mot d’accueil et introductionci2c.fr/stream/2019-05-07_projet_ums-v2.pdf · chercheurs 1,0 0,0...
TRANSCRIPT
Comité de visite – 7 mai 2019
Projet UMS-US Plateformes en Biologie et Santé
Mot d’accueil et introduction
Pr Didier Gosset Doyen de la Faculté de Médecine
Conseiller du Président de l’Université de Lille
Pr Clarisse Dhaenens Vice-présidente Recherche de l’Université de Lille, déléguée au domaine sciences et technologies et aux plateformes
Coordinatrice du comité institutionnel des plateformes en biologie et santé
2
Programme
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
13h30 - 14h30 Présentation générale de l’unité de services 14h30 - 15h30 Discussion
Pause café
15h40 - 16h10 Echanges avec le personnel de la future UMS-US 16h10 - 16h40 Echanges avec les représentants des laboratoires utilisateurs 16h40 - 17h00 Echanges entre les tutelles et les partenaires
Comité de visite – 7 mai 2019
Plateformes en Biologie et Santé
Projet UMS-US
Sophie CRESPIN, PhD Chargée de mission UMS-US
Contexte
5
La recherche en Biologie et/ou Santé à Lille
Contexte
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Cité Scientifique
Campus Pasteur Lille
Campus Hospitalo-Universitaire
3 campus
27 unités de recherche et équipes d’accueil
• Biomatériaux
• Cancer
• Génétique
• Inflammation, Immunité
• Maladies métaboliques
• Médicaments
• Neurosciences
• Cancer
• Maladies métaboliques
• Inflammation, Infection, Immunité
• Médicaments
• Neurosciences
• Toxicologie
• Agroalimentaire et
biotechnologies
• Biologie
structurale
• Biologie végétale
• Cancer
• Ecologie,
Evolution
• Environnement
• Maladies
métaboliques
• Chimie
• Microélectronique et nanotechnologies
• Optique
• Santé publique, Epidémiologie
• Taphonomie médico-légale
• Thérapies Laser
6
Les plateformes en Biologie et Santé à Lille
Historique
Etat des lieux 2014 : 7 plateformes multi-sites constituées de 38 plateaux
2016 - Accord cadre
2017 - Vers une structuration concertée des plateformes
Pôles Infrastructures des EPST
Responsables de plateformes
Directeurs d’Unités de Recherche
Génomique Animaleries
Spectrométrie de masse, glycomique et protéomique Imagerie cellulaire
Bioinformatique Imagerie du vivant RMN et RPE
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Gagner en visibilité
• Portail unique : accès aux plateformes lilloises en Biologie et Santé
• Catalogue de l’offre de services et expertises
Simplifier la vie des Unités de recherche
• Harmoniser les systèmes de réservation
• Centraliser la facturation
Renforcer les synergies entre plateformes
• Animation d’une vie de l’Unité
• Séminaires communs
Mutualiser les fonctions-supports
• Interface avec services administratifs, financiers, juridiques
• Démarche Qualité, Communication
• Regroupement des besoins en stockage de données numériques et calcul
7
Pourquoi créer une UMS-US ?
La plus-value d’une structuration en UMS-US
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
8
L’UMS-US lilloise des plateformes en Biologie et Santé
Le cadre ?
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Périmètre le plus large possible, sur la base des plateformes référencées en tenant compte :
• Des spécificités de chaque plateau
Interconnexions fortes avec une unité de recherche
Capacité d’ouverture
Implication antérieure dans des structures nationales
• De la complétude de l’offre de services
Répondre aux besoins des unités de recherche avec une offre large et adaptée
Synergie Equipements – Expertises des personnels
• De l’adhésion au projet
2014 7 plateformes (38 plateaux)
9
L’UMS-US lilloise des plateformes en Biologie et Santé
Le cadre ?
Périmètre initial
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
2019 7 plateformes (15 +2 plateaux)
• Génomique
• Glycomique & protéomique
• Criblage à haut débit & haut contenu
• Bioinformatique
• Animaleries
• Imagerie cellulaire
• Imagerie du vivant et fonctions
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé Services proposés
Personnels
Budget
Locaux
Organisation et gouvernance
11
Les services proposés
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
Domaines technologiques et méthodologiques recouvrant les principales approches mises en œuvre dans les travaux de recherche en Biologie et/ou Santé
Prestations
• Académiques et industrielles
• Des plateformes de compétences : plus-value de savoir-faire
Equipements innovants
Organisation et participation à des actions de formations
• Master, Ecoles doctorales
• Formation continue
• Formations techniques et technologiques
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
12
Les personnels
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
75 personnels (70,7 ETP) affectés aux plateformes de l’UMS-US
Personnels affectés à l'UMS-US Titulaires / CDI CDD Enseignants-chercheurs 0,0 0,0 Chercheurs 1,0 0,0 Techniciens, ingénieurs et autres personnels 54,2 14,5 Post-doctorants 0,0 1,0 Total (ETP) 55,2 15,5
CHU Lille 8
CNRS 5
Inserm 7,8
IPL 19,2
U-Lille 30,7
Répartition des ETP par employeur
Génomique 8,8
Glycomique & protéomique
3 Bio-informatique
8
Animaleries 30,9
Imagerie cellulaire
8
Imagerie du vivant & fonctions
12
Répartition des ETP par plateforme
13
Les personnels
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Apport de l’expertise de 53 personnes (8,5 ETP) relevant des laboratoires
Génomique 0,5
Glycomique & protéomique
0,4
Bio-informatique
2,1
Animaleries 1,1
Imagerie cellulaire
1,1
HCS & HTS 1,8
Imagerie du vivant & fonctions
1,6
Répartition des ETP par plateforme
CHU Lille 0,6
CNRS 2,8
Inserm 0,8
IPL 0,7
U-Lille 2,7
U-Lille / CHU Lille
1,1
Répartition des ETP par employeur
UMR-EA contributrices Titulaires / CDI Enseignants-chercheurs 2,8 Chercheurs 1,6 Techniciens, ingénieurs et autres personnels 4,2 Post-doctorants 0,0 Total (ETP) 8,5
14
Les personnels
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
128 personnes (79,2 ETP) impliquées
• 75 personnels (70,7 ETP) affectés aux plateformes de l’UMS-US
• Apport de l’expertise de 53 personnes (8,5 ETP) relevant des UR-EA
Génomique 9,3
Glycomique & protéomique
3,4 Bio-
informatique 10,1
Animaleries 32,0
Imagerie cellulaire
9,1
HCS & HTS 1,8 Imagerie du
vivant & fonctions
13,6
Répartition des ETP par plateforme
CHU Lille 8,6
CNRS 7,8
Inserm 8,6
IPL 19,9
U-Lille 33,4
U-Lille / CHU Lille
1,1
Répartition des ETP par employeur
15
Le budget
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Coût de fonctionnement
• Coûts des consommables et contrats de maintenance
• Hors masse salariale et coûts d’infrastructures
• Année de référence : 2018
Génomique 155
Glycomique Protéomique
66
HCS&HTS 244 Bio-
informatique 11
Animalerie 936
Imagerie cellulaire 270
Imagerie du vivant &
fonctions 247
1928 k€
CHU Lille 9,3%
CNRS 18,7%
Inserm 0,3%
IPL 36,3%
U-Lille 35,3%
Inria 0,1%
Répartition entre Institutions gestionnaires
16
Le budget
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Ressources financières récurrentes
Dotation 2018 Type de dépenses éligibles CNRS 12 k€ Fonctionnement Inserm 6 k€ Fonctionnement IPL 681 k€ Fonctionnement, Investissement U-Lille 885 k€ Fonctionnement, Investissement, Personnel contractuel Inria 2 k€ Fonctionnement Total 2018 1586 k€
Ressources financières issues de l’activité de prestations
0
200
400
600
800
1000
1200
1400
1600
2015 2016 2017 2018
Re
ce
tte
s d
e p
res
tati
on
s e
t c
on
tra
ts
(k€
)
1400 k€ en 2018
Glycomique & protéomique
Imagerie du vivant & fonctions
Génomique
BICeL
Ariadne-criblage
Animalerie
Imagerie cellulaire
HCS & HTS
17 Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Au cœur de l’activité de recherche en Biologie et/ou Santé
7200 m2
Génomique 187
Glycomique & protéomique
256
HTS & HCS 143
Bioinformatique 118
Animalerie 5 271
Imagerie cellulaire
739 Imagerie du vivant & fonctions
515
CHU Lille 252
CNRS 389
IPL 2 050
U-Lille 4 440
IRCL 98
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
Des locaux dédiés aux plateformes
Répartition des surfaces
allouées (m²)
Cité Scientifique
Campus Pasteur Lille
Campus Hospitalo-Universitaire
18
ESPRIT
IBL
Roux
CBP
C9
SN3
IRCL
P. Recherche
Salengro
Génomique
GFS, TAG
Glycomique & protéomique
PAGés, P3M
Criblage HCS-HTS
Bioinformatique & biostatistique - bilille
Animaleries
PHExMAR, PLEHTA, Ress. Exp.
Imagerie cellulaire - BICeL
Imagerie du vivant & fonctions
IRM - Homme
IRM - TEP - Comportement Rongeur
Guérin
Debeyre
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Des locaux dédiés aux plateformes
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
Cité Scientifique
Campus Pasteur Lille
Campus Hospitalo-Universitaire
19
L’organisation et gouvernance
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
S’appuyer sur des éléments existants…
• Comités de pilotage
• Bureaux
• Comités des utilisateurs
• Comité institutionnel
• Conseils scientifiques internes ou externes
… pour construire une UMS-US efficace et répondant aux attentes des utilisateurs des plateformes
• Comité opérationnel
constitué le cas échéant :
de bureaux opérationnels de site ou thématiques
d’un comité de pilotage coordonnant les bureaux opérationnels
• Assemblée générale des utilisateurs
• Comité de direction
• Comité institutionnel
• Comité d’orientation stratégique
20
Direction S. Crespin (UMS)
Glycomique
Protéomique
Y. Guérardel (UGSF)
J.M. Saliou (UMS)
Génomique
M. Figeac (UMS)
D. Hot (UMS)
Animaleries
Th. Hubert (U1190)
Imagerie du
vivant
et fonctions
J.P. Pruvo (U1171)
R. Lopes (U1171)
Bio
Informatique
G. Marot (EA2694)
H. Touzet (CRIStAL)
Imagerie
cellulaire
F. Lafont (CIIL)
Criblage
à haut débit
et haut
Contenu
F. Leroux (U1177)
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
L’organisation
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
21
Direction
Glycomique
Protéomique
Génomique
Animaleries
Imagerie du
vivant
et fonctions
Bio
Informatique
Imagerie
cellulaire
Criblage
à haut débit
et haut
contenu
Fonctions supports
Secrétariat général Administration - Finances Qualité - H&S Communication - Formation
• Interface avec les services administratifs, financiers, juridiques
• Responsable Management Qualité
• Communication interne et externe
• Logistique des actions de formation
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
L’organisation
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
22
Direction
Glycomique
Protéomique
Génomique
Animaleries
Imagerie du
vivant
et fonctions
Bio
Informatique
Imagerie
cellulaire
Criblage
à haut débit
et haut
contenu
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
AGU AGU AGU AGU AGU AGU AGU
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
L’organisation
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
AGU : Assemblée Générale des Utilisateurs
23
Direction
Glycomique
Protéomique
Génomique
Imagerie du
vivant
et fonctions
Bio
Informatique
Imagerie
cellulaire
Criblage
à haut débit
et haut
contenu
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
L’organisation
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
Animaleries
Comité Opérationnel
BOP
PLEHTA
CoPil
BOP
Ress. Exp
BOP
PHExMAR
CoPil : Comité de pilotage BOP : Bureau OPérationnel
24
Direction
Glycomique
Protéomique
Génomique
Animaleries
Imagerie du
vivant
et fonctions
Bio
Informatique
Criblage
à haut débit
et haut
contenu
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
L’organisation
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
Imagerie
cellulaire
Comité Opérationnel
BOP
Cyto
CoPil
BOP
MP
BOP
ME
CoPil : Comité de pilotage BOP : Bureau OPérationnel
AGU AGU AGU AGU AGU AGU AGU
25
Direction
Comité de direction Directrice
Secrétaire général.e
1 binôme technico-scientifique / plateforme
Glycomique
Protéomique
Génomique
Animaleries
Imagerie du
vivant
et fonctions
Bio
Informatique
Imagerie
cellulaire
Criblage
à haut débit
et haut
contenu
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
La gouvernance
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
AGU : Assemblée Générale des Utilisateurs
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
26
Direction
Comité de direction Directrice
Secrétaire général.e
1 binôme technico-scientifique / plateforme
Comité d’orientation
stratégique DU ou représentants
des 27 UR utilisatrices
en SVS
Comité institutionnel Représentants des tutelles :
U-Lille, CNRS, Inserm,
IPL, CHU de Lille
+ partenaires invités :
Inria, IRCL
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
La gouvernance
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé
AGU : Assemblée Générale des Utilisateurs
AGU AGU AGU AGU AGU AGU AGU
Glycomique
Protéomique
Génomique
Animaleries
Imagerie du
vivant
et fonctions
Bio
Informatique
Imagerie
cellulaire
Criblage
à haut débit
et haut
contenu
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Comité
Opérationnel
Les plateformes constitutives de l’UMS-US Savoir-faire
Activités
Projets et évolutions envisagés
Difficultés rencontrées et points de vigilance
28
Génomique
Les plateformes participantes
Génomique Fonctionnelle et Structurale – GFS Transcriptomics and Applied Genomics – TAG
9,3 ETP (dont 8,8 affectés à l’UMS-US)
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Savoir-faire et services
• Plateforme de services et collaborative
• Etude de faisabilité, montage et conduite de projets d’analyse génomique pour des projets à moyen/haut débit
• Analyse génomique appliquée à l'humain et la microbiologie
• Transcriptomique, Métagénomique
• Traitement de données issues du séquençage de génomes
29
Génomique
Les plateformes participantes
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Académique local 75%
Académique national
15%
Secteur privé 10%
Origine des laboratoires utilisateurs
Echantillons
GFS – NGS 247
TAG – NGS 612
GFS – Microarray 187
TAG – Microarray 144
GFS – Nanostring 739
Activité
• 20 laboratoires utilisateurs • 11 projets en cours financés sur AAP en
cours en 2018
• Participation à la formation initiale (Master et Ecole doctorale) et à des actions de formation continue proposée par bilille
• Encadrement de doctorants
30
Génomique
Les plateformes participantes
Reconnaissance
• Label GIS IBiSA pour LIGAN
• Activité de transfert vers le soin
• Partenaire dans 11 programmes financés par l’ANR, l’INCa, la Région Hauts-de-France ou des associations et fondations et 2 programmes industriels
Evolution
• Orientation de l’offre de services sur la plus-value de l’expertise de la PF depuis la conception du projet de recherche jusqu’à l’analyse des données produites
• Séquençage de 3ème génération
Point(s) de vigilance
• Contexte hautement concurrentiel en matière de séquençage
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
31
Glycomique & protéomique
Les plateformes participantes
Plateforme d’Analyse des Glycoconjugués – PAGés Plateforme de Protéomique et Peptides Modifiés – P3M
3,4 ETP (dont 3 affectés à l’UMS-US)
Savoir-faire et services
• Plateforme de services et collaborative
• PAGés : unique plateforme française dont l’activité est entièrement dévolue à l’analyse de la structure des glycanes et des sucres complexes
• Co-développement de méthodologies d’analyse glycoprotéomique
• Transferts technologiques vers l’industrie agroalimentaire
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
32
Glycomique & protéomique
Les plateformes participantes
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Académique local 34%
Académique national
29%
Académique européen ou international
8%
Secteur privé 29%
Origine des laboratoires utilisateurs
Nombre de projets traités 2017 2018
PAGés (2 ingénieurs) 54 54
P3M (1 ingénieur) 26 28
Total 80 82
Activité
• 35 laboratoires utilisateurs
• Accueil de stagiaires • Formations techniques et participation
à la formation initiale (Licence, Master) et continue (MOOC)
33
Glycomique & protéomique
Les plateformes participantes
Reconnaissance
• Label GIS IBiSA pour PAGés
• P3M issu du LabEx ParaFrap
Evolution
• PAGés ambitionne d’être leader national de l’analyse de structure des glycoconjugués
• Dans le cadre du rapprochement des activités de PAGés et de P3M, percer dans le domaine de l’analyse de produits pharmaceutiques
Point de vigilance
• Capacité de développement freinée par les faibles effectifs
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
34
ARIADNE-Criblage
Les plateformes participantes
Plateau de criblage à haut contenu (HCS) Plateau de criblage à haut débit (HTS)
1,8 ETP
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Savoir-faire et services
• Plateforme collaborative
• Criblage de perturbateurs biologiques (librairies chimiques ou de SiRNA)
• Développement de tests miniaturisés et automatisés pour criblage in vitro, in cellulo ou in bactério, HTS ou HCS dont imagerie quantitative
• Criblage sur cible ou phénotypique
• Deux plateformes robotiques (LNSB2/3)
• Analyse des résultats de criblage, identification et confirmation des hits
Data acquisition/analysis Screening Hit selection
35
ARIADNE-Criblage
Les plateformes participantes
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Académique local 29%
Académique national
41%
Académique européen ou international
12%
Secteur privé 18%
Origine des laboratoires utilisateurs
2016 2017 2018
HCS LNSB2 :
Echo 32% 31% 18%
Platform 91% 72% 68%
InCell 87% 74% 63%
PSM1 34% 26% 13%
PSM2 22% 15% 12%
HCS LNSB3 33%
Activité
• 17 laboratoires utilisateurs • 18 projets collaboratifs en 2018
• Participation à des enseignements de
niveau Master • Accueil de Masters et doctorants
36
ARIADNE-Criblage
Les plateformes participantes
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Reconnaissance
• EquipEx ImagInEx BioMed
• Participation à l’infrastructure de recherche ChemBioFrance (Plateforme de découverte de molécules bioactives pour comprendre et soigner le vivant)
• Plateforme partenaire de la Fondation Maladies Rares
• Projets en cours financés par ANR (6), Fondations (8), Programmes européens (3) et SATT(1)
Evolution
• Adaptation des tarifications pour couvrir les coûts de contrats de maintenance
• Evolution technologique des équipements
Point de vigilance
• Capacité de développement freinée par les faibles effectifs au regard de l’investissement de haute expertise à mettre en œuvre pour la mise en place d’un projet
37
Bioinformatique & biostatistique – bilille
Les plateformes participantes
Plateforme de bioinformatique, bioanalyse et biostatistique de Lille
10,1 ETP (dont 8 affectés à l’UMS-US)
Savoir-faire et services
• Plateforme de services et collaborative
• Analyse de données biologiques: génomique, transcriptomique, protéomique, phylogénie, cytométrie, criblage à haut débit, bioinformatique structurale, ...
• Développement d’outils logiciels, pipelines ou bases de données
• Mise à disposition de moyen de calculs (cloud)
• Acculturation en bioinformatique : formation, réseau métier, animation scientifique, séminaires technologiques
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
38
Bioinformatique & biostatistique – bilille
Les plateformes participantes
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Académique local 100%
Origine des laboratoires utilisateurs
(Hors activité IFB)
2016 2017 2018
Appel à projets
interne
35 projets reçus
14 auditionnés
9 soutenus
15 mois ingénieurs
14 projets reçus
14 auditionnés
11 soutenus
15 mois ingénieurs
14 projets reçus
14 auditionnés
14 soutenus
27 mois ingénieurs
Projets financés via
financements
extérieurs (hors PIA)
5 projets
23,5 mois ingénieurs
9 projets
33,5 mois ingénieurs
Total 9 projets
15 mois ingénieurs
16 projets
38,5 mois ingénieurs
23 projets
60,5 mois ingénieurs
Activité
• 21 laboratoires utilisateurs
• Organisation de 5 journées scientifiques et
workshops en 2017-2018 • Organisation de formations propres à la
plateformes ou dans le cadre de la formation continue proposée par U-Lille ou les EPST
• Coordination d’un cycle de formation « bioinformatique » pour le collège doctoral
39
Bioinformatique & biostatistique – bilille
Les plateformes participantes
Reconnaissance
• Participation à 2 infrastructures nationales : IFB et France Génomique
• Très forte sollicitation par les UR locales
Evolution
• Renforcer les liens avec les plateformes d’imagerie cellulaire et d’imagerie du vivant
Point de vigilance
• Absence de personnel titulaire affecté à temps plein à la plateforme
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
40
Animaleries
Les plateformes participantes
PLEHTA – Campus Pasteur Ressources expérimentales – Campus HU PHExMAR – Cité scientifique
32 ETP (dont 30,9 affectés à l’UMS-US)
Savoir-faire et services
• Plateforme de services
• Spécialisation de site
• Hébergement : Rongeur / Lagomorphe/ grand Mammifère / modèles aquatiques
• Statut sanitaire : conventionnel / SPF / SOPF
• Niveaux de confinement : A2/A3
• Explorations dans le domaine infectieux, immunologique, métabolique, cancérologique et comportemental en lien étroit avec l’imagerie
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
41
Animaleries
Les plateformes participantes
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Académique local 96%
Secteur privé 4%
Origine des laboratoires utilisateurs
Taux d’occupation 2017 Hébergement Elevage Isotechnie
Campus HU SPF – Souris 62% 70% 17%
PLEHTA Campus Pasteur – Souris 90% 90% 100%
PLEHTA Campus Pasteur – Rat 90% 90% _
PLEHTA Campus Pasteur – Hamster 23% _ _
PHExMAR (SN6) – Souris (2015) 80% _ _
PHExMAR (SN6) – Rat (2015) 80% _ _
PHExMAR (SN6) – Xénope (2015) 70% _ _
PHExMAR (SN3) – Zebra fish (2015) 70% _ _
Campus HU Conventionnel – Porc / Mouton (2016) 80% _ _
Campus HU Conventionnel – Rongeur (2016) 80% _ _
Activité
• 28 laboratoires utilisateurs • > 200 protocoles en cours • Participation aux actions de formation
initiale règlementaires dans le domaine de l’expérimentation animale et de formation continue proposées par la Faculté de Médecine et/ou le service formation de l’IP
42
Animaleries
Les plateformes participantes
Reconnaissance
• Plateforme utilisée par la quasi-totalité des Unités de recherche SVS du site
• Participation aux réseaux nationaux spécialisés
Evolution
• Exploitation raisonnée du potentiel immobilier et de la capacité d’accueil associée
Points de vigilance
• Défaut de construction des locaux EOPS2 -> retard et activité limitée
• Ressources financières à dégager pour équiper PHExMAR
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Campus Hospitalo-Universitaire Campus Pasteur Cité scientifique
Statut sanitaire Conv. SPF SPF / SOPF SPF Conv.
Surface 1 000 m² 2 170 m² 1 600 m² 1 150 m²
Capacité d’hébergement (nb d’animaux) :
Souris 1 500 19 000 -> 54 000 36 000 -> 3 150 -
Rat 500 150 3500 -> 7140 -
Lapin 20 - - - -
Gerbilles 20 - 300 - -
Hamster - 300 - -
Porc 200 -> 400 - - - -
Mouton 30 - - - -
Xénope - - - - -> 360
Zebrafish - - - - -> 10 000
43
Imagerie cellulaire – BioImaging Center Lille – BICeL
Les plateformes participantes
Microscopie photonique (+ AFM) Microscopie électronique Cytométrie et tri cellulaire
9,1 ETP (dont 8 affectés à l’UMS-US)
Savoir-faire et services
• Plateforme de services et collaborative
• Photonique : confocaux, multi-photons, vidéo-microscopie et à feuille de lumière
• Cytométrie, dont cytométrie spectrale et imagerie en flux
• Microscopie électronique en transmission et à balayage
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Fluo3-AM I. propidium TO-PRO-3ALIPX-102
Iodure de propidium
ALIPX-102
TO-PRO-3
Autofluorescence Fluo3-AM
Fluo3-AM I. propidium TO-PRO-3ALIPX-102Fluo3-AM I. propidium TO-PRO-3ALIPX-102
Iodure de propidium
ALIPX-102
TO-PRO-3
Autofluorescence Fluo3-AM
44
Imagerie cellulaire – BioImaging Center Lille – BICeL
Les plateformes participantes
Activité
• 53 laboratoires utilisateurs • >400 identifiants individuels
• Enseignements (License, Master) • Organisation d’ateliers thématiques • Participation à des formations continues
proposées par les EPST
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Académique local 51%
Académique national
22%
Académique européen ou international
4%
Secteur privé 23%
Origine des laboratoires utilisateurs
0%
10%
20%
30%
40%
50%
60%
70%
80%
90%
Tau
x d
'acti
vit
é
Postes d’analyse :
723 h en cytométrie
4000 h en microscopie photonique
Cyto MP ME
45
Imagerie cellulaire – BioImaging Center Lille – BICeL
Les plateformes participantes
Reconnaissance
• GIS IBiSA, Certification ISO 9001 v2008 (jusqu’en 2017)
• EquipEx ImagInEx BioMed
Evolution
• Imagerie de super-résolution
• Imagerie en flux
• Evolution dans un contexte de restructuration du paysage lillois de recherche
Point de vigilance
• Capacité de développement freinée par les faibles effectifs au regard du nombre d’équipements disponibles et de leur spécialisation
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
46
Imagerie du vivant et fonctions
Les plateformes participantes
IRM 3T – Humain MicroIRM & MicroTEP-TDM – Rongeur Explorations fonctionnelles et comportementales
13,6 ETP (dont 12 affectés à l’UMS-US)
Savoir-faire et services
• Plateforme de services et collaborative
• Micro-IRM, Micro-TEP/TDM et exploration comportementale chez le Rongeur
• IRM 3T dédiée Recherche avec techniques avancées de traitement du signal
• Harmonisation des séquences avancées en IRM entre les plateaux Rongeur et Humain
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
47
Imagerie du vivant et fonctions
Les plateformes participantes
Activité
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Académique local 70%
Académique national
10%
Secteur privé 20%
Origine des laboratoires utilisateurs
Plateau Equipements Nombre de
projets 2018
Temps (h)
ou nombre d’examens
Rongeur Comportement Souris (6 postes) 18 8185 h d'acquisition
Rongeur Comportement Rat (6 postes) 5 1395 h d'acquisition
Rongeur Micro-IRM 16 274 examens
Rongeur Micro-TEP 3 55 examens
Humain IRM - Projets Académiques 32 541 examens
Humain IRM - Cohortes 15 1500 examens
Humain IRM - Essai thérapeutiques 29 211 examens
Activité
• 10 laboratoires utilisateurs
• Encadrement de Masters et de
doctorants (not. Cifre)
• Participation aux actions de formations initiale et continue proposées par la Faculté de Médecine et/ou le service formation de l’IPL
48
Imagerie du vivant et fonctions
Les plateformes participantes
Reconnaissance
• Pré-labélisation GIS-IBISA (2017)
• Fort ancrage local avec un développement de la visibilité nationale
Evolution
• Envisager les acquisitions d’une IRM 7T humaine dédiée à la recherche et d’une micro-IRM 11,7T Rongeur
• Poursuivre la spécialisation sur des développements méthodologiques permettant l’analyse des réseaux cérébraux, grâce à des outils d’intelligence artificielle
Point de vigilance
• Parc d’équipements vieillissant et coûts de jouvence particulièrement onéreux
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Le projet d’UMS-US Plateformes lilloises en Biologie & Santé Synthèse
50
Synthèse
L’UMS-US lilloise des PF en Biologie et Santé :
Une offre de services diversifiés recouvrant les principales approches technologiques mises en œuvre dans les travaux de recherche en Biologie et/ou Santé
Des prestations ouvertes aux secteurs académique et industriel
Des plateformes de compétences
Des équipements innovants dont certains sont rares ou uniques en France
Des plateformes reconnues
• Localement : toutes les unités de recherche en SVS sont utilisatrices
• Nationalement, voire internationalement : 35 publications de développements technologiques ou méthodologiques, 35 projets collaboratifs, 4 labels GIS IBISA
et 2 participations à des infrastructures de recherche nationales
Des acteurs de formation à l’expertise recherchée
• 450 formations techniques et technologiques en 2018
• 15 cours en Master, 6 journées d’écoles doctorales
• 12 programmes nationaux de formation continue et 1 MOOC
• 12 thèses et 29 stagiaires depuis 2015
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
51
L’UMS-US lilloise des PF en Biologie et Santé :
Synthèse
Points de vigilance
• Accroissement des dépenses liées
à la maintenance des équipements de plus en plus pointus
• Ressources financières et humaines limitées au regard du potentiel technologique
• Périmètre initial ne recouvrant pas l’intégralité des plateformes du site
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Evolutions et possibles adaptations
• Analyse des coûts complets et
adaptation progressive des tarifications, le cas échéant
• Détection et politique incitative
d’intégration de nouvelles plateformes
52
L’UMS-US lilloise des PF en Biologie et Santé :
Synthèse
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Evolutions et possibles adaptations
• A court terme, nécessaire
renforcement des ressources pour répondre aux besoins liés à la production massive de données
53
L’UMS-US lilloise des PF en Biologie et Santé :
Synthèse
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Evolutions et possibles adaptations
• A court terme, nécessaire
renforcement des ressources pour répondre aux besoins liés à la production massive de données
• Mise en place de solutions multi-
plateformes pour répondre aux besoins de la recherche
Métabolisme
et m. cardio-vasculaires Médicament
Biomatériaux
Inflammation,
Infection, Immunité
Neurosciences
Cancer
Chimie
Ecologie
Evolution
Biologie
structurale
Microélectronique
et nanotechnologies
54
L’UMS-US lilloise des PF en Biologie et Santé :
Synthèse
Comité de visite – Projet UMS-US PF Biologie et Santé
7 mai 2019 – Sophie Crespin
Evolutions et possibles adaptations
• A court terme, nécessaire
renforcement des ressources pour répondre aux besoins liés à la production massive de données
• Mise en place de solutions multi-
plateformes pour répondre aux besoins de la recherche
• Veille spécifique pour accompagner le développement de technologies de rupture ou de méthodologies innovantes
Métabolisme
et m. cardio-vasculaires Médicament
Biomatériaux
Inflammation,
Infection, Immunité
Neurosciences
Cancer
Chimie
Microélectronique
et nanotechnologies
Ecologie
Evolution
Biologie
structurale
Discussion