pautan dan pemetaan pada eukaryot
DESCRIPTION
eukaTRANSCRIPT
![Page 1: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/1.jpg)
Sumber: Principle of Genetics, 7th ed
by Tamarin , 2001
![Page 2: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/2.jpg)
OBJEKTIF:
Teknik analisis mencari posisi relatif gen pada kromosom organisme diploid
Teknik analisis mencari posisi relatif gen pada kromosom manusia
![Page 3: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/3.jpg)
DIPLOID MAPPING
Two-point cross
Test cross: menyilangkan suatu individuberfenotip dominan hasil persilangan galurmurni vs. individu berfenotip resesif
Tujuan test cross: menguji keterpautan, heterozigositas genotipe dari individu
Fenotip dominan bisa muncul pada individuheterozigot
Two-point cross: dua sifat beda, dua gen, dualokus
![Page 4: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/4.jpg)
Contoh two-point test cross:
Drosophila melanogaster memiliki gen bandresesif (bn) yang menyebabkan muncul pita pada thoraks dan gen detached (det) menyebabkan hilangnya crossvein pada venasi sayapnya
![Page 5: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/5.jpg)
Genotipe individu
wild-type: det+ det+
Genotip individu
detached : det det
![Page 6: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/6.jpg)
![Page 7: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/7.jpg)
Fenotip parental/non-rekombinan: sama dengan fenotip P1
Fenotip non-parental/rekombinan: kombinasi dari dua fenotip P1
Non-rekombinan: jumlah paling banyak
Rekombinan: jumlah paling sedikit
Dari contoh di atas diperoleh, frekuensi non-rekombinan = 99,5% dan frekuensi rekombinan = 0,5%
![Page 8: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/8.jpg)
Fenotip rekombinan muncul karena pindah silang (cross over)
![Page 9: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/9.jpg)
![Page 10: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/10.jpg)
![Page 11: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/11.jpg)
Kita bisa gunakan persentase hasil testcross untuk mengestimasi jarak lokus pada kromosom
1% keturunan rekombinan sama dengan satu map unit (atau satu centimorgan, untuk menghormati T. H. Morgan, ahli genetik yang pertama kali memenangkan Nobel)
Meski map unit bukan jarak fisik, tapi memungkinkan kita untuk mengetahui urutan dan jarak relatif antara loci pada satu kromosom
![Page 12: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/12.jpg)
Hubungan antara centimorgan (cM) dan DNA base pairs sangat bervariasi bergantung pada species, jenis kelamin, dan daerah pada kromosom
Pada manusia 1 cM dapat bervariasi antara 100,000 sampai 10,000,000 pasang basa (bp)
Pada jamur Schizosaccharomyces pombe, 1 cM is hanya sekitar 6,000 bp
![Page 13: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/13.jpg)
Three-point cross
Analisis tiga loci, masing-masing memiliki dua alel
Contoh pada: bentuk sayap, warna tubuh, dan warna mata pada Drosophila.
Black body (b), purple eyes (pr), dan curved wings (c) semua adalah gen resesif
![Page 14: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/14.jpg)
Geneticists use various means to present this situation.
For example, the recessive homozygote can be pictured as: bb prpr cc atau b/b pr/pr c/c atau atau b pr c/b pr c atau
![Page 15: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/15.jpg)
![Page 16: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/16.jpg)
Persen pada baris Table 6.1 menunjukkan bahwa 5,9% (887/15,000) dari keturunan testcross Drosophila: rekombinasi b dan pr
![Page 17: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/17.jpg)
![Page 18: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/18.jpg)
![Page 19: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/19.jpg)
Map function
Dari hasil eksperimen yang diperoleh , terdapat dua map distances di antara dua lokus: “measured” dan “actual”
“Measured” map distance di antara dua lokus: nilai yang diperoleh dari two-point cross
“Actual” map distance: nilai ideal yang lebih akurat yang diperoleh dari penjumlahan jarak pendek antar banyak lokus
![Page 20: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/20.jpg)
Plot “measured” map distance vs. “actual” map distance: diperoleh kurva MAPPING FUNCTION.
![Page 21: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/21.jpg)
Urutan gen
Untuk three-point cross: dengan cara membandingkan double crossover (dco) dan non-rekombinan
Dari contoh: non-rekombinan adalah b pr c dan b+ pr+ c+ , sedangkan dco adalah b pr+ c dan b+ pr c+
Jika posisi pr tidak ditengah, misal pr b c dan pr+ b+ c+, tidak akan diperoleh genotip dco seperti di atas
![Page 22: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/22.jpg)
Coefficient of Coincidence
Are crossovers occurring independently of each other?
Does the observed number of double recombinants equal the expected number?
Pada contoh di atas terdapat 132/15,000 dco, or 0.88%
Jumlah yang diharapkan (Expected): kejadian independent dari pindah silang di antara dua titik yang diukur
![Page 23: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/23.jpg)
Dari contoh bisa dihitung:
jarak lokus b-pr = 5,9% = 0,059
jarak lokus pr-c = 19,5% = 0,195
sehingga diperoleh kemungkinan dco = 0,059x 0,195 = 0,0115 = 1,15% dari gamet
Jadi, dco yang diharapkan
= 1,15% x15000 = 172,5
![Page 24: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/24.jpg)
coefficient of coincidence didefinisikan:
Dari contoh bisa dihitung nilai CC = 132/172 = 0,77
Dengan kata lain, hanya 77% dari expected dco yang terjadi
![Page 25: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/25.jpg)
Kadang-kadang jumlah dco yang tereduksi dapat ditunjukkan dengan degree of interference, yang didefinisikan sebagai:
1- coefficient of coincidence
Dari contoh diperoleh, interf. = 1 - 77% = 23%
Dari contoh tampak bahwa terjadinya suatu pindah silang dapat mempengaruhi peluang pindah silang dari daerah yang berdekatan
![Page 26: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/26.jpg)
![Page 27: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/27.jpg)
Somatic (mitotic) crossover
Terjadi pada sel somatik
Tidak terbentuk kompleks synaptonemal
Disebabkan oleh dua kromatid homolog yang melintang satu sama lain dan terjadi patahan dan bergabung kembali seperti konsekuensi jika terjadi perbaikan DNA
Contoh pada Aspergillus nidulans
![Page 28: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/28.jpg)
![Page 29: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/29.jpg)
PEMETAAN KROMOSOM MANUSIA
X Linkage
Menentukan posisi loci pada kromosom X
Menentukan jarak (map unit) antar loci
“Grand father method”
![Page 30: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/30.jpg)
Autosomal linkage
Memetakan loci pada kromosom non-sex lebih sulit: ada 22 kelompok pautan autosom
Contoh: penyakit nail-patella syndrome dan golongan darah ABO
![Page 31: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/31.jpg)
![Page 32: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/32.jpg)
Dari contoh di atas, alel mana yang terpaut nail-patella syndrome?
Berapa map unit jarak lokus ABO dan lokus nail-patella syndrome?
Cukup sulit untuk mencari posisi lokus pada kromosom autosomal
Dua teknik yang penting untuk pemetaan autosomal: chromosomal banding dan somatic-cell hybridization
![Page 33: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/33.jpg)
Chromosomal banding
Menggunakan pewarnaan histokimia tertentu yang menghasilkan pola pita berulang pada kromosom
Pewarnaan Giemsa merupakan salah satu tekniknya: menghasilkan G-band
Dengan teknik banding: dapat mengidentifikasi masing-masing kromosom dalam suatu karyotype
![Page 34: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/34.jpg)
![Page 35: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/35.jpg)
![Page 36: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/36.jpg)
![Page 37: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/37.jpg)
Somatic-cell hybridization
Untuk membedakan setiap kromosom manusia dilakukan somatic-cell hybridization,: sel manusia dan tikus (atau hamster) dilebur dalam kultur untuk menghasilkan hibrid
Peleburan (fusi) biasanya dibantu dengan zat kimia seperti polyethylene glycol yang berdampak pada membran atau dengan virus yang inaktif , misalnya Sendai virus, yang mampu melebur pada lebih dari satu sel pada saat yang sama
![Page 38: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/38.jpg)
Ketika sel melebur, nukleus mereka akan terpisah membentuk heterokaryon: sel dengan nukleus dari sumber berbeda
Ketika nukleus melebur, sel hibrid akan terbentuk dan hibrid ini dapat kehilangan kromosom manusia selama pembelahan
Dengan stabilisasi , akan dihasilkan sel dengan satu kromosom manusia atau lebih selain juga kromosom tikus atau hamster sebagai pelengkapnya
![Page 39: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/39.jpg)
Teknik banding memungkinkan peneliti untuk mengenali kromosom manusia
Ahli genetik mencari fenotip tertentu pada manusia seperti produk enzim dan menentukan letak fenotip tersebut pada satu kromosom yang ada pada galur sel
![Page 40: Pautan Dan Pemetaan Pada Eukaryot](https://reader033.vdocuments.net/reader033/viewer/2022052302/563db7ef550346aa9a8f4e75/html5/thumbnails/40.jpg)