memoire de dea - labiogene · du laboratoire du cmsc, recteur de l’université saint thomas...
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UNIVERSITE DE OUAGADOUGOU BURKINA FASO
Unité de Formation et de Recherche en UNITE – PROGRES - JUSTICE
Sciences de la Vie et de la Terre (UFR/SVT)
Département de Biochimie-Microbiologie CERBA/LABIOGENE
UFR/SVT
Diplôme d’Etudes Approfondies en Génétique
Spécialité : Sciences Biologiques Appliquées
Par : KABORE Michel
Maître ès Sciences Biologiques
SUR LE THEME :
Soutenu le 23 Juillet 2012 devant le jury :
Président : Pr Jean Didier ZONGO, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou
Membres : Pr Jacques SIMPORE, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou
: Dr Guiguigbaza-K. DAYO, Chargé de Recherches, CIRDES, Bobo Dioulasso
Etude de la diversité génétique des taurins Baoulé du Burkina
Faso à l’aide de marqueurs microsatellites
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i
Dédicace Je dédie ce modeste travail :
A mon père et à ma mère
A mes frères et sœurs
A ma bien aimée Jeannette Ouédraogo
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ii
REMERCIEMENTS
Nous adressons nos sincères remerciements :
Au Professeur Jean-Didier ZONGO, Professeur Titulaire de Génétique à l’Université de
Ouagadougou, Responsable du Laboratoire de Génétique et de Biotechnologie Végétales,
notre Co-Directeur de mémoire. Nous sommes très marqué de l’honneur que vous nous avez
fait en nous acceptant dans votre laboratoire. Ce travail a été réalisé grâce à votre
encadrement scientifique et de votre soutien multiforme ;
Au Professeur Jacques SIMPORE, Professeur Titulaire de Génétique et de Biologie
moléculaires à l’Université de Ouagadougou, Directeur du CERBA/LABIOGENE, Directeur
du laboratoire du CMSC, Recteur de l’Université Saint Thomas d’Aquin, notre Directeur de
mémoire. Nous sommes très reconnaissant pour le privilège que vous nous avez accordé en
nous acceptant dans votre laboratoire. Nous avons bénéficié de votre soutien combien
important à ce travail malgré vos multiples responsabilités ;
Au Docteur Guiguigbaza-Kossigan DAYO, Chargé de recherches, Responsable de la plateforme
de Biotechnologies/CIRDES à Bobo Dioulasso, notre Maître de stage, pour avoir proposé le
sujet et le protocole de recherche. Ce travail ne saurait été réalisé sans votre appui technique,
votre encadrement, votre disponibilité ainsi que vos riches conseils et soutien moral ;
A l’ONUDI (Programme Qualité du CIRDES) qui a financé nos travaux de recherche. Merci
pour vos bonnes initiatives et votre détermination à faire avancer la recherche au sein de nos
pays ;
A la Direction Générale du CIRDES pour nous avoir accepté dans le dit Centre ;
A tous les Professeurs de l’UFR/SVT de l’Université de Ouagadougou pour les énormes
sacrifices consentis pour notre formation ;
Au Dr BENGALY Zakaria, Directeur Scientifique et Responsable Qualité du CIRDES, pour
sa sympathie, ses conseils et son soutien ;
Au Dr BANCE, responsable de la Cellule Communication et Formation (CCFOR) du
CIRDES, pour son appui et ses conseils ;
A tous les techniciens de laboratoire du CIRDES particulièrement aux techniciens SYLLA
Souleymane et KONKOBO Maurice de la plateforme de génotypage, pour le soutien
technique que nous avons bénéficié de leur part lors de nos manipulations au laboratoire ;
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iii
Au Docteur Jacques KABORE ainsi qu’à Monsieur Laurent SAWADOGO du CIRDES pour
l’amour fraternel qu’ils ont manifesté à notre égard ;
A tout le personnel et stagiaires du CIRDES pour leur franche collaboration ;
Au Professeur Mahamoudou SAWADOGO du Laboratoire de Génétique et de
Biotechnologie Végétales pour ses conseils et sa sociabilité ;
Au Docteur BATIONO ainsi qu’au Docteur Romaric NANEMA du Laboratoire de Génétique
et de Biotechnologie Végétales pour leur encadrement, leur soutien et leur conseil ;
Aux Doctorants du Laboratoire de Génétique et de Biotechnologie Végétales pour leur
franche collaboration et leur soutien ;
A Neerbéwendé SAWADOGO pour la solidarité qu’il a manifesté à notre égard;
A tous mes promotionnaires et étudiants du Laboratoire de Génétique et de Biotechnologie
Végétales pour le partage, le soutien mutuel et la fraternité qu’ils entretiennent ;
Au Pasteur Michel OUEDRAOGO de l’Eglise EBEN-EZER de Bobo-Dioulasso et son
épouse pour l’accueil chaleureux et les conseils que nous avons bénéficiés de leur part ;
A mes frères et sœurs choristes des églises respectives Temple Emmanuel (Ouagadougou) et
Eben-Ezer (Bobo-Dioulasso) pour leur soutien spirituel ;
A tous mes amis pour le soutien et la solidarité qu’ils ont manifesté à notre égard ; A mes oncles, tantes et cousins pour leur soutien combien important ;
A tous ceux qui de loin ou de près ont contribué d’une manière ou d’une autre à la réalisation
de ce travail ; merci infiniment et soyez-en récompensés au centuple.
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iv
TABLE DES MATIERES
Dédicace-----------------------------------------------------------------------------------------------------i
Remerciements---------------------------------------------------------------------------------------------ii
Résumé----------------------------------------------------------------------------------------------------vii
Abstract---------------------------------------------------------------------------------------------------viii
Sigles et abréviations-------------------------------------------------------------------------------------ix
Liste des tableaux------------------------------------------------------------------------------------------x
Liste des figures et photos-------------------------------------------------------------------------------xi
Liste des figures-------------------------------------------------------------------------------------------xi
Liste des photos-------------------------------------------------------------------------------------------xi
Liste des annexes-----------------------------------------------------------------------------------------xii
INTRODUCTION GENERALE ------------------------------------------------------------------------ 1
PREMIERE PARTIE : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE --------------------------------------- 3
CHAPITRE I : ETAT DES RESSOURCES GENETIQUES ANIMALES DOMESTIQUES
EN AFRIQUE DE L’OUEST --------------------------------------------------------------------------- 4
1. Effectifs globaux ---------------------------------------------------------------------------------------- 4
2. Caractéristiques des races bovines exploitées ------------------------------------------------------ 4
2.1. Taurins ---------------------------------------------------------------------------------------------- 6
2.1.1 Taurins à longues cornes --------------------------------------------------------------------- 8
2.1.2 Taurins à courtes cornes ---------------------------------------------------------------------- 9
2.2 Zébus ------------------------------------------------------------------------------------------------ 10
2.3 Produits de croisement entre zébus et taurins ------------------------------------------------- 13
2.4 Programmes d’amélioration génétique et de conservation des RGA ---------------------- 14
3. Systèmes d’élevage ------------------------------------------------------------------------------------ 14
3.1. Système traditionnel ou extensif --------------------------------------------------------------- 14
3.2. Système amélioré ou intensif ------------------------------------------------------------------- 15
4. Situation de l’élevage au Burkina Faso------------------------------------------------------------- 15
4.1 Brève présentation du Burkina Faso ------------------------------------------------------------ 15
4.2 Etat des ressources génétiques animales ------------------------------------------------------- 16
4.2.1 Effectifs et aires de répartition ------------------------------------------------------------- 16
4.2.2 Races bovines locales ------------------------------------------------------------------------ 17
4.2.3 Races bovines importées -------------------------------------------------------------------- 17
4.3. Importance de l'élevage -------------------------------------------------------------------------- 17
4.4. Contraintes au développement de l'élevage --------------------------------------------------- 18
4.5 Généralités sur le taurin Baoulé ----------------------------------------------------------------- 19
4.5.1 Berceau et aire de répartition --------------------------------------------------------------- 19
4.5.2 Morphologie ---------------------------------------------------------------------------------- 19
4.5.3 Performances zootechniques --------------------------------------------------------------- 20
4.5.4 Résistance aux trypanosomoses : la trypanotolérance ---------------------------------- 20
4.6. Arguments en faveur de la conservation et de la valorisation de la race Baoulé -------- 21
Conclusion partielle--------------------------------------------------------------------------------------22
CHAPITRE II : METHODES DE CARACTERISATION DES ANIMAUX D’ELEVAGE 23
1. Méthodes morphobiométriques ---------------------------------------------------------------------- 23
2. Méthodes immunogénétiques ------------------------------------------------------------------------ 24
-
v
2.1 Nature et polymorphisme des groupes sanguins ---------------------------------------------- 24
2.2 Polymorphisme des protéines ------------------------------------------------------------------- 24
2.2.1 Protéines du sang ----------------------------------------------------------------------------- 24
2.2.2 Polymorphisme des protéines du lait ------------------------------------------------------ 26
3. Méthodes cytogénétiques ----------------------------------------------------------------------------- 26
4. Méthodes moléculaires ------------------------------------------------------------------------------- 27
4.1. Définition d’un marqueur génétique ----------------------------------------------------------- 27
4.2. Définition des marqueurs microsatellites ----------------------------------------------------- 27
4.3. Propriétés et applications des marqueurs microsatellites ----------------------------------- 28
4.3.1 Propriétés -------------------------------------------------------------------------------------- 28
4.3.2 Applications des marqueurs microsatellites ---------------------------------------------- 29
Conclusion partielle----------------------------------------------------------------------------------------------30
DEUXIEME PARTIE : ETUDE EXPERIMENTALE --------------------------------------------- 31
CHAPITRE I : MATERIEL ET METHODES ------------------------------------------------------- 32
1. Matériel ------------------------------------------------------------------------------------------------- 32
1.1. Matériel animal ----------------------------------------------------------------------------------- 32
1.2. Matériel de laboratoire --------------------------------------------------------------------------- 32
2. Méthodes ------------------------------------------------------------------------------------------------ 33
2.1. Extraction de l’ADN ----------------------------------------------------------------------------- 33
2.2. Vérification de la qualité de L’ADN ---------------------------------------------------------- 33
2.3 Génotypage des individus à l’aide des marqueurs microsatellites ------------------------- 33
2.3.1 Rappel sur la PCR ---------------------------------------------------------------------------- 33
2.3.2 Spécificité des PCR Li-Cor ----------------------------------------------------------------- 35
2.3.3 Choix des marqueurs microsatellites utilisés --------------------------------------------- 36
2.3.4 Mise au point des conditions de PCR ----------------------------------------------------- 38
2.3.5 Réarrangement des plaques ----------------------------------------------------------------- 38
2.3.6 Migration des produits PCR sur le séquenceur Li-Cor --------------------------------- 39
2.3.7 Analyse des profils électrophorétiques ---------------------------------------------------- 39
3 Traitement des données -------------------------------------------------------------------------------- 40
3.1 Test de conformité à l'équilibre de Hardy-Weinberg ---------------------------------------- 40
3.2 Paramètres de la variabilité génétique intra-population ------------------------------------- 41
3.2.1 Estimation des fréquences alléliques ------------------------------------------------------ 41
3.2.2 Le taux de polymorphisme ------------------------------------------------------------------ 42
3.2.3 Nombre moyen d’allèles par locus et richesse allélique -------------------------------- 42
3.2.4 Taux d'hétérozygotie ------------------------------------------------------------------------- 42
3.3. Paramètres de la variabilité génétique inter-populations ----------------------------------- 43
3.3.1 F-statistiques ---------------------------------------------------------------------------------- 43
3.3.2 Etude de la structuration des différentes populations ----------------------------------- 44
CHAPITRE II : RESULTATS ET DISCUSSION -------------------------------------------------- 45
1.Résultats ------------------------------------------------------------------------------------------------- 45
1.1.Variabilité génétique intra-population---------------------------------------------------------- 45
1.1.1.Taux de polymorphisme --------------------------------------------------------------------- 45
1.1.2.Fréquences alléliques ------------------------------------------------------------------------ 46
1.1.3.Nombre moyen d’allèles par locus et richesse allélique -------------------------------- 49
1.1.4.Taux d’hétérozygotie ------------------------------------------------------------------------ 50
1.1.5.Les valeurs de FIS ---------------------------------------------------------------------------- 52
1.2. Variabilité génétique inter-populations -------------------------------------------------------- 52
1.2.1. FST et FST’ ------------------------------------------------------------------------------------- 52
-
vi
1.2.2. Etudes de la structuration génétique des populations ---------------------------------- 53
2. Discussion -------------------------------------------------------------------------------------------- 56
CONCLUSION GENERALE -------------------------------------------------------------------------- 60
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES -------------------------------------------------------------- 61
ANNEXES-----------------------------------------------------------------------------------------------xiii
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vii
RESUME
Une gestion efficace des ressources génétiques animales passe par une bonne caractérisation
en utilisant des outils performants. Ainsi, l’objectif de la présente étude est d’utiliser le
polymorphisme de neuf marqueurs microsatellites pour analyser six populations bovines : les
taurins Baoulé du pays Lobi burkinabé, les taurins N’Dama (Burkina Faso et Mali), les zébus
Peul soudanais du Burkina Faso (Dori et Nouna) et enfin une population de bovins issus de
croisements entre taurins Baoulé et zébu Peul (Province de la Comoé). Ces marqueurs
microsatellites ont été utilisés pour génotyper 200 bovins (58 Baoulé, 45 N’Dama, 52 zébus
Peul et 45 produits de croisements taurins-zébus) sur le séquenceur Li-Cor. Les résultats
obtenus ont montré que tous les marqueurs microsatellites utilisés étaient fortement
polymorphes avec un nombre d’allèles par locus variant de 6 pour le marqueur BM1824 à 21
pour le marqueur MM12. Une forte diversité génique a été observée avec des valeurs
d’hétérozygoties de 0,57 chez la N’Dama du pays Lobi à 0,78 chez les zébus Peul de Dori.
Les analyses de structuration (AFC, approche bayésienne de structuration) ont permis de bien
distinguer les taurins des zébus et de montrer que les produits issus du croisement taurins
Baoulé X zébu Peul de Ouangolodougou (Comoé) étaient génétiquement très proches des
zébus que des taurins Baoulé. Nos résultats ont enfin montré que les taurins Baoulé du pays
Lobi sont faiblement introgressés par le sang zébu. Cette étude qui a utilisé des échantillons
collectés en 2002-2003 pourrait constituer une donnée de base (référence) pour suivre les
degrés d’introgression des Baoulé actuellement et dans les années à venir vu que le pays Lobi
constitue un couloir de transhumance des zébus vers les zones forestières ivoiriennes et
ghanéennes et ainsi contribuer à la préservation de cette population taurine très précieuse pour
la biodiversité.
Mots clés : taurins Baoulé - pays Lobi - marqueurs microsatellites - variabilité génétique -
Burkina Faso
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viii
ABSTRACT
Effective management of animal genetic resources requires good characterization using tools.
Thus, the objective of this study is to use polymorphism of nine microsatellite markers to
analyze six cattle populations: Baoule taurine cattle of Lobi land, N'Dama taurine cattle
(Burkina Faso and Mali), the Sudanese Fulani zebu of Burkina Faso (Dori and Nouna) and a
crossbred population between Baoule cattle and Fulani zebu (Comoé Province in Burkina
Faso). Microsatellite markers were genotyped on 200 individuals (58 Baoule, 45 N'Dama, 52
Fulani zebu and 45 crossbred Baoule X zebu) on Li-Cor DNA Analyzer. Results showed that
all the microsatellite markers were highly polymorphic with a number of alleles per locus
ranged from 6 of BM1824 marker to 21 for the MM12 marker. High gene diversity was
observed with expected heterozygosities of 0.57 in N'Dama population to 0.78 in Fulani zebu
of Dori. Genetic structure analysis (AFC, Bayesian structuring) allowed to distinguish zebu
populations from and taurine cattle and showed that crossbred individuals from
Ouangolodougou (Comoé) were genetically very closed to zebu than Baoule taurine
poplations. Finally, our study showed that Baoule taurine cattle of Lobi region in Burkina
Faso is slightly introgressed by zebu blood. Our study, using samples collected in 2002-2003,
generated results that could be considered as a reference to assess the degree of introgression
of Baoule now (one decade after) and in future because Lobi region in Burkina Faso is one of
the transhumance corridor for zebu populations to reach the Ivorian and Ghanaian forest areas
and thus could contribute to preserve this taurine population valuable for animal biodiversity.
Keywords : Baoule cattle - Lobi - microsatellite markers - genetic variability - Burkina Faso
-
ix
SIGLES ET ABREVIATIONS
ADN : Acide Désoxyribonucléique
Alb : Albumine
Bp : Base Pair (paire de base)
BEt : Bromure d’Ethidium
CERBA : Centre de Recherche
CIRDES : Centre International de Recherche-Développement sur l’Elevage en zone Subhumide
Cm : Centimètre
CMA/AOC : Conférence des Ministres de l’Agriculture de l’Afrique de l’Ouest et du Centre
CMSC : Centre Médical Saint Camille
EDTA : Ethylène Diamine Tétra-Acétique
FAO : Food and Agriculture Organization of United Nations
g : gramme
Hb : Hémoglobine
Kg : kilogramme
Labiogene : Laboratoire de Biologie Moléculaire et de Génétique
Ln : Logarithme Népérien
m : mètre
mM : millimolaire
min : minute
ml : millilitre
MRA : Ministère des Ressources Animales
MAHRH : Ministère de l’Agriculture de l’Hydraulique et des Ressources Halieutiques
ONUDI : Organisation des Nations Unies pour le Développement Industriel
PCR : Polymerase Chain Reaction
PIB : Produit Intérieur Brut
QTL : Quantitative Trait Loci
RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism
RGA : Ressources Génétiques Animales
rpm : run per minute
Trf : Transferrine
TBE : Tris Borate EDTA
TE : Tris EDTA
UEMOA : Union Economique et Monétaire Ouest Africaine
UFR- SVT : Unité de Formation et de Recherche en Sciences de la Vie et de la Terre
UPB : Université Polytechnique de Bobo-Dioulasso
UV : Ultra-Violet
μl : microlitre
μm : micromètre
VNTR : Variable Number Tandem Repeat
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x
LISTE DES TABLEAUX
Tableau I : Evolution des effectifs (en nombre de têtes) des animaux domestiques et des productions
animales ------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 4
Tableau II : Principales races taurines rencontrées en Afrique Occidentale et Centrale ----------------- 7
Tableau III : Principaux zébus rencontrés en Afrique Occidentale et Centrale ------------------------- 12
Tableau IV : Quelques programmes d’amélioration génétique des races bovines locales ------------- 14
Tableau V : Effectif des bovins par région ------------------------------------------------------------------- 16
Tableau VI : Principales caractéristiques des races bovines locales -------------------------------------- 17
Tableau VII : Performances zootechniques moyennes du taurin Baoulé en milieu traditionnel et
amélioré ----------------------------------------------------------------------------------------------------------- 20
Tableau VIII : Fréquences des principaux types de microsatellites chez les mammifères ------------- 29
Tableau IX : Informations sur les races bovines utilisées -------------------------------------------------- 32
Tableau X : Matériel de laboratoire utilisé (équipements, consommables, solutions et réactifs) ------ 32
Tableau XI : Caractéristiques des marqueurs microsatellites utilisés ------------------------------------- 37
Tableau XII : Composition du Mix de la PCR Li-Cor ----------------------------------------------------- 38
Tableau XIII : Nombre d’allèles par locus et par population (A), nombre moyen d’allèles par locus
sur l’ensemble des populations, richesse allélique par locus et par population (RA) et richesse allélique
moyenne par population sur l’ensemble des loci.--------------------------------------------------------------49
Tableau XIV : Valeurs des taux d’hétérozygoties attendus (Hs) et observés (Ho) par locus et par
population --------------------------------------------------------------------------------------------------------- 51
Tableau XV : Valeurs des FIS par locus et par population-------------------------------------------------- 52
Tableau XVI : Valeurs des FST et FST’ entre les paires de populations ----------------------------------- 53
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xi
LISTE DES FIGURES ET PHOTOS
LISTE DES FIGURES
Figure 1 : Nomenclature des bovins en Afrique occidentale ------------------------------------------------ 5
Figure 2 : Schémas de formes chromosomiques selon la position du centromère ------------------------- 5
Figure 3 : Répartition du cheptel bovin par région --------------------------------------------------------- 16
Figure 4 : Réaction de Polymérisation en Chaîne ou Polymerase Chain Reaction ---------------------- 35
Figure 5 : Nombre d’allèles par locus sur l’ensemble des populations ----------------------------------- 45
Figure 6a : Distribution des fréquences alléliques par population aux loci BM1824 (a), BM4440 (b) et
ETH225 (c) --------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 46
Figure 6b : Distribution des fréquences alléliques par population aux loci HEL1 (d), HEL9 (e) et
INERA 37 (f) ----------------------------------------------------------------------------------------------------- 47
Figure 6c : Distribution des fréquences alléliques par population aux loci MM12 (g), MNB42 (h) et
TGLA122 (i) ------------------------------------------------------------------------------------------------------ 47
Figure 7 : Analyse factorielle de correspondance AFC ----------------------------------------------------- 53
Figure 8 : Variations des différentes valeurs de K ---------------------------------------------------------- 54
Figure 9a : Structure génétique des 6 races de bovins en supposant K= 2, 3 et 4.----------------------- 54
Figure 9b : Structure génétique des 3 groupes de bovins en supposant K = 2, 3 et 4 ------------------- 55
LISTE DES PHOTOS
Photo 1 : Taureau N'Dama --------------------------------------------------------------- -------------------------8
Photo 2 : Taureau Kouri -------------------------------------------------------------------------------------------9
Photo 3 : Troupeau de taurins Lagunaire au Bénin -----------------------------------------------------10
Photo 4 : Taurin Baoulé -----------------------------------------------------------------------------------10
Photo 5 : Taureau Azawak-------------------------------------------------------------- --------------------------11
Photo 6 : Troupeau de zébus Peul--------------------------------------------------------------- ----------------11
Photo 7 : Métis Baoulé X zébu Peul BF (phénotype zébu dominant)--------------------------------13
Photo 8 : Métis Baoulé X zébu Peul BF (Phénotype Baoulé dominant)-----------------------------13
Photo 9 : Matériel apprêté pour le dépôt sur gel d'agarose------------------------------------------------33
Photo 10 : Dépôt de l'ADN sur le gel d'agarose--------------------------------------------------------------33
Photo 11 : Photo d’un rack--------------------------------------------------------------------------- -------------39
Photo 12 : Aspiration par capillarité sur un peigne membrane-------------------------------------------39
Photo 13 : Ordinateur connecté au séquenceur--------------------------------------------------------------40
Photo 14 : Image d’un gel après migration des allèles-------------------------------------------------------------40
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xii
LISTE DES ANNEXES
Annexe 1 : Protocole d’extraction d’ADN --------------------------------------------------------------------- I
Annexe 2 : Protocole de réarrangement des marqueurs microsatellites ------------------------------------ II
Annexe 3 : Protocole de préparation du gel acrylamide et de dépôt des échantillons. ------------------ III
-
1
INTRODUCTION GENERALE
L’élevage représente une activité économique importante dans de nombreux pays africains
caractérisés par une grande richesse en ressources génétiques animales. En effet, on y trouve
presque toutes les espèces animales bien adaptées à leur milieu mais inégalement réparties
(SIDIBE, 2001). Parmi les espèces domestiques, les bovins et les petits ruminants occupent
une place de choix dans l’exploitation des animaux de rente (DAYO, 2002). Deux grands
groupes ou types de bovins sont retrouvés en Afrique : les zébus (Bos indicus) qui sont des
bovins possédant une bosse cervico-thoracique et adaptés aux zones sèches et les taurins (Bos
taurus) qui sont des bovins sans bosse cervico-thoracique, que l’on retrouve dans les zones
forestières humides. A ces deux types s’ajoutent les produits de leur croisement.
Au Burkina Faso, l’élevage constitue la deuxième ressource du secteur primaire et représente
près de 35% du PIB du secteur agricole (Réseau de Prévention des Crises Alimentaires ,
2010). Il contribue à hauteur de 12% à la formation du PIB et 26% des exportations totales, le
situant ainsi comme deuxième pourvoyeur de recettes d’exportation après le coton (MAHRH
BF, 2011). Des effectifs significatifs d’animaux de diverses espèces sont exploités.
Cependant, les productions animales parviennent difficilement à couvrir les besoins des
populations de plus en plus croissantes. Les bovins Baoulé y constituent les populations
taurines numériquement les plus importantes. Ils sont essentiellement retrouvés dans une
région du Sud-ouest du Burkina Faso appelée pays Lobi. Les taurins baoulé sont élevés pour
la viande (consommée essentiellement lors de fêtes), la force de travail ou le lait. Ils
appartiennent au groupe des taurins à cornes courtes de type savane à climat tropical sec.
Dans le pays Lobi, les taurins Baoulé sont presque considérés comme des animaux de
compagnie, élevés en petits troupeaux et souvent dans les habitations. Malheureusement, ces
taurins font l’objet de nombreux croisements avec les populations de zébus notamment les
zébus Peul car les taurins Baoulé (comme la plupart des taurins ouest-africains) sont très
souvent victimes de leur petit gabarit et leur faible production laitière par rapport aux zébus.
Tout comme chez les N'Dama, la trypanotolérance des taurins Baoulé les rend aptes à
survivre dans les milieux infestés de mouches tsé-tsé vectrices des trypanosomoses animales
africaines. Par le passé, des études de caractérisation de la race Baoulé ont été menées en
utilisant des marqueurs phénotypiques (SOKOURI et al., 2007) et des marqueurs
biochimiques (QUEVAL et PETIT, 1982; QUEVAL et BAMBARA, 1984; QUEVAL et al.,
1998). Mais, très peu d’études existent sur la diversité génétique de cette race en utilisant les
-
2
marqueurs moléculaires au Burkina Faso (SOUVENIR ZAFINDJRAONA et al., 1999). Afin
de contribuer à l'élaboration des stratégies et des approches pertinentes pour une gestion
durable de ces populations, il est important de les caractériser aussi bien morphologiquement
que génétiquement (avec des marqueurs moléculaires). De par leur grand polymorphisme,
leur abondance dans le génome, leur neutralité et leur codominance, les marqueurs
microsatellites constituent des marqueurs de choix pour la caractérisation et la gestion à long
terme des populations animales.
C’est dans ce contexte que s’inscrit notre travail dont les objectifs visent à :
- étudier la variabilité génétique intra-race des taurins Baoulé de la province de Poni dans le
pays Lobi;
- mesurer le degré d’introgression des populations de Baoulé dans deux provinces du Burkina
(Poni et Comoé) en ajoutant à notre étude des échantillons de zébus (zébus Peul soudanais du
Burkina Faso) et de taurins N’Dama.
Les hypothèses de base qui ont guidé l’étude sont les suivantes :
- les taurins Baoulé du pays Lobi auraient une structure génétique homogène du fait du
système conservateur des éleveurs du Lobi ;
- l’homogénéité de cette race trypanotolérante pourrait subir une introgression plus ou moins
importante par les zébus et quelques taurins N’Dama qui vivaient dans la même zone.
Notre document sera structuré en deux grandes parties :
- La première partie sera consacrée à la revue bibliographique qui fait le point sur les
ressources génétiques animales domestiques et les systèmes d’élevage en Afrique de l’Ouest
et principalement au Burkina Faso, et les méthodes courantes de caractérisation des races
domestiques;
- Dans la deuxième partie, nous présenterons notre étude expérimentale avec successivement
le matériel et les méthodes utilisés, les résultats obtenus suivis d’une discussion avant de
terminer par la conclusion générale qui contient les perspectives qu’on peut tirer de nos
travaux.
-
3
PREMIERE PARTIE :
SYNTHESE
BIBLIOGRAPHIQUE
-
4
CHAPITRE I : ETAT DES RESSOURCES GENETIQUES
ANIMALES DOMESTIQUES EN AFRIQUE DE L’OUEST
1. Effectifs globaux
Les espèces animales domestiques rencontrées en Afrique de l’Ouest sont représentées
principalement par les bovins, les ovins, les caprins, les équins, les asins, les porcins, les
camelins et les volailles. Le tableau I présente l’évolution des effectifs des animaux
domestiques et des productions animales en Afrique de l’Ouest entre 1980 et 2006.
Tableau I :Evolution des effectifs (en nombre de têtes) des animaux domestiques et des productions
animales (en tonnes) en Afrique de l’Ouest (BLEIN et al., 2008)
Espèces animales 1980 2006
Bovins 31 310 056 39 419 736
Ovins 28 115 221 57 949 656
Caprins 34 894 893 6 116 734
Porcins 3 271 901 11 228 756
Volailles 176 254 000 346 597 000
Production de viande 1 357 957 2 353 794
Production de lait 1 253 668 2 050 512
Production d’œufs 272 850 729 390
2. Caractéristiques des races bovines exploitées
Deux groupes ou types de bovins sont retrouvés en Afrique Occidentale : les zébus (Bos
indicus), bovins avec bosse cervico-thoracique adaptés aux zones sèches et les taurins (Bos
taurus), bovins sans bosse cervico-thoracique, que l’on retrouve dans les zones forestières
humides et dans les zones subhumides (figure 1). A ces deux grands groupes s’ajoutent les
produits plus ou moins stabilisés de leur croisement encore appelés métis ou hybrides.
Morphologiquement, les taurins ont un format plus réduit que les zébus.
-
5
Figure 1 : Nomenclature des bovins en Afrique occidentale (BOLY, 1993)
Sur le plan caryotypique, les bovins possèdent 30 paires de chromosomes parmi lesquels 29
paires sont des autosomes ou chromosomes homologues et une paire est un hétérosome
(chromosomes sexuels). La forme de ces chromosomes a permis de distinguer les deux
groupes de bovins ouest-africains. En effet, les autosomes sont acrocentriques chez tous les
bovins (zébus et taurins) tandis que le chromosome sexuel Y est submétacentrique chez les
taurins et acrocentrique (figure 2) chez les zébus.
Figure 2: Schémas de formes chromosomiques selon la position du centromère
-
6
2.1. Taurins
Les taurins constituent les premiers bovins à avoir peuplé l’Afrique et auraient été introduits
sur le continent par l’Egypte à partir des populations originaires d’Asie du Sud-ouest. Les
races bovines taurines de l’Afrique de l’Ouest se rencontrent principalement dans les zones
les plus humides à savoir la zone guinéenne et la zone soudano-guinéenne. Les taurins sont
résistants à certaines maladies enzootiques dévastatrices (trypanosomose, dermatophilose,
maladies transmises par les tiques et parasitoses diverses).
On distingue deux sous-groupes de taurins : les taurins à longues cornes et les taurins à
courtes cornes (figure 1). Le tableau II présente la répartition géographique et quelques
caractéristiques des races taurines d’Afrique de l’Ouest et du Centre.
-
7
Tableau II : Principales races taurines rencontrées en Afrique Occidentale et Centrale (DAYO, 2009)
Groupes races Localisation
géographique
Effectifs Taille au garrot (en
cm)
Importantes
utilisations
Mâles Femelles
Taurins
à longues
cornes
N’Dama
Guinée, Sénégal,
Gambie, Guinée-
Bissau, Sierra
Leone, Côte
d’Ivoire, Mali,
Ghana, Togo,
Nigéria, Cameroun,
République
Centrafricaine,
Gabon, Congo,
République
Démocratique du
Congo (RDC)
4 900 000
Viande,
travail,
fumier
Kouri
Tchad, Niger,
Cameroun, Nigéria
172 350
80-100
80-100
Lait, travail,
viande
Taurins
à cornes
courtes
Types
de
savane
Baoulé Côte d’Ivoire,
République
Centrafricaine,
Gabon, Burkina
Faso
1 082 000
100-
106
90-103
Lait, viande
Bakosi Cameroun
1 300 Viande,
rituels
Kapsiki Cameroun 3 300 105-
117
100-109 Viande,
rituels
Doayo ou
Namchi
Cameroun 7 000 100-
110
97-106 Viande,
rituels
Ghana
Shorthorn
Ghana 738 000 105-
117
99-110 Lait, travail,
viande
Somba Bénin, Togo 216 000 89-106 85-103 Lait, rituels,
viande
Types
de forêt
Lagunaire Bénin, Congo, Côte
d’Ivoire, Gabon,
Togo, RDC
65 700 89-106 85-103 Viande,
fumier
Muturu Nigéria 40 000 85-95 83-93 Viande,
rituels
-
8
2.1.1 Taurins à longues cornes
Les représentants de ce sous-groupe sont les taurins N’Dama et Kouri.
- La race N’Dama
De son berceau, le Fouta-Djallon en Guinée où elle est élevée par les Peuls sédentaires, la
race N’Dama (Photo 1) a largement été diffusée dans de nombreux pays comme le Sénégal, le
Sud du Mali, le Nord de la Côte d’Ivoire, le Togo et le Bénin. Il s’agit d’un animal de petite
taille dont la hauteur au garrot varie entre 0,95 et 1,10 mètre avec un poids adulte de 250 kg et
pouvant atteindre 330 kg chez certains individus. La vache N’Dama a une faible production
laitière (2 à 3 litres par jour) dans les conditions traditionnelles de son exploitation (PAGOT,
1985). Les N’Dama constituent le chef de file des taurins ouest-africains réputés
trypanotolérants (HANOTTE et al., 2003; D’IETEREN et KIMANI, 2006). La couleur de la
robe varie de l’unicolore (habituellement fauve, rouge ou brun occasionnellement noir)
au multicolore ( occasionnellement pie).
Photo 1: Taureau N'Dama (cliché : KOUATO)
- La race Kouri
Originaires du bassin du lac Tchad, les bovins Kouri sont actuellement rencontrés au
Cameroun, au Niger et au Nigeria. Le Kouri est un animal de grand format présentant des
cornes bulbeuses, très caractéristiques de la race (photo 2). Son poids moyen est d’environ
400 à 500 kg à l’âge adulte avec une bonne aptitude laitière soit 4 à 6 litres de lait par jour
(MINISTERE DE LA COOPERATION, 1991). Le Kouri est un cas particulier de taurin. En
effet, il possède le chromosome Y submétacentrique caractéristique des taurins africains, mais
toutes les analyses génétiques réalisées en ce jour sur des populations de Kouri à l’aide des
marqueurs génétiques autosomaux ont montré que leur génome est pour moitié d’origine zébu
-
9
et moitié d’origine taurine (SOUVENIR ZAFINDJRAONA et al., 1999; FREEMAN et al.,
2004; DAYO et al., 2009). Par ailleurs, son caractère trypanotolérant reste encore mal élucidé
comparativement aux autres taurins d’Afrique de l’Ouest et du Centre. La couleur de la robe
est unicolore (clair ou blanc, occasionnellement avec des points).
Photo 2 : Taureau Kouri (source : http://www.sidym2006.com/imagenes/pdf/ponencias/21_se.pdf )
2.1.2 Taurins à courtes cornes
Les taurins à courtes cornes sont plus petits que les taurins à longues cornes, avec une
conformation assez bonne. Le cou est court et épais chez le taureau. Le fanon, comme chez
tous les taurins, est peu développé. La tête est large avec une légère dépression en région
orbitale, des oreilles assez larges et des cornes courtes. La queue est épaisse à la base avec un
toupillon très développé qui touche presque le sol. La robe est généralement pie noire ou noire
(DAYO, 2002). Ils sont classés en deux types : les types de savane et les types forestiers.
- Les types forestiers ou races naines
Selon la taille, ce sont les plus petits des taurins africains. Avec une hauteur au garrot
d’environ 80 à 90 cm, ils sont rencontrés surtout dans les milieux humides, les forêts et les
zones côtières. Leur effectif est estimé à environ 100 000 têtes soit environ 1 % de l’effectif
des bovins trypanotolérants rencontrés en Afrique (HOSTE et al., 1988; SHAW et HOSTE,
1988). On distingue les Lagunaire (photos 3) (au Bénin, en Côte d’Ivoire, au Ghana, en
République Démocratique du Congo et au Togo), les Muturu (au Nigéria et au Ghana) et les
Manjaca (en Guinée Bissau). Ces derniers n’existent plus qu’en état de traces (REGE et al.,
1994).
http://www.sidym2006.com/imagenes/pdf/ponencias/21_se.pdf
-
10
- Les types de savane
Les types de savane sont plus grands en taille que les types forestiers et mesurent environ 90 à
110 cm au garrot. Deux races prédominent parmi ces types de taurins: la race Baoulé (Photo
4) qui est le chef de file rencontrée en Côte d’Ivoire et au Burkina Faso, suivie de la
Shorthorn du Ghana (au Ghana), avec des effectifs estimés à 600 000- 870 000 têtes (REGE,
1999). En dehors de ces deux races, on retrouve les races Somba (Nord Togo et Nord Bénin),
Kapsiki, Namchi et Bakosi (Cameroun).
Photo 4: Taurin Baoulé (cliché:DESQUESNES)
2.2 Zébus
Les zébus sont des bovins possédant une bosse cervico-thoracique. Ils sont de grande taille,
hauts sur pattes, habitués aux longs déplacements au cours desquels ils valorisent les parcours
naturels pauvres. Mieux adaptés aux conditions arides, ils sont rencontrés principalement dans
la frange sahélienne à climat chaud et sec de l’Afrique. Contrairement aux taurins, les zébus
sont très sensibles aux trypanosomoses et aux tiques et maladies qu’elles transmettent.
Cependant, l’avancée du désert vers le Sud et les effets des changements climatiques globaux
obligent les éleveurs des zébus aux mouvements de transhumance vers les zones à
Photo 3 : Troupeau de taurins Lagunaire de la
ferme de Samiondji au Bénin (cliché : G.-K. DAYO)
-
11
pluviométries favorables où l'obstacle important est la trypanosomose animale africaine
(TAA) transmise par les glossines ou mouches tsé-tsé. En Afrique occidentale et centrale,
trois groupes de zébus peuvent être identifiés :
- les zébus à courtes cornes représentés par les zébus Azawak (photo 5), Goudali, Maure,
Touareg et Adamaoua ;
- les zébus à cornes en lyre moyenne dont trois variétés ont été décrites : le zébu Peul
soudanais (photo 6) rencontré au Bénin, au Burkina Faso et au Mali, le Gobra au Sénégal et le
Djéli au Niger ;
- les zébus à cornes en lyre haute : le Mbororo ou Bororo.
Le tableau III présente les principales races de zébus rencontrées en Afrique de l’Ouest et du
Centre, leur répartition géographique et quelques aptitudes zootechniques.
Photo 5 : Taureau Azawak (Cliché : Kouato) Photo 6 : Troupeau de zébus Peul (Cliché : Thevenon S.)
-
12
Tableau III : Principaux zébus rencontrés en Afrique Occidentale et Centrale (DAYO, 2009)
Sources des informations ajoutées : * (MARICHATOU et al., 2005); ** http://dad.fao.org/; *** (REGE, 1999)
Groupes Races Localisation
géographique
Effectifs Taille au garrot
(cm)
Importantes
utilisations
Mâle Femelle
Zébus
Zébu Arabe ou
Choa
Tchad,
Cameroun, Nord-
est du Nigéria
4 092 000 au
Tchad en 1992
129 126 Lait, viande,
travail
Zébu Peul
soudanais
Mali, Burkina
Faso, Côte
d’Ivoire
130 Lait, viande,
travail
Zébu Bororo Niger, Tchad,
Cameroun,
Nigéria,
République
Centrafricaine,
Mali
300 000 au Tchad
en 1992
150 104 Lait, viande,
travail
Zébu Azawak Niger, Nigéria,
Mali, Burkina
Faso
2 600 000 en
1985 au Niger*
110-
130**
110-
130**
Lait, viande,
travail, fumier
Zébu Djéli Bénin, Niger
130** 115** Lait, viande,
travail
Zébu White
fulani
Nigéria, Ghana,
Togo, Tchad
137** 125** Lait, viande,
travail
Bovins croisés
(taurins ×zébus)
Borgou Bénin, Togo 316 000 au Bénin
en 1983 et 76 500
au Togo en 1984
91-107
91-107
Viande, travail,
fumier
Keteku Nigéria 95 000 en 1984 113-115 113-115 Viande, travail,
fumier
Bambara ou Méré
Djakoré
Sud et Ouest du
Mali, Nord de la
Côte d’Ivoire,
Sud-ouest du
Burkina Faso
Sénégal
ND
350000 en
1999***
100-140 100-140 Viande, travail,
fumier
Lait, viande,
travail, fumier
Ghana Sanga Nord-Ghana
201 430 en 1993 Lait, viande,
fumier, travail
http://dad.fao.org/
-
13
2.3 Produits de croisement entre zébus et taurins
Ils sont nombreux et représentent le plus souvent le résultat de croisement des zébus avec les
taurins africains ou avec les races taurines exotiques introduites sur le continent africain.
Toutefois, les bovins métis portant des dénominations en Afrique de l’Ouest sont en général
ceux issus des croisements entre les populations zébus et les populations taurines. L’effectif
des populations métisses bovines a été estimé à environ 2,9 millions de têtes en Afrique
Occidentale (HOSTE et al., 1988; SHAW et HOSTE, 1988). Ces bovins portent différents
noms en fonction des races bovines impliquées dans les croisements ou en fonction des
régions où ils sont produits ou encore en fonction des peuples qui procèdent aux croisements.
Certaines sont considérées comme des races plus ou moins stabilisées. C’est le cas des
Borgou (Bénin) et du Djakoré (Sénégal) respectivement issus des croisements
N’Dama/Somba/Lagunaire x White Fulani et N’Dama x Gobra. Les croisements entre races
différentes se font généralement lors des mouvements de transhumance ou lors des
programmes d’insémination artificielle dans le but d’accroître des performances
zootechniques. Le tableau III présente quelques bovins métis d’Afrique Occidentale et
Centrale avec leur aire de répartition et performances zootechniques. Les photos 7 et 8
montrent deux bovins métis Baoulé X zébu Peul soudanais à différents degrés d’introgression
par le sang zébu.
Photo 7: Métis Baoulé X zébu Peul BF Photo 8: Métis Baoulé X zébu Peul BF
(phénotype zébu dominant) (Cliché : G.-K. DAYO) (phénotype Baoulé dominant) (Cliché : G.-K. DAYO)
-
14
2.4 Programmes d’amélioration génétique et de conservation des RGA
La faible productivité des races locales a conduit les pouvoirs publics de la plupart des pays
africains à mettre en place des programmes d’amélioration génétique. C’est ainsi que certains
programmes de sélection ou de croisement entre races locales ou de sélection ont été mis en
place. Le tableau IV fait le point sur quelques programmes d’amélioration mis en place en
Afrique de l’Ouest et du Centre.
Tableau IV : Quelques programmes d’amélioration génétique des races bovines locales (PAGOT,
1985)
Races animales Méthodes d’amélioration Lieux d’élection des programmes (pays)
Zébu Azawak Sélection sur descendance Station de Toukounous (Niger)
Zébu M’Bororo
ou Red Fulani
Sélection Centrafrique
Zébu Adamaoua Sélection Station zootechnique de Wakwa (Cameroun)
Zébu Gobra Sélection CRZ de Dahra Djoloff (Sénégal)
Taurin N’Dama - Sélection
- Croisement avec les mâles
Jersiais et sélection
- Croisement avec des races
importées
- CRZ de Kolda (Sénégal)
-
- CRZ de Sotuba (Mali)
CRZ : Centre de Recherche Zootechnique
3. Systèmes d’élevage
Deux grands systèmes d'élevage coexistent au niveau de la plupart des espèces animales : le
système traditionnel et le système amélioré.
3.1. Système traditionnel ou extensif
Les systèmes d’élevage extensifs sont caractérisés par un très faible niveau d’investissement
et d’utilisation d’intrants alimentaires et vétérinaires. L’alimentation des animaux dépend
presque exclusivement des ressources naturelles. Il existe trois modes de conduite qui
appartiennent tous au système traditionnel en Afrique de l’Ouest: le nomadisme, la
transhumance et le sédentarisme.
Le nomadisme est le déplacement anarchique, totalement imprévisible et présentant de très
grandes variations (AKAKPO, 1994). Il est le fait d’éleveurs se déplaçant au cours de l’année
au gré des informations sur la disponibilité des ressources (eau et pâturage) pour les animaux.
-
15
La transhumance est un déplacement pendulaire de va-et-vient saisonniers des dromadaires,
des bovins et des petits ruminants (moutons notamment) entre les pâturages de saison sèche et
les pâturages de saison des pluies. Le point fixe est, d’une façon générale, le campement de
base de saison des pluies (BERNUS, 1986).
Le sédentarisme est un mode d’élevage pratiqué par les agriculteurs qui thésaurisent leurs
productions agricoles sous forme de bétail ou par les éleveurs sédentarisés pour diverses
raisons, qui diversifient leurs sources de revenus en pratiquant l’agriculture. Dans ce système,
les animaux sont gardés en permanence au niveau du village ou sont sous la conduite d’un
berger. Pour cela, l’éleveur stocke du fourrage ou achète des sous-produits agricoles (SPA) et
sous-produits agro-industriels (SPAI) pour complémenter le déficit pendant la période de
soudure de l’année.
Le caractère extensif du mode d’élevage africain caractérisé par des déplacements du cheptel
entraîne de nombreux métissages incontrôlés des populations animales avec une réduction
progressive de l’effectif des races « pures ».
3.2. Système amélioré ou intensif
Généralement développé en milieu péri-urbain, il s’agit d’un système d’élevage dans lequel
les animaux sont claustrés, ce qui nécessite un grand investissement en intrants sous forme de
complémentation alimentaire et un suivi sanitaire leur permettant d’extérioriser tout leur
potentiel génétique. Ce suivi implique des charges élevées liées aux coûts d'alimentation, de
soins et de locaux adaptés.
4. Situation de l’élevage au Burkina Faso
4.1 Brève présentation du Burkina Faso
Le Burkina Faso est un pays d’Afrique occidentale. D’une superficie de 274 000 km2, il est
situé dans la boucle du Niger. Ses pays limitrophes sont le Niger à l’Est, le Mali au Nord et à
l’Ouest, le Bénin, le Togo, le Ghana et la Côte d’Ivoire au Sud. Il est géographiquement
enclavé et largement tributaire des aléas climatiques. Le Burkina Faso bénéficie d’un climat
tropical de type soudano-sahélien à deux saisons : une saison sèche et une saison pluvieuse
dont les durées varient en fonction des zones agro-écologiques. Du Nord au Sud, on distingue
globalement trois grandes zones climatiques:
-
16
- la zone sahélienne au-dessus du parallèle 14°N couvre environ 25% du territoire avec une
pluviométrie annuelle moyenne inférieure à 600 mm;
- la zone nord-soudanienne, comprise entre 11°30’ et 14° latitude Nord, avec une
pluviométrie annuelle moyenne variant entre 600 et 900 mm;
- la zone sud-soudanienne, située au Sud de 11°30’ latitude Nord, avec une pluviométrie
annuelle moyenne de plus de 900 mm (MAHRH BF, 2007).
La population rurale représente plus de 80% de la population totale et vit surtout de
l’agriculture et de l’élevage (KABORE et al., 2010) qui constitue la deuxième ressource du
secteur primaire.
4.2 Etat des ressources génétiques animales
4.2.1 Effectifs et aires de répartition
En 2008, le cheptel burkinabé était estimé à plus de 8 millions de têtes de bovins, 7,8 millions
d’ovins, 11,6 millions de caprins et 35,4 millions de volailles (poules et pintades) (MRA BF,
2008). Le cheptel bovin burkinabé se place au second rang des pays de l’UEMOA en
importance numérique, derrière celui du Mali (MRA BF, 2006). Les régions du Sahel, des
Hauts-Bassins et de l’Est sont celles qui hébergent le plus de bovins avec respectivement
21%, 17% et 11% de l’effectif national, tandis que les effectifs les moins importants sont
observés dans les régions du Centre (2%) (figure 3; tableau V).
Tableau V : Effectif des bovins par région
(Unité = tête) (MRA BF, 2008)
Figure 3 : Répartition du cheptel bovin par région (MRA, 2008)
Régions Effectifs
Boucle du Mouhoun (BM) 712 761 Cascades (CAS) 600 605 Centre 138 391 Centre Est (CE) 378 950 Centre Nord (CN) 454 573 Centre Ouest (CO) 626 814 Centre Sud (CS) 282 402 Est 917 735 Hauts Bassins (HB) 1 340 385 Nord 368 442 Plateau Central (PC) 287 767 Sahel 1 658 909 Sud-Ouest (SO) 304 686
Total 8 072 420
-
17
4.2.2 Races bovines locales
Deux races bovines locales (le zébu Peul soudanais et le taurin Baoulé) et un produit de
croisement zébu X taurin (le Méré) sont rencontrés au Burkina Faso (MRA BF, 2003). Les
principales caractéristiques des races bovines locales sont synthétisées dans le tableau VI.
Tableau VI : Principales caractéristiques des races bovines locales (NIANOGO et al., 1996)
ZP : Zébu Peul ; HG : hauteur au garrot; Poids M : poids du mâle adulte; Poids F : poids de la femelle adulte; RDTC :
rendement carcasse; l/j : litres par jour et par vache.
4.2.3 Races bovines importées
En dehors des races locales ci-dessus citées, il existe également :
- le zébu Azawak importé du Niger pour le lait et la viande, et qui bénéficie d’une incitation
pour la gestion de programmes de conservation in-situ depuis l’année 2003 (MRA BF, 2003) ;
- des races importées des pays européens (la Tarentaise, la Brune des Alpes et la
Montbéliarde) qui sont utilisées en croisement dans les fermes de Koubri et de Kokologho
pour l’amélioration de la production laitière. Deux introductions ponctuelles et récentes des
races Gir et Girolando (Brésil) ont été conduites dans les fermes étatiques de Boulbi et de
Loumbila. On peut citer également la Jerseyaise, la Holstein et la Limousine (MRA BF,
2003).
4.3. Importance de l'élevage
Au Burkina Faso, l’élevage joue un rôle fondamental notamment dans les domaines
alimentaire, socioculturel et économique. En effet, l’élevage participe pour une part
essentielle dans l’équilibre alimentaire de la population en procurant des aliments d’origine
animale (lait, viande et œufs) de haute valeur nutritive (apport en protéines, lipides, acides
gras, acides aminés essentiels, énergie, micronutriments, etc.).
Sa place dans la vie socioculturelle a également une dimension spatiotemporelle importante.
En effet, les volailles et les ruminants sont le plus souvent abattus à l’occasion des cérémonies
Races HG (cm) Poids M
(kg)
Poids F (kg) RDTC (%) Lait
(l/j)
Cuir sec (kg)
ZP soudanais 120 à 140 300 à 350 250 à 300 48 à 50 2 à 3 6 à 7
Taurin Baoulé 90 à 110 200 190 48 à 52 2 3 à 4
-
18
rituelles (funérailles, fiançailles, sacrifices…) (CHOQUEL, 1969; PERE, 1982; FAO, 1987)
ou religieuses (exemple du mouton de tabaski chez les musulmans). L’élevage est également
une source de prestige car la taille et la structure du troupeau constituent parfois des critères
de distinction entre les riches et les pauvres.
Sur le plan économique, l’élevage constitue la deuxième ressource du secteur primaire
burkinabé après l’agriculture et représente près de 35% du PIB du secteur agricole (Réseau de
Prévention des Crises Alimentaires , 2010). Il contribue à hauteur de 12% à la formation du
PIB et 26% des exportations totales, le situant ainsi comme deuxième pourvoyeur de recettes
d’exportation après le coton (MAHRH BF, 2011). Au cours de la période 2003-2008, les
exportations du bétail ont connu une hausse moyenne annuelle de 26 % pour les bovins et
ovins, et 31% pour les caprins (MRA BF, 2008). L’élevage constitue la source principale de
revenus pour une grande partie des ménages ruraux. En effet, la population active qui tire
entièrement ou partiellement ses revenus de ce secteur est de 86% (MRA BF, 2000). Au
niveau des éleveurs, ce secteur constitue une source de revenu et d’épargne.
4.4. Contraintes au développement de l'élevage
Les contraintes au développement de ce secteur peuvent être résumées principalement à :
- une insécurité foncière, qui se traduit essentiellement par une progression des zones
agricoles, limitant l’accès des troupeaux aux ressources pastorales (pâturages, eau, etc.);
- des difficultés d’alimentation et d’abreuvement du bétail liées aux aléas climatiques ;
- des problèmes sanitaires (maladies infectieuses, maladies parasitaires notamment celles à
transmission vectorielle, etc.);
- un faible niveau d’organisation des éleveurs.
Après cette synthèse bibliographique sur la situation de l’élevage au Burkina Faso de façon
générale, nous présenterons dans ce qui suit, les généralités sur le taurin Baoulé ainsi que les
raisons qui expliquent la nécessité de sa conservation.
-
19
4.5 Généralités sur le taurin Baoulé
4.5.1 Berceau et aire de répartition
Le berceau de la race Baoulé est le pays Lobi et son aire d'extension naturelle couvre six pays
d'Afrique occidentale qui sont: le Bénin, le Burkina Faso, la Côte d'Ivoire, le Ghana, le
Nigéria et le Togo, avec des zones d’implantation qui sont la Centrafrique, le Congo et le
Gabon (OUEDRAOGO, 1989 ). Le nom de la race est plutôt géographique et ethnique. En
effet, le terme Baoulé principalement utilisé en Côte d'Ivoire provient des ethnies Baoulé,
Lobi en Côte d'Ivoire et au Burkina Faso.
Le pays Lobi est un territoire commun au Nord du Ghana, Nord-est de la Côte-d’Ivoire et
Sud-ouest du Burkina Faso (MAILLARD et al., 1992). Le côté burkinabé se situe à l'extrême
Sud du pays, entre 9°25 et 10°35 de latitude nord. Il s’agit d’une des régions les plus arrosées
du Burkina Faso avec une pluviométrie se situant entre 900 et 1400 mm/an et plaçant ainsi la
région en zone agro-climatique subhumide (GUINKO, 1984). Les peuples du pays Lobi sont
essentiellement d’ethnies Lobi, Gan, Birifor, Dagara, qui forment avec les Dorosyé et les
Dian, le « rameau Lobi ». La population du pays Lobi est essentiellement rurale, à vocation
agricole familiale avec des animaux surtout destinés aux échanges matrimoniaux et aux
pratiques coutumières. Le cheptel bovin est majoritairement constitué des taurins Baoulé.
L’élevage y est essentiellement de type sédentaire et les animaux reçoivent rarement des
compléments alimentaires et des soins vétérinaires (MRA BF, 2000).
4.5.2 Morphologie
Selon la description donnée par DOUTRESSOLE (1947), « Ce sont des bovins de petite
taille, rectilignes, brévilignes, ellipométriques, la hauteur au garrot varie de 90 centimètres à 1
mètre. Le poids moyen est de 190 kg pour la vache, 200 kg pour le taureau, 220 kg pour le
bœuf. La tête est massive, le front plat. Les cornes sont courtes, épaisses à la base et sont plus
fortes chez les taureaux et plus fines et aiguës chez les vaches du type orthocéros (les cornes à
section circulaire sont fortes à la base, insérées dans le prolongement du chignon). Les
arcades orbitaires ne sont pas saillantes, les oreilles sont courtes, larges et portées
horizontalement. L’encolure est courte, mince chez la vache, très forte chez le taureau. Le
fanon est développé chez le mâle. Le garrot (court, léger chez la vache et épais chez le
taureau) est droit, le dos droit, le rein large. L’épaule est longue et musclée, la poitrine (large,
-
20
ronde mais sanglée) descendue, la cuisse et les fesses sont dessinées. La queue est légèrement
surélevée à son insertion. Les membres sont fins, la peau est souple, le poil est court et
brillant. La robe est pie noire, noir pie, pie jaune ou jaune, rarement fauve ou froment. Les
extrémités sont foncées, noires ou marquées de noir ».
4.5.3 Performances zootechniques
Le taurin Baoulé est élevé pour son lait, sa viande (consommée essentiellement lors de fêtes)
ou sa force de travail. Il a une productivité intéressante malgré son petit format (LANDAIS,
1983). Le tableau VII présente les performances zootechniques du taurin Baoulé en milieu
traditionnel et en milieu amélioré.
Tableau VII : Performances zootechniques moyennes du taurin Baoulé en milieu traditionnel et
amélioré (OUEDRAOGO, 1989 )
Poids
adultes
(kg)
Age 1er
vêlage
(mois)
Intervalle
inter-vêlage
(mois)
Fécondité
(%)
Production
laitière (kg)
Rendement
carcasse (%)
Elevage
traditionnel
270 (M);
175 (F)
48-60 18-24 ND 100-300 61,5
Elevage
amélioré
ND 26-35 12-15 82-85 400-700 ND
M : mâle ; F : femelle ND : Non déterminé
4.5.4 Résistance aux trypanosomoses : la trypanotolérance
PIERRE (1906) fut l’un des premiers à constater que certaines populations taurines ouest-
africaines survivaient dans des zones infestées de glossines tandis que les zébus et beaucoup
d'autres espèces animales ne pouvaient y vivre (DUVALLET, 1987; DUVALLET et TOURE,
1993). Selon TOURE (1977), "le mot trypanotolérance a été consacré par l'usage pour
traduire l'aptitude de certaines races bovines à survivre et à se développer en milieu infesté de
glossines qui leur transmettent diverses espèces de trypanosomes pathogènes, alors que
d'autres races, à qui l'on ne reconnaît pas cette propriété, succombent habituellement dans un
tel milieu et n'y sont pas représentées". En Afrique de l’Ouest, les bovins trypanotolérants
sont tolérants à la fois à Trypanosoma congolense et à Trypanosoma vivax. Toutefois, le degré
de résistance est plus élevé contre T. vivax que T. congolense (MURRAY et al., 1981;
MURRAY et al., 1982; MATTIOLI et al., 1999). Les populations taurines de référence pour
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la trypanotolérance sont représentées par la race N’Dama suivie des taurins Baoulé. En dehors
des trypanosomoses, les taurins Baoulé sont également résistants aux infestations par les
tiques par rapport aux zébus (TIDORI et al., 1975).
4.6. Arguments en faveur de la conservation et de la valorisation de la race
Baoulé
Les taurins Baoulé sont numériquement les taurins locaux les plus importants du Burkina
Faso. Ils sont bien adaptés à leur environnement (savanes et zones humides et subhumides
favorables au développement des glossines vectrices des trypanosomes). Ainsi, contrairement
aux zébus, ils sont réputés trypanotolérants et résistent également à d’autres pathologies
notamment celles causées par les tiques (TIDORI et al., 1975). D’un point de vue
zootechnique, les bovins Baoulé ont une productivité intéressante quoique légèrement
inférieure à celle des zébus, en dépit de son petit format (LANDAIS, 1983).
Malgré ses aptitudes adaptatives intéressantes, le taurin Baoulé est de nos jours menacé car il
fait l’objet de nombreux croisements avec les populations de zébus. En effet, on note de plus
en plus, un recul global des zones habitées par les glossines correspondant au recul des
isohyètes (COURTIN et al., 2008) ainsi qu’à une détérioration de leur habitat provoquée par
des facteurs anthropiques et climatiques (BOUYER, 2006). Ces changements se manifestent
par des mouvements précoces des populations de zébus vers les zones de transhumance à la
recherche des pâturages et des points d’eau notamment au Nord de la Côte d’Ivoire et du
Ghana et, le Pays Lobi du Burkina Faso se situe sur le couloir de transhumance vers ces pays
limitrophes du Burkina Faso. Des actions pour une préservation in situ ou ex situ s’avèrent
nécessaires pour assurer une utilisation économique durable de cette population taurine et
prévenir une éventuelle érosion de ses caractères adaptatifs.
Il est important de noter que si l’on néglige de préserver les races locales adaptées à leur
milieu par une amélioration de leur productivité, on perdra une chance d’aider les pays en
développement à nourrir leurs populations car la diversité des ressources zoogénétiques est
essentielle pour satisfaire les besoins de base des populations humaines en matière de sécurité
alimentaire et de moyens d’existence stables (FAO, 2007). Par ailleurs, la diversité génétique,
une fois perdue, ne se récupère plus.
Par ailleurs, la FAO (2007), dans son Plan Mondial pour les Ressources Zoogénétiques, a
défini quatre domaines prioritaires :
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- la caractérisation, l’inventaire et la surveillance des tendances et des risques associés ;
- l’utilisation durable et la mise en valeur ;
- la conservation ;
- le renforcement des politiques, des institutions et des capacités.
Ainsi, dans ce Plan, un appel a été lancé aux gouvernements qui devraient prendre des
mesures appropriées et nécessaires afin de soutenir et de mettre en œuvre des activités dans
ces domaines prioritaires. Ces activités devraient viser l’optimisation des fonctions assurées
par les animaux domestiques dans la vie des éleveurs dans les mythes, les cultures, les
religions, les traditions, les pratiques sociales, la production des aliments d’origine animale
pour la nutrition et les fonctions socioéconomiques et culturelles. Les éleveurs Lobi ne sont
pas en reste vu que ces éleveurs sédentaires sont très attachés à leurs animaux.
Conclusion partielle :
Le Burkina Faso tout comme la plupart des pays de l’Afrique de l’Ouest est caractérisé par
une importante diversité en ressources génétiques animales bien adaptées à leur
environnement. D’une manière générale, le système d’élevage est extensif marqué par des
brassages incontrôlés des animaux, ce qui peut entraîner l’extinction de certaines races avant
même d’être connues. Pour mettre en place des programmes de conservation et d’amélioration
appropriés pour ces races locales, il s’avère nécessaire qu’elles soient surtout bien
caractérisées et inventoriées. Ainsi, dans le chapitre suivant, nous présenterons quelques
méthodes de caractérisation chez les animaux domestiques.
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CHAPITRE II: METHODES DE CARACTERISATION DES
ANIMAUX D’ELEVAGE
L’utilisation, le développement et la préservation durables et efficaces des ressources
génétiques animales nécessitent qu’elles soient mieux caractérisées et bien inventoriées. Mais
avant toute description, il est important de pouvoir définir la notion de « race ». Ce terme de
« race » est souvent utilisé dans son acception culturelle plus que technique ou biologique.
Dans notre document, nous utiliserons une définition plus simple. Ainsi, la race peut être
définie comme une subdivision de l’espèce regroupant les individus ayant en commun un
certain nombre de caractères héréditaires qui les distinguent des individus des autres groupes.
Toutefois, la plupart des races bovines africaines, recensées dans les bases de données,
souffrent le plus souvent de redondance d’informations du fait que la plupart de ces
populations ne soient caractérisées qu’en utilisant des caractères morphobiométriques et non
des marqueurs moléculaires. Cela fait qu’une même race peut se trouver décrite dans divers
autres pays sous différentes dénominations sans qu’il soit possible de dire s’il y a ou non de
véritables différences génétiques.
Diverses méthodes sont utilisées pour caractériser les races animales et peuvent être
phénotypiques (caractères morphobiométriques), biochimiques ou immunogénétiques
(polymorphisme des protéines du sang et du lait), cytogénétiques (nombre, formes et
anomalies chromosomiques) ou moléculaires (analyse des marqueurs directement situés sur
l’ADN).
1. Méthodes morphobiométriques
Les méthodes morphobiométriques utilisent des caractères phénotypiques, notamment ceux
concernant la présence ou l’absence de la bosse cervico-thoracique chez les bovins, la
morphologie de la tête et du corps, la couleur de la tête, des pattes et de la robe, la forme des
cornes, la forme des oreilles, la présence ou l’absence de la pendeloque et de la barbiche (chez
les ovins et caprins), la présence ou l’absence ou encore le degré de développement du fanon
(chez les bovins), la morphologie du front, du chanfrein, etc. Dans ce type de caractérisation,
on retrouve également la détermination des indices biométriques. Ces derniers concernent
essentiellement la longueur du corps, de la tête, du chanfrein, des cornes et des oreilles, le
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périmètre thoracique, la largeur du corps et de la queue, la hauteur au garrot et au coude, le
poids corporel. Ces méthodes ont été largement utilisées chez différentes espèces animales :
chez les petits ruminants (AMEGEE, 1983; AMEGEE, 1984; LAUVERGNE et al., 1993;
MISSOHOU et al., 2000; TRAORE et al., 2008), chez les bovins (DODO et al., 2001;
SOKOURI et al., 2007; N'GORAN et al., 2008; COYRAL-CASTEL et al., 2009), chez les
volailles (NGWE-ASSOUMOU, 1997; FOTSA et al., 2008; MOULA et al., 2009).
La caractérisation morphobiométrique donne des indications assez vagues sur le patrimoine
génétique d’une population, du fait du mode de transmission héréditaire généralement
complexe et souvent mal élucidé des caractères pris en compte. Pour cela, d’autres méthodes
utilisant les produits d’expression des gènes (protéines) ont été développées par la suite.
2. Méthodes immunogénétiques
Elles ont été développées grâce aux apports de la génétique biochimique qui ont permis
d’étudier les groupes sanguins ou les profils électrophorétiques des protéines du lait et des
protéines sériques ou érythrocytaires.
2.1 Nature et polymorphisme des groupes sanguins
Les groupes sanguins sont des ensembles d’antigènes situés à la surface des globules rouges
et transmis héréditairement. Chez les animaux en général et les bovins en particulier, les
groupes sanguins sont très complexes et sont sous le contrôle de 11 loci (loci A, B, C, F, J, L,
M, S, Z, R’ et T’) très polymorphes. Ainsi, l’étude des groupes sanguins a été utilisée pour la
caractérisation des races animales. Par exemple, le facteur AZ’ des groupes sanguins semble
caractériser les zébus ouest-africains tandis que le facteur AH serait spécifique des taurins
ouest-africains (BELEMSAGA, 2000).
2.2 Polymorphisme des protéines
2.2.1 Protéines du sang
Chez les animaux d’élevage, trois principaux systèmes polymorphes de protéines du sang ont
été décrits grâce à l’électrophorèse : l’hémoglobine, l’albumine et la transferrine.
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Hémoglobine
L’hémoglobine (Hb) est une protéine complexe riche en fer contenue dans les globules rouges
et chargée de fixer l’oxygène pour son transport dans le sang vers les tissus.
Chez les bovins, il existe deux allèles du gène de l’hémoglobine (A et B) qui sont autosomaux
codominants et définissent trois phénotypes possibles AA, BB et AB. En Afrique de l’Ouest,
il est possible de distinguer les taurins des zébus par une très forte fréquence de l’allèle A
dans les populations taurines trypanotolérantes (PLANCHENAULT, 1988). Des résultats
similaires ont été obtenus par BELEMSAGA (2000) dans une étude sur les taurins (Lagunaire
du Bénin, Somba du Togo et du Bénin), une race métissée zébu x taurin (Borgou du Bénin) et
deux races de zébus (zébus Peul soudanais du Burkina Faso et celui du Bénin). Le principal
intérêt de ce marqueur sanguin réside dans la simplicité des déterminations qui permet une
analyse de génétique des populations.
Transferrines
Les transferrines (Trf) sont des protéines synthétisées principalement au niveau du foie et
dont le rôle est le transport du fer dans le plasma (SEGER et LUCOTTE, 1981). Le
polymorphisme génétique des systèmes de transferrine chez les animaux d’élevage (bovins,
caprins et ovins) permet de les identifier et de les caractériser. Les études menées par
BELEMSAGA (2000) sur les zébus et taurins du Bénin, du Burkina Faso et du Togo ont
montré, par exemple, que le variant de transferrine TrfG était rarissime chez les taurins
Somba. Dans ces mêmes études ainsi que dans celles de QUEVAL (1982), il a été noté
l’absence chez les taurins trypanotolérants ouest-africains (Baoulé, N’Dama, Somba et
Lagunaire) des transferrines TrfB et Trf
F.
Albumines
L’albumine est une holoprotéine sanguine synthétisée par le foie et dont le rôle est le transport
de certaines substances biologiques dans le plasma (cations, anions, colorants et drogues)
(SEGER et LUCOTTE, 1981). Chez les taurins, on observe une forte fréquence de l’allèle
AlbF
(F : Fast) tandis que l’allèle Alb
S (S : Slow)
domine chez les zébus (QUEVAL et
BAMBARA, 1984; BELEMSAGA, 2000).
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2.2.2 Polymorphisme des protéines du lait
La principale protéine du lait de la vache est la caséine. Il existe quatre types connus de
caséine : les caséines αS1
, αS2
, β et к. Il a été montré que le polymorphisme de la caséine S1
et
к a un intérêt scientifique doublé d’un réel intérêt pratique et économique. Ainsi, l’effet
significatif des allèles A et B de la caséine к sur les aptitudes fromagères du lait a été
démontré (GROSCLAUDE et al., 1996). En effet, la prédominance dans les deux principales
races de chèvres laitières françaises (Alpine et Saanen) des allèles à taux réduit serait
responsable de la faiblesse des taux protéiques et de certaines difficultés de fabrication
fromagère.
En dehors des caséines, il existe également dans le lait les lactalbumines et les
lactoglobulines.
3. Méthodes cytogénétiques
Elles correspondent à l’étude du nombre, de la forme et des anomalies des chromosomes dans
une espèce ou dans une population donnée. Le caryotype d’un individu est le résultat de
l’observation microscopique et de l’identification de chacun des chromosomes de la cellule
d’une espèce donnée. Le nombre de chromosomes, très variable entre espèces, est
généralement constant pour une espèce donnée. Par exemple, chez l’Homme on a 2n = 46 ;
chez le lapin : 2n = 44 ; chez les ovins : 2n = 54 ; chez les bovins : 2n = 60.
Le caryotype des bovins est composé de 60 chromosomes dont 58 autosomes ou
chromosomes homologues et 2 gonosomes ou hétérosomes (chromosomes sexuels XX chez la
femelle et XY chez le mâle). Chez les bovins ouest-africains, les autosomes sont
acrocentriques (centromère en position terminale) et le chromosome Y est submétacentrique
(position submédiane) chez les taurins tandis qu’il est acrocentrique chez les zébus (KIEFFER
et CARTWRIGHT, 1968). Chez certains zébus de l’Afrique du Sud notamment Africander
(HALNAN et FRANCIS, 1976), Bonsmara, Drakensberger, Nguni et Pedi (MEYER et al.,
1980), le chromosome Y est submétacentrique comme chez les taurins ouest africains. De
plus en plus, avec le développement de nouveaux outils de biologie moléculaire, la variabilité
génétique qui est le reflet du polymorphisme observé au niveau du génome, peut s’étudier
directement au niveau de l’ADN à travers l’utilisation des marqueurs moléculaires
polymorphes.
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4. Méthodes moléculaires
4.1. Définition d’un marqueur génétique
Les marqueurs génétiques sont des fragments d’ADN qui servent de repère pour suivre la
transmission d’un segment de chromosome d’une génération à l'autre (BOICHARD et al.,
1998). Il s’agit donc des séquences d’ADN localisées dans le génome et qui présentent des
variations facilement détectables au laboratoire. De façon simplifiée, un marqueur génétique
est une portion de l’ADN d’un organisme (espèce) ou un sous-produit codé par cet ADN.
L’utilisation des marqueurs génétiques comme outils d’étude de la variabilité génétique de
diverses populations a été rendue possible grâce au développement des nouvelles techniques
de biologie moléculaire, notamment la PCR (Polymerase Chain Reaction) et la mise en ligne
de séquences de génomes entiers de divers organismes vivants. Les marqueurs génétiques
sont également utilisés pour rechercher les gènes qui gouvernent les caractères d’intérêt
zootechnique. Chaque type de marqueur présente des avantages et des limites, et le choix doit
tenir compte des objectifs de l’étude, des moyens financiers et techniques mais surtout de
l’état des connaissances sur le génome des espèces étudiées.
On peut distinguer des marqueurs multialléliques qui permettent de révéler une série de
plusieurs allèles pour chaque locus étudié et des marqueurs de type empreintes génétiques qui
permettent de révéler l’absence ou la présence d’un allèle pour chaque locus et cela
simultanément pour un grand nombre de loci. A ces deux types de marqueurs peuvent
également s’ajouter les marqueurs cytoplasmiques essentiellement présents dans le génome
mitochondrial. Parmi les marqueurs multialléliques, on distingue entre autres les isoenzymes,
les RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphism) et les ADN microsatellites. Ces
derniers sont ceux que nous avons choisis pour notre étude.
4.2. Définition des marqueurs microsatellites
Egalement appelés Simple Sequence Repeat (SSR), Short Tandem Repeat (STR), ou Variable
Number Tandem Repeat (VNTR), les microsatellites sont des séquences d’ADN (non codant)
formées par une répétition de motifs (10 à 20 fois en moyenne) composés de 2 à 4
nucléotides. La longueur de ces séquences (le nombre de répétitions) est variable d'un
individu à l'autre et d'un allèle à l'autre chez un même individu (BOICHARD et al., 1998). Ce
sont ainsi des polymorphismes de longueur.
http://fr.wikipedia.org/wiki/All%C3%A8le
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Les ADN microsatellites constituent une classe particulière d’ADN et sont très répandus dans
le génome des eucaryotes (HAMADA et KAKUNAGA, 1982; TAUTZ et RENZ, 1984). Ils
sont majoritairement localisés entre les gènes, dans les introns des gènes et dans les régions
non transcrites. Généralement, ce sont les dinucléotides [CA] qui sont les plus nombreux dans
le génome (SHIBLER et al., 2000). Ils peuvent être parfaits (pas d’interruption dans les
séquences), interrompus (une ou plusieurs répétitions séparées par quelques bases) ou
composés (une séquence répétée suivi d’une autre base répétée) (WEBER, 1990) comme
illustré ci-dessous :
Parfait : CACACACACACACACACACA
Composé : CACACACACAGAGAGAGAGA
Interrompu : CACATTCACACATTCATTCA
La fonction biologique de ces séquences répétées de l’ADN est peu connue (EPPLEN, 1993).
Toutefois, selon KÜNZLER et al. (1995) et KASHI et al. (1997), les microsatellites
joueraient un rôle dans la régulation de l’expression de certains gènes ou un rôle en tant que
séquences codantes.
4.3. Propriétés et applications des marqueurs microsatellites
4.3.1 Propriétés
Largement répartis dans le génome des eucaryotes (1 microsatellite tous les 120 à 180
kilobases), les microsatellites ont des propriétés intéressantes exploitées en génétique des
populations (EDWARDS et al., 1992; WEBER et WONG, 1993). Ils sont :
Très nombreux et très polymorphes (tableau VIII) : les microsatellites présentent un
polymorphisme de longueur dû à la variation du nombre de répétitions du motif. Un
allèle correspond à un nombre de répétitions du motif (en théorie) et à une taille
d’amplification (en pratique) (DAYO, 2002);
Codominants : l’individu hétérozygote présente simultanément les caractères des deux
parents homozygotes et peut être distingué de chacun des parents ;
Neutres (par rapport à l’environnement), c'est-à-dire non influencés par les processus
de sélection et leur transmission suit le schéma mendélien ;
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Facile à amplifier par PCR : la PCR a rendu l’amplification des séquences
microsatellites facilement automatisable et les produits d’amplification peuvent être
révélés par une électrophorèse verticale sur un gel d’acrylamide. De nos jours, il
existe diverses générations de séquenceurs pour la révélation des produits
d’amplification des séquences microsatellites.
Tableau VIII : Fréquences des principaux types de microsatellites chez les mammifères (SCHIBLER
et al., 2000)
Série (taille du motif) Séquence du motif Fréquence Remarques
Mononucléotide (A)n Un tous les 5-10 kb 0.3 % du génome
Dinucléotide (CA)n Un tous les 25-100 kb 0.5 % du génome
(TC)n Un tous les 50 kb 0.2 % du génome
Trinucléotide (TTA)n Un tous les
_ (AGC)n 300-500 kb
Tétranucléotide
(AATC)n, (AATG)n
_
Dérivent des
(ACAG)n, (AAAT)n séquences poly A
(AAAG)n des familles Alu
4.3.2 Applications des marqueurs microsatellites
Les marqueurs microsatellites ont été utilisés pour l’étude de la diversité génétique chez
différentes espèces animales domestiques : chez les volailles (YOUSSAO et al., 2010), chez
les petits ruminants (MISSOHOU et al., 2006; TRAORE et al., 2009) ainsi que chez les
bovins (QUEVAL et al., 1998; SOUVENIR ZAFINDJRAONA et al., 1999; BELEMSAGA,
2000). Ils ont été également utilisés pour évaluer le degré d’introgression des populations
bovines africaines (FREEMAN et al., 2004; FREEMAN et al., 2006; DAYO, 2009).
Les marqueurs microsatellites trouvent également leur application comme outil dans les
programmes d’amélioration génétique des animaux domestiques à travers la recherche des
QTL (Quantitative Trait Loci). Les QTL constituent des régions chromosomiques contenant
les gènes impliqués dans le déterminisme génétique d’un caractère quantitatif. Leur détection
dans les différentes espèces se résume dans un premier temps à leur localisation et à
l’estimation de leurs effets à partir des informations fournies par les marqueurs. Le principe
de base consiste à observer s’il ya co-ségrégation des allèles au marqueur et au QTL dans la
descendance de reproducteurs