LABORATORIO DE REFERENCIA EN ANDALUCÍA LABORATORIO DE REFERENCIA EN ANDALUCÍA PARA TIPADO MOLECULAR DE PATOGENOS PARA TIPADO MOLECULAR DE PATOGENOS

NOSOCOMIALES Y DETECCIÓN GENOTÍPICA DE NOSOCOMIALES Y DETECCIÓN GENOTÍPICA DE MECANISMOS DE RESISTENCIA A MECANISMOS DE RESISTENCIA A

ANTIMICROBIANOS DE INTERÉS SANITARIOANTIMICROBIANOS DE INTERÉS SANITARIO

Dr. Alvaro Pascual Servicio de Microbiología, Hospital Universitario V irgen MacarenaUnidad Intercentros de Enfermedades Infecciosas, Mi crobiología

Clínica y Medicina PreventivaSevilla

ObjetivosObjetivos1. Servir de apoyo al SVEA en la detección, investig ación y

control de alertas por bacterias multirresistentes.2. Determinar la relación clonal de los aislamientos de

patógenos nosocomiales multirresistentes mediante l a combinación de pruebas fenotípicas y genotípicas en tiempo suficiente para poder tomar medidas de control adecuadas.

3. Estudio fenotípico y genotípico de los mecanismos de resistencia de patógenos nosocomiales de interés y que resistencia de patógenos nosocomiales de interés y que puedan favorecer el desarrollo de medidas terapéuti cas y/o preventivas .

4. Identificación y seguimiento de clones de microor ganismos multirresistentes que circulen en centros hospitala rios de la Comunidad.

5. Creación de una base de datos con los genotipos d e interés.6. Servir de centro centinela para la detección de n uevos

mecanismos de resistencia en patógenos nosocomiales o de la comunidad.

Cartera de serviciosCartera de serviciosResistencia a antimicrobianos• Detección de resistencia a oxacilina (SARM) en Staphylococcus aureus.• Detección de resistencia a vancomicina en Enterococcus spp• Detección e identificación de genes de beta-lactama sas de espectro extendido

(BLEE) tipo TEM, SHV y CTX-M, más frecuentes en nue stro entorno, en enterobacterias .

• Detección e identificación de genes de AmpC plasmíd icas y cromosómicas.• Detección e identificación de genes de beta -lactamasas que hidrolizan

carbapenems (carbapenemasas).• Detección e identificación de genes de beta -lactamasas que hidrolizan

carbapenems (carbapenemasas).

Tipado molecular o Genotipado• Enterobacterias productoras de BLEE o carbapanemasa s• Otras enterobacterias multirresistentes• Acinetobacter baumannii• Pseudomonas aeruginosa• S. aureus resistente a meticilina.• Enterococcus resistente a vancomicina

MetodologíaMetodología

• Detección de mecanismos de resistencia:– Marcadores fenotípicos– Marcadores genotípicos: PCR +/ -– Marcadores genotípicos: PCR +/ -

secuenciación

• Identificación molecular:– REP-PCR, PFGE, MLST, Secuenciación– Base de datos históricas

Solicitud de serviciosSolicitud de servicios

• Contacto previo telefónico o por correo electrónico:– Autorización del envío de aislados– Numero y tipo de aislados a enviar– Numero y tipo de aislados a enviar

• Normas de envío en condiciones de bioseguridad.

• Información de brotes y aislados necesaria para el estudio.

Emisión de informesEmisión de informes

• La emisión de los informes dependerá de las características de cada brote o endemia. Como norma se emitirán 2 informes uno preliminar y otro definitivo. Los tiempos medios de emisión serán:– Informe preliminar: a los 10 días de la recepción d e la

muestra.muestra.– Informe definitivo: a los 21 días de la recepción d e la

muestra.

• Estos tiempos se verán sujetos a modificaciones en función de la complejidad del brote y el número de aislados a estudiar.

Ejemplos: búsqueda de reservoriosEjemplos: búsqueda de reservoriosDice (Opt:0.60%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]PFGE

100

9080

PFGE

Caso Muestra

A A. traqueal

B A. traqueal

S. aureus

B A. traqueal

Trabajador F. nasal

Dice (Opt:1.00%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]

PFGE2

100

9896

PFGE2

714

715

MR-151

22/06/11

15/06/11

03/06/11

183-3

184-08

FIBROBRONCOSCOPIO

A TRAQUEAL

BAL

73016

69980

N º

Aislado Fec ha Cama Tipo de muestra NHC

Dice (Opt:1.00%) (Tol 1.0%-1.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]

PFGE2

100

9896

PFGE2

714

715

MR-151

22/06/11

15/06/11

03/06/11

183-3

184-08

FIBROBRONCOSCOPIO

A TRAQUEAL

BAL

73016

N º

Aislado Fec ha Cama Tipo de muestra

A. baumannii

S. Vergara et al. CMI 2013.

D ic e ( O p t : 0 . 6 0 % ) ( T o l 1 . 0 % - 1 . 0 % ) ( H > 0 . 0 % S > 0 . 0 % ) [ 0 . 0 % - 1 0 0 .0 % ]P F G E

100

9080706050

P F G E

5 3 9

5 8 4

6 1 0

8 2 3

1 0 9 9

1 1 0 2

1 2 4 7

8 0 7

9 5 0

7 8 8

1 2 0 8

1 2 3 6

6 6 8

7 3 2

8 9 5

2 0 / 0 8 / 0 7

2 1 / 0 4 / 0 8

1 7 / 0 6 / 0 8

2 5 / 0 9 / 0 9

0 6 / 0 5 / 1 1

1 3 / 0 5 / 1 1

1 5 / 0 2 / 1 2

0 1 / 0 8 / 0 9

1 4 / 0 7 / 1 0

2 5 / 0 6 / 0 9

0 7 / 0 1 / 1 2

0 7 / 0 2 / 1 2

1 7 / 1 0 / 0 8

1 9 / 0 3 / 0 9

0 4 / 0 3 / 1 0

F N a s a l

F N a s a l

F N a s a l

F n a s a l

E x h e r i d a

S a n g r e

F N A S A L

A b s c e s o

E x h e r i d a

L a r t i c u l a r

E X H E R ID A

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F N a s a l

E x h e r i d a

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M R S A

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M R S A

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G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

K

K

E 5

E 5

E 5

SARM. H.U. Virgen Macarena. Árbol filogenético hist óricoSARM. H.U. Virgen Macarena. Árbol filogenético hist órico

PFGEPFGE

8 9 5

9 8 4

8 0 1

1 0 8 5

6 3 3

7 4 5

8 5 0

8 7 4

6 8 2

9 5 6

9 5 7

6 5 1

7 6 8

7 2 4

H 3 3 0

6 7 0

8 7 9

1 2 6 4

1 2 7 0

5 6 0

9 0 2

9 6 2

9 0 3

8 2 8

0 4 / 0 3 / 1 0

2 0 / 0 9 / 1 0

0 5 / 0 8 / 0 9

1 5 / 0 4 / 1 1

1 4 / 0 8 / 0 8

0 4 / 0 4 / 0 9

1 9 / 1 1 / 0 9

2 5 / 0 1 / 1 0

0 4 / 1 2 / 0 8

2 3 / 0 7 / 1 0

2 7 / 0 7 / 1 0

0 9 / 0 9 / 0 8

1 9 / 0 5 / 0 9

0 5 / 0 3 / 0 9

2 5 / 0 5 / 0 9

2 1 / 1 0 / 0 8

2 6 / 0 8 / 0 9

0 1 / 0 3 / 1 2

1 1 / 0 3 / 1 2

1 2 / 0 2 / 0 8

1 5 / 0 3 / 1 0

0 3 / 0 8 / 1 0

1 7 / 0 3 / 1 0

0 5 / 1 0 / 0 9

E x h e r i d a

E x h e r i d a

F n a s a l

A b r o n q u ia l

B o s t e o a r t i c u la r

F N a s a l

B A L

E x h e r i d a

F n a s a l

A t r a q u e a l

A t r a q u e a l

O r i n a

E s p u t o

A b r o n q u ia l

S a n g r e

F N a s a l

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E X H E R ID A

B A L

F N a s a l

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F n a s a l

B o e s t e o a r t i c u la r

M R S A

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M S S A

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E 5

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A

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A

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El microbiólogo en los equipos de El microbiólogo en los equipos de IRAS y PROAIRAS y PROA

ResponsableDirector del programa - Director Médico

Equipo de IRAS- Coordinador- Miembros fijos

- Preventivista- Microbiólogo, intensivista, enfermeras e

internista experto en enfermedades

- Miembros opcionales

internista experto en enfermedades infecciosas.

- Intensivistas, pediatras…

Equipo de PROA- Coordinador- Miembros fijos

- Miembros opcionales

- Clínico experto en antibióticos.- Farmacéutico, microbiólogo, preventivista e

internista experto en enfermedades infecciosas.

- Intensivista, pediatras…

LAR

(HGP = hospitales generales pequeños, HGG = hospita les generales grandes, GHR = grandes hospitales de referencia , LAR= laboratorio autonómico de referencia , CRNH = centros de referencia no hospitalarios)

* al menos en situaciones de brotes