Studia stacjonarne II stopnia

Prezentacja przygotowana dla studentów I roku

kierunku

GENETYKA

Rok akademicki 2016/2017

Po pierwszym semestrze nauki,

Student wybiera katedrę, zakład lub pracownię,

w której planuje przygotować pracę magisterską

Aby ułatwić Państwu ten wybór,

na kolejnych slajdach

przedstawiono poszczególne jednostki,

wraz z przygotowanymi specjalnie dla Państwa

propozycjami tematów prac magisterskich,

planowanych do realizacji

na kierunku Genetyka

w roku akademickim 2016/2017

Zachęcamy do zapoznania się z propozycjami

oraz do wizyt w poszczególnych jednostkach,

zwłaszcza w tych, których oferty nie mieli Państwo okazji

poznać podczas zajęć w tym semestrze.

KATEDRA CYTOBIOCHEMII

Katedra Cytobiochemii pracownicy samodzielni:

prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska (kierownik Katedry)

prof. dr hab. Magdalena Bryś, dr hab. Anna Krześlak, prof. nadzw. UŁ,

dr hab. Małgorzata Rogalińska

TEMATY BADAWCZE

• Sygnalizacja estrogenowa w patofizjologii jelit

• Ekspresja receptorów związanych z białkami G w raku endometrium

• Zmienność genów naprawy DNA w raku prostaty

• Epigenetyczna regulacja receptora androgenów w raku piersi

• Czynniki genetyczne wpływające na niepłodność mężczyzn

Katedra Cytobiochemii

TEMATY BADAWCZE

• Rola białek Polycomb w regulacji ekspresji genów związanych

z transformacją nowotworową

• Białka TET i O-GlcNAc transferaza w progresji raka piersi

i endometrium

• Udział mitochondrialnej izoformy O-GlcNAc transferazy

w metabolizmie komórek nowotworowych

• Poszukiwanie nowych, naturalnych związków anty-nowotworowych

indukujących apoptozę komórek białaczkowych; personalizacja

terapii przewlekłej białaczki limfocytowej

Katedra Cytobiochemii

MATERIAŁ

Nowotwory endometrium, jelita grubego, piersi, prostaty, tarczycy,

białaczka limfocytowa B-komórkowa, choroby zapalne jelit

METODY

• Hodowle komórkowe, modele zwierzęce

• Real-Time PCR

• Western blotting

• ChiP (chromatin immunoprecipitation)

• interferencja RNA

• wektory plazmidowe do wyciszania lub nadekspresji genów

• obrazowanie immunofluorescencyjne

• sekwencjonowanie DNA

• testy oceniające przeżywalność, proliferację i zdolność komórek do migracji

KATEDRA GENETYKI

MOLEKULARNEJ

• Autofagia jako cel terapii chorób oczu

• Apoptoza, autofagia, starzenie i senscencja, a zdolność proliferacyjna komórek rogówki

• Epigenetyczna regulacja reakcji na uszkodzenia DNA w migrenie

• Udział RUNX2 w reakcji komórki na uszkodzenia DNA i różnicowaniu osteoblastów

• Wzajemna zależność autofagii i stanu zapalnego w tętniakach wewnątrzczaszkowych

Proponowane tematy prac magisterskich:

• Efektywność naprawy jedno i dwuniciowych pęknięć DNA w raku endometrium

• Naprawa DNA w warunkach hipoksji

• Znaczenie sumoilacji białek w naprawie DNA

• Analiza cytotoksycznych i antyproliferacyjnych właściwości związków modulujących homeostazę redoks w komórkach nowotworowych i prawidłowych

• Badanie mechanizmu uwrażliwiania komórek nowotworowych na chemioterapię za pomocą nowych inhibitorów naprawy DNA

Proponowane tematy prac magisterskich:

Źródła grafiki: materiały Katedry Genetyki Molekularnej UŁ

• Aspekty genetyczne i epigenetyczne szlaku syntezy katabolitów tryptofanu w zaburzeniach depresyjnych

• Aspekty genetyczne i epigenetyczne stresu oksydacyjnego i nitryzacyjnego w zaburzeniach depresyjnych

• Ekstrakty z korzeni transformowanych, jako potencjalne stymulatory apoptozy komórek guzów litych

• Białka naprawy pęknięć dwuniciowych DNA jako cele dla spersonalizowanej terapii przeciwnowotworowej opartej na syntetycznej letalności

Proponowane tematy prac magisterskich:

Źródła grafiki: materiały Katedry Genetyki Molekularnej UŁ

PRACOWNIA CYTOGENETYKI

Pracownia Cytogenetyki

dr hab. Renata Kontek prof. nadzw. UŁ (renkon@biol.uni.lodz.pl; pok. A307)

dr hab. Alina Błaszczyk prof. nadzw. UŁ (ablasz@biol.uni.lodz.pl; pok. A308)

dr Beata Marciniak adiunkt (bmarciniak@biol.uni.lodz.pl; pok. A333)

Tematyka badawcza: • badania właściwości biologicznych związków pochodzenia naturalnego (potencjalnych

biofarmaceutyków) oraz nowozsyntetyzowanych związków chemicznych o charakterze przeciwnowotoworowym:

– cytotoksyczność – stres oksydacyjny

• indukcja apoptozy i nekrozy • stopień proliferacji komórek (indeks mitotyczny, cykl komórkowy) • genotoksyczność związków o potencjalnej aktywności przeciwnowotworowej:

– badania indukcji uszkodzeń DNA i ich naprawy w warunkach in vitro – badanie indukcji aberracji chromosomowych i mikrojąder oraz zaburzeń w przebiegu mitozy)

Materiał badawczy:

• prawidłowe (limfocyty) i nowotworowe komórki człowieka

Metody: hodowle komórkowe, test MTT, test komety (analiza uszkodzeń i naprawy DNA),

cytometria przepływowa, podwójne barwienia fluorochromami, mikroskopia świetlna i fluorescencyjna, metoda TUNEL, metody immunofluorescencyjne pozwalające na

analizę struktur komórkowych (np. mikrotubul i wrzeciona podziałowego), badanie poziomu stresu oksydacyjnego w komórkach

Pracownia Cytogenetyki Instytut Biologii eksperymentalnej

Tematyka planowanych prac magisterskich:

• Badanie stopnia cytotoksyczności naturalnych substancji bioaktywnych występujących w rokitniku zwyczajnym

• Indukcja apoptozy i nekrozy po działaniu pochodnych furylowych aminofosfonianów na wybrane typy komórek nowotworowych człowieka

• Badanie biologicznych właściwości nowych pochodnych kwasu rycynolowego – związków o potencjalnych właściwościach przeciwnowotworowych

Obraz „komety” (metoda elektroforezy pojedynczych komórek w żelu agarozowym)

Metoda podwójnych barwień fluorochromami (rozróżnianie komórek żywych, apoptotycznych i nekrotycznych)

Test MTT (ocena cytotoksyczności związków chemicznych)

KATEDRA CYTOFIZJOLOGII

http://www.usc.edu/dept/LAS/biosci/mcb/

N

C H N C H N N = = O

N H

S

N H N H

O

ZAKŁAD GENETYKI

DROBNOUSTROJÓW

dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ - kierownik zakładu, dr Anita Ciesielska, dr Aleksandra Strzelczyk, dr Paulina Jęcz

• Oznaczanie aktywności biologicznej nowosyntetyzowanych pochodnych tiosemikarbazydów jako potencjalnych leków antybakteryjnych

- Małocząsteczkowe związki (masa <400)

- Syntetyzowane w wyniku reakcji hydrazydu kwasu heterokarboksylowego z odpowiednim izotiocyjanianem

- Siarkoorganiczne odpowiedniki semikarbazydów – hydrazydów kwasu karbaminowego (aminomocznika)

ogólny wzór tiosemikarbazydu

Wykazują właściwości: antybakteryjne, przeciwgrzybicze,

przeciwwirusowe, przeciwpasożytnicze, owadobójcze i chwastobójcze,

przeciwnowotworowe, przeciwzapalne, antydepresyjne

Zakład Genetyki Drobnoustrojów

Zakład Genetyki Drobnoustrojów

• Analiza ekspresji genów patogenności chorobotwórczych

grzybów skórnych (dermatofitów) w odpowiedzi na czynniki

środowiskowe charakterystyczne dla fazy zakażenia.

• komputerowe analizy genomów

dermatofitów

Trichophyton

Microsporum

Epidermophyton

• pomiar ekspresji wybranych

genów, w tym transporterów leków

z rodziny białek ABC, przy

zastosowaniu technik

qPCR oraz RNAseq

• porównawcza analiza proteomu

dermatofitów hodowanych w

obecności zmiennych parametrów

środowiskowych

Proteomic analysis

Sample preparation

1-D, 2-D SDS-PAGE

LC-MS/MS, MALDI TOF/TOF

Protein identification using bioinformatic software

(eg. Mascot)

Analysis of changes in protein profile

PCA- principal component

analysis

Transcriptomic analysis

RNA libraries preparation

Data processing (clean reads)

sequencing (total reads)

gene assembly

analysis of changes in

gene expression

analysis of contigs, transcript

annotation, etc.

newly discovered

genes

KATEDRA ANTROPOLOGII

KATEDRA ZOOLOGII

BEZKRĘGOWCÓW I

HYDROBIOLOGII

Ocena różnorodności biologicznej

wykrywanie gatunków kryptycznych

DNA barcoding (markery mitochondrialne)

Filogeneza molekularna

pochodzenie

i różnicowanie się fauny

bezkręgowej Europy

Filogeografia

ocena dróg i dynamiki

rozprzestrzeniania się gatunków inwazyjnych

przy pomocy markerów molekularnych

Wykrywanie

i molekularna

identyfikacja

pasożytów

zwierząt

bezkręgowych

http://invertebrates.uni.lodz.pl

źródła grafiki: rgbstock, Senckenberg World of Biodiversity, birdtree.org, StudyBlue, Wikipedia, own works

dr hab. Karolina Bącela-Spychalska (karolina@biol.uni.lodz.pl)

dr hab. Michał Grabowski, prof. UŁ (michalg@biol.uni.lodz.pl)

dr Tomasz Mamos (tmamos@biol.uni.lodz.pl)

http://invertebrates.uni.lodz.pl

Proponowane tematy prac magisterskich:

Filogeneza molekularna wybranych grup skorupiaków

wód europejskich rekonstruowana na podstawie markerów

mitochondrialnych i jądrowych

DNA barkoding skorupiaków w wodach Europy

- użyteczność różnych markerów mitochondrialnych

w identyfikacji i rozgraniczaniu gatunków

źródła grafiki: rgbstock, Senckenberg World of Biodiversity, birdtree.org, StudyBlue, Wikipedia, own works

http://invertebrates.uni.lodz.pl

Polimorfizm markerów mitochondrialnych i jądrowych

jako wyznacznik struktury genetycznej inwazyjnych skorupiaków

Diagnostyka molekularna pasożytów wewnątrzkomórkowych

(mikrosporidioz) inwazyjnych gatunków w Europie

Proponowane tematy prac magisterskich:

źródła grafiki: rgbstock, Senckenberg World of Biodiversity, birdtree.org, StudyBlue, Wikipedia, own works

• Prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska – Katedra Cytobiochemii

• Prof. dr hab. Katarzyna Woźniak – Katedra Genetyki Molekularnej

• Prof. dr hab. Janusz Błasiak – Zakład Genetyki Molekularnej w Katedrze

Genetyki Molekularnej

• dr hab. Renata Kontek, prof. nadzw. UŁ – Pracownia Cytogenetyki w

Katedrze Genetyki Ogólnej, Biologii Molekularnej i Biotechnologii Roślin

• Prof. dr hab. Janusz Maszewski – Katedra Cytofizjologii

• Dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ – Zakład Genetyki Drobnoustrojów

• Dr hab. Aneta Sitek, prof. nadzw. UŁ – Katedra Antropologii

• Dr hab. Michał Grabowski, prof. nadzw. UŁ – Zakład Biogeografii i Ekologii

Bezkręgowców w Katedrze Zoologii Bezkręgowców i Hydrobiologii

Kierownicy Katedr i Zakładów, do których można

zgłaszać się w związku z realizacją pracy magisterskie

Życzę Państwu

ciekawych rozmów z pracownikami

poszczególnych jednostek.

Proszę zapoznać się ze wszystkimi propozycjami,

zdobyć jak najwięcej informacji,

aby decyzja, którą będziecie musieli podjąć

podczas wyboru jednostki była rozważna,

a tematyka pracy magisterskiej

zgodna z Waszymi zainteresowaniami i oczekiwaniami

Limity miejsc w poszczególnych jednostkach

zostaną ustalone na początku semestru letniego

dr hab. Agnieszka Marczak, prof. nadzw. UŁ

Prodziekan Wydziału BiOŚ ds. kierunku Genetyka