phylogénie et diversité des microorganismes - frangun.orgfrangun.org/cours_pasteur_2011.pdf ·...
TRANSCRIPT
Phylogénie et diversité des microorganismesMaster Microbiologie générale (Institut Pasteur)
Céline Brochier-Armanet
Professeur – Université Lyon ILaboratoire de Biométrie et Biologie évolutive (UMR5558)([email protected])
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Les microorganismes jusqu’au XIXème siècle
� Découverts au milieu du 17ième
� Considérés pendant deux siècles comme:⇒ Des curiosités sans intérêt
⇒ Des intermédiaires probables entre le monde minéral et le monde vivant
⇒ Classés au sein des Plantes ou au sein des animaux (dans le groupe mal défini des vers)
Plantae Protista Animalia
Haeckel (1866)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Place des microorganismes au sein du monde vivant
Plantae Plantae
Protista
AnimaliaFungi
Monera
Copeland (1938 et 1947) Whittaker (1969)
AnimaliaProtista
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Est-il possible d’établir une classification phylogénétique des microorganismes?
Culture pureÉchantillon
Morphologie
Métabolisme/Physiologie
Identification/Classification@purificacion lopez-garcia
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
“... the ultimate scientific goal of biological classification cannot be achieved in the case of bacteria” (Roger Y. Stanier, 1963)
Echec de l’application du principe de subordination des caractères pour l’établissement d’une classification évolutive des microorganismes
Bactéries sulfureuses(Thiobacillus)
Bactéries pourpressulfureuses
(Thiorhodaceae)
Bactéries pourpresnon sulfureuses
(Athiorhodaceae)
Bactéries sulfureusesnon pigmentées
Oxydentdes
composéssoufrés
Similaritéphysiologique
Granules de soufreintracellulaires(Thiobacteria)
Similaritémorphologique
Mêmepigmentation
(Rhodobacteria)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Une révolution en marche…
� 1955 : Séquençage de l’insuline - Sanger� Premières phylogénies moléculaires (Eucaryotes)� 1965 : “ Molecules as Documents of Evolutionary History ”
- Zuckerkandl et Pauling� 1977 : Catalogues d'oligonucléotides d’ARNr – Carl Woese� 1977 : Séquençage rapide de l’ADN - Sanger
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
L’accès au patrimoine génétique des organismes a radicalement changé notre connaissance de l’histoire de la vie
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
La biodiversité des organismes actuels définit trois grands domaines
(Sogin, 1991)
(Fox, 1977)
Archaea
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Plantae
Protista
AnimaliaFungi
Monera
Plantae
Protista
AnimaliaFungi
Monera
La diversité génétique ne reflète pas la diversité morphologique
(Sogin, 1991)
(Fox, 1977)
*
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Tous les êtres vivants descendent d’un même ancêtre commun: LUCA
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
L’arbre universel du vivant représente une infime partie de l’histoire de la vie
Arbre universel du vivant
LUCA
Première cellule
Aujourd’hui
Premier âge : Monde pré-cellulaire
Second âge : Monde cellulaire pré-luca
Troisième âge : Monde cellulaire post-lucaOrigine(s) de la vie
(Forterre et al. Medecine Science 2005)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
La biodiversité actuelle ne représente qu’une fraction de la biodiversité ayant existé
(http://web.uconn.edu/gogarten/)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Qui était LUCA?
� « Dis moi quels sont tes gènes et je te dirai qui tu es »� Identifier les gènes présents dans le génome de LUCA⇒ Comparer les gènes présents dans les génomes des représentants
actuels des trois domaines⇒ Identifier les gènes communs aux trois domaines � hérités de LUCA
LUCA
Hérédité verticale
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Très peu de gènes sont communs à tous les organismes actuels
Protéines universelles
LUCA était un organisme cellulaire
LUCA possédait une ARN polymérase, des ribosomes & le code génétique universel
Le répertoire n’est pas compatible avec une vie cellulaire (ex. Pas de métabolisme…)
LUCA avait un génome à ???
(Forterre et al. MS 2005)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Limites de la génomique comparée
LUCA
Perte de gène
LUCA
Trop grande divergence
LUCA
Remplacement non homologue
LUCA
Hérédité verticale Transfert horizontal de gène
LUCA +++++
- - - - - - -
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
LUCA avait un génome de taille comparable aux génomes des actuels
~320->1000/2000 gènes⇒LUCA avait un génome relativement large⇒Free living
Brochier-Armanet C. “Minimal cell: the biologist point of view” Origin of life (Cambridge University Press – 2010)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Questions ouvertes & Grands enjeux des prochaines années
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
(Woese 1994 Microbiol Rev)
(2) LUCA hyperthermophile
(4) Irrésolution des relations de parentéentre la plupart des
phyla bactériens
(3) Émergence basale des bactéries hyperthermophiles
(3) Émergence basale des protistes amitochondriaux
(4) Irrésolution des relations de parentéentre la plupart des phyla eucaryotes
(1) Enracinement dans la branche bactérienne
Début des années 90: L’histoire de la vie est presque totalement résolue
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Questions ouvertes & Grands enjeux des prochaines années
Les relations de parenté entre les trois domaines
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Quelles sont les relations de parenté entre les trois domaines?
BacteriaArchaea Eucarya
LUCA
LBCALACA
LECA
Temps
Présent
6
2
3
1
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Archaea
Bacteria Eucarya
Archaea
Bacteria Eucarya
Eucarya
Bacteria
Archaea
Archaea
Bacteria Eucarya
Eucarya
Bacteria
Archaea
Bacteria
Archaea
EucaryaEucarya
Bacteria
Archaea
Racine
+
Trois scénarios possiblesPhylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Archaea
Bacteria Eucarya
Eucarya
Bacteria
Archaea
Eucarya
Bacteria
Archaea
Eucarya
Bacteria
Archaea
Eucarya
Bacteria
Archaea
Une approche naïve �Comparer les caractères de chaque domaine
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Archaea
Bacteria Eucarya
Archaea
Bacteria Eucarya
Phylogénie non racinéedu paralogue 1
Phylogénie non racinéedu paralogue 2
Archaea
Bacteria Eucarya
Archaea
Bacteria Eucarya
Phylogénie non racinéedu paralogue 1
Phylogénie non racinéedu paralogue 2
Archaea
Bacteria Eucarya
Archaea
Bacteria Eucarya
Phylogénie non racinéedu paralogue 1
Phylogénie non racinéedu paralogue 2
Archaea
Bacteria
Eucarya
Archaea
Bacteria
Eucarya
Archaea
Bacteria
Eucarya
Racine dans la branche archée
Racine dans la branche eucaryote
Racine dans la branche bactérienne
ArchaeaBacteria
Eucarya
ArchaeaBacteria
Eucarya
D
ArchaeaBacteriaEucarya
ArchaeaBacteriaEucarya
D
ArchaeaBacteriaEucaryaArchaeaBacteriaEucarya
D
D
D
D
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
- EF1α/EF2 (Iwabe et al. 1989)- SRP54/SRα (Gribaldo et Cammarano 1998)- ATPase F1-a/F1-b (Iwabe et al. 1989, Gogarten et al. 1989)- Aminoacyl-tRNA synthetases (ILE/VAL/LEU) (Brown & Doolittle 1995)
Enracinement dans la branche bactérienne
Linear fatty acids EsterD - glycerol
Glycerol-3-phosphate (G3P)
— CH2
CH2
C
C — O
C — O H O-
O-
—
—
O — P — O-——
=
O
=O
Linear fatty acids EsterD - glycerol
Glycerol-3-phosphate (G3P)
— CH2
CH2
CC
C — O
C — O H O-
O-
—
—
O — P — O-
O-
O-
—
—
O-
—
—
O — P — O-——
=
O
=O
Linear fatty acids EsterD - glycerol
Glycerol-3-phosphate (G3P)
— CH2
CH2
C
C — O
C — O H O-
O-
—
—
O — P — O-——
=
O
= O
Linear fatty acids EsterD - glycerol
Glycerol-3-phosphate (G3P)
— CH2
CH2
CC
C — O
C — O H O-
O-
—
—
O — P — O-
O-
O-
—
—
O-
—
—
O — P — O-——
=
O
= O Linear fatty acids EsterD - glycerol
Glycerol-3-phosphate (G3P)
— CH2
CH2
C
C — O
C — O H O-
O-
—
—
O — P — O-——
=
O
= O
Linear fatty acids EsterD - glycerol
Glycerol-3-phosphate (G3P)
— CH2
CH2
CC
C — O
C — O H O-
O-
—
—
O — P — O-
O-
O-
—
—
O-
—
—
O — P — O-——
=
O
= O
Implications évolutives d’une racine dans la branche bactérienne
Lipidesd’archées
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
A A A A A AE E E E E
BBBB
BB
Racine
ATPase rRNAIle-RSEF-1αSRPE
Tyr-RS
(Philippe et Forterre. 1999)Artefact causé par les substitutions multiples
Cet enracinement est-il fiable?S1S2S3S4S5S6
S1S4S6S2S3S5
Attraction des longues branches (Felsenstein 1978)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Questions ouvertes & Grands enjeux des prochaines années
Replacer les virus par rapport à l’arbre de la vie
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Les virus: Un quatrième domaine du vivant ?
Fusion de 7 protéines universelles(Raoult, Science 2005)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
(Moreira et Lopez-Garcia, Science 2005)
Ces gènes ont été acquis par transfert àpartir de leur hôte
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
(Moreira & Brochier, BMC Evol Biol 2008)
… ou parasites de l’hôte (concept de réservoir évolutif)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Questions relatives aux virus?
� Les virus ont-ils une ou plusieurs origines (groupe monophylétique ou polyphylétique)?
� Les virus dérivent-ils de cellules?
� L’origine des virus est-elle plus ancienne ou plus récente que LUCA?
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Questions ouvertes & Grands enjeux des prochaines années
La question de l’origine des eucaryotes
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
La question de l’origine des eucaryotes
BacteriaArchaea Eucarya
LUCA
LBCALACA
LECA
Temps
Présent
6
2
3
1
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Deux hypothèses sont en compétition
« La majorité des biologistes font dériver l’organisation plus complexe de la cellule eucaryote d’une organisation plus simple de type procaryote…»(Martin W. Current Opinion in Microbiology 2005)
Implique l’existence de3 domaines primaires
Implique l’existence de 2 domaines primaires et d’1 domaine secondaire
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Une question au cœur du débat scientifiquePhylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
…mais une absence de consensusNécessité de développer d’autres approches
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Questions ouvertes & Grands enjeux des prochaines années
Retracer les grandes étapes de la diversification de chacun des trois domaines du vivant
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Elucider les grandes étapes de la diversification des trois domaines
BacteriaArchaea Eucarya
LUCA5
LBCALACA
LECA
Temps
Présent
6
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Archaea
(Bacteria
Eucarya
Microsporidia
DiplomonadsTrichomonads
Kinetoplastides
Euglena
AmibesEntamoebaSlime moulds
Algues rougesCiliés/Dinoflagellés/
ApicomplexésChampignonsAnimaux
Plantes
Straménopile
s
(Sogin, 1991)
Archezoa
Endosymbiosemitochondriale
Phylogénies basées sur l’ARNr16S (90)Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Découverte de gènes d’origine mitochondriale chez les Archezoa
Trichomonas vaginalis 1Trichomonas vaginalis 2
Giardia intestinalis
Trichomonads (localisation dans les hydrogénosomes)
Diplomonads (localisation dans les mitosomes)
Proteobacteria
IscS, formation des clusters FeS et réparation des protéines FeSTachezy, MBE, 2001, 18:1919-1928
Trichomonas
Sutak, PNAS, 2004, 101:13068-10373Tovar, Nature, 2003, 426:173-176
Diplomonads
Gènes d’originemitochondriale
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Homo WFGGWKVTRKDGNASGTTLLSaccharomyces WYGGWEKETKAGVVKGKTLLGlugea WFKGWKPVSGAGDSI-FTLEArabidopsis WYKG PTLLTrypanosoma WYKG PILVPlasmodium WYKG RTLIGiardia WYEG PCLISulfolobus WYNG PTLEE. coli WEAK LELA
EF
-1αα αα
Signature fungi, m
etazoa,m
icrosporidia
Trachipleistophorahominis
Lien entre Microsporidia & FungiPhylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Fin de l’hypothèse Archezoa (fin 90s)
ArchezoaEndosymbiosea-proteobacteria⇒ Mitochondries⇒ Hydrogénosomes⇒ Autres organelles ?
Perte ou transformation des mitochondries en liaison avec
un mode de vie parasitaire
Micro-sporidia
Dip
lom
onad
s
Tric
hom
onad
s
Kinetoplastides
Euglena
AmibesEntamoeba
Slime mouldsAlgues rougesCiliés/Dinoflagellés/
Apicomplexés
Champignons
Animaux
Plantes
Straménopile
s
?
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
(Delsuc et al. Nat Rev Micro 2005)
Nouvelles méthodes d’analyse (XXIème)Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
La phylogénie des eucaryotes revisitée
(Baldauf SL 2003 Science; Simpson and Roger 2002 Current Biology)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
(Delsuc et al. Nat Rev Micro 2005)
Et pout les autres domaines?Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Questions ouvertes & Grands enjeux des prochaines années
Explorer la diversité biologique existante…
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Notre connaissance de la biodiversitéactuelle est encore très lacunaire
(Lopez-Garcia et al. 2002)
BACTERIA
(Forterre et al. TPB 2002)
ARCHAEA
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
(1) Extraction de l’ADN
(2) Amplification PCR(amorces choisies
Ex ARNr 16S)
(3) Clonage
(4) Sélection des clones positifs & Vérification de la taille des inserts,
profils des fragments (ARDRA, RFLP)
(5) Séquençage
(6) Interrogation desbanques de données
(7) Analysesphylogénétiques
ARN
RT - PCR
La naissance de l’écologie moléculaire (90s)
Analyse phylogénétique des séquences amplifiées => Aperçu « non biaisé » de la diversité en microorganismes présents dans un milieu @purificacion lopez-garcia
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
La diversité microbienne révélée� Au sein de groupes déjà connus (ex. Planctomycetales)� Par la découverte de nouvelles lignées (ex. Thaumarchaeota,
Korarchaeota)
(Schleper Nat Rev Micro 2005)(Brochier 2001 unpublished)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Cerner la diversité virale, un enjeu de taille
� Objets biologiques les plus courants dans les océans (Estimation des populations ~1012 particules virales/200L, 104
types viraux différents)� Rôles majeurs dans les cycles
biogéochimiques, la diversitémicrobienne, échanges génétiques
� Peu d’études de leur diversité(isolation difficile, hôtes souvent non cultivables, pas d’éléments génétiques conservés)
� La majorité des fragments génomiques viraux ne ressemble à rien de connu
(Breitbart et al. 2002 PNAS)
Inconnus
(783)Inconnus
(569)
Connus
(278)
Connus
(304)Hits
genbank
Groupes biologiques
* *
* *
95/105Familles de phages
71/95
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Genome Encyclopedia of Bacteria and Archaea
� Séquencer au moins un représentant de chaque groupe taxonomique connu
� Combler les biais dans notre connaissance des fonctions présentes au sein du monde vivant
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Questions ouvertes & Grands enjeux des prochaines années
Explorer la diversité biologique existante… et comprendre le fonctionnement des écosystèmes…
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
FISH, Chromosome painting…
� Utilisation de sondes oligonucléotidiques avec un marquage fluorescent dirigées contre l’ARNr (1989)
� Permet l’identification de cellules individuelles et de la structure/organisation des communautés
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Accéder aux fonctions biologiques� Exploration des répertoires géniques des micro-organismes au sein des
écosystèmes⇒ Séquençage de larges fragments d’ADN
Échantillon
Extraction
de l’ADN
Clonage direct (BACs, Cosmides, Fosmides)
Banque génomique
CRIBLAGEActivité spécifiques
Gènes spécifiques
SEQUENCAGE D’INSERTS (plusieurs Mb)
* Structure du génome- Distribution, densité des gènes, Introns, opérons…
* Analyse des gènes présents
- Analyse phylogénétiques (Diversité)- Détection des transferts horizontaux (Evolution)
- Gènes du métabolisme (Culture, écologie)
EXPRESSION DE GENES D’INTERETSSéquençage + étude
Sous-clonageAmélioration de l’expression
Applications biotechnologiques
(@purificacion lopez-garcia)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Découverte de nouveaux métabolismes: un nouveau type de phototrophie dans la mer
γγ γγ-pr
oteo
bact
eria
Halorhodopsines(Pompe ions Cl-,
Halophiles)
Bacteriorhodopsines(Pompe H+, Halophiles)
Récepteurs photosensibles, Halophiles
Bactérie prochedu groupe SAR86
7 segmentstransmembranaires
Béjà et al. Science (2000)
Coloration rouge des E. coli exprimant le gène. Ajout de retinal => pic d’absorption détecté à
520 nm
Fonctionne commeune pompe à H+
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011) Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Découverte d’archaea nitrifiantes (2005)
BetaP(AmoA)
Archaea (AmoA)
AlphaP(PmoA)GammaP
(PmoA)GammaP(AmoA/PmoA)
Verrucomicrobia(PmoA)
(Schleper AEM 2005)
(Schleper & Nicols 2010)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Séquençage & assemblage de génomes complets directement à partir de l’environnement
A. Biofilm rose dans la mine de Richmond mine
B. FISH : Sonde: verte = bactéries, bleu = archébactéries, rouge = genre Leptospirillum. (recouvrement vert + rouge = jaune => dominance des cellules de Leptospirillum)
C. Abondance relative basée sur le FISH
(Tyson et al., Nature, 2004)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Analyse de la diversité & dynamique des populations de Ferroplasma
A. Biofilm rose dans la mine de Richmond mine
B. FISH : Sonde: verte = bactéries, bleu = archébactéries, rouge = genre Leptospirillum. (recouvrement vert + rouge = jaune => dominance des cellules de Leptospirillum)
C. Abondance relative basée sur le FISH
(Tyson et al., Nature, 2004)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Analyse fonctionnelle des écosystèmes
(Tyson et al., Nature, 2004)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Single cell genome sequencingPhylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Questions ouvertes & Grands enjeux des prochaines années
Replacer l’histoire de la vie dans un contexte temporal absolu
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Replacer l’histoire de la vie dans un contexte chronologique
HA
DE
AN
AR
CH
AE
AN
PR
OT
ER
OZ
OIC
4.5
2.5
0
1.0
0.5
1.5
2.0
3.0
3.5
PR
EC
AM
BR
IAN
PALEOZOIC
MESOZOIC
CENOZOIC
Temps(109 années)
Formation de la terre
Oxygénéisation de l’atmosphère (-2.3)
Plus anciens fossiles eucaryotes
(-1.8/-1.5)
4.0
Plus anciennes traces de vie non ambiguës (-2.7)+ Hopanes (Cyano) et
stéranes (Euca)
Bombardementtardif (-4.1/-3.8)
Plus vieilles roches terrestres (-4.0)
(Gargaud et al. From sun to life Springer 2006)
Eucaryotes multicellulaires (-1)
Explosion cambrienne (Faune d’EDIACARA -0.52)
Tra
ces
de v
ie a
mbi
gües
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)
Lectures conseillées
Forterre, Gribaldo, Brochier Medecine Science 2005Bertrand JC, Brochier C, Gouy M, Westall F. “Pendant trois milliards d'années les micro-
organismes sont les seuls habitants de la terre” Ecologie Microbienne : Microbiologie des Milieux Naturels et Anthropisés. (Presses universitaires de Pau, Eds Bertrand JC, Caumette P, Lebaron P, Normand P) 2011 (à paraître)
Brochier-Armanet C. “ Minimal cell: the biologist point of view” Origin of life (Cambridge University Press, Eds Gargaud M, Lopez-Garcia P, Martin H) 2010;26-46
Forterre P, Gribaldo S, Brochier C. “LUCA: the last universal common ancestor” Med Sci (Paris). 2005;21(10):860-865
Thomas, Lefèvre, Raymond "Biologie évolutive" Editions de boeck (2010)
Phylogénie et diversité des microorganismes (Céline Brochier-Armanet 2011)