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III Curso de Patología Digital. Jerez 26-28/XI/2014
Microscopía Digital sometida a disección
Luis Alfaro
Calidad de imagen
• Las imágenes de origen digital (escáneres) tienen más calidad que las de dispositivos exclusivamente ópticos (microscopios)
• Excepciones:
– Monitores de mala calidad
– Uso de Zoom digital
– Mala calibración del escáner (autofoco)
– Subjetividad
20x
• 1280 x 1024 17’
• Diagonal = 1639,20
• Densidad de pixeles 96,42
• VGA 640x480
• SVGA 800 x 600
• XGA 1024 x 768
• WXGA 1280 x 800
• WUXGA 1900 x 1080
Microsoft Image Composite Editor
Escaneo en múltiples planos (eje Z)
• Imprescindible para citologías
• Tamaño aproximado de una citología cervicovaginal convencional:
– 5 planos (separados por 1 micra) con objetivo 20x = 10 GB (compresión JPEG2000)
• ¿Necesario en biopsias?
Forzando la compresión
• Los escáneres suelen estar configurados con niveles de compresión bajos para que no haya perdida de información.
• Es posible utilizar compresiones mas agresivas conservando buena calidad de imagen
Enfoque automatizado
• Es la parte mas sofisticada de los escáneres
• En general aceptablemente bueno.
• Siempre quedan un proporción de casos con problemas de foco.
• Los problemas de foco con frecuencia se deben a deficiencias en la preparación microscópica.
http://scanner-contest.charite.de/en/
Concurso de escáneres
• Muy complejo por la dificultad de definición de criterios.
• Muy difícil establecer valoraciones homogéneas
• Múltiples parámetros a valorar
• Muchas ausencias en las dos ediciones (2010 y 2012) hasta la fecha (6 participantes)
Servidores en Microscopía Virtual
• Software en microscopia virtual: visores gratuitos y servidores caros y complejos.
• Las restriciones de seguridad para los servidores hospitalarios dificultan su uso.
• La mayoría diseñados en exclusiva por los fabricantes de escáneres para su propio formato de imagen.
• Existen servidores gratuitos.
• Unas pocas opciones admiten formatos de imágenes de múltiples fabricantes
http://jvsmicroscope.uta.fi/?q=software
JVSview
http://iipimage.sourceforge.net/
http://www.geo-solutions.it/blog/jpip-protocol-for-dummies/
Formatos de imágenes digitales en Patología
• Tiff
• JPEG2000
• JPG
Cualquier formato propietario debe poder
exportarse al menos a alguno de los anteriores,
mientras no se implante algún estándar del tipo de
DICOM
Los conversores existen y deben difundirse más.
Visualización de preparaciones microscópicas digitales
• Flash
• Java
• Silverlight
• HTML5
http://www.redeszone.net/2014/05/20/youtube-
apuesta-seriamente-por-html5-en-lugar-de-flash/
HTML5 • ¿Es realmente el mejor?