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ValentinDemets
Manueld'utilisationdesoutilsdédiésautraitementdesdonnéesissuesduProtocoledeSuiviDendrométrique
desRéservesForestières-PSDRF-
Version1.0-11/2016
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TabledesmatièresIntroduction.......................................................................................................................................4
1. Installation..................................................................................................................................5
1.1. Installationdeslogiciels....................................................................................................5
1.1.1. Premièreétape:InstallationdulogicielR..................................................................5
1.1.2. Deuxièmeétape:installationdulogicielRStudio......................................................5
1.1.3. Spécificitéwindows:installationdeRtoolsetdeMiKTeX.........................................5
1.2. ParamètragedulogicielRStudio.......................................................................................7
1.2.1. Réglagedesparamètresgénéraux.............................................................................7
1.2.2. PrésentationdeRStudio.............................................................................................8
1.2.3. Installationd’unpackageR.........................................................................................9
2. Organisationdelabasededonnées........................................................................................11
2.1. Définitiondurépertoiredetravail..................................................................................11
2.2. LedossierData.................................................................................................................11
2.3. LedossierImages.............................................................................................................12
2.4. LedossierTables..............................................................................................................12
2.5. LedossierTemplate.........................................................................................................12
2.6. LedossierOut..................................................................................................................13
3. Utilisationdesoutils.................................................................................................................14
3.1. Traitementdesdonnéesd'inventaire:utilisationdupackagePermPSDRF..................14
3.1.1. Présentation.............................................................................................................14
3.1.2. Etapepréparatoire:RStudio-psdrf_Load-installationdespackagesnécessaires.14
3.1.3. Fonctionssansinterface...........................................................................................15
3.1.4. TraitementdesdonnéesduPSDRF..........................................................................19
3.2. Editionautomatiquedesdocumentsdesynthèse.........................................................24
Annexes............................................................................................................................................26
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Introduction
LeProtocoledeSuiviDendrométriquedesRéservesForestières(PSDRF)aétéformaliséparAgroParisTech-ENGREF en partenariat avec l’Office National des Forêts (ONF), RéservesNaturellesdeFrance(RNF),l’InstitutNationaldeRechercheenSciencesetTechnologiespourl’Environnement et l’Agriculture (IRSTEA) et l’Institut Géographique National (IGN), surfinancements du ministère de l’environnement en 2005. Il a pour finalité de décrire lespeuplements protégés par les réserves forestières (réserves naturelles et biologiques) demanièrerobusteetharmonisée.Avecl'évolutiondesbesoinsdesgestionnairesdesréserveset lamontéeenpuissancede ceprotocole, lePSDRFaétéadaptéauxmilieuxalluviauxàtravers une déclinaison du protocole originel : le module alluvial. Dans ce qui suit, nousutiliseronsletermePSDRFpourdésigneraussileprotocoleinitialetsonmodulealluvial.Jusqu’alors,lesdonnéesrécoltéessurlesdispositifsfaisaientl’objetd’untraitementsimple,transmis au gestionnaire pour une valorisation locale, via des macro-commandes Excel,élaborées dès le démarrage du PSDRF en 2005. Depuis fin 2014, une nouvelle chaîne detraitementaétéconsolidée.Lanouvelleorganisationdesdonnéesetmétadonnéesapourprincipal objectif d’assurer un traitement fiable et de faciliter l’édition automatisée derapportsd’analyse.Cedocumentconstitueunmanueld'utilisationdesoutilsinformatiquesdédiésautraitementduPSDRFetdéveloppéssurlelogicielRStudio.Ildoitassureràtoutnouvelopérateurlabonnepriseenmainde cesoutils. Il sera scindéenplusieurspartiespourdétailler pas àpas lesdifférentes étapes d'installation des logiciels informatiques, d'utilisation des outils detraitementetd'éditiondesdocumentsd'analyseautomatisés.
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1. Installation
1.1. InstallationdeslogicielsL’utilisation des outils informatiques dédiés au PSDRF nécessite l’installation de plusieurslogiciels. Leur installation ne sera possible qu’à condition de disposer des droitsadministrateursetbiensûrd’uneconnexioninternet.
1.1.1. Premièreétape:InstallationdulogicielRLe logicielRconstitue lesupportdebaseduprogrammedetraitementdesdonnées.C’estavec le langage informatiqueutilisédans ce logicielqu'ontétédéveloppés l’ensembledesoutilsdetraitementprésentésici.LelogicielResttéléchargeableàl’adresse:https://mirror.ibcp.fr/pub/CRAN/Unefoisletéléchargementterminé,ilsuffitd’installerlelogicieldefaçonclassique.
1.1.2. Deuxièmeétape:installationdulogicielRStudioLelogicielRStudiosertd’interfaceaulogicielR.Ilpermetdefaciliterl’utilisationdesdifférentsscriptsconstitutifsdesoutilsdetraitement.C’estàpartirdece logicielqueseront lancéestoutes les commandes ou requêtes relatives à l’utilisation des outils du PSDRF. Ellesprésententl’avantaged’êtrebeaucoupplusaccessiblesd’utilisationquecellesdulogicielR.LelogicelRStudioesttéléchargeableàl’adresse:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download3/Unefoisletéléchargementterminé,ilsuffitd’installerlelogicielselonlaprocédureclassique.
1.1.3. Spécificitéwindows:installationdeRtoolsetdeMiKTeXSousWindows,lelogicielRtoolsestindispensableàlabonneexécutiondecertainesfonctions,etenparticuliercellespermettantd’éditerdesfichiersauformatExcel(".xlsx")quipermettentd’obtenirdesrésultatsd’analysedesinventairessouslaformedeclasseursexcel.De lamêmefaçon, l’éditiondedocumentsPDF(rapportsd’analyseautomatique, fichesderemesures,plandesarbresparplacettes,…)nécessitel’installationd’unéditeurLaTeX.SousWindows,lelogicielMikTeXestrecommandé.
• InstallationdeRtools-2méthodes:
a/ViaRstudio:- Installer (dans l’ordre) lespackagesXMLpuis installr (voir leparagraphe Installationd’unpackageR).Charger le package installr : la commande à exécuter dans la console de R est"library(installr)".- Lancer la fonction install.rtools (commande = install.rtools()) pour télécharger Rtools(danslafenêtredecommandesquiapparaîtchoisirlaversioncorrespondantàvotreversiondeR)etcommencersoninstallation.b/TéléchargerleprogrammeRtoolsàlapage:http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
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(ChoisirlaversioncorrespondantàvotreversiondeR.LenuméroestindiquéaudémarragedeR).Une fois le téléchargementachevé, lancer l’installationdeRtools. La fenêtred’installations’ouvre (Intitulée : Bienvenue dans l’assistant d’installation de Rtools). Cliquer sur suivantjusqu’à arriver à la fenêtre d’installation intitulée "Tâches supplémentaires". Cocher lapremièrecase(cfimprim'écranci-dessous).N.B : Cette étapemet à jour la liste des chemins d’accès (PATH) : elle est indispensable à
l’utilisation de fonctions de R présentes dans certains packages et permettant d'éditer lesclasseursExcelderésultats(fonctionsaveWorkbookdupackageopenxlsx).
Terminerensuitel’installationdeRtools.
• InstallationdeMiKTeX:
TéléchargerMiKTeXàl’adressesuivante:http://miktex.org/downloadLancerl’installationdeMiKTeXselonlaprocédureclassique.Unefoisl'installationterminée,ilestrecommandéderedémarrerl'ordinateur.Ilestàprésentpossibled'éditerdesdocumentsautomatiques(formatpdf)viaRStudio.Rqe:SousWindows,lorsdelapremièreutilisationdeLaTeX(éditiondupremierdocument.pdf),uncertainnombred’élémentsmanquantsdeMiKTeKsontàinstaller.Validerencasdenotification.
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1.2. ParamètragedulogicielRStudioAcetteétape,lesdifférentslogicielsnécessairesàl'utilisationdesoutilsdédiésauPSDRFontétéinstallés.OnpeutàprésentlancerlelogicielRStudioetprocéderauréglagedesprincipauxparamètres.
1.2.1. RéglagedesparamètresgénérauxEffectuerlesréglagessuivantsdanslesparamètresdeRStudio(voirfiguresci-dessous):Allerdanslemenu«Tools»puis«GlobalOptions».• Dans la partie "Code" onglet "Saving", choisir
"UTF-8" comme système d’encodage descaractèresspéciaux.
• Dans la partie "Packages", choisir un des sites
internetpour télécharger lespackagesR.LesiteduCNRSdeLyon("France(Lyon2)[https]-CNRSIBCP,Lyon")estrecommandé.
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• Danslapartie"Sweave"réglerlesoptionsØ WeaveRnwfilesusing:knitrØ TypesetLaTexintoPDFusing:pdfLaTex
1.2.2. PrésentationdeRStudioLafenêtredeRStudiosedécomposeen4parties
• lafenêtreenhautàgauchepermetd’ouvriretdevisualiserlesdifférentsscripts
delachaînedetraitement.• lafenêtreenhautàdroitepermetd’afficherlesdifférentsobjetsRcréés.Un
objetpeutêtrededifférentesnatures.Ondistingueglobalementlestableaux(data.frame,matrix),lesvecteurs(chaînesdecaractères,listedenombres,listedenoms,…)etlesfonctions.
• lafenêtreenbasàgaucheestuneconsoledecommandes.ElleestutiliséepourtaperetexécutermanuellementdeslignesdecodeR.
• lafenêtreenbasàdroiteestcomposéede5onglets:Files,Plots,Packages,Help,Viewer.NousnousintéresseronsicienparticulierauxongletsPackagesetHelpquipermettentrespectivementd’installeroudesupprimerdespackagesR,etdeconsulterl’aidefourniesurlesfonctionsprésentesdansunpackage.
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1.2.3. Installationd’unpackageRUn package est une extension du logiciel R qui permet d’ajouter de nouvelles fonctions.L'ensembledelachaînedetraitementdesdonnéesissuesduPSDRFfigured'ailleursdanslepackage"PermPSDRF",développéparl'associationdesRéservesNaturellesdeFrance(RNF).Néanmoinsl'utilisationdecepackageetdesoutilsqu'ilcontientestconditionnéepard'autrespackagesRStudiohomologués.L'installationdespackagesdoitdoncêtreuneopérationdebasemaîtriséeparlesopérateursenchargedutraitementdedonnées.N.B:Asoninstallation,lelogicielR(etdoncégalementRStudio)contientuncertainnombre
depackagesdebase.LalistedetouslespackagesRexistantsestsurlesiteinternetduCRAN
(ComprehensiveRArchiveNetwork).
L'installationdepackagesRhomologuésnécessiteuneconnexioninternet.Ilestdoncnécessairedes'assureraupréalablequel'ondisposed'unaccèssuffisant.- C’estgénéralementlecaspouruneconnexioninternetpersonnelle.- Sivouspassezparleréseaudevotreentreprise,ilestpossiblequel’accèsinternetaitété
limité.Danscecas,veillezàvousaccorderlesdroitsnécessairespourl'installationdespackages.
Unefoislesproblèmesd’accèsinternetrésolus,onpeutréaliserlamanipulationnécessaireàl’installationdespackages.Pourcela,danslafenêtreenbasàdroitedeRStudio,allerdansl’ongletPackages.Cliquersur«Install».Danslafenêtrequiapparaît(voirci-dessous),2choixfigurentdanslalistedéroulanteduchamp"Installfrom":• Installationd'unpackageRhomologué:sile
package à installer est directementtéléchargeablesurleCRAN(ComprehensiveRArchiveNetwork),choisir"Repository(CRAN)".Achaquedemanded'installationdepackage,lelogicielpourrarécupérerlepackagedansledépôt(repository)définidans lesparamètresgénéraux (dépôt "France (Lyon 2) [https] -CNRS IBCP, Lyon" recommandé). Dans lafenêtre « Packages (separate multiple withspaceorcomma)»,entrerlenomdespackagesàinstaller.Unesaisiesemi-automatiquepermetde sélectionnerplus rapidement lenomdespackages, sauf si les connexionsinternetsontlimitéesparunproxy(casdel’ONF).
• Installationd'unpackageRnonhomologué:
silepackagen'estpasdisponiblesurleCRAN(cas du package PermPSDRF) mais estenregistré directement sur le disque dur,choisir "PackageArchive File (.tgz ; .tar.gz)".Cefaisant,unefenêtredenavigateurs'ouvrepour sélectionner le package (présent enlocal)àinstaller.Ilseprésentesouslaformed'unearchivedontl'extensionest".tar.gz".
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L’installation des logiciels et extensions nécessaires à l’utilisation du programme detraitementdesdonnéesPSDRFest à présent terminée.Onpeut àprésent sepencher surl’organisationdelabasedesdonnées.
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2. Organisationdelabasededonnées
Avantdepouvoirutiliserleprogrammedetraitementdesdonnéesd’inventaireduPSDRF,ilestnécessairederécupéreruncertainnombredefichiersetdelesorganiserselonunordreplusoumoinsstrict.Cesfichierssontcontenusdans4dossiers,eux-mêmescontenusdansunrépertoireuniqueconstituantlesupportdutraitementdedonnées:c'estlerépertoiredetravail.
2.1. DéfinitiondurépertoiredetravailLe répertoire de travail peut être renommé àsouhait, à condition d'éviter les espaces et lesaccents (pour des questions de cheminemententrelesnomsdefichiers).Il contient4dossiersquipeuventmanipulésetcomplétés par l'opérateur, à condition detoujoursrespecterlahiérarchiedebase.
2.2. LedossierDataLe dossier Data est destiné à contenir lesdonnéesd’inventaire(classeursExceletfichiersde localisationdesplacettes). Il doitégalementcontenir les informations gérées parl'administrateur qui interviennent dans letraitementdesdonnées(classeurpsdrfListes).L'organisationdesfichiersàl'intérieurdudossierData est libre. On recommande malgré toutl'organisationsuivanteavec2sous-dossiers:• LedossierExcel,contenant:
Ø le classeur "psdrfListes.xlsx" danslequel figurent les éléments decodification (bois mort,dendromicrohabitats, …) et lesinformations administratives desdispositifsPSDRF(Communes,annéesd’inventaire,opérateurs,…).
Ø le dossier "Inventaires" contenant le(s) classeur(s) d’inventaire dans le(s)quel(s)figure(nt)lesdifférentsrelevéseffectuéssurleterrain.
• LedossierSIG,contenant:Ø ledossier"Placettes"danslequelsfigurentlesfichiersdelocalisationdesplacettes
d'inventaire.Ø le dossier "Perimetres" dans lequel figurent les fichiers de localisation des
périmètresdudispositif.
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2.3. LedossierImagesLe dossier Images ne doit pas être modifié. Ilcontientdeslogosetdesphotos(voirci-contre)utilisés pour l’édition de différents rapportsd'analyse.
2.4. LedossierTablesLe dossier Tables ne doit pas être modifié. Ilcontient de base un ensemble d’archives R(extension de fichier ".rda") contenant desdonnées nécessaires à certaines phases de lavalorisationduPSDRF.C’est également dans ce dossier que serontstockées,souslaformed’archives(extensiondefichier".Rdata")lesdifférentestablesproduitesau cours du traitement (résultats par arbres,placettes ouensembles). Cesnouvelles archivessont automatiquement enregistrées dans cedossier au fur et àmesure de l’avancement dutraitementdesdonnées.
2.5. LedossierTemplateLedossierTemplatenedoitpasêtremodifié.Ilcontientunensemblede fichierscontenant lesscripts nécessaires à l'édition automatique dedifférents documents PDF (rapports devérification ou d'analyse, fiches de remesure,plansdesarbresparplacettes,...).
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2.6. LedossierOutCedossierestcrééautomatiquementdanslerépertoiredetravailunefoispasséuncertainstadedansletraitementdesdonnées:ilcontientl'ensembledesrésultatsdelachaînedetraitementdesdonnéesissuesduPSDRF.Pourchaquedispositiftraité,undossiersecrée,nomméd’aprèslenuméroetlenomdudispositif.
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3. Utilisationdesoutils
3.1. Traitementdesdonnéesd'inventaire:utilisationdupackagePermPSDRF3.1.1. Présentation
LepackagePermPSDRFestunpackageR.Iln’estpasdisponiblesurleCRANàl’heureactuelleet doit être récupéré auprès de Nicolas Debaive (chargé de projet « forêts » à RéservesNaturellesdeFrance).Pourl'installationdupackage,sereporterauauparagrapheInstallationd’unpackageR.Le package se compose de différentes fonctions permettant chacune d'opérer unemanipulation particulière des données d'inventaire. Ce sont ces manipulations (et lescommandesnécessairesàleurexécution)quenousallonsdétaillerici.Onrappellequelalistedes fonctions du package PermPSDRF, ainsi que leur description (paramètres, commanded'exécution)estdisponiblevial'interfacedeRStudiodanslafenêtred'aide(onglet"Help"delafenêtreenbasàdroite)Onpeutdistinguerdeuxensemblesdefonctions:
• Les fonctions réalisant lesdifférentesétapesdu traitementdesdonnéesduPSDRF.Ellessontaccessiblesparlebiaisd’uneinterfacedestinéeàfaciliterleurutilisation.
• Les fonctions permettant de manipuler les données de base liées à l'inventaire(donnéesadministratives,SIG, ...).Ces fonctionsdoiventêtreappeléesdirectementdanslaconsoleRStudio(fenêtreenbasàgauche).
Danscequisuit,nousdécrironspasàpasl'utilisationdesdifférentesfonctionsdupackage.
3.1.2. Etapepréparatoire:RStudio-psdrf_Load-installationdespackagesnécessaires.
Avantdepouvoir lancer l'exécutiondesfonctionsdupackagePermPSDRF, ilestnécessaired'activeruncertainnombredepackagescomplémentaires.Cetteétapeestdétailléecommesuit:I. OuvrirlelogicielRStudioII. Danslemenu"File"->"OpenFile",ouvrirlefichier"psdrf_Load.R".Ils'agitd'unscriptRdans lequel figure la listedesélémentsnécessairesau lancementdes fonctionnalitésdupackage"PermPSDRF".Ilcontient:
A. lalistedespackagesnécessairesàl'utilisationdel'outil"PermPSDRF".B. la commande permettant d'ouvrir l'interface de traitement des données :"Interface_Traitement()"C. lacommande"repPSDRF <- choose.dir()"permettantdedéfinirlerépertoiredetravail.Unefenêtrededialogues'ouvreetpermetdechoisirlerépertoiredetravail.
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N.B:Pourpouvoirallerplusloin,etpourpouvoirutiliserl'ensembledesfonctionnalitésdupackagePermPSDRF,ilestnécessairedevérifierquel'installationdespackageslistésdans le fichier "psdrf_Load.R"abienété réalisée.Cespackages sontdisponibles via leCRAN(cfleparagrapheInstallationd’unpackageR).
III. Activerlespackagesnécessairesàl'utilisationdesoutils.Pourcela,sélectionnertoutesles lignes du script "psdrf_Load.R" commençant par "library" (les lignes sélectionnéesapparaissentsurlignéesenbleu)etcliquersurlebouton .IV. Choisir lerépertoiredetravail (repPSDRF)enexécutant lacommande"repPSDRF <- choose.dir()"Une fois cette étape franchie, l'opérateur est prêt à utiliser les différentes fonctions dupackage"PermPSDRF".Nouscommenceronsparaborderlesfonctionsn'appartenantpasàlachaînedetraitementausensstrict(cffonctionsinterfaceplusbas),maisquipermettentdemettreenformelesdonnéesd'inventaireoudemettreàjourlesdonnéesadministrateurs.
3.1.3. Fonctionssansinterface1.1.1.1. Miseenformedesdonnéesd’inventaire:
Une fois la phase d’inventaire sur le terrain terminée il faut, avant de pouvoir traiter lesdonnées via l'outil PermPSDRF, mettre en forme les données. Cette mise en forme doitadopterlemodèleduclasseurdesaisiedesdonnéesPSDRF.Cetteétapepeutprendredifférentesformes,selonl’outilemployépourréaliserl’inventaire.-UtilisationdulogicielDendro2.Dans lecasoù lesrelevésontétéeffectuésavec le logicielDendro2, lamiseenformedesdonnéessefaitàpartirduclasseurd’inventairesauvegardéparl’application.Unefoisrécupéréceclasseur,lancerlafonction"psdrf_ModeleTablette(repPSDRF, template = "PermPSDRF")" dans la console de RStudio. Dans la fenêtre de dialogue qui apparaît,sélectionner le classeur d’inventaire. Une fois la fonction terminée, un nouveau classeurd’inventaireauraétémisenforme.IlsetrouvedansledossierOut/ModeleSaisie/'Nomdu
dispositif'/PermPSDRF.
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N.B:enpréparationdel'utilisationdulogicielDendro2pouruneremesured'inventaire,ilestpossiblederéaliserl'opérationinverseetdemettrelesclasseursd'inventaireauformatdulogiciel.Pourcela,ilsuffitderemplacerlavaleur"PermPSDRF"par"Tablette"pourl'argumenttemplate, soitlacommande: "psdrf_ModeleTablette(repPSDRF, template = "Tablette")". -UtilisationdulogicielDendro(surTerminalDeSaisie;attentionobsolèteàpartirdejanvier2017).Initialementlesrelevésd’inventaireétaientréalisésgrâceàunterminaldesaisie(TDS)àl’aidedulogicielDendro.Cesrelevésétaientsauvegardésdansunfichierdendro.sdf.Pourpouvoirmettreenformecesdonnées,ilfautd’abordextrairedecefichierlesdifférentsfichierscsvqu’ilcontient.L'extractiondecesdonnéesestdétailléecommesuit:
1. Connecter le TDS à l'ordinateur. Dans le dossier "Appareil mobile/Mon appareilWindows Mobile/Storage Card/ONF/Dendro/Sauvegarde", récupérer le fichier"dendro.sdf".Ilcontientlesdonnéesd'inventaire.
2. TéléchargerlelogicielSDFBrowseràl'adressesuivante:3. http://download.cnet.com/SdfBrowser/3000-10254_4-75290142.html4. Lancerlelogicieletouvrirlefichierdendro.sdf.5. Double-cliquersurlepremieronglet(AMORTAUSOLINF30)6. Danslemenu«file»,choisir«generatequeries»puis«select»7. Danslemenu«file»,choisir«executequery»(ouboutondanslabarreenhaut)8. Danslemenu«file»,choisir«exportselecteddata»;pourlenomdufichier,choisir
exactementlemêmeintituléquel’onglet(AMORTAUSOLINF30)9. Répéterlesétapes4à7pourles8autresonglets10. Répéter lesétapes3à8pourtous lesfichiersdendro.sdfdonttudisposes(égalau
nombredeTDSutilisés)Cetteétapefranchie,ilsuffitdelancerlafonction"psdrf_Csv2Xls()"danslaconsoleRStudio.Au lancement de la fonction, une fenêtre de dialogue apparaît dans laquelle il fautsélectionnerledossiercontenantlescsvdudossier.sdf.N.B :pourunmêmedispositif, ilpeutyavoirplusieurs fichiers .sdf.Cesdifférents fichierspeuventêtrecompilésaucoursdecetteopération.Ilsuffitpourcela,desélectionneraufuretàmesurelesdifférentsdossierscontenantlesextractionsdesdifférentsfichiers.sdf.Alafindecetteopération,unclasseurExcelcontenantlesdonnéesetrespectantlamiseenformeduclasseurmodèleestéditédansledernierdossiercontenantdes.csvsélectionné.-Utilisationdefichesderelevéspapier.Si lesrelevésontétéeffectuésavecdesfichespapier, ilsuffitdesaisir lesdonnéesdanslefichierd’inventairemodèle,disponibleauprèsdeNicolasDebaive.
1.1.1.2. MiseàjourdesdonnéesSIG:shapedesplacettesetdespérimètresPour parvenir à exploiter au maximum les possibilités de traitement qu’offre le packagePermPSDRF,ilconvientdedisposerdesdonnéesdelocalisationdudispositif:périmètredudispositifetlocalisationdesplacettes(formatshapefileESRI).Lesystèmedeprojectionutilisén'a pas d'importance (mais doit être clairement défini). Les résultats seront reprojetés enLambert93(EPSG:2154).CesdonnéesSIGdoiventêtrecontenuesdansledossierData/SIG/Vecteurs.
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Pouruneanalyseàgrandeéchelle(plusieursdispositifs)ouunemiseàjourdel’ongletSuividuclasseuradministrateur,lesdonnéesdelocalisationdesplacettesdesdifférentsdispositifspeuventêtrecompiléesgrâceàlafonctionpsdrf_RewriteShape().Unefoislacommandepsdrf_RewriteShape(repPSDRF)(avecrepPSDRFlerépertoiredetravail)inscritedanslaconsoleRStudio,sélectionnerlesdifférentsshapesdeplacettesàfusionner.Attentioncesshapesdoiventauminimumcontenirleschamps"NumDisp"et"NumPlac".Sid'autreschampsfigurentdanslatableattributaire,ilsn'apparaîtrontpasdansleshapedesrésultats.Commepourlesdonnéesdeplacettes,ilestégalementpossibledefusionnerlespérimètresdesdispositifsenutilisantlamêmefonction.Seullechamp"NumDisp"estobligatoire.
1.1.1.3. SuividesdonnéesLa fonction "psdrf_EditSuivi()" permet de mettre à jour les informations de suivi desdispositifsPSDRF.Si l'ensembledesdonnées relevéessur le terrainest contenudans lesdifférentsclasseursd'inventaire, lesdonnéesd'ordreplusgénéral(contacts,annéedemiseenplace,statutdeprotection de l'espace forestier, ...) sont contenues dans un classeur administrateur"psdrfListes.xlsx".Eneffet,comptetenudelatailledelabasededonnéesduPSDRF,ilestapparunécessairedepouvoircentraliserlesinformationsdesdifférentsdispositifsafind'enassurerlesuivi.C'estlerôledelafeuille"Suivi"duclasseur"psdrfListes.xlsx".Lafonction"psdrf_EditSuivi()"estutiliséepourmettreà jour les informationscontenuesdanscettefeuille(commande:"psdrf_EditSuivi(repPSDRF)" avec repPSDRFlerépertoiredetravail). Elle génère dans le dossier Data/Excel un classeur excel ("EditSuivi.xlsx") construitautomatiquementàpartirdesinformationscontenuesdanslabasePSDRFetdansleclasseurdesuividesformationsPSDRF(Classeur"Formation.xlsx").Unefoisleclasseurédité,ilsuffitderemplacerlafeuilleSuividuclasseur"psdrfListes.xlsx"parcellecontenudansleclasseur"EditSuivi.xlsx".
1.1.1.4. Fonctiond’extractiondesdonnéesPSDRFPourextrairelesdonnéesdelabasePSDRF,taperlacommandesuivante:"psdrf_Extract(repPSDRF)"repPSDRF est le répertoire detravail.Une fenêtre apparaît, danslaquelle il est possible desélectionner directement (ci-contre)ou
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via un filtre personnalisé (ci-contre) les données àextraire. Par exemple, pour choisir manuellementd'extraire les informations relatives à plusieursdispositifs,choisir«estélémentde»dans le filtrepersonnaliséettaperlalistedesvaleursàextraire,séparéesparunevirgule.Lafonctioncréeunearchive"Extraction_Base.RData"dansledossierTables.
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3.1.4. TraitementdesdonnéesduPSDRF
Onrappelleiciquelesdonnéesd'inventairenepeuventêtretraitéessansavoirétéintégréesdansl'undesmodèlesdesaisie(PSDRFouPSDRFModuleAlluvial).Pourcommencer,ouvrirlefichier"psdrf_Load.R"etlancerlescriptenentier.CelapermetderendreactifslaplupartdespackagesRnécessairesautraitementdedonnéesetd'accéderàl'interfacevialafonction"Interface_Traitement()".Letraitementdesdonnéescomporteplusieursétapes.Commeonpeutleconstaterenlistantles fonctions du package PermPSDRF, chaque étape est assurée par une ou plusieursfonctions.Avecl’utilisationd’uneinterface, iln’estcependantpasnécessaired’appelercesfonctionsvialaconsoleR.Onpeutinteragirdirectementavecl’interface.L’utilisationdecetteinterfaceestdétailléeci-après.
1.Choixdurépertoiredetravail.Ils’agitdurépertoirecontenantlesdonnéesàtraiter.(voirrepPSDRFplushaut)2. Importationdesdonnéesd’inventaire. contenuesdansundossierunique. Lenomdecedossier(nommé"Inventaires"jusqu’ici)n’estpasprédéfini.Ledossierpeutcontenirplusieursfichiers d’inventaire, chacun correspondant à un dispositif (tous cycles confondus).L’importationdesdonnéesutiliselafonctionpsdrf_Xls2Rdata().Cliquersur"Importer"pourlancerl’importationdesdonnées.Unmessagedeconfirmationapparaîtàlafindel’opération.UnearchiveR"psdrfDonneesBrutes.RData"contenant lesdonnées importées,estarchivéedansledossierTables.
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3.Importationdesdonnéesadministrateurs.Choisirlefichier"psdrfListes.xlsx"contenantlesdonnées administrateurs et importer les données en cliquant sur le bouton importer.L’importationdesdonnéesadministrateursutilise la fonctionpsdrf_Codes().UnearchiveR"psdrfCodes.RData"contenantlesdonnéesimportées,estarchivéedansledossierTables.4.Vérificationdesdonnées.CliquersurVérificationdesdonnéespouréditerunrapportdevérification des erreurs au format PDF (édité dans le dossier Out/’répertoire dudispositif’/Verif).Uneboîtededialoguepermettantdesélectionnerlesdispositifsàvérifierapparaît(cesdispositifssontlesmêmesqueceuximportésen3).5.OpérationdecalculdesvariablesN,G,V,…Utiliselafonctionpsdrf_Calculs()dupackage.Cliquerpourlancerl'opération.Uneboîtededialogueapparaît,danslaquelleilestdemandédechoisir lesdispositifspour lesquels il faut lancer l'analyse.Unmessagedeconfirmationapparaîtàlafindel'étapedecalcul.UnearchiveR"psdrfTablesBrutes.RData"contenantlesdonnéesaveclesvariablescalculéespararbre,estarchivéedansledossierTables.6. Agrégation des résultats par
placettes. Utilise la fonctionpsdrf_AgregArbres() et les résultatsdel’opérationprécédente.Aprèsavoircliqué sur "Exécuter", une nouvellefenêtre de dialogue s’ouvre, danslaquelle l’opérateur choisit lesdifférentes caractéristiques qu’ilsouhaite développer à travers lesrésultatsd’agrégation(voirci-contre)Lesrésultatsparplacettessontcontenusdansl'archive"psdrfTablesElaboreesPlac.RData"dansledossierTables.
7.Agrégationdesrésultatsparensembles.Utiliselafonctionpsdrf_AgregPlacettes()etlesrésultats d’agrégations par placettes de l’opération précédente. Après avoir cliqué sur"Exécuter",unefenêtrededialogueapparaît(voirci-dessous)danslaquellel’opérateurpeutchoisirlesensemblessurlesquelsagrégerlesrésultatsfinaux.Pardéfaut,leprogrammedetraitementconsidèrel’ensemble«Dispositif».
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Danslapremièreligne(sous«Ensemblesàconsidérerindividuellement(Dispositifconsidérépar défaut) »), l’opérateur peutsélectionner d’autres ensembles pourlesquels des résultats seront agrégés(parexemple,obtenirlesrésultatsparstrate).Dans ladeuxièmepartiedelafenêtre(sous la ligne«Croisementsentre lesensembles (+ par Dispositif) »,l’opérateurpeutchoisirdesensemblesqui seront croisés entre eux pourobtenir de nouveaux résultatsd’agrégation (parexempleobtenir lesrésultats par dispositif, pour chaquestrate, et selon le statut de gestion).L’archive psdrfTablesElaborees.RDatacontenantlesrésultatsparensemblesestcrééedansledossierTablesàlafindel’opération.8.Editiondesrésultatsdansuntableurexcel.Utiliselafonctionpsdrf_Tables2Xls().Selonlescaractéristiquesetlesensemblessélectionnésauxopérations6et7,uncertainnombredetablesderésultats(àl’échelledechaquedispositifetd’autresensembleséventuels)peuventêtreéditésauformatExcel.Aprèsavoircliquésur"Exécuter",unepremièrefenêtrededialogueapparaît,danslaquellel’opérateurchoisitle(s)dispositif(s)pourle(s)quel(s)éditerdesrésultats.
Ensuite, une nouvelle fenêtre dedialogue (voir ci-contre) permet dechoisir les tables à éditer parmi cellesdisponibles.
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9. L'édition des résultats par placettes au format shapefile utilise la fonctionpsdrf_ShapesPlac().
Après avoir cliqué sur Editer, une fenêtre de dialogue s’ouvredanslaquellel’opérateursélectionnelefichierdelocalisationdesplacettes.
N.B.1:Pourexécuterlafonctionavecsuccès,ilfautqu'uncertainnombred'agrégationsparplacettes soient disponibles. Pour cela,relancer si nécessaire l'étape 6 et veiller àcocherlespopulationssuivantes:"Toutestigesconfondues"(parcatégoriesdeboisetparessencesregroupées),"Arbresdefranc-pied","Perches","Taillis","Boismorttotal".N.B.2:latableattributairedeceshapedoitcontenirleschampscorrespondantauxcolonnesNumDispetNumPlac.N.B.3:sileshapecontientplusieursnumérosdedispositifs,unefenêtrededialogueapparaîtpoursélectionnerle(s)dispositif(s)àconsidérer.10.Editiondurapportd’analyse.Utiliselafonctionpsdrf_EditCarnet().Aprèsavoirréaliséles5premièresétapesdutraitement,cliquersur"Exécuter"etsélectionnrledispositifdanslafenêtrededialogue.Ilestpossiblederéaliseruneanalyseclassiqueoupargroupes(ausenslarge).C'estlaraisondelafenêtrededialogueci-dessous.Unefoislechoixeffectué,lafonctionutiliselesdonnéestraitées jusqu'à l'étape 5 pour générer toutes les tables de résultats par placettes ou parensemblesnécessairesàl'éditionducarnet(figuresettableaux).
Unefoislesagrégationsdesrésultatsparplacettesetàl'échelle du dispositif terminées, sélectionner le shapede localisation desplacettes d'inventaireet du périmètre dudispositif (sidisponible) avant de
pouvoiréditerledocumentPDF.Si leshapedupérimètren'estpasdisponible,ilestpossibledecontinuerl'éditionducarnetencliquantsurnon.Leprogrammegénèrealorsunbufferautourdel'ensembledesplacettesd'inventaire.N.B:Ilestégalementpossibledechoisird'intégrerounonune évaluation de l'état de conservation de l'espaceforestierdanslecarnetd'analyse.Unefenêtrededialoguequiapparaîtlorsdel'éditionducarnetpermetdefairecechoix.Alafindel'éditionducarnet,unefenêtredeconfirmationapparaît.
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11. Edition du classeur de remesure. Utilise la fonction psdrf_ClasseurRem(). Elle permetd’obtenirleclasseurdesaisiedesdonnéespourunnouveaupassageeninventaire(casoùlesrelevés sont réalisés à l’aide de fiches d’inventaire). Le nouveau classeur est créé dans ledossierOut/Remesure/Classeur.12.Editiondesfichesderelevéspouruneremesure.Utiliselafonctionpsdrf_EditFichesRem()etlesscriptsdudossierTemplate:
• "psdrf_FichesBMSsup30Rem_New.Rnw"• "psdrf_FichesRem_New.Rnw"• "psdrf_FichesRegeRem_New.Rnw"• "psdrf_FichesTransectRem_New.Rnw"
Une fois le dispositif sélectionné, la fonction édite plusieurs PDF contenant les fiches derelevéscorrespondantauxdifférentesplacettesdansledossierOut/Remesure/FichesRem.13.Editiondesplansd’arbresparplacettes.Utiliselafonctionpsdrf_EditPlansArbres()etlescriptpsdrf_PlanArbres.RnwdudossierTemplate.ProduitunPDFcontenantlareprésentationschématique des arbres présents sur la placette (distinction des essences, de classes dediamètre, de nature de bois). Utilisé pour faciliter la localisation des placettes lors desremesures.
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3.2. EditionautomatiquedesdocumentsdesynthèseLes résultats tirés de l'analyse des dispositifs PSDRFpeuvent être exploités à travers troisrapportsautomatiques.Chaquerapportcorrespondàunfichier.Rnwcontenudansledossier"Template"dudossieradministrateur:
• lefichier"Rapport_SuiviDeploiement.Rnw"permetd'éditerundocumentdesuividudéploiementduPSDRFàl'échellenationale.Cedocumentestàl'originedestinéàêtreprésenté aux différents membres du comité de pilotage du PSDRF (membres desRéservesNaturellesdeFranceetdel'OfficeNationaldesForêts).
• le fichier "Rapport_CompletudeBD.Rnw" permet d'éditer un document similaire audocument de vérification des données d'inventaire, à l'échelle de l'ensemble desdispositifs.Ilpermetd'unepartdefaireétatdesinformationsmanquantesdanslabasePSDRF,etd'autrepartdedétecterleserreursouincohérencesquiseraientprésentesdanslabasededonnées.Ilestàl'origineprévupourêtreutiliséparl'administrateurdelabasePSDRF.
• lefichier"EtatConservation_New.Rnw"génèreundocumentdesynthèseprésentantdesrésultatsd'inventairepourlesdifférentsensemblesd'habitatsforestiersetstatutsdeconservationdelabasePSDRF.
Tout comme les carnets d'analyse automatique ou les rapports de vérifications, cesdocumentssontgénérésauformatpdf.Leurcontenureposeintégralementsurl'utilisationdes données contenues dans les archives R produites au cours des différentes étapes dutraitementdedonnéesd'inventairePSDRF.L'utilisationdecesrapportsautomatiquesrestetrèssimple:
1. Afindepouvoiréditercesdocumentsdesynthèseenprenantencomptelesdonnéesdel'ensembledesdispositifsPSDRF,ilfautavoirréalisélesétapesd'importationetdecalcul desdonnées à l'échelle de cet ensemble.DansRStudio, lancer l'interfacedetraitementdedonnéesetopérer les5premièresétapesdutraitementdedonnées(depuisl'importationdesdifférentsclasseursjusqu'aucalculdesvariablespararbre).On dispose alors de l'ensemble des tables utilisées pour éditer les documents desynthèse(dansledossier"Tables").
2. OuvrirensuitedansRstudiolesdocuments".Rnw"correspondantaurapportsouhaité.Cliqueralorssurlebouton"CompilePDF".L'éditiondudocumentdébutealors.Toutaulongdelaconstructiondupdf,l'opérateurdevrainteragiravecuncertainnombrede fenêtresdedialogueexplicites.Certainesapparaîtrontdemanièresystématique(choix du répertoire administrateur, choix du shape des placettes,...) tandis qued'autres pourront être liées à desmessages d'erreur ou d'avertissement quant aucontenudelabasededonnées(cesmessagescontiennentlesindicationsnécessairesàlacorrectiondeceserreurs/incohérences).
3. Une fois l'éditiondudocument terminée,unnouveau rapportpdfapparaîtdans ledossier"Template"
Ilestpossibled'interagiraveclecontenudecesdocumentsenajoutantdescommentairesparle biais de classeurs Excel. Ces classeurs (Rapport_SuiviDeploiement_Comment.xlsx,Rapport_CompletudeBD_Comment.xlsxetEtatConservation_Comment.xlsx)sontconstituésde2colonnes:
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• la colonne Section contient les numéros des parties et sous-parties dudocumentqu'ilestpossibledecommenter.
• lacolonneCommentairecontientunensembledecellulesdanslesquelleslescommentairesdoiventêtrerédigés.
Pour intégrer les commentaires dans un rapport, il suffit de compléter les cellules de lacolonnecommentaire,desauvegarderleclasseuretderelancerl'éditiondupdf.Lorsquelafenêtre de dialogue "Choix du classeur de commentaires" apparaît, sélectionner le fichierExcelcorrespondant.
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Annexes
A. Présentationduclasseurd'inventaire:1. FeuillePlacettes
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireCycle:NumérodupassageeninventairePoidsPlacette :Surfacereprésentéepar laplacetted'échantillonnage.Lepoidsdépenddumaillaged'aprèslarelation:PoidsPlacette=Pasdelamaille(axe1)xPasdelamaille(axe2)/10000.Exemple:Pourdesplacettesrespectantunmaillagede90mpar90m,leurpoidsestégalà90x90/10000=0,81Strate:strated'échantillonnagePente:pentelaplusforteobservéesurlaplacette.CorrectionPente:argumentindiquantsilapenteabienétécorrigéesurlaplacette.Valeursattendue:"t"ou"f"(true/false)Exposition:expositiondulaplacetteHabitat : Habitat(s) inventoriés sur chaque placette. Si à une placettecorrespondent plusieurs habitats, respecter la nomenclature dumodèlesuivant:Habitat1xHabitat2(pour2habitats)Station:stationinventoriéesurlaplacetteTypologie:typedepeuplementinventoriésurlaplacetteGroupe:possibilitéderegroupementdesplacettesd'inventaireGroupe1:possibilitéderegroupementdesplacettesd'inventaireGroupe2:possibilitéderegroupementdesplacettesd'inventaireRef_Habitat:référenceutiliséepourlesnotationsdelacolonneHabitat
Precision_Habitat:précisionsupplémentairesurl'habitatinventoriéRef_Station:référenceutiliséepourlesnotationsdelacolonneStationRef_Typologie : référence utilisée pour les notations de la colonneTypologieDescriptif_Groupe:descriptiondu/desregroupement(s)utilisé(s)dansdelacolonneGroupeDescriptif_Groupe1 : description du/des regroupement(s) utilisé(s) dansdelacolonneGroupe1Descriptif_Groupe2 : description du/des regroupement(s) utilisé(s) dansdelacolonneGroupe2Date_Intervention : date de dernière intervention (exploitation/travauxsylvicoles)surlaplacetteNature_Intervention : nature de la dernière intervention en date sur laplacetteGestion :statutdegestionsurlaplacette.Valeursattendues:"Géré"ou"Non-géré"PrecisionGPS:précision(enmètres)durelevéGPSeffectuépourlocaliserlaplacetteCheminement : indications sur le cheminementàemprunterpourallersurlaplacette
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2. FeuilleCyclesNumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireCycle:NumérodupassageeninventaireCoeff:coefficientd'angleutilisépourl'inventaireàanglefixeDiamLim:limitebassedudiamètredesarbresàinventorierparanglefixeDate:datedelaprisederelevésAnnée:annéedelaprisederelevés
3. FeuilleArbres
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireNumArbre:Numérodel'arbreinventoriésurlaplacetteCycle:NumérodupassageeninventaireEssence:Essencedel'arbreinventoriéAzimut:Azimutdel'arbreinventoriédepuislecentredelaplacetteDist:Distancedel'arbreinventoriédepuislecentredelaplacetteDiam1 : diamètre de l'arbre inventorié, visible depuis le centre de laplacetteDiam2 : diamètre de l'arbre inventorié, mesuré perpendiculairement àDiam1Type:(arbresmorts)typedeboismortsurpied.Valeursattendues:"A","C","S"HautT:(arbresmortsdetypearbreouchandelle)hauteurtotaleduboismortsurpiedinventorié
StadeD:stadededécomposition(dureté)duboismortsurpiedinventoriéStadeE:stadeécorceduboismortsurpiedinventoriéTaillis:argumentindiquantsil'arbreinventoriéserangedanslacatégorietaillis.Valeursattendues:"t"ou"f"(true/false)Coupe : (remesure uniquement) notation indiquant si l'arbre estmanquant.Valeursattendue:"E"(expoité)ou"C"(chablis)Limite:argumentindiquantsil'arbreestlimite.Valeursattendue:"t"ou"f"(true/false)CodeEcolo : code(s) des dendromicrohabitats observés sur l'arbreinventorié.Ref_CodeEcolo:référencedelacodificationutiliséepourlesvaleursdelacolonne CodeEcolo. Valeurs possibles (majuscules ou minuscules) :"AFI","EFI","ENGREF","IRSTEA","PROSILVA"Observation:remarque(s)etcommentaire(s
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4. FeuilleRege
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireSsPlac:Numérodelasous-placetted'inventaire.Valeursattendues:"1","2"ou"3"Cycle:NumérodupassageeninventaireEssence:EssenceinventoriéeRecouv : recouvrement (par essence) de la sous-placette d'inventaire.Valeursattenduesenpourcentage(0à100)
Class1:nombredetigesdeclasse1surlasous-placetted'inventaireClass2:nombredetigesdeclasse2surlasous-placetted'inventaireClass3:nombredetigesdeclasse3surlasous-placetted'inventaireTaillis : variable indiquant si la tige appartient à une cépée. Valeurattendues:"t"ou"f"Abroutis : variable indiquant si les plants ont été abroutis. Valeursattendues:"t"ou"f"Observation:remarque(s)etcommentaire(s)
5. FeuilleTransect
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireId:IdentifiantdubilloninventoriésurlaplacetteCycle:NumérodupassageeninventaireEssence:EssenceinventoriéeTransect:Identifiantdutransect.Valeurspossibles:"11","12","21","22","31","32"Dist : Distance au billon de boismort inventorié depuis le centre de laplacetteDiam:diamètredubillondeboismortinventorié
Contact : argument indiquant si le billondeboismort inventorié est encontactaveclesolAngle : angle (en pourcentage) entre le sol et le billon de bois mortinventoriéChablis :argument indiquantsi lebillondeboismort inventoriéest issud'unchablisStadeD:stadededécomposition(dureté)dubillondeboismortinventoriéStadeE:stadeécorcedubillondeboismortinventoriéObservation:remarque(s)etcommentaire(s)
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6. FeuilleBMSup30
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireId:IdentifiantdubilloninventoriésurlaplacetteNumArbre:Numérodel'arbreduquelestissuleboismortinventoriéCycle:NumérodupassageeninventaireEssence:EssenceinventoriéeAzimut :Azimutdubillondeboismort inventoriédepuis lecentrede laplacetteDist : Distance au billon de boismort inventorié depuis le centre de laplacetteDiamIni:diamètrefinboutdubillondeboismortinventorié
DiamMed:diamètremédiandubillondeboismortinventoriéDiamFin:diamètregrosboutdubillondeboismortinventoriéLongueur:longueurdubillondeboismortinventoriéContact : argument indiquant si le billondeboismort inventorié est encontactaveclesolChablis :argument indiquantsi lebillondeboismort inventoriéest issud'unchablisStadeD:stadededécomposition(dureté)dubillondeboismortinventoriéStadeE:stadeécorcedubillondeboismortinventoriéObservation:remarque(s)etcommentaire(s)
7. FeuilleReperes
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireAzimut:AzimutdurepèredepuislecentredelaplacetteDist:DistancedurepèredepuislecentredelaplacetteDiam:diamètredurepèreObservation:remarque(s)etcommentaire(s)
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B. Présentationduclasseuradministrateur1. FeuilleCat
NumDisp:Numérodudispositifd'inventairePB:DiamètreinférieurdelacatégoriepetitboisBM:DiamètreinférieurdelacatégorieboismoyenGB:DiamètreinférieurdelacatégoriegrosboisTGB:Diamètreinférieurdelacatégorietrèsgrosbois
2. FeuilleCodeDurete
Id:identifiantducodeduretéCode:valeursducodededuretéutiliséeninventairesurlesboismortsDescriptif:descriptiondesvaleursdelacolonneCodeObservation:remarque(s)etcommentaire(s)
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3. FeuilleCodeEcologie
Codification:nomdelacodificationCode:valeursdescodesdedendromicrohabitatDescriptif:descriptiondesvaleursdelacolonneCodeCouleur:couleurutiliséepourreprésenterlescodesdendromicrohabitatsdanslesgraphiquesdurapportd'analyseautomatique
4. FeuilleCodeEcorce
Id:IdentifiantducodeécorceCode:valeursducodededuretéutiliséeninventairesurlesboismortsDescriptif:descriptiondesvaleursdelacolonneCodeObservation:remarque(s)etcommentaire(s)
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5. FeuilleCodeEssence
Id:identifiantducodeessenceNom:nomvernaculairedesespècesvégétalesEssence:codeessence(3lettres)Latin:nomlatindesespècesvégétalesEssReg:codesdesregroupementsd'essencedanslesquelsinsérerlesdifférentesessencesCouleur:couleursutiliséespourreprésenterlesessencesdanslesdifférentsgraphiquesdurapportd'analyseautomatique
6. FeuilleCodeTypoArbresId:identifiantducodepourlestypesd'arbresmortssurpiedCode:codeàutilisereninventairepouridentifierlesdifférentstypesdeboismortsurpiedDescriptif:descriptiondesvaleursdelacolonneCodeObservation:remarque(s)etcommentaire(s)
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7. FeuilleCommunes
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNom:NomdudispositifCPT:codepostaldescommunesVille:nomdescommunesDep:départementdescommunes
8. FeuilleCycles
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNom:Nomdudispositifd'inventaireCycle:numérodupassageeninventaireMonitor : protocole déployé sur le dispositif, aucycledonnéDateIni : année de début de mise en place dudispositifDateFin:annéedefindemiseenplacedudispositif
9. FeuilleEssReg
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireEssence:codeessence(3lettres)EssRegPar:codesdesregroupementsparticuliersdanslesquelsinsérerlesdifférentesessences
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10. FeuilleReferents
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNom:Nomdudispositifd'inventaireCycle:numérodupassageeninventaireNumRef1 : Identifiantduréférentn°1dudispositif (seréférerà lafeuilleTiers)NomRef1:Nomduréférentn°1dudispositifNumRef2 : Identifiantduréférentn°2dudispositif (seréférerà lafeuilleTiers)
NomRef2:Nomduréférentn°2dudispositifNumRef3 : Identifiantduréférentn°3dudispositif (seréférerà lafeuilleTiers)NomRef3:Nomduréférentn°3dudispositifNumRef4 : Identifiantduréférentn°4dudispositif (seréférerà lafeuilleTiers)NomRef4:Nomduréférentn°4dudispositif
11. FeuilleDispositifs
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNom:Nomdudispositifd'inventaireNom1:Nomdel'espacenaturelprincipalsurlequelestlocaliséledispositifStatut1 : Statut de l'espace naturel principal sur lequel est localisé ledispositifCode1:identifiant(codeINPN)del'espacenaturelprincipalsurlequelestlocaliséledispositif
DateCreation1:datedecréationdel'arrêtédeprotectiondontbénéficiel'espacenaturelprincipalsurlequelestlocaliséledispositif(correspondauStatut1)Surface1 : Surfacede l'espacenaturel principal sur lequel est localisé ledispositif (pour la partie concerné par l'arrêté de protection du Statut1uniquement)
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Nom2 : Nom de l'espace naturel secondaire sur lequel est localisé ledispositifStatut2 : Statut de l'espace naturel secondaire sur lequel est localisé ledispositifCode2 : identifiant(codeINPN)del'espacenaturelsecondairesur lequelestlocaliséledispositif
DateCreation2:datedecréationdel'arrêtédeprotectiondontbénéficiel'espacenaturelsecondairesurlequelestlocaliséledispositif(correspondauStatut2)Surface2:Surfacedel'espacenaturelsecondairesurlequelestlocaliséledispositif (pour la partie concerné par l'arrêté de protection du Statut2uniquement)
12. FeuilleTiers
Id:identifiantdutiers(utilisédanslafeuilleReferents)Nom:NOMPrénomdutiersCPT:codepostaldel'adressedutiersVille:villedutiersAdresse1:adresseprincipaledutiersAdresse2:adressesecondairedutiersPays:paysdutiers
E-Mail:adressemaildutiersTel:numéroddetéléphonefixedutiersPort:numérodeportabledutiersOrganisme:organisme(association,entreprise,...)dontestmembreletiersRole:rôledutiersdansledéploiementduPSDRF.
13. FeuilleTarifs
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireEssence:codeessence(3lettres)TypeTarif :typedutarifschaefferàutiliserpourchaqueessence.Valeurspossibles:"SchTL","SchL","SchI","SchR"NumTarif:numérodutarifschaefferàutiliserpourchaqueessence.ValeurspossiblesTypeTarifIFN:typedutarifschaefferàutiliserpourchaqueessence.Valeurs
possibles:"SchTL","SchL","SchI","SchR".Donnéesrécupéréesauprèsdel'IGNNumTarifIFN:numérodutarifschaefferàutiliserpourchaqueessence.Valeurspossibles.Donnéesrécupéréesauprèsdel'IGN
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14. FeuilleSuivi
NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireCycle:numérodupassageeninventaireStrate:strated'échantillonnagePoidsPlacette :Surfacereprésentéepar laplacetted'échantillonnage.Lepoidsdépenddumaillaged'aprèslarelation:PoidsPlacette=Pasdelamaille(axe1)xPasdelamaille(axe2)/10000.Exemple:Pourdesplacettesrespectantunmaillagede90mpar90m,leurpoidsestégalà90x90/10000=0,81Annee:annéedelaprisederelevésCoeff:coefficientd'angleutilisépourl'inventaireàanglefixeDiamLim:limitebassedudiamètredesarbresàinventorierparanglefixeCorrectionPente:argumentindiquantsilapenteabienétécorrigéesurlaplacette.Valeursattendue:"t"ou"f"(true/false)Gestion :statutdegestionsurlaplacette.Valeursattendues:"Géré"ou"Non-géré"NbPlac : nombre de placettes (déclinaison par strate => différent deNbPlacTotsiplusieursstrates)NbPlacTot:nombredeplacettestotal(toutesstratesconfondues)PrecisionGPS:précision(enmètres)durelevéGPSeffectuépourlocaliserlaplacetteCheminement : indications sur le cheminementàemprunterpourallersurlaplacette
Ref_CodeEcolo:référencedelacodificationutiliséepourlesvaleursdelacolonne CodeEcolo. Valeurs possibles (majuscules ou minuscules) :"AFI","EFI","ENGREF","IRSTEA","PROSILVA".Surface1 : Surfacede l'espacenaturel principal sur lequel est localisé ledispositifSIG :argument indiquantsi lesdonnéesSIGontété récupérées.Valeursremplies automatiquement : "1" ou "0" (1 = données SIG placettesdisponibles)Id_Formation : Identifiantdelaformation(cffichier"Formations.xlsx")àlaquelleontassistéle(s)référent(s)dudispositifHôte_Formation : organisme hébergeant la formation (cf fichier"Formations.xlsx")Année_Formation:annéeàlaquelleaétéréaliséelaformation(cffichier"Formations.xlsx").Formation_Dendro :argument indiquantsi l'outildesaisieDendroaétéutilisé (ouquel outil de saisie a étéutilisé).Valeurspossibles : "Oui"ou"Non"Data_State : Suivi de l'analyse des données. Valeur remplieautomatiquement : "1" (=données centralisées par l'administrateur -fichiersd'inventairedétectés)Commentaires:commentairessurlejeudedonnéesdudispositifconcerné