mutasi gen emb b isolat klinis l16 dan l21 multidrug resistant mycobacterium tuberculosis

Mutasi Gen embB Isolat Klinis L16 dan L21 Multidrug Resistant Mycobacterium tuberculosis

Icha Isana Febriana / 10506067

Pembimbing : Achmad Saifuddin Noer, Ph.D

April 21, 2023 of 211Seminar Tugas Akhir

AGENDA PRESENTASI


PENDAHULUAN• Mycobacterium tuberculosis

(M. tb) adalah bakteri

penyebab tuberkulosis (TB)

pada manusia

• Setiap tahun, TB menginfeksi

9 juta jiwa dan membunuh 1,5

juta jiwa di dunia (WHO, 2008)

• Salah satu faktor

meningkatnya infeksi TB di

dunia disebabkan oleh mutasi

M. tb di tingkat genotipe


Mycobacterium tuberculosis

• M. tb adalah bakteri patogen utama yang menyerang sistem pernafasan mamalia

• Bakteri M. tb berbentuk basil (batang) dan bersifat tahan asam

• Bakteri ini mampu bertahan beberapa jam di tempat gelap, lembab, dan dapat bersifat dormant (tidur) di dalam tubuh manusia.


Peta Genom M. tb

• Genom M.tb berukuran 4,4 x 106 pb dan memiliki >> 4000 gen

• Operon embCAB 10 kb

April 21, 2023 of 215

• [http://wishart.biology.ualberta.ca/BacMap/graphs_cgview.html]

Seminar Tugas Akhir

Tuberkulosis

• Tuberkulosis adalah salah satu penyakit mematikan (www.TBCindonesia.or.id)


Obat Anti Tuberkulosis

• OAT yang tersedia untuk menangani TB terdiri dari 2 jenis :

a. lini pertama : isoniazid, rifampisin, pirazinamid, etambutol dan streptomisin

b. lini kedua :

etionamid, kanamisin, quinolones, dll.

• Etambutol bekerja dengan cara menghalangi pembentukan dinding sel bakteri


Struktur Etambutol

Etambutol

• Sasaran etambutol adalah protein arabinosiltransferase yang dikode oleh gen embB pada operon embCAB

• gen embB memiliki ukuran 3297 pb

• Diketahui bahwa sebagian besar mutasi yang mengakibatkan resistensi terhadap etambutol terjadi pada kodon 306 dari gen embB (Sreevatsan dkk., 1997)


Diagram Alir Penelitian

April 21, 2023 of 219

Koleksi Isolat MDR-M. tb

Koleksi Isolat MDR-M. tb

Pemilihan SampelIsolat L16 dan L21

Amplifikasi fragmen gen embB dengan PCR

Elektroforesis Gel Agarosa

Amplifikasi Berhasil

Urutan Nukleotida Fragmen

Gen embB

Sequencing Analisis In Silico

DataSeminar Tugas Akhir

Isolat M. tb Koleksi Laboratorium Biokimia, ITB

• Kode L : BPLK ; Kode R : RS. Rotinsulu, Bandung• Sampel L16 : Mutasi C1594T pada gen rpoB (Ser Leu) (Noviana, 2007)• Sampel L21 : Mutasi pada gen katG294T884C (mutasi bisu) (Noviana,

2007)Mutasi C1594T pada gen rpoB (Ser Leu) (Noviana, 2007)

Metode Penelitian


Polymerase Chain Reaction


Kondisi PCR

April 21, 2023 of 2112

95,0 ˚ 95,0 ˚

72,0 ˚ 72,0 ˚ 72,0 ˚

4,0 ˚

5,00 1,00

1,00 1,00 4,00

Seminar Tugas Akhir

Posisi Penempelan Primer

Urutan primer yang digunakan (Clemente dkk., 2008):

embF : 5’ – GGTGCGCGCCATGCCACC – 3’ (261-278)

embR : 5’ – GGTCTGGCAGGCGCATCC – 3’ (1046-1063)

Posisi Penempean Primer

April 21, 2023 of 2113

5’

5’

3’

3’

261 1063

embFembR

0,8 kb

Seminar Tugas Akhir

HASIL : Pita Elektroforesis• Isolat L16 • Isolat L21

April 21, 2023 of 2114

1419

214

397

519

75

0,8 kb0,8 kb

1419

519

397

214

75

Seminar Tugas Akhir

Elektroforegram Isolat L16


Analisis Hasil Sequencing Isolat L16

• Isolat L16


Analisis Hasil Sequencing Isolat L21


Terjemahan Ke “Bahasa” Protein


PEMBAHASAN

• Pada isolat L16, tidak terdapat mutasi di kodon 306 dari gen embB. Sifat resistensi etambutol dapat melibatkan beberapa gen lain, selain embB (Telenti dkk., 1997).

• Clemente (2008) : hanya 70% dari keseluruhan EMB resisten menunjukkan mutasi embB


PEMBAHASAN

• Pada isolat L21, perubahan urutan nukleotida pada kodon 306 :

ATG GTG

• Kodon 306 dan sekitarnya menjadi lebih hidrofob. Hal inilah yang diduga menjadi penyebab EMB sulit terikat dan tidak mampu menginhibisi pembentukan dinding sel bakteri.


KESIMPULAN

• Sifat resistensi M. tb terhadap etambutol tidak selalu akibat adanya mutasi pada kodon 306.

• Kodon 306 merupakan hot spot penyebab resistensi etambutol.

• Daerah kodon 306 dapat digunakan untuk pengembangan diagnostik kit untuk deteksi M. tb yang resisten etambutol


mutasi gen emb b isolat klinis l16 dan l21 multidrug resistant mycobacterium tuberculosis

Documents