Les outils de la génétique moléculaireau service de la conservation

et de la reproduction

du guépard

Conservation et Reproductiondes Espèces Sauvages Africaines Menacées

Dr Guillaume QUENEYDr Delphine DELATTREDr Alain FONTBONNEDr Jean-Yves ROUTIER

CRESAMConservation et Reproduction des Espèces Sauvages Africaines Menacées

Travail en brousse sur les espèces africaines menacées• améliorer les connaissances scientifiques• favoriser la biodiversité• aider à la conversation des espèces menacées

Création en 2002Equipe de vétérinaires et scientifiques spécialisés

Jean-Yves ROUTIERMichel LAFORETAlain FONTBONNE

Déclin du guépard

• facteurs environnementaux- intensification de l’agriculture (chasse par les fermiers)

- fragmentation des milieux

• facteurs biologiques- spécialisation alimentaire- compétition alimentaire (hyènes, lions)

- vulnérabilité des guépardeaux- reproduction difficile ou mal comprise

Programme sur le guépard • création de zones sanctuaires en Afrique

avec la participation des autorités et des populations locales• assistance médicalisée à la reproduction• gestion et conservation de la diversité génétique de l’espèce

CRESAMConservation et Reproduction des Espèces Sauvages Africaines Menacées

Laboratoire spécialisé dans l’étude du patrimoine génétiquedes animaux domestiques et sauvages (mammifères et oiseaux)

Conservation du patrimoine génétique

population localemétapopulation (à l’échelle régionale)

sous-espèces (à l’échelle continentale)

espèce

Comprendre :• la structuration génétique • la diversité génétique

Marqueurs génétiques(microsatellites polymorphes)

Optimiser la reproductionAssurer le brassage génétique entre populations Limiter la dépression de consanguinité

Etude génétique préliminaire

17 guépards :• 6 d’Afrique du Sud (Acinonyx jubatus jubatus )

• 8 de Djibouti (Acinonyx jubatus rayneyi)

• 3 de parcs zoologiques français(La Palmyre, Les Sables d’Olonne)

8 marqueurs variables (sur les 10 analysés)

2 à 8 allèles par marqueur5,5 allèles/marqueur en moyenne44 allèles

Marqueurs microsatellites (répétitions de séquences d’ADN)

• polymorphisme neutre• différents allèles

0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

50

Afrique dusud

Djibouti Persan Maine Coon Sacré debirmanie

3029

Diversité allélique sur 8 marqueurs microsatellites(nombre total d’allèles microsatellites)

0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

50

Afrique dusud

Djibouti Persan Maine Coon Sacré debirmanie

3029

Diversité allélique sur 8 marqueurs microsatellites(nombre total d’allèles microsatellites)

47

38

25

ChatGuépard

0,3

0,4

0,5

0,6

0,7

Afrique dusud

Djibouti Persan Maine Coon Sacré debirmanie

Hétérozygotie théorique sur 8 marqueurs microsatellites

0,5740,589

0,3

0,4

0,5

0,6

0,7

Afrique dusud

Djibouti Persan Maine Coon Sacré debirmanie

Hétérozygotie théorique sur 8 marqueurs microsatellites

0,5740,589

ChatGuépard

0,621

0,529

0,450

Allèles spécifiques :• 12 pour l’Afrique du sud (sur 30 allèles au total)

• 11 pour Djibouti (sur 29 allèles au total)

Structuration génétique

0

0,05

0,1

0,15

0,2

0,25

0,3

0,35

0,4

0,45

0,5

173 181 183 185 189 191 193

DjiboutiAfrique du sud

Marqueur FCA 105

Fréquence allélique

0

0,1

0,2

0,3

0,4

0,5

0,6

119 121 123 125 127 129 131 133

DjiboutiAfrique du sud

Marqueur FCA 310

Fréquence allélique

Distances génétiques(distance de Nei / Neighbourjoining)

Distances génétiques(distance de Nei / Neighbourjoining)

ApplicationsConservation in situ (populations naturelles) ou ex situ (parcs)

Etablissement des empreintes génétiques(combinaison de 10 marqueurs microsatellites de chat)

Calcul des « distances génétiques » entre guépards

Accouplement (directement ou par insémination artificielle)

des guépards les plus éloignés génétiquement

Maximiser les chances de reproduction(meilleure fécondité, survie embryonnaire, viabilité)en tenant compte de tous les autres paramètres

Minimiser les effets délétèresdes croisements entre individus apparentés

Conclusions

Données préliminairesMieux comprendre la structure et diversité entre sous-espèces, entre populations

• échantillonnage à grande échelle• marqueurs liées à la diversité génétique sélectionnée

Diversité génétique moyenne(en comparaison des autres espèces de mammifères)

malgré une faible diversité génétique au niveau d’autres marqueurs(allozymes, fibroflastes, complexes majeurs d’histocompatibilité)

Assez faible structuration entre les deux sous-espèces étudiées

Structuration entre populations d’une même région ?

Problème de consanguinité ?Faiblesses reproductives ? sensibilités aux maladies ?

Homogénéisation génétique en l’absence de flux géniques(déconnection d’isolats génétiques à la frange des métapopulations)