795.html

• Freie Alternative: Open Office

– Erhältlich unter: http://www.openoffice.org/

– Problem: teilweise Kompatibilitätsprobleme mit Chemiesoftware (z.B. Chemdraw)


Word

• Wichtigste Funktion in Word: Speichern!

– Um Datenverlusten vorzubeugen regelmäßig speichern (nicht jedes mal das Dokument überschreiben), automatische Speicherung zusätzlich nutzen, gerade bei großen Dokumenten neigt Word zu Abstürzen (gilt im geringeren Maße auch für Excel und Powerpoint)

• Hilfe

– Die Hilfe erreicht man in den Office-Programmen über F1ansonsten kann man auch oftmals über Google nützliche Tips finden


Word

• FormeleditorDer Formeleditor ist ein sehr leistungsstarkes Tool, um mathematische Formel etc. darzustellen. Er ist standardmäßig nicht installiert, muss also manchmal nachinstalliert werden.

Dies kann man folgendermaßen machen:Systemsteuerung Software Microsoft Office Schaltfläche „Ändern“

Features hinzufügen und entfernen, dann „Weiter“ Office Tools Formel Editor vom Arbeitsplatz starten Aktualisieren


Word

• FormeleditorBenutzen kann man ihn, indem man im Menü Einfügen auf Objekt geht und sich im neu öffnenden Fenster den Microsoft Formel-Editor heraussucht und mit Ok bestätigt. Bsp.:

mit EH

Vm

H 22

2


Word

• Formeleditor

– Schriftarten und Eigenschaften wie Fett oder Kursiv können im Formeleditor unter Formatvorlage Definieren eingestellt werden


• Übung: Zeichen Sie folgende Formeln im Formeleditor

4

3

3

2

5'

y

x

y

xi

1#

2

ii xx

Word


Word

• Fußnoten, Endnoten und Querverweise

– Einfügen Referenz Fußnote

• Hier auswählen ob Fußnote (Position unten auf der Seite oder am Ende des Textes) oder Endnote (am Ende des Dokuments oder am Ende des Abschnitts)

– In der Regel werden Endnoten benutzt, die allerdings manchmal kleinere Probleme liefern. In wenigen Fällen muss nach den Endnoten noch ein abschließender Text kommen, dies ist bei Word so nicht vorgesehen. Umgehen kann man dieses Problem durch den Einsatz von Abschnitten (s. u.). Indem Endnoten nur ans Ende eines Abschnittes gesetzt werden, kann man danach einen neuen Abschnitt beginnen und neuen Text einfügen.


Word


Word

• Beschriftungen

– Jeder Tabelle, Grafik usw. kann eine Beschriftung zugefügt werden, die auch bei Umbrüchen automatisch an den richtigen Positionen bleibt

• Einfügen Referenz Beschriftung

• Querverweise: Einfügen Referenz Querverweis

• Auf einige Fußnoten (bzw. Endnoten) muss manchmal mehrfach verwiesen werden, dies erfolgt über Querverweise

• Abbildungen, Tabellen usw. können ebenfalls über Querverweise erreicht werden


Word

• Abschnitte

– Word-Dokumente lassen sich zusätzlich in Abschnitte einteilen, durch die man zum Beispiel Kapitel voneinander trennen kann. So können jedem Kapitel z. B. eigene Fuß- oder Kopfzeilen zugewiesen werden (oder eigene Endnoten).

• Einfügen Manueller Umbruch Abschnittswechsel


• Geschütze Zeichen

– Wenn zwei durch Leerzeichen getrennte Wörter nicht durch einen Zeilenumbruch getrennt werden sollen, nutzt man geschützte Leerzeichen <strg> <shift> <space>

– Dies funktioniert ebenfalls mit Bindestrichen <strg> <shift> <->

• Weicher Zeilenumbruch

– Durch <shift> <enter> kann man einen „weichen“ Zeilenumbruch einfügen, der z.B. automatische Aufzählungen nicht weiterführt, oder in Bereichen mit Blocksatz einen manuellen Zeilenumbruch ermöglicht

Word


Excel

• Auch hier gilt: häufiger speichern, um Datenverlusten vorzubeugen

• Der Formeleditor ist auch hier über das Menü Einfügen verwendbar


Excel

• Erstellen von Grafiken aus Datensätzen: Menü Einfügen Diagramm

• Bei XY-Datensätzen Diagrammtyp Punkt XY wählen, dann den passenden Diagrammuntertyp wählen• Datenbereich auswählen (je nach Ausrichtung der Datentabelle Zeilen oder Spalten wählen)• Beschriftungen erstellen• Bei stark unterschiedlichen Reihen, kann eine Sekundärachse erstellt werden, indem man per Rechtsklick auf eine Datenreihe diese formatiert und eine Sekundärachse anwählt• Regressionen einer bestimmten Datenreihe erfolgt ebenfalls, in dem man die entsprechende Reihe im Diagramm rechtsklickt und dann Trendlinie auswählt• Alle Achsen und Diagrammflächen sind per Rechtsklick weiter formatierbar


Powerpoint

• Nutzen einer Masterfolie

– Ansicht Master Folienmaster

• Hier Grafiken, Linien oder Formatierungen, die auf jeder Seite gleich sein sollen, einfügen

• Jede Folie nummerieren, damit sie in einer Diskussion leichter wieder gefunden werden kann

• Nur eine Schriftart nutzen, und nur wenige verschiedene Größen

• Folien so übersichtlich wie möglich gestalten, lieber eine Folie mehr erstellen und an anderer Stelle kürzen, wenn möglich

• Allgemein bei Präsentationen:

– Unbedingt vorher testen, wie lang ein Vortrag geht, einhalten einer vorgegebenen Zeit ist elementar!


Weitere chemische Software

• Chemsketch, ISIS/Draw

– Chemsketch: http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html

– ISIS/Draw: http://www.mdli.com/downloads/index.jsp

– Kostenlos, Registrierung in beiden Fällen erforderlich

• ChemDraw

– Bestandteil von ChemOffice und in der vollen Version kostenpflichtig, eine Version, die zumindest 2 Wochen nutzbar ist, kann man unter folgender URL finden: http://scistore.cambridgesoft.com/software/product.cfm?pid=4010

• Links zu weiterer kostenloser Software

– http://spot.fho-emden.de/ftp/chemie.htm


Chemisches Zeichnen mit ISIS/Draw

• ISIS/Draw ist auch das Zeichenprogramm, das im Beilstein-Commander benutzt wird

• Generell ähneln sich die meisten chemischen Zeichenprogramme stark, so dass nur am Beispiel von ISIS-Draw einige Hinweise für chemisches Zeichnen gegeben werden soll

• Auf gleichmäßige Schriftgröße achten

• Gleiche Schriftart für alle Atome

• Bindungswinkel korrekt darstellen, soll heißen z. B. bei 3 Bindungen an einem Kohlenstoffatom einen Winkel von 120° zwischen den Bindungen einhalten


NH2O

NH2O

S NSH O

ONH3

S NHS O

O

NH3+


• Mit dieser Regel kann manchmal gebrochen werden, z.B. wenn dadurch Eduktmoleküle im Produkt besser wiedererkannt werden



Br

Br

Br ClCl-

• Übung: Zeichnen Sie folgenden Reaktionsgleichungen

Cl Br-Cl-

+Br-


Informationen aus dem Internet

• Uni Oldenburg hat mittlerweile Tools zur automatischen Suche nach Textbausteinen im Einsatz



• Was ist erlaubt, was nicht?

– Disclaimer der jeweiligen Quellseiten lesen, meist ist nicht einmal das kopieren von Grafiken gestattet. Reaktionsmechanismen müssen also selbst gezeichnet werden, die Daten aus dem Netz dürfen nur Vorlage sein.

– Abschreiben bzw. copy & paste von Texten ist nicht erlaubt

– Texte dürfen als Vorlage genutzt werden, trotzdem muss die Eigenleistung erkennbar sein. In jeden Fall müssen Quellen angegeben werden.



• Verlässlichkeit von Quellen

– Prinzipiell sollte man sich über Quellen im Netz erst informieren, sprich wie zuverlässig sind die gefundenen Quellen, wer überprüft die Daten?

– Wikipedia ist sicherlich eine beliebte Informationsquelle, leider ist es „nur“ die Internet-Community, die die Daten hier überprüft. Nicht zitierfähig, meistens ist die entsprechende Quelle im Wikipedia Artikel auch angegeben.

– Seiten wie www.chemiestudent.de oder auch die Protokolle der Fachschaft Chemie sind zwar teilweise hilfreich und können als Vorlagen dienen, Sicherheit darüber, ob sie richtig sind, gibt es jedoch nicht!


Datenbanken

• Scifinder

– Datenbank zur Literatur-Recherche, nur über das Uni-interne Netz verfügbar

• Cambridge Structural Database, CSD

– Kristallstrukturen, Zugang zur Datenbankrecherche nur über einen lizensierten Rechner, Strukturen aus Artikeln ab 1994 können per mail angefordert werden: http://www.ccdc.cam.ac.uk/cgi-bin/catreq.cgi

• Beilstein– Umfangreiche Datenbank für organische Moleküle. Zugang nur über

das Uni-Netz, Recherche erfolgt mit dem Beilstein-Commander/MDL Crossfire-Commander


Datenbanken

• Spectral Database System, SDBS

– Spektren-Datenbank für NMR-, MS-, ERS-, Raman und IR-Spektren: www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/cgi-bin/cre_index.cgi

• Andere Quellen:– Web of Science, Zugang über das Uni-Netz:

http://portal.isiknowledge.com/portal.cgi?DestApp=WOS&Func=Frame

– Römpp-Chemielexikon, Zugang über das Uni-Netz: www.roempp.com/prod/index1.html

– Verschiedene Firmen bieten Daten zu den verkäuflichen Produkten auf ihren Homepages an (z.B. Sigma-Aldrich, acros, Merck u.a.). Eine Auflistung und andere Links findet man unter http://www.chemie.uni-oldenburg.de/oc/akm/28912.html


Beilstein - Crossfire

• Im Beilstein befinden sich zur Zeit Daten über 9 Millionen Substanzen und 10 Millionen Reaktionen

• Die Daten stammen aus Literatur der letzten 200 Jahre

• Zugang zur Beilstein-Datenbank erfolgt über Crossfire (Crossfire Commander), Zugang ist nur über das Uni-Netz möglich

• Suche kann über Strukturen, die mit einem Zeichenprogramm erstellt werden, erfolgen

– Zusätzlich können bestimmte Daten angefordert werden, wie zum Beispiel der Brechungsindex oder ein Schmelzpunkt usw.

– Dafür sind extra Felder vorgesehen, in denen Kürzel für die entsprechende Eigenschaft eingetragen werden



Häufig genutzte Kürzel:• RI, Refractive Index (Brechungsindex): zu finden unter Physical

Properties Single Component System Optical Properties

• MP, Melting Point (Schmelzpunkt): Physical Properties Single Component System Physical State Crystals

• BP, Boiling Point (Siedepunkt): Physical Properties Single Component System Physical State Liquids

• IR, Infrarot-Spektroskopie: Physical Properties Single Component System Spectroscopic Information

• NMR, NMR-Spektroskopie: Physical Properties Single Component System Spectroscopic Information



Installation:



Passwort: ***********

Zugang ist nur aus dem Uni-Netz möglich! (IP-Bereich 134.106.x.y)



Problem bei den Rechnern im CIP-Raum:

Kann behoben werden, indem man den Ordner für die Personal Files ändert: Options Define Preferences Auf „L:\“ setzen

Anschließend ist ein Neustart des Programms und Neueingabe des Passworts erforderlich



O

O

• Übung:

• Suchen Sie zu folgender Verbindung den Siedepunkt bei Normaldruck und den Brechungsindex bei 27°C

• Suche Sie zu folgender Verbindung den niedrigsten und den höchsten Schmelzpunkt

• Suchen Sie zu folgender Verbindung 5 beliebige physikalische Daten heraus

O

O



• Übung: Suchen Sie zu der folgenden Reaktion ein geeignetes Lösungsmittel für die Chlorierung mit elementarem Chlor

O OCl

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