la metabolomique et ses applications en biologie: pourquoi, comment… · 2020. 10. 29. · la...

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LA METABOLOMIQUE ET SES APPLICATIONS EN BIOLOGIE: POURQUOI, COMMENT, BUT ET PERSPECTIVES [email protected] INRA/INSERM/AMU Fac Médecine La Timone 13385 Marseille

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  • LA METABOLOMIQUE ET SES APPLICATIONS EN BIOLOGIE: POURQUOI, COMMENT, BUT ET PERSPECTIVES

    [email protected] INRA/INSERM/AMU Fac Médecine La Timone

    13385 Marseille

  • Le mot métabolisme provient du grec ‘‘metabo-lismo ’’ (metabo-lismo), qui signifie ‘‘changement.’’

    Concept du metabolisme par Ibn al-Nafis (1213–1288): « Le corps et ses partis sont en état perpétuel de dissolution et de reconstitution, de sorte qu’ils subissent inévitablement un changement permanent »

  • Métabolite Est une molécule organique

  • Le métabolome représente l’ultime réponse d’un organisme à une altération génétique, une pathologie, une exposition à un toxique ou toute cause environnementale. Le métabolome d'un système peut ainsi à la fois permettre de lire la signature biologique d'une réponse adaptative ou pathologique, et également être le vecteur de cette réponse. Ce dernier aspect souligne l'implication directe du métabolome dans le déterminisme des phénotypes

  • planète

    écosystème

    espèce individus

    organe cellule

    molécules atomes

    Etc…..

    Etc….

    systèmes gigognes

    Les petites molécules sont présentent dans tous les systèmes…

  • Le Metabolome est Connecté à tous les autres “Omes”

    • Small molecules (i.e. AMP, CMP, GMP, TMP) are the primary constituents of the genome & transcriptome

    • Small molecules (i.e. the 20 amino acids) are the primary constituents of the proteome

    • Small molecules (i.e. lipids) give cells their shape, form, integrity and structure

    • Small molecules (sugars, lipids, AAs, ATP) are the source of all cellular energy

    • Small molecules serve as cofactors and signaling molecules for both the proteome and the genome

    • The genome & proteome largely evolved to catalyze the chemistry of small molecules

  • Metabolomics in monitoring kidney transplants Wishart, David S Current Opinion in Nephrology & Hypertension: November 2006 - Volume 15 - Issue 6 - p 637-642

  • Comment j’en suis arrivé à la métabolomique… et autres omiques

  • Hamsters adultes

    12

    se

    mai

    nes

    contexte pro-athérogène

    Hamsters adultes

    Beurre +

    rum é nique (qsp 1%)

    Beurre +

    rum é nique (qsp 1%)

    Beurre +

    Huile de Poisson (1% )

    +

    + 20% lipides (0,12% cholest é rol)

    (rum (rum

    Beurre

    é nique: 0,1%)

    Beurre

    é nique: 0,1%)

    + 20% lipides (0,12% cholestérol)

    R é gime CROQUETTES

    Croquettes Croquettes

    R é gime CROQUETTES

    les stries lipidiques (dépôts d’esters de cholestérol) marqueurs circulants (lipoprotéines, paraoxonase, apo SAA) expression gènes cibles (VCAM-1, ABCA-1, COX2, cytokines, PPARs,…)

    Valeille, K. et al, AJP, 2005

  • ATHEROSCLEROSE

    VLDL

    LDL

    HDL

    EFFLUX CHOLESTEROL

    (ABCA1)

    DETOXICATION LDLox

    (PARAOXONASE)

    RECRUTEMENT MONOCYTES

    CAPTURE LIPIDES

    (VCAM)

    (FAT/CD36)

    INFLAMMATION

    LOCALE: TNFa, COX-2, IL1b

    SYSTEMIQUE: apoSAA

    TRANSPORT

    CHOLESTEROL

    1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23

    LDL

    +IDL

    VLDL

    HDL

    fish

    Croquettes

    Beurre

    Beurre+ ruménique

    Beurre+poisson

    0

    0,1

    0,2

    0,3

    0,4

    0,5

    0,6

    0,7

    0,8

    Ch

    ole

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    0,0

    1,0

    2,0

    3,0

    4,0

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    C B BR BP

    tota

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    aorta

    a

    a b

    b

    c

    c

    d

    d

    Cholesteryl ester dans l’aorte

    Non HDL-chol / HDL-Chol

    Apo SAA

    (Pool 6 animaux

    / groupe)

    0,00

    0,02

    0,04

    0,06

    0,08

    0,10

    Activité

    de la paraoxonase (UA)

    (n = 8 / groupe)

    0

    20

    40

    60

    80

    a

    c b

    d

    L’ajout d’acide ruménique dans le régime hyperlipidique permet de réduire

    le statut inflammatoire (apoSAA) et tend à normaliser l’activité de

    détoxication des LDL oxydées (activité paraoxonase du plasma). L’ajout

    d’huile de poisson n’apporte aucun bénéfice.

    fis

    h

    Croquettes

    Beurre

    Beurre+ ruménique

    Beurre+poisson

    VCAM

    0

    1

    2

    3

    4

    rela

    tif 18S

    a

    C

    bc

    B

    ab

    BR

    c

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    2

    3

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    a

    C

    b

    B

    c

    BR

    bc

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    0

    ,5

    1

    1,5

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    2,5

    C B BR BP

    a a a

    b

    FAT/CD36

    Qu

    an

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    AR

    N

    COX-2

    B

    b

    a

    BR

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    BP C 0

    4

    8

    12

    a

    TNF-a

    Qu

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    b

    BP 0

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    C 0

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    ,8

    1,2

    1,6 c

    B

    ab

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    bc

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    a

    C

    IL-1b

    0

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    40

    60

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    C B BR BP

    a

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    b

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    PPARa

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    20

    40

    60

    C B BR BP

    a a

    b

    a

    PPARg

    Valeille, K. et al, AJP, 2005

  • Conclusions L’ acide ruménique dans la matière grasse laitière est anti-athérogène (hamster hyperlipidémique)

    importance des dépôts lipidiques (EC)

    Local: Efflux chol (ABCA1)

    Recrutement des monocytes

    Systémique: nonHDL-CH/HDL-CH

    inflammation

    Détoxication des oxLDL

    Ox LDL LDL

    Thèse K. Valeille, 2004

  • Est-ce suffisant?

    Oui et non

  • Mécanisme moléculaires de la calcification artérielle (KEGG H01002)

    http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ds:H01002

  • Réseau des gènes liés au sexe impliqués dans l’athérogénèse (composante sexuelle) Reconstitution « in silico » partir des données de la littérature

    Diez D, Wheelock AM, Goto S, et al. The use of network analyses for elucidating mechanisms in cardiovascular disease. Mol Biosyst 2010;6:289-304.

  • Blood lipids, CRP… CVD, diabetes…

    « conventional » so-called bottom-up strategies: explain complex phenotypes with only few targeted

    molecular descriptors

  • Reality is much complex than anticipated…..

  • Need to adress the molecular basis of phenotypes the « top down » approach…..

    Bottom up Top down

    Phenotypical traits

  • The top-down approach

    biomarkers, regulation pathways

  • http://masspec.scripps.edu/index.php

  • Need to assess the molecular basis of phenotypes the « omic» answer…..

    Contrairement au transcriptome ou au protéome, le métabolome représente l’ultime réponse d’un organisme à une altération génétique, une pathologie, une exposition à un toxique ou à tout autre facteur susceptible de perturber son fonctionnement.

  • La métabolomique (en santé) pour la découverte de biomarqueurs et détecter l’insoupçonnable cartographier les voies métaboliques (mécanismes, flux)

    « marché des biomarqueurs sont évalués à 694 millions de $ en 2008, montant qui pourrait atteindre 2,2 milliards de $ en 2015, avec des perspectives de croissance annuelle de l'ordre de 12 à 13,5 %. »

  • History

    • The first paper was titled, “Quantitative Analysis of Urine Vapor and Breath by Gas-Liquid Partition Chromatography”, by Robinson and Pauling in 1971.

    • Many of the bioanalytical methods used for metabolomics have been adapted (or in some cases simply adopted) from existing biochemical techniques.

    • Human Metabolome project – first draft of human metabolome in 2007

  • 25,000 Genes

    7500 Enzymes

    8000 Métabolites

    Metabolomics Proteomics Genomics

  • Differents Metabolomes

    200,000

    Chemicals

    20,000

    Chemicals

    8000 métabolites

    Tous les mammifères Tous les microbes Toutes les plantes

  • Pourquoi la métabolomique est difficile?

    4 Bases

    20 Amino acids

    2x105

    Chemicals

    Metabolomics Proteomics Genomics Di

    vers

    tié

    chim

    iqu

    e Ne peut être déduite du génome Grande diversité chimique gamme dynamique 7 log

  • Sang, urines, extrait tissulaire

    MVA bioinformatic

    Data acquisition

    Plate-formes: NMR

    LC/MS GC/MS

    Data mining

  • La métabolomique: quelle infrastructure…..

    Chimistes

    Biologistes

    Statisticiens Bioinformatique

    Ingénieurs Chercheurs Cliniciens Technicien

    réseau

    Machine(s)

  • outils avantages défauts

    RMN Robustesse et

    reproductibilité

    Recouvrement

    sensibilité

    GC-MS GC X GC TOF

    sensibilité dérivation

    LC-MS sensibilité stabilité

    Quels sont les outils de la métabolomique?

  • Technologie & Sensibilité

    M mM mM nM pM fM

    # M

    etab

    olit

    es o

    r Fe

    atu

    res

    det

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    d (

    Log 1

    0)

    0

    1

    2

    3

    4

    Sensitivity or LDL

    LC-MS or DI-MS

    NMR

    GC-MS Quad

    GC-MS TOF

    connus

    inconnus

  • Que peut-on mesurer? • NMR-based metabolomics (~50 metabolites

    identified/quantified, mM sensitivity)

    • GC-MS based metabolomics (~70 metabolites identified/quantified,

  • intensity

    K manifest variables

  • 0 2 4 6 8 10 12 14 16 Time [min]0.00

    0.25

    0.50

    0.75

    1.00

    1.25

    5x10

    Intens.

    pool urine_3_01_603.d: BPC 49.0-1501.0 +All MS

    250

    500

    750

    1000

    1250

    m/z

    2 4 6 8 10 12 14 16 Time [min]

    urines

  • Information = 700Mo = 1 CD Rom!

  • 1 variable = 1 dimension

    1000 variables = 1000 dimensions

    GOAL= REDUCTION WITHOUT LOSING INFORMATION

    K manifest variables = k dimensional space (Hyperspace)

    OR

    Reduced variables (latents) = Linear combination of manifest variables

    (1-4 VL= 1-4 dimensions)

    OR

  • Second

    principal

    component

    1ère principal

    component

    Axis of maximal deviation

    Orthogonal to PC1:

    Max of variance

  • PC2

    PC1

  • Observations map or « score plot »

  • V1

    V2

    PV1= cos1 > PV2 = cos 2

    Cos 1

    Cos 2

    V1 V2 Ind#1

    Ind#2

    Ind#3

    « Loadings »

  • observations map :

    « Score plot »

    variables map :

    « loading plot » (Cos i)

  • Pour aller plus loin….

  • 50 cas avec 3 ans suivi (infarctus, AVC, mort) 50 témoins

    Métabolomique LC MS plasma = 2000 analytes mesurés

    40 analytes fortement discriminants

  • Métabolomique LC MS plasma = 2000 analytes mesurés

    40 analytes fortement discriminants

    Cohorte 1 = cohorte d’apprentissage

    50 cas avec 3 ans suivi (infarctus, AVC, mort) 50 témoins

    Cohorte 2 indépendante = cohorte de validation

    25 cas avec 3 ans suivi (infarctus, AVC, mort) 25 témoins

    Métabolomique LC MS plasma = 2000 analytes mesurés

    24 analytes fortement discriminants

    18 analytes en commun Top 3 = choline, betaine, trimethyloxyde amine (TMAO)

  • choline, betaine, trimethyloxyde amine (TMAO)= Métabolites de la phosphatidylcholine

    bétaine

    Validation sur modèle souris athéromateux: •nourris avec ou sans choline •Nourris avec ou sans TMAO •Traités aux antibiotiques •Cohortes humaines 1876 sujets avec angiographies

  • Dosage des métabolites « athérogènes » dans une cohorte de 1876 sujets à pathologie cardiovasculaire variable (angiographie)

    Implication = nouveaux marqueurs du risque cardiovasculaire, indépendant des marqueurs lipidiques classiques Identifications de cibles thérapeutiques: flore intestinale, FMOs hépatique

  • Milburn MV, Lawton KA. Application of metabolomics to diagnosis of insulin resistance. Annu Rev Med 2013;64:291-305.

  • Couplage avec autres omiques

  • Multiple correlations between metabolites and proteins were found, including associations between serotransferrin precursor and both tyrosine and 3-D-hydroxybutyrate. Additionally, a correlation between decreased concentration of tyrosine and increased presence of gelsolin was also observed. This approach can provide enhanced recovery of combination candidate biomarkers across multi-omic platforms, thus, enhancing understanding of in vivo model systems studied by multiple omic technologies

  • Subnetwork of strongly interacting pathways to metabolites clusters

  • apoptosis

    Gene regulation Cell proliferation signaling

    Neurotransmiter tone

    Proteasome & ER stress

    Inflammation

    Major impact of CLA on adipocytes

  • -1,0

    -0,8

    -0,6

    -0,4

    -0,2

    -0,0

    0,2

    0,4

    0,6

    0,8

    1,0

    -1,1 -1,0 -0,9 -0,8 -0,7 -0,6 -0,5 -0,4 -0,3 -0,2 -0,1 0,0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1,0

    "V223"

    "V224"

    "V226" "V236"

    "V237"

    "V239"

    "V244"

    "V246""V247"

    "V248""V249""V250"

    "V251""V252""V253"

    "V254"

    "V255"

    "V257"

    "V258"

    "V266"

    "V271"

    "V275"

    "V279"

    "V282"

    "V283""V284""V285"

    "V286""V287""V288""V289""V290""V291"

    "V294"

    "V295""V296"

    "V297"

    "V302""V303""V304""V305""V306"

    "V310"

    "V311"

    "V312"

    "V313""V314""V315"

    "V316""V318"

    "V451"

    "V452"

    "V453"

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    "V459"

    "V461""V462"

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    "V464" "V465"

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    "V473"

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    "V485""V486" "V487"

    "V489"

    "V490"

    "V492"

    "V495"

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    "V498""V500"

    "V501"

    "V502"

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    "V507"

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    "V511"

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    "V523"

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    "V527"

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    "V531"

    "V532"

    "V533"

    "V537""V538"

    "V540"

    "V543""V544"

    "V545"

    "V547"

    "V549"

    "V550"

    "V551"

    "V552"

    "V555"

    "V556"

    "V557"

    "V558"

    "V562"

    "V564"

    "V565"

    "V567"

    "V568"

    "V569"

    "V570"

    "V571"

    "V572"

    "V573"

    "V574"

    "V575""V582"

    "V583"

    "V584"

    "V585"

    "V587""V591"

    "V592"

    "V593""V594"

    "V595"

    "V596""V597"

    "V598""V599"

    "V600""V601"

    "V602"

    "V603"

    "V604"

    "V605"

    "V606"

    "V607"

    "V608"

    "V610"

    "V612"

    "V613"

    "V614""V615"

    "V616""V617"

    "V618"

    "V619"

    "V623"

    "V624"

    "V625"

    "V626"

    "V627"

    "V628"

    "V629"

    "V630"

    "V632"

    "V633"

    "V634"

    "V637"

    "V641""V645"

    "V646"

    "V647"

    "V648"

    "V649"

    "V650"

    "V651"

    "V652"

    "V654"

    "V655"

    "V656"

    "V657"

    "V661"

    "V662"

    "V664"

    "V666""V667"

    "V668"

    "V669"

    "V671"

    "V672"

    "V673""V674""V675"

    "V676""V677"

    "V678"

    "V679"

    "V680"

    "V682"

    "V687"

    "V691" "V692"

    "V693"

    "V694"

    "V695""V696"

    "V697"

    "V698"

    "V699""V700"

    "V701""V702"

    "V703"

    "V705""V706"

    "V709"

    "V712"

    "V721"

    "V722"

    "V723"

    "V724""V725"

    "V726"

    "V727""V728"

    "V733"

    "V735"

    "V736"

    "V737"

    "V738""V739""V740"

    "V741"

    "V742""V743"

    "V744""V745""V746"

    "V749"

    "V750"

    "V753"

    "V754"

    "V755"

    "V759""V760"

    "V761"

    "V762"

    "V763"

    "V767"

    "V768"

    "V769"

    "V770"

    "V771"

    "V772"

    "V773""V774"

    "V777"

    "V778"

    "V780"

    "V781""V782"

    "V783""V784""V785""V786"

    "V787""V788""V789"

    "V790""V793"

    "V794""V797"

    "V798"

    "V803"

    "V804"

    "V805"

    "V806"

    "V807"

    "V808""V809""V810"

    "V811"

    "V815"

    "V816"

    "V817"

    "V818"

    "depotCE"

    L11

    L12

    L13

    L14

    L16L17

    L21

    L23

    L25

    L26

    L28

    L31

    L32L33L34

    L35

    L38

    L41L42L44L45

    L46

    L47

    L48

    L52

    L53

    L54L55

    L56

    L57L58

    L61

    L62

    L63

    L64

    L65

    L66L67

    L68

    transcriptome

    métabolome

    protéome

  • Transport et accumulation lipidiques

    Régulation

    Stress oxydant

    Métabolisme lipidique

  • Evaluer l’impact athérogénique de différentes matières grasses laitières

    anhydres +/-décholestérolisées et appauvries en AGS

    MGLA déchol

    & dé-sat

    41%

    MGLA déchol

    + colza

    37%

    Palme natif

    + colza

    37%

    MGLA std

    + colza

    37%

    MGLA std

    67%

    20% fat (by weight), en régime semi-synthétique

    Athérogénèse (Cholesteryl-ester aorte)

    X 12 semaines

  • Régimes tests

    Metabolome plasmatique n=701 (LCMS)

    Metabolome urines n=1224 (LCMS)

    Chimie du sang =26 (biochimie: TG, Chol, HDLC, LDLC,…)

    Acides gras foie & classes lipidiques du plasma n=124 (fast-GC)

    Expression gènes foie et sang n=44 (QPCR)

    Total = 1666 variables biologiques/hamster + 1 (mesure indice athérogénicité)

  • But

    • identifier des biomarqueurs prédictifs de l’athérogénèse

    sensibles aux régimes;

    Lésions peu étendues Lésions étendues

    Marqueurs biologiques des lésions (f(régimes)?)

  • 1666 variables biologiques/hamster

    Sélection selon critère VIP de l’analyse discrimante multivariée PLS

    127 variables biologiques discriminantes

    38 métabolome urine

    38 metabolome plasma

    23 acides gras (PL, CE, TG, Lipides totaux)

    12 biochimie sang

    16 gènes

  • Dairy fat derived fatty acids

    AA metabolism Regulation of lipid transport and metabolism

    Mitochondrion function

    Vit E metabolism

    hemostasis

  • Blood cholesterol related

    Endogenous derived fatty acids dairy fat derived fatty acids

    Regul. of lipid metab. & transp. mitochondrion function

    miscellenous & unidentified

    inflammation hemostasis

    Aminoacids metabolism Vitamin E metabolism Pathways relative activation

    a b b b c

    a ab b c ab

    a b c bc ab ab bc bc c c

    a a a a b

    a b b b c

    Relative activation in dietary groups

    Biological clusters

    ANOVA Pvalue < 0.001 e

    1

    2

    3

    4

    5

    6

    7

    8

    c c b

    a

    Pre

    dic

    ted

    ath

    ero

    sc

    lero

    sis

    ANOVA Pvalue < 0.001

    1

    2

    3

    4

    5

    6

    7

    8

    Ob

    se

    rve

    d a

    the

    ros

    cle

    ros

    is

    e

    c c

    b

    a

    Predicted Atherogenicity = 0.108091*[dairy fat derived fatty acids] + 0.152669*[endogenous derived fatty acids] - 0.0340185*[mitochondrion function] + 0.173429*[regul. Lipid metabol. Trans.] - 0.0751566*[vitaminE metabolism] - 0.153142*[hemostasis] - 0.110269*[aminoacids metabolism] + 0.110269*[blood cholesterol related]+ 0.231903*[inflammation] - 0.00456344*[miscellenous & unidentified] + 4.06731.

    5.1% 6.3% 6.6%

    7.3% 3.3% 1.2% 3.7% 1.9% 5.1% 3.4%

    Quantitative contribution to

    disease outcome

    Regul. of lipid metab. & transp.

  • Athero_index

    dairy fat derived fatty acids

    Regul lipid metabol & transport

    Mitochondrion function inflammation

    hemostasis

    Aminoacids metabolism

    vitE metabolism

    Miscellenous & unidentified

    Endogenous derived fatty acids

    Blood cholesterol related

    d-CEHC-glucuronide g-CEHC-glucuronide b-CEHC-glucuronide a-tocopheronate-glucuronide

    *

    PC(0-C16:0/0:0) PAF(0-C17:0/2:0) * *

    L-tryptophan L-leucine L-valine L-proline Indole acrylic acid Trp-Gln-peptide

    *

    Fasting NonHDL-cholesterol/HDL-cholesterol Fasting total cholesterol/HDL-cholesterol Fasting HDL-cholesterol Fasting cholesterol Fasting phospholipids Fasting HDL-phospholipids Fasting HDL-triglycerides Fed HDL-phospholipids Fed HDL-cholesterol Fed cholesterol Fed phospholipids Fed nonHDL-cholesterol

    *

    PL_C17:0 L_C17:0 PL_C15:0 TG_C15:0 TG_C14:0 FFA_C17:0

    PL_C20+CLA

    lysoPC(C14:0) lysoPC(C15:0) lysoPC(C17:0) CE_C15:0 CE_C14:0 FFA_C15:0 FFA_C14:0 PL_C14:0 L_C14:0 lysoPC(C12:0)

    FFA_C20+CLA

    *

    FFA_C22:6n-3

    L_C24:1n-9 PL_C22:6n-3

    PL_C18:1n-7

    CE_C14:1n-5 CE_C16:1n-9 lysoPC(C16:1) L_C18:1n-7 TG_C18:1n-9 TG_C22:4n-6

    *

    GL_CRP GB_IL1a

    GL_PON1 * U_M307T428 U_M329T560 U_M327T28 GL_GLUT2 U_M280T417 U_M322T47 U_M399T541 U_M439T459 U_M463T424 U_M513T453 U_M421T351

    *

    GL_UCP2 Isobutyryl/butyryl-carnitine methylglutaryl-carnitine tiglyl-carnitine L-octanoyl-carnitine hydroxybutyryl-carnitine

    *

    GL_CEH GL_ACAT GL_CYP7A1 GL_ACOX GL_ApoAIV GL_SCD1 GL_LDLR GL_ACC GL_SREBP1c GL_MTP GL_LIPA

    * *

  • Quelques applications en sélection cultivars, origine produits, qualité

  • 2004 2005 2006

    Cultivar Amadeo x 2004 2005 2006

    1 localisation x

    Géo x temps

    Cult x temps

  • Test biologique (dysfonction vasculaire in vitro) des différents cultivars de thé vert

    Cultivars biologiquement actifs/non actifs

    Analyse métabolomique de différents cultivars de thé vert

    Métabolites discriminants des cultivars

    Métabolites associés à l’activité biologique

    Cultivars possédant les métabolites actifs

    Validation = transfert de l’activité biologique par ajout des métabolites suspectés actifs à un cultivar initialement inactif (ex: importance bio THEANIN)

  • Co-expression de gènes associés à l’assimilation du souffre avec O-acetylsérine

    Fonction de gènes inconnus

  • Méthodes de production/formulation

    cultivars Process industriel Qualité/ingeniering

    Produits/molécules d’intérêts santé

    Signature biologique & caractéristiques moléculaires

    Gènes (réponse amont)

    protéines

    Métabolites (réponse aval)

    Stress (agression, drogue,

    nutriments)

    Réponse adaptative

    Système biologique intégré

    CRIBIOM, une plate-forme de criblage biologique

  • phytonutriments

    Réponse biologique

    phénotype

    « omiques »

    IGEC colza

    Projet « Polygone » Onidol, PIVERT, U-Caen, AMU GENESYS/SAS PIVERT

    Ingéniérie inverse

  • CRIBIOM

    Plate forme microarray (IFR) QPCR

    Transcriptomique

    Plate-formes expérimentales

    animalerie

    Cultures cellulaires

    Bioinformatique, statistiques et modélisation in silico

    Métabolomique et lipidomique

    LC QTOF GCMS

    fastGCFID LC orbitrap

  • Quels sont les éléments qui fragilisent encore le développement de la métabolomique?

  • Reproductibilité inter-plateforme et standardisation

  • MS instruments (TOF, QTOFs, orbitrap)

    NMR instruments

    Despite a large differences in the number of features among the instruments, the heterogeneity in the analytic conditions and data post-processing, the spectral information within (NMR and MS) and across methods (NMR vs MS) was highly converging (from 64% to 91% on average). No effect of the MS configuration (TOF, QTOF, Orbitrap) was noticed

  • Facteurs humains: scepticisme et conservatisme des biologistes, formation insuffisante

  • chimie

    Du relatif au quantitatif

    Du statique au dynamique

    De centaines de composés à des milliers

    De la preuve de principe à la routine

    De l’identification manuelle à l’identification automatique à haut débit

    De l’instrument dépendant à l’universel

    biologie

    De la découverte à la validation de nouveaux biomarqueurs

    Des biomarqueurs individuels aux biomarqueurs multiplexes

    Du laboratoire R&D à la clinique

    Du groupe au metabotype individuel

    Du descriptif au mécanistique

    Des petites cohortes à l’épidémiologie

    Du spectral à l’imagerie Informa-tique De l’interrogation manuel à

    l’automatisation

    Des outils maisons aux outils universels

    De la métabolomique à l’intégration omique

    Des statistiques à l’intégration au text-mining et à l’interprêtation

    Des voies métaboliques aux fonctions biologiques

    D’un accès restreint à un accès universel (visualisation)

  • Spectro de masse

    Banque de données

    Identifier et annoter

  • Que pensez-vous de la métabolomique?

    Très bien Bien

    Moyen À supprimer